reads

aspera下载

connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh-k1-T-l100manonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:sra/sra-instant/reads
苏牧传媒·2023-04-05 01:42

做好团队建设必看的管理书籍推荐

这本书出自12Reads，正如很多人所见，这本书仅能从其官网获得（为避免广告嫌疑，地
雪明明·2023-04-04 10:48

2021-04-24 分析Reads比对基因组后5和3端的序列情况

目的：为了分析基因转录后5‘端和3’端的修饰或添加序列的情况。采用的斑马鱼线粒体基因组为标准序列将去掉接头的序列文件fq.gz变为fasta文件格式2.由于fasta文件过大，可以切割为多个文件下载blast软件，构建标准数据库4.对多个文件进行本地blast（构建的标准数据库），生成对应的多个excel表5.运行python程序对多个excel表进行数据处理分析，并添加5和3端序列1.将去掉接头
zebra_mito·2023-04-04 09:20

hisat2、stringtie、ballgown分析RNA-seq数据：安装及使用流程

Transcript-levelexpressionanalysisofRNA-seqexperimentswithHISAT,StringTieandBallgown流程示意图图１安装软件HISAT2：将reads
东风008·2023-04-04 01:49

RNA-seq：DEseq2归一化

主要能解决以下2个问题：①测序深度/文库大小导致的差异②文库补偿导致的差异DESeq2均一化步骤：step1：以原有reads数目取log2/10/e为底的对数sample#1sample#2sample
Irish_Lee·2023-04-02 20:09

计算bam文件中比对上基因组的reads以及合并多个bam文件

参考文章：1.如何统计BAM文件中的reads数2.Samtools常用命令的总结当你有很多个bam文件时，想知道这些bam文件里有多少个比对上的reads，并且把它们输出的时候，应该怎么做？
生信start_site·2023-04-01 08:41

sam和bam格式文件的shell小练习

/index/lambda_virus-1reads_1.fq-2reads_2.fq>tmp.sam统计共多少条reads(pair-endreads这里算一条)参与了比对参考基因组cattmp.sam
晓颖_9b6f·2023-04-01 05:10

我的RNA-Seq（1）hisat和bowtie比对结果解读

17968900reads;ofthese:#reads数目17968900(100.00%)werepaired;ofthese:#能配对的reads，由于用的是trimmomatic后的pairedcleandata
NICE_AGIS·2023-03-30 19:49

比对算法总结(二)——基于BWT索引结构的比对算法-Bowite1

Bowite是一款超快速、内存占用低的短序列比对软件，适用于将短reads比对至大型参考基因组。
生信小书童·2023-03-30 12:24

【Leetcode】157. Read N Characters Given Read4

TheAPI:intread4(char*buf)reads4charactersatatimefromafile.Thereturnvalueistheactualnumberofcharactersread.Forexample
云端漫步_b5aa·2023-03-29 22:06

Fig4-a ggplot2绘制箱线图叠加散点图2020-12-14

1.数据与要求：需要的数据用Excel准备并存为CSV格式，数据如下所示：image.pngData13,000reads")+#设
RashidinAbdu·2023-03-29 18:43

低表达量的基因为什么往往差异不显著

smartapps.cn)低丰度也意味着可靠性低，所以就算是差异大，也不会有太高的置信度(1）低表达量的基因为什么往往差异不显著；在计算两个组样本间基因的表达量是否有差异的时候，对于RNA-seq实际上就是分析这个基因的reads
小黑黑黑黑·2023-03-29 09:15

RNA-seq实战分析流程

存储二代测序的原始数据]②在进行上游分析时，数据格式转换过程概述如下：sra↓FASTQ↓bam↓counts③质控处理的相关软件：•fastqc•cutadapt•TrimGalore二、比对①目的：•将打断测序的reads
ShanSly·2023-03-29 04:58

【转录组】文库数据标准化方法RPKM FPKM TPM CPM RPM（理论篇）

第一种RPKM(适合于单端测序）这个就很简单粗暴地将基因的reads数除以测序reads数（去除测序深度效应）和基因长度（去除基因长度效应）RPKM是ReadsPerKilobaseperMillionmappedreads
Geekero·2023-03-28 11:14

二代数据组装叶绿体基因组

与核基因组相比，细胞器基因组相对来说，更为保守，并且序列较短，更加易于组装，仅仅根据二代测序reads即可进行组装。下面简单介绍我在本项目中的方法，仅供参考。1数据本次我使用的二代数据为50X。
斩毛毛·2023-03-27 13:22

基因组染色质状态预测

数据预处理：对ChIP-seq数据进行质量控制和处理，如去除低质量的reads、过滤垃圾序列、去除PCR冗余等。数据映射：将ChIP-seq数据映射到基因组上，得到对应的BAM文件。ChromHMM
Apache_lin·2023-03-26 21:50

临床生信实操（centos7）1

/fastqc/home/wei/Documents/gatk/FastQC/fastqc点击File→open→Documents→align注意要点：1）数据量数据量=reads数目*reads的长度
Hocchan_7·2023-03-26 02:29

Short Read Aligners

当检查SNP或者结构差异时更适合使用alignment，而当处理RNA-seq时只需要mapping把reads放到正确
pearlp·2023-03-25 20:16

生成htseq-count的input文件

参考文章：RNA-seq(6):reads计数，合并矩阵并进行注释-；RNA-seq分析htseq-count的使用-望着小月亮-博客园htseq-count-rname-fbam/mnt/f/rna_seq
MissL_78e0·2023-03-22 05:45

samtools flagstat 统计结果的理解

samtoolsflagstat进行统计samtoolsflagstat统计bam文件比对后每一个参数的解释如下：14608455+0intotal(QC-passedreads+QC-failedreads)##reads
静小沐·2023-03-20 07:17

比对得到的SAM文件怎么看？

SAM(SequenceAlignmentMap)文件是reads比对到基因组后得到的结果文件，记录了readsmapping到基因组的各项信息。
生信小王子·2023-03-19 10:52

转录组分析 | 使用STAR进行比对

通过二代测序我们可以获得150bp左右的reads，如果想要知道reads是从哪个转录本上测出来的，就需要将reads比对到参考基因组上。
生信小王子·2023-03-17 19:45

使用长读长测序reads进行基因组组装-miniasm

软件安装minimap2安装miniasm软件组装时，需要从比对结果中获取reads之间的相对位置以及overlap情况。
xiaoji_hb·2023-03-17 16:20

宏病毒组学 | 病毒组组装软件如何选？

因此，对病毒宏基因组（virome）的研究在很大程度上依赖于短测序reads的从头组装来恢复组成和功能信息。宏基因组组装对于病毒组数据尤其具有挑战性，通常导致组装碎片化和病毒群落成员恢复不完全。今天我
易基因科技·2023-03-17 04:20

富集分析GO，KEGG，DO等

市面上公司做RNA-Seq的一般流程是：tophat2--->Cufflinks--->Cuffdiff--->Rtophat2是把reads回帖到基因组上；Cufflinks在计算基因表达量；Cuffdiff
Seurat_·2023-03-15 07:56

2019-11-08

.sra格式变为.fastqnohupfastq-dump--split-3SRR7881539.sra--gzip-Odata>log.txt&hisat2reads对比参考基因组nohuphisat2
小三的后一位小四·2023-03-13 01:35

cuteSV鉴定SV

一款用于鉴定三代长reads（HiFi,ONT,CLR）的软件。经作者检验，其准确度高于pbsv,svim,sniffles。
斩毛毛·2023-03-12 14:06

RNA-seq：DEseq2归一化

陆嘉祺2019.6.14主要能解决以下2个问题：①测序深度/文库大小导致的差异②文库补偿导致的差异DESeq2均一化步骤：step1：以原有reads数目取log2/10/e为底的对数!
Larrylu007·2023-03-12 05:59

对bam文件做downsample

微信公众号：生物信息学习如果各个样本测的数据量相差较大，想把这些样本downsample到相同的reads，可用以下方法：目标reads数为15000000，需要先计算出需要downsample的比例，
gtt儿_生物信息学习·2023-03-11 18:20

SPAdes组装细菌基因组Error: unequal amount of reads

记录一次用SPAdes组装公司返回的cleandata时的报错。报错信息如下：SPADESassemblyfailed,unequalamountofreads.==Error==systemcallfor:"['/home/huanjing/miniconda3/envs/spades/bin/spades-hammer','/home/huanjing/test/spades/test/cor
shenghuanjing·2023-03-10 07:01

Svim 基于long reads鉴定SV

SVIM可基于longreads（pacbio，ONT，HIFI）进行callSV，deletion,insertion,inversion,tandemduplications,interspersedduplicationandtranslocations.githup：https://github.com/eldariont/svim文章：SVIM:structuralvariantiden
斩毛毛·2023-03-09 23:26

VAF，MAF，肿瘤纯度，MCF，CCF的概念和计算方法 （转载）

简单来说就是在基因组某个位点支持alternate/mutantallele的reads覆盖深度占这个位点总reads覆盖深度的比例。
是Billy呐~·2023-02-23 21:55

利用Minia软件对基因组测序二代数据的初步组装

contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列，组装的第一步就是从短片段(pair-end)文库中组装出contig。
吕强强学生信·2023-02-18 19:38

测序数据的解析：Fastq与FastQC

格式二代测序平台获得的原始数据为fastq（或为压缩文件fq.gz）格式，包含双末端测序所得的正向和反向两个文件（通常用“1”和“2”来区分），如下所示：fastq格式每一个read包含四行内容，其中第一行以@开头，后面是reads
SYSU星空·2023-02-18 01:13

细菌基因组框架图

分析步骤与结果展示1、测序序列的质控和拼接2、组装结果评估：把reads比对到组装
微基生物·2023-02-07 11:52

宏基因组分析-基于binning

宏基因组的分析目前主要包括三种方法：基于组装分析、基于reads分析、基于bin分析。下面我们介绍基于bin的分析方法。二、分析流程介绍宏基因组分箱（Binning）是将
微基生物·2023-02-07 11:22

宏基因组生信分析方法介绍

目前主流的宏基因组数据分析方法包括三种：基于测序结果进行组装的分析方法；基于reads直接和已知数据库进
微基生物·2023-02-07 11:21

宏基因组分析-基于Reads比对

宏基因组的分析目前主要包括三种方法：基于组装分析、基于reads分析、基于bin分析。下面我们介绍基于Reads比对的分析方法。分析流程介绍基于Reads的宏基因组分析，使用
微基生物·2023-02-07 11:50

2020-07-24

zhiwufy@DESKTOP-TC540TA:/mnt/e/dai$hisat2-f-xmixgenome-p24-Uall.fasta-Sall-picea.sam70reads;ofthese:70
陈光辉_花生所·2023-02-05 01:54

基于short reads的结构变异鉴定工具的综合评价

本文的部分内容来源于“Comprehensiveevaluationandcharacterisationofshortreadgeneral-purposestructuralvariantcallingsoftware”这篇文章，如有兴趣，可阅读文章原文。摘要近年来，已经发布了许多使用全基因组测序数据来鉴定SV的软件包。在发布时，通常将一种新工具与已有的工具进行比较，但这种比较往往是选择性的.
Chipcui·2023-02-03 06:10

关于NGS数据处理中的PCR Duplicate

这项指标统计了reads的重复水平。其中就谈到，如果折线图重复出现峰值，就
不玩手机的蛇佬腔·2023-02-02 10:00

第二单元 动词第三人称单数

如：stop－stops[s]make－makes[s]read－reads[z]play－plays[z]以辅音字母加y结尾的，要先将y变为i，然后在加es读[iz]如：fly－flies[z]carry－carries
Nicole_Murong·2023-02-01 10:02

PSMC分析有效群体大小（Ne）

Ref_genome.fa:组装好的核基因参考序列（个体A）；A1_R1.fa.gz,A1_R2.fa.gz:二代重测序clean_reads（个体B）【注：必须两个个体A与B】3PSMC分析##1indexreferencebybwa
铃_0d92·2023-01-31 10:06

EDGE-pro: Estimated Degree of Gene Expression in Prokaryotic Genomes

现有的软件没有很好地处理比对到基因重叠部分的reads的分配问题。一项研究表明，原核生物中29%的基因与其他基因相互重叠，重叠的部分从几个碱基到上百
鹰文054·2023-01-30 09:45

2022-10-01测序数据量统计

1.需要使用的软件是readfq来计算测序结果文件中的reads数，所以需要先安装readfq软件https://github.com/billzt/readfqgitclonehttps://github.com
AsuraPrince·2023-01-29 01:23

测序有关问题

测到的reads数取决于flowcell上长了多少cluster（1个模板链扩增出一簇分子），有多少cluster，理论上就得到多少reads（SE测序一个cluster得到一条序列，PE测序就是一对序列
生信汪·2023-01-28 09:03

RSEM进行转录本定量

利用STAR完成了reads的比对，接下来使用rsem进行转录本定量。
FRMD·2023-01-28 00:28

Bulk RNA-Seq 差异表达分析流程

质控采用fastqc/fastp;比对用hisat2或者不比对，用salmon直接定量；比对后用featureCounts进行reads定量，用TPMCalculator进行TPM定量。
BeeBee生信·2023-01-27 07:03

二代群体遗传与重测序（中）

因为在基因组上会比对出跨区域的reads，所以要把这样一整条reads（中间是非基因区）当做两条来处理
曹草BioInfo·2023-01-26 10:50

raw_count、tpm、fpkm、rpkm如何选择

本文进行简单辨析：一、概念1raw_countRNA-seq数据中，raw_count一般是指mapped到基因外显子区域的reads数目。
老实人谢耳朵·2023-01-18 09:48
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