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hisat2比对软件将reads比对到参考基因组

转载：https://biozx.top/hisat2.htmlHISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占用。TopHat2已经就不再维护，作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。HISAT利用大量FM索引，以覆盖整个基因组。下面一段话是tohat2官网的说明：HISAT2isasuccessortob

我是爱哭虫小鱼·2021-08-13 11:56

数据表达定量

比对软件：hisat2比对率至少70%饱和性曲线：20Mreads数据量即可检测到80%数据量碱基数目：（150+150）X20M（reads数）表达定量：subread--featurcounts第一步比对输入

马连洼小法师·2021-08-12 10:50

转录组分析(7) - 比对

对比（Mapping）就是通过局部比对将短的reads定位到参考基因组上，以共后续分析使用。

半夜一更·2021-07-31 13:54

C++实现LeetCode(157.用Read4来读取N个字符)

Givenafileandassumethatyoucanonlyreadthefileusingagivenmethodread4,implementamethodtoreadncharacters.Methodread4:TheAPIread4reads4consecutivecharact

·2021-07-30 14:48

mRNA-seq学习（五）：基于比对的转录本组装

Cufflinks基于reads与参考基因组的比对来进行全长转录本的组装，不需要额外提供gff/gtf这种描述gene/transcript的feature文件，软件会生成gff文件。

TOP生物信息·2021-06-26 14:09

SRA 数据的下载

线断木偶人·2021-06-25 03:24

基因组-GC偏好

测序中的GC偏好指的是基因组上GC含量在50%左右的区域更容易被测到，产生的reads更多，这些区域的覆盖度更高，在高GC或者低GC区域，不容易被测到，产生较少的reads，这些区域的覆盖度更少。

Zhigang_Han·2021-06-24 07:40

改善mosdepth输出结果的python脚本

是一个用于计算测序深度的软件使用方法可参考下面这篇文章https://www.jianshu.com/p/6bd56cd8d59emosdepth在计算一个区间的测序深度时，会用这个区间所有碱基比对到的reads

邱俊辉·2021-06-24 05:33

reads计数原理及featureCounts统计counts后的cpm和tpm计算

摘录：生信技能树论坛Kaistatquest要求：实现这个功能的软件也很多，还是烦请大家先自己搜索几个教程，入门请统一用htseq-count，对每个样本都会输出一个表达量文件。需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵。参考：生信编程直播第四题：多个同样的行列式文件合并起来对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索，求平均值，方差。看看一些生物学意义特殊的基因表现如何，比如GAPDH,β-AC

vicLeo·2021-06-23 19:04

如何提高自己的说服力？这5本书能帮上你的忙

此外，凡是12Reads的书都仅能从其官网购买，地址请自行百度书名，其他书籍各平台均有售。1、《沟通与说服必读12篇》推荐语：这本《沟通与说服必读12篇》大概是很多人的说服力启

雪明明·2021-06-23 00:03

BLAST结果可视化

老板就是上帝上帝说要有光，于是就有了光导师说要有可视化结果，于是我努力把结果可视化~前情提示为了知道测序reads中污染物的来源，我们之前学习使用了blast，甚至为了追求速度，我们进一步学习使用了blat

鹿无为·2021-06-22 21:34

论文阅读：在Paxos/Raft的从节点实现线性一致性读取(slave强一致性读)，Linearizable Quorum Reads in Paxos

(本文属于原创内容，未经作者许可，不得转载)背景在2019年的USENIX顶级会议中，发布了一篇论文：LinearizableQuorumReadsinPaxos，提出一个名为PaxosQuorumRead(PQR，下文称Paxos多数派读)的协议，可以让Raft，Paxos这种分布式系统，在从节点提供线性一致性读。基于Paxos多数派读，可以让整个分布式系统增加12%的吞吐量以及减少30%的延时

招财二师兄·2021-06-19 18:21

基因组测序数据从头拼接或组装算法的原理

基因组测序数据的拼接/组装（图片来源：google）每一个物种的参考基因组序列（referencegenome）的产生都要先通过测序的方法，获得基因组的测序读段（reads），然后再进行从头拼接或组装（

flynnchan·2021-06-19 01:28

生信 | 基因组组装实战（四）：组装软件mecat2、flye、wtdbg2、Canu、Falcon

2.三代PacBio数据准备2.1数据格式Pacbio平台测序出来的reads，由接头

生信卷王·2021-06-17 10:16

讨厌又迷人的reads去重复

在NGS分析入门阶段，我们不需要考虑太多的细节，只用知道一个分析的大致流程并完整跑下来即可。太多的细节，只会让我们对于分析产生莫须有的恐惧，因此一些“无关紧要“细节就被我们刻意的忽略了……image.png但是随着我们对于测序数据的认识不断加深，我们要考虑的小细节便越来越多。其中，是否去除PCR重复就是一个很值得思考的问题。太长不看系列RNA-seq一般不去重复ChIP-seq一般去重复callS

鹿无为·2021-06-14 15:20

使用HLAscan进行HLA分型

HLAScan是由韩国的科研团队开发的一款HLA分型工具，可以处理WGS,WES和目标区域捕获测序的数据，将reads与IMGT/HLA数据库中的reads进行比对，然后确定HLA的基因型信息。

生信修炼手册·2021-06-14 11:56

根据SRR号下载sra数据

本文主要介绍下载sra的常用的方式，并且经历多重磨炼才得到自认为较为可靠的方式1.wget下载：wgetftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/

叮铛_07a6·2021-06-07 20:50

[Metagenome-2]Remove the host sequence

对于宏基因组测序,我们不可避免的会在DNA提取中引入宿主基因组序列,为了避免这些序列的干扰,在进行分析和组装之前,我们最好先去除宿主基因组,然后方便做后续的分析.去除宿主基因组序列的方法,主要通过将reads

lanzinuo·2021-06-07 17:48

RPKM、FPKM、TPM详解

简写RPKM:ReadsPerKilobaseofexonmodelperMillionmappedreads(每千个碱基的转录每百万映射读取的reads)FPKM:FragmentsPerKilobaseofexonmodelperMillionmappedfragments

NoviceWitch·2021-06-07 00:47

Read count CPM RPKM

1.Readcount(1)数值概念：比对到geneA的reads数。(2)用途：用于换算CPM、RPKM等后续其他指标；作为基因表达差异分析的输入数值。

wangchuang2017·2021-06-05 19:20

2020-11-13

#####利用转录组或重测序数据原始reads匹配到目的序列，以验证序列的准确性。

Wu_tz·2021-06-05 07:46

转录组拼接很难？一文读懂转录组拼接，实战教学

转录组是细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA，随着二代三代测序技术的发展，大量的reads被鉴定出来，目前最常用的转录组组装软件是Trinity。

lzufangyuan·2021-06-05 02:55

测序数据基本信息统计 | reads,coverage,depth

拿到数据后，先对数据进行质量评估，除了跑下Fastqc看下测序质量外，还需要统计测序reads数目、mappingratio、coverage、depth。现在一般human全外显子组要求

fatlady·2021-05-28 09:13

转录组 RNA-seq

课堂笔记RNA-Seq标准测序6G数据，6X1024X1024X1024位（个碱基）→虽然会有波动，会受一些随机误差影响，但是reads数很多，coverage很高，表达量的测量很准overview：RNA-Seq①RNA

洛洛洛洛洛啊·2021-05-26 22:47

转入组入门六(mac 版)： reads计数

作业要求实现这个功能的软件也很多，还是烦请大家先自己搜索几个教程，入门请统一用htseq-count，对每个样本都会输出一个表达量文件。需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵。参考：生信编程直播第四题：多个同样的行列式文件合并起来。对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索，求平均值，方差。看看一些生物学意义特殊的基因表现如何，比如GAPDH,β-ACTIN等等。分析前解读原文中人类293c

此号停更·2021-05-20 18:33

SortMeRNA 去除rRNA

Software/sortmerna-2.1b/index/human_rRNA.fa,/home/zhou/Software/sortmerna-2.1b/index/human_rRNA_db:--reads

547可是贼帅的547·2021-05-20 08:54

Scrapy输出CSV指定列顺序

fromscrapyimportField,ItemclassJsuserItem(Item):author=Field()url=Field()title=Field()reads=Field()comments

向右奔跑·2021-05-18 11:53

群体遗传学习笔记-测序技术学习

通过全基因组重测序，将不同梯度插入片段（Insert-Size）的测序文库结合短序列（Short-Reads）、双末端（Paired-End），可以找到大量的单核苷酸多态性位点(SNP)、拷贝数变异(CopyNumberVariation

lakeseafly·2021-05-18 09:59

bowtie2比对软件的安装及参数详解

它能够以每小时处理2500万35bpreads的速度，将短的DNA序列片段（reads）比对到人类基因组上。

husy_·2021-05-12 09:51

关于multiple mapping我想说的

很多时候，我们都要选取uniquemapped的reads，尤其是在RNA-seq和CHIP-seq的时候，但是如何保留，各种教程都不一致，我稍微总结了一下，是因为使用的比对工具不一样导致的！

生信技能树·2021-05-04 01:29

idba_ud-序列拼接组装（2018-05-24）

拼接的思路大体可以分为两种：一种叫做Overgap,一种是debrujin,前者是根据两条read序列前后部分的重叠来拼接，适用于一代测序的结果，而后者是将reads切割成更小的片段k-mers，k-mers

简单点lili·2021-05-02 03:39

biostar第八课 Blast

BlastBlast有好几个工具，blastn,blastp,blastx还有tblastn，tblastxblast是干啥的就是你有一条query的reads，他帮你在数据库里找个能配上的，是一个局部对比的工具

bingli·2021-04-28 13:57

From RNA-seq reads to differential expression results 从RNA-seq reads到差异表达结果

image.pngAliciaOshlack,MarkDRobinson,MatthewDYoung.FromRNA-seqreadstodifferentialexpressionresults.GenomeBiology2010,11:220http://genomebiology.com/2010/11/12/220这篇评论文章摘要只有一句话:有很多可用的方法和工具进行预处理高通量RNA-s

wangchuang2017·2021-04-26 05:30

karyoploteR: 画一个测序深度分布图

如果是缺失，测序时捕获的概率就小，最终比对呈现出来的就是有一段区域深度明显偏低；如果是重复，捕获概率就大，测的reads就多，比对得到的深度自然就高。临床上做CNV检测原理也和这差不多。

TOP生物信息·2021-04-25 20:13

Short reads aligners-Thelearningnotesofthebiostarhandbook(8)

map与alignment新一代测序数据的处理过程中，map/alignment总是同时出现，那么二者的区别是什么呢？大致上可以这样理解：map这个动作表示的是：把短片段对应到参考基因组的某个位置上。这个动作只回答“短片段来自长片段的什么位置？”这个问题；而align这个动作早在二代测序之前很久就有了，这个动作表示两条（或多条）序列（不管是核酸序列还是蛋白序列）的比较，回答的问题是“这两条序列之间

Hypdoctor·2021-04-23 06:47

外显子组和目标区域深度测序常见问题及解答

当测序深度为6×时，对目标区域的覆盖度可达90%，深度为20×时，reads对外显子区域的覆盖已接近饱和。

oddxix·2021-04-20 15:13

提高扩增子物种鉴定分辨率利器：Oligotyping

寡核苷酸配型技术(Oligotyping)：是一种新型监督计算方法，利用16SrRNA基因扩增子reads中非常微妙的核苷酸变异来分解微生

周运来就是我·2021-04-20 06:10

序列拼接 - Velvet

基因组测序数据的从头组装过程：测序读段（reads)>contig>scaffold>chromosome1.核心算法基因组测序数据的从头组装的的核心算法主要可以分为以下几大类：基于贪婪算法（greedy-extention

吴十三和小可爱的札记·2021-04-19 03:29

glossary_ESL

cardreader–amachinethatelectronically“reads”plasticcardsanddecideswhetherapersonshouldbeallowedtodosomethingIfyoupassyourcardthroughthecardreadertooquickly

嘀嗒嘀嗒startS·2021-04-19 02:04

高效团队建设：管理者修养的七个关键点

真正要让员工服从对领导者的综合技能要求还是比较高的，领导者要想让员工服从需要有一定的管理者能力和领导水平，这方面推荐所有管理者看看12Reads系列的书，《管理者必读12篇》、《员工管理必读12篇》以及

雪明明·2021-04-17 19:38

plotly--碱基替换率图--在线分析

.pngsample，样品名字type，碱基替换的情况，根据实际需求设置样式，X轴坐标substituterate，替换rate,需要展示的数字strand，正负链的情况，'+'/'-',及正链支持的reads

MR来了·2021-04-13 11:52

circos 学习手册（二十二）

2D数据绘制（三）4.Tiles（图块）图块用于显示诸如基因组区域（基因、外显子、重复）或覆盖元素（克隆、测序reads）等区间跨度。

名本无名·2021-04-13 05:16

差异分析+火山图+COX模型构建

edgeR需要的数据是reads数，可以设置BCV值，做单样本的差异分析。

医学小白学生信·2021-04-01 20:12

RPKM, FPKM, TPM

测序深度=reads长度×比对的reads数目/参考序列长度。假设一个基因大小为2M，测序深度为10X，那么获得的总数据量为20M。测序覆盖度（coverage）是指测序获得的序列占整个基因组的比例。

林枫bioinfo·2021-03-31 03:48

2021-03-21佛手瓜2

测序深度=数据量大小/参考基因组大小，数据量大小=reads长

八段锦1134·2021-03-22 11:48

Nginx 状态监控、缓存的两种机制(学习笔记十四)

第一种情况来个例子：$curl-Ihttp://www.12reads.cnHTTP/1.1200OKServer:JSP3/2.0.4Date:Fri,31Oct201407:28:20GMTContent-Type

SkTj·2021-03-12 00:15

DamID-seq分析（三）

想法:1，把bam的一对reads里面的chrstartend提取出来 2：因为DpnI

liu_ll·2021-03-06 17:02

DamID-seq分析笔记（一）

GATCGGAAGA拿到数据的第一眼，先看一下测序的情况，我先打开一个fq的文件先看看：catXXX_R1.fq|grepGATCGGAAGAillumia机器测序的方向是3-5，从这个情况来看，trim之后的有些reads

liu_ll·2021-03-06 17:34

DNA甲基化分析----------甲基化比对软件专题（Bismark）

---------------------------------我是分割线---------------------------------------1：首先我们来想一个问题，进过BS转换后的基因reads

liu_ll·2021-03-06 17:23

NGS reads去重知多少

比如说，对于比对后BAM文件中reads的Duplicates是否需要去重？

Peter_iris·2021-03-02 10:08

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