rna甲基化第32页

生信 | circos文件准备大全（以拟南芥为例）

实战代码，请看：【生信|Circos实战】目前已有格式总结（欢迎补充）：1.染色体文件2.统计分隔区间3.统计基因密度(序列重复密度/TE转座子密度/RNA分布密度均同理）4.统计GC含量5.统计区间内基因表达

生信卷王·2022-06-02 18:05

一篇文章详解：RNA-seq 数据分析加速

RNAseq，即通过高通量测序技术进行转录组测序分析技术，作为研究RNA的表达水平以及表达差异基因的应用，在过去的十几年内迅速发展。

Eric@Lee·2022-06-02 07:36

干货 | 如何利用RNA-seq数据分析病毒整合情况？

今天和大家分享一个关于利用RNA-seq数据分析病毒整合情况的应用。一个关于新冠病毒整合的具体应用实例如下，本文中的代码也都参考自这篇文章，大家可以结合自己具体的研究课题做一些尝试。

拾柒Zzz·2022-05-28 16:06

ensembl_id转换与gene symbol基因名去重复的两种方法

在RNA-seq或芯片数据下游分析中经常遇到需要将基因表达矩阵行名的ensembl_id(gene_id)转换为genesymbol(gene_name)的情况，而在转换时经常会出现多个ensembl_id

嘿嘿嘿嘿哈·2022-05-27 23:43

Seurat数据结构学习.1

Seurat.obj.v3.pngSeurat对象中的Assay:######################################################################在-RNA

倪桦·2022-05-23 14:47

estimate 包所有函数超详细解读及计算免疫浸润评分

estimate包可以通过RNA-seq的数据来计算标本的免疫及机制评分，进而评估肿瘤的纯度，其原理通过特征的肿瘤的RNA-seq的signture来评估以上内容，其输入文件需要的为RNA-seq的矩阵

灵活胖子的进步之路·2022-05-21 06:05

卵巢癌的整合基因组分析

癌症基因组图谱项目分析了489例高级别浆液性卵巢腺癌的mRNA表达、microRNA表达、启动子甲基化和DNA拷贝数

亦是旅人呐·2022-05-10 16:59

“复制”马斯克（三）：我们要为他的“反智事业”买单吗？

去年的12月初，马斯克接受了一家欧洲数字出版社CEO的专访，其中透露出他接下来几个重点推进的事业的方向：1、关注mRNA疫苗以及巨大医学潜力，推进RNA生物反应器工程；2、加快推进太空探索计划，将几年内将人

脑极体·2022-05-10 14:31

通过整理TCGA数据，探索TNBC癌组织和正常组织的差异基因

试验设计:通过TCGA获取乳腺癌的RNA-seq表达数据，筛选出三阴性乳腺癌的样本，通过比较癌症和正常组织的表达差异。

八月初五_e316·2022-05-10 13:51

Nature | DNA甲基化测序助力人多能干细胞向胚胎全能8细胞的人工诱导｜易基因项目文章

深圳市易基因科技有限公司运用简化基因组甲基化测序、单细胞和微量细胞基因组DNA甲基

深圳市易基因科技·2022-05-07 15:00

项目文章｜DNA(羟)甲基化研究揭示铁离子依赖表观调控促进狼疮致病性T细胞分化｜易基因

易基因（羟）甲基化DNA免疫共沉淀测序（h）MeDIP-seq研究成果见刊《JournalofClinicalInvestigation》2022年5月2日，中南大学湘雅二医院赵明教授团队、中国医学科学院皮肤病医院陆前进教授团队合作在

深圳市易基因科技·2022-05-07 15:00

mRNA疫苗和灭活疫苗区别

疫苗是将细菌、病毒等病原微生物及其代谢产物的DNA经转基因方式转录为mRNA，在体外进行相关修饰；灭活疫苗是使用经人工化学或物理等方法灭活病原微生物制成的疫苗，又称死疫苗；2、作用原理：mRNA疫苗将病原微生物RNA

Seurat_Satija·2022-05-03 17:22

无生物学重复RNA-seq原始数据预处理

1：fastq检测测序质量，命令行如下使用tmux将命令挂后台运行，不用担心因为网络问题掉线导致运行终止tmuxnew-sfastqcfastqc-q-t3-o/home/wanghongli/teacherW/BMK_DATA_20220325154115_1/Data/1/*.fq.gz-q：表示quiet，安静运行，最后生成报告-t：表示线程，可以提高计算速度-o：表示输出结果目录运行结束会

Apache_lin·2022-05-03 10:33

基于Seurat UAMP和celltype的RNA Velocity速率分析的全套流程

参考资料：参考生物技能树Velocyto官网Tutorialscvelo实战教程Seurat-to-RNA-Velocity分析步骤：本教程是velocyto基于Seurat对象中UMAP和细胞类型进行

Yu_Lin·2022-05-03 10:25

有重复样本RNA-seq count数据分析

写在前面：分析之前需要两个文件文件1：countMatrix.txt数据，其中存储着实验组与对照组的基因表达的count值（行是基因，列是样本名）同时注意如果数据里面有缺失值需要进行补缺失值https://www.jianshu.com/p/ed14687738f6。示例数据如下：image.png文件2：samplelInfo.txt数据，其中存储着对样本的介绍。如下：image.png【注意】

Apache_lin·2022-05-01 16:35

BioVendor 细胞/外泌体 miRNA 分离试剂盒

BioVendor艾美捷细胞/外泌体miRNA分离试剂盒能够从多达1x100000000个细胞和外泌体中纯化19-24个核苷酸的miRNA、小RNA和少于1000个核苷酸的RNA。

Sylvia_sc·2022-04-26 09:59

Shiny做网站

把自己的数据做成网页版，既提升文章的可读性又方便交流下面这几个例子都挺好，尤其第一个R:Shiny|搭建单细胞数据分析云平台一个在线火山图的Shiny应用(转帖）Shiny和Plotly实现可交互DNA甲基化分析包

落寞的橙子·2022-04-23 10:01

新冠病毒简缩版。

新冠病毒是一种RNA（核糖核酸）病毒，本身的特点就是高变异性。

徐叔·2022-04-20 14:34

放弃Venn-Upset-花瓣图，拥抱二分网络

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2022-04-17 07:48

放弃Venn-Upset-花瓣图，在线拥抱二分网络

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2022-04-17 07:48

scVelo 的使用: 从bam和Seurat获取输入数据到画图

velocytorun输出的loom文件，记录spliced/unspliced的RNA；(1)Seurat分析假设你已经做好Seurat降维、分群、注释了。velocyto需要输入细胞的id。

RedStones·2022-04-15 14:49

HRD检测方法

HRD检测方法HRD主要病因有3种：①突变(包括胚系BRCA基因、胚系HR基因和体细胞HR基因)，②结构重排(LOH，杂合性丢失;TAI，端粒等位基因失平衡；LST，大片段迁移)，③表观遗传修饰(启动子甲基化

正在输入中…………·2022-04-15 07:04

Molecular Cell | 增强子RNA通过影响染色质环结构来调控脑胶质瘤的发生

恶性脑胶质瘤是成年和儿童群体脑部的主要肿瘤之一，患有胶质母细胞瘤（glioblastoma，GBM）（恶性脑胶质瘤的主要类型）的病人的生存周期一般不会超过15个月。胶质母细胞瘤是一种肿瘤细胞组成高度异质性的疾病，其基因组上往往具有多种突变，而且细胞信号传导功能会发生明显的异常。先前对胶质母细胞瘤研究报道了一个独特的调控分子：microRNA-10b（miR-10b）。miR-10b在正常的脑部细胞

Biogive·2022-04-14 10:21

一篇所有研究生都该读的好文：阳光温热科研静好

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2022-04-09 07:41

RNA-seq工作流程：基因水平的探索性分析和差异表达

RNA-seq工作流程：基因水平的探索性分析和差异表达迈克尔·爱1，西蒙·安德斯3，弗拉迪斯拉夫·金4和沃尔夫冈·胡贝尔41美国北卡罗莱纳州教堂山UNC-ChapelHill生物统计学系2美国北卡罗莱纳州教堂山

wangchuang2017·2022-04-07 07:38

宏RNA测序去除宿主核糖体rRNA（一）-分析端去除

前面一篇文章讲了宏RNA测序时去除RNA的原因以及实验端去除让RNA的主流方法。这一章主要讲讲分析段如何去除rRNA。实验时选择去除rRNA处理后，会大大降低rRNA的比例。

韩小早儿·2022-03-31 14:38

过表达载体合成步骤

一：目的基因获取在进行PCR之前，需要①先针对自己的基因设计对应的引物；②提取与所需表达的基因同源的细胞或组织中的RNA，并经过RT程序将其转化为cDNA；③PCR扩增出所需要的基因片段。

种葫芦娃的小爷·2022-03-29 15:21

LncRNA的shRNA慢病毒载体引物设计

shRNA：小发卡或短发卡RNA(asmallhairpinRNAorshorthairpinRNA，shRNA)是一段具有紧密发卡环(tighthairpinturn)的RNA序列，常被用于RNA干扰沉默靶基因的表达

种葫芦娃的小爷·2022-03-29 15:06

InferCNV：从肿瘤单细胞RNA-Seq数据中推断拷贝数变化

github网址：https://github.com/broadinstitute/infercnvwiki说明文档：https://github.com/broadinstitute/inferCNV/wiki一、InferCNV简介拷贝数变异(Copynumbervariation,CNV)：由基因组发生重排而导致的，一般指长度1KB以上的基因组大片段的拷贝数增加或者减少,主要表现为亚显微水

whitebird·2022-03-27 22:00

单细胞数据标准化SCTransform

单细胞RNA-seq数据的生物学异质性

11的雾·2022-03-21 09:36

monocle3包的安装

monocle包：单细胞RNA序列的聚类、差异表达和轨迹分析。#if(!

qq_27390023·2022-03-20 06:05

PACBIO：经历9件大事，终获一致认可？

为了推动分子生物学的发展，PacBio的创始人发明了一种新方法来研究DNA和RNA。利用生物化学、光学、纳米制造等方面的先进技术，PacBio开发了单分子实时（SMRT）测

wangchuang2017·2022-03-18 07:34

2021-10-26 RNA-seq分析个人记录帖

xiaoguolaile·2022-03-15 09:27

使用mixcr构建免疫组库及下游分析

mixcr允许多种数据输入，特异性免疫组库测序或RNA-seq测序都可以作为输入。mixcr工作流程实例展示下载8个新冠样本8个健康样本RNA-seq的单端测序

不会生信·2022-03-14 09:59

深度学习的1000+篇文章总结

query深度学习之-卷积神经网络(CNN)概述http://www.ai2news.com/blog/53008/转录剪切的深度学习扩增RNA-序列分析http://www.ai2

AI牛丝·2022-03-10 07:48

RNA速率：细胞内部的指南针

博文名称：RNAVelocity:TheCell’sInternalCompass博文链接：https://towardsdatascience.com/rna-velocity-the-cells-internal-compass-cf8d75bb2f89

whitebird·2022-03-07 16:35

2022-03-06 空间组学揭示肝脏巨噬细胞微环境的进化保守性与差异

Highlights健康和肥胖小鼠和人肝脏的空间组学单细胞图谱经流式细胞术和荧光显微镜验证LAM在正常和脂肪肝中的位置不同进化保守的BMP9/10-ALK1轴对KC的发生至关重要InBrief通过将单细胞和核测序与RNA

corrt·2022-03-06 20:48

10X单细胞空间（RNA、ATAC、Spatial）联合分析剖析类风湿关节炎中炎症相关滑膜成纤维细胞的异质性及其驱动因素

又是周五，一周又将过去，时间总是匆匆，半刻不会停留，很想挽留，但是却没有方法，很多时候不希望时间就这么悄悄溜走，只好在时间的道路留下一些标记，回头看时，知道自己曾经来过今天又是单细胞空间占据身心的一天，分享的文献在HeterogeneityofInflammation-associatedSynovialFibroblastsinRheumatoidArthritisandItsDrivers，单

单细胞空间交响乐·2022-03-04 11:48

RNA-seq转录组差异分析及可视化

关于RNAseqNature重磅综述|关于RNA-seq，你想知道的都在这准备工作先在服务器安装conda。安装好通过conda进一步安装所需要的软件。

不会生信·2022-03-02 17:23

Nature Nanotech | 靶向脂质纳米颗粒的普适性指导原则

由于制备过程简易和可以重复给药的特点，非病毒纳米颗粒展现出了非常好的应用前景【1】，其中脂质纳米粒（LipidNanoparticles，LNPs）在RNA治疗中成绩最为突出，2018年8月，FDA批准的第一款

Seurat_Satija·2022-02-28 14:25

2018-03-27

linux中的shell,vim/vi提RNA反转录，播种拟南芥，摇农杆菌

纤蹄马·2022-02-22 05:22

盘点宏转录组分析方法

导读1.宏转录组概念：宏转录组测序是对某一特定时期、特定环境样品中的全部微生物的RNA进行高通量测序，直接获得该环境中所有微生物转录组信息的一种测序技术的新应用。

小白菜学生信·2022-02-22 03:52

RNA-seq用hisat2、stringtie、DESeq2分析

infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zipunziphisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zipecho'exportPATH=~/RNA-Seqruanjian

呆_6547·2022-02-22 03:14

Day36-Rosalind练习题学习（2）

又来做Rosalind题目啦~2.CountingDNANucleotides 这题也比较简单，就是给出一段DNA序列，将它翻译成RNA，本质上也就是将T碱基替换成U碱基。

腐草为嘤·2022-02-22 01:48

新鲜出炉：RNA-seq数据分析指南

RNA深度测序(RNA-Seq)就是其中之一，这项技术使我们对细胞发育及其调控机制的理解，达到了前所未有的深度和广度。

leoatchina·2022-02-20 21:58

扩增子培训小结

扩增子的定义：扩增子（amplicon）为DNA或RNA扩增的一段核苷酸序列。扩增子分析扩增子分析，指的是对生物高度保守的DNA序列进行分析，鉴定生物的种类与含量的方法，是宏基因组学的研究方法之一。

见龙在田007er2770·2022-02-20 11:33

Nature｜SARS-CoV-2的病毒拯救

大型的RNA病毒基因组，如冠状病毒基因组，由于基因组较大且不稳定，很难在大肠杆菌宿主中克隆和操作。

RealXuanyi·2022-02-20 10:41

BIOGHSC一步法超级多重Taqman探针荧光定量 PCR试剂盒

产品简介BIOGHSC一步法超级多重Taqman探针荧光定量PCR试剂盒（BIOGHSCSuperMultiProbeOneStepKit）专为以RNA为模板的定量PCR检测而设计，适合荧光探针法定量PCR

小姐姐爱跳舞·2022-02-20 09:16

分析时间序列的RNA-seq tool

简介maSigPro，这是一款可以综合分析时间序列RNA-seq的工具。

小潤澤·2022-02-19 12:25

R语言-制作motif的PWM

目录一、PWM与PFM的介绍二、根据碱基序列手工制作PFM与PPM1.主要实现函数2.实现效果2.1制作DNA的motiflogo2.2制作RNA的motiflogo三、PFM-\>PPM-\>PWM四

水木的编程那些事儿·2022-02-19 07:48

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