rna甲基化

真核有参转录组测序标准分析

RNA-seq简介转录组测序数据产生(简述)将表型特异的组织提取RNA，然后送到测序公司，经过质检合格后，公司为RNA加接头，PCR富集，开始在仪器中测序。数据下机，发到
生信分析实验室·2021-09-14 11:27

转座子(TE)来源的植物lncRNA

lncRNA70%的人类基因组能够被转录，而其中仅有1%～2%的转录本能够编码蛋白，余下98%均为非编码RNA(non-codingRNA，ncRNA)。
ytbao·2021-09-13 16:51

2021-09-10 单细胞Ribo-seq

而Ribo-seq则可以实现从RNA的角度研究蛋白质翻译效率以及表达水平。常规的Ribo-seq一般需要大量的细胞进行
NAome·2021-09-10 21:49

比对及变异检测工具的选择，基因组变异

1.序列比对2.DNA-seq&RNA-seq3.几款比对工具的比较4.基因组变异5.变异检测工具的选择6.参考序列比对目前的生物信息分析流程离不开序列比对，基于比对结果才能进行后续相关分析（组装、变异检测等
ytbao·2021-09-06 20:59

博古林|病毒的生命形式出发对人类社会做出新的思考？

我们可以从目前人类普及的知识中等到关于生物病毒的基本定义，它是一种个体微小，结构简单，只含一种核酸（DNA或RNA），必须在活细胞内寄生并以复制方式增殖的非细胞型生物。
博古林V雙木居士·2021-09-03 12:20

疫情.怡情(之五百四十七)

近日，意大利药品管理局在其官网上发布了最新疫苗接种变动：60岁及以上人群如果在接种了第一剂阿斯利康疫苗后出现类似凝血的严重不良反应的话，第二剂疫苗可以接种RNA信使蛋白类疫苗（辉瑞/莫德纳疫苗）。
飞扬的雪ing·2021-08-30 23:59

RNA-seq练习 第三部分（DEseq2筛选差异表达基因,可视化）

DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart)DESeq2对于输入数据的要求1.DEseq2要求输入数据是由整数组成的矩阵。2.DESeq2要求矩阵是没有标准化的。DESeq2包分析差异表达基因简单来说只有三步：构建dds矩阵，标准化，以及进行差异分析。（1）构建dds矩阵构建dds矩阵需要：a)表达矩阵：即上述代码中的count，就是通过readcount计算后并融合生成的矩阵，行为各个基
生信start_site·2021-08-30 20:50

易基因 | ACE-Seq：羟甲基化检测简介

DNA序列中胞嘧啶（C）5’碳位结合一个甲基基团而转变成5mC的现象称为DNA基甲基化。在5mC去甲基化的过程中，其会被氧化成5hmC，这种新的修饰称为DNA羟甲基化。
E_GENE·2021-08-29 09:42

TCGA数据的一致性聚类实战和可视化

那RNA-seq数据呢，是应该用log2后的FPK
小洁忘了怎么分身·2021-08-28 14:35

易基因 | 微量样本RNA甲基化m6A技术比较 — 技术解读

RNA免疫沉淀后通过高通量测序（MeRIP-seq），是转录组范围内检测m6A修饰位置最为有力的技术方法。常规免疫沉淀富集需要上百微克的总RNA，这限制了其在许多领域的应用。
E_GENE·2021-08-17 16:58

基础知识——基因结构

基因（遗传因子）是产生一条多肽链或功能RNA所需的全部核苷酸序列。带有遗传信息的DNA片段称为基因。
生信小工厂·2021-08-13 08:19

【R语言】热图绘制-heatmap函数+默认配色方案

前面给大家介绍过1.超详细的热图绘制教程(5000余字)，真正的保姆级教程2.R语言绘制基因表达热图（简易版）3.一个R函数搞定风险评估散点图，热图4.R绘制甲基化和表达谱联合分析热图有小伙伴留言问，绘制热图的数据从哪里来
生信交流平台·2021-08-08 11:50

测序原理

主要参考：生信曲线、基因学苑1.第一代测序（Sanger测序）关键词：双脱氧测序、末端终止测序1.1正常DNA的合成过程在模板链和引物存在的条件下，核糖体RNA分别将四种脱氧核糖酸(dNTP)运输至引物末端
lkj666·2021-08-07 16:46

转录组分析(8) - 可变剪接

可变剪接受到具有特殊结构域的顺式调控元件（RNAmotif）和识别这些motif的RNA结合蛋白（RNAb
半夜一更·2021-07-31 13:57

【单细胞转录组】SPRING算法环境部署与使用

SPRING是为单细胞RNA-Seq数据开发的，但可以更广泛地应用。最小输入是高维数据点（细胞）矩阵和维名称（基因）列表高维数据的低维可视化通常是不完美的。SPRING不是
Geekero·2021-07-30 17:49

R语言计算两组数据变量之间相关系数和P值的简单小例子

最近在看植物长链非编码RNA的内容，数据分析里有个一内容是预测lncRNA的反式作用元件，通常的做法是利用表达量数据计算皮尔逊相关系数，然后设置一定的阈值进行筛选比如HorticultureResearch
小明的数据分析笔记本·2021-07-29 21:49

文献笔记八十八：psMimic预测plant small RNA target mimicry prediction

plantsmallRNAtargetmimicryprediction这里mimicry怎么翻译暂时还不知道工具的在线链接http://omicslab.genetics.ac.cn/psMimic/这个页面比较特殊，它是左右滑动的，我打开界面的时候我以为只能用在线版呢，原来向右划可以获得本地软件的下载链接这个工具的参考文献是https://academic.oup.com/plphys/art
小明的数据分析笔记本·2021-07-28 20:54

丝状真菌基因组DNA提取 ---- HP Fungal DNA Kit

根据核苷酸的不同核酸分为脱氧核糖核酸（DNA）和核糖核酸（RNA）。核酸提取过程中经常涉及到的操作是基因组DNA和总RNA的提取。DNA易溶于水，不溶于苯酚、乙醇、异丙醇、氯仿等有机溶剂。
Han_zh·2021-07-27 10:13

20个转录组基本知识点

转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，主要包括mRNA和
上官万尘·2021-07-12 09:46

本周最新文献速递20210711

BANPopenschromatinandactivatesCpG-island-regulatedgenes不想看英文题目：BANP打开染色质并激活CpG岛调控基因杂志和影响因子：Nature(IF:42.778;Q1)研究意义：RNA
橙子牛奶糖·2021-07-11 19:03

RNAvelocity系列教程1：RNA速率简介及scVelo安装

(Nature,2018)引入了RNA速率的概念，利用新转录的未剪接的前体mRNA和成熟的剪接mRNA可以在常见的单细胞RNA-seq流程中区分的事实，可以恢复定向动态信息，前者可通过内含子的存在检测。
Seurat_Satija·2021-07-08 09:48

RNAvelocity系列教程2：使用 Seurat 和 scVelo 估计 RNA 速率

此教程展示了使用scVelo分析存储在Seurat对象中的RNA速率值。
Seurat_Satija·2021-07-08 09:37

2021-07-03 RNA m6A修饰位点鉴定新策略-1

  今天介绍两种不依赖m6A抗体的RNAm6A修饰位点鉴定新策略：m6A-label-seq与m6A-SEAL-seq。  m6A-label-seq[1]通过细胞自身代谢对全转录组RNAm6A位点进行标记，转化为N6-烯丙基腺嘌呤（a6A），a6A进一步通过化学处理转化为1,6位环化腺嘌呤(cyc-A)，依靠cyc-A在逆转录过程中引入的碱基突变，进而实现不依赖抗体的m6A单碱基分辨率检测。m6
NAome·2021-07-04 22:32

如何只下载TCGA肿瘤或正常标本的count

xena，但是我们知道TCGA的肿瘤样本中包括了肿瘤了正常样本，而且有些样本还是重复的，所以需要去重，还需要把肿瘤和正常过滤，现在推荐一下我自己摸索的一个办法使用的是GDCRNATools，这个包可以下载RNA
欧阳松·2021-07-02 00:26

RNA-Seq数据分析：cutadapt+hisat2+samtools+stringtie+deseq2

参考教程：GriffithLabtutorialrawdata/PFdata/Q30data/cleandata的不同数据：线虫转录组测序PFdata（双端测序）;流程：cutadapt去接头;hisat2建立索引（indexing）;hisat2+samtools序列比对（alignment）;通过index进行比对可加快比对速度。FastQC对当前测序数据的质量进行评估;Stringtie对数
zyp1997·2021-07-01 09:23

tRNAscan-SE安装使用教程

TIPs:最近帮一个老师用SPORTS软件分析miRNA（也可以分析其他小RNA）序列的结构特征，可能会用到以下数据库，Fewmaindatabasesource:mirbasedatabaserRNAdatabaseGtRNAdbdatabasemitotRNAdbdatabasepiRBasedatabasepiRNABankensemblncRNAdatabaserfamdatabase
MYS_bio_man·2021-06-30 20:51

2021-03-11 测序线性化深度图

有关步骤可以参考之前的2020-04-23绘制Circos图之二测序深度https://www.jianshu.com/p/ce76f043b45f首先需要生成一个bed文件的滑窗RNA转录组测序完成后
zebra_mito·2021-06-30 10:38

癌症治疗用药

细胞生成新细胞的过程，细胞要增生的时候，遗传信息要复制生成新的DNA（核糖核酸），DNA要转录要生成RNA（脱氧核糖核酸），RNA进行翻译生成蛋白质，这个时候就生成了一个新细胞。
知光岛·2021-06-27 15:04

HLAminer1.4 (HPRA, HPTASR) 在HLA分型中的使用方法

bwaindex-aisHLA-I_II_CDS.fasta1.ReadAlignment(HPRA，fasterbutlessaccurate)查看HPRArnaseq_classI-II.sh，bwa方法比较繁琐:rd1=/liu/sample_rna_suc
gong0037·2021-06-27 12:41

RNA-seq(8): 探索分析结果:Data visulization

写在前面：这部分主要做一些数据可视化，富集分析暂时放下一部分，如果想跳过这里，请直接移步RNA-seq(9):富集分析------------------------------------------
Y大宽·2021-06-27 07:32

甲基化DNA免疫沉淀&PCR & NGS 分析试剂盒

DNA甲基化的研究不仅仅局限于定量的检测。那么还有哪些研究方向呢？
熙氧夕夏·2021-06-27 07:33

生命是数字的

基因(遗传因子)是产生一条多肽链或功能RNA所需的全部核苷酸
M_Sunshine·2021-06-26 23:05

【自驱型成长】第四章 非焦虑临在：如何帮助你的孩子找到控制感

按照书里的说法，对孩子大脑最具有决定性的影响，依次是三个阶段：临分娩前：母亲的压力，通过一种称为“甲基化”的过程，影响着胎儿。出生后2年
若离_bdf3·2021-06-26 21:35

安思利普引进欧美“黑科技”，能够高效治疗抑郁症

在113,006个人的样本中，研究人员发现了7个失眠基因，这些基因在转录（读取DNA以制作RNA复本的过程）和胞吐作用（细胞释放分子以与其环境交流）的调控中起作用。这次发现的基因之一MEI
焦点头条菌·2021-06-26 17:51

背景：全基因组分析造血细胞中的DNA甲基化：WGBS的DNA甲基化分析

全基因组分析造血细胞中的DNA甲基化：WGBS的DNA甲基化分析FirstOnline:23July2017译者注意：文章感觉什么都没说，也就是讲一下背景，测序中的步骤，可以了解一下，中间经过了什么处理
Amy_Cui·2021-06-26 06:59

2018-12-17

miRNA靶基因预测常用数据库96Newyee关注2018.07.2523:52字数1107阅读988评论0喜欢2miRNA自从被发现以来，一直备受关注，俨然已成为非编码RNA家庭中永不凋零的“玫瑰”。
汪汪2017·2021-06-25 13:43

病毒的蝴蝶效应

这个病毒其实肉眼看不见，连个细胞核都没有，连个细胞都不算，只是一条美丽的RNA长链。但是你看它的照片，真是艳丽无比的新冠君。自然界凡是艳丽的东西，经常是有毒的，最有名的例子是毒蘑菇。越是漂亮的越毒。
何为贵·2021-06-25 06:03

7

最初的复制器-RNA的结构和形成技巧，哪怕是最牛的科学家目前也只能望尘莫
虾米na·2021-06-25 03:37

Seurat的单细胞免疫组库分析来了！

使用Seurat进行单细胞VDJ免疫分析NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2021-06-24 18:47

BIOG拭子RNA提取试剂盒

产品简介BIOG拭子RNA提取试剂盒（BIOGRNASwabKit）是常州百代生物科技股份有限公司研制的专门用于提取口咽拭子、鼻咽拭子、泌尿生殖道拭子、痰液等样本RNA的试剂盒。
小姐姐爱跳舞·2021-06-24 07:37

从spike-in矫正到DESeq2的原理

写在前面的废话最近在处理一批RNA-seq的数据，里面混入了spike-in。利用spike-in矫正之后，样本A的基因表达量普遍比样本B的基因表达量高3-5倍，这和我所熟知的背景知识是一致的。
鹿无为·2021-06-24 04:49

RNA-seq分析：从fastq到差异表达基因

RNA-seq的数据分析是比较简单基础的分析，大概流程就是处理下机的fastq数据（trimmomatic），比对到人类基因组（hisat2）然后统计每个基因上出现的counts数（featureCounts
高邮在逃咸鸭蛋·2021-06-24 02:13

史无前例，教育部认错！全国Ⅰ卷10个省深夜发文统一口径，选A或B均得6分！

生物课本重点内容，多次强调酶活细胞产生的，具有催化作用的有机物，大部分酶是蛋白质，少数酶是RNA。所以对于成绩好的同学会在AB中纠结，很容易误填B。后来查看化学课本，原来是化学课本中没有修改。
语文亦国学·2021-06-24 01:08

《缉魂》影评

去中某大型公司研发了RNA技术，可用人脑包括记忆的交换，研发的本意是帮助癌症患者延长生命，但却被用于夺取他人身体、形成新的自我的工具。下面是剧中的犯罪嫌疑人物关系图。
任飞扬·2021-06-24 01:34

灰盖鬼伞早期子实体发育过程中发现microRNA-like的RNA

主要是为了揭示由非编码RNA介导的遗传信息传递方式和调控网络，从不同于蛋白质编码基因的角度注释和阐明基因组的结构与功能，以期深入阐明生命活动的本质和规律。
最入蘑道·2021-06-24 00:06

MEME:motif分析的综合性工具

http://meme-suite.org/index.html根据分析目的和功能，将相关工具划分成了以下4大类别1.MotifDiscovery这部分工具用于预测输入序列上的motif信息，支持DNA，RNA
生信修炼手册·2021-06-23 20:18

R包ggseqlogo |绘制序列分析图

简介在生物信息分析中，经常会做序列分析图（sequencelogo），这里的序列指的是核苷酸(DNA/RNA链中)或氨基酸(在蛋白质序列中)。
生信宝典·2021-06-22 03:57

链特异性测序的理解 小RNA链特异性

1、链特异性测序的目的现在二代测序主要有PE和SE两种策略，PE主要用于RNA-seq，SE主要用于小RNA测序（短片段文库测序）。
今天没回家·2021-06-21 20:52

羊胚胎素护肤讲堂第二讲羊胚胎素和羊胎素的区别

羊胚胎素的来源羊胚胎是母羊卵子受精后进入子宫进一步发育形成的早期未成型的胎儿，胚胎细胞是生命的原始细胞，有极旺盛的生命力和分裂能力，含有丰富的高分子蛋白质，多种免疫球蛋白，多种氨基酸，细胞生长因子，生长荷尔蒙，DNA，RNA
纤柏羊胚胎素护肤·2021-06-21 16:58

盲人摸象--single cell sequencing的Seurat学习--详细版

首先本人对单细胞测序数据的处理一无所知，但看过一些单细胞测序的文章，有一些R语言基础和跑过一些RNA-seq上游分析的经验，流程是跑过但debug是全不会。
冻春卷·2021-06-21 07:55
上一页 31 32 33 34 35 36 37 38 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他