rna甲基化

rna聚类分析_单细胞聚类分析之resolution选择

年末促销倒计时：50天百迈客推出年末活动促销，发文有礼、推广有礼以及多种产品钜惠来袭，百迈客为您倾情打造科研福利，您还在等什么？快快行动起来领取您的超级奖励吧！(详情请见“决战2020！品类全，力度大，仅此一次！”)单细胞亚群鉴定过程中resolution参数至关重要。resolution参数不同，细胞聚类得到的亚群数目也会有所不同。那么，不同参数下细胞cluster之间的转换关系是怎样的呢？我们
Lucky 龙·2022-11-21 15:26

利用m7Ghub数据库查询并使用iRNA-m7G软件预测RNA m7G修饰位点

什么是RNAm7G甲基化？m7GRNA甲基化是在甲基转移酶的作用下，在鸟嘌呤（G）第七位N上加上甲基的一种化学修饰。
余丁，微生信·2022-11-21 14:43

R语言小技巧

当一个探针对应多个基因名时，取第一个rownames(RNA)<-gsub("(.*?)
多啦A梦詹·2022-11-21 11:40

单细胞转录组数据分析专题

singlecellRNAsequencing,简称scRNA_seq,指的是针对单个细胞的RNA进行分析。
生信修炼手册·2022-11-20 22:51

RNA-seq 保姆教程：差异表达分析（二）

介绍RNA-seq目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq不仅能够分析样本之间基因表达的差异，还可以发现新的亚型并分析SNP变异。
冷冻工厂·2022-11-20 21:19

RNA-seq 保姆教程：差异表达分析（一）

介绍RNA-seq目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq不仅能够分析样本之间基因表达的差异，还可以发现新的亚型并分析SNP变异。
冷冻工厂·2022-11-20 21:48

SCTransform：单细胞样本的标准化

(“H:/singlecell/Seurat/stxBrain.SeuratData_0.1.1.tar.gz”,repos=NULL,type=“source”)brain200&nFeature_RNA
YoungLeelight·2022-11-20 21:17

Nature重磅综述;关于机器学习应用单细胞组学+RNA-seq,你想知道的都在这

单细胞多组学技术”和“空间转录组技术”先后在2019年和2020年被NatureMethods评为年度技术方法。时间和空间维度多维研究技术结合，将以全新研究思路出发，既能够获得单个细胞间异质性，又能获得细胞在组织空间上的结构位置信息，发现更多未知且精细化结果。总而言之，单细胞测序+空间转录组测序：优势互补，同时获得细胞类型群体，以及基因表达和细胞的空间位置信息。空间转录组能够定位和区分功能基因在特
生信宝典·2022-11-20 21:42

哈佛大学单细胞课程|笔记汇总 （六）

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-11-20 21:11

单细胞计数矩阵是如何生成的？（二）

1.文库制备根据所使用的文库制备方法，RNA序列（也称为读数或标签）将来自转录本（10XGenomics、CEL-seq2、Drop-seq）的3'末端（或5'末端）,inDrops)或来自全长转录本(
冷冻工厂·2022-11-20 09:22

【一文读懂生物学重复与技术重复】

在RNA-Seq等测序设计中，生物学重复和技术重复，是非常需要注意的问题。那么问题就来了，生物学重复和技术重复，到底是什么？它们是如何影响我们的实验设计的。
陈有朴·2022-11-20 03:12

易基因技术推介｜m1A RNA甲基化测序（MeRIP-seq/m1A-seq）

N1-甲基腺苷（N1-methyladenosine，m1A）是一种普遍存在于真核生物tRNA、rRNA和mRNA且可逆的转录后RNA修饰。
易基因科技·2022-11-19 11:57

易基因｜性别分化：DNA甲基化表观遗传调控性别表型可塑性，诱导斑马鱼性别比例失调

易基因｜性别分化：DNA甲基化表观遗传调控性别表型可塑性，诱导斑马鱼性别比例失调大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。
易基因科技·2022-11-19 11:56

易基因｜病毒抗性：全基因组DNA甲基化揭示草鱼年龄相关病毒易感性的表观遗传机制

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2022年06月02日，淡水生态与生物技术国家重点实验室（中国科学院水生生物研究所）何利波副研究员为第一作者和通讯作者，汪亚平研究员为共同通讯作者在《ImmunAgeing》杂志发表了题为“Genome-wideDNAmethylationrevealspotentialepigeneticmechanismofage-dependen
易基因科技·2022-11-19 11:56

易基因｜疾病研究：DNA甲基化与转录组分析联合揭示吸烟免疫相关疾病的表观遗传机制

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2021年12月09日，《ClinEpigenetics》杂志发表了题为“Genome-widemethylationandexpressionanalysesrevealtheepigeneticlandscapeofimmune-relateddiseasesfortobaccosmoking”的研究论文，该研究通过转录组测序（RN
易基因科技·2022-11-19 11:56

易基因｜动物发育：DNA甲基化组与转录组综合分析绒山羊胚胎期毛囊发育的调控机制

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。西北农林科技大学动物科技学院博士研究生王善禾和李芳为共同第一作者、王昕教授和榆林学院屈雷教授为共同通讯作者以“IntegrativeAnalysisofMethylomeandTranscriptomeRevealstheRegulatoryMechanismsofHairFollic”为题在《Cells》杂志上发表研究论文，通过全基因
易基因科技·2022-11-19 11:25

易基因｜DNA甲基化和单细胞RNA-seq联合揭示空气污染对复发性流产的表观遗传影响

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2022年08月23日，《ClinEpigenetics》杂志发表了题为“Integratedsingle-cellRNA-seqandDNAmethylationrevealtheeffectsofairpollutioninpatientswithrecurrentspontaneousabortion”的研究文章，该研究通过常规R
易基因科技·2022-11-19 11:25

易基因｜综合DNA甲基化测序揭示前列腺癌死亡率的预后表观遗传生物标志物 | 文献速递

Comprehensivemethylomesequencingrevealsprognosticepigeneticbiomarkersforprostatecancermortality”的研究文章，通过全基因组DNA甲基化测序技术
易基因科技·2022-11-19 11:55

易基因综述：表观遗传学和表观育种在作物品种改良的重要作用（水稻+玉米+番茄+大豆+油菜）

2022年8月15日，《FrontPlantSci》杂志发表了题为“Epigeneticsanditsroleineffectingagronomicaltraits”的综述文章，讨论了DNA甲基化、组蛋白修饰
易基因科技·2022-11-19 11:54

易基因｜典型案例：MeRIP-seq综合分析肺腺癌中的转录组m6A甲基化组

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2022年8月11日，南方科技大学王玉琨教授团队以“ComprehensiveAnalysisoftheTranscriptome-widem6AMethylomeinLungAdenocarcinomabyMeRIPSequencing”为题在《FrontiersinOncology》杂志上发表研究论文，通过MeRIP-seq和对应的
易基因科技·2022-11-19 11:54

易基因｜DNA甲基化和转录组联合揭示代际遗传对高龄产妇的影响 | 表观遗传研究

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2022年09月14日，北京大学第三医院妇产科生殖医学中心乔杰院士团队在《ClinTranslMed》杂志发表了题为“ThecombinationofDNAmethylomeandtranscriptomerevealedtheintergenerationalinheritanceontheinfluenceofadvancedmat
易基因科技·2022-11-19 11:24

易基因项目文章｜WGBS+RNA-seq揭示PM2.5引起男性生殖障碍的DNA甲基化调控机制

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2022年09月24日，陆军医科大学（第三军医大学）预防医学院毒理学研究所张中豪博士等为第一作者，曹佳教授、刘晋祎教授为通讯作者以"Genome-widealternationandeffectofDNAmethylationintheimpairmentsofsteroidogenesisandspermatogenesisafter
易基因科技·2022-11-19 11:24

易基因｜深度综述：表观遗传机制在慢性疼痛中的作用(DNA甲基化+组蛋白修饰+非编码RNA)

2022年8月22日，德国海德堡大学DanielaMauceri在《Cells》杂志发表了“RoleofEpigeneticMechanismsinChronicPain”的综述文章，讨论了DNA甲基化
易基因科技·2022-11-19 11:23

易基因｜ctDNA甲基化测序分析（ctDNA-WGBS）用于癌症检测和分子分型 | 精准医学

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。多项研究已证明，循环肿瘤DNA（circulatingtumorDNA，ctDNA）是癌症诊断和预后的潜在标志物。2022年08月23日，中国医学科学院北京协和医学院国家肿瘤中心吴志宏/佟仲生/赫捷/孙英丽团队在《ClinTranslMed》杂志发表了题为“Whole-genomebisulfitesequencinganalysiso
易基因科技·2022-11-19 11:23

易基因｜全基因组cfDNA甲基化分析提高了早期乳腺癌无创诊断成像的准确性

而携带DNA甲基化信息的游离DNA(cfDNA)已经成为一种非侵入性的癌症检测方法。在本文中，作者进行了一项前瞻
易基因科技·2022-11-19 11:53

易基因｜新品：新型肿瘤标志物检测利器——cfDNA甲基化测序（cfDNA-RBS）

ctDNA（CirculatingtumorDNA）特指来源于肿瘤细胞的cfDNA，ctDNA甲基化是重要的表观学修饰之一，可以在不改变基因序列的情况下，改变遗传表现，从而控制基因的表达。基因甲
易基因科技·2022-11-19 11:53

人体肠道病毒组学

这些病毒以DNA病毒为主，伴有少数RNA病毒。噬菌体、真核病毒和植物源病毒与共生细菌和肠道屏障相互作用，促进肠道健康所必需的重要功能(图1)。
易基因科技·2022-11-19 11:22

单细胞转录组：Smart-seq 2还是10X Genomics Chromium?

但是基于2017年ChristophZiegenhainetal[1]对6种单细胞转录组技术及2019Broad研究所的团队对7种单细胞RNA测序方法进行了比较[2]，某些特殊或者少量细胞样本的单细胞转录组研究中
易基因科技·2022-11-19 10:52

易基因｜疾病研究：DNA甲基化和转录组学特征在高浆卵巢癌复发和耐药过程中高度保守

易基因｜疾病研究：DNA甲基化和转录组学特征在高浆卵巢癌复发和耐药过程中高度保守大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。
易基因科技·2022-11-19 10:18

生物基因结构

首先，根据RNA合成的不同时期，从DNA到成熟mRNA，分为三个阶段了解基因结构的变化。
songyi10·2022-11-19 01:16

多样本转录组数据分析流程

基于此，已经开发了3'RNA-seq技术，即只通过对mRNA的3'端进行测序并标记上barcode，可以有效降低测序数据量以及建库过程，从而使得大规模转录组测序得以实现。此文章旨在对该技
BrpTCP·2022-11-15 20:11

没有计算机年代科学家如何计算,生物计算机是如何计算的？

事实上，生物计算机里面并没有任何生命存在，只是有一些在生物体内才能够找到的材料而已，比如DNA、RNA和蛋白质分子。听起来有点奇怪，不过我们可以用生物计算机和电
不乱说话·2022-11-12 09:27

TCGA下载基因表达矩阵、可视化分析

方法1：选择RNA-Seq找TSV格式open的文件加入购物车进入到购物车点download--cart打开下载后的tsv格式文件方法2：(9条消息)基于TCGA数据库的差异基因分析实现_学习的派大星的博客
偷了月亮的猫猫·2022-11-02 11:23

利用tcga数据做生存分析

z_rna1.96,1,0)))in_clin_tum<-match(colnames(z_rna),rownames(all_clin))t
aorong2257·2022-11-02 11:23

Jason自习室导航

DataScience统计学和RRShiny(更新中)ggplot2图形艺术(更新中)2.BioScience生信工具箱vcf数据分析系列(已完结)NGS高通量分析管道(更新中)WGS全基因组分析管道GATK4RNA-seq
Jason数据分析生信教室·2022-10-29 16:34

全长转录组分析-小麦

前言近期分析了一部分小麦的全长转录组数据，参考了网上许多流程，收获良多，在此记录一下全长转录组测序基于PacBio单分子实时测序技术（SMRTcell）,凭借超长读长的优势，建库过程中无需打断RNA分子
郝永超M1racle·2022-10-27 10:24

聚苯乙烯微球固载2,6-双(2-苯并咪唑)吡啶Fe(Ⅲ)配合物/哑铃形聚苯乙烯基CuBTC复合微球制备

聚苯乙烯微球固载2,6-双(2-苯并咪唑)吡啶Fe(Ⅲ)配合物的研究:2,6-双(2-苯并咪唑)吡啶(bbp)在氯甲基化交联聚苯乙烯(CPS)微球上进行烷基化反应制得CPS-bbp,然后与FeCl_3·
瑞禧生物小晓·2022-10-25 16:59

2019-07-16

/mp_wu/${id}.sort.bam-/home/huawei/raw_data/YSQ/RNA_seq/sort_bam/mv
dandanwu90·2022-10-20 15:16

单细胞多组学整合分析方法讨论

分两种情况，一种是样本分两份，一份做RNA，一份做ATAC，另外一种是单核+ATAC多组学。
Evil_Genius·2022-10-17 17:38

信息存在阴阳吗？

现代生殖遗传研究认为，遗传的本质为信息（气）的传递，细胞遗传信息都源自生殖细胞，其载体是细胞内的DNA、RNA等遗传基因（载体物质）
海生_5971·2022-10-16 15:27

突破生命法则极限！它会是外星生命的遗传密码？

而演化的基础就是DNA了，DNA用4个碱基的排列组合完整地保存着遗传信息，并利用RNA至蛋白的方法进行解码，构筑起整个生命体的基础结构。
weixin_36250541·2022-10-14 18:25

基于RNA测序技术的转录组从头拼接算法研究

基于RNA测序技术的转录组从头拼接算法研究摘要：生物信息学主要研究分子生物学领域,而对于分子生物学领域，转录组的从头拼接又是其核心内容,即利用转录组的测序片段拼接出整个转录组中的所有表达的转录体。
wangchuang2017·2022-10-14 18:55

分子生物学知识点归纳

DNA的甲基化：DNA的一级结构中，有一些碱基可以通过加上一个甲基而被修饰，称为DNA的甲基化。甲基化修饰在原核生物DNA中多为对一些酶切位点的修饰，其作用是对自身DNA产生保护作用。真核生物中的D
Kyle942·2022-10-14 18:54

RNA-seq | 转录组标准分析流程和常用工具软件介绍

笔记内容摘要：RNA-seq转录组基础知识与标准分析流程，简单记录学习过程。转录组分析是对样本转录产物RNA的深入挖掘研究。
·2022-10-08 18:42

文献阅读【RNA-seq数据归一化】

最近一直在做lncRNA的分析，其中的lncRNA的差异表达分析中，需要对readscount进行归一化，之前没有考虑很多，就用的通常的流程：hisat2→stringtie→prepDE.py/featureCount→DESeq2其中的DESeq2的归一化部分，也是我们通常称的标准化，是我们关注的重点，DESeq2主要原理：通过计算一个归一化因子，并进行变换，进而提高中等表达基因的地位。归一化
·2022-10-07 22:31

RNA m5C甲基化相关基因列表

前面小编给大家介绍过几个研究热点相关的基因集☞m6A甲基化相关基因集☞铁死亡相关基因集☞SCI文章中经常出现的免疫相关基因集☞科研新热点——血管生成相关基因☞自噬相关基因集合在上一期的内容里面，我们给大家简单的介绍了
生信交流平台·2022-10-04 19:29

scBERT：用于scRNA-seq细胞类型注释的大规模预训练语言模型

目录背景与动机结果scBERTgeneembeddingexpressionembedding结果表现背景与动机单细胞RNA测序（scRNA-seq）已广泛用于在单细胞水平表征复杂组织和生物体，这给转录组学研究带来了革命性的变化
tzc_fly·2022-10-04 16:22

RNA 27 SCI文章中转录因子结合motif富集到调控网络 (RcisTarget)

首选看下转录分析教程整理如下：RNA1.基因表达那些事–基于GEORNA2.SCI文章中基于GEO的差异表达基因之limmaRNA3.SCI文章中基于TCGA差异表达基因之DESeq2RNA4.SCI文章中基于
桓峰基因·2022-10-04 07:13

芯片数据和RNA-seq的差异分析流程

由于太久没有分析过bulk数据了，前几天突然被要求分析一个文章的数据时有点乱了手脚，所以在这里想总结一下关于芯片数据与seq数据的差异分析流程。假如你是小白，也刚刚了解NGS的冰山一角（我指的是转录组），就不要随随便便拿到数据去跑你那所谓的流程代码，因为很有可能是错的，还得意洋洋（我会鄙视你的）所以这篇blog想要阐明的问题就是：芯片数据和seq数据不同的差异分析流程首先声明，你得去了解什么是基因
汪汪队队长_莱德·2022-10-03 14:27

单细胞文章专列——细胞图谱

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-10-01 19:21
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