rna甲基化

ZINB(Zero-inflated Negative Binomial)

单细胞RNA测序(single-cellRNA-seq，scRNA-seq)数据是非常有特点的数据，具有很高的稀疏性(highsparsity)，具体表现为0非常多(zeroinflation)。
坐看云起时zym·2022-02-18 23:13

【生信技能树】R语言练习题 - 中级

首先友情宣传生信技能树全国巡讲:R基础，Linux基础和RNA-seq实战演练:预告：12月28-30长沙站广州珠江新城GEO数据挖掘滚动开班题目来源：http://www.bio-info-trainee.com
猫叽先森·2022-02-18 17:52

纯生信分析套路 支持向量机（SVM)精准的探索miRNA中暗物质

miRNA作为转录后基因调控的关键步骤，影响着RNA的表达。哺乳动物中，约60%的基因可作为miRNA结合靶点。
概普生信·2022-02-18 16:02

数据分析：基于GSVA的通路富集分析

theup-ordown-regulatedDEGs和GeneSetEnrichmentAnalysis:Alltherankedgenes相比，GeneSetVariationAnalysis分析直接使用geneexpression或RNA-seqprofilematrix
华仔少年·2022-02-18 14:38

从单细胞转录组数据识别细胞类型：Identification of Cell Types from Single-CellTranscriptomic Data

单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的空前的技术进步现在使以低成本和高通量分析单细胞中全基因组表达成为可能。
Sc_RNA_seq·2022-02-18 11:12

Wilson病患者的肝脏和血液中的表观基因组特征包括肝脏特异性增强子的高甲基化

本研究的目的是分析来自WD患者的肝脏和血液中全基因组水平的DNA甲基化改变，以研究与WD诊断和表型相关的表观基因组改变。
机器人会画画·2022-02-18 03:32

运用CRISPR/Cas9技术对斑马鱼进行基因敲除

Clusteredregularlyinterspacedshortpalindromicrepeats）规律成簇间隔短回文重复；Cas9（CRISPRassociatednuclease）是CRISPR相关核酸酶，CCRISPR/Cas9是最新出现的一种由RNA
南京尧顺禹生物·2022-02-18 01:18

Circ-ZNF609 Is a Circular RNA that Can Be Translated and Functions in Myogenesis

所有这些研究的一个共同点就是，circRNAs以RNA的形式行使功能。而在
啦啦啦啦_d95f·2022-02-17 21:34

单细胞转录组(Single cell RNA)概述

作者：尧小飞审稿：童蒙编辑：angelica引言这几年单细胞实验和分析技术如雨后春笋般涌现，相关文章也层出不穷，各种软文也是铺天盖地。作者呕心沥血整理了一篇关于单细胞的长文，详细介绍单细胞转录组分析的整体分析。本文是第一篇，我们一起来看看单细胞转录组的基本知识。01什么是单细胞转录组？单细胞转录组就是某一时刻单个细胞内所有mRNA总表达量，其表达量反映该细胞的总体特征。随着2009年汤富酬老师首先
生信阿拉丁·2022-02-17 17:33

RNA测序研究现状与发展

通常来说，某一个物种体内所有细胞里含有的DNA都应该是一模一样的，只是因为每一种细胞里所表达的RNA之间存在差异，才使这些细胞有所区别。诸如“为什么肿瘤细胞与正常细胞会不一样？”
wangchuang2017·2022-02-17 07:31

Nature重磅综述 |关于RNA-seq，你想知道的都在这

摘要RNA测序（RNA-seq）在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着二代测序技术(NGS)的发展，RNA-seq的应用也越来越广。
生信宝典·2022-02-17 06:35

纯生信分析套路 胃肠道癌m6A研究

胃肠癌PI3K/Akt/mTOR信号通路中m6ARNA修饰调节的研究研究概述|腺苷(m6A)N6位点的甲基化是哺乳动物蛋白编码mRNA中最常见的RNA修饰，是一种具有多种重要生物学功能的可逆修饰。
概普生信·2022-02-17 04:08

m6A三大机制思路3 - 谁来调控甲基酶

m6A是N6-腺苷酸甲基化，当RNA分子发生甲基化后，m6A甲基化识别酶可以与RNA分子结合，调控RNA的稳定或者降解。RNA分子表达量升高与降低改变正常蛋白的表达量，影响功能。
纪伟讲测序·2022-02-17 02:20

学习小组Day3笔记--韩峰

学习小组Day3笔记--韩峰.png2.安装成功rna-seq的软件包fastqc和trimmomatic包括环境的激活安装rna-seq.png3.集今天再卸载软件的过程中遇到问题，是环境没装，命令也不对
joy_夜航船·2022-02-16 11:51

自测数据发31分，真香！

作者对77例接受抗PD-1和抗CTLA-4治疗的晚期皮肤黑色素瘤患者的全基因组数据，转录组数据和甲基化数据进行分析。
概普生信·2022-02-16 11:27

RNA-Seq相对基因表达芯片有什么优势？

RNA-Seq和基因表达芯片相比，哪种方法更有优势？关键看适用不适用。那么RNA-Seq适用哪些研究方向？是否适合您的研究？
wangchuang2017·2022-02-16 04:34

R下载合并ENCORI数据库中miRNA靶基因数据

前面小编介绍过RNA相互作用神器——ENCORI，在文章中给大家举了个用R代码批量下载miRNA和mRNA之间相互调控关系的例子。
生信交流平台·2022-02-16 01:14

病毒進化假說

病毒这个东西结构非常简单，就是外面有一个蛋白质的外壳，然后里面有一些DNA或者RNA，也就是遗传物质。DNA和RNA的区别在于DNA是双螺旋结构，RNA是个长链。
Kawah_Woo·2022-02-15 16:04

宏RNA测序去除宿主核糖体rRNA（一）-实验端去除

病毒宏基因组测序时，需从样本中提取总RNA核酸。总RNA中除含有病毒RNA核酸外，还包含宿主细胞转录RNA。
韩小早儿·2022-02-15 14:45

单细胞大样本量数据处理新方法||Simpler single cell RNAseq data clustering

聚类是分析单细胞RNA序列（scrna-seq）数据的一种常用分析方法，但数据量的快速增长会使这一过程在计算上具有挑战性。准确高效聚类的新方法是迫切需要的。
周运来就是我·2022-02-15 13:42

sc-Review：单细胞RNA-seq数据分析最佳实践

LueckenMD,TheisFJ.Currentbestpracticesinsingle-cellRNA-seqanalysis:atutorial.Mol.Syst.Biol.2019,15:e8746.摘要singlecellRNA-seq提高了基因表达研究的分辨率，这项技术也带来越来越多的单细胞分析方法。这使得研究者难以驾驭这一多工具格局并从中搭建最新的工作流程来分析自己的数据。在这里，
周运来就是我·2022-02-15 11:57

R下载合并ENCORI数据库中miRNA靶基因数据

前面小编介绍过RNA相互作用神器——ENCORI，在文章中给大家举了个用R代码批量下载miRNA和mRNA之间相互调控关系的例子。
生信交流平台·2022-02-15 05:03

RNA-seq分析实战

(后边还有)RNA-seq分析：从软件安装到富集分析详细过程RNA-seq实战第二次RNA-seq实战总结(2)-数据下载并进行数据处理感谢各位大佬！
Akuooo·2022-02-14 14:21

shell 命令笔记

zless-Szless-Ntree-L1显示第1层目录tree-d只展示目录wget-c断点续传top-c查看任务是否在内存中运行paste-d":"t1t2|tr':''#'zless/teach/project/1.rna
zs_fighter·2022-02-14 02:09

本周最新文献速递2021-01-17

通过整合批量RNA测序，单细胞RN
橙子牛奶糖·2022-02-14 01:03

生命是什么？

到今天，我们其实是有足够的理由，有足够的信心说这些理论都不对，生命现象至少在物质现象上没有特殊之处，包括DNA、RNA
一枚冰儿·2022-02-13 22:38

什么是转录因子？

转录因子（Transcriptionfactor，TF)是一个能与特异DNA序列结合的蛋白,可以单独或与其他蛋白形成复合体，提高或阻断特性基因对RNA聚合酶的招募,调控着基因的表达。
Sc_RNA_seq·2022-02-13 19:47

Arxiv网络科学论文摘要11篇(2020-09-03)

VeRNAl：用于挖掘RNA中模糊网络模体的工具;在网络中查找信息源：带预算的查询;异构图神经网络推荐;社会等级促进合作主导;将属性网络嵌入扩展至大型图;感性的LIAR：伪造索赔分类的扩展语料库和深度学习模型
ComplexLY·2022-02-13 04:03

m6A三大机制思路1 - 以甲基酶切入

m6A是N6-腺苷酸甲基化，当RNA分子发生甲基化后，m6A甲基化识别酶可以与RNA分子结合，调控RNA的稳定或者降解。RNA分子表达量升高与降低改变正常蛋白的表达量，影响功能。
纪伟讲测序·2022-02-12 18:01

2020-09-29 使用Alevin实现【输入】fastq→【输出】umi count matrix

（Kallisto:一个RNA-seq数据快速量化软件http://blog.sciencenet.cn/blog-656335-984247.html
王子威PtaYoth·2022-02-12 14:08

2019-07-20

管理虚拟环境命令创建环境condacreate-nrna-seqsra-toolsfastqccutadapttrimmomaticstarhisat2samtoolssubreadhtseq以上命令为创建名称为rna-seq
南山布谷·2022-02-12 14:43

文献分享1-组蛋白去甲基化酶JMJD2D通过多种机制激活HIF1信号通路，促进结直肠癌糖酵解和进展

HistonedemethylaseJMJD2DactivatesHIF1signalingpathwayviamultiplemechanismstopromotecolorectalcancerglycolysisandprogression组蛋白去甲基化酶
FindandFound·2022-02-12 10:35

用requests爬取数据库并转换成EBL下载链接

之前老师给了我一个储存RNA-seq和Ribo-seq数据的数据库translatomedb让我在上面下数据，但是这个数据库本身并不存储测序数据，每一组数据需要点击后面的链接，得到相应的NCBI链接，再去根据链接自行下载
SunPython·2022-02-12 07:16

大数据的读取

大数据的读取因为从Xena上下载的甲基化数据太大，在读取时遇到点麻烦，特定查了下有没有什么方法可以只读取一部分，整理如下大家有什么好的方法，敬请告知~SCANscan读取.txt文件比如读取下面文件的数据
NoviceWitch·2022-02-12 02:50

对岁月说感恩，我的2020年

这个不可见的微生物，携带了它的RNA信息，无声无息之间，却重创了这个整个世界。全球已有近170万人死于新冠。在自然面前，人类变得脆弱。01友谊2020年的新年似乎与往常没什么两样。
阿斌bin·2022-02-11 11:09

RNA-seq测序数据模拟

本文根据DESeq2文章中的方法记录如何进行简单的基于负二项分布（NegativeBinomialdistribution）模拟RNA-seq基因表达数据。为了模拟基因表达数据，我们需要：从
尘世中一个迷途小书僮·2022-02-11 09:44

DNA甲基化研究案例（一）

本期解读文献内容“MicroRNA-137的表观遗传沉默增加ASCT2的表达和肿瘤谷氨酰胺的代谢.一、调控通路DNA甲基化原理图当DNMT（甲基转移酶）抑制剂消耗完时，DNMT结合到靶标基因miR-137
Ray钱·2022-02-11 03:54

系统发育树构建简明教程

数据输入一般分为两类，序列数据如DNA、AA、RNA，性状数据如形态数据、各种生态学数据。数据处理包括序列比对、饱和检验、碱基替换模型比较等。算法计算涉及到各种构
张振zz·2022-02-10 21:13

【单细胞入门必读】单细胞RNA-seq技术和数据分析简介

Single-CellRNA-SeqTechnologiesandRelatedComputationalDataAnalysis单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术允许在单细胞分辨率下解析基因表达
巴拉巴拉11·2022-02-10 19:00

使用Trinity进行转录组组装

TrinityTrinity是BroadInstitute和HebrewUniversityofJerusalem开发的RNA-Seq数据转录组组装工具，包括三个模块，Inchworn(尺蠖):将RNA-seq
xuzhougeng·2022-02-10 15:39

[Paper] || 单细胞批次校正算法 Batch effects in single-cell RNA-sequencing data are corrected by matching m...

问题背景由于生物技术限制，有时一次实验可以测得的数据较少，我们需要将几个批次的细胞数据合并进行下游分析；数据合并时会出现批次效应（Batcheffects），不同实验人员、测序平台、时间等因素会给测序带去技术噪音，干扰聚类等单细胞分析流程；多组学的联合分析是单细胞测序分析的趋势，今后有可能需要整合多种类型数据。Batcheffects(左图显示两个批次测序带来的误差，右图是批次校正后的结果，也是批
葵sunshine·2022-02-10 15:53

一起看文献吧-菜鸟团一周文献推荐(No.1)

Five-DNAmethylationsignatureactasanovelprognosticbiomarkerinpatientswithovarianserouscystadenocarcinoma.生词hypermethylation高甲基化
小梦游仙境·2022-02-10 12:39

RNA-seq摸索：2.sra下载数据→fastqc质控→hisat2/bowtie2/STAR/salmon比对→Samtools格式转换→IGV可视化结果

我觉得学RNA-seq必看的文献！！
没有猫但是有猫饼·2022-02-10 10:22

m6A-RNA 甲基化 - MedChemExpress

近期，美国康奈尔大学SamieR.Jaffrey研究组在Cell上发表了题为“AUnifiedModelfortheFunctionofYTHDFProteinsinRegulatingm6A-ModifiedmRNA”的研究，揭示了YTHDF蛋白调节m6A修饰的mRNA的功能统一模型。与“不同的m6A位点结合不同的DF蛋白”的主流观点不同，该研究人员发现，所有m6A位点与三个DF蛋白都以基本相似
_MedChemExpress·2022-02-10 09:06

AI+Science：基于飞桨的AlphaFold2，带你入门蛋白质结构预测

1958年F.H.C.克里克提出了生物学中重要的中心法则，DNA->RNA->蛋白质，中心法则说明，DNA可以转录形成RNA，RNA再翻译成一个个氨基酸，最后组合形成蛋白质。
·2022-02-09 19:25

3_0_4 要理解并会用的几个脚本

随便找几个文件进行练习，只是为了说明问题，这些其实是RNA-seq数据，但无所谓，只是看脚本的处理有以下几个文件假如现在觉得文件太大，想快速走下流程，那么可以提取文件中的前比如说1w行进行比对。
Y大宽·2022-02-09 12:38

Seurat 4.0 ||单细胞数据分析工具箱有更新

在转录组时代，我们说单细胞是一个rna的盒子，细胞类型是基因特异性表达的结果。现在，我们可以说单细胞是中心法则的反应器，DNA，rna，atac，膜蛋白，等等等等，都在细胞中生成与反应。
周运来就是我·2022-02-09 08:23

基因和染色体_基因是DNA_多核苷酸链含有连接碱基的糖-磷酸骨架-YHM-20191021

-核酸(nuclearacid,DNA和RNA)的基本构件是核苷酸(nucleotide),它具有三个组份:碱基、糖基、一个或多个磷酸基团。
天空的小白·2022-02-09 05:36

StringTie: 一款RNA-seq序列转录本重构软件

StringTie:一款RNA-seq序列转录本重构软件转录本测序方法通常会产生大于200million的短序列。针对这样的序列，StringTie可以用来组装转录本，包括denovo。
shenny_·2022-02-09 00:39

单细胞测序-scRNA-seq数据的预处理与质控

scRNA-seq与bulk-RNA-seq同样是RNA的通量测序数据，在前期质控与后期分析都有什么异同？
作图丫·2022-02-09 00:50
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