rna甲基化

单细胞测序-scRNA-seq数据的预处理与质控

scRNA-seq与bulk-RNA-seq同样是RNA的通量测序数据，在前期质控与后期分析都有什么异同？
作图丫·2022-02-09 00:50

继续学习qPCR相关知识

在手机上学习的很多知识，主要还是集中在qPCR，比如RNA提取的新方法，qPCR结果分析，qPCR结果作图等等，我把学习到的东西给大家做个分享吧！
医博云天·2022-02-08 23:42

病毒性肝炎

除乙型肝炎病毒为DNA病毒外，其余均为RNA病毒。己型
杭州小诸葛·2022-02-08 21:56

本周最新文献速递2020-11-08

DegenerativeandregenerativepathwaysunderlyingDuchennemusculardystrophyrevealedbysingle-nucleusRNAsequencing不想看英文题目：单核RNA
橙子牛奶糖·2022-02-08 20:44

单细胞好文2--Single-cell RNA-seq highlights intra-tumoral heterogeneity and malignant progression in PDAC

前言之前花了7个小时精读了一篇单细胞文章之后，感觉自信心大增，因此再精读一篇看起来类似的文章，看一下思路和研究方法有何不同。选文原文链接：CellResearch(2019)0:1–14;https://doi.org/10.1038/s41422-019-0195-ycellresearch文章标题可见热点(1)single-cellRNA-seq(scRNA-seq)：略(2)heteroge
冻春卷·2022-02-08 15:56

Seurat学习与使用（一）

简介  Seurat是一个r包，被设计用于单细胞rna-seq数据的细胞质控和分析。Seurat旨在使用户能够识别和解释单细胞转录组数据中的异质性来源，同时提供整合不同类型的单细胞数据的函数。
小胡子老爷·2022-02-07 14:39

拭子RNA提取试剂的选择

目前，主流的RNA提取方法有Trizol法、离心柱法和磁珠法。其中，Trizol法与离心柱法相比，提取效果相当，但因其对操作者带来的毒性，现在越来越被弃用。
呆萌的大脸猫·2022-02-07 07:04

Seurat官方教程3：使用Seurat分析、可视化和集成空间数据集

本教程演示了如何使用Seurat(>=3.2)来分析空间解析的RNA-seq数据。虽然分析流程类似于用于单细胞RNA-seq分析的Seurat工作流，但我们引入了更新的交互和可视化工具，特别强调
ScorpioGirll·2022-02-07 03:20

SpatialDB引发的10x技术原理的探究

作者：椰子糖审稿：童蒙编辑：amethyst引言单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的出现极大的推动了现代细胞和分子生物学的发展。
生信阿拉丁·2022-02-07 03:29

「miRNA-seq」miRNA预测工具miRDeep-P2的简明教程

安装篇miRDP2是一个分析流程，也就意味着执行该软件之前需要先安装其他软件Bowtie:比对软件，适合35bp点的短读Bowtie2:比对软件，适合50bp~1000bp的短读Vienna:RNA二级结构预测软件大礼包预先安装以上软件之后
xuzhougeng·2022-02-07 02:04

barrnap:预测基因组上的核糖体RNA

在前面的文章中，我们介绍了RNAmmer这款rRNA预测软件，这个软件只有大学和科研机构的用户可以免费使用。本着开源的精神，有个科研团队开发了barrnap这款软件，完全开源免费，github链接如下https://github.com/tseemann/barrnap该软件支持以下类型的rRNA的预测bacteria(5S,23S,16S),archaea(5S,5.8S,23S,16S),me
生信修炼手册·2022-02-05 08:00

StatQuest学习笔记24——RPKM FPKM TPM

测序的度量单位在RNA-Seq中，我们通常使用RPKM（全称为ReadsPerKilobaseMillion）或FPKM（FragmentsPerKilobaseMillion）来进行均
backup备份·2022-02-05 04:37

哇！单细胞测序-配体受体互作分析原来可以这么简单又高大上！

NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典·2022-02-03 14:05

单细胞转录多样性是发育潜能的一个标志

单细胞转录多样性是发育潜能的一个标志本篇文章首发于单细胞天地单细胞RNA测序（scRNA-seq）是重建细胞分化轨迹的有力方法。然而，同时推断分化的状态与方向是一项具有挑战性的工作。
天涯清水·2022-02-03 14:21

单细胞测序-scRNA-seq数据的降维和可视化

这就涉及到了单细胞RNA数据处理中的特征选择，降维以及如何使数据可视化。数据降维的必要性如果将单个细胞看作一个数据点，那么检测的基因数就是其对应的变量数，也就是我们所说的维数。
作图丫·2022-02-03 14:45

RNA-seq 差异分析全代码

Differentialgeneexpression(DGE)analysisLearningObjectivesExplaintheexperimentanditsobjectivesDescribehowtosetupanRNA-seqprojectinRDescribetheRNA-seqandthedifferentialgeneexpressionanalysisworkflowExpl
chengchengSY·2022-02-03 09:19

m6A三大机制思路2-目标基因上游甲基化机制

m6A是N6-腺苷酸甲基化，当RNA分子发生甲基化后，m6A甲基化识别酶可以与RNA分子结合，调控RNA的稳定或者降解。RNA分子表达量升高与降低改变正常蛋白的表达量，影响功能。
纪伟讲测序·2022-02-03 02:44

RNA-Seq测序数据分析和差异表达基因鉴定，注释

第一部分：将RNA-seq数据映射到参考基因组上第二部分：将RNA-seq数据映射到参考转录组上，并且生成基因表达矩阵，用于第三部分分析第三部分：使用DESeq包鉴定差异表达基因（成对），第四部分：对差异基因进行后续的
Hello育种·2022-01-27 01:07

序列比对 —— Hisat2

HISAT2是一个快速和敏感的比对软件，用于将二代测序数据（DNA和RNA）比对到基因组数据。
Wei_Sun·2022-01-20 18:25

易基因｜3文解读：微量样本甲基化测序在肿瘤中的应用

大家好，本期我们通过3篇高分文章来解读微量样本甲基化测序在肿瘤中的应用。
E_GENE·2022-01-18 14:08

标准化之CPM/RPKM/FPKM/TPM

-差异分析时，需考虑实验设计（样本组成）和测序原理向（测序深度、基因长度、RNA组成）-转录组下游分析时，采用DESeq2、edgeR和limma，需要的输入数据类型是counts（正整数）image.png-RPKM
超级可爱的懂事长鸭·2022-01-12 16:56

基因共表达网络

共表达RNA-seq数据的基因共表达网络分析https://www.jianshu.com/p/b05145d0020aWGCNA构建基因共表达网络详细教程https://www.cnblogs.com
大胆冒险实践者·2022-01-05 21:18

【文献速递】-深度学习和空间分辨单细胞转录组与Tangram的对齐-Deep learning and alignment of spatially resolved single-cell t...

单细胞和单核RNA-seq(sc/snRNA-seq)可以全面地分析细胞，但会丢失空间信息。空间转录组学允许进行空间测量，但分辨率较低且灵敏度有限。靶向原位技术解决了这两个问题，但基因通量有限。
基因侦探·2022-01-03 23:18

RNA-seq学习：No.11 oligo包读取Array芯片原始数据(CEL.gz))

oligo包官方介绍：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/oligo.htmloligo包简单教程：https://kasperdanielhansen.github.io/genbioconductor/html/oligo.html示例数据：GSE159676step1：下载Array芯片原始数据(CEL.gz))https:
小贝学生信·2022-01-03 13:55

标准化单细胞RNA测序数据—陷阱和建议

NormalizingsinglecellRNAsequencingdata—PitfallsandRecommendations博文链接：https://towardsdatascience.com/normalizing-single-cell-rna-sequencing-data-pitfalls-and-recommendations
whitebird·2021-12-30 11:16

生信随笔-写于20211225

2.微RNA(miRNA)是一种靶向多种mRNA并通过触发翻译抑制和/或RNA降解来调节基因表达的非编码小RNA分子。
小白兔和小毛驴·2021-12-29 20:27

TIMER20和cibersort一个既能分析测序数据（最好是TPM格式），又能分析芯片数据的网站

4.如果是RNA-Seq表达量，使用FPKM和TPM都很合适。芯片的要求可能把你唬住了，GEO常规的表达矩阵都是这样得到的，直接下载使用即可。注意有的表达矩阵下载
小白兔和小毛驴·2021-12-29 11:08

RNA-seq数据的上游处理及工具HISAT2; STAR; RSEM; featureCounts; Htseq-count; kallisto; salmon

欢迎批评指正一、上游处理流程上游处理步骤包括质量检测、质量控制、比对、定量[2]，每一步处理数据的目的都是不同，也有相关的软件与之对应。通过质量检测，原始数据的各种问题将会呈现出来，接下来的质量控制就是为了解决原始数据的质量问题。比对是将reads比对到染色体或者基因，并生成sam或者bam文件记录比对情况以及质量。定量既是统计比对到同一位置的reads，当然并不是比对上就计数，还有一些其他的筛选
清零2000·2021-12-22 20:50

SARS-CoV-2 Genome Sequencing Protocol

@[email protected]获取1.1试剂与耗材RNA提取试剂InvitrogenSuperScript™IVFirst-StrandSynthesisSystem0.2mLPCR
NoWordsLand·2021-12-22 13:47

基因与肿瘤/作者:邵明

前两项我不懂也不关心，第三项人类基因工程，我感兴趣，因为我是学过中医懂得DNA，RNA。听这位专家说，基因工程与治疗肿瘤有关，肿瘤就是由于基因突变引起的。
房作者_0970·2021-12-21 13:15

RNA-seq分析（STAR-RSEM-DESeq2）

一、准备RNA-seq数据需要参考基因组文件，注释文件，样本的fastq.gz文件检查fastq.gz是否完整md5sumsample.fastq.gz>md5.txtmd5sum-cmd5.txt#结果为
清零2000·2021-12-14 15:00

sctransform预处理后，如何进行差异表达分析

1.1lognormalize预处理seurat官网给出的标准分析流程，通过lognormalize预处理，归一化的数据储存在seurat_obj[['RNA']]@data，我们用归一
whitebird·2021-12-09 09:43

seurat-ScaleData()源码解析

它存储在seurat_obj[['RNA']]@scale.data，用于下游的PCA降维。默认是仅在高可变基因上运行标准化。DefaultAssay(seurat_obj)%
whitebird·2021-12-06 20:50

RNA-Seq data analysis

数据准备数据来源测序下机数据直接进行质控和后续分析；已发表数据以“ThePP2A-interactorTIP41modulatesABAresponsesinArabidopsisthaliana”，这篇文章为例；示例文章获取bioproject号；bioprojectNCBI数据库搜索NCBI搜索获取SRR号SRAexperimentsSRASRA号SRR号如下：SRR6281250【tip41
胡小兵plus·2021-12-03 15:22

10X单细胞（10X空间转录组）scvelo动态模型导论

，大家好，今天我们要分享一个很难的数学理论，大家在用单细胞做velocyto的时候，如果用到的是scvelo，那么会有三种模式，列举如下：（1）稳态/确定性模型velocyto中使用稳态/确定性模型对RNA
Evil_Genius·2021-12-02 17:45

可变剪切|rmats

可变剪切可变剪切(或选择性剪切)是一个过程，即主要基因或者mRNA前体转录所产生的RNA的外显子以多种方式通过RNA剪切进行重连。
维凡生物·2021-11-30 09:11

使用scVelo进行RNA velocity分析-01

本教程是介绍如何使用python包scVelo对单细胞RNA-seq数据(scRNA-seq)进行RNA速率分析。
whitebird·2021-11-25 09:57

单细胞加权基因共表达网络分析scWGCNA-01

scWGCNA是一个生物信息学工作流程，是R包WGCNA的附加组件，用于在单细胞或单核RNA-seq数据集中进行加权基因共表达网络分析。
whitebird·2021-11-24 12:13

Augustus 基因从头预测

隐马尔科夫链)和贝叶斯理论，通过已有物种的注释信息对软件进行训练，从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构，在这方面做的最好的工具是AUGUSTUS它可以仅使用序列信息进行预测，也可以整合EST,cDNA,RNA-seq
斩毛毛·2021-11-16 12:50

真菌菌丝中总RNA的提取----TRNzol Universal总RNA提取试剂

原理概述：RNA是一类极易降解的分子，要得到完整的RNA必须最大限度地抑制提取过程中内源性及外源性核糖核酸酶对RNA的降解。
Han_zh·2021-11-10 14:13

4.单细胞 RNA-seq：质控分析

学习目标：构建QC指标和相关图便于直观地查看数据质量评估QC指标并设置过滤条件去掉低质量细胞单细胞RNA-seq：质量控制image此工作流程的每一步都有自己的目的和挑战。
denghb001·2021-11-08 16:21

3.单细胞 RNA-seq：质控分析设置

单细胞RNA-seq：质量控制设置image基因表达量化后，我们需要将此数据读入R中，执行QC的指标。我们将讨论可以预期的数据格式，以及如何将其读入R以便我们可以继续流程中的QC步骤。
denghb001·2021-11-08 16:16

2.单细胞 RNA-seq：计数矩阵的生成

单细胞RNA-seq数据-计数矩阵的原始数据根据所使用的文库制备方法，RNA序列(也称为读序列或标签)将从转录本的3端(或5端)(10XGenomics,cell-seq2,Drop-seq,inDrops
denghb001·2021-11-08 16:11

2021-10-22

EMBL库：欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA序列库。Ensembl数据库网站开始于一个真核生物基因组注
人字拖拖不下来·2021-11-01 10:36

10X单细胞（10X空间转录组）基于马尔可夫过程和RNA速率的细胞命运预测（Cellrank代码分享）

这一篇接上一篇，我们来分享Cellrank的基础分析代码，我们直接开始使用RNA速度和转录组学相似性来估计细胞-细胞转换概率。
单细胞空间交响乐·2021-10-21 11:27

2021-09-30 数据库记录格式

主要用于储存DNA、RNA、蛋白序列
Xie_MJ·2021-10-01 16:06

生信笔记4-基因结构与基因组元件名词解释

图1顺式元件（ciselement）Promoter（启动子）：与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。一般认为基因上游2kb-5kb区域为该基因的promoter区域，为非编码区。
江湾青年·2021-09-29 17:24

Seurat 分析Visium空间转录组

一、Seuratv3.2对空间转录组Visium的结果分析中实现的功能：归一化降维和聚类检测空间可变特征(spatially-variablefeatures)互动式的可视化与单细胞RNA-seq数据整合处理多个切片二
夕颜00·2021-09-17 16:28

在Windows下完成转录组分析

纯粹就是记录下如何在Window下少写代码完成RNA-seq,并没有详细讲解转录组分析的原理和每一步背后的含义。想深入了解可以翻生信技能树，生信宝典，组学大讲堂等等公众号。
Nuvolar·2021-09-16 10:55

疫情.怡情(之五百六十二)

昨天，拉齐奥大区主席和卫生部长均表示:下周拉齐奥大区将开始进行第三剂加强剂疫苗接种运动，卫生部将向各大区提供额外剂量的m-RNA类型疫苗（辉瑞和摩德纳）。
飞扬的雪ing·2021-09-14 21:58
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