rna聚类分析

聚类分析 | MATLAB实现基于DBSCAD密度聚类算法可视化

聚类分析|MATLAB实现基于LP拉普拉斯映射的聚类可视化目录聚类分析|MATLAB实现基于LP拉普拉斯映射的聚类可视化效果一览基本介绍程序设计参考资料效果一览基本介绍基于DBSCAD密度聚类算法可视化
机器学习之心·2023-08-27 02:24

聚类分析 | MATLAB实现基于LP拉普拉斯映射的聚类可视化

聚类分析|MATLAB实现基于LP拉普拉斯映射的聚类可视化目录聚类分析|MATLAB实现基于LP拉普拉斯映射的聚类可视化效果一览基本介绍程序设计参考资料效果一览基本介绍聚类分析|MATLAB实现基于LP
机器学习之心·2023-08-27 02:24

10X空间转录组重点分析合集2

我们这一篇进行分析合集包括三个部分（均是我之前所写）10X空间转录组数据分析重点梳理时空CNV分析导论10X空间转录组之免疫组库分析第一部分：10X空间转录组数据分析重点梳理空间转录组学(ST)技术正迅速成为单细胞RNA
单细胞空间交响乐·2023-08-27 00:51

基因的分子结构

基因结构人类结构基因4个区域：①编码区，包括外显子与内含子；②前导区，位于编码区上游，相当于RNA5’末端非编码区（非翻译区）；③尾部区，位于RNA3’编码区下游，相当于末端非编码区（非翻译区）；④调控区
LeoinUSA·2023-08-26 18:12

知识分享| 转录组个性化分析(5)——转录因子及转录因子结合位点预测

因此我们可以通过转录因子注释，或者可通过表达量聚类分析，筛选出关注生物学问题过程中起主要调控作用的一些转录因子。
bioyigene·2023-08-26 12:27

NCBI数据上传（二）：转录组测序（RNA-Seq）数据

继“16S扩增子原始数据上传”教程发布之后，为满足大家对转录组数据上传的需求，小编马不停蹄地把转录组原始数据上传流程进行了整理，有需求地赶紧收藏吧!1.注册及登录账号1）注册账号：进入NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）网页，选择对应的账号进行注册，按照提示填写。2）登录账号：输入账号及密码（注册时使用哪种账号注册，登录时选择对应的登录通道登录），点击Login，
bioyigene·2023-08-26 12:57

模式识别——聚类分析相关问题

1.聚类分析和判别分析的相关与区别？答：（1）相关：聚类分析和判别都是多元统计中研究事物分类的基本方法。（2）区别：①基本思想不同。聚类分析：根据研究对象特征对研究对象进行分类的一种多元分析技术。
举世无双勇·2023-08-24 22:31

DESeq2:基于Counts分析

data:2019年10月14日来源文章：RNA-Seqworkflow:gene-levelexploratoryanalysisanddifferentialexpression（一)、数据准备1数据制备
小杜的生信筆記·2023-08-24 22:17

使用PyMetis实现聚类融合算法

因此，面对特定的应用问题，如何选择合适的聚类算法是聚类分析研究中的一个重要课题。  聚类融合将不同
Sun_Sherry·2023-08-24 12:57

融合遗传算法与XGBoost的玉米百粒重相关基因挖掘

相较于基因芯片等方法，基于转录组测序（RNA-sequencing,RNA-Seq)的方法不依赖基因的先验知识，能够覆盖更大的转录组范围，具有更高的分辨率并且测序成本更低[2]。
罗伯特之技术屋·2023-08-24 09:46

TCGA数据分析系列（二）：LinkedOmics

数据库的主页面数据库的数据来源第一步：选择肿瘤第一步我们选择肝癌第二步：选择数据类型第二步我们选择RNA-seq第二
生信小课堂·2023-08-23 09:19

文献阅读【RNA-seq数据归一化】

最近一直在做lncRNA的分析，其中的lncRNA的差异表达分析中，需要对readscount进行归一化，之前没有考虑很多，就用的通常的流程：hisat2→stringtie→prepDE.py/featureCount→DESeq2其中的DESeq2的归一化部分，也是我们通常称的标准化，是我们关注的重点，DESeq2主要原理：通过计算一个归一化因子，并进行变换，进而提高中等表达基因的地位。归一化
生信森林·2023-08-22 19:05

使用limma、Glimma和edgeR对RNA-seq数据分析笔记

1摘要简单且高效地分析RNA测序数据的能力正是Bioconductor的核心优势之一。
玄都维维子·2023-08-22 15:12

RNA-seq的样本为什么是负二项分布？

参考下面这篇，深入浅出，条理很清晰RNA-seq中的那些统计学问题（一）为什么是负二项分布？https://www.jianshu.com/p/ad24bb90b972
RachaelRiggs·2023-08-22 07:34

推荐24款好用的数据可视化分析工具，个个堪称神器！

2、国云大数据魔镜一款免费的新型大数据可视化分析工具，操作简单，支持多种数据源，上卷下钻，数据预测，聚类分析，相关性分
明月说数据·2023-08-22 03:55

RNA m5C甲基化位点预测工具

前面小编给大家介绍了一个新的研究热点，RNAm5C甲基化。☞【科研热点】RNAm5C甲基化☞RNAm5C甲基化相关基因列表今天小编就给大家介绍几个预测RNAm5c甲基化的工具。上面这张表格里面了列出了目前主流的一些预测RNAm5C甲基化的工具。从方法分类上看，主要可以分成两类。第一列是基于SVM（supportvectormachine，支持向量机）的方法，第二种是基于RF(randomfores
生信交流平台·2023-08-22 03:53

快速聚类

快速聚类分析得到的结果要简单易懂的多，且对计算机要求不是很高，因而其应用比层次聚类分析要高。实质是K-mean聚类。
肖玉贤·2023-08-21 19:30

你一定要知道的数据分析方法

而数据分析方法则是指具体的方法，比如对比分析、相关分析、回归分析、交叉分析、聚类分析等，主要是从微观角度知道如何进行数据分析。
AoEliauk·2023-08-21 12:52

最新7+，端粒基因集泛癌生信，对热点基因集进行泛癌分析，可以反复发高分！

其核心酶仅由催化成分端粒酶逆转录酶（TERT）和内部模板端粒酶RNA（TERC）组成
生信小课堂·2023-08-20 16:10

【女性生殖系统菌群之二】阴道菌群群落状态及类型

图1培养阴道菌群中最普遍成员的检测频率及其相对比例聚类分析广泛应用于从数据中获取并显示存在几种不同类型的类群（通常称为群落状态类型—CSTs，详见小贴士），包括以下几种类群：（1）以L.iners为主；
JarySun·2023-08-20 13:49

【文献简报】通过共享单细胞RNA和染色质开放区域来鉴定染色质潜力

这篇文章开发了一种同时捕获RNA和染色质开放信号的方法，在该方法中，染色质中的开放区域先被Tn5标记，RNA再反转录成具有biotin的cDNA。
六博说·2023-08-20 04:07

易基因 | DNA甲基化经CTCF和黏连蛋白复合体调节RNA可变剪切 — 技术解读

DNA甲基化，mRNA可变剪切和多聚腺苷化（polyadenylation,APA）的失调与癌症密切相关。之前研究大多通过孤立分析其与不同生物进程之间的关系。本研究作者通过比较DNA甲基化转移酶正常细胞（HCT116）和双缺陷型细胞（DKO）全基因组甲基化和聚腺苷化位点使用情况，发现了DNA甲基化调控APA的机制。结果表明，去除DNA甲基化可以使CTCF（CCCTC-bindingfactor）与
E_GENE·2023-08-19 17:36

Bioconda软件安装神器：多版本并存、环境复制、环境导出

seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析
生信宝典·2023-08-19 01:51

MIT 6.047 | 基因组学机器学习(2020·完整版)2022-11-28-1-intro

AnalyzedRNAseqdataforthePseudomonasdiversityincysticfibrosissputumvs.lungsamples分析了囊性纤维化痰vs肺样本中假单胞菌多样性的RNA
八段锦1134·2023-08-18 14:25

聚类分析

分类聚类分析主要分为几个大类：1）基于分割的聚类，比如k-means,k-median2）层次聚类3）基于密度的聚类4）基于概率密度分布的聚类例子1、基于分割的聚类#要是没有这个包的话，首先需要安装一下
小七玩数据·2023-08-18 14:26

2022-07-11

现在，研究人员已经使用单细胞RNA-seq来表征未分化多形性肉瘤小鼠模型的免疫组成。他们发现软组织肉瘤会产生一种
图灵基因·2023-08-18 12:43

数学建模之“聚类分析”原理详解

一、聚类分析的概念1、聚类分析（又称群分析）是研究样品（或指标）分类问题的一种多元统计法。2、主要方法：系统聚类法、有序样品聚类法、动态聚类法、模糊聚类法、图论聚类法、聚类预报法等。
小小_扫地僧·2023-08-18 11:15

对于生物信息的几款软件的深究

NCBI-BLASTSRA-ToolkitHISAT2用来rna-seqbwa用来DNA环境变量：envexport显示变量值：echo$变量名变量名之前一定要有$echo才能讲变量名替换成实际变量值vim
c4d82bfede08·2023-08-18 04:52

遗传所屠强研究组开发Decode-seq方法显著提高差异表达基因分析的准确性

转录组分析的正确姿势（第三版）前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2023-08-18 03:30

R语言文本挖掘：kmeans聚类分析上海玛雅水公园景区五一假期评论词云可视化|附代码数据

文本聚类其实也就是聚类分析在文本方向上的应用,首先我们要把一个个文档的自然语言转换成数学信息，这样形成高维空间点之后再去计
·2023-08-18 00:51

RNA速率模型分岔图分析举例

RNA速率模型严格方程为：其中：u代表unsplicedreads数s代表splicedreads数α代表转录速率β代表剪切速率γ代表RNA降解率假设β=1；α，γ为常数，我们可以得到简化版的方程：我们单独讨论
小潤澤·2023-08-17 15:52

10X空间转录组的一个案例：小鼠大脑

INTRODUCTION为了展示空间转录组学技术的潜力，下面介绍一些由空间解析RNA测序数据的基本分析。为了产生这个数据集，我们在小鼠大脑的冠状切面上进行了空间转录组分析。
周运来就是我·2023-08-17 14:32

rna-seq批量pipeline

###拿到cleandata之后先trimmomatic此列选用特异的adapter序列##foriin*1.clean.fq.gz;doi=${i%1.clean.fq.gz*};trimmomaticPE-threads30${i}1.clean.fq.gz${i}2.clean.fq.gz${i}1.paired.fastq${i}1.unpaired.fastq${i}2.paired.f
njmujjc·2023-08-17 12:10

聚类分析

物以类聚类中的个体具有相似性，相似性聚类无监督学习：使用不知类别的样本集进行分类器设计基于概率密度函数估计的方法（难点在于密度函数如何估计）基于样本集间相似性度量的方法（聚类分析）训练前，甚至没有确切的类别数目和类别定义
浩宇Harry·2023-08-17 07:03

CNS图表复现11—RNA-seq数据可不只是表达量矩阵结果

本文是参考学习CNS图表复现11—RNA-seq数据可不只是表达量矩阵结果的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。
Seurat_·2023-08-16 23:26

生信学习--生物数据库大全

★EMBL库，欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA序列库。http://ww
weixin_30321709·2023-08-16 04:22

数据挖掘岗位分析与应用

目录1.数据挖掘简介1.1概念1.2基本方法2.分类分析2.1概念2.2基本方法2.3分类方法的对比3.聚类分析3.1概念3.2基本方法3.3聚类分析方法的对比4.神经网络4.1概念4.2基本方法5.数据挖掘岗位分析
草帽小子_一个数据人的自留地·2023-08-16 02:47

GO，KEGG，DO 富集分析

对基因的分类描述对基因的描述1、cellularcomponent,CC(基因存在于细胞质还是细胞核，是线粒体还是其他细胞器)细胞组成2、Biologicalprocess,BP（能够参与哪一个生物学过程，参与rna
奔跑的Forrest·2023-08-15 23:01

聚类算法介绍（欧氏距离和余弦距离）

3.在聚类分析中，样本之间相似性通常采用样本之间的距离来表示，距离越大表示两个样本越不相似，差异性越大。距离越小，样本差异性越大，距离为零表示两个样本完全一样，无差异。4.连续型数值计量
海滩上的那乌克丽丽·2023-08-15 21:06

病毒或寄生生物将寄主杀死，不久后自己也会死亡：是否符合自然进化原理？

作为一种非细胞生命形态，病毒个体微小，结构简单，由一条核酸长链（DNA或RNA）和蛋白质构成。
夏虫儿语冰·2023-08-15 10:17

游离RNA该如何提取

.产品特点◎操作简便快速，可在半小时内获得理想的RNA；◎提取RNA纯度高，无抑制剂，A260/A280为1.8-2.0；◎产量更高，较国内同类产品高出20%；◎可用于小量（200μL）血清、血浆、胸腹水
清风拂面vv·2023-08-15 09:52

Single Cell RNA-seq Analysis 学习记录（二）：数据整理

处理原始scRNA-seq数据2.1FastQC当你获取到单细胞下机数据的时候，第一步需要做的就是检查数据质量。本次教程使用的数据为(Kolodziejczyketal.2015)发表的文章内使用SMART-seq技术做的单细胞测序结果。示例数据下载地址[1]ERR522959_1.fastq和ERR522959_2.fastq数据质量查看这里我们推荐使用fastQC。fastQC是由Babrah
面面的徐爷·2023-08-14 19:44

2022-07-31

从一开始的R语言实战，到Linux基础，再到实战下载的fastq数据一路以来就是不断地犯错+debug+Google那么RNA-Seq的学习告一段落，马上开始GEO数据库挖掘的学习，因为我发现有关ID转化
佳奥·2023-08-14 18:49

2022-09-06

NatBiotech|中科院杨辉组通过靶向RNA降解的高保真Cas13变体降低副作用原创图灵基因图灵基因2022-09-0610:10发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制CRISPR–Cas13——
图灵基因·2023-08-14 14:02

聚类分析、线性回归分析与分类分析（逻辑回归模型）

、读取数据②了解数据概况且对后续建模进行数据处理③建立线性回归模型2.逻辑回归模型①统计预测目标结果（流失）中的0和1比例②观察导致目标结果（高流失率）是哪些变量③逻辑回归模型建立与优化④模型解读3.聚类分析模型
且去不靠岸·2023-08-14 08:59

weka的基本使用

目录：1.简介2.界面初识3.数据格式4.数据准备5.关联规则6.分类与回归7.聚类分析8.Weka相关资料9.Weka二次开发10.Weka源代码导入1.简介WEKA的全名是怀卡托智能分析环境（WaikatoEnvironmentforKnowledgeAnalysis
weixin_30641465·2023-08-14 05:28

weka软件的使用，CBR非偶然性规划

weka的基本使用-RongT-博客园(cnblogs.com)weka的基本使用目录：1.简介2.界面初识3.数据格式4.数据准备5.关联规则6.分类与回归7.聚类分析8.Weka相关资料9.Weka
煜成'Studio·2023-08-14 05:28

WEKA使用教程(经典教程转载)

WEKA使用教程目录1.简介2.数据格式3.数据准备4.关联规则（购物篮分析）5.分类与回归6.聚类分析1.简介WEKA的全名是怀卡托智能分析环境（WaikatoEnvironmentforKnowledgeAnalysis
冥想者-定·2023-08-14 05:57

释放马氏距离的力量：用 Python 探索多元数据分析

MahalanobisDistance可以应用于各种机器学习算法中，如聚类分析、分类算法和异常检测。维沙尔·夏尔马
无水先生·2023-08-13 17:38

RNA 11. SCI 文章中基因表达富集之 GSEA

前言目前基于RNA做分析的文章中几乎都有GSEA的分析内容，并且都是出现在正文，那么这个也是表达基因筛选的一种重要方式，下面我将整个流程梳理一下，供大家参考。
桓峰基因·2023-08-13 13:50
上一页 13 14 15 16 17 18 19 20 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他