rna聚类分析第14页

柿子基因组测序与其性别决定系统的进化分析

生信石头·2023-09-24 21:08

RNA-seq的差异基因除了热图/火山图，你还可以如何展示？

差异基因展示方式除了热图、火山图，还有传说中的“瀑布图”（不确定是不是叫瀑布图，我感觉更像S型图），近两天我在浏览的时候发现了一篇好文，来自作者ZZZZZZ_XX的一篇：测序结果概览：基因表达量rank瀑布图，高密度表达相关性散点图，注释特定基因及errorbar的表达相关性散点图绘制，觉得里面有一张图很有意思，于是就想试试。所以就随便找了一个差异基因列表操练起来：NOTE:这里的代码和原作者并不

生信start_site·2023-09-24 09:18

疫情.怡情(之五百三十七)

而第三剂疫苗初步确定是使用RNA信使蛋白，即辉瑞和莫德纳疫苗。随着全球开始或计划为公民接种第三剂新冠疫苗的国家增多，世界卫生组织却发出不同声音：强烈反对富裕

飞扬的雪ing·2023-09-23 20:41

微生物测序该怎么选，16S or 宏基因组?

基本简介一、16SrRNA16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23SrRNA。

唯问生物·2023-09-23 07:53

processor wei's papers 阅读

非监督特征选择的两大主题：保存可靠的局部信息实现良好的聚类归类现存的方法无法同时很好地达到以上两个主题目标，为了解决这个问题，本文提出了融合聚类分析方法，该方法集成了稀疏特征选择和鲁棒

雨住多一横·2023-09-23 03:10

机器学习第十一课--K-Means聚类

一.聚类的概念K-Means算法是最经典的聚类算法，几乎所有的聚类分析场景，你都可以使用K-Means，而且在营销场景上，它就是"King"，所以不管从事数据分析师甚至是AI工程师，不知道K-Means

好人cc·2023-09-22 21:46

一个逆天的small RNA-seq数据挖掘神器

大家好，我是白介素2同学，继续分享数据挖掘神器。随着高通量测序技术的不断发展完善，大批量的基因组数据积累在数据库中，这个大家都很清楚。近些年，越来越多的证据表明samllnon-codingRNA（sncRNAs)也发挥了很重要的调节作用。同样的，分析这些数据对物生物信息背景的研究人员而言存在诸多困难，这个时候我们就需要一款神器助攻了。先看看大概长啥样，简洁干净清爽的界面，名字就叫SPAR，不是那

医科研·2023-09-22 17:27

拟南芥长链非编码RNA(lncRNA)鉴定的一个简单小例子

链特异性文库数据对应的论文IdentificationandcharacterizationofnovellncRNAsinArabidopsisthaliana看了下投稿时间image.png3天，也太吓人了吧！！！期刊是BiochemicalandBiophysicalResearchCommunicationsBBRC印象里好像看过介绍这个期刊的文章，特点就是审稿快，4区，3年平均影响因子2

小明的数据分析笔记本·2023-09-22 05:25

宏病毒组学 | 人体肠道病毒组学

这些病毒以DNA病毒为主，伴有少数RNA病毒。噬菌体、真核病毒和植物源病毒与共生细菌和肠道屏障相互作用，促进肠道健康所必需的重要功能(图1)。

E_GENE·2023-09-22 01:44

CASP15比赛的新出的相关任务内容

在CASP15中，引入了四种新的预测类别：RNA结构、配体-蛋白复合物、低聚结构及其界面的准确性，以及备选构象的集合。本文列出了这些类别的技术规范，并描述了它们在CASP数据管理系统中

DrugPython·2023-09-21 23:49

RFect siRNA转染试剂

RFect可用来转染siRNA、antisenseRNA、microRNA等200bp以内的小分子RNA和DNA。

别踩我的菜·2023-09-21 22:26

K-Means

111Reference:[1]基于密度的聚类DBSCAN解释与实例计算_哔哩哔哩_bilibili[2]python:各省市消费水平聚类分析-KMeans和DBSCAN的实现-知乎

Tancenter·2023-09-21 19:35

2022-03-28

NatBiotech|RNA碱基编辑的临床前概念验证原创图灵基因图灵基因2022-03-2807:03收录于话题#前沿分子生物学技术WaveLifeSciences的研究人员已经发布了积极的临床前概念验证数据

图灵基因·2023-09-21 15:11

RT-PCR、QPCR、Real-time PCR、Real-time RT-PCR 你真的区分的开吗？

在RT-PCR中，一条RNA链被逆转录成为互补DNA，再以此为模板通过PCR进行DNA扩增。那什么是qPCR、Real-time-PCR？其实Rea-time-PCR和

济南赛傲·2023-09-21 05:18

认知心理学

病毒是由一个核酸分子（DNA或RNA）与蛋白质构成的非细胞形态，是一种介于生命体及非生命体之间的有机物种。

黑色玫瑰d·2023-09-21 02:46

用户研究方法

但实际应用中，一般都是相互结合使用，常用的定性研究方法有卡片分类法、焦点小组、用户访谈、聚类分析、语义差异法、现场调查、移情图等，常用的定量研究方法有问卷、VOC、数据分析等。

热心市民王真诚·2023-09-20 22:19

【陈巍学基因-3】small RNA-seq

这次介绍：1.smallRNA建库测序方法2.smallRNA的生物信息学分析表达量差异分析聚类分析靶基因的GeneOntology分析(GO分析)靶基因的KEGGPathway分析3.血清、血浆microRNA

oddxix·2023-09-20 14:08

R语言APRIORI关联规则、K-MEANS均值聚类分析中药专利复方治疗用药规律网络可视化...

全文链接：http://tecdat.cn/?p=30605应用关联规则、聚类方法等数据挖掘技术分析治疗的中药专利复方组方配伍规律（点击文末“阅读原文”获取完整代码数据）。方法检索治疗中药专利复方，排除外用中药及中西药物合用的复方。最近我们被要求撰写关于用药规律的研究报告，包括一些图形和统计输出。对入选的中药专利复方进行术语规范化等处理，抽取信息、建立表，应用数据分析软件R对数据进行关联规则分析，

拓端研究室TRL·2023-09-20 14:34

RNAseq教程（3.1）

IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA

周小钊·2023-09-20 14:08

论文笔记：Clustering and Unsupervised Anomaly Detection with L2 Normalized Deep Auto-Encoder Represent...

1.Introduction深度学习兴起后人们把深度无监督学习的表征方法用于聚类分析当中，大多数方法都是利用自编码提取到的特征来进行聚类并在此基础上定义一个聚类损失来调整参数。

melo4·2023-09-20 13:15

如何使用pyspark统计词频？

算法包括分类与回归、支持向量机、回归、线性回归、决策树、朴素贝叶斯、聚类分析、协同

shadowcz007·2023-09-20 05:51

2021-06-17

结合GSEA，解释permutationtest：首先，有两种phenotype（treat和control）的RNA-seq的结果，即每个基因在这两种phenotype中的表达量。

孟婆给咱来碗汤_cc67·2023-09-20 05:26

数据挖掘：概念与技术（第三版）之第十章的学习记录

KDD对聚类分析的要求是P289,10.1.2。基本的聚类方法

張清扬·2023-09-20 05:27

数据挖掘：概念与技术第一章

1.3.1数据库和数据仓库的区别1.3.2事务数据1.4可以挖掘什么==类型的模式==1.4.1类/概念描述：特征化与区分1.4.2挖掘频繁模式、关联和相关性1.4.3用于预测分析的分类与回归1.4.4聚类分析

Helelllllle·2023-09-20 05:52

代码分析 | 单细胞转录组clustering详解

聚类可视化NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞

生信宝典·2023-09-20 04:14

单细胞转录组在心血管系统发育、疾病与医学中的研究

需要一步一步去咀嚼，不要在头脑中模棱两可Single-cellRNAsequencingincardiovasculardevelopment,diseaseandmedicine导读：在过去的10年里，单细胞RNA

不如好好学生信吧·2023-09-20 03:27

（2）10X单细胞聚类

image.pnglibrary(Seurat)library(ggplot2)library(dplyr)options(stringsAsFactors=F)##第1步：读入表达矩阵data=250&nFeature_RNA

呆呱呱·2023-09-19 10:34

2020疫情之下的人生思考（1）

2019年的农历春节令人难忘，可以说人生当中唯一的春节发生了，人类被一个单链体RNA，还不算是细胞的东东搞得全国轰动，让我得以认真地思考2020这个世界末日之下作为人类存在的意义是什么？

张程_ec27·2023-09-19 03:45

5.4 转换数据

5.4转换数据5.4.1哑变量处理类别型数据5.4.2离散化连续型数据1、等宽法2、等频法3、聚类分析法数据集E:/Input/ptest.csv5.4.1哑变量处理类别型数据数据分析模型中有相当一部分的算法模型都要求输入的特征为数值型

清木!·2023-09-19 03:58

外泌体该如何提取

BIOG产品特点◎操作简便快速，可在半小时内获得理想的RNA；◎提取RNA纯度高，无抑制剂，A260/A280为1.8-2.0；◎产量更高，较国内同类产品高出20%；◎可用于小量（200μL）血清、血浆

清风拂面vv·2023-09-19 00:56

一篇综述搞懂m6A、非编码RNA、肿瘤干性调控关系

Theinterplaybetweenm6AmodificationandnoncodingRNAincancerstemnessmodulation:mechanisms,signalingpathways,andclinicalimplicationsm6A修饰和非编码RNA

概普生信·2023-09-18 15:53

易基因：MeRIP-seq等揭示mRNA m6A甲基化调控拟南芥的抗寒性分子机制｜植物抗逆

最近研究表明，m6A、m5C等RNA修饰可以影响RNA调控和鉴定mRNA修饰稳定性，从而揭示了另一层在调控基因表达中发挥重要作用的转录后调控。m6A在植物生长

易基因科技·2023-09-18 14:36

易基因： WGBS等揭示DNA甲基化调控林地草莓植株高度和果实大小的分子机制｜植物发育

RNA介导的DNA甲基化(RNA-directedDNAmethylation，RdDM)通路调控植物中所有三种序列背景下的novoDNA甲基化。RdDM通路非常复杂，由许多蛋白质和非编码RNA组成。

易基因科技·2023-09-18 14:36

TBtools的开发只是为了赶课题(一)

启动基金的支持和广东省教育厅的创新团队项目的支持，课题组成员，HR编辑以及匿名审稿人在文章整理过程中提出的宝贵建议高大上又接地气的HorticultueResearch微信公众号，已经推了一文，即《华南农大青年千人夏瑞课题组概述了园艺作物小分子RNA

生信石头·2023-09-18 10:39

表观遗传学-siRNA与miRNA介导的调控

一、TraditionalRNAsimage.png二、非编码RNA（调控作用）1、InterferenceRNA(RNAi)2、ShortinterferingRNA(siRNA)3、MicroRNA

Zhigang_Han·2023-09-18 08:20

单细胞测序的纯生信套路

单细胞RNA测序揭示细菌性肺炎继发脓毒症发病机制中的免疫细胞功能障碍背景知识：在脓毒症期间，宿主对感染病原体的免疫反应失调会导致器官功能障碍。

概普生信·2023-09-18 06:26

scanpy用于单细胞的降维聚类分析

hi，大家好，好久不见，这次跟大家分享一个单细胞降维聚类的新的分析方法scanpy，目前大部多数文章用的单细胞分析均用的Seurat分析包，目前已经更新到了3.0版本，在原有的基础上进行了优化，最大的变化就是在T-SNE方法的基础上添加了U-map的降维分析方法，相信很多道友已经尝试过了，不知道是否达到了预期呢？今天我们就来分享一下python带来的新方法，也许，就是你想要的。第一步，加载模块im

单细胞空间交响乐·2023-09-18 02:25

m6A都有哪些相关验证实验？来看一下吧

嘉因小助手·2023-09-17 09:25

计算机科学与Python编程导论 15次作业

聚类分析又称群分析，它是研究(样品或指标)分类问题的一种统计分析方法。聚类分析起源于分类学，但是聚类不等于分类。聚类与分类的不同在于，聚类所要求划分的类是未知的。

S_Valley_DiDa·2023-09-17 09:05

单细胞分析实录(11): inferCNV的基本用法

InferCNV可以用于肿瘤单细胞RNA-Seq数据中鉴定大规模染色体拷贝数变异，例如整个染色体或大片段染色体的扩增或缺失。

TOP生物信息·2023-09-17 08:29

层次聚类分析

1、python语言fromscipy.clusterimporthierarchy#导入层次聚类算法importmatplotlib.pylabaspltimportnumpyasnp#生成示例数据np.random.seed(0)data=np.random.random((20,1))#使用树状图找到最佳聚类数Z=hierarchy.linkage(data,method='weighted

清纯世纪·2023-09-17 05:51

单细胞教程04-09

发了几次总是被锁定，哎，再发一次吧04单细胞测序质量控制https://mp.weixin.qq.com/s/Q8TtPfELASf0E5u2WsXg0g05单细胞RNA-seq：归一化和PCA理论https

土豆学生信·2023-09-17 03:18

16S rRNA&rDNA测序分析

16SrRNA&rDNA测序分析第一节-OTU概述-qiime安装1.116s测序16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。16SrRNA基因

宁生信·2023-09-16 22:23

16S rdna 菌种鉴定

一、为什么选择16Srdna进行菌种鉴定：细菌的rRNA是细胞内含量最多的RNA，约占RNA总量的80%以上，由高度保守区和可变区组成。

avareart·2023-09-16 22:53

微生物测序应该用16S 还是宏基因组？