rna聚类分析第15页

预测多基因扰动的转录结果

作者提出了图增强的基因激活和抑制模拟器（GEARS，graph-enhancedgeneactivationandrepressionsimulator），这是一种将深度学习与基因-基因关系知识图相结合的方法，利用单细胞RNA

tzc_fly·2023-09-14 16:57

基于 Cell ID 的单细胞基因指纹特征提取和细胞身份识别的新方法

image-20210615135757667我们知道单细胞RNA测

黄树嘉·2023-09-13 10:46

【文献解读】结合基于微阵列的空间转录组和单细胞RNA-seq揭示胰腺导管腺癌的组织结构

单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够系统地识别组织中的细胞群，但表征它们的空间组织仍然具有挑战性。

六博说·2023-09-13 08:00

在线作图|在线做有/无生物学重复的差异分析

有/无生物学重复的差异分析差异分析在转录组分析中运用广泛，它是计算两组间差异表达的基因的分析，常包含差异表达水平分析、重复相关性评估、差异表达基因聚类分析等等。

维凡生物·2023-09-13 00:39

poi聚类尝试

目前在搞一个基于GIS地图的POI聚类分析，所得数据特征并不丰富，而且多数特征无用，要在地图上做出花样来有点难啊，反复思索了很多种解法POI数据含坐标1.数据预处理：CLASS十六进制转十进制，DISTRICT

Murphy哈·2023-09-12 15:50

RNAseq教程（1.6）

IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA

周小钊·2023-09-12 10:12

图像处理-图像分割算法介绍

【嵌牛鼻子】图像分割【嵌牛正文】图像分割的主要算法：1.基于阈值的分割方法2.基于边缘的分割方法3.基于区域的分割方法4.基于聚类分析的图像分割

梦付千秋_37fe·2023-09-12 03:49

2022-11-17

NatBiotech|可编程真核蛋白合成,利用ADAR的RNA传感器原创图灵基因图灵基因2022-11-1710:11发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术511个麻省理工学院-哈佛大学Broad研究所和麻省理工学院

图灵基因·2023-09-11 20:46

paper.2

paper.2同journal同期同国人发表的一起拿过来学习啦，这个题目还短一些哎，意在研究这个RNA调控对子怎么做，好，这个直接把ceRNA机制拿出来啦Genome-WideAnalysisofPrognosticlncRNAs

Mabel娜·2023-09-11 16:42

已知矩阵，制作RNA_motif的logo

这是一个很简单的诉求，可以用的方法有很多，今天谈一下MotifStack.介绍链接：MotifStack先弄清楚，motif的矩阵格式。DNAmotif矩阵数据大家应该看明白了，motif的矩阵格式为：横轴为对应碱基位置，纵轴为ACGT的概率。故所有其他格式的矩阵，都要换为这个格式。我用的代码如下:##将原文件行列互换另存为ipt.txtrm(list=ls())if(!requireNamesp

Ray钱·2023-09-11 13:59

RNA甲基化修饰m6A检测热门技术—MeRIP-seq

m6A甲基化是转录后调控中重要的表观遗传修饰方式，它普遍存在于病毒和真核生物中。MeRIP-seq（高通量测序法）作为m6A修饰的检测方法，其具有针对全基因组范围内检测m6A的存在；能够明确每个基因的修饰水平，进行组与组之间比较等优势。接下来就让小编带大家详细了解m6A和MeRIP-seq。1.在介绍m6A之前，首先认识一下什么是转录后调控？转录后调控(post-transcriptionalco

felix108·2023-09-11 06:20

[生信]单细胞测序数据分析的各类软件汇总

Github上有人收录了各类单细胞RNA测序的数据分析软件，包括RNA-seq和ATAC-seq等。https://github.com/seandavi/awesome-single-cell

MC学公卫·2023-09-11 02:54

RNA 36. SCI 文基于转录组数据识别CNV并可视化 (CaSpER)

转录分析教程整理如下：RNA1.基因表达那些事--基于GEORNA2.SCI文章中基于GEO的差异表达基因之limmaRNA3.SCI文章中基于TCGA差异表达基因之DESeq2RNA4.SCI文章中基于

桓峰基因·2023-09-10 19:41

基因类型

通常用基因芯片、RNA-seq

YX_Andrew·2023-09-10 02:28

最优化：建模、算法与理论（优化建模——2）

3.10K-均值聚类聚类分析是统计学中的一个基本问题，其在机器学习，数据挖掘，模式识别和图像分析中有着重要应用。聚类不同于分类，在聚类问题中我们仅仅知道数据点本身，而不知道每个数据点具体的标签。

平平平安喔·2023-09-10 01:05

身份证省市区SQL代码

；②第3、4位数字表示：所在城市的代码;③第5、6位数字表示：所在区县的代码;SQL源码：链接：https://pan.baidu.com/s/1NOMomMsnRDm7yjobmM7kEg提取码：3rna

fyhju1·2023-09-09 20:27

聚类分析 | MATLAB实现基于SOM自组织特征映射聚类可视化

聚类分析|MATLAB实现基于SOM自组织特征映射聚类可视化目录聚类分析|MATLAB实现基于SOM自组织特征映射聚类可视化效果一览基本介绍程序设计参考资料效果一览基本介绍基于自组织特征映射聚类算法(SOM

机器学习之心·2023-09-09 19:22

聚类分析之k-means算法(SSE、轮廓分析）

这篇文章主要介绍无监督算法，通过聚类分析来处理无类标数据。我们事先并不知道数据的正确结果(类标)，通过聚类算法来发现和挖掘数据本身的结构信息，对数据进行分簇(分类)。

I小码哥·2023-09-09 06:40

小王的RNA-seq傻瓜学习教程

1、NCBI-原始SRA数据的下载只会下到电脑上通过WinSCPC传到服务器，其他方法还没试过！后续要学一下滴原始数据下载GEO其实提供了不同格式的数据呢2、SRA数据转fastq格式首先明确是单端测序还是双端测序！！fastq-dump.sra文件然后压缩一下（因为节省空间）gripSRR.fastq3、质控及去接头trim_galore自动检测adapter的质控软件，具体参数--length

pudding815·2023-09-09 02:57

人体肺部组织发育过程中R-spondin2阳性间质细胞形成Bud tip 祖细胞生态位（一）

本文作者通过人体肺组织单细胞RNA测序数据发现发育过程中间质细胞群高度富集WNT信号通路分子Rspo2，同时budtip邻近部位高表达Rspo2受体Lgr5分子。

玫姝儿·2023-09-08 02:14

单细胞RNA-seq+调控网络，深度剖析TNBCSingle-cell RNA-seq dissects the intratumoral heterogeneity of triple-neg...

Single-cellRNA-seqdissectstheintratumoralheterogeneityoftriple-negativebreastcancerbasedongeneregulatorynetworks基于基因调控网络的单细胞RNA-seq

生信学霸·2023-09-07 14:08

【K 均值聚类】02/5：简介

聚类分析的目标是将数据划分为同类聚类。每个聚类中的点彼此之间比其他聚类中的点更相似。无监督机器学习是在没有任何标签的数据集上进行训练的。目标是发现数据中的模式或关系，而不是根据一组标记的示例进行预测。

无水先生·2023-09-07 04:47

使用高斯混合模型进行聚类

一、说明高斯混合模型（GMM）是一种基于概率密度估计的聚类分析技术。它假设数据点是由具有不同均值和方差的多个高斯分布的混合生成的。它可以在某些结果中提供有效的聚类结果。

无水先生·2023-09-07 04:17

TCGA数据分析（4）

TCGA数据分析(1):如何从TCGA下载数据TCGA数据分析(2)：如何从TCGA检索数据TCGA数据分析(3)：RNA-seq表达数据预处理这次讲解如何从metadata.json中获得分组信息，如果你有

dming1024·2023-09-06 08:16

生化中的感人故事

蛋白说："你好，我是RNA水解酶。"mRNA沉默了一下，说："没关系，反正我本来也活不了多久，你就陪陪我吧。"蛋白说："好"。于是两个人就手拉手默默地站在一起。

莫屿花开·2023-09-06 07:56

阿里云国外服务器处理转录组数据RNA-seq

#美国弗吉尼亚8核64G，高主频型4.5rmb/h新建用户adduserwuxiaobinpasswdwuxiaobin赋予root权限：usermod-grootwuxiaobin修改/etc/sudoers文件重启准备工作#安装RSEMwget-chttps://github.com/deweylab/RSEM/archive/v1.3.1.tar.gztar-xzvf..#安装相应配件sud

好风凭借力·2023-09-06 07:31

2021-08-14 头颈部鳞状细胞癌中PD-L1 和 m 6 A RNA 甲基化调节因子的免疫浸润的综合分析

1628943565(1).pngAbstract由于大多数研究都集中在肿瘤的内在致癌途径，因此N6-甲基腺苷(m6A)甲基化在肿瘤免疫微环境(TIME)中的潜在作用仍然难以捉摸。在此，我们系统地探讨了769例头颈部鳞状细胞癌（HNSCC；癌症基因组图谱[TCGA]队列，n=499；GSE65858队列，n=270）中突出的m6A调节因子与PD-L1和免疫浸润的相关性）。PD-L1表达明显与m6A

卅衣·2023-09-06 04:09

seurat单细胞转录组整合分析教程-02

ifnb.list#$CTRL#AnobjectofclassSeurat#14053featuresacross6548sampleswithin1assay#Activeassay:RNA(140

whitebird·2023-09-06 02:00

【星戈瑞】CY7-COOH在分子生物学研究中的应用

核酸标记：CY7-COOH可以用于标记DNA、RNA等核酸分子，用于分析基因表达、核酸杂交实验等。细胞内示

星戈瑞-荧光居·2023-09-05 03:08

【文献速递】-science齐发-人类胚胎发育单细胞基因表达及染色质开放图谱

研究人员利用sci-RNA-seq3的技术，在15种类型的胎儿组织中分析了基因表达。这项技术用三个DNA“条形码”的独特组合标记每个细胞，从而使研究人员无需物理分离即可跟踪细胞。

六博说·2023-09-04 15:28

Nature commun |晚期胰腺导管腺癌中自发进化的祖细胞niches逃避Yap癌基因成瘾

那么，在晚期胰腺导管腺癌(PDAC)中结合RNA-seq和Cut&Tag技术对肿瘤自发复发研究有什么样的影响呢？看看今天我们带来的文章。

爱基百客·2023-09-04 06:04

RNA结合蛋白研究技术：RIP-seq实验分析流程及案例分享

RNA免疫共沉淀—RIP-seq（RNAImmunoprecipititation）是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术，RIP利用目标蛋白的抗体将相应的RNA-蛋白复合物（RBP）沉淀下来，分离纯化捕获的

爱基百客·2023-09-04 06:03

零基础练习一个RNA-seq分析】CH0：准备一个云服务器

写在最前面大概也是受到了【时代灰尘】的重压，原来的实验计划全盘打乱，本来计划利用疫情期间要写完的综述看起来也要虎头蛇尾了。在经历了一个惨淡的保研申请季后，决定重新把精力放到自己的课题上来，一方面听从老板的建议，充实一下自己保研答辩的PPT，另一方面也是冲淡一下夏令营带来的挫败感。作为一个计算机小白，从搭建一个云服务器开始，学习Linux，跟着@Y大宽姐姐和@徐洲更hoptop哥哥的慢慢摸索。到今天

josia_luo·2023-09-04 04:59

生物基础知识---CDS，基因，Matlab生物信息工具箱

编码区是指能够转录信使RNA的部分

素材积累·2023-09-03 09:39

单细胞转录组数据 + 动力学：常见软件包&一般研究内容

目录RNA剪接动力学：eg.RNAvelocityVelocyto细胞发育和分化轨迹推断monoclescveloPAGA总结基因调控网络RNA剪接动力学：eg.RNAvelocityVelocyto细胞发育和分化轨迹推断

素材积累·2023-09-03 09:09

生物大分子 vs 生物小分子

生物大分子包括蛋白质、核酸（包括DNA和RNA）、多糖和脂质。它们是生物体内的重要分子，具有关键的生物功能和结构特征。

素材积累·2023-09-03 09:09

求臻医学：肿瘤免疫微环境+RNA：破解免疫治疗单一biomarker困境

臻话RNA|第7期近年来，肿瘤精准医疗飞速发展，尤其是ALK、ROS1、RET、NTRK、FGFR等以结构变异为主的靶向药物陆续上市，越来越多患者从中获益。

求小臻·2023-09-03 00:35

m6A甲基化

前沿表观遗传学，包括组蛋白共价修饰(covalenthistonemodification)、DNA甲基化修饰(DNAmethylation)、RNA甲基化修饰(RNAmethylation)、基因组印记

Seurat_Satija·2023-09-02 19:14

深度神经网络+聚类的概述

【导读】本篇介绍了深度神经网络表示学习+聚类的方法（深度聚类）综述，有帮助的话，文末点个赞吧~聚类分析在机器学习和数据挖掘中非常重要。

风度78·2023-09-02 07:46

老化的骨骼干细胞产生炎性退行性微环境

单细胞RNA测序研究显示功能丧失与衰老小鼠SSC转录组多样性减少直接相关，这导致了骨髓微环境的转化。年轻造血干细胞的

felix108·2023-09-02 00:36

基本介绍——数据挖掘

1.数据挖掘的定义数据挖掘是采用数学的、统计的、人工智能和神经网络等领域的科学方法，如记忆推理、聚类分析、关联分析、决策树、神经网络、基因算法等技术，从大量数据中挖掘出隐含的、先前未知的、对决策有潜在价值的关系

Elseide艾思·2023-09-02 00:13

RNA-seq 详细教程：样本质控（6）

学习目标了解计数数据变换方法的重要性了解PCA(principalcomponentanalysis)了解如何使用PCA和层次聚类评估样本质量1.质控DESeq2工作流程的下一步是QC，其中包括样本和基因程度上，以对计数数据执行QC检查，以帮助我们确保样本或重复看起来良好。QC2.样本QCRNA-seq分析中一个有用的初始步骤通常是评估样本之间的整体相似性：哪些样本彼此相似，哪些不同？这是否符合实

冷冻工厂·2023-09-01 11:23

kmeans常见考点

1、kmeans简介k均值聚类算法（k-meansclusteringalgorithm）是一种迭代求解的聚类分析算法，其步骤是，预将数据分为K组，则随机选取K个对象作为初始的聚类中心，然后计算每个对象与各个种子聚类中心之间的距离

frostjsy·2023-09-01 05:14

一个关于机器人的梦

做了个梦，是关于机器人的，感觉很奇怪，起因是下面的这个比喻：“DNA=程序源代码，RNA=源程序编译器，蛋白质=最终用户的应用软件，mRNA=附带一段源程序的编译器。”

白肥大叔兔·2023-08-31 17:49

Ensembl 简介及其参考基因组

BioMart是强大的RNA在线ID转换工具；BLAST是

花色匆匆·2023-08-31 14:06

分子知识

寡核苷酸(Oligonucleotide)是一类只有20个以下碱基的短链核苷酸的总称（包括脱氧核糖核酸DNA或核糖核酸RNA内的核苷酸），寡核苷酸可以很容易地和它们的互补对链接，所以常用来作为探针确定DNA

mini炒年糕·2023-08-31 04:14

R语言APRIORI关联规则、K-MEANS均值聚类分析中药专利复方治疗用药规律网络可视化...

全文链接：http://tecdat.cn/?p=30605应用关联规则、聚类方法等数据挖掘技术分析治疗的中药专利复方组方配伍规律（点击文末“阅读原文”获取完整代码数据）。方法检索治疗中药专利复方，排除外用中药及中西药物合用的复方。最近我们被要求撰写关于用药规律的研究报告，包括一些图形和统计输出。对入选的中药专利复方进行术语规范化等处理，抽取信息、建立表，应用数据分析软件R对数据进行关联规则分析，

拓端研究室TRL·2023-08-31 03:28

miRNA的下一个研究浪潮？A-to-I edited miRNA走起！

提到非编码RNA，大家最熟悉的就是miRNA,miRNA靶基因研究，miRNA-lncRNA研究等等。小编最近发现了一个miRNA的新研究：A-to-IeditedmiRNA。

唯问生物·2023-08-30 19:18

2022-03-31聊聊抗原检测

看了张医生的介绍视频，就是以往的核酸检测检验的是病毒的基因RNA，需要扩增，什么意思？就是病毒基因太少了，看不出来，需要通过技术去复制。一般德国的标准是复制30轮，我们可以理解为2的30次方。

如月公子·2023-08-30 16:17

10X单细胞（10X空间转录组）聚类分析之scDCC

hi，各位好，今天我们努努力，看一下10X单细胞和10X空间转录组普遍存在的dropout现象对我们数据分析的影响和文章中的方法scDCC是如何规避的，文章在Model-baseddeepembeddingforconstrainedclusteringanalysisofsinglecellRNA-seqdata,2021年3月发表于NC，中国人发表的，不算低了，有关dropout的知识，大家可

单细胞空间交响乐·2023-08-30 12:41

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