- 2022-11-26
fb6697f26c1b
生信记录11.fastqc路径/root/anaconda3/bin/FastQC/执行./root/anaconda3/bin/FastQC/fastqc结果/root/sratoolkit.3.0.1-centos_linux64/bin2.prefetch路径/root/sratoolkit.3.0.1-centos_linux64/bin执行./prefetch结果/root/sratoo
- 2022-09-16-10X-single cell 上游分析流程
小小_4dbf
step1_从网站上下载.sra文件:#asper下载id=”批量链接“catid|whilereadid;do(ascp-v-QT-l400m-P33001-k1-iasper安装路径/etc/asperaweb_id_dsa.openssh$id./);done#wget下载(时快时慢)cd/存放文件/路径wget"下载链接“#sratoolkit下载(id以SRR等开头)catid|whil
- 2018-12-12 软件安装
悦时光_
今天的学习主要包括两个部分;截图的表示conda安装过程,conda没有的用官网下载;1,先加载condaRNA环境图片.png2,sratoolkit,conda没有找到;3,blatcondainstall-yblat图片.png4,fastqc图片.png5,multiqc图片.png7,trim-galore(安装的时候需要中划线,)图片.png比对软件8.0starcondainstal
- SRA Toolkit安装以及配置流程
柠檬精_8780
先反思之前的问题:之前下载了SRA数据后,进行分割,运行如下命令/home/whu/program_and_files/sratookit.2.10.0/bin/fastq-dump-orig.2.10.0--split-s/home/whu/mm/SRA/SRR9656395SRAtoolkit软件会终止或者退出,而且每次生成的fastq文件大小不一,遂放弃SRA数据库,直接使用EBI数据库直接
- 生信软件安装
梁兄_小白
1.sratools下载及安装sra-tools软件(NCBI-download-downloadtools-SRAToolkit选择linux版本)2.fastqc3.trim4.bowtie2wgethttps://nchc.dl.sourceforge.net/project/bowtie-bio/bowtie2/2.3.4.2/bowtie2-2.3.4.2-linux-x86_64.zi
- windows下SRA Toolkit下载原始数据
谢京合
打脸时刻来了~~~~之前在Linux下用SRAToolkit下载数据效果不好,所以,果断的将它拉入了黑名单。但是最近下载数据,用windows版本的SRAToolkit,啊~真香~~1、下载image.png然后解压缩。2、安装D:\1系统软件安装包\sratoolkit.2.11.0-win64\bin\vdb-config--interactive会出现以下界面,有点懵逼。image.png但
- SRA原始数据高速下载
谢俊飞
前言:微博参与话题#给你四年时间你也学不会生信#linux环境下:1.安装sratoolkit#安装curlxjf@ubuntu:~$sudoaptinstallcurl#下载SRAtoolkitxjf@ubuntu:~$curl-Ohttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/sratoolkit.2.8.2-centos_linux64.ta
- Fastq文件的获取
CYH-BI
转录组学习学习linux
Fastq文件的获取Fastq文件的获取linux下安装SRAToolkit工具使用SRAToolkit工具下载SRA数据Fastq文件的获取author:CYH-BIdate:2023.10.25Fastq文件得获取,可以从NCBI获取,也可以自己测序得到结果,下面介绍从网上获取数据。linux下安装SRAToolkit工具2023.3.241、NCBI官网查看工具地址,并下载安装包具体操作步骤
- 生信笔记1-NCBI下载SRR并转为fastq文件
江湾青年
介绍SRAToolkit是下载NCBISRA数据库文件的下载和转换为fastq的工具SRAToolkit安装首先进入官网下载对应版本的SRAToolkit:Download:Software:SequenceReadArchive:NCBI/NLM/NIH安装过程非常简单:cd/local/txm/softwarewgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra
- DipC 构建基因组 3D 结构(学习笔记)
浓香鸭腿面
3D基因组学习
背景本文主要记录了DipC数据的复现过程、学习笔记及注意事项。目录下载SRA数据使用SRAToolkit转换SRA数据为Fastq格式使用bwa比对测序数据使用Hickit计算样本的基因组3D结构使用散点图展示3D结构计算3D结构重复模拟的稳定性其他步骤1.下载SRA数据1.1从NCBI网站下载SRA数据(桌面操作)根据https://github.com/tanlongzhi/dip-c的REA
- 根据SRA登录号从NCBI下载原始数据
wangsb_2020
1.介绍介绍数据下载的方法有很多,相关介绍内容也很多。1.NCBI的sratoolkit工具集中的prefetch、fastq-dump和sam-dump2.AsperaConnect软件3.下载NCBISRA数据的最佳方法不同的方法或简单,或复杂不考虑,我最习惯的只是其中的一种wget方案,只需要提供SRA登录号,自动下载文件到当前文件夹。2.以SRR10030315为例,具体操作如下:shsr
- 使用SRA Toolkit下载NCBI-SRA原始数据教程
惊鸿影
SRAtoolkit是NCBI开发的一个用于SRA文件处理的软件包,包含许多有用的工具。一.下载安装1.可以在NCBI上下载,网址为:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software我们的服务器使用的是centos操作系统,可以使用wget命令直接下载到服务器端,命令如下wgethttps://ftp-trace.ncb
- 生信软件的安装1-SRAtoolkit
blue_unique
写在前面最近服务器的我最常用的那个节点又坏了,那个环境我搭建的很好,几乎所有数据和软件都在那上面。但是,无奈之下只能换到另一个节点,一切都要从头再来,就包括安装软件,事已至此,趁这个机会,把软件安装流程再总结一下。做数据分析,首先总要有数据在手吧,所以如何下载数据很重要。所以我重新在新的节点工作的时候,首先是安装SRAtoolkit,毕竟NCBI存储了几乎所有的测序数据,话不多说,先下载吧。wge
- 在windows系统下解压ncbi下载的man后缀文件(找到很慢的原因了)
一只红天蛾
组学数据分析linux大数据windows云计算
软件安装手动在ncbi下载了一些sra文件,一看后缀.man,查了下发现是一个压缩包,双端测序文件,解压后可以得到两个fastq文件。那么问题来了,怎么解压?第一种:直接尝试改后缀为.7z,解压失败。第二种:利用sratoolkit1.去ncbi下载sratoolkit,简单粗暴。中间发现打不开,原来链接的是githubGithub下载地址选择window64位,下载,解压。将bin文件的路径加入
- SRA批量下载及转为Fastq格式
jlyq617
NCBI中会将测序等数据压缩成sra格式。本文介绍如何批量下载sra文件及转化为Fastq格式。下载SRA文件sratoolkit从NCBI官网下载sratoolkit选择合适的版本进行下载。下载后解压,然后我们就可以用bin文件夹中的prefetch进行下载:prefetch[options][...]prefetch[options]prefetch[options]--listprefetc
- fastq-dump的安装及使用方法
生信学习小达人
linuxcentos运维
fastq-dump是大家经常使用的,主要是由于从NCBI中下载的数据格式大部分是SRA格式,此时就需要使用fastq-dump将SRA格式转换成为fasta格式fastq-dump是sratoolkit软件中的一个功能,首先安装sratoolkit打开ncbi官网,点击Download--DownloadTools--点击Download,选择对应的版本获取sratoolkit的下载地址wget
- sratoolkit下载sra数据库的微生物数据及转为Fastq格式
星空_2739
Linux安装sratoolkitNCBI查看安装帮助NCBISRAToolkit下载、解压安装wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit.2.9.2-centos_linux64.tar.gztarzxfsratoolkit.2.9.2-centos_linux64.tar.gz数据下载最近在看微生物文献,想找文
- Chip-Seq 分析过程二
Htt_1996
全文分析流程学习按照:九月学徒ChIP-seq学习成果展一、怎么将SAR文件转为fastq文件?1.【方法】利用软件sratoolkit,下载后解压,找到其中的fastq-dump.exe可执行文件(exportPATH方法没用,用的alias方法。Export路径写到bin,alias路径写到可执行文件的绝对路径)fastq-dump-I--split-3SRR948800.sra-O/outp
- Windows安装Aspera和sratoolkit
佳名
放假返校发现NCBI的SRA数据库不能下载测序数据了,尝试使用EMBL的ENA数据库,但下载太慢。于是考虑使用传说中的传输神器Aspera1安装Aspera1.1安装谷歌访问助手插件1.2安装IBMAsperaconnect插件在谷歌应用商店,安装IBMAsperaconnect插件,安装完成后,进入https://downloads.asperasoft.com/connect2/Fig1.PN
- 数据获取及处理
嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀
基因课FTP地址:ftp://http://gsx.genek.tv/2020-3-10%E7%9B%B4%E6%92%AD%E4%B8%80%E4%B8%AA%E5%AE%8C%E6%95%B4%E7%9A%84%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%84%E9%A1%B9%E7%9B%AE/听张旭东老师的课数据下载工具1:sratoolkit注:必须用SRR号,即必须为SRR、DRR
- chip-seq数据分析流程
梁兄_小白
chip-seq数据分析流程1.chip-seq数据下载及更换名称1.1.根据文献提供的ncbi的编号,下载sra数据。1.2.更换文件名:更换后的文件名能表明数据所对应的实验组。2.sra文件转换为fastq格式2.1.下载及安装sra-tools软件(NCBI-download-downloadtools-SRAToolkit选择linux版本)wgethttps://ftp-trace.nc
- SRA Toolkit下载SRA数据
lms9095
1.下载https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software或者wget"ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz"2.解压,配置环境变量3.进入到bincdsratoolkit.2.9.
- PePr识别组蛋白修饰ChIP-seq差异峰+bed文件注释
Apache_lin
PePr相关内容:文章连接:NCBI-WWWErrorBlockedDiagnosticPePr下载和使用:GitHub-shawnzhangyx/PePr:apeak-callinganddifferentialanalysistoolforreplicatedChIP-Seqdata提前安装的软件和文件:sratoolkit;fastq;bowtie2;samtools;PePr;参考基因组:
- sratoolkit安装(2018-07-15)
简单点lili
1参考https://www.plob.org/article/11368.html2下载curl-Ohttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/sratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gz3安装tar-xvfsratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gzcdbinexportPATH=路径:$PATH完成
- sralite.1文件的拆分
佳名
最近从SRA下载的好几个转录组数据的原始数据后缀名都是sralite.1,不管是windows还是Linux下,用sratoolkit转化格式的过程中会导致出错,提示:“columnnotfoundwhileopeningtablewithinshortreadarchivemodule-failedSRR4031577.sralite.1”怀疑可能是sratoolkit软件版本的问题,于是把升级
- MAC版: 保姆式SRA Toolkit下载原始数据
科研菌
本期和大家分享科研菌在使用SRAToolkit下载NCBI-SRA原始数据的一些Tips,时间宝贵,直接上干货。1.明确Project:SRP119720,打开浏览器,输入:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP119720&o=acc_s%3Aa2.下载:AccessionList「获得SRR_Acc_List.txt」;其打开后格式
- 下载NCBI SRA数据的最佳方法
亮亮就是亮
高通量的原始数据通常情况下会上传到NCBI的SRA(SequenceReadArchive)数据库。当我们需要用到这些数据的时候,就需要合适的方法来下载。常见的下载方法:aspera工具下载wget,curl命令直接下载NCBI官方的SRAToolkit进行下载很多教程建议使用aspera来实现高速下载,但是很多时候折腾配置了很久,结果下载并不稳定或者由于端口或者网络代理等原因没有能成功下载,并提
- NCBI原始SRA数据下载
geneonto
下载NCBI数据,使用ascp命令是最快的,但是小编之前尝试用该命令下载SRA数据,查阅了百度上的各种参数,最后还是没有成功,可能是有个“墙”存在的原因,小编后来有一段时间使用迅雷下载,但是迅雷找SRA链接太费劲。后来使用NCBI开发的SRA处理工具sratoolkit,有SRA号就能直接下载,用起来比较方便。在中国,白天下载比较慢,晚上有一个时间段下载还是挺快的,小编使用7个下载任务同时下载,1
- 生信 使用SRA Toolkit下载SSR数据
zky___
算法
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/srasoftware--download下载了NCBISRAToolkit解压后得到2进制的exe工具包快捷键win+R,sysdm.cpl,打开配置path,环境变量,系统变量-path,新建,把存放sratoolkit的路径复制黏贴加上在powershell中cdD:\sratoolkit.3.0.0-win64\b
- ATAC-seq数据分析(一)
hyena_7
linux生物信息学数据分析
1.下载需要的SRR数据选择符合要求的数据(具体要看论文,这篇论文就提到了有的ATAC数据和RNA数据没有pass),选择完数据后点击AccessionList,会得到SRR_Acc_List.txt2.使用sratoolkit(NCBI有安装教程)批量下载SRR数据prefetch--option-fileSRR_Acc_List.txt--output-directory/home/***/J
- linux系统服务器下jsp传参数乱码
3213213333332132
javajsplinuxwindowsxml
在一次解决乱码问题中, 发现jsp在windows下用js原生的方法进行编码没有问题,但是到了linux下就有问题, escape,encodeURI,encodeURIComponent等都解决不了问题
但是我想了下既然原生的方法不行,我用el标签的方式对中文参数进行加密解密总该可以吧。于是用了java的java.net.URLDecoder,结果还是乱码,最后在绝望之际,用了下面的方法解决了
- Spring 注解区别以及应用
BlueSkator
spring
1. @Autowired
@Autowired是根据类型进行自动装配的。如果当Spring上下文中存在不止一个UserDao类型的bean,或者不存在UserDao类型的bean,会抛出 BeanCreationException异常,这时可以通过在该属性上再加一个@Qualifier注解来声明唯一的id解决问题。
2. @Qualifier
当spring中存在至少一个匹
- printf和sprintf的应用
dcj3sjt126com
PHPsprintfprintf
<?php
printf('b: %b <br>c: %c <br>d: %d <bf>f: %f', 80,80, 80, 80);
echo '<br />';
printf('%0.2f <br>%+d <br>%0.2f <br>', 8, 8, 1235.456);
printf('th
- config.getInitParameter
171815164
parameter
web.xml
<servlet>
<servlet-name>servlet1</servlet-name>
<jsp-file>/index.jsp</jsp-file>
<init-param>
<param-name>str</param-name>
- Ant标签详解--基础操作
g21121
ant
Ant的一些核心概念:
build.xml:构建文件是以XML 文件来描述的,默认构建文件名为build.xml。 project:每个构建文
- [简单]代码片段_数据合并
53873039oycg
代码
合并规则:删除家长phone为空的记录,若一个家长对应多个孩子,保留一条家长记录,家长id修改为phone,对应关系也要修改。
代码如下:
- java 通信技术
云端月影
Java 远程通信技术
在分布式服务框架中,一个最基础的问题就是远程服务是怎么通讯的,在Java领域中有很多可实现远程通讯的技术,例如:RMI、MINA、ESB、Burlap、Hessian、SOAP、EJB和JMS等,这些名词之间到底是些什么关系呢,它们背后到底是基于什么原理实现的呢,了解这些是实现分布式服务框架的基础知识,而如果在性能上有高的要求的话,那深入了解这些技术背后的机制就是必须的了,在这篇blog中我们将来
- string与StringBuilder 性能差距到底有多大
aijuans
之前也看过一些对string与StringBuilder的性能分析,总感觉这个应该对整体性能不会产生多大的影响,所以就一直没有关注这块!
由于学程序初期最先接触的string拼接,所以就一直没改变过自己的习惯!
- 今天碰到 java.util.ConcurrentModificationException 异常
antonyup_2006
java多线程工作IBM
今天改bug,其中有个实现是要对map进行循环,然后有删除操作,代码如下:
Iterator<ListItem> iter = ItemMap.keySet.iterator();
while(iter.hasNext()){
ListItem it = iter.next();
//...一些逻辑操作
ItemMap.remove(it);
}
结果运行报Con
- PL/SQL的类型和JDBC操作数据库
百合不是茶
PL/SQL表标量类型游标PL/SQL记录
PL/SQL的标量类型:
字符,数字,时间,布尔,%type五中类型的
--标量:数据库中预定义类型的变量
--定义一个变长字符串
v_ename varchar2(10);
--定义一个小数,范围 -9999.99~9999.99
v_sal number(6,2);
--定义一个小数并给一个初始值为5.4 :=是pl/sql的赋值号
- Mockito:一个强大的用于 Java 开发的模拟测试框架实例
bijian1013
mockito单元测试
Mockito框架:
Mockito是一个基于MIT协议的开源java测试框架。 Mockito区别于其他模拟框架的地方主要是允许开发者在没有建立“预期”时验证被测系统的行为。对于mock对象的一个评价是测试系统的测
- 精通Oracle10编程SQL(10)处理例外
bijian1013
oracle数据库plsql
/*
*处理例外
*/
--例外简介
--处理例外-传递例外
declare
v_ename emp.ename%TYPE;
begin
SELECT ename INTO v_ename FROM emp
where empno=&no;
dbms_output.put_line('雇员名:'||v_ename);
exceptio
- 【Java】Java执行远程机器上Linux命令
bit1129
linux命令
Java使用ethz通过ssh2执行远程机器Linux上命令,
封装定义Linux机器的环境信息
package com.tom;
import java.io.File;
public class Env {
private String hostaddr; //Linux机器的IP地址
private Integer po
- java通信之Socket通信基础
白糖_
javasocket网络协议
正处于网络环境下的两个程序,它们之间通过一个交互的连接来实现数据通信。每一个连接的通信端叫做一个Socket。一个完整的Socket通信程序应该包含以下几个步骤:
①创建Socket;
②打开连接到Socket的输入输出流;
④按照一定的协议对Socket进行读写操作;
④关闭Socket。
Socket通信分两部分:服务器端和客户端。服务器端必须优先启动,然后等待soc
- angular.bind
boyitech
AngularJSangular.bindAngularJS APIbind
angular.bind 描述: 上下文,函数以及参数动态绑定,返回值为绑定之后的函数. 其中args是可选的动态参数,self在fn中使用this调用。 使用方法: angular.bind(se
- java-13个坏人和13个好人站成一圈,数到7就从圈里面踢出一个来,要求把所有坏人都给踢出来,所有好人都留在圈里。请找出初始时坏人站的位置。
bylijinnan
java
import java.util.ArrayList;
import java.util.List;
public class KickOutBadGuys {
/**
* 题目:13个坏人和13个好人站成一圈,数到7就从圈里面踢出一个来,要求把所有坏人都给踢出来,所有好人都留在圈里。请找出初始时坏人站的位置。
* Maybe you can find out
- Redis.conf配置文件及相关项说明(自查备用)
Kai_Ge
redis
Redis.conf配置文件及相关项说明
# Redis configuration file example
# Note on units: when memory size is needed, it is possible to specifiy
# it in the usual form of 1k 5GB 4M and so forth:
#
- [强人工智能]实现大规模拓扑分析是实现强人工智能的前奏
comsci
人工智能
真不好意思,各位朋友...博客再次更新...
节点数量太少,网络的分析和处理能力肯定不足,在面对机器人控制的需求方面,显得力不从心....
但是,节点数太多,对拓扑数据处理的要求又很高,设计目标也很高,实现起来难度颇大...
- 记录一些常用的函数
dai_lm
java
public static String convertInputStreamToString(InputStream is) {
StringBuilder result = new StringBuilder();
if (is != null)
try {
InputStreamReader inputReader = new InputStreamRead
- Hadoop中小规模集群的并行计算缺陷
datamachine
mapreducehadoop并行计算
注:写这篇文章的初衷是因为Hadoop炒得有点太热,很多用户现有数据规模并不适用于Hadoop,但迫于扩容压力和去IOE(Hadoop的廉价扩展的确非常有吸引力)而尝试。尝试永远是件正确的事儿,但有时候不用太突进,可以调优或调需求,发挥现有系统的最大效用为上策。
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- 小学4年级英语单词背诵第二课
dcj3sjt126com
englishword
egg 蛋
twenty 二十
any 任何
well 健康的,好
twelve 十二
farm 农场
every 每一个
back 向后,回
fast 快速的
whose 谁的
much 许多
flower 花
watch 手表
very 非常,很
sport 运动
Chinese 中国的
- 自己实践了github的webhooks, linux上面的权限需要注意
dcj3sjt126com
githubwebhook
环境, 阿里云服务器
1. 本地创建项目, push到github服务器上面
2. 生成www用户的密钥
sudo -u www ssh-keygen -t rsa -C "
[email protected]"
3. 将密钥添加到github帐号的SSH_KEYS里面
3. 用www用户执行克隆, 源使
- Java冒泡排序
蕃薯耀
冒泡排序Java冒泡排序Java排序
冒泡排序
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
蕃薯耀 2015年6月23日 10:40:14 星期二
http://fanshuyao.iteye.com/
- Excle读取数据转换为实体List【基于apache-poi】
hanqunfeng
apache
1.依赖apache-poi
2.支持xls和xlsx
3.支持按属性名称绑定数据值
4.支持从指定行、列开始读取
5.支持同时读取多个sheet
6.具体使用方式参见org.cpframework.utils.excelreader.CP_ExcelReaderUtilTest.java
比如:
Str
- 3个处于草稿阶段的Javascript API介绍
jackyrong
JavaScript
原文:
http://www.sitepoint.com/3-new-javascript-apis-may-want-follow/?utm_source=html5weekly&utm_medium=email
本文中,介绍3个仍然处于草稿阶段,但应该值得关注的Javascript API.
1) Web Alarm API
&
- 6个创建Web应用程序的高效PHP框架
lampcy
Web框架PHP
以下是创建Web应用程序的PHP框架,有coder bay网站整理推荐:
1. CakePHP
CakePHP是一个PHP快速开发框架,它提供了一个用于开发、维护和部署应用程序的可扩展体系。CakePHP使用了众所周知的设计模式,如MVC和ORM,降低了开发成本,并减少了开发人员写代码的工作量。
2. CodeIgniter
CodeIgniter是一个非常小且功能强大的PHP框架,适合需
- 评"救市后中国股市新乱象泛起"谣言
nannan408
首先来看百度百家一位易姓作者的新闻:
三个多星期来股市持续暴跌,跌得投资者及上市公司都处于极度的恐慌和焦虑中,都要寻找自保及规避风险的方式。面对股市之危机,政府突然进入市场救市,希望以此来重建市场信心,以此来扭转股市持续暴跌的预期。而政府进入市场后,由于市场运作方式发生了巨大变化,投资者及上市公司为了自保及为了应对这种变化,中国股市新的乱象也自然产生。
首先,中国股市这两天
- 页面全屏遮罩的实现 方式
Rainbow702
htmlcss遮罩mask
之前做了一个页面,在点击了某个按钮之后,要求页面出现一个全屏遮罩,一开始使用了position:absolute来实现的。当时因为画面大小是固定的,不可以resize的,所以,没有发现问题。
最近用了同样的做法做了一个遮罩,但是画面是可以进行resize的,所以就发现了一个问题,当画面被reisze到浏览器出现了滚动条的时候,就发现,用absolute 的做法是有问题的。后来改成fixed定位就
- 关于angularjs的点滴
tntxia
AngularJS
angular是一个新兴的JS框架,和以往的框架不同的事,Angularjs更注重于js的建模,管理,同时也提供大量的组件帮助用户组建商业化程序,是一种值得研究的JS框架。
Angularjs使我们可以使用MVC的模式来写JS。Angularjs现在由谷歌来维护。
这里我们来简单的探讨一下它的应用。
首先使用Angularjs我
- Nutz--->>反复新建ioc容器的后果
xiaoxiao1992428
DAOmvcIOCnutz
问题:
public class DaoZ {
public static Dao dao() { // 每当需要使用dao的时候就取一次
Ioc ioc = new NutIoc(new JsonLoader("dao.js"));
return ioc.get(