sratoolkit

2022-11-26

/root/anaconda3/bin/FastQC/fastqc结果/root/sratoolkit.3.0.1-centos_linux64/bin2.prefetch路径/root/sratoolkit

fb6697f26c1b·2024-02-09 23:38

2022-09-16-10X-single cell 上游分析流程

./);done#wget下载（时快时慢）cd/存放文件/路径wget"下载链接“#sratoolkit下载(id以SRR等开头）catid|whil

小小_4dbf·2024-02-08 17:41

2018-12-12 软件安装

今天的学习主要包括两个部分；截图的表示conda安装过程，conda没有的用官网下载；1，先加载condaRNA环境图片.png2，sratoolkit，conda没有找到；3，blatcondainstall-yblat

悦时光_·2024-01-27 20:06

SRA Toolkit安装以及配置流程

whu/program_and_files/sratookit.2.10.0/bin/fastq-dump-orig.2.10.0--split-s/home/whu/mm/SRA/SRR9656395SRAtoolkit

柠檬精_8780·2024-01-10 06:51

生信软件安装

1.sratools下载及安装sra-tools软件（NCBI-download-downloadtools-SRAToolkit选择linux版本）2.fastqc3.trim4.bowtie2wgethttps

梁兄_小白·2024-01-01 03:29

windows下SRA Toolkit下载原始数据

打脸时刻来了~~~~之前在Linux下用SRAToolkit下载数据效果不好，所以，果断的将它拉入了黑名单。

谢京合·2023-12-15 17:00

SRA原始数据高速下载

前言:微博参与话题#给你四年时间你也学不会生信#linux环境下：1.安装sratoolkit#安装curlxjf@ubuntu:~$sudoaptinstallcurl#下载SRAtoolkitxjf

谢俊飞·2023-10-28 04:48

Fastq文件的获取

Fastq文件的获取Fastq文件的获取linux下安装SRAToolkit工具使用SRAToolkit工具下载SRA数据Fastq文件的获取author:CYH-BIdate:2023.10.25Fastq

CYH-BI·2023-10-25 12:37

生信笔记1-NCBI下载SRR并转为fastq文件

介绍SRAToolkit是下载NCBISRA数据库文件的下载和转换为fastq的工具SRAToolkit安装首先进入官网下载对应版本的SRAToolkit：Download:Software:SequenceReadArchive

江湾青年·2023-10-11 18:45

DipC 构建基因组 3D 结构（学习笔记）

目录下载SRA数据使用SRAToolkit转换SRA数据为Fastq格式使用bwa比对测序数据使用Hickit计算样本的基因组3D结构使用散点图展示3D结构计算3D结构重复模拟的稳定性其他步骤1.下载SRA

浓香鸭腿面·2023-09-18 06:24

根据SRA登录号从NCBI下载原始数据

1.NCBI的sratoolkit工具集中的prefetch、fastq-dump和sam-dump2.AsperaConnect软件3.下载NCBISRA数据的最佳方法不同的方法或简单，或复杂不考虑，

wangsb_2020·2023-09-10 22:54

使用SRA Toolkit下载NCBI-SRA原始数据教程

SRAtoolkit是NCBI开发的一个用于SRA文件处理的软件包，包含许多有用的工具。

惊鸿影·2023-08-31 12:07

生信软件的安装1-SRAtoolkit

所以我重新在新的节点工作的时候，首先是安装SRAtoolkit，毕竟NCBI存储了几乎所有的测序数据，话不多说，先下载吧。wge

blue_unique·2023-08-23 02:39

在windows系统下解压ncbi下载的man后缀文件（找到很慢的原因了）

第二种：利用sratoolkit1.去ncbi下载sratoolkit，简单粗暴。中间发现打不开，原来链接的是githubGithub下载地址选择window64位，下载，解压。将bin文件的路径加入

一只红天蛾·2023-08-05 13:45

SRA批量下载及转为Fastq格式

下载SRA文件sratoolkit从NCBI官网下载sratoolkit选择合适的版本进行下载。

jlyq617·2023-07-30 12:54

fastq-dump的安装及使用方法

fastq-dump是大家经常使用的，主要是由于从NCBI中下载的数据格式大部分是SRA格式，此时就需要使用fastq-dump将SRA格式转换成为fasta格式fastq-dump是sratoolkit

生信学习小达人·2023-07-15 04:11

sratoolkit下载sra数据库的微生物数据及转为Fastq格式

Linux安装sratoolkitNCBI查看安装帮助NCBISRAToolkit下载、解压安装wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit

星空_2739·2023-06-14 09:07

Chip-Seq 分析过程二

【方法】利用软件sratoolkit，下载后解压，找到其中的fastq-dump.exe可执行文件（exportPATH方法没用，用的alias方法。

Htt_1996·2023-06-12 08:02

Windows安装Aspera和sratoolkit

放假返校发现NCBI的SRA数据库不能下载测序数据了，尝试使用EMBL的ENA数据库，但下载太慢。于是考虑使用传说中的传输神器Aspera1安装Aspera1.1安装谷歌访问助手插件1.2安装IBMAsperaconnect插件在谷歌应用商店，安装IBMAsperaconnect插件，安装完成后，进入https://downloads.asperasoft.com/connect2/Fig1.PN

佳名·2023-05-06 09:48

数据获取及处理

80%E4%B8%AA%E5%AE%8C%E6%95%B4%E7%9A%84%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%84%E9%A1%B9%E7%9B%AE/听张旭东老师的课数据下载工具1：sratoolkit

嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2023-04-02 23:00

chip-seq数据分析流程

2.sra文件转换为fastq格式2.1.下载及安装sra-tools软件（NCBI-download-downloadtools-SRAToolkit选择linux版本）wgethttps://ftp-trace.nc

梁兄_小白·2023-04-01 17:46

SRA Toolkit下载SRA数据

view=software或者wget"ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64

lms9095·2023-04-01 13:34

PePr识别组蛋白修饰ChIP-seq差异峰+bed文件注释

GitHub-shawnzhangyx/PePr:apeak-callinganddifferentialanalysistoolforreplicatedChIP-Seqdata提前安装的软件和文件:sratoolkit

Apache_lin·2023-03-24 11:12

sratoolkit安装（2018-07-15）

1参考https://www.plob.org/article/11368.html2下载curl-Ohttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/sratoolkit

简单点lili·2023-02-19 06:22

sralite.1文件的拆分

最近从SRA下载的好几个转录组数据的原始数据后缀名都是sralite.1，不管是windows还是Linux下，用sratoolkit转化格式的过程中会导致出错，提示：“columnnotfoundwhileopeningtablewithinshortreadarchivemodule-failedSRR4031577

佳名·2023-02-19 02:16

MAC版: 保姆式SRA Toolkit下载原始数据

本期和大家分享科研菌在使用SRAToolkit下载NCBI-SRA原始数据的一些Tips，时间宝贵，直接上干货。

科研菌·2023-02-17 16:04

下载NCBI SRA数据的最佳方法

常见的下载方法：aspera工具下载wget,curl命令直接下载NCBI官方的SRAToolkit进行下载很多教程建议使用aspera来实现高速下载，但是很多时候折腾配置了很久，结果下载并不稳定或者由于端口或者网络代理等原因没有能成功下载

亮亮就是亮·2023-02-17 05:01

NCBI原始SRA数据下载

后来使用NCBI开发的SRA处理工具sratoolkit，有SRA号就能直接下载，用起来比较方便。在中国，白天下载比较慢，晚上有一个时间段下载还是挺快的，小编使用7个下载任务同时下载，1

geneonto·2023-02-05 00:47

生信使用SRA Toolkit下载SSR数据

srasoftware--download下载了NCBISRAToolkit解压后得到2进制的exe工具包快捷键win+R，sysdm.cpl，打开配置path，环境变量，系统变量-path，新建，把存放sratoolkit

zky___·2023-01-19 08:50

ATAC-seq数据分析（一）

下载需要的SRR数据选择符合要求的数据（具体要看论文，这篇论文就提到了有的ATAC数据和RNA数据没有pass）,选择完数据后点击AccessionList，会得到SRR_Acc_List.txt2.使用sratoolkit

hyena_7·2023-01-09 17:46

用conda下载sratoolkit（sra-tools）

前期：安装sratoolkit用常规方法失败，经提醒用了conda下载。但是网上找的几串代码都不能跑成功。

一只红天蛾·2022-12-28 22:01

各种常用的处理命令

●在fastq-dump拆分SRA文件时遇到报错image.png解决方案：因为NCBI上的下载链接从http变为了https，所以安装最新版sratoolkit即可解决问题●使用fasterq-dump

千万别加香菜·2022-12-26 12:00

基因组重测序全流程(简易版)

1.需要的软件•软件名：Aspera版本号：4.0.2.38•软件名：sratoolkit版本号：2.11.1•软件名：FastQC版本号：0.11.7•软件名：Trimmomatic版本号：0.38•

你真的不能替我学吗·2022-11-30 01:02

sra toolkit 下载、安装和使用

1.官网下载压缩包wgethttp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz2

Jerry刘·2022-05-18 15:16

NCBI，sra数据获取以及处理：生成fastq文件

可以使用nohupXXX.sh&）cat/data/shift/GSE136447/GSE136447.txt|whilereadi#存放的为SAR序列号do/data/biosoft/software/sratoolkit

Shift_shift·2022-04-15 10:16

RNA-seq转录组差异分析及可视化

SRAtoolkit软件（用于下载

不会生信·2022-03-02 17:23

转录组重建系统发育（一）使用fastp多rawdata进行处理

rawdata可以是从公司直接获得的测序数据或者是网上下载的数据，网上下载数据的流程参考使用SRAToolkit下载NCBI-SRA原始数据常规的质控和过滤数据是fastqc+trimmomatic，新出的

惊鸿影·2021-09-27 19:40

下载已发表文章原始数据之SRA Toolkit（Fastq转换bam）

查看自己系统6、centos和redhed使用软件一致因此选择：7、[root@PC3test]#wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.0/sratoolkit

Dr家硕的科研之路·2021-09-21 15:29

2019-12-11

随便选择一篇文章image.png有一句话说SRA号在Table1找到Table1image.png随便选一个（我选了最小的那个）不能直接复制只能连接到SRA数据库在这个页面复制image.png下载sratoolkit

Scarlett_6445·2021-06-09 00:30

fastq-dump安装及使用

fastq-dump是sratoolkit软件中的一个功能，首先安装sratoolkit1：安装Linux：curl-Ohttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk

二傻吧·2021-05-07 08:59

SRA数据(1)------SRA数据下载

一.prefetch下载：安装SRAToolkit：1.下载Toolkit：进入下面的网址，选择适合自己电脑的版本下载，网速不好的推荐挂后台，80M左右，不大。

护旗小能手·2021-05-06 15:57

sratoolkit安装和简单使用

[TOC]安装环境Ubuntu18.10sratoolkit2.9.2-ubuntu64安装过程1、从https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/toolkitsoft/

少年英雄小猪熊·2021-04-22 04:46

使用Windows系统高速下载SRA数据库中原始数据

实验狗的简书·2021-04-19 00:47

SRA数据下载

追加评论：sratoolkit真垃圾！！！！！不要用了。不推荐，完全不推荐！！！！最近开始了参与另外一个方向，所以需要学习新东西啦。下载sratoolkit工具，用于从NCBI下载数据。

谢京合·2021-04-13 17:11

[实战1] Polycomb associates genome-wide with a specific RNA polymerase II variant, and regulates me...

写在前面：参考-#给学徒ChIP-seq数据处理流程目录软件安装[公共数据的获取---sratoolkit--prefetch][得到fastq格式的测序数据----sratoolkitfastq-dump

shine_9457·2021-02-05 15:13

转录组练习（3）

原文地址：https://www.jianshu.com/p/1174a53abe7d作业要求需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量

苏慕晨枫·2020-10-09 18:07

sra文件转为fastq

利用软件sratoolkit，下载地址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?

zhang_xiang_li·2020-09-16 17:18

下载sra原始数据（包含储存在sra-sos的数据）

sra文件可以通过SRAToolkit软件包下载。但是实际上，我尝试了无数次，aspera也装了，但都不能下载。之后在实验室师兄带领下，才学会了一套简单易行的方法。

欧哎的人·2020-09-16 16:05

高通量测序SRA文件下载工具sra-toolkit安装方法

https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/Downloadswgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.6/sratoolkit

Decen Wang·2020-09-16 16:00

sratoolkit 的使用

一.主要功能有两个：1.下载分析所需的测序数据SRR2.将sra后缀的文件格式转换为fastq文件二：具体用法如下：1.下载数据：prefetchSRR35899502.文件格式转化：fastq-dump--gzip--split-3-O/home/lmt/biosoft-ASRR3589950.sra转载于:https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442617.

weixin_30732487·2020-09-16 16:18

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