E-COM-NET
首页
在线工具
Layui镜像站
SUI文档
联系我们
推荐频道
Java
PHP
C++
C
C#
Python
Ruby
go语言
Scala
Servlet
Vue
MySQL
NoSQL
Redis
CSS
Oracle
SQL Server
DB2
HBase
Http
HTML5
Spring
Ajax
Jquery
JavaScript
Json
XML
NodeJs
mybatis
Hibernate
算法
设计模式
shell
数据结构
大数据
JS
消息中间件
正则表达式
Tomcat
SQL
Nginx
Shiro
Maven
Linux
单细胞基因组学
精选| 2020年7月R新包推荐(第44期)
此次整理了七个类别,分别为计算方法、数据、
基因组学
、机器学习、科学、统计学、效率工具。以下是本期(总第44期
黄小伟Yeah
·
2023-11-04 00:58
宏基因组知识点
为了克服传统纯培养技术的不足,研究者们发展了宏
基因组学
的研究方法,为研究和开发新的微生物活性物质提供有力支持。
斗战胜佛oh
·
2023-11-03 21:32
10X
单细胞
(10X空间转录组)轨迹分析(拟时分析)之基因开关(GeneSwitches)
hello,大家好,今天给大家分享的是,拟时序轨迹分析软件中对轨迹关键驱动基因的下游分析,挖掘拟时序分化轨迹开关基因的分析,这个方面大家应该都不陌生,文章在GeneSwitches:orderinggeneexpressionandfunctionaleventsinsingle-cellexperiments,我们首先来分享一下文献,最后看一看参考代码。首先认识一下什么是开关基因,开关基因指细胞
单细胞空间交响乐
·
2023-11-03 11:18
生物信息学与功能
基因组学
(1)
随着
基因组学
、蛋白质组学、微生物组学等各组学的发展,生物信息数据呈指数级增长;对这些数据的存储、处理、分析变得越来越重要。
顺昕如意
·
2023-11-03 06:22
NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换
生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、
单细胞
测序分析
生信宝典
·
2023-11-03 04:45
html
css
数据挖掘
数据可视化
正则表达式
seurat-PrepSCTFindMarkers源码解析
前几天,将服务器的seurat包升级到4.1.0版本,在跑
单细胞
转录组流程的时候发现在FindAllMarkers步骤报错,想细究下原因。
whitebird
·
2023-11-03 03:32
单细胞
基础分析之多样本整合篇
作者,追风少年i时下的
单细胞
分析,都以大样本量著称,摆在面前的第一道难题,便是多样本的整合分析,随之带来的就是通常讲到的批次问题。
单细胞空间交响乐
·
2023-11-03 02:07
10X
单细胞
(10X空间转录组)RNA速率分析之scVelo
今天我们测试一下软件scVelo,这个软件应该很多人都用过了,但是玩的好的人,应该没几个。加载importscveloasscvscv.set_figure_params()读取数据(loom,h5ad,csv),我的数据是根据velocyto软件对bam进行分析的结果,这个过程大家自己好好做一下吧adata=scv.read(filename,cache=True)看一眼数据结构图片.png图片
单细胞空间交响乐
·
2023-11-03 01:18
6_ggplot可视化addmodule得到的炎症评分自己选择颜色 自定义更改显示的颜色 seurat得到的
单细胞
数据
6_ggplot可视化addmodule得到的炎症评分自己选择颜色ggplot自定义更改显示的颜色library(Hmisc)library(patchwork)library(ggplot2)library(ggalluvial)library(svglite)library(Seurat)library(openxlsx)library(harmony)library(dplyr)path="
生信小博士
·
2023-11-03 01:15
笔记
python
seurat
r语言
r
addmodule
Seurat对象处理
Seurat是
单细胞
分析经常使用的分析包。
Myshu2017
·
2023-11-03 00:36
单细胞学习
r语言
单细胞
分析+干湿结合
今天给同学们分享一篇
单细胞
分析+干湿结合的生信文章“Tumor-associatedendothelialcellprognosticriskmodelandtumorimmuneenvironmentmodulationinlivercancerbasedonsingle-cellandbulkRNAsequencing
生信风暴
·
2023-11-02 14:12
论文阅读
7+
单细胞
分析+预后模型构建+验证实验思路,干湿结合也能拿高分
今天给同学们分享一篇
单细胞
分析+肿瘤预后模型构建+验证实验思路的生信文章“Identificationofanovelimmune-relatedgenesignatureforprognosisandthetumormicroenvironmentinpatientswithuvealmelanomacombiningsingle-cellandbulksequencingdata
生信风暴
·
2023-11-02 14:09
论文阅读
【生物信息学】
单细胞
RNA测序数据分析:计算亲和力矩阵(基于距离、皮尔逊相关系数)及绘制热图(Heatmap)
读取数据集2.质量控制(可选)3.基于距离的亲和力矩阵4.绘制基因表达的Heatmap5.基于皮尔逊相关系数的亲和力矩阵6.代码整合一、实验介绍 计算亲和力矩阵,一般按照以下步骤进行:导入数据:加载
单细胞
QomolangmaH
·
2023-11-02 05:04
#
生物信息学
数据分析
矩阵
数据挖掘
人工智能
生物信息学
##
单细胞
文献14-
单细胞
测序揭示人肝驻留免疫细胞的异质性
Single-cellRNAsequencingrevealstheheterogeneityofliver-residentimmunecellsinhuman,2020年6月发表在CellDiscov,去年影响因子:6.255,现在是:10.849,这个杂志这两年接收了大量
单细胞
测序的文章
土豆学生信
·
2023-11-02 02:42
谈思生物医疗直播 | 霍德生物研发中心负责人王安欣博士“iPSC衍生神经细胞产品全悬浮自动化工艺及特殊质控方法开发”
iPSC可以做到
单细胞
克隆来源的稳定的细胞库,通过从WCB进行定向分化实现大规模批次生产和质控,批次之间差异可以非常小。iPSC向人体终
TaasLabs
·
2023-11-01 11:56
自动化
运维
全球首个!西南大学优势学科再有新进展:构建家蚕全基因组编辑筛
这项研究对功能
基因组学
和动植物品种改良具有重要价值。该研究小组成员马三元副教授告诉小部,西南大学于2004年率先完成了世界上对蚕基因组图谱的分析,使蚕成为最早完成
厉景轩小谭
·
2023-11-01 08:41
单细胞
108篇文献解读之2---Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated fibrob...
2、天罡星玉麒麟卢俊义2018年12月的NC文章:Spatiallyandfunctionallydistinctsubclassesofbreastcancer-associatedfibroblastsrevealedbysinglecellRNAsequencingimage.png附件在:https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.10
Seurat_Satija
·
2023-11-01 02:14
发布不到一月的4+经典
单细胞
+预后模型生信思路,可复现可升级
今天给同学们分享一篇
单细胞
+预后模型的生信文章“Integratingsingle-cellandbulkRNAsequencingtopredictprognosisandimmunotherapyresponseinprostatecancer
生信风暴
·
2023-11-01 02:02
论文阅读
泛癌+
单细胞
+免疫+实验,一套组合拳教你拿下11+
今天给同学们分享一篇生信文章“Apan-canceranalysisshowsimmunoevasivecharacteristicsinNRF2hyperactivesquamousmalignancies”,这篇文章于2023年2月27日发表在RedoxBiol期刊上,影响因子为11.4。NRF2通路在各种癌症类型中经常被激活,然而目前缺乏对其在不同恶性肿瘤中的综合分析。作者开发了一个NRF2
生信风暴
·
2023-11-01 02:32
论文阅读
2022-05-13
具体来说,科学家们以
单细胞
分辨率监
图灵基因
·
2023-11-01 01:55
2022-01-02
Science|肿瘤浸润性T细胞的泛癌
单细胞
图谱原创榴莲不酥图灵基因2022-01-0217:18收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:榴莲不酥IF=47.728推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:本文描述了TME中
图灵基因
·
2023-10-31 17:09
10X
单细胞
空间联合分析之cell2location的详细梳理
又是周五,马上元旦,不知道大家打算怎么跨年呢?但是,今天还是工作日,我们还是要学习学习,不负韶华。这一篇还是想详细梳理一下cell2location,包括算法以及代码的写法,有很多学习的地方。这里演示了如何使用cell2location模型将单个细胞参考细胞类型映射到空间转录组数据集。在这里,使用10X单核RNA测序(snRNAseq)和从小鼠大脑的相邻组织切片生成的Visium空间转录组数据(单
单细胞空间交响乐
·
2023-10-30 23:09
完整的
单细胞
分析流程——特征(基因)选择
背景我们经常在探索性分析中使用scRNA-seq数据来表征细胞间的异质性。诸如聚类和降维之类的过程会根据细胞的基因表达谱对细胞进行比较,这涉及将每个基因的差异汇总为一对细胞之间的单个(不相似)或相似的度量。用于此计算的基因的选择对度量的行为和下游分析方法的性能有重大影响。我们希望选择包含与系统生物学相关且有用信息的基因,同时删除包含随机噪声的基因。这旨在保留有趣的生物学过程的结构而不会使该结构模糊
麒麟991
·
2023-10-30 23:51
基因组denovo测序与meta联合分析
已有研究表明,利用宏
基因组学
对人体口腔微生物区系进行研究,发现了50多种新的细菌,这些未培养细菌很可能与口腔疾病有关。
花生学生信
·
2023-10-30 11:19
10X空间转录组 & 10X单核转录组联合分析解析肥厚性心肌病的调控机制
hello,大家好,又到了周五了,一周的收官之战,今天分享的内容有点多,涉及到很多
单细胞
和空间的分析方法,我们要精读并且进行深入的解析,我认为方法都很经典,而且运用的也比较好,我们慢慢逐一解析,文章在Lineage-specificregulatorychangesinthepathologicalcardiacremodelingofhypertrophycardiomyopathyunrave
单细胞空间交响乐
·
2023-10-30 05:48
心血管疾病药物不良反应不容忽视,华大基因基因检测辅助降低风险!
在此趋势下,华大基因基因检测基于药物
基因组学
的药物选择和个性化用药方案,为心血管疾病患者的临床治疗提供了新机会,同时可以更好地帮助患者控制心血管疾病,提高药物使用的安全性和有效性,实现优化剂量、增强疗效
ZAKER科技动态
·
2023-10-30 04:15
ajax
多组学数据整合更精确,川大团队借助迁移学习揭示细胞异质性可用于改善数据整合...
©作者|李云帆单位|四川大学
单细胞
多组学数据整合旨在减少组学差异,同时保持细胞类型差异。然而,由于细胞异质性,建模和区分这两种差异是一项艰巨的任务。
PaperWeekly
·
2023-10-30 02:31
迁移学习
人工智能
机器学习
免疫学—树突细胞_Immunity
历史推荐汇总:2019年共推荐81篇
单细胞
领域高分文章(
单细胞
文献速递81篇·再见2019)。
安哥生个信
·
2023-10-29 23:55
2021-10-22
NatBiotech|
单细胞
Hi-C数据分析识别多尺度3D基因组特征原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析
单细胞
Hi-C可以识别3D染色质组织的细胞间变异性,这是有关细胞中基因组折叠和基因表达作用的关键信息
图灵基因
·
2023-10-29 22:11
2022-07-30
NatComm|更大时空背景下的病原体研究:古代和现代鞭虫种群
基因组学
原创图灵基因图灵基因2022-07-3009:30发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制来自WellcomeSanger研究所、哥本哈根大学和其他机构的研究人员报告说
图灵基因
·
2023-10-29 17:40
2021-12-10
CancerCell|
单细胞
分析肺癌细化肿瘤分类和患者分层原创骄阳似我图灵基因2021-12-0919:05收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:骄阳似我IF:31.743推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:免疫治疗是非小细胞肺癌
图灵基因
·
2023-10-29 09:18
时空通讯分析导论
作者,追风少年i~时间已经来到了2022年的下半页,
单细胞
空间的研究仍然在如火如荼地进行中,从上游的仪器制造,试剂研发,再到下游的数据分析,国内外都展开了激烈的竞争,足以说明了
单细胞
空间目前研究的巨大潜力和商业价值
单细胞空间交响乐
·
2023-10-29 09:54
2021-01-08
1、《全球进化》咬狗(完本)寒武纪生物大爆发,现今科学界最大的生命谜题:五亿多年前,地球的
单细胞
生命突然发生了类似于异变的进化,各种绚烂的生物“凭空”诞生,所有现今物种的祖先都在那个短暂的时期出现,各个物种以比现在快上亿倍的光速进化着
吴无不行
·
2023-10-29 04:39
不拧巴:坦然被爱,能够爱人
三十多岁,觉得自己的生命轴已经过了一半,还像个
单细胞
生物一样活着,我羡慕别人能够热气腾腾的群居活着,又害怕被热气腾腾的群居生活烫伤。有的人,从
迟到的短发姑娘
·
2023-10-29 04:55
单细胞
转录组高级分析一:多样本合并与批次校正
本文是参考学习
单细胞
转录组高级分析一:多样本合并与批次校正的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。前言实际的科研项目中不可能只有一个样本,多样本的
单细胞
数据如何合并在一起,是否需要校正批次效应呢?
Seurat_
·
2023-10-29 02:39
单细胞
测序--Seurat标准流程
单细胞
测序--Seurat(上)--创建对象和数据预处理参考:https://zhuanlan.zhihu.com/p/134124866需要这三个文件:1)barcodes.tsv:样本中所有的细胞的条码
Seurat_Satija
·
2023-10-29 01:16
【代码更新】
单细胞
分析实录(21): 非负矩阵分解(NMF)的R代码实现,只需两步,啥图都有
1.起因之前的代码(
单细胞
分析实录(17):非负矩阵分解(NMF)代码演示)没有涉及到python语法,只有4个python命令行,就跟Linux下面的lsgrep一样的。
TOP生物信息
·
2023-10-27 16:28
如何做GWAS关联分析
GWAS的出现为全面系统地研究
基因组学
掀开了新的一页,目前主要应用于人类疾病复杂性状的分析,已鉴定出大量与人类复杂疾病或数量性状相关的遗传变异,成为研究人类
基因组学
的关键手段。在植物基因组中的研究
组学大讲堂
·
2023-10-27 15:39
免疫组库数据分析||immunarch教程:Kmer 与 Motif 分析
immunarch—FastandSeamlessExplorationofSingle-cellandBulkT-cell/AntibodyImmuneRepertoiresinR10×Genomics
单细胞
免疫组库
周运来就是我
·
2023-10-27 12:55
单细胞
scRNA-seq学习笔记6-
单细胞
批次效应
课程学习生信技能树
单细胞
转录组(基础)现在福利来了,
单细胞
课程免费开放了:#完整版视频上线!全!面!免!费!
天涯清水
·
2023-10-27 04:18
单细胞
转录组基础分析七:差异基因富集分析
本文是参考学习
单细胞
转录组基础分析七:差异基因富集分析的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。
Seurat_Satija
·
2023-10-26 16:07
单细胞
小谈:Single-Cell Transcriptomic Analysis of Tumor Heterogeneity
前言前期
单细胞
文献阅读:
单细胞
好文1--Tracingtumorigenesisinasolidtumormodelatsingle-cellresolution
单细胞
好文2--Single-cellRNA-seqhighlightsintra-tumoralheterogeneityandmalignantprogressioninPDAC
冻春卷
·
2023-10-26 15:51
【文献解读】cell-发育中的人类心脏的时空、器官范围的基因表达和细胞图谱
它的全部特性需要用
单细胞
空间分辨率在器官范围内对基因表达进行深入探索。
六博说
·
2023-10-26 13:45
2022-04-08
CliCanRes|黑色素瘤
单细胞
分析发现免疫治疗新靶点原创图灵基因图灵基因2022-04-0807:03收录于话题#前沿分子生物学机制肢端雀斑样痣黑色素瘤是一种罕见的皮肤癌。
图灵基因
·
2023-10-26 11:10
宏
基因组学
研究—宏基因组Reads的组装与分类/分箱
1.高通量测序是探索宏
基因组学
研究的一个工具1.1与参考基因组进行Mapping来重构宏基因组Reads许多微生物未被分离,数据库中无相关信息;利用宏基因组Reads与当前已知数据库进行比较分析,可以对数据产生新的理解
JarySun
·
2023-10-26 09:10
《终身学习》学习记录一
举例,
单细胞
细胞膜表面布满受体,用以收集环境的信息。现代人的学习焦虑。这个焦虑本质上是“谋
桃为果
·
2023-10-26 06:06
【
单细胞
转录组】KEGG通路反推基因列表
#寻找通路和基因的关系library(clusterProfiler)mmu_kegg<-clusterProfiler::download_KEGG("mmu")names(mmu_kegg)head(mmu_kegg$KEGGPATHID2NAME)head(mmu_kegg$KEGGPATHID2EXTID)PATH2ID<-mmu_kegg$KEGGPATHID2EXTIDPATH2NAM
Geekero
·
2023-10-26 06:04
10X
单细胞
(10X空间转录组)之
单细胞
精度分析细胞通讯
开工了,到了我们上班的时间了,刚开始,我们来分享一些新出现的方法,看看方法上有哪些更新,我们虽然做不了潮流的引领者,但是要跟随潮流,保证自己不被时代抛弃,今天分享的文献在Comparativeanalysisofcell-cellcommunicationatsingle-cellresolution,里面对当前细胞通讯的方法做了一定的总结,我们借鉴一下,并看看作者的方法有哪些可取之处。目前的单细
单细胞空间交响乐
·
2023-10-26 03:34
人体微生物研究能改善临床肿瘤治疗吗?
利用突破性的DNA测序技术,科学家们确定了数以百万计的基因和成千上万种不同的物种,在我们体内的各种各样的细菌、病毒、真菌和
单细胞
微生物构成了人体的微生物世界。“微生物群落是一种复杂的代谢器
亨利福特健康
·
2023-10-25 17:16
代码解读- scanpy.pp.normalize_total
作者:童蒙编辑:angelicascanpy代码解读来啦~
单细胞
分析第一步是对数据进行标准化,标准化的方法有很多,下面给大家解读一下scanpy的一个:函数为:scanpy.pp.normalize_total
生信阿拉丁
·
2023-10-25 17:00
上一页
6
7
8
9
10
11
12
13
下一页
按字母分类:
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
M
N
O
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
其他