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单细胞基因组学
单细胞
EB病毒基因检测技术助力鼻咽癌感染机制研究
鼻咽癌(Nasopharyngealcarcinoma,NPC)是一种发生于鼻咽黏膜柱状上皮的恶性肿瘤,绝大多数为鳞状细胞癌。常见临床症状为鼻塞、涕中带血、耳闷堵感、听力下降、复视及头痛等。全球80%鼻咽癌发生在中国,60%发生在南方特别是广东,故称作“中国癌“又叫“广东癌“。鼻咽解剖结构罹患鼻咽癌的名人罹患鼻咽癌的名人 香港著名导演陈木胜,以执导警匪片著称,知名的作品包括《双雄》《新警察故
生物医学小站
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2023-11-21 22:29
单细胞
测序+免疫,还可以这样做!
近些年,免疫治疗疗效的影响因素一直是研究热点,
单细胞
测序也是越来越受欢迎,这篇文章就很好的将二者进行了结合,从细胞-细胞互作的角度去分析肿瘤对抗PD-1治疗不同的应答机制。
概普生信
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2023-11-21 21:50
空间组数据和
单细胞
数据的相关性分析(Seurat)2022-05-20
相似关键词
单细胞
数据集相关性分析空间组与
单细胞
数据集相关性分析空间组数据集相关性分析适用背景近年来,
单细胞
转录组测序异常火爆,而与其类似的空间转录组测序很有可能成为下一个风口。
黄甫一
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2023-11-21 19:47
平庸者伟岸-《知鱼之乐》随笔
首先,变异者一旦得逞,总是翻脸不认祖宗,甚至摇身化作让老前辈全然无法应对的天敌,这种情形最早见于作为后续一切生物之鼻祖的原始蓝绿藻,它们的进化变种,就是专为收割蓝绿藻为食的真核
单细胞
浮游生物,结果把老佛爷弄得
静无波
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2023-11-20 09:56
硅藻科普 | 可养殖的是硅藻,不是硅藻泥
它是一类
单细胞
植物,大小在0.
virusko
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2023-11-20 04:12
单细胞
分析最佳实践
单细胞
RNA-seq数据分析最佳实践(上)
单细胞
RNA-seq数据分析最佳实践(中)
单细胞
RNA-s
FionaMoon
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2023-11-20 03:02
利用codon神器10倍提升我的python代码效率
下面是我的过滤
单细胞
reads数据的python脚本#coding=utf-8importsys,osimportgzipimportrandomfq1_file=sys.argv[1]fq2_file
awk_bioinfo
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2023-11-19 23:18
python
生物信息
python
开发语言
单细胞
分析文献分享《Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor》
《Orchestratingsingle-cellanalysiswithBioconductor》这篇文章时2019年发表在naturemethod上的一篇
单细胞
分析流程方法类文章,主要介绍的利用Bioconductor
小潤澤
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2023-11-19 20:14
GenomeSyn基因组共线性及结构变异可视化工具
三代Pacbio和Nanopore测序技术的快速发展推动了比较
基因组学
领域的进步,泛基因组构建和结构变异识别成为该领域研究前沿。
花生学生信
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2023-11-19 15:12
一文看懂植物
单细胞
测序怎么做?
作者:椰子糖审稿:童蒙编辑:amethyst随着
单细胞
测序技术的突破,
单细胞
测序的时代已然到来。
生信阿拉丁
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2023-11-19 02:36
给男友发:“我来大姨妈了,难受想哭!”男友的回复哭笑不得!
但很多直男完全是不解风情的
单细胞
动物,当女友跟他倾诉来大姨妈的无助时,他们的反应常常让女生失望。给男友发:“我来大姨妈了,难受想哭!”男友的回复哭笑不得!女生给男友发:“我来大姨妈了,难受想哭!”
莫名其妙的大风
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2023-11-19 01:59
火山图——直观的特征差异可视化
Volcanoplots)是散点图的一种,根据变化幅度(FC,FoldChange)和变化幅度的显著性(Pvalue)进行绘制,其中标准化后的FC值作为横坐标,P值作为纵坐标,可直观的反应高变的数据点,常用于
基因组学
分析
Odd_guy
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2023-11-15 22:44
生物信息学
python
r语言
SeuratData包里pbmc3k数据集下载老失败的解决方案
pbmc3k是
单细胞
经典数据集,SeuratData包里包含了pbmc3k等各种数据集供下载。但是因为网络原因,在R里直接下载很容易失败。
慎终君
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2023-11-15 05:58
单细胞
单细胞
Seurat
pbmc3k
ggThemeAssist|鼠标调整主题,并返回代码
生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、
单细胞
测序分析
生信宝典
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2023-11-14 22:57
可视化
人工智能
数据可视化
html
python
2022.01.23【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第六章 多重序列比对 上)
学习目标理解使用ClustalW进行多重序列比对(MSA)的三个主要阶段;描述几种其他的多重序列比对(MSA)程序,了解他们的工作原理,比对它们与ClustalW的异同;理解进行基准研究的重要性,并且理解关于MSA的几个基本结论;理解关于基因组区域的MSA的几个问题。6.1引言本章探讨MSA的一般性问题介绍MSA的五种方法;认识用于MSA的数据库,比如Pfam;讨论基因组DNA的多重序列比对。多重
穆易青
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2023-11-14 01:43
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
生物信息
算法
2021.12.19【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第五章 高级数据库搜索 下)
5.5用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA需求:随着基因组DNA数据库数量增长,对比对工具要求越来越高能在基因组DNA中找到外显子比对时考虑基因组DNA包含的测序错误有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除、重复、倒置或移位的问题有相应的算法解决DNA序列之间的小差异,如SNP位点用标准集去评估基因组比对效果时使用序列进化随机模型(ROSE)软件包船舰一个模拟序列集进行测试,可
穆易青
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2023-11-14 01:42
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
生物信息
数据分析
算法
2021.11.22【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第五章第五节 用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA)
5.5用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA需求:随着基因组DNA数据库数量增长,对比对工具要求越来越高能在基因组DNA中找到外显子比对时考虑基因组DNA包含的测序错误有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除、重复、倒置或移位的问题有相应的算法解决DNA序列之间的小差异,如SNP位点用标准集去评估基因组比对效果时使用序列进化随机模型(ROSE)软件包船舰一个模拟序列集进行测试,可
穆易青
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2023-11-14 01:12
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
生物信息
linux
python
正则表达式
2022.09.17【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第十三章 蛋白质结构预测 下)
目录蛋白质结构预测三种方法同源建模(比较建模)穿线法从头预测(abinitio)基于假设推荐策略精度与方法选择Alphafold2相关信息蛋白质结构预测三种方法同源建模(比较建模)建模4步骤1.模板选择和确定折叠构象通过blast或delta-blast搜索同源蛋白质序列或结构,识别保守和可变区域。常用查询数据库:PDB数据库:https://www.rcsb.org/CATH:http://ca
穆易青
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2023-11-14 01:12
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
笔记
2021.11.22【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第五章第四节 隐马尔可夫模型)
5.4谱搜索:隐马尔可夫模型(HMMs)谱隐马尔可夫模型在生成用于识别远缘序列相似度的位置特异性打分系统时,比PSSMs更通用,如语音检测,声纳等一系列信号检测问题;在生信领域,HMMs已经被用于各式各样的应用:序列比对、蛋白质结构预测、蛋白质跨膜区域预测、染色体拷贝数变化分析和基因发现算法等;优势:谱HMMs是一个概率模型,它评估在比对中的一个给定位点上发生匹配、错配、插入和确实(空位)的可能性
穆易青
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2023-11-14 01:11
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
生物信息
业务流程测试
数据分析
linux
2021.11.21【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第五章 高级数据库搜索 中 )
5.3寻找远缘相关蛋白质:位置特异性迭代BLAST(PSI-BLAST)和DELTA-BLASTPAM250矩阵给探测远缘相关蛋白质提供了一个更好的打分系统,可以改变打分矩阵来检测远缘蛋白质,但仍然有局限性:BLASTP检测到匹配蛋白,但是否同源并不明确。PSI-BLAST更深入地搜索数据库,以发现一个与你感兴趣地蛋白远缘相关的匹配蛋白。比对的5个步骤:使用某个打分矩阵对查询序列在一个目标数据库中
穆易青
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2023-11-14 01:11
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
生物信息
自动化
业务流程测试
数据分析
2021.01.05【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第四章 局部比对搜索基本工具-BLAST 上)
学习目标学会在NCBI网站上进行BLAST搜索理解BLAST各个参数的用途理解BLAST搜索的三个步骤(整理,扫描/延伸,回溯);理解BLASTE值和分数的数学关系;阐明BLAST搜索的策略引言基本局部比对搜索工具(BLAST)是NCBI的一个主要工具,可用来将一个蛋白质或者DNA序列与各种数据库中其他序列进行比对。应用:通过蛋白质/核酸序列,寻找一只的直系同源和旁系同源序列通过特定物种,确定其存
穆易青
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2023-11-14 01:41
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
2021.01.05【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第四章 局部比对搜索基本工具-BLAST 下)
BLAST算法使用局部比对搜索的策略BLAST算法组成部分:列表、扫描、延伸BLASTP算法可以描述为以下3个阶段蛋白质搜索中,BLAST编译一个初步的两两比对序列,称为字段对BLASTP算法编译了一个由查询序列生成的固定长度为w的字段列表。使用比对序列的分数建立一个阈值T。BLASTP字段大小默认为3(BLASTN为11),则20种氨基酸可能字段共有8000个。修改“字段大小”参数可以修改查询时
穆易青
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2023-11-14 01:41
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
2021.03.25【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第五章 高级数据库搜索 上)
学习目标定义位置特异性打分矩阵(PSSM);解释位置特异性迭代BLAST(PSI-BLAST)和DELTA-BLAST怎样大幅提升蛋白质BLAST蛋白搜索的灵敏度;描述谱隐马尔可夫模型(HMMs)并解释其与BLAST相比在数据库搜索中的优势;解释空位种子的策略怎样提升DNA搜索的灵敏度;描述数以百万计的二代测序是怎样比对到参考基因组上的。引言第四章介绍了BLAST,BLAST搜索可以有很多种用途,
穆易青
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2023-11-14 01:41
生物信息学与功能基因组学
生物信息
数据处理读书笔记
2020.11.23【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第三章 双序列比对 Dayhoff模型)
Dayhoff模型第一步:可接受点突变(PAM)概念:在蛋白质被自然选择接受的单个氨基酸替换满足情况:基因发生DNA变异,使得基因编码另一种不同氨基酸整个种群都接受这种变化,改变后的蛋白质作为种群内蛋白质的优势形式可被接受的点突变:基于经验统计的保守性替换使用系统发育分析,将它们与推断的共同祖先进行比对。基于经验观察的氨基酸替换结果,描述了任意一对氨基酸对比对在一起的频率。第二步:氨基酸出现的频率
穆易青
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2023-11-14 01:40
生物信息学与功能基因组学
生物信息
读书笔记
2020.11.3【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第二章 序列数据的获取 下)
2.7基因组浏览器三个主流基因组浏览器:Ensemble、UCSC和NCBI基因组组装定义:所获得的一个物种DNA序列按照染色体的形式进行的一种组装。内容:对基因组的注释,如起止位点、外显子、DNA重复元件或其他基因组特征。基因组参照联盟(GRC)维护人类、小鼠和斑马鱼的参考基因组。对基因组组装需要明确几点:每个染色体的起止位置是什么基因组序列中包括多少gap区域,能否被弥补?基因组上的结构变异位
穆易青
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2023-11-14 01:10
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
心得
2020.11.14【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第三章 双序列比对 引言)
学习目标理解同源(包括直系和旁系同源)的含义;阐释如PAM(可被接受的点突变)矩阵的生成方法;比较PAM和BLOSUM打分矩阵的用途;理解动态规划定义,并解释全局和局部序列比对算法是如何工作的;在NCBI网页上进行蛋白质或DNA的双序列比对3.1引言当完成对多个物种的基因组测序后,一个重要的工作室找到特定物种内和物种之间的蛋白质在进化上的相关性。序列水平的相关表明两个蛋白质同源具有相似或者相同的功
穆易青
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2023-11-14 00:40
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
生物信息
2023.11.13【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第六章 多重序列比对 下)
目录6.4多重序列比对数据库6.5基因组区域的多重序列比对6.6展望6.7常见问题总结6.4多重序列比对数据库Pfam:基于谱隐马尔可夫模型构建的蛋白质家族数据库SMART:简易分子构型研究工具,与细胞信号传导、细胞外结构域以及染色质功能相关的蛋白质家族数据库保守结构域数据库(CDD):基于序列或文本对Pfam和SMART进行查询,鉴别序列中的保守结构域多序列比对数据库整合平台:InterPro和
穆易青
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2023-11-14 00:36
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
笔记
多个10x
单细胞
转录组每个样品的3个文件如何归纳到同一个文件夹里面
多个10x
单细胞
转录组每个样品的3个文件如何归纳到同一个文件夹里面(看到曾老师收费不能白嫖我就写个脚本)首先我下载了一个10x的文件集合哈我的理想是整成这个样打开后是这个样式如何实现呢我提供了py的脚本
sayhello1025
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2023-11-13 16:06
单细胞
其他
研究前沿 | Science:
单细胞
测序助力绘制迄今最完善的灵长类动物前大脑发育图谱
引言大脑发育的关键分子机制在啮齿动物中已有所了解,但在灵长类动物中仍然不清楚,这限制了研究者对高级认知能力起源和功能障碍的理解。此外,在包括人类在内的灵长类动物中,关于轴突投射路径上的丘脑区域和皮层区域多样化的早期分子事件的信息匮乏,尤其是在神经干细胞生成神经元和胶质细胞的过程中。2023年10月12日Science在线发表了题为Molecularprogramsofregionalspecifi
bioyigene
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2023-11-13 16:59
经验分享
华为云原生Kubernetes之运行Volcano高性能作业的深度使用和实践
Volcano是CNCF下首个也是唯一的基于Kubernetes的容器批量计算平台,主要用于高性能计算场景,提供了机器学习、深度学习、生物信息学、
基因组学
及其他大数据应用所需要而Kubernetes当前缺失的一系列特性
╰つ栺尖篴夢ゞ
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2023-11-11 21:27
人工智能与云原生
Volcano的概念和特性
Volcano的系统架构和应用
Volcano的安装和资源使用
Kubernetes运行问题
Volcano高性能计算场景
非肿瘤+WGCNA+
单细胞
,快来抄作业
今天给同学们分享一篇生信文章“m6ARegulatorsIsDifferentlyExpressedandCorrelatedWithImmuneResponseofEsophagealCancer”,这篇文章发表在DisMarkers期刊上,影响因子为3.464。结果解读:食道癌中差异表达基因(DEGs)的鉴定和功能注释作者进行了整体分析,并绘制了箱线图、数据密度图和主成分分析(PCA)图(图1
生信风暴
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2023-11-10 19:47
论文阅读
A Survey on Neural Network Interpretability
此外,可解释性是深度网络成为其他研究领域强大工具的理想属性,例如,药物发现和
基因组学
。在本次调查中,我们对神经网络可解释性研究进行了全面回顾。
今我来思雨霏霏_JYF
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2023-11-10 01:45
可解释性
人工智能
深度学习
机器学习
植物突变体库(一)
背景1分子生物学的迅速发展,
基因组学
研究也随之进入后基因组时代。功能
基因组学
是在研究生物有机体内各种基因功能的基础上,进一步解析所有基因协调发挥作用的机制。
赛思基因科技
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2023-11-09 11:32
遗传转化
生物信息学
经验分享
玉米转座子插入型突变体”五折优惠
联系方式:中国农业科学院作物科学研究所孙老师18645149460突变体介绍突变体是植物功能
基因组学
研究的基础材料,转座子作为一类可移动的D
生信宝典
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2023-11-09 10:24
大数据
人工智能
python
java
机器学习
Seurat
单细胞
转录组测序数据分析教程(二)——python(scanpy)
Seurat
单细胞
转录组测序数据分析教程(二)——python(scanpy)文章参考至scanpy官网,做了一个更详细的解读。
coffeeii
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2023-11-08 08:55
python
数据分析
Cell Reports | 表观组学和
单细胞
测序揭示在急性应激条件下FoxM1协调β细胞亚群的细胞分裂、蛋白质合成和线粒体活性
发表单位:瑞士分子健康科学研究所期刊:CellReports(IF:8.8)发表日期:2023年8月29日研究技术:ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq、scRNA-seq(爱基百客均可以提供)2023年8月,瑞士分子健康科学研究所的研究团队在CellReports期刊(IF=8.8)上发表了题为“FoxM1coordinatescelldivision,proteinsynthes
爱基百客
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2023-11-07 22:54
单细胞测序
ATAC
其他
5+
单细胞
+铜死亡+实验,干湿结合生信思路,有条件做实验的可模仿
今天给同学们分享一篇生信文章“Single-celltranscriptomicsrevealsimmuneinfiltrateinsepsis”,这篇文章发表在FrontPharmacol期刊上,影响因子为5.6。结果解读作者研究的流程图作者首先制定了这项研究的总体技术路线,如图1所示。数据标准化和免疫相关基因筛选根据GEO数据平台对DEG的数据进行总结和整理,并将分析的脓毒症样本和正常样本的数
生信风暴
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2023-11-06 19:51
论文阅读
2019-10 文献阅读报告
这篇文献详细介绍了一个典型的
单细胞
RNA-seq分析
xianmao123
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2023-11-06 16:19
使用ArchR分析
单细胞
ATAC-seq数据(第十四章)
本文首发于我的个人博客,http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析
单细胞
ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析
单细胞
ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析
单细胞
xuzhougeng
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2023-11-06 12:05
10X
单细胞
空间联合分析之CARD(即使
单细胞
数据不匹配)
作者,追风少年i周四了,很不错,温度26℃,天气多云,非常适合躺平的一天,难得的休息时光,你们好好努力,我负责躺平,大家各得其所,
单细胞
空间的分析技术无疑是目前科服最火热的研究手段,时至今日已经形成了“
单细胞空间交响乐
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2023-11-06 01:57
3+
单细胞
+代谢+WGCNA+机器学习
今天给同学们分享一篇生信文章“Identificationofnewco-diagnosticgenesforsepsisandmetabolicsyndromeusingsingle-celldataanalysisandmachinelearningalgorithms”,这篇文章发表FrontGenet.期刊上,影响因子为3.7。结果解读:常见差异基因的筛选如图1所示,研究流程图解释了它是如
生信风暴
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2023-11-05 04:51
论文阅读
单细胞
转录组高级分析二:转录调控网络分析
因此分析
单细胞
的GRNs有助于深入挖掘细胞异质性背后的生物学意义,并为疾病的诊断、治疗以及发育分化的研究提供有价值的线索。
Seurat_Satija
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2023-11-05 04:44
单细胞
转录组数据分析|| scanpy教程:空间转录组数据分析
我们知道没有一个细胞是孤立的,而细胞之间的交流又不能打电话,所以相对位置对细胞的分化发育起着极其重要的作用。在生命的早期,单个细胞的命运是由其位置决定的。长期以来,由于技术的限制我们很难高通量地同时获得组织中的位置信息极其状态。2019年以来,这种情况借助高通量技术得到了商业化地解决。正如我们之前介绍过的:10X空间转录组Visium:基本概念10X空间转录组Visium||空间位置校准Seura
周运来就是我
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2023-11-05 00:22
2021-10-28
丨实体瘤细胞状态和生态系统图谱原创珍奇图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:珍奇IF:41.582推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:EcoTyper是一种机器学习框架,它可对细胞状态和多细胞生态系统进行大规模分析,且适用于批量、
单细胞
和空间解决的基因表达数据
图灵基因
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2023-11-04 23:59
冻存样品对
单细胞
测序影响大吗?
在我们做
单细胞
分离过程中,导师千叮咛万嘱咐说样品不能冻存,而我在一次会议论坛上有一位学者直接说冻存基本没有影响,于是,我。。。。。。母鸡。
生信宝典
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2023-11-04 22:15
3月份计划--转录组及
单细胞
转录组分析方法建立
学习资料:陈巍学基因:https://www.bilibili.com/video/av79295678?from=search&seid=11730831477922519685https://www.bilibili.com/video/av79301729?from=search&seid=11347525676144926676https://www.jianshu.com/p/eeb61
一只烟酒僧
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2023-11-04 21:03
kalign:适用于基因组规模的多序列比对工具
之前提到的clustalo,muscle,mafft适用于几千到几万条序列的多序列比对,在比较
基因组学
的分析中,需要对不同基因组的序列进行多序列比对。
生信修炼手册
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2023-11-04 12:57
linux
大数据
python
编程语言
人工智能
第三代测序技术在微生物研究中的应用
第三代测序技术是一种集高通量、快速度、长读长及低成本等多种优点于一身的新型测序技术,它的出现为
基因组学
、转录组学及DNA甲基化等研究
wangchuang2017
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2023-11-04 09:02
Nature Reviews Genetics| 在
基因组学
中应用机器学习的常见陷阱
PITFALLS.jpgNatureReviewsGenetics|在
基因组学
中应用机器学习的常见陷阱Whalen,S.,Schreiber,J.,Noble,W.S.etal.Navigatingthepitfallsofapplyingmachinelearningingenomics.NatRevGenet
木舟笔记
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2023-11-04 06:28
欧洲科学家在实验室重组出新冠病毒
生物学论文预发布平台BioRxiv1月21日发表一篇名为RapidreconstructionofSARS-CoV-2usingasyntheticgenomicsplatform(利用合成
基因组学
平台快速重建新冠病毒
一一休
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2023-11-04 03:30
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