单细胞测序

宏基因组序列无参考基因组装工具idba-ud的介绍及详细使用方法

介绍idba-ud工具是一种用于组装无参考基因组的工具，它可以将高通量测序数据转化为基因组序列。它是idba工具的升级版本，专门用于组装多样性的无参考基因组。
小果运维·2024-01-07 12:14

Guideseq分析流程

Guideseq是一种检测体内基因编辑脱靶的测序方法，基本原理是CRISPR系统剪切基因组后，在进行基因组修复时可能会将一段设计好的双链DNA，即tag，插入到基因组中，通过tag设计引物可将基因组断裂位点两侧的序列扩增出来建库
WuYankang·2024-01-07 10:44

2022-07-17

NatBiotech|单细胞全长转录组分析新方法：实现廉价和高通量原创huacishu图灵基因2022-07-1608:36发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=68.164
图灵基因·2024-01-07 07:25

外泌体多组学07-骨髓肥大细胞来源外泌体lncRNA与miRNA的有效数据量

目前市面上有很多公司外泌体RNA测序推荐的数据量很少，为了合理评价一个合适的有说服力的有效数据量，我们对公开发表的相关外泌体文章和数据进行检索和信息收集，此次文章如下：文章信息文献标题：Characterizationofprotein
_十三·2024-01-07 05:24

WES学习2：外显子测序分析——小男孩的硬骨化病基因突变

首先感谢生信技能树！书接上回，看完了jimmyB站的WES视频及教程《给学徒的WES数据分析流程》。因为不知道他的原始数据在哪，找了一个乳腺癌WEScohort队列把整个流程跑完了。然后还想找一些WES/WGS的现成教程跟着学习的。结果找到这个教程：Exomesequencingdataanalysisfordiagnosingageneticdisease。是一个在线数据处理平台：galaxy。
颗粒神经园·2024-01-06 16:36

各种组织的marker gene

最近做单细胞分群，总结一下我自己查文献查到的各种组织有哪些细胞，这些细胞的markergene是什么。注意这些都是mice中的哦！
微光**·2024-01-06 14:11

cellranger处理单细胞数据的一些错误记录

cellranger处理单细胞数据的一些错误记录1、由于fastq不完整报错报错信息原因解决方案2、化学版本选择错误报错信息原因解决方案1、由于fastq不完整报错报错信息[error]Pipestancefailed.Errorlogat
微光**·2024-01-06 14:11

chip-seq测序分析流程

步骤1：质量控制fastqc质控，假如有两个样本，实验组为sample1，对照组为control1#双端测序fastqcsample1_1.fq.gzsample1_2.fq.gzfastqccontrol1
微光**·2024-01-06 14:11

空间转录组分析流程（使用Seurat对空间数据集进行分析）

尽管分析流程类似于单细胞RNA序列分析的Seurat工作流程，但我们引入了更新的交互作用和可视化工具，特别着重于空间和分子信息的整合。
微光**·2024-01-06 14:41

Bulk-RNA-seq流程——从测序数据到count文件(AGSdata)

2022-2-11软件安装conda的安装和配置wget-chttps://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shchmod777Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#给执行权限bashMiniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#运行当命令行前面出现(base)
璐璐璐璐璐952·2024-01-06 14:40

bulk-RNA seq测序数据分析流程

假如有bulk-RNA测序的数据：TH1，TH2，TH3三个重复（实验组），TW1，TW2，TW3三个重复（对照组）准备工作需要安装的软件（如FastQC、Trimmomatic、HISAT2、StringTie
微光**·2024-01-06 14:38

目标跟踪算法中的卡尔曼滤波学习

背景知识在理解卡尔曼滤波前，有几个概念值得考虑下：时序序列模型，滤波，线性动态系统1.时间序列模型时间序列模型都可以用如下示意图表示：这个模型包含两个序列，一个是黄色部分的状态序列，用X表示，一个是绿色部分的观测序列
AAI机器之心·2024-01-06 13:33

论文图鉴14：多组学2

多组学1在这里论文日鉴7--单细胞数据整合-(jianshu.com)MOGONEMOGONETintegratesmulti-omicsdatausinggraphconvolutionalnetworksallowingpatientclassificationandbiomarkeridentification
可能性之兽·2024-01-06 01:37

单细胞基因可视化之热图改造修饰1

单细胞基因可视化中热图也是比较受欢迎的，在分析完每群的marker基因之后，可以挑选显著的gene用seurat自带函数DoHeatmap可视化。当然也可以选任意自己想展示的基因进行可视化。
KS科研分享与服务·2024-01-05 23:58

仓鼠日记

在最近，我发现了一个重磅消息：我们人类的基因竟然有95%和仓鼠一样，我觉得有可能人类和仓鼠是同一种单细胞生物进化出来的，现在也只不过是一种外形上的区别而已，但内部在发生着一种我们无法想象的变化，而且，仓鼠不管是灵活性还是生育能力和独自生存能力都强于人类
王卓骁·2024-01-05 20:27

CCAT：SCENT的形象代言者，干性分析新秀

前言在前不久的一篇推文中：SCENT：单细胞层面干性评估的扛把子,Immugent就给大家介绍了SCENT软件的第一版，今天我们来进一步介绍它的升级版--CCAT。
生信宝库·2024-01-05 17:48

【单细胞组学】scCITE-seq（单细胞转录组+细胞表面蛋白表达）

单细胞水平的测序技术发展的越来越快，目前应用最多的是集中于mRNA表达的scRNA-seq和结合了空间信息的空间转录组。
SciNote·2024-01-05 13:43

pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（三）

参考生信技能树：pyscenic的转录因子分析结果展示之5种可视化、pyscenic的转录因子分析结果展示之各个单细胞亚群特异性激活转录因子上一篇见：pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（一）pySCENIC
小熊_wh·2024-01-05 07:17

疫情.怡情(之六百三十九)

今天，那不勒斯OspedaleCotugno医院实验室发出测序报告称，意大利Omicron变体零号感染者的妻子和两个孩子均被感染Omicron变体。当前全意共确诊4例Omicron变体病例。
飞扬的雪ing·2024-01-05 07:31

基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--03

然而，全基因组测序工作还未
百迈客生物·2024-01-04 20:37

在线作图|微生物多样性分析——稀释曲线

稀释曲线稀释曲线(RarefactionCurve，也称稀疏曲线)：一般在微生物组研究中用于评估测序量或样本量的饱和情况。
维凡生物·2024-01-04 19:29

关于Omisc Core WES 计算TMB的一点见解

上周FDA授予Nanthealth公司OmiscCoreWES基因检测许可，这是FDA批准的首个使用全外显子测序方法来检测实体瘤的体外诊断产品。
ciciv123·2024-01-04 16:34

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十三章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng·2024-01-04 14:17

植物空间||拟南芥单细胞空间转录组图谱文献解析

在经过一段时间对单细胞转录组和空间转录组相关技术的了解，我认为对两项技术在生物领域的应用有了一定的认知。
畅背书·2024-01-04 07:58

ExpHunterSuite

它可以用于从高通量测序数据中提取差异表达基因，并对其进行注释和功能富集分析。
m1chiru·2024-01-03 23:09

【包】seurat-2 多组学联合

有哪些单细胞多组学联用技术呢？CITE-seq：Simultaneousepitopeandtranscriptomemeasur
JamesMori·2024-01-03 21:33

了解长短期记忆 (LSTM) 网络：穿越时间和记忆的旅程

LSTM旨在解决传统循环神经网络(RNN)的局限性，尤其是在学习长期依赖性方面的局限性，彻底改变了我们在各个领域建模和预测序列的能力。
无水先生·2024-01-03 20:23

【单细胞测序】数据格式转换loomR

背景seurat分析无法应付指数级增长的单细胞数据集计算需求。Linnarson实验室开发的基于hdf5的数据结构loom，可以方便地存储单细胞基因组数据集和元数据。
森尼啊·2024-01-03 20:18

M3406-ADJ 1.5MHz 800mA DCDC同步降压转换器 航天民芯

它是理想的动力便携式设备运行的单细胞锂离子(Li)电池。输出电压可调节低至0.6V。该M3406还可以在100%的占空比下运行，用于低损耗操作，延长便携式系统中的电池寿命。
深圳市润泽芯电子有限公司·2024-01-03 14:59

“集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用”

“集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用”一、理解⼀种疾病的某种现象仅使用⼀种数据类型是远远不够的，随着高通量测序和多组学的快速发展，生物医学研究开始采取多组学技术结合的方法，传统的信息数据处理算法不能满足大数据的处理要求
20220705·2024-01-03 12:07

听说你的单细胞对象需要一个思维导图？

在我们分析单细胞数据的时候，需要想象力的一点就是要理解数据结构，基于此有位老几还写了一篇为什么要以数据库的思维来理解单细胞数据。里面列出了常见的单细胞数据对象的结构。平时我们都是如何看数据结构的呢？
周运来就是我·2024-01-03 10:52

单细胞类型鉴定总结

细胞类型鉴定细胞类型鉴定分两种思路一种是基于Markergene，看某个亚群的差异基因（onetoothers）与数据库中哪种细胞类型的markergene比较一致，结合其表达量来鉴定细胞类型。常见markergene数据库有：CellMarker、MouseCellAtlas、cd_marker_handbook、PanglaoDB等。另外一种是基于表达谱，用未知细胞类型的表达谱与已知细胞类型的
Seurat_Satija·2024-01-02 23:11

Science子刊：单细胞分析揭示靶向CD19的CAR-T疗法复发的机制

靶向CD19的嵌合抗原受体T细胞（CAR-T）免疫疗法已经在复发/难治性急性淋巴白血病（ALL）等恶性血液肿瘤的治疗中取得了令人惊喜的效果，多中心临床试验数据表明患者接受CAR-T治疗后的完全响应率可达70-90%。目前，美国FDA已经批准了6款自体CAR-T细胞产品上市，用于治疗白血病、淋巴瘤和多发性骨髓瘤等血液类癌症。大量的临床应用结果证明了这种个性化的疗法极具抗癌潜力，没有免疫排斥的风险，安
454c5c7ac3a8·2024-01-02 19:52

2022-10-20

NatMethods|单细胞分类比赛:获奖模型可深入注释亚细胞组学原创存在一棵树图灵基因2022-10-2013:23发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：存在一棵树IF=47.990推荐度：⭐
图灵基因·2024-01-02 17:23

RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典·2024-01-02 16:05

扩增子测序中OTU表进行抽平的两种方式

Arandomrarefactionofsamplereadsaccordingtoaspecificreadslength(usuallythesmallestvalue)shouldbeperformedfirstlyfordownstreamanalysis.扩增子测序拿到
凯凯何_Boy·2024-01-02 16:08

SCENIC+：增强子和基因调控网络的单细胞多组学推理

SCENIC+：增强子和基因调控网络的单细胞多组学推理摘要IntroductionSCENIC+使用超过30,000个TF基序来预测eGRNSCENIC+在PBMC多组数据上的图示SCENIC+prioritizesfunctionalenhancers
生信小鹏·2024-01-02 14:04

单细胞RNA速率（RNA velocity）

单细胞RNA测序可以以高定量精度、灵敏度和通量揭示RNA丰度。然而，这种方法仅捕获某个时间点的静态快照，这对分析胚胎发生或组织再生等时间分辨现象提出了挑战。
生信小鹏·2024-01-02 14:33

OSCA单细胞数据分析笔记-14、Empty/Doublet droplet

对应原版教程第15、16章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html现行主流的Droplet-based单细胞测序技术主要思路是一个磁珠捕获一个细胞置于油包水的腔室里完成添加标签
小贝学生信·2024-01-02 14:31

2022-08-30

TrendsBiotechnol|单细胞分析循环肿瘤细胞原创huacishu图灵基因2022-08-3011:43发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=21.942推荐度：
图灵基因·2024-01-02 02:55

全基因组测序揭示家族性乳腺癌病因的临床相关见解

PMID:31090900PMCID:PMC6637375DOI:10.1093/annonc/mdz132ANNALSOFONCOLOGYIF:32.976（2021年6月30日公布）摘要背景：全基因组测序
亦是旅人呐·2024-01-02 00:47

（日常记录）smRNA本地注释分类

准备：1、rfam数据库2、rfamclain文件3、软件infernal4、待测序列（fasta文件）一、数据库下载进入rfam官网，点击FTP，选择最新版本，下载这两个文件并解压。
重新开始_xy·2024-01-01 23:19

基因测序的昨天、今天、明天

会议题目：NGS的未来蓝海与现实突破主办方：CHC医疗咨询与IVD联盟会议嘉宾：朱师达-华大基因副总裁、肿瘤事业部总经理张江立-鹍远生物联合创始人、兼首席执行官王海蛟-高特佳投资执行合伙人于洋-诺禾致源副总裁段云-山蓝资本执行董事会议议题：1、中国NGS市场现状如何，在哪些领域有较好的临床应用？2、在这些领域，产业链国产化程度如何？3、如何改变肿瘤NGS基因检测的内卷现状？有哪些新的产业蓝海？4、
基因江湖·2024-01-01 22:08

跟着NC学cfDNA全基因组片段化丰度谱分析

继续我们的跟着NC学系列，前面分享的是关于16S扩增子测序和宏基因组数据分析的。
zd200572·2024-01-01 19:54

纳米孔(Oxford Nanopore)测序仪的学习笔记

最近学习了测序中国探基学院的相关课程，关于纳米孔(OxfordNanopore)测序仪，由诺禾致源的工作人员主讲，收获了一些知识，在此记录一下。他们讲的内容多了一些实践相关的经验，值得学习。
zd200572·2024-01-01 19:54

基因组survey——K-mer频谱

Kmer是从测序数据中滑窗提取出的长度为k的寡聚核苷酸序列，可以评估基因组大小、杂合度、重复序列比例等。
徐诗芬·2024-01-01 16:52

StatQuest学习笔记25——差异表达分析

主要内容讲的是高通测序数据的差异基因分析，其中，第59节的内容是edgeR进行的文库均一化；第60节是DESeq2的文库均一化；第61节则是讲的是edgeR和DESeq2均一化的一些阈值选择。
backup备份·2024-01-01 13:02

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之基于代谢物介导的细胞间通讯

六一到了，遥想自己上小学，还是课间操的队长，我在的地方是长治市壶关县北大安村，六一就回去店上镇参加体操比赛，人生如梦，转眼马上就要进入而立之年，小时候的梦想实现了么？这么多年，有没有让自己觉得难忘的事情？今天我们来分享一个通讯分析的内容，当然，方法都在不断的更新升级，考虑的也更加全面，参考文章在MEBOCOST:MetabolicCell-CellCommunicationModelingbySi
单细胞空间交响乐·2024-01-01 03:21

【Acta Neuropathol ，IF=14.25】 揭开重症肌无力疾病面纱—如何通过单细胞蛋白组发现潜在免疫治疗靶点

✎文章导读文章导读：Single-cellprofilingofmyastheniagravisidentifiesapathogenicTcellsignature发表期刊/影响因子：ActaNeuropathol/2021-03/14.251研究样本：外周血、胸腺组织研究内容：1）CyTOF挖掘确定MG致病关键细胞亚群，且与疾病严重程度相关；2）大规模研究验证，该信号可作为监测疾病严重程度和指
普罗亭·2024-01-01 02:05

ggplot2 | 单细胞类间比较的火山图 - 经典效果

1.定义画图函数定义函数。VolcanoPlot=function(dif,log2FC=log2(1.5),padj=0.05,label.symbols=NULL,label.max=30,cols=c("#497aa2","#ae3137"),title=""){if(all(!c("log2FoldChange","padj","symbol")%in%colnames(dif))){st
biomooc·2024-01-01 00:06
上一页 5 6 7 8 9 10 11 12 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他