单细胞测序第12页

Nat. Mach. Intell. | 通过深度神经网络联合建模多个切片来构建一个三维全生物体空间图谱

DrugAI·2023-12-17 19:06

基因-疾病数据库/工具大集合

科学技术的发展极大地改变了基因组领域，尤其是在基因图谱、数据库、疾病图谱、CRISPR/Cas9、大数据和下一代测序等方面。

尐尐呅·2023-12-17 15:26

OSCA单细胞数据分析笔记-9、Clustering

对应原版教程第10章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html“物以类聚，人以群分”分群步骤即将基因表达（降维结果）相似的细胞归为同一个群体，往往对应一种特定的细胞类型或者细胞轨迹状态。从一步开始，就可以开始叙述我们的生物学故事了~源网，侵删~笔记要点1、clustering是一个显微镜2、基于图聚类的分群3、其它分群算法（k均

小贝学生信·2023-12-17 13:12

临检中心公布报告：华大基因顺利通过这项室间质量评价预研活动

11月中旬，国家卫生健康委临床检验中心(以下简称“临检中心")公布了2023年“全国血液微生物cfDNA宏基因组高通量测序室间质量评价预研活动结果报告”，华大基因下属子公司天津华大医学检验所顺利通过此次室间质评

ZAKER科技动态·2023-12-17 11:26

生命起源到人类发展之生命的旅途

我看到很多普通的小分子，后来由于特殊的环境，他们进化成了细胞，后来又不断进化，很多变成了化石，而后来的生命经历了优胜劣汰后跟人类越来越像……一.论一个分子成为一个原始单细胞生物的自述分子是特别小但是也是非常重要的

琥珀王奕·2023-12-17 09:40

10X单细胞空间联合分析表征Ureter的形态和相互作用

hello，又到周五，一周的收官之战，我们要继续我们的单细胞空间联合分析的大业，今天的参考文献在Uretersingle-cellandspatialmappingrevealcelltypes,architecture

单细胞空间交响乐·2023-12-17 05:27

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（七）：空间转录组分析

第七节：空间转录组分析在本节教程中，我们将学习空间转录组的一些分析方法。10XVisium平台的空间转录组数据在许多方面是类似于scRNA-seq数据的，它包含5-20个细胞而不是单个细胞的UMI计数，但仍然与scRNA-seq相同，数据非常的稀疏，同时还具有相关组织中空间位置的附加信息。在这里，我们将使用小鼠大脑(Sagittal)的两个Visium空间转录组数据集进行实战练习。首先，以类似于s

夕颜00·2023-12-17 01:04

PySCENIC（三）：pyscenic单细胞转录因子分析可视化

KS科研分享与服务·2023-12-17 00:23

DAY7-谢小发（测序）

框架测序组学测序过程及其原理Sanger测序基本原理反应体系种需要有引物、DNA聚合酶、4种dNTP、一定比例的ddNTP，由于ddNTP没有羧基，因而被结合后不能在后面再接dNTP测序原理第二代DNA

谢小发·2023-12-16 20:46

基于BWA，Bowtie2，samtools、checkm等工具计算宏基因组学序列分析中Contigs与Genes在样品中的丰度，多种计算方式和脚本对比

以下是计算这两个指标的意义：1.Contigs的相对丰度：contigs是利用基因组测序技术获得的碎片序列，通过计算contigs的相对丰度可以了解微生物群落中不同菌种的相对丰度。

小果运维·2023-12-16 18:28

数据上传 | GEO数据上传操作指南

科研工作者在发表paper的时候，如果文章中涉及高通量测序数据分析，就需要提前向NCBI上传数据获得登录号。然而，如何向NCBI提交这些序列？提交什么序列？总是提交失败怎么办？

诺禾致源·2023-12-16 18:21

Linux/Mac/Windows的Rstudio安装Python模块总报错，怎么破？

cran.r-project.org/web/packages/reticulate/vignettes/python_packages.html这里写了不需要管理员权限的方法，基于管理员权限的可以看一下：单细胞

刘小泽·2023-12-16 17:03

传单记录

记录儿子传染性单细胞核增多，EB病毒感染的过程。8月20日之前一周，小宝每天流鼻涕，体温在38°以下，没别的什么症状。去社康拿了点感冒药。吃了几天，没什么效果。

小神魔之塔·2023-12-16 16:14

Cell | 单细胞测序描绘骨髓间质完整的细胞类群(转载)

Cell|单细胞测序描绘骨髓间质完整的细胞类群原创：章台柳BioArt今天撰文|章台柳责编|兮间质存在于每个器官，对器官的发育、稳态维持及修复都非常重要，但对其定义一直都不清晰。

天涯清水·2023-12-16 15:45

2020-12-24 文献阅读

技术手段：使用新技术Patch-seq，同时结合膜片箝技术，生物素标记和单细胞转录组手段来检测了超过1300个成年小鼠初级运动皮层。科学发现：新皮层的神经元类型在转录组水平和电生理特征上并非离散的

Zane_bio·2023-12-16 12:47

Seurat Weekly NO.17 || 一个R包的CNS之路

seurat发展历史，cns之路在单细胞数据分析中，特别是对初学者来说，Seurat是一个教科书级别的工具。

周运来就是我·2023-12-16 10:16

学习小组Day7笔记--LBB

今天的学习内容是怎么区分一二三代测序二代测序大体流程NGS组学都包括哪些分类测序的原理之前就了解过，当作是复习再详细补充一下思维导图测序.png

LBB·2023-12-16 07:28

2022-05-14 multiqc时解决ImportError: cannot import name 'OrderedDict' from 'typing_extensions'报错

image.png今天在做转录组测序数据multiqc时，出现这个错误，反复用condainstallmultiqc问题还是得不到解决。

小孟在充电·2023-12-16 05:44

诺禾单细胞测序助力杨树茎干组织的单细胞转录组图谱绘制

2021年11月22日，诺禾致源单细胞客户在GenomeBiology（IF=13.583）上发表了题为“Transcriptionallandscapeofhighlylignifiedpoplarstemsatsingle-cellresolution

诺禾致源·2023-12-16 05:53

PCA分析？Emm，快速上手与出图！

在高通量测序数据出现之前，在生物学上，其最常用的场景是：假定我们要对某种花的不同品种进行分类，于是进行指标测定，如花瓣长度，花瓣宽度，植株高度，叶片厚度，根部长度等。

生信石头·2023-12-16 03:07

重新认识我们的大脑

但在数十亿年前，远古的海洋中出现了一些“复制子”，在进化的力量下，它们逐渐成为单细胞生物，接着又演化为动物、植物和微生物等，之后动物这条分支进化成各种原始鱼类，遍布大海。

东山东复东·2023-12-15 13:30

朝向阳光的“孩子”——藻类

而有机物质又在小到基本没有的概率之中，成为了真正的生命，也就是最开始的单细胞古菌，古菌后来又

兰海粟·2023-12-15 11:30

肿瘤单细胞的背景介绍

传统的分析方法难以全面系统的分析肿瘤的生态体系，而单细胞测序技术作为一种强而有力的手段，能为我们精确到各种亚类细胞层面剖析肿瘤。

黄佳佳_·2023-12-15 09:03

浅谈纳米孔测序技术

1背景介绍Nanorpore即纳米孔测序技术，又称第四代测序技术，是OxfordNanoporeTechnologies公司研发的新一代的测序技术。目前测序长度可以达到150kb。

bioyangyang·2023-12-15 07:50

BWT算法

1、BWT(Burrows–Wheeler_transform)算法介绍bwa是目前最流行的二代测序比对工具，其中就用到了BWT算法。

基因组分析·2023-12-15 04:38

生信算法1 - DNA测序算法实践之序列操作

生信序列基本操作算法建议在Jupyter实践，python版本3.91.定义DNA序列seq='ACGT'#从序列指定索引的碱基seq[1]#'C'#序列长度len(seq)#42.序列拼接#序列拼接-字符串seq1='AACC'seq2='GGTT'print(seq1+seq2)#AACCGGTT#序列拼接-列表seqs=['A','C','G','T']print(''.join(seqs)

生信与遗传解读·2023-12-14 18:03

生信算法2 - DNA测序算法实践之序列统计

生信序列基本操作算法建议在Jupyter实践，python版本3.91.读取fastq序列#fastq序列获取!wgethttp://d28rh4a8wq0iu5.cloudfront.net/ads1/data/SRR835775_1.first1000.fastqdefreadFastq(filename):#序列列表sequences=[]#质量值列表qualities=[]withopen

生信与遗传解读·2023-12-14 18:03

利用ggplot绘制密度散点图（同时附带spearman的R和P值）

写在前面今天在看一篇单细胞文章的时候，看到一个挺精致的图形，如下图所示：密度散点图，我称之为“密度散点图”，因为它像我们平时看到的散点图类似，就是又加上了密度属性。

Kevin_Hhui·2023-12-14 15:49

使用shell进行id转换

找到样本之间的对应关系第一列为测序编号，第二列为样本分组，第三列为样本名先测试下：##读取前三列的变量信息cattihuan|whilereadcxgroupnamedoecho$group-$cx-$

花生学生信·2023-12-14 15:01

Geneformer：计算生物学的大模型革新

Geneformer基于约3000万个单细胞转录组的大规模语料库进行预训练，旨在网络生物学数据有限的情况下实现上下文特异性预测。

努力犯错·2023-12-14 13:11

Hepatology（IF 17.425）| 明尼苏达大学Revelo教授团队通过单细胞转录组揭示肠道菌群加重脂肪肝的潜在机制

非酒精性脂肪肝（NASH）正迅速成为肝移植和肝衰竭的首要原因。肝炎是NASH的关键特征，但参与这一过程的免疫通路尚未充分阐明。B细胞是适应性免疫系统的细胞，是免疫反应的关键调节剂。然而，B细胞在NASH发病机制中的作用以及导致它们在肝脏中激活的潜在机制尚不清楚。美国明尼苏达大学XavierRevelo教授等研究团队在Hepatology（IF17.425）上发表了一项题为“Microbiota‐d

中科新生命·2023-12-06 21:09

【生信分析】基因组学导论

祝我成功目标：通过一周的学习能对对不同高通量测序数据集（RNA-seq、ChIP-seq、BS-seq和多组学集成）进行分析。配置环境if(!

大桃子技术·2023-12-06 21:11

单细胞个性化细胞注释

关于单细胞中级的课程内容，前面已经有了三次直播。

生信小博士·2023-12-06 19:20

神奇的小球藻（功效篇）

来源：《绿藻食疗网》之前跟大家介绍了有“营养之王”和“排毒圣品”的单细胞植物—小球藻，或许有人会问小球藻真的有这么神奇吗？

jocelyn_wing·2023-12-06 02:56

清空不同Resolution分群走向的历史信息

单细胞系列教程目录索引,持续更新...在对大类注释好的数据集进行亚群提取后，往往需要重新对子集进行聚类分群，但在使用下述代码对新子集进行不同粒度分群走向时绘图会混入meta.data中原始大类数据集的粒度分群走向信息

科研小徐·2023-12-05 17:38

高通量测序学习

为了督促自己学习，在此立下flag，更新高通量测序相关产品知识。学习记录随手截个图，之后会连续更~

假装_学霸·2023-12-05 17:37

SETD2基因和自闭症

家长这次提供的基因检测数据一同既往，是非常简单的：约20000个基因的外显子测序孩子的SETD2基因含一个错义突变Ser381Ala孩

椰菜君·2023-12-05 15:21

认识HDF5文件格式及R中.h5 文件读取

三代测序下机的原始数据不再是fastq格式了，而是换成了hdf5格式.HDF5格式HDF5文件一般以.h5或者.hdf5作为后缀名，需要专门的软件才能打开预览文件的内容。HDF5文件结构中有2pri

该叫个什么名字好呢·2023-12-05 13:38

单细胞分析（三）——细胞分群单独展示

使用降维分析图展示marker基因大部分单细胞分析，以及seuratpackage这个包给出的示例，也都是某一marker基因在降维分析之后得到位置的表现。

生信小鹏·2023-12-05 05:57

互联网技术淘汰着传统行业也淘汰着人民的幸福

就像海洋，鲸鱼能活，小鱼小虾甚至海藻单细胞生物也能活，这才叫良好生态，不能只让鲸鱼活下去，而把小生物都淘汰掉。一个社会，大资本大企业应该干什么？难道是要倾尽它们的力量与小民争利吗？

小绿逗·2023-12-05 03:03

省事地获取已公开测序数据的下载链接（.sra|.fastq.gz）

生信石头·2023-12-05 02:00

Sentieon | 每周文献-Long Read Sequencing（长读长测序）-第七期

长读测序系列文章-1标题（英文）：PrecisionFDATruthChallengeV2:Callingvariantsfromshortandlongreadsindifficult-to-mapregions

chSNP·2023-12-04 20:20

【单细胞】scRNA-seq VS snRNA-seq

题记：因为我们在准备烟草某些部位单细胞样品的时候，质量和活性总是比较低，所以对于比较难制备的样品，有的人推荐我们尝试一下snRNA-seq。就去了解了一下snRNA-seq。

jjjscuedu·2023-12-04 19:44

Analysis of single cell RNA-seq data 学习笔记(六)

这一节，我们介绍一下单细胞生物学分析的内容PCA#加载包library(pcaMethods)library(pcaReduce)library(SC3)library(scater)library(SingleCellExperiment

小潤澤·2023-12-04 18:04

KRAS肺癌抑瘤功能分类研究--2020-04-12

AfunctionaltaxonomyoftumorsuppressioninoncogenicKRAS-drivenlungcancercancerdiscovery29.497思路从TCGA、GENIE和TRACERx数据库中选取突变频率高的以及文献调研多个方面评估所得的48个抑癌基因→构建慢病毒载体池→tuba-seq测序测得每种

FFwizard·2023-12-04 16:49

单细胞marker基因可视化的补充---密度图与等高线图

单细胞系列已经说了很多关于基因可视化的方法了。

KS科研分享与服务·2023-12-04 15:59

利用Biopython来进行序列比对

序列比对一般针对的是两条或者多条序列，可以是DNA、RNA或者蛋白序列，来推测序列间的区域的相似度。

生信阿拉丁·2023-12-04 13:09

酵母双杂交服务专题（四）

接下来，对这些质粒中的cDNA片段进行测序分析，并将其编码的序列与GENEBANK数据库中的序列进行对比，从而探究其与已知基因在生物学功能上的潜在关联

卡梅德生物·2023-12-04 13:05

用于种系疾病诊断的临床全基因组测序分析验证的最佳实践

Bestpracticesfortheanalyticalvalidationofclinicalwhole-genomesequencingintendedforthediagnosisofgermlinedisease摘要全基因组测序

亦是旅人呐·2023-12-04 13:55

生信技能29 - 提取VCF文件测序深度和基因型信息

提取VCF文件测序深度和基因型信息，示例如下，结果保存至excel文件中。

生信与遗传解读·2023-12-04 06:19

推荐频道

单细胞测序