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扩增子
Tax4Fun2 16s
扩增子
群落功能预测 使用小结
Tax4Fun2是一个基于16SrRNA数据集预测微生物群落功能的R包,是Tax4Fun的升级版本。其发布在Github项目bwemheu/Tax4Fun2下,目前已更新到Tax4Fun2v1.1.6。下面以自带示例简单学习一下它的使用过程:1.下载、安装和配置#shellwgethttps://github.com/bwemheu/Tax4Fun2/releases/download/v1.1.
leoxiaobei
·
2023-01-28 20:42
推荐一个做微生物生态的小伙子和他的网站
推荐一个做微生物生态的小伙子和他的网站https://jkzorz.github.io/关于杰克关于我我叫杰克(Jackie),在攻读硕士学位期间,我开始研究R和微生物生态学数据,当时我正在研究数百种海洋16SrRNA
扩增子
测序样品
wentaomicro
·
2023-01-28 16:13
数据迁移至超算,重温
扩增子
pipeline
南京又进入一年一度的桑拿天,组里的小服务器也彻底报销了。幸好在此之前已经提前将数据迁移至单位的超算平台上。流程需要重新部署,软件需要重装,环境变量需要重新设置,还要适应超算平台上更规范的任务管理流程。超算平台要求通过qsub脚本提交任务,脚本中要设置语言环境,作业路径,调用资源以及任务名称。之前在小服务器上,直接通过nohup+命令行&提交任务,确实简单粗暴了。现已基本调制妥当,也借机重温下微生物
Oodelay
·
2023-01-27 03:28
机器学习第17篇 - 特征变量筛选(1)
高维数据包括的检测变量越来越多,如基因表达数据中检测到的基因数目、
扩增子
测序中的OTU数目等。在训练模型时通常需要先对数据去冗余,提取一些关键变量。
生信宝典
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2023-01-20 14:18
算法
决策树
机器学习
人工智能
深度学习
高级转录组调控分析和R语言数据可视化第十四期 (线上线下开课)
福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排
扩增子
16S分析、宏基因组、Python课程、转录组线上直播课。
生信宝典
·
2022-12-31 16:16
可视化
编程语言
数据可视化
人工智能
大数据
一门课程学习转录组调控分析和R可视化第十四期 (线上线下开课)
福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排
扩增子
16S分析、宏基因组、Python课程、转录组线上直播课。
生信宝典
·
2022-12-31 16:16
可视化
编程语言
数据可视化
人工智能
大数据
Mothur5进阶_Mothur
扩增子
基因序列分析_基于OTU或ASV的多样性指数分析
本文主要讲解了使用Mothur软件对
扩增子
基因序列基于OTU或ASV进行多样性指数分析。01文件名称的再处理当比较早期和晚期样本时,最初的问题与这些样本的稳定性和群落结构的变化有关。
环微分析
·
2022-12-23 01:30
环境微生物生物信息分析分享板
生物信息学
生物信息学Bioinformatics学习笔记(四)- Data analysis-16sRNA
Dataanalysis-16sRNA常用V3V4区域进行
扩增子
测序Basicanalyticalprocedure1.原始数据处理·去除接头序列,并将双端测序序列拼接成单条序列。
cling5899
·
2022-12-19 13:50
日常学习
生物信息学
其他
学习
高级转录组调控分析和R语言数据可视化第十三期 (线上线下同时开课)
福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排
扩增子
16S分析、宏基因组、Python课程、转录组线上直播课。
生信宝典
·
2022-12-09 03:58
可视化
编程语言
数据可视化
人工智能
大数据
《零基础免费学
扩增子
分析》视频课(含ppt及相应代码),无需转发,直接获取...
扩增子
测序是一种二代靶向测序技术,它使用PCR技术来生成称为
扩增子
的DNA序列。它简单、快速、应用广泛。
扩增子
测序可以有效地识别微生物高可变区并有效获取微生物物种的信息。
生信修炼手册
·
2022-12-04 16:18
人工智能
大数据
机器学习
编程语言
java
解读16S
扩增子
分析表格+代码实现
16s分析结果详解文章目录16s分析结果详解OTU表解读物种柱状图韦恩图稀释曲线Shannon-Winner曲线Rank-Abundance曲线Alpha多样性(样本内多样性)Chao1ShannonAceSimpsonAlpha多样性指数差异箱形图Beta多样性分析(样品间差异分析)PCoA分析PCA分析NMDS分析(非度量多维尺度分析)排序分析样本-物种丰度关联circos弦装图Ternary
Les baleines tombent
·
2022-11-29 07:08
#
16S
16s
扩增子
测序分析及解读报告的制作
我目前通过自学懂得了利用qiime2做出了多样性分析和注释,但是看各大生物公司的16s解读报告上有的东西实在不知道怎么做出来,求问:各路大神有没有16s全套生信分析的教程?希望向各路大神学习学习!!!
生信小白到大神
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2022-11-29 07:37
数据分析
扩增子
新版分析流程结果解读(一)
在上期内容中,我们简要介绍了
扩增子
新版分析流程,升级后的分析内容包含十大模块,120+分析内容,下面一起来看看具体的升级细节吧!
SHANGHAILINGEN
·
2022-11-29 07:26
宏基因组学
微生物
PacBio
科技
其他
扩增子
分析流程 —— 数据处理(vsearch)
本篇文章是笔者学习了刘永鑫老师的
扩增子
教程以后,根据自己的学习过程总结了一篇使用vsearch工具处理序列数据得出OTU表的文章。
卢严砖
·
2022-11-29 07:55
扩增子分析
其他
扩增子
分析全面升级!加量不加价,数据更多新玩法
扩增子
标准分析流程全面升级!微生物是一类以分解代谢为主的生物类群,在微生物群落研究中,
扩增子
一直是了解微生物群落构成及分布的重要手段。
SHANGHAILINGEN
·
2022-11-29 07:55
PacBio
微生物
宏基因组学
科技
其他
扩增子
新版分析流程结果解读(二)
在上期内容中,我们介绍了升级后的
扩增子
分析结果中的差异分析和环境因子关联分析,今天继续来了解其他的分析内容吧!
SHANGHAILINGEN
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2022-11-29 07:23
三代测序
PacBio
16s基因全长测序
其他
科技
爆款入门 | 第 14 期微生物组-
扩增子
16S分析和可视化(线上/线下同时开课,2022.4)...
福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排
扩增子
16S分析、宏基因组、转录组的线上/线下同时开课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课。
生信宝典
·
2022-11-28 18:25
大数据
编程语言
python
机器学习
人工智能
Mothur3进阶_Mothur
扩增子
基因序列处理_数据比对、聚类及其处理评估
本节主要讲解使用Mothur软件对
扩增子
基因序列进行数据库比对,过滤,聚类,去除嵌合体及其处理评估。01数据与数据库的比对使用pcr.seqs命令针对感兴趣的区域定制一个数据库,将序列与参考序列比对。
环微分析
·
2022-11-23 01:41
环境微生物生物信息分析分享板
生物信息学
扩增子
分析2
多个
扩增子
交叉设计可能存在突变漏检情况测试工具:vardictamplicon模式Filter标签在交叉区域的突变存在“AMPbias”,在不同
扩增子
中表现不同。
树懒吃糖_
·
2022-11-09 09:11
微生物组+代谢组,发现基于肠道微生物的疾病标志物
为了探究肠道菌群与各类疾病的联系,可借助微生物组学——
扩增子
、宏基因组、宏转录组技术探究肠道中“存在哪些微生物,这些微生物能做什么以及正在做什么”。
ee00dc6faab7
·
2022-11-04 17:09
宏转录组方法_高级转录组分析和R语言数据可视化第12期 (线上线下同时开课)
“福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排
扩增子
16S分析、宏基因组、Python课程线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课。
weixin_39704314
·
2022-10-30 18:45
宏转录组方法
微生物组-
扩增子
16S分析和可视化(2022.10)
课程改为长直播模式,报名后就可以学习,时间更充裕,练习更充分具体见:易生信培训改为长周期模式福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排
扩增子
16S分析、宏基因组、转录组的线上
生信宝典
·
2022-10-30 18:14
大数据
编程语言
python
机器学习
人工智能
Tools:seqkit快速多线程全平台fastq处理工具
seqkit的使用方法seqkitgithubmp.weixin.qq.com/s/OJsxFR33ej0ACozNbF_dNA参数如下:amplicon通过引物检索
扩增子
(或其周围的特定区域)bam检查和在线绘制
wo_monic
·
2022-10-12 14:49
基于R语言的微生物群落组成多样性分析——α多样性及其可视化
对于许多做微生物的同学来说,基于高通量测序的16S
扩增子
测序是对细菌群落组成及多样性进行分析的重要手段。
科研那点事儿
·
2022-07-08 08:36
一文读懂微生物
扩增子
16s测序
微生物多样性测序结果如何看?做过16s测序的小伙伴们都知道测完之后会拿到一份结果报告但这并不代表可以开始写文章了看似一大堆数据图表却不知如何下手这是很多人头疼的地方那么怎样给报告中的数据赋予灵魂让它真正成为对你有帮助的分析呢?一文扫除困惑首先什么是16SrRNA?16SrRNA基因是编码原核生物核糖体小亚基的基因,长度约为1542bp,其分子大小适中,突变率小,是细菌系统分类学研究中最常用和最有用
谷禾牛博
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2022-05-30 07:05
生信分析
人工智能
深度学习
算法
高级转录组分析和R语言数据可视化第十二期 (线上线下同时开课)
“福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排
扩增子
16S分析、宏基因组、Python课程线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课。
生信宝典
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2022-04-22 07:11
可视化
编程语言
大数据
人工智能
数据可视化
PICRUST2 16s
扩增子
群落功能预测 安装和使用
测试系统:WSL2Ubuntu20.04LTS1.照着Github一键安装condacreate-npicrust2-cbioconda-cconda-forgepicrust2=2.4.1-ycondaactivatepicrust2错误可能如下:(1)卡在Solvingenvironment,安装不上去,多半网络问题,多执行几次就好尽管我使用的也是清华源,但是因为前期设置的.condarc没有
leoxiaobei
·
2022-04-15 22:28
R count函数_R最快且比dplyr最高效的大数据处理R包:tidyfst
随着
扩增子
的平稳,我逐渐转入宏基因组,软件更多,平台跨度更大,R语言显示出来很多弊端:数据处理过程不够快,无法快速读入,输出;近年来出现了许多工具解决这个问题,本着适合之前的习惯,我想通过da
weixin_39769703
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2022-03-09 08:58
R
count函数
spark
数据框
删除列
最后一周 | 微生物组-宏基因组分析(线上/线下同时开课,2021.1)
福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排
扩增子
16S分析、宏基因组、Python课程和转录组的线上直播课。
生信宝典
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2022-03-03 07:58
编程语言
人工智能
大数据
数据挖掘
xhtml
微生物组-宏基因组分析第9期(报名直播课免费参加线下2020.10本年最后一期)
福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排
扩增子
16S分析、宏基因组、Python课程和转录组的线上直播课。
生信宝典
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2022-03-03 07:27
可视化
编程语言
人工智能
大数据
xhtml
扩增子
培训小结
扩增子
的定义:
扩增子
(amplicon)为DNA或RNA扩增的一段核苷酸序列。
扩增子
分析
扩增子
分析,指的是对生物高度保守的DNA序列进行分析,鉴定生物的种类与含量的方法,是宏基因组学的研究方法之一。
见龙在田007er2770
·
2022-02-20 11:33
基于qiime2的
扩增子
流程
写在前面:
扩增子
在微生物组领域就像分子生物学里面的PCR一样常见、有用,像繁琐的PCR一样(虽然有说明书告诉你引物、Taq酶、dNTPs等的加入量,但是每次都加也很繁琐),
扩增子
分析的流程也是很复杂。
kkkkkkang
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2022-02-18 05:13
Graphpad,经典绘图工具初学初探
后来为了更加方便使用,生信宝典团队开发了在线绘图工具www.ehbio.com/ImageGP,支持14中常见图形和部分
扩增子
分析,深受欢迎,
生信宝典
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2022-02-17 13:28
实验报告解析及方法论—微生物多样性(
扩增子
/16S rDNA测序)
1.实验报告的主体框架内容a)封面信息b)项目实施信息c)元基因组DNA提取过程及结果d)PCR扩增过程及结果e)样品是否成功的判定标准a)封面信息主要包含:客、服双方的主要联系人相关信息,样品对接人,实验操作组及实验主要负责人信息,报告生成时间、项目名称及唯一标识号等方面内容。主要目的:用于追溯实验流程过程,客、服双方在实验方面内容的沟通及对接。b)项目实施信息主要包含:样品的详细情况(客户方提
JarySun
·
2022-02-15 14:50
扩增子
分析:qiime2平台全流程分析
Ampliconsequencinganalysispipelinethroughqiime2platformqiime2是
扩增子
数据分析的最佳平台之一,其提供了大量从原始data到统计分析的插件,尤其是它的可重复分析且可扩展插件的理念使得其成为
扩增子
分析首选的平台
华仔少年
·
2022-02-06 16:10
扩增子
测序简化版(Linux部分)
16SrRNA基因是编码原核生物核糖体小亚基的基因,长度约为1542bp,其分子大小适中,突变率小,是细菌系统分类学研究中最常用和最有用的标志。16SrRNA基因序列包括9个可变区和10个保守区,保守区序列反映了物种间的亲缘关系,而可变区序列则能体现物种间的差异。细菌16S.png测序引物.png双末端(PEreads)1.生成样品路径清单(filepath)文件echo'sample-id','
佳名
·
2021-09-05 10:17
ASV和OTU有什么不同?哪个更好?
扩增子
测序和鸟枪法测序已经成为微生物组领域最常见的研究手段。尽管鸟枪法测序可以为我们提供更高分辨率和更全面的物种信息以及基因信息,但是该方法的成本高昂,对运算资源和样本的要求也更高。
jlyq617
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2021-09-02 21:25
微生物多样性(
扩增子
/16S rDNA测序)—差异分析方法描述
一、差异分析内容及意义a)随机森林模型(RandomForest)一种非线性分类器,挖掘变量之间复杂的非线性的相互依赖关系。意义:找到能够区分两组样品间差异的关键OTU。b)交叉验证(Crossvalidation)对随机森林筛选出的关键OTU组成进行遍历。意义:以期用最少的OTU数目组合构建一个错误率最低的高效分类器。c)ROC曲线(接收者操作特征曲线)属于二元分类算法,用来处理只有两种分类的问
JarySun
·
2021-06-23 09:01
扩增子
分析:16s rRNA分析snakemake流程
扩增子
测序是分析环境微生物的常见手段,通常使用的是16srRNA片段。16srRNA分析主要有质控、去冗余、聚类OTU、去嵌合体、生成OTU表和物种注释等步骤。
华仔少年
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2021-06-21 05:23
扩增子
分析
微生太
扩增子
分析系列第八节:QIIME2+GalaxyPICRUSt进行16S功能预测
扩增子
测序是一种二代靶向测序技术,它使用PCR技术来生成称为
扩增子
的DNA序列,它简单、快速、应用广泛。
高锰酸钾配甲醛_ab83
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2021-06-20 13:06
微生物多样性(
扩增子
/16S rDNA测序)—功能预测分析方法描述
一、代谢、功能预测分析内容及意义根据已知的微生物基因组数据,对菌群组成的测序数据(典型的如16SrRNA基因的测序结果)进行菌群代谢功能的预测,意义:从而把物种的“身份”和它们的“功能”对应起来。根据菌群代谢功能预测结果,我们一方面能一窥菌群功能谱的概貌,发挥菌群多样性组成谱测序性价比高的优势;另一方面也能帮助指导后续宏基因组Denovo鸟枪法测序的实验设计,更合理地筛选用于后续研究的样本。a)P
JarySun
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2021-06-11 01:33
Rank abundance
扩增子
分析中,rankabundance已经是必备的一项分析内容,它可以从OTU的层面总体反应出物种的分布情况(丰度和均匀度),如下图:image.png注:横坐标:OTU等级,“500”代表样本中按照丰度排列第
tianzhanlan
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2021-06-09 15:17
扩增子
培训
参加
扩增子
培训分析,需要使用到一些包,然而,我自己的电脑上也有一些包,在使用某些函数的时候,就容易出现问题,于是解决方案就是对于这个项目,使用特定的包的路径,这样就完美的解决了。
见龙在田007er2770
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2021-06-06 00:47
微生物多样性(
扩增子
或16S rDNA测序)-数据处理与统计方法描述
一、数据的处理与统计Miseq测序获得的是双端序列数据,根据两端序列的互补区域,进行拼接获得单条完整序列,同时对序列的质量和拼接的效果进行质控过滤,根据序列首尾两端index序列和引物序列区分序列来自于哪一个样品,并获得高质量序列。通过统计汇总表格,可以体现本批次样品数据的相关统计,包括片段的长度、原始数据序列数量、总碱基数、每例样品的测序序列数等。二、数据处理部分在论文中的描述a)关于数据总量的
JarySun
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2021-05-19 00:25
使用R分析16s
扩增子
α,β多样性
这部分教程依然来自HappyBellyBioinformatics网站,主要学习一下使用DADA2获得ASVs数据之后的进一步分析。譬如,微生物群落多样性,样品间的微生物群落差异分析以及系统进化等。1.工作环境设置和数据导入>setwd("C:\\Users\\Administrator\\Documents\\R_work\\amplicon_example_workflow\\R_workin
你猜我菜不菜
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2021-05-06 07:02
STAMP分析
扩增子
测序组间差异
STAMP软件安装软件官网http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP1.MicrosoftWindows系统安装比较简单2.ubuntu安装```#首先使用apt安装pyqt4sudoaptinstallpython-qt4#virtualenv创建单独的python环境并能访问系统python包(为了使用pyqt4)virtualenvstamp--python=p
超人立志做国王
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2021-05-04 21:16
提高
扩增子
物种鉴定分辨率利器:Oligotyping
寡核苷酸配型技术(Oligotyping):是一种新型监督计算方法,利用16SrRNA基因
扩增子
reads中非常微妙的核苷酸变异来分解微生
周运来就是我
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2021-04-20 06:10
扩增子
分析——usearch+vsearch+qiime1
参考文章:1.https://www.jianshu.com/p/c72bb359f0502.http://blog.sciencenet.cn/blog-3334560-1071618.htmlusearch下载地址:https://drive5.com/software.htmlusearch安装:1.解压缩2.chmod+x/apps/users/user01/wanghhh/softwar
wanghaihua888
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2021-03-20 10:22
R包:phyloseq:
扩增子
统计分析利器
phyloseq:
扩增子
统计分析利器phyloseq包对多类型数据的综合软件,并其对这些数据提供统计分析和可视化方法。更多知识分享请到https://zouhua.top/。
华仔少年
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2021-01-30 11:37
微生物组数据学习笔记
Microbiota微生物群:与微生物组同义,仅指16S
扩增子
研究细菌组。Metagenome宏基因组:狭义仅指宏基因组测序分析基因组和功能基因,广义泛指研究微生物组的学科。
曲凉不见
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2020-12-10 14:38
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