扩增子

R语言重现STAMP结果图

数据准备这里我将使用一套同一环境位点水体和沉积物16S扩增子测序的P
一个人旅行*-*·2020-09-15 08:14

最后1天|宏基因组分析第8期(报名直播课免费参加线下2020.7)

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程和转录组的线上直播课。
刘永鑫Adam·2020-09-15 06:34

最后3天|宏基因组分析第8期(报名直播课免费参加线下2020.7)

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程和转录组的线上直播课。
刘永鑫Adam·2020-09-15 06:33

最后一周 | 微生物组-宏基因组分析第8期(报名直播课免费参加线下2020.7)

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程和转录组的线上直播课。
刘永鑫Adam·2020-09-15 06:33

16S扩增子分析 | 02 去噪和聚类

读前须知nohup后台运行nohup后台运行时，要将qiime2-2019.7环境激活，否则会报错！一定要记得激活！激活！激活！nohupbash01.sh&nohup指不间断地运行，是nohangup的缩写。当运行一个进程的时候，不想让其在你退出账号时关闭，即可用nohup。nohup在不规定的情况下，所有输出内容会保存到nohup.out中。后缀&是让程序后台运行，但注意，后台运行不代表不受S
小虎牙儿·2020-09-15 06:21

16S扩增子分析 | 05 Alpha和Beta多样性分析

利用宏基因组、16SrRNA测序等高通量测序技术分析微生物群体结构的时候，常见的有α和β多样性两个指标。Alpha多样性分析Alpha多样性主要反映样本内多样性。在肠道菌群分析中，是用来衡量个体内菌群的多样性，注意是单个个体，不涉及个体间的比较。Alpha多样性主要与两个因素有关：一是种类数目，即丰富度；二是多样性，群落中个体分配上的均匀性。通常有三类相关指数，测序深度指数（Observedspi
小虎牙儿·2020-09-15 06:21

微生物组-宏基因组分析第8期 (报名直播课免费参加线下课2020.7，最后一周)

“福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程和转录组的线上直播课。
生信宝典·2020-09-15 05:30

扩增子图表解读5火山图：差异OTU的数量及变化规律

作者:刘永鑫日期：2017-7-1阅读时长：10min背景介绍(Introduction)宏基因组学宏基因组学目前的主要研究方法包括：16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组，其中以扩增子研究最为广泛
刘永鑫Adam·2020-08-25 17:52

USEARCH —— 最简单易学的扩增子分析流程(中国总代理)

USEARCH——最简单易学的扩增子分析流程USEARCH中文帮助文档(USEARCHChinesemanual)USEARCH官方英文主页：http://www.drive5.com/usearch/
刘永鑫Adam·2020-08-25 09:07

随手“一片”SCI，Qiime2扩增子处理流程确定不了解一下？

文章目录conda安装qiime2导入数据制作Manifest和Metadata表Import数据查看原始数据质量DADA2去噪、去嵌合体和生成OTU构建进化树绘制稀释曲线计算物种多样性物种组成分析基于sklearn方法基于blast和vsearch方法qiime2其他常用操作导出制表符分割的特征表折叠物种分类单元按样本筛选特征表参考作者：余涛email：[email protected]中国科学院大学
Neptuneyut·2020-08-25 01:55

当宏基因组遇见宏蛋白组

众所周知，目前研究宏基因组最常用方法的是扩增子、和全基因组测序。虽然方法简单高效，但缺点也是显示易见的。
周运来就是我·2020-08-22 13:42

ggtree美颜进化树-宏基因组扩增子

上周四转载了微生态的《一文读懂进化树》，五天阅读人数已经2500+，而且有还多人留言求美化教程，今天将发放福利第一弹，Y叔创建的R包——ggtree，进化树美化神器。软件原文GYu,DKSmith,HZhu,YGuan,TTYLam.ggtree:anRpackageforvisualizationandannotationofphylogenetictreeswiththeircovariate
刘永鑫Adam·2020-08-21 23:14

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(180901)

征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训、会议、招聘广告科研经验软件和数据库扩增子分析宏基因组分析R统计绘图实验设计与技术基础知识必读综述高分文章套路解读科普视频-寓教于乐写在后面旧文删除友军文章汇总推荐欢迎点击上方蓝色
刘永鑫Adam·2020-08-18 12:31

扩增子统计绘图1箱线图：Alpha多样性

扩增子系列课程也分为三部曲：第一部《扩增子图表解读》：加速大家对同行文章的解读能力。第二部《扩增子分析解读》：学习数据分析的基本思路和流程。
刘永鑫Adam·2020-08-18 12:31

扩增子统计绘图3热图：样品相关分析，差异OTU

扩增子系列课程也分为三部曲：第一部《扩增子图表解读》：加速大家对同行文章的解读能力。第二部《扩增子分析解读》：学习数据分析的基本思路和流程。
刘永鑫Adam·2020-08-18 12:31

Microbiome：16S扩增子测序研究中定量变异和生物量影响

16S扩增子测序研究中定量变异和生物量影响Quantificationofvariationandtheimpactofbiomassintargeted16SrRNAgenesequencingstudiesMicrobiome
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:32

微生物组核心OTU鉴定usearch otutab_core

扩增子分析神器USEARCH简介v11新功能v11命令大全扩增子分析神器VSEARCH分析流程2.8.1中文帮助文档otutab_corehttp://www.drive5.com/usearch/manual
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:31

宏基因组理论教程7挖掘微生物组生物标记

教程大纲简介-定义、方法和数据库扩增子-微生物群落多样性PICRUS
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:31

宏基因组理论教程1宏基因组简介

教程大纲简介-定义、方法和数据库扩增子-微生物群落多样性PICRUS
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:31

易生信-扩增子教程02-真菌引物选择

距离上次《生信宝典》联合《宏基因组》组织的扩增子分析线下培训结束己经有三个多月了。为方便广大读者的学习，现在开始陆续分享上次培训的内部资料——理论课程课件。希望对想自学分析的朋友起到一定帮助作用。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:31

易生信-扩增子教程01-背景介绍

距离上次《生信宝典》联合《宏基因组》组织的扩增子分析线下培训结束己经有三个多月了。为方便广大读者的学习，现在开始陆续分享上次培训的内部资料——理论课程课件。希望对想自学分析的朋友起到一定帮助作用。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:30

微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程

不仅提供了多套扩增子、宏基因组的分析流程方案，同时提供了几十个软件间衔接的脚本，可大大提高使用者分析的效率。文章于2017年发表于mSystems。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:59

R语言交互式可视化包CanvasXpress

公众号：宏基因组(meta-genome)往期回顾扩增子图表解读-理解
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:59

Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve还不会画吗？快看此文

而扩增子、宏基因组、网络教程的测序数据为方便大家使用，直接将链接贴在正文中，半年来累计下载转存超过5000次，为大家参考格式准备数据、自学分析提
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(180601)

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刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

ggrepel-解决散点图样品标签重叠，方便筛选样品

尤其是在扩增子研究中，在相同基因型、环境条件宿主(温室植物、饲养动物)至少也需要6次以上生物学重复，如人类这种无法控制基因型和生活环境的研究对象，实验组至少30个起才容易发现有统计为意义的差异菌。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

16s扩增子分析注意事项和经验总结Tips

个人1年多16s/ITS扩增子分析中积累的点点滴滴，此文适合新人了解相关零散知识，也适合有分析经验的人交流与讨论。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:27

扩增子分析还聚OTU就真OUT了，试试unoise3

之前还把97%聚类OTU作为扩增子行业的金标准。转眼间各位大佬纷纷向OTU聚类方法拍砖，都不建议再使用。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:27

扩增子分析解读2提取barcode,质控及样品拆分,切除扩增引物

本网对Markdown排版支持较差，请跳转“宏基因组”公众号阅读；写在前面之前发布的《扩增子图表解读》系列，相信很多朋友都看过了(链接直达7月文章目录)。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:27

扩增子、宏基因组测序问题集锦

扩增子、宏基因组测序问题集锦原文转自诺禾致源，点我阅读原文。作者整理的非常好，值得学习。但本人又结合自己经验进行了修改，并对每个问题例举了实例和添加自己的理解(个人经验部分)。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:27

扩增子图表解读2散点图：组间整体差异分析(Beta多样性)

“宏基因组”公众号作者:刘永鑫日期：2017-6-29阅读时长：10min背景介绍(Introduction)宏基因组学宏基因组学目前的主要研究方法包括：16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:26

微生物群落基于KEGG预测功能的丰度分布图绘制

功能预测在基于16SrRNA扩增子的研究中，因为了解微生物群落功能的需要，我们经常会使用一些软件工具对16SrRNA扩增子数据进行功能预测，比如PICRUSt2。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:26

微生物绝对定量研究知多少

目前细菌群落研究常用的技术是16S相对定量扩增子测序，而最近越来越多的研究者开始采用绝对丰度（即菌群的实际数量）对细菌群落进行绝对定量研究，今天小编就微生物绝对定量研究的一些常见问题在此总结一下。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:26

R语言绘制带聚类树的堆叠柱形图

例如下图是一个在扩增子测序微生物群落分析中常见的统计图类型，在测序公司给的报告中通常都有这么一张图。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:25

扩增子16S分析专题研讨论会——背景介绍

https://v.qq.com/x/page/t3015tp7d5u.htmlPart1.21扩增子分析背景介绍p1-23，23minhttps://v.qq.com/x/page/j3015gkf92g.htmlPart2.21
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:24

宏基因组分析软件2综述、metaSPAdes、IDBA-UD、MetaQuast、Prokka、metaProdigal

宏基因组分析软件专题（一）微生物组数据分析思想、步骤及软件和数据库选择指南Hereditas(Beijing)[IF:N/A]①本文概述了微生物组研究主要分为微生物培养、DNA和mRNA层面，按研究技术主要包括培养组、扩增子
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:53

微生物组数据库（http://egcloud.cib.cn）正式上线

扩增子数据与宏基因组数据相比，分析虽然相对容易，但无尽的代码和命令行也增加了数据分析的难度。中国科学院成都生物研究所李香真
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:21

Graphpad，经典绘图工具初学初探

后来为了更加方便使用，生信宝典团队开发了在线绘图工具www.ehbio.com/ImageGP，支持14中常见图形和部分扩增子分析，深受欢迎，
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:19

五彩进化树与热图更配-ggtree美颜进化树(宏基因组扩增子)

Y叔创建的R包——ggtree，进化树美化神器。软件原文GYu,DKSmith,HZhu,YGuan,TTYLam.ggtree:anRpackageforvisualizationandannotationofphylogenetictreeswiththeircovariatesandotherassociateddata.MethodsinEcologyandEvolution.doi:10
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:49

PICRUSt：16S预测宏基因组-扩增子分析锦上添花

PICRUSt就是让16S扩增子分析锦上添花的工具，可以基于OTU表预测宏基因组的功能基因组成。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:48

功能基因多样性研究概述

不知道各位从事或即将从事微生物群落功能生态学研究的大虾有没有留意到，通过功能基因扩增子测序技术研究微生物群落功能的文章，一般多会将测序获得的核酸序列通过特定软件翻译成氨基酸序列后，再进行聚类、组成、比较
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:47

vsearch2.8.1中文帮助文档(免费64位版usearch)

简介USEARCH是最好用的扩增子分析软件，但是代码不开源，可分析大数据的64位版收费，阻止了很多经费有限小伙伴的学习和使用。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:47

R语言笔记1：数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）

举个例子，扩增子分析从fastq到OTU表至多是denovo或reference两种套路(1-3天)。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:45

高级转录组分析和R数据可视化

数据分析是相通的，通过一个简单的课程理解其中的原理，就可以推而广之，延伸到其它类型的数据分析，如扩增子、
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:44

Microbiome：扩增子检测环境样本单细胞真核生物和寄生虫的新方法

高通量测序全面检测生物或环境样本的单细胞真核生物和寄生虫Ahigh-throughputsequencingassaytocomprehensivelydetectandcharacterizeunicellulareukaryotesandhelminthsfrombiologicalandenvironmentalsamplesMicrobiome,[9.133]DOI:https://mic
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:12

NBT：扩增子及其他测序的最小信息标准和测序规范(MIMARKS)

文章目录扩增子测序的最小信息标准和测序规范摘要正文图1：为MIxS标准的三大子标准及其相关的环境包的详细信息。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:11

微生物组学研究手段概览2——宏基因组和宏转录组

相比于16S扩增子测序，宏基因组测序能够使物种鉴定深度达
宇宙实验媛·2020-08-08 00:52

微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组--转载

转载：https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ建立在高通量测序基础上的微生物群落研究，当前主要有三大类：基于16S/18S/ITS等扩增子做物种分类的
weixin_33963594·2020-08-08 00:29

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(181101)

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刘永鑫Adam·2020-08-05 11:33

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(190201)

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刘永鑫Adam·2020-08-05 11:33
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