扩增子

qiime2+biom+qiime1获得16S物种丰度

我们知道，不管是16S等扩增子测序，还是宏基因组，最后最重要的结果，就是物种的丰度情况了，qiime2给出的16S丰度结果是一个计数，对于许多软件来说这是可用的，那么如果我们想获得一个直接的百分比数据应该怎样做呢
zd200572·2020-08-01 08:22

生信小工具专题：BBTools/BBMap Suite 的使用 (2)

BBMapReadMerger合并双末端（PE）reads,在预期中这些reads有重叠的位置（例如16S扩增子测序）。通过重叠检测将配对的reads合并为单个read。
lakeseafly·2020-07-31 21:21

淡水：21世纪的分子微生物生态学

文章目录淡水：21世纪的分子微生物生态学摘要原文信息1.研究背景2.微生物生态学简史3.实例探究3.1|qPCR-肯尼河流域的灾难性农药泄漏事故3.2|扩增子-厌氧氨氧化是淡水中重要的氮素流失途径3.3
刘永鑫Adam·2020-07-30 05:46

STAMP：扩增子、宏基因组统计分析神器(中文帮助文档)

简介软件简介STAMP能干什么分析实战输入文件多组比较——肠型属性面板功能简介图表类型介绍统计表导出其它功能统计方法关于样本重复多组比较分析两组分析两样品常见问题读入文件错误实验设计和丰度矩阵样品名不对应总结Reference猜你喜欢写在后面之前本平台分享过STAMP的使用：-微生物组间差异分析神器-STAMP今天带来了更详细、深入的讲解和高级玩法。简介软件简介STAMP是一款用于分析微生物分类和
刘永鑫Adam·2020-07-28 23:51

Graphpad，经典绘图工具初学初探

后来为了更加方便使用，生信宝典团队开发了在线绘图工具www.ehbio.com/ImageGP，支持14中常见图形和部分扩增子分析，深受欢迎，
生信宝典·2020-07-16 04:53

关于我总结的QIIME 2 16S扩增子分析流程

整理了QIIME216S扩增子分析流程常用的命令和可视化结果的图文解释，挑选了非常基础实用的部分做一个QIIME2学习大礼包（没错就是这篇文章）。
砂之家Kora·2020-07-13 13:42

USEARCH —— 最简单易学的扩增子分析流程

USEARCH——最简单易学的扩增子分析流程USEARCH中文帮助文档(USEARCHChinesemanual)USEARCH官方英文主页：http://www.drive5.com/usearch/
刘永鑫Adam·2020-07-12 15:47

宏基因组理论教程3PICRUSt功能预测

教程大纲简介-定义、方法和数据库扩增子-微生物群落多样性PICRUS
刘永鑫Adam·2020-07-12 15:15

扩增子统计绘图7三元图

扩增子系列课程也分为三部曲：第一部《扩增子图表解读》：加速大家对同行文章的解读能力。第二部《扩增子分析解读》：学习数据分析的基本思路和流程。
刘永鑫Adam·2020-07-12 15:42

最后2周 | 高级转录组分析和R语言数据可视化第十一期 (报名线上课还可免费参加线下课)...

“福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课。
刘永鑫Adam·2020-07-12 15:41

ZT:微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组

本文转自：生信者言建立在高通量测序基础上的微生物群落研究，当前主要有三大类：基于16S/18S/ITS等扩增子做物种分类的Metataxanomics、鸟枪法打断全基因组DNA序列的Metagenomics
felixhell·2020-07-10 09:17

ubiome类似数据处理探索7

1.Hybrid-denovo流程处理nonoverlapping扩增子[2]这
zd200572·2020-07-09 04:10

Microbiome：使用16S rRNA基因数据集实现种水平的分类

现有的计算算法可以将16SrRNA基因序列解析为高分辨率扩增子序列变体（ASV），这代表了可用于不同研究的一致标签。
刘永鑫Adam·2020-07-09 00:49

宏基因组理论教程2扩增子分析

教程大纲简介-定义、方法和数据库扩增子-微生物群落多样性PICRUS
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:00

2019微生物组——16S扩增子分析专题培训第四期

文章目录课程简介课程大纲一、生信基础知识和技巧二、图表解读和绘制三、扩增子基础和分析流程四、可重复计算和统计绘图五、功能预测和机器学习六、网络和环境因子分析往期精彩回顾主讲教师助教团队授课模式培训时间授课地点课程价格课程福利在广大粉丝的期待下
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:27

PNAS-2018-多年多点5千样本鉴定玉米根际可遗传微生物

摘要重要性图1.环境与年龄根际微生物群落结构图2.2010年田间个体广义遗传力鉴定2010年可遗传OTUs图3.可遗传OTUs进化关系材料与方法概述玉米根际土收集和准备16S扩增子处理和分析Beta多样性和
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:26

微生物组—宏基因组分析专题培训7月开课啦！北京

在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年7月北京鼓楼推出《宏基因组分析专题培训》，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子、宏基因组实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:26

微生物组——扩增子分析专题培训开课啦！！！

在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年9月14-16日北京鼓楼推出《扩增子有参无参分析和功能预测》专题培训第二期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子实战分析学习和交流的机会
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:26

微生物组——宏基因组分析专题培训开课啦！！！

在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年7月北京鼓楼推出《宏基因组分析专题培训》，大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:25

宏基因组扩增子1图表解读-理解文章思路，零基础测序分析图表解读大全(箱线,散点,热,曼哈顿,火山,韦恩,三元,网络)，老板再也不愁我的文献阅读了!

本网内容转载自“宏基因组”公众号，更佳阅读体验、更多相关文章，欢迎点我跳转至公众号。写在前面(Introduction)很多刚接触高通量测序数据分析文章的学生，感觉图表丰富多样高大上，但根本看不懂，更谈何对文章的全面理解。本系列文章以数据分析中常用的8种图为例，包括：箱线图、散点图、热图、曼哈顿图、火山图、维恩图、三元图和网络图等。通过结合具体实例来详细讲解，定能让你对此类文章理解更顺畅，读起来顺
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:25

微生物组-宏基因组分析第8期(报名直播课免费参加线下2020.7，早鸟价仅剩1周)...

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程和转录组的线上直播课。
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:54

扩增子分析神器USEARCH简介

在扩增子分析领域的OTU聚类最受欢迎，单人发文至NatureMethod，而且目前已经集成了全部扩增子分析流程。截止2017年10月9日，Googlesch
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:54

宏基因组报名倒计时！报名线上课还可免费参加线下课

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刘永鑫Adam·2020-07-06 07:23

微生物组-扩增子16S分析研讨会(2020.1)

文章目录课程简介课程大纲一、生信基础知识和技巧二、图表解读和绘制三、扩增子基础和分析流程四、可重复计算和统计绘图五、功能预测和机器学习六、网络和环境因子分析往期精彩回顾主讲教师刘永鑫中科院遗传发育所工程师陈同易汉博基因科技
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:22

微生物组-宏基因组分析第8期(报名直播课免费参加线下2020.7)

“福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程和转录组的线上直播课。
生信宝典·2020-07-05 02:19

中科院单细胞分析算法开发博士带你做单细胞转录组分析

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生信宝典·2020-07-05 02:19

微生物组-宏基因组分析第8期 (报名直播课免费参加线下2020.7)

“福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程和转录组的线上直播课。
生信宝典·2020-07-05 02:19

最新好消息！| 微生物组—宏基因组分析专题研讨会

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生信宝典·2020-07-05 02:19

微生物组-宏基因组分析第8期(报名直播课免费参加线下2020.7)

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程和转录组的线上直播课。
刘永鑫Adam·2020-07-04 03:16

微生物组—宏基因组分析专题研讨会（线上课已开通，可以报名，线下课程时间待定）...

“福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组和Python课程的线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课。
刘永鑫Adam·2020-07-04 03:16

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(1812)

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刘永鑫Adam·2020-07-01 06:10

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(2020.03)

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刘永鑫Adam·2020-07-01 06:08

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(2020.5)

文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐会议、招聘广告科研经验软件流程扩增子分析扩增子教程QIIME2教程(2020.2)易生信-扩增子教程Webserver在线分析平台相关软件和数据库教程宏基因组分析高分文章和图书推荐软件评测和简介教程系列有参分析
刘永鑫Adam·2020-07-01 00:42

扩增子和宏基因组分析流程Microbiome Helper

今天发现了一个扩增子分析的流程Comeauetal.,2017MicrobiomeHelper:aCustomandStreamlinedWorkflowforMicrobiomeResearch.mSystems.MicrobiomeHelper
你猜我菜不菜·2020-06-29 21:11

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(1907)

文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训会议、招聘广告科研经验软件流程扩增子分析宏基因组分析Linux与ShellR统计绘图实验设计与技术基础知识作者解读文献精读科普视频-寓教于乐科普图文写在后面旧文删除综述泛读高分文章套路解读后台关键字列表欢迎点击上方蓝色
刘永鑫Adam·2020-06-29 20:21

高级转录组分析和R数据可视化第11期(报名线上课还可免费参加线下课2020.6)

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程和转录组的线上直播课。
刘永鑫Adam·2020-06-29 20:48

R语言交互式可视化包CanvasXpress

公众号：宏基因组(meta-genome)往期回顾扩增子图表解读-理解
R语言中文社区·2020-06-24 00:21

Taxonomic structure and functional association of foxtail millet root microbiome

微生物与植物表型(产量等其它性状)的关联分析1.Abstract对根微生物与寄主植物生长之间的功能联系了解甚少本研究调查了谷子的根细菌群落及其对寄主植物的生产力潜在的作用通过16SrRNA基因扩增子测序
超人快飞·2020-04-01 15:55

使用vsearch,usearch和R语言进行16s扩增子分析

以下教程中vsearch和usearch部分的操作在虚拟机中的ubuntu18系统下进行。1.示例数据的下载czh@ubuntu:~/Desktop$curl-Ohttps://AstrobioMike.github.io/tutorial_files/amplicon_example_workflow.tar.gz%Total%Received%XferdAverageSpeedTimeTime
你猜我菜不菜·2020-03-29 08:23

【测序实验】二代测序文库读长的影响因素-实验角度简介

二代测序文库读长的影响因素-实验角度简介一、现市场上，常见的文库长度种类1)life的IonTorrent平台：该平台主要用于临床快速检测、产前诊断、疾病panl扩增子测序PGM测序仪：200bp、单端
leadingsci·2020-03-04 13:00

DADA2分析16s扩增子教程（来自Happy Belly Bioinformatics网站）

之前发现了一个网站分享了很多教程，诸如bash，R，16s扩增子和基因组相关的分析教程，网站叫HappyBellyBioinformatics。今天来学习分享一下。
你猜我菜不菜·2020-02-20 15:15

微生物多样性（扩增子/16S rDNA测序）—OTU聚类与物种注释方法描述

一、OTU聚类a)序列按照97%相似度（Identity）划分OTU，获得OTU表格，可以观测样品OTU分布情况；b)主要步骤：①去重复，去单序列获得OTU代表序列；②将所有序列和OTU代表序列，按照97%相似度进行OTU划分;减少不同样品间测序深度带来的差异？【手段】原始数据×OTU丰度矩阵，在一定序列数水平下，经过n次重复，获得稀疏化样品×OTU丰度子矩阵，用于β多样性分析。二、物种注释a)O
JarySun·2020-02-18 00:36

微生物多样性（扩增子/16S rDNA测序）—α多样性分析方法描述

一、α多样性指数分析内容及意义a)群落生态学中研究微生物多样性，通过单样品的多样性分析（α[Alpha]多样性）可以反映微生物群落的丰度和多样性，包括一系列统计学分析指数估计环境群落的物种丰度和多样性。b)α多样性指分析主要包括：①菌群丰度（Communityrichness）指数计算：Chao、Ace指数；②菌群多样性（Communitydiversity）指数计算：Shannon、Simpso
JarySun·2020-02-17 01:57

微生物多样性（扩增子/16S rDNA测序）—β多样性分析方法描述

一、β多样性分析内容及意义a)样品间距离计算Euclidean，Bray-Curtis，Unweighted_unifrac，weighted_unifrac，……，计算两两样品间距离。意义：用于后续进一步的β多样性分析和可视化统计分析。b)PCA分析主成分分析：利用方差分解，对多维数据进行降维，从而提取出数据中最主要的元素和结构的方法。意义：揭示复杂数据背景下的简单规律。c)PCoA分析主坐标分
JarySun·2020-02-14 11:30

扩增子分析软件QIIME2 必知必会

QIIME2扩增子一站式分析平台QIIMEnature||qiime2018年1月QIIME2全面接档QIIME1极简操作sourceactivateqiime2qiimetoolsimport--type'SampleData
周运来就是我·2020-02-09 18:50

2019微生物组——扩增子16S分析和功能预测专题培训开课啦！

在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2019年1月1-3日北京鼓楼推出《扩增子有参无参分析和功能预测》专题培训第二期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子实战分析学习和交流的机会
Larrylu007·2020-02-09 08:32

Qiime1-17.PICRUSt-16S预测宏基因组？

16S扩增子测序是对细菌中具有代表性的序列进行测序，相比宏基因组测序，16S扩增子测序无法提供基因功能信息，只能给出菌群丰度信息。
jlyq617·2020-02-06 17:35

使用ampvis2包对16S rRNA扩增子数据可视化分析

该教程来自ampvis2官方网站。1.ampvis2包的工作流程2.ampvis2包安装我是使用的Windows10系统下的R3.5.3和RStudio，同时需要安装RTools。打开Rstudio后运行以下代码进行安装：>install.packages("remotes")>remotes::install_github("MadsAlbertsen/ampvis2")3.载入数据ampvis
你猜我菜不菜·2020-02-01 23:10

作业1 浅谈生物信息学认知

生物信息学涉猎繁多，我主要的工作是对微生物扩增子测序数据进行分析。
周通棒棒棒·2019-12-07 19:10

扩增子分析

DADA2是通过错误率模型来衡量扩增子序列是否来自模板的算法。和通过查找样品中物种的组成，比较OTU数据库的聚类算法不同，DADA2采取的是降噪算法。maxEE值需要灵活调整。maxEE为错误容许。
赵会成·2019-01-03 21:03
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