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染色质
收藏|北大生信平台"单细胞分析、
染色质
分析"视频和PPT分享
生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析(重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘(典型医学设计实验GEO数据分析(step-by-step))、批次效应处理等内容。北京大
生信宝典
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2022-11-26 13:41
可视化
人工智能
数据可视化
编程语言
css
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)收藏|北大生信平台"单细胞分析、
染色质
分析"视频和PPT分享生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得
生信宝典
·
2022-11-25 13:33
LINUX
生物信息
生物信息
单细胞
转录组
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(六)
单细胞转录组数据分析(二)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(五)收藏|北大生信平台"单细胞分析、
染色质
分析
生信宝典
·
2022-11-25 13:33
LINUX
生物信息
生物信息
单细胞转录组分析
技术解读|CHIP技术简介
染色质
免疫沉淀后测序(ChIPseq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。
易基因科技
·
2022-11-19 11:22
技术解读
使用FitHiC评估
染色质
交互作用的显著性
通过Hi-C技术可以得到全基因组范围内的
染色质
交互信息,在不同的分辨率下,首先得到bin之间的交互矩阵contactmatrix,通过热图的形式来展示该交互矩阵,即得到了contactmap。
生信修炼手册
·
2022-09-24 07:50
python
大数据
机器学习
java
人工智能
染色质
调控区域的研究:对CHIP-seq和ATAC-seq发展的深入思考
摘要
染色质
调控区域在许多疾病过程和胚胎发育中起着关键作用。
易基因科技
·
2022-09-24 07:39
文献科普
生物学
生物信息学
java
c++
python
ChIP-seq应用领域、研究思路、数据挖掘、下游实验、实验关键 | 易讲堂
染色质
免疫共沉淀(ChromatinImmunoprecipitation,ChIP),是一种用来在体内鉴定及分析基因组内部蛋白质-DNA相互作用的有力研究技术。
易基因科技
·
2022-08-19 07:34
技术解读
生物信息学
生物学
经验分享
数据挖掘
人工智能
ATAC-seq
这样的结构进一步折叠,并在其它蛋白的辅助下形成
染色质
。
染色质
,染色体在细胞周期的不同时期,DNA的浓缩程度不同,间期表现为
染色质
具有转录活性,而中期染色体是转录惰性。
ytbao
·
2022-08-16 22:41
一文了解为什么要研究同一细胞内的转录组和
染色质
可及性
单细胞转录组测序(scRNA-seq)能够解释细胞的转录状态,而单细胞
染色质
可及性测序(scATAC-seq)能够揭示相关的调控景观。
贝瑞科服
·
2022-05-19 09:44
Molecular Cell | 增强子RNA通过影响
染色质
环结构来调控脑胶质瘤的发生
恶性脑胶质瘤是成年和儿童群体脑部的主要肿瘤之一,患有胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)(恶性脑胶质瘤的主要类型)的病人的生存周期一般不会超过15个月。胶质母细胞瘤是一种肿瘤细胞组成高度异质性的疾病,其基因组上往往具有多种突变,而且细胞信号传导功能会发生明显的异常。先前对胶质母细胞瘤研究报道了一个独特的调控分子:microRNA-10b(miR-10b)。miR-10b在正常的脑部细胞
Biogive
·
2022-04-14 10:21
一文看懂:ChIP实验和qPCR定量分析怎么做|易基因技术
染色质
免疫共沉淀(ChromatinImmunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。
深圳市易基因科技
·
2022-03-30 11:00
2022-03-07 笔记汇总
scATAC分析资料:scATAC分析资料scATAC-seq分析主要软件文献阅读:一、哺乳动物临产期睾丸发育中的单细胞表观遗传调控哺乳动物临产期睾丸发育中的单细胞表观遗传调控二、人类大脑皮质单细胞水平
染色质
和基因调控的动态发育图谱
科研菜鸟
·
2022-03-28 20:36
类脂质沉积病及其实验诊断题库【1】
匹克病()A.易发生DICB.骨髓无特异性改变C.缺乏葡萄糖脑苷脂酶D.缺乏神经鞘磷酸脂酶E.尿中出现B-J蛋白3.尼曼-匹克细胞形态学突出的特征是下列哪一项()A.浆内含有脂滴或呈泡沫状、蜂窝状B.核
染色质
粗糙
星绘搜题
·
2022-03-20 07:46
类脂质沉积病及其实验诊断
利用ATAC-seq技术研究Ⅰ型干扰素通路活化后人单核细胞的
染色质
开放性改变
1.前言干扰素最初作为一种抑制病毒在细胞内复制的分泌型因子被发现,根据细胞膜受体以及胞内信号转导通路的不同,干扰素可主要分为3类,即Ⅰ型干扰素、Ⅱ型干扰素和Ⅲ型干扰素。在正常的免疫应答中,Ⅰ型干扰素在抗病毒免疫方面有着十分关键的作用。同时干扰素作为细胞外信号分子,在固有性免疫系统和适应性免疫系统的调控与沟通上有着重要作用。单核细胞在自身免疫病和肿瘤等疾病中发挥重要的作用。ATAC-seq技术是近年
Kenmly墨雲
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2022-02-19 15:34
使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析(一):Analyzing PBMC scATAC-seq
Signac是Seurat的一个扩展功能R包,可以用来分析、解释和探索单细胞
染色质
数据集。
Davey1220
·
2022-02-15 08:59
ChIP-seq需知问题及展望
参考文章:看到公众号这篇推文解读的很深入https://mp.weixin.qq.com/s/7BqcpR1bMJaZHV408-sv6Q
染色质
免疫沉淀后测序(ChIP-seq)是一种针对DNA结合蛋白
caokai001
·
2022-02-11 20:53
通过ATAC-seq和FAIRE-seq研究开放
染色质
发现驱动体内肿瘤发育的转录因子和调控区域
DavieK,JacobsJ,AtkinsM,PotierD,ChristiaensV,HalderG,AertsS.DiscoveryoftranscriptionfactorsandregulatoryregionsdrivinginvivotumordevelopmentbyATAC-seqandFAIRE-seqopenchromatinprofiling.PLoSGenet.2015Fe
笺牒九州的怪咖
·
2021-11-04 12:17
单细胞笔记9-scATAC-seq测序方法和数据分析
引言转坐酶(Transpose)检测
染色质
开放性(Accessibility)结合高通量测序(AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhigh-throughputsequencing
江湾青年
·
2021-11-03 16:19
文献分享:从原始数据开始一步一步分析ATAC-seq
笔者总结了一些关键点出来供大家共同学习摘要ATAC-seq广泛用于研究
染色质
生物学的研究,但是该实验得的相关分析工具还没有很好的总
xizzy
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2021-10-27 20:52
单细胞笔记3-scATAC-seq介绍
ATAC-seqATAC-seq(AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing)是利用转座酶研究
染色质
可及性的高通量测序技术
江湾青年
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2021-09-16 20:53
本周最新文献速递20210711
本周最新文献速递20210711一、精细解读文献一文献题目:BANPopenschromatinandactivatesCpG-island-regulatedgenes不想看英文题目:BANP打开
染色质
并激活
橙子牛奶糖
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2021-07-11 19:03
瓜氨酸化:一种翻译后修饰(比如在组蛋白上)
组蛋白精氨酸的瓜氨酸化修饰是重要的表观遗传标记之一,对调节
染色质
重塑和免疫细胞的细胞外捕获过程至关重要。组氨酸H3(Arg2,8,17)的瓜氨酸化精氨酸涉及基因表达的调控,主要由
牧牧牧之
·
2021-06-22 16:12
ChIP-seq和CUT&Tag技术
ChIP-seq:利用
染色质
免疫共沉淀+高通量测序研究某种蛋白质结合的基因组区域
染色质
由DNA、组蛋白等组成:1.pngDNA将组蛋白“打包”,起到调控基因比如激活/沉默的作用:2.png1.甲醛交联:
Ann_0822
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2021-06-20 10:41
《遗传学》
组成性异
染色质
:指除复制期外均处于聚缩状态的
染色质
。兼性异
染色质
:指某些细胞内或细胞发育的某些阶段,原来的常
染色质
卷缩,丧失转录活性而变为以
染色质
。
人肉鉴渣机
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2021-06-13 00:59
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(五)
单细胞转录组数据分析(一)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四)收藏|北大生信平台"单细胞分析、
染色质
分析
生信宝典
·
2021-05-06 19:55
怎么找到每个细胞系的增强子位置
一、增强子所谓增强子(Enhancer),位于结构基因附近,是一类非编码DNA顺式作用元件,在真核生物的发育过程中通过结合转录因子、辅因子以及
染色质
复合物作用于启动子,可以激活或增强基因的转录。
很酷的女超人s
·
2021-03-29 10:39
ChIp-Seq,ATAC-seq, DAP-seq
1ChIP-seq
染色质
免疫共沉淀(ChromatinImmunoprecipitation,ChIP)研究体内蛋白质与DNA结合的技术。
斩毛毛
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2021-03-13 15:43
01女性解剖生理结构及产后的变化
女两性生物学上的差别1.染色体的区别2.性腺的不同3.性激素的不同4.生殖道和外生殖器的不同5.第二性征的不同染色体是细胞内具有遗传性质的遗传物质深度压缩形成的聚合体,易被碱性染料染成深色,所以叫染色体(由
染色质
组成
爱健身爱康复的Cici
·
2021-02-22 17:26
NATURE:组蛋白变体在调节
染色质
组织和功能中的作用
牛年第一篇文献阅读笔记~这是一篇发表在2020年9月份Nature上的综述。文献的题目是:Therolesofhistonevariantsinfine-tuningchromatinorganizationandfunction。这篇文献主要介绍了组蛋白的不同变体在发育过程、发育相关疾病、肿瘤中的作用。我没有对全文进行翻译,主要侧重记录了肿瘤相关的内容。
生信start_site
·
2021-02-15 23:30
从生到死,是什么驱动了
染色质
的分相变化?
作者:Resther审稿:童蒙编辑:amethyst引言
染色质
主要是由蛋白质和DNA组成,其中DNA的序列信息对
染色质
构建空间结构有重要作用。
生信阿拉丁
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2021-01-18 23:13
ArchR官网教程学习笔记1:Getting Started with ArchR
我知道网上有关于ArchR的系列教程已经有人写过了,但还是决定自己跟着英文教程过一遍,加深印象~ArchR是一个用于分析单细胞
染色质
可接近性数据
生信start_site
·
2020-11-20 03:29
2019/0904_chip-seq在识别组蛋白修饰位点中的作用
#组蛋白:(histone)是真核生物体细胞
染色质
与原核细胞中的碱性蛋白质,和DNA共同组成核小体结构。
uqyuan0515
·
2020-09-13 03:33
知识点
20190904_chip-seq/ ATAC-seq/DAP-seq 原理理解
染色质
免疫共沉淀ChromatinImmunoprecipitation,ChIP技术是指:在保持组蛋白和DNA联合的同时,通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体,
染色质
被切成很小的片断,并沉淀下来
uqyuan0515
·
2020-09-13 03:02
知识点
DNA核苷酸含量计算
在光学显微镜下观察,细胞核仅作为细胞的较暗区域出现,但随着我们增加放大倍数,我们发现细胞核密集地充满了称为
染色质
的大分子物质。
wangchuang2017
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2020-09-12 23:40
生物信息学
ATAC-seq原理与步骤
用于研究
染色质
可及性/开放性的方法。一、什么是
染色质
可接近性/开放性?DNA与组蛋白结合后形成核小体,核小体再进一步折叠压缩后最终形成
染色质
。
Brickvstar
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2020-08-30 17:05
细胞发育-线粒体_Nature biotechnology
2020年1-3月供推荐56篇单细胞领域高分文章(2020年一季度·单细胞文献速递56篇)序号:2020-128编者按:线粒体单细胞研究,蛮有意思的大规模平行单细胞线粒体DNA基因分型和
染色质
分析【文献类别
安哥生个信
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2020-08-28 09:20
【5】肿瘤DNA甲基化数据分析原理及流程
表观遗传:非DNA决定的基因表达,或表型改变中可遗传因素的研究DNA水平:甲基化(胞嘧啶(二代测序为主)5mC,腺嘌呤(三代为主)6mA,羟甲基化RNA水平:甲基化,ncRNA
染色质
水平:组蛋白修饰(甲基化
生物信息与育种
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2020-08-28 09:31
ATAC-seq基础知识(资源整理)
ATAC-seq全名AssayforTransposaseAccessibleChromatinwithhigh-throughputsequencing(基于高通量测序的
染色质
转座酶可接近性实验),该技术使用改造后的
皈依yyy
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2020-08-18 23:55
Chip-seq流程 文献学习笔记
http://gut.bmj.com/content/early/2016/05/10/gutjnl-2016-311818.full#DC11、阅读文章Chip-seq相关的部分Chromatin(核
染色质
wangyunpeng_bio
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2020-08-18 00:57
什么?你做的差异基因方法不合适?
单细胞系列教程收藏北大生信平台”单细胞分析、
染色质
分析”视频和PPT分享Science:小鼠肾脏单细胞转录组+突变分析揭示肾病潜在的细胞靶标10X单细胞测序分析软件:Cellranger,从拆库到定量Hemberg-lab
生信宝典
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2020-08-11 17:08
Hi-C技术的初步了解
A:Hi-C是以整个细胞核为研究对象,利用高通量测序技术,研究全基因组范围内整个
染色质
DNA在空
生信start_site
·
2020-08-09 04:44
ChIP-seq实践(H3K27Ac,enhancer的筛选和enhancer相关基因的GO分析)
在实践之前,我先查找了一下有关组蛋白修饰的知识点:(参考文章:https://www.jianshu.com/p/8aca72809c5c)组蛋白修饰能预测
染色质
的类型(异
染色质
或常
染色质
)、区分基因组功能元件
生信start_site
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2020-07-31 10:22
ATAC-seq原理及现有技术的比较
ChromatinaccessibilityandtheregulatoryepigenomeSandy文献阅读及分析总结在开始讲述之前,我们先来了解一下本文中接下来的几种
染色质
可接近性的技术,主要包括早期的
forever luckness
·
2020-07-29 10:31
文献阅读分析
表观遗传学文章组学
ATAC-seq以及相关技术(DNase-seq,MNase-seq,NOMe-seq)的发展
具体如下:首先,向我们了解到的,CHIP-seq即
染色质
免疫共沉淀质谱技术,它主要通过对已知的蛋白,通常是目的转录因子TF免疫沉淀,抓取与该TF结合的DNA片段,然后再进一步的扩增,找到TF的潜在靶基因
forever luckness
·
2020-07-29 10:31
文献阅读分析
组学相关文献
ATAC-seq 分析流程入门
ATAC-seq全称是AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhigh-throughputsequencing可以理解为借助转座酶对开放
染色质
区域进行高通量测序
BeeBee生信
·
2020-07-17 16:20
Week11— methy-ATAC-seq同时测甲基化和
染色质
的可及性
导读伴随着10Xgenomics最近推出的sc-ATACseq的protocol,ATAC-seq技术将会掀起一股新的研究热潮。尤其是ATAC-seq与其他技术的结合,再搭上单细胞的快车,很多科学问题借助这个新的研究方法也许会有新的发现,至少会涌现出一批paper。恰好看到群友推荐这篇methy-ATAC-seq的文章,可以同时检测甲基化与accessiblechromatin,虽然目前还不是单细
六六_ryx
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2020-07-14 14:49
【三维基因组】浅谈三维基因组多组学联合-part3
DNA甲基化会显著影响基因的表达调控,它一方面通过自身的甲基化影响蛋白的结合和另一方面与甲基化结合结构域蛋白(MBD)结合,通过MBD招募
染色质
重塑蛋白和组蛋白去乙酰化酶,形成更为致密的
染色质
(异
染色质
XuningFan
·
2020-07-13 10:29
甲基化测序技术及其在老年疾病和衰老模型中的应用
其中,5’甲基胞嘧啶(5mC)的甲基化是一个非常重要的表观遗传学修饰事件,该事件能够调控基因活性,并影响着如细胞分化、转录调控和
染色质
重塑等生物学过程。2)什么是DNA甲基化测序?
weixin_30706507
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2020-07-10 06:30
ChIP-seq实践(H3K27Ac,enhancer的筛选和enhancer相关基因的GO分析)
在实践之前,我先查找了一下有关组蛋白修饰的知识点:(参考文章:https://www.jianshu.com/p/8aca72809c5c)组蛋白修饰能预测
染色质
的类型(异
染色质
或常
染色质
)、区分基因组功能元件
生信start_site
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2020-07-04 02:03
部分研究兴趣
原位:应激状态下细胞
染色质
重构,直接原位
Shaoqian_Ma
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2020-07-02 15:05
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