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染色质
本周最新文献速递20220522
Single-nucleuschromatinaccessibilityprofilinghighlightsregulatorymechanismsofcoronaryarterydiseaserisk不想看英文题目:单细胞
染色质
可及性分析突出了冠状动脉疾病的调节机制杂志和影响因子
橙子牛奶糖
·
2023-06-12 02:28
每周文献速递
机器学习
GWAS
生物信息学
多组学分析
单细胞测序
2021-09-16
Science|
染色质
发育状态决定肿瘤恶性程度原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制新的研究表明,了解导致癌症的基因突变只是难题的一部分。
图灵基因
·
2023-06-09 19:52
2021-09-26
Science/Cell|单细胞数据分析基因表达和
染色质
可及性原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:风不止步IF=47.728/36.216推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:单细胞数据资源以其规模
图灵基因
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2023-04-19 14:29
第一章 简介
细胞通过DNA在周围的组蛋白进行分层折叠的方式形成核小体,然后核小体压缩行程
染色质
。
闪_8308
·
2023-04-15 11:43
【珍藏版】热点综述 | 单细胞多组学研究怎么做?
来自韩国的研究团队在《Experimental&MolecularMedicine》发表综述,介绍了单细胞多组学分析技术(mRNA-基因组、mRNA-DNA甲基化、mRNA-
染色质
可及性、mRNA-蛋白质
尐尐呅
·
2023-04-13 07:56
Nature子刊:单细胞层面探究疾病异质性的新思路
在这篇文章中,作者介绍了scChIP-seq的工作流程,探究了其在分类细胞的准确性,同时采用这种方法作者识别了乳腺癌
染色质
状态的异质性。Hig
科研菌
·
2023-04-12 05:58
从生物角度分析生物信息的研究领域
逐层拆解细胞人由细胞组成,细胞由细胞核、细胞质、细胞膜组成(特例:红细胞没有细胞核),细胞核由核仁、核膜、
染色质
组成,染色体(
染色质
)由DNA、组蛋白(主要是这两种)组成。
生信大猫
·
2023-04-10 14:20
三维和空间基因组学时代(上篇)
摘要十多年前,高通量
染色质
构象捕获(Hi-C)技术的出现开启了三维基因组学的新纪元。
Davey1220
·
2023-04-09 03:26
2021-11-28
Cell|人类基因组中
染色质
可及性的单细胞图谱原创huacishu图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:huacishuIF=41.581推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:1、作者展示的单细胞数据资源规模庞大
图灵基因
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2023-04-08 19:06
利用表达和
染色质
可及性数据建模基因调控
原文:Modelinggeneregulationfrompairedexpressionandchromatinaccessibilitydata引言基因表达,
染色质
状态和转录因子(TF)结合位置上全基因组数据集的迅速增加提供了令人兴奋的机会来解释基因组和表观基因组中编码的信息
宛如一个智障小朋友
·
2023-04-08 01:35
ChIP实验操作以及Chip-seq数据分析
在生物体内DNA与蛋白质形成复杂结合体“
染色质
”就是由“组蛋白和DNA”组成的物质;“免疫”就是通过抗体和靶蛋白(抗原)特异性结合,这里指用商品化或自制抗体和
染色质
中组蛋白结合,形成复合物;“共沉淀”就是
BohanL
·
2023-04-08 00:36
ChIP实验操作以及Chip-seq数据分析
在生物体内DNA与蛋白质形成复杂结合体“
染色质
”就是由“组蛋白和DNA”组成的物质;“免疫”就是通过抗体和靶蛋白(抗原)特异性结合,这里指用商品化或自制抗体和
染色质
中组蛋白结合,形成复合物;“共沉淀”就是
BohanL
·
2023-04-08 00:36
scATAC文献:人类大脑皮质单细胞水平
染色质
和基因调控的动态发育图谱
标题:chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolution发表时间:2021年8月发表期刊:cell研究材料:scATAC:共13个样本,年龄从pcw16pcw20pcw21cw24四个时期(每个样本都有重复)scATACscRNA:8个样本,也是4个时期(每个样本有
科研菜鸟
·
2023-04-07 20:23
提高机体免疫力和病毒感染性疾病(感冒、肝炎等)的疗法
认识细菌与病毒之间的区别,细菌很复杂,细菌有很厚的壁,有自己的细胞膜、细胞质和核区(即
染色质
区),细胞质内有各种各样的反应单元。
钱罐子钱
·
2023-04-04 19:46
NCB: 核纤层的功能机制与异常
文章题目:Functionalmechanismsandabnormalitiesofthenuclearlamina作者Karoutas和Akhtar在这篇综述里介绍了核纤层在
染色质
相关功能里的作用,
生信start_site
·
2023-04-04 03:37
人类转录因子-转载
转录因子通过识别特定的DNA序列来控制
染色质
和转录,以形成指导基因组表达
天涯清水
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2023-04-03 19:25
易基因:高通量测序后的下游实验验证方法——ChIP-seq篇|干货系列
此前,我们分享了
染色质
免疫共沉淀测序(ChIP-seq)的数据挖掘思路(点击查看详情),进而筛选出TF结合/组蛋白修饰的目标区域和候选靶基因。
易基因科技
·
2023-04-03 12:16
人工智能
生物学
生物信息学
经验分享
数据挖掘
易基因|一文看懂:ChIP实验和qPCR定量分析怎么做
染色质
免疫共沉淀(ChromatinImmunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。
易基因科技
·
2023-04-03 12:45
高分文章
高分文献
技术解读
生物信息学
生物学
2021-11-07
NatCellBio丨药物调节免疫治疗靶点的表达,克服耐药性原创珍奇图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文:珍奇IF:28.82推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:本研究使用单细胞转录组和
染色质
可及性概况来定义作为恶性浆细胞细胞状态转变基础的转录和顺式调节改变
图灵基因
·
2023-04-02 07:17
chip-seq
ChIP即
染色质
免疫共沉淀技术(Chromatinimmunopre-cipitation,ChIP),它是在生理状态下,利用甲醛将细胞内的DNA与蛋白质交联(Crosslink),从而形成复合物,然后经细胞裂解
cHarden13
·
2023-04-01 19:28
scATAC文献:人类大脑皮质单细胞水平
染色质
和基因调控的动态发育图谱---最后部分
文献名:Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionmanifold:流形是一种空间,一个流形好比是一个d维的空间,在一个m维的空间中(m>d)被扭曲之后的结果(一般维度压缩的方法中都会提到这个词,谱聚类中就有涉及这个思想),可以类似于地球,地球的表面是一个球
科研菜鸟
·
2023-04-01 18:50
CUT&Tag数据分析笔记(3)
第七节可视化通常,我们感兴趣的是使用基因组浏览器在各个区域可视化
染色质
landscape。IntegrativeGenomicViewer提供了一个易于使用的网页应用程序版本和本地桌面版本。
生信start_site
·
2023-03-29 14:05
服务器安装 scenic plus python包
SCENIC+用来联合分析单细胞转录组和单细胞
染色质
可及性数据,软件官网:https://github.com/aertslab/scenicplus官方给出的代码很简单,就是gitclone然后pipinstall
韩建刚(CAAS-UCD)
·
2023-03-27 14:56
Python
单细胞分析
Bug
处理
服务器
python
基因组
染色质
状态预测
基因组
染色质
状态预测对于预测GBR基因组的
染色质
状态,可以使用ChromHMM这样的工具,以下是一般的步骤:数据准备:从公共数据库或者实验室中获得ChIP-seq数据,一般包括多个组织和细胞类型的数据。
Apache_lin
·
2023-03-26 21:50
scATAC文献:人类大脑皮质单细胞水平
染色质
和基因调控的动态发育图谱---Part2
文献名:Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionPart1:Continuoustrajectoriesofgeneregulationacrosscorticalneurondifferentiation跨皮层神经元分化基因调控的连续轨迹GluN:谷氨酸
科研菜鸟
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2023-03-25 22:04
DNA甲基化数据分析(一)
大量研究表明,DNA甲基化能引起
染色质
结构、DNA构象、DNA稳定性
杨博士聊生信
·
2023-03-22 20:07
核纤层蛋白与lamin
核纤层蛋白是一种核膜结构组分,对于维持正常的细胞功能非常重要,如细胞周期控制、DNA复制和
染色质
组织(1-3)。核纤层蛋白被细分为A型和B型。
牧牧牧之
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2023-03-19 15:03
三维基因组(Hi-C)的原理以及应用
Hi-C技术源于染色体构象捕获(ChromosomeConformationCapture,3C)技术,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个
染色质
DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的
染色质
三维结构信息
生信编程日常
·
2023-03-15 12:45
IGV-基因组浏览器
除了直观的查看序列信息及遗传密码中的序列变化或突变外,还可以查看拷贝数变化、
染色质
沉淀数据和表观遗传学修饰等。使用者可以选择多种显示模式,以热图、柱状图、散点图或其他形
东风008
·
2023-03-12 15:34
一对多的
染色质
互作
这里主要介绍HiChIP和4CHiChiP:efficientandsensitiveanalysisofprotein-directedgenomearchitecture参考:https://www.nature.com/articles/nmeth.3999SchematicofHiChIPmethodHiChIP通过裂解细胞前就在细胞核中交联,从而降低假阳性,最大化提高DNAcontact
Shaoqian_Ma
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2023-03-09 22:00
2021-03-21-FOXA1突变揭示了不同的
染色质
谱并影响乳腺癌的治疗反应
FOXA1MutationsRevealDistinctChromatinProfilesandInfluenceTherapeuticResponseinBreastCancer(cancercell)思路:FOXA1在乳腺癌中的突变概述(数量,类型,与临床治疗的关联)→FOXA1降低了AIs治疗效果→FOXA1Wing2突变在雌激素缺乏的情况下提供了生长优势→→FOXA1Wing2突变通过增加
FFwizard
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2023-03-08 22:28
10x Genomics单细胞多组学ATAC+基因表达原理与应用
单细胞多组学ATAC+基因表达是10xGenomics推出的单细胞多组学解决方案,可以同时获得同一细胞的基因表达和
染色质
可及性图谱,从而更好地分辨终末分化细胞和发育轨迹上的细胞类型,揭示调控元件、开放
染色质
和基因表达之间复杂的相互作用
贝瑞科服
·
2023-02-18 18:38
二月week4文献阅读:Lineage-Determining Transcription Factor TCF-1 Initiates the Epigenetic Identity of T...
一、介绍Introduction文章使用
染色质
开放检测技术(ATAC-seq)研究T细胞成熟过程中开放
染色质
的变化,发现成熟早、中、晚期启动的开放
染色质
都富集转录因子TCF-
米妮爱分享
·
2023-02-18 13:10
CUT&Tag技术势必将引领蛋白质—DNA互作新革命!【百迈客生物】
染色质
免疫共沉淀测序技术(ChromatinImmunopreciptationwithSequencing,ChIP-Seq),作为传统的研究细胞内蛋白质与DNA互作的重要工具,技术成熟,已被广泛应用于动植物的表观遗传学研究
百迈客生物
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2023-02-18 02:13
2022-11-01
发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文:存在一棵树IF=69.504推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:1、精确空间采样,同时分析来自相同个体癌变组织腺体和正常组织隐窝的单核苷酸变异(SNV)、拷贝数改变(CNA)、
染色质
可及性和完整转录组
图灵基因
·
2023-02-17 13:14
## 新植物学家:中科院揭示表观遗传对光形态建成调控作用
光形态建成过程中转录组的变化涉及
染色质
以及组蛋白修饰的动态变化,但是具体的分子机制尚不清楚。
可以公开的秘密Scarlett
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2023-02-07 07:58
2019-03-02
尽管导师给自己的课题可能是:研究A基因如何影响B蛋白的磷酸化调节C蛋白入核并结合到D
染色质
区域来招募E转录因子促进F抑癌基因的表达。“没关系,我和课题是真爱”。我真想说:“无知是一种幸福”。
xiaosine
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2023-01-31 08:06
从数学建模的角度看基因调控
以建模的角度看待基因调控的关系构建模型加以理解其中TGl代表第l个受调控的基因的表达量CR1,...,4代表chromatinregulators的表达量,chromatinregulators可以理解为调控
染色质
开放程度的
小潤澤
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2023-01-31 00:45
本周最新文献速递20220522
Single-nucleuschromatinaccessibilityprofilinghighlightsregulatorymechanismsofcoronaryarterydiseaserisk不想看英文题目:单细胞
染色质
可及性分析突出了冠状动脉疾病的调节机制杂志和影响因子
橙子牛奶糖
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2023-01-30 15:47
A paper A Week-2021-12-27
大家好,本周给大家分享的是一篇2020年9月17日发表在naturecommunication上使用ATAC-seq实验数据探究牛胚胎
染色质
重塑表明基因组激活的物种特异性调控的文章。
ZMQ要加油呀
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2023-01-29 11:34
Hi-C | 基础介绍
Hi-C技术源于染色体构象捕获(ChromosomeConformationCapture,3C)技术,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个
染色质
DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的
染色质
三维结构信息
生信师姐
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2023-01-27 20:16
人工智能辅助药物发现(1)肿瘤靶点识别
目录基于AI的靶点识别概述肿瘤建模肿瘤转录组转录组异质性单细胞转录组数据分析单细胞表观肿瘤模型肿瘤中的表观遗传模型基于甲基化测序技术的肿瘤表观遗传模型基于
染色质
可及性的肿瘤表观遗传模型多模态肿瘤建模靶点识别基于单细胞
tzc_fly
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2023-01-18 18:27
生物计算工具
人工智能
python
【生物信息学】ATAC-seq流程及代码分析、复现文章
1:ATAC-seq的定义及用途whatisATAC-seq全称是AssayforTransposase-AccessibleChromatinsequencing即借助Tn5转座酶对开放
染色质
区域进行高通量测序主要原理
爱做饭的电饭煲
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2023-01-09 17:16
中科大研究生考试
ATAC-seq
生物信息学ATAC
ATAC-seq原理与步骤
用于研究
染色质
可及性/开放性的方法。一、什么是
染色质
可接近性/开放性?DNA与组蛋白结合后形成核小体,核小体再进一步折叠压缩后最终形成
染色质
。
科研小行星
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2023-01-09 17:15
ATAC-seq学习记录
DNA转录成RNA过程复杂,包括:
染色质
可及性,DNA修饰,组蛋白修饰等等(选择性表达)。
染色质
可及性即DNA开放区域,尤为重要。核小体由8个组蛋白组成复合物,每个核小体约147bpDNA。
bannerDr
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2023-01-09 17:15
ATAC-seq
ATAC-seq
多组学-ATAC-seq-概念
它是一种创新的表观遗传学技术,通过转座酶对某种特定时空下开放的核
染色质
区域进行切割,进而获得在该特
bannerDr
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2023-01-09 17:45
生物信息
组学
ATAC-seq
论文解读《StackTADB:一种基于堆叠的集成学习模型,用于准确预测果蝇中的 topologically associating domains(TADs)的范围》
摘要染色体由许多不同的
染色质
结构域组成,可称为拓扑结构域或拓扑关联结构域(TADs)。
HXH@
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2023-01-06 16:58
笔记
机器学习
人工智能
Virtual ChIP-seq: predicting transcription factor binding by learning from the transcriptome
摘要本文开发了虚拟chip-seq,整合了基因表达和结合的关联信息,使用了来自其他细胞类型的TF结合位点,以及新细胞类型中
染色质
可及性数据,能够预测新细胞类型中单个TF的结合。
与光i
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2023-01-06 16:57
人工智能
深度学习
机器学习
ATAC-seq分析:数据介绍(2)
结果提供了一种绘制可访问/开放
染色质
基因组范围的方法。
冷冻工厂
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2022-12-29 13:51
程序人生
易基因|
染色质
免疫共沉淀测序(ChIP-seq)分析实验全流程
本期,易基因小编给您讲讲
染色质
免疫共沉淀测序(ChIP-seq)实验怎么做,从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和实验成功的关键问题等四方面详细介绍。
易基因科技
·
2022-12-17 07:10
技术推介
生物学
生物信息学
经验分享
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