染色质第2页

干货│步步为赢，ChIP实验攻略（中篇）

导读上一期，给大家介绍了ChIP实验操作中的染色质制备。本期小编就ChIP实验中的免疫沉淀和DNA纯化进行详细的介绍和细节汇总，让您少走弯路，扎扎实实做好ChIP实验。话不多说，干货呈上。

爱博泰克生命科学·2023-10-28 16:18

干货 │ 步步为赢，ChIP实验攻略

导读染色质免疫沉淀（ChromatinImmunoprecipitation，ChIP）作为研究体内DNA与蛋白质相互作用的金标准，对于基因表达调控研究具有重要意义。

爱博泰克生命科学·2023-10-28 16:48

ChIP实验简介

ChIP实验简介一、ChIP实验的作用染色质免疫沉淀(ChIP)是研究体内蛋白质-DNA相互作用的一种有价值的方法，鉴定各种DNA相互作用蛋白(如转录因子和调节因子、修饰组蛋白和表观遗传修饰因子)的结合位点和模式是必不可少的

卡梅德生物·2023-10-28 16:15

【Nature Review Cancer】癌症中染色质修饰的“language”

该综述对于癌症中染色质修饰的失调进行了详细的描述。由于文章写的特别细致，导致我完成这篇笔记

生信start_site·2023-10-27 16:38

「文献06」植入前胚胎的染色质可及性和转录组图谱

日期：2019年2月9日——2019-Week6分类：「思路,方法」题目：Anintegratedchromatinaccessibilityandtranscriptomelandscapeofhumanpre-implantationembryosDOI:https://www.nature.com/articles/s41467-018-08244-0.pdf杂志：NatureCommuni

六六_ryx·2023-10-23 05:28

ATAC-seq分析干货-2

ATAC-Seq能帮助我们从全基因组范围内推测可能的开放染色质位点，其分析从本质上来说和ChIP-seq区别不大，核心都是peak-calling。

生信阿拉丁·2023-10-19 22:45

一文读懂 ChIPseq

一、介绍ChIP-seq，测序方法ChIP指染色质免疫共沉淀技术（ChromatinImmunoprecipitation，ChIP），seq指的是二代测序方法作用：识别蛋白质与DNA互相作用情况原理：

白墨石·2023-10-19 15:32

论文解析-基因序列编码算法DeepSEA

论文解析-DeepSEA参考亮点功能方法数据集来源数据实验评估评估DeepSEA预测染色质特征的性能评估DeepSEA在变异序列上的DHS预测性能数据集结果参考Zhou,J.,Troyanskaya,O.Predictingeffectsofnoncodingvariantswithdeeplearning–basedsequencemodel.NatMethods12,931

平平无奇科研小天才·2023-10-18 01:55

论文解析-moETM

参考亮点动机发展现状现存问题功能方法Encoder改进Decoder改进评价指标生物保守性批次效应移除实验设置结果多组学数据整合cell-topicmixture可解释性组学翻译性能评估RNA转录本、表面蛋白、染色质可及域调控关系研究

平平无奇科研小天才·2023-10-18 01:52

2022-06-18

Science|染色质图谱对前列腺癌分类，提示治疗靶点原创榴莲不酥图灵基因2022-06-1807:10发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制撰文：榴莲不酥IF=47.728推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1

图灵基因·2023-10-15 16:04

2022-10-21

MultiVelo使用概率潜在变量模型来估计染色质可及性和基因表达

图灵基因·2023-10-15 04:08

【工具速递】使用 Chromap 快速对齐和预处理染色质图谱-Fast alignment and preprocessing of chromatin profiles with Chromap

FastalignmentandpreprocessingofchromatinprofileswithChromap期刊：bioRxiv日期：06,18,2021文章展示了Chromap，这是一种用于对齐和预处理高通量染色质图谱的超快速方法

六博说·2023-10-14 14:54

ChIP-Seq分析流程记录

ChIP-Seq实验原理:在生理状态下，把细胞内的DNA与蛋白质交联（Crosslink）后裂解细胞，分离染色体，通过超声或酶处理将染色质随机切割，利用抗原抗体的特异性识别反应，将与目的蛋白相结合

Zhai1994·2023-10-14 06:01

4. Chromosome

A课时数：2（第4次课）B课程内容4.1DNA的"包装"4.2染色体结构4.3核小体C主要知识点专业名词染色质Chromatin染色体Chromosome常染色质Euchromatin异染色质Heterochromatin

KXie·2023-10-12 12:53

单细胞ChIP-seq技术（CoBATCH）

文献翻译：CoBATCH一个基于单细胞的ChIP-seq技术image.png>SUMMARY缺乏一种有效的，可推广的全基因组方法单细胞组蛋白修饰或染色质结合蛋白的定位方法。

caokai001·2023-10-09 23:37

ATACseq--染色质开放性测序

ATAC-seq：利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术染色体/质结构：细胞核DNA与组蛋白相结合，DNA缠绕在组蛋白上形成串珠式结构，因此染色质结构高度折叠（压缩）。

HOLLYxiao·2023-10-09 02:26

ATAC-Seq与ChIP-Seq的异同

ATAC-Seq与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度，可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息，一般用于不知道特定的转录因子

RachaelRiggs·2023-10-07 22:15

单细胞跨模态分析综述

单细胞转录组数据现在可以通过染色质可及性、表面蛋白表达、适应性免疫受体库分析和空间信息进行补充。跨模态单细胞数据的可用性越来越高，推动出新的计算方法，以帮助科学家获得生物学见解。

tzc_fly·2023-10-05 01:16

Hi-C辅助基因组组装原理｜主流软件

导语Hi-C是高通量染色体构象捕获（High-throughputChromosomeConformationCapture,Hi-C）技术的简称，开发于2009年，最初用于捕获全基因组范围内所有的染色质内和染色质间的空间互作信息

lixingze·2023-10-03 22:59

单细胞水平胚胎发育的染色质动态

参考文章是：Thecis-regulatorydynamicsofembryonicdevelopmentatsingle-cellresolution概述单细胞水平的发育谱系调控机制：Hereweinvestigatethedynamicsofchromatinregulatorylandscapesduringembryogenesisatsingle-cellresolution作者利用他们

Shaoqian_Ma·2023-09-26 01:00

Epigenetics文献学习：染色质结构域

内容主要集中在染色质组织结构。作者就染色质结构域的发现、性质、功能以及形成机制几个层面来介绍，由浅及深，是一篇非常值得阅读的综述。

生信start_site·2023-09-11 14:07

细胞周期蛋白在流式细胞仪中的作用

图片.pngCyclin蛋白在流式细胞仪分辨细胞增殖方面有很大的用处：cyclin蛋白结合染色质检测，可以分辨DNA含量相同细胞周期不同的细胞。

victor卡西莫多·2023-09-05 08:08

【文献速递】-science齐发-人类胚胎发育单细胞基因表达及染色质开放图谱

文章一作JunyueCao表示：“根据这些数据，我们可以直接生成人类组织中所有主要细胞类型的目录，包括这些细胞类型在组织中的基因表达如何变化。”研究人员利用sci-RNA-seq3的技术，在15种类型的胎儿组织中分析了基因表达。这项技术用三个DNA“条形码”的独特组合标记每个细胞，从而使研究人员无需物理分离即可跟踪细胞。研究人员就使用计算机算法来恢复单细胞信息，按类型和亚型对细胞进行聚类，并确定它

六博说·2023-09-04 15:28

ChIP专题 | 如何进行ChIP-qPCR富集验证

染色质免疫共沉淀技术（ChromatinImmunoprecipitation,ChIP）是一种适用于在体内研究蛋白质与DNA相互作用的方法。

爱基百客·2023-09-04 06:34

组蛋白ChIP-seq研究思路及应用案例分享

ChIP-seq技术将染色质免疫共沉淀与二代测序结合，高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA序列。

爱基百客·2023-09-04 06:34

RNA结合蛋白研究技术：RIP-seq实验分析流程及案例分享

RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用，蛋白结合对象为RNA，RIP-seq即对富集得到的RNA片段进行高通量测序，

爱基百客·2023-09-04 06:03

在真核生物中，基因组DNA会压缩形成复杂的染色质结构，请简述染色质结构及其生物学功能和作用机制。

答：染色质结构由低级到高级一共有4级结构：（1）一级结构为10nm核小体串珠纤维：由H2A、H2B、H3和H4组成的组蛋白八聚体，在外部缠绕147bp的DNA序列形成核小体结构，两个核小体之间经过DNA

一口亅·2023-08-30 21:36

【珍藏版】热点综述 | 单细胞多组学研究怎么做？

来自韩国的研究团队在《Experimental&MolecularMedicine》发表综述，介绍了单细胞多组学分析技术（mRNA-基因组、mRNA-DNA甲基化、mRNA-染色质可及性、mRNA-蛋白质

尐尐呅·2023-08-29 17:00

8月14日武汉见 | 易基因与您相约2023年度表观遗传与染色质生物学大会

由中国遗传学会表观遗传学分会和中国细胞生物学学会染色质生物学分会联合主办，武汉大学承办的“2023表观遗传与染色质生物学大会”将于2023年8月14日-18日在湖北武汉召开。

易基因科技·2023-08-29 13:40

组学知识速递（五）|ChIP-seq知多少？

ChIP-Seq即染色质免疫共沉淀-高通量测序，是指通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化和文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序，

bioyigene·2023-08-26 12:57

知识速递（六）|ChIP-seq分析要点集锦

ChIP-Seq即染色质免疫共沉淀

bioyigene·2023-08-26 12:25

ATAC-seq总结

Assayfortransposase-accessiblechromatinusingsequencing(利用转座酶研究染色质可接近性的高通量测序技术），可以在全基因上捕获裸露DAN与核小体的DNA

otw_5f1c·2023-08-24 16:54

【文献简报】通过共享单细胞RNA和染色质开放区域来鉴定染色质潜力

这篇文章开发了一种同时捕获RNA和染色质开放信号的方法，在该方法中，染色质中的开放区域先被Tn5标记，RNA再反转录成具有biotin的cDNA。

六博说·2023-08-20 04:07

scATAC文献：人类大脑皮质单细胞水平染色质和基因调控的动态发育图谱---Part1

Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionPart1:发育中人类大脑皮层的单细胞调控图谱该部分主要内容总结：1.实验平台10X、实验技术：scRNAscATAC、研究的发育阶段和区域、该部位细胞类型特点；2.两个平台获得的细胞数/染色质可及性

科研菜鸟·2023-08-19 13:26

Seurat24式太极拳之7左揽雀尾---将Seurat与多组学数据结合使用

其他令人兴奋的多峰技术，例如10x多基因组试剂盒，可以对细胞转录组和染色质可及性（即scRNA-seq+scATAC-seq）进行配对

Seurat_·2023-08-18 20:35

摄入动物蛋白他提高免疫机能的必要性简单阐释如下：

细胞核染色质的基本化学成分是脱氧核糖核酸（DNA）和组蛋白。而血浆内所含的蛋白统称为血浆蛋白，可分为白蛋白，球蛋白和纤维蛋白原。

若木lulu·2023-08-16 15:06

单细胞在临床上的应用

第一点单细胞测序技术包含单细胞转录组测序，单细胞基因组测序，单细胞染色质可及性测序，单细胞蛋白组，单细胞免疫组学，单细胞甲基化等等不仅限于以上技术，每种技术都可以了解单细胞的某一个方面，包括基因的转录水平

周六周六·2023-08-15 01:15

scATAC文献：人类大脑皮质单细胞水平染色质和基因调控的动态发育图谱---Part3

文献名：Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionPart1:Clusteringapproachtolinkgeneexpressionprogramstocell-fatedecisions将基因表达程序与细胞命运决策联系起来的聚类方法模糊C聚类（Fuz

科研菜鸟·2023-08-11 20:19

纪伟讲测序·2023-08-10 01:22

三维和空间基因组学时代（下篇）

摘要十多年前，高通量染色质构象捕获(Hi-C)技术的出现开启了三维基因组学的新纪元。

Davey1220·2023-08-07 04:48

文献分享——Chromatin interaction neural network (ChINN): a ...

Chromatininteractionneuralnetwork(ChINN):amachinelearning-basedmethodforpredictingchromatininteractionsfromDNAsequences染色质相互作用神经网络

生信小工厂·2023-08-02 07:17

走向基因组3D世界 ——染色体构想捕获技术3C(chromosome conformation capture)

）技术及其该技术的拓展技术(4C,5C,Hi-C,ChIA-PET)，使人们能够以超强的分辨率和高通量测序分析细胞核内的三维立体结构3C技术：走向三维（3D）基因组学的基础Fig11.交联：用甲醛交联染色质

Ray钱·2023-07-16 23:52

2022《Science》首个果蝇单细胞胚胎发育时间连续图谱问世

生信师姐·2023-07-16 06:20

易基因 | 表观技术：染色质结构构象与DNA互作：ChIP-seq、ATAC-seq

今天一起来聊聊关于染色质结构构象与DNA互作的常用检测技术：ChIP-seq和ATAC-seq。

E_GENE·2023-07-15 23:10

01 甲基化基础知识——学习于生信技能树公众号

whykm·2023-07-15 21:08

2021-10-22

基因组功能是基因组结构的主要驱动力，染色质的结构特征是基因组活性的调节剂，而不是二元决定因素。这些原则在自组织背景下的相互作用可以解释染色质特

图灵基因·2023-07-14 13:35

2022-10-28

复杂组织的单细胞空间表观基因组学成像原创存在一棵树图灵基因2022-10-2810:11发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：存在一棵树IF=66.850推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文开发了一种高通量单细胞染色质表观遗传修饰的成像方法

图灵基因·2023-06-22 15:37

甲基化知识点

斗战胜佛oh·2023-06-18 16:13

Juicer:Hi-C数据处理分析的利器

通过Hi-C数据可以分析TAD,chromatinloops等染色质空间结构的基本单元，加强我们对染色质三维结构的认知。面对海量的Hi-C数据，如何高效完成数据分析成为了一个挑战。

生信修炼手册·2023-06-15 10:12

综述：染色质调控区域分析：ChIP-seq和ATAC-seq发展的见解

摘要染色质调控区域在许多疾病过程和胚胎发育中起着关键作用。

笺牒九州的怪咖·2023-06-13 03:30

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