染色质

Signac::EnhanceCoveragePlot 参考实现流程

覆盖度图形对于理解基因组的开放区域、调控元件活性以及染色质状态等方面具有重要作用。通过将多个样本的Coverag
倪桦·2024-09-04 12:23

Python(R)均方根误差平均绝对误差导图

要点回归模型评估指标评估薪水预测模型评估员工倦怠率模型评估大气分析生成式对抗模型目标对象缺失下，性能估算法追踪模型误差指标降尺度大气学模拟模型准确性评估蛋白染色质相互作用模型评估Python回归误差指标平均绝对误差表示数据集中实际值和预测值之间的绝对差的平均值
亚图跨际·2024-08-27 15:31

scATAC:人类基因组的染色质可及性图谱-Discussion

weixin订阅号同步更新：扒蒜小妹的日常scATAC:人类基因组的染色质可及性图谱scATAC:人类基因组的染色质可及性图谱-1scATAC:人类基因组的染色质可及性图谱-2scATAC:人类基因组的染色质可及性图谱
科研菜鸟·2024-03-15 20:37

女性的福音！颠覆传统的避孕方式，更安全、方便、可逆

研究人员提出了一项新研究，表明他们离发明出男性避孕药更近了一步，你有没有觉得听过这个新闻，嗯，那是因为你真的听过，几十年来，科学家们一直在研制一种安全的，可逆的男士避孕药科学研究已经提供了一些方法，比如染色质重塑
幽默研究生·2024-02-20 11:17

scATAC:人类基因组的染色质可及性图谱-6

scATAC:人类基因组的染色质可及性图谱scATAC:人类基因组的染色质可及性图谱-1scATAC:人类基因组的染色质可及性图谱-2scATAC:人类基因组的染色质可及性图谱-3scATAC:人类基因组的染色质可及性图谱
科研菜鸟·2024-02-20 10:12

细胞花式死法之坏死性凋亡，了解一下？

通过坏死性凋亡方式死亡的细胞缺乏典型的凋亡特征，例如，细胞膜出泡，染色质固缩和核小体内DNA裂解成180bp的梯状DNA，但也可能表现出TUNEL阳性。
唯问生物·2024-02-19 18:40

Hi-C探究胚胎发育染色质重构

PolycombGroupProteinsRegulateChromatinArchitectureinMouseOocytesandEarlyEmbryos本文需要一些对于Hi-C和染色质不同层级构象的背景知识
Shaoqian_Ma·2024-02-15 06:44

转录调控研究数据库推荐 | 你要找的ChIP-seq数据都在这里啦！

染色质免疫沉淀、DNase-I超敏反应和转座酶可及性分析结合高通量测序，使染色质动力学、转录因子结合和基因调控的全基因组研究成为可能。
尐尐呅·2024-02-15 04:49

Week26 — 人类原发性肿瘤的染色质可及性图谱-03

Week24—人类原发性肿瘤的染色质可及性图谱-01:主要回顾了ATAC-seq方法的原理和优点，并与其他研究染色质可及性方法的比较，然后介绍了这篇文章的主要结果和亮点以及提供的数据资源。
六六_ryx·2024-02-14 05:32

2019-09-01第九天：A Single-Cell Atlas of In Vivo Mammalian Chromatin Accessibility

ASingle-CellAtlasofInVivoMammalianChromatinAccessibilityjournal：cellIF：36.21摘要：我们使用了一个组合标签实验，sci-ATACseq技术来构建来自13个成年小鼠组织的十万个细胞的全基因组范围的染色质可及性的模式
一只烟酒僧·2024-02-12 13:44

Week9 — 遗传DNA甲基化在早期胚胎发育中对染色质开放性的调控机制研究

第9周2018—7.16-7.21原文链接：InheritedDNAmethylationprimestheestablishmentofaccessiblechromatinduringgenomeactivationdoi:10.1101/gr.228833.1172018年5月发表于GenomeRes.概括提出问题：动物受精后表观修饰会从配子全部或部分遗传给后代，这个过程需要正确的转录调控，
六六_ryx·2024-02-09 05:46

DNA replication stress --DNA 复制压力

有许多原因会导致复制压力，其中有:1.核糖核苷酸的错误掺入2.不寻常的DNA结构3.复制和转录同时进行的问题4.基本复制因子不足5.染色质处于压缩状态(Chromatininaccessibility)
寒山梦绮·2024-02-07 18:58

单细胞 CUT&Tag 分析复杂组织中的组蛋白修饰和转录因子

单细胞CUT&Tag分析随着10X、BD等平台技术的推进，单细胞层面解析表达和开放染色质水平的研究方法已经得到很好的建立，并且在动植物种中都得到了很好的尝试。
felix108·2024-02-05 19:17

scATAC文献：人类大脑皮质单细胞水平染色质和基因调控的动态发育图谱---方法

文献名：Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionsingularvalue:一scATACprocessing使用“cellrangeratacmkfastq”（10x基因组学，v.1.2.0）将原始测序数据转换为fastq格式。scATAC-seqrea
科研菜鸟·2024-02-03 05:20

ATAC-seq发篇测序文章就结束了吗？看如何利用ATAC-seq数据为后续关键基因的转录调控研究提供重要依据

染色质可及性（ChromatinAccessibility）是染色质的一种特性，为转录因子结合靶基因提供了空间。
爱基百客·2024-02-02 15:16

Nucleosome, Recombinant Human, H2BK120ub1 dNuc, Biotinylated

EpiCypher（国内授权代理商欣博盛生物）是一家为表观遗传学和染色质生物学研究提供高质量试剂和工具的专业制造商。
Neobioscience·2024-02-02 08:48

Dynamics and function of DNA methylation in plants（二）

MolecularfunctionsofDNAmethylationDNA甲基化与组蛋白修饰及非组蛋白共同决定了染色质结构和开放程度。
黄粱一梦贰十年·2024-01-31 10:07

scATAC数据分析流程（下）

数据分析流程（上）HiChIPmeta-virtual4C(metav4C)analysisforCiceroco-accessibilitylinks光预测获得links还不行，最好还有Hi-C这类染色质构象数据的验证
Shaoqian_Ma·2024-01-27 06:39

全反式维甲酸（ATAR）诱导白血细胞的染色质构象改变而影响分化进程

AlterationsofspecificchromatinconformationaffectATRA-inducedleukemiacelldifferentiation期刊：CellDeath&Disease影响因子：6.044主要技术：Hi-C、ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq发表时间：2018年研究背景染色体形成多层次构象在基因表达调控中起着至关重要的作用。高通量染色体
d5c9c866171f·2024-01-24 11:45

【科研集市】一文带你读懂Hi-C（附高分文献汇总）

High-throughchromosomeconformationcapture)技术源于染色体构象捕获（Chromosomeconformationcapture,3C）技术，以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质
d5c9c866171f·2024-01-22 22:29

CUTANA™ CUT&RUN Assays ——实现超敏基因组定位

研究细胞内蛋白质-DNA相互作用的常用方法是染色质免疫沉淀(ChromatinImmunoprecipitation,ChIP)，同时ChIP还常被用于确定基因组上与组蛋白修饰相关的特定位点（即组蛋白修饰酶的靶标
Neobioscience·2024-01-22 11:14

如何从Hi-C数据中快速分析影响疾病的DNA结构？

Hi-C，一种衍生于染色体构象捕获技术（3C）的高通量技术，实现了全基因组范围内染色体片段间相互作用的捕获检测，可得到染色体三个层级的三维结构：A/Bcompartment、拓扑相关结构域（TAD）、染色质环
尐尐呅·2024-01-17 00:25

Histone H3K4me2 Antibody, SNAP-Certified™ for CUT&RUN

EpiCypher是一家为表观遗传学和染色质生物学研究提供高质量试剂和工具的专业制造商。
Neobioscience·2024-01-12 11:38

组蛋白修饰

//zhuanlan.zhihu.com/p/289136747常见组蛋白修饰-(jianshu.com)表观遗传学-组蛋白修饰-(jianshu.com)染色体上的不同区域Euchromatin:常染色质
一只小脑斧·2024-01-11 18:04

CUTANA™ pAG-Tn5 for CUT&Tag

CUTANApAG-Tn5是靶向剪切及转座酶(CUT&Tag)技术中进行高效绘制染色质特征的关键试剂。与ChIP-seq相比，CUT&Tag在降低细胞需求量和测序深度的信噪比方面进行了显著改进。
Neobioscience·2024-01-11 07:16

国自然中标小能手「m6A修饰」的新功能研究

近日，来自美国芝加哥大学、中国科学院、同济大学等多家机构的研究人员合作在《Science》发表了其最新研究成果，揭示了RNA的m6A甲基化修饰调控染色质状态和转录活性的重要机制。m6A是什么？
尐尐呅·2024-01-03 15:25

Histone H3K27ac Antibody, SNAP-ChIP® Certified

EpiCypher是一家为表观遗传学和染色质生物学研究提供高质量试剂和工具的专业制造商。
Neobioscience·2023-12-30 08:02

ChIP-seq综述

染色质状态的重要意义：染色质的状态一方面通过改变核小体的位置，DNA的包装紧密程度直
Shaoqian_Ma·2023-12-29 20:45

易基因｜ChIP-seq分析方法：实用的工作流程和高级应用

2020年03月，《Methods》杂志上发表一篇关于表观组学ChIP-seq分析方法的综述文章，详细介绍了染色质免疫共沉淀（ChIP-seq）的工作流程和高级应用。
易基因科技·2023-12-29 19:40

学习：StatQuest-Chip-seq

什么是Chip-seqimage.png翻译下就是染色质免疫共沉淀技术,作用是研究体内蛋白质与DNA相互作用,找蛋白或者转录因子的结合Chip-seq建库过程image.png第一步就是要将蛋白和DNA
小潤澤·2023-12-29 01:16

ATAC-seq分析：Peak Calling（8）

然而，为了识别开放的染色质，我们可以简单地使用在测序中正确配对的所有读数（<2000bp）。
冷冻工厂·2023-12-28 17:07

哺乳动物临产期睾丸发育中的单细胞表观遗传调控

今天和大家分享一篇预印版的文献，一句话概括为：小鼠睾丸4个发育阶段的染色质开放图谱题目：Thesingle-cellepigeneticregulatorylandscapeinmammalianperinataltestisdevelopment
科研菜鸟·2023-12-27 07:21

ChIP实验原理精讲

什么是染色质免疫共沉淀技术（ChIP）？染色质免疫共沉淀法是在保持组蛋白和DNA联合的同时，通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，染色质被切成很小的片断，并沉淀下来。
斗战胜佛oh·2023-12-26 13:03

Nature Commun|ATAC-seq探究复发性小儿B系急性淋巴细胞白血病的染色质可及性图谱

染色质可及性是DNA调控元件的一个标志，新出现的证据表明它在癌症中发挥着重要作用。使用测序(ATAC-seq)检测转座酶可及染色质的方法的出现和优化使得在原发性癌症的全基因组范
爱基百客·2023-12-25 15:34

从CNS封面文章中找数据 | Science：人类原发性肿瘤染色质可及性图谱

今天给大家分享的ATAC-seq数据资源来自2018年的Science封面文章，美国斯坦福大学研究人员绘制了23种癌症全基因组染色质可及性图谱，为癌症研究提供基础数据资源。
尐尐呅·2023-12-25 07:46

2021-12-06

Nature丨细胞类型由染色质拓扑学编码原创珍奇图灵基因2021-12-0610:56收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：珍奇IF：49.962推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本研究报告了与基因表达模式相关的多个基因组尺度的细胞类型特化
图灵基因·2023-12-24 10:34

3D基因组—实验技术

Histone是核小体的基本组成蛋白，核小体是染色质的基本组成单位。组蛋白的修饰（如：甲基化，乙酰化，磷酸化等）使核小体在DNA上发生移动
Ray钱·2023-12-23 13:18

从RNA定向互作看基因组组织

在过去的几十年中，我们逐渐意识到调节染色质结构的过程的复杂性。从染色质可及性到远距离基因组组织，细胞使用了多种机制来控制基因表达。
Ss_y·2023-12-22 13:06

3D基因组学在白血病中的研究进展——分子分型、诊断、预后

其重要发现包括：一、整体3D基因组结构的差异该研究发现，病人的造血细胞，其三维染色质结构发生了显著的改变。重要的是，病人的3D
基因组学研究生·2023-12-22 11:42

生信 | 三维基因组技术（二）：Hi-C辅助组装与Lachesis的使用

写在前面以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen）暑期生信培训班上记录的课堂笔记1.Hi-C辅助组装（PGA）技术原理染色体疆域染色质在细胞核内分布的并不是随机分布的，而是不同染色体占据不同的空间
生信卷王·2023-12-19 00:43

每周文献 2021-08-02

文章题目：BANPopenschromatinandactivatesCpG-island-regulatedgenes(BANP打开染色质并激活CpG岛调节基因)期刊：Nature影响因子：2020_
杨博士聊生信·2023-12-18 10:54

2021-11-21

Nature|染色质调节器的抑癌活性依赖于动态液滴原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制细胞生物化学的一个基本组织原理是通过液-液相分离过程形成液滴。
图灵基因·2023-12-05 21:51

2022-03-27

SciAdv|小分子荧光探针对癌细胞染色质进行超微结构可视化原创图灵基因图灵基因2022-03-2707:03收录于话题#前沿分子生物学技术研究人员开发了一种新的荧光标记，可以更清楚地显示癌细胞中DNA
图灵基因·2023-12-03 02:01

基因组学（课程笔记）第十章-表观基因组学

定义：在核苷酸序列不发生改变的情况下，研究基因组上的化学修饰和空间结构变化如何影响基因功能和表达调控的一门学科研究内容：1）化学修饰：DNA、RNA、蛋白质2）空间结构：核小体（Nucleosome）、染色质
懒猪曼达·2023-11-30 05:48

2023.11.13【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第六章 多重序列比对 下）

6.5基因组区域的多重序列比对6.6展望6.7常见问题总结6.4多重序列比对数据库Pfam：基于谱隐马尔可夫模型构建的蛋白质家族数据库SMART：简易分子构型研究工具，与细胞信号传导、细胞外结构域以及染色质功能相关的蛋白质家族数据库保守结构域数据库
穆易青·2023-11-14 00:36

2022-08-19

1910:13发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制撰文：huacishuIF=59.581推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者讨论了目前对ecDNA的结构以及它如何促进癌基因表达的理解，包括与ecDNA染色质组织和核定位相关的属性
图灵基因·2023-11-05 07:10

ChIP实验问题解答

ChIP，全称的意思是染色质免疫共沉淀——换种说法，就是我们用抗体去“钓”特定的能结合DNA的蛋白质，我们最后检测的是和这蛋白质结合的DNA。1.为什么要用甲醛交联？
卡梅德生物·2023-11-04 09:55

生信 | 三维基因组技术（三）：Hi-C 数据比对及HiC-Pro的使用

暑期生信培训班上记录的课堂笔记1.Hi-C原理简介1.1Hi-C技术高通量染色体构象捕获技术(High-throughputchromosomeconformationcapture)研究全基因组三维构象及分析染色质片段相互作用的实验技术
生信卷王·2023-11-02 20:06

2021-10-22

NatBiotech|单细胞Hi-C数据分析识别多尺度3D基因组特征原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析单细胞Hi-C可以识别3D染色质组织的细胞间变异性，这是有关细胞中基因组折叠和基因表达作用的关键信息
图灵基因·2023-10-29 22:11

Chip-seq简介

染色质免疫共沉定技术，可以研究生物体内DNA与蛋白质的相互作用，首先在活细胞内固定DNA与蛋白结合的复合体，然后用蛋白特异性的抗体，通过抗原抗体特异性结合的免疫学手段捕获该复合体，然后洗脱蛋白质，得到与目的蛋白结合的
生信修炼手册·2023-10-28 16:54
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