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染色质
ATAC-Seq 数据分析(上)
背景:
染色质
和染色体的结构和功能每一条染色单体由单个线性DNA分子组成。细胞核中的DNA是经过高度有序的包装,否则就是一团乱麻,不利于DNA复制和表达调控。
徐洲更hoptop
·
2020-06-30 20:21
第10篇:ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析
从RNA-Seq层面,我们可以探究哪些基因具有显著差异,上调或下调;从ChIP-Seq层面,我们可以研究某个特定转录因子的调控作用;从ATAC-Seq我们可以了解到
染色质
可及性的动态变化,由于
染色质
的可及性与调控元件或转录因子的结合密切相关
六六_ryx
·
2020-06-22 05:17
ChIP-seq之检峰
一、背景
染色质
免疫共沉淀技术(ChromatinImmunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究
浩渺予怀
·
2020-06-21 02:31
ATAC-seq
寻找开放
染色质
区域的传统方法寻找开放
染色质
区域的传统方法主要是MNase-seq和DNase-seq。这两个实验的思路是相似的:在
染色质
开放时,DNA和组蛋白的浓聚程度会降低,有一部分DNA暴露出来。
简boo
·
2020-06-11 23:48
[DNA-Seq] 全基因组高级分析
Mutsig原理.png其中CV代表covariants,包括了DNA复制时间,
染色质
开放程度,转录活性。
happyxhz
·
2020-06-11 11:54
表观遗传学: DNA甲基化
DNA甲基化是一种被广泛研究的表观遗传修饰方式,与组蛋白修饰等方式一起,在调控基因表达和
染色质
构象等方面发挥了重要作用。
大王福不福
·
2020-05-18 16:07
SNARE-seq:RNA-seq和ATAC-seq合体
High-throughputsequencingofthetranscriptomeandchromatinaccessibilityinthesamecell概述怎么在同一个细胞里实现转录组测序和开放
染色质
分析
Shaoqian_Ma
·
2020-05-01 12:20
火爆的染色体外环状DNA(eccDNA)研究,你关注了吗?
Nature,2019,;eccDNA增强
染色质
可接近性和癌症基因的高表达Cell,2019;功能性增强子造成
我爱工作_工作使我快乐
·
2020-04-12 23:20
细胞凋亡检测方法
(2)染色细胞:姬姆萨(Giemsa)染色、瑞氏染色等:正常细胞核色泽均一;凋亡细胞
染色质
浓缩、边缘化,核膜裂解、
染色质
分割成块状和凋亡小体等典型的凋亡形态;坏死
东澳生物
·
2020-04-05 06:14
HE染色太简单?精良之作自带高级感
苏木精染液为碱性,主要使细胞核内的
染色质
与胞质内的核糖体着紫蓝色;伊红为酸性染料,主要使细胞质和细胞外基质中的成分着红色。一张做工精良的HE切片是病理医生得以做出正确诊断的关键。
东澳生物
·
2020-04-03 17:16
2018-10-24
组蛋白是染色体基本结构-核小体中的重要组成部分,其N-末端氨基酸残基可发生乙酰化、甲基化、磷酸化、泛素化、多聚ADP糖基化等多种共价修饰作用.组蛋白的修饰可通过影响组蛋白与DNA双链的亲和性,从而改变
染色质
的疏松
哈哈eshine
·
2020-03-31 18:30
三维基因组中的开放
染色质
互作网络(二)
文章来源:科研圈2018-05-12北京大学生命科学学院贾璐萌,李亭亭(李程研究组)上回说到Hi-C更适用于研究大尺Hi度上的
染色质
结构,而不适用于研究转录调控元件之间的相互作用。
caokai001
·
2020-03-31 10:37
Cell重磅综述:关于人类转录因子,你想知道的都在这
转录因子通过识别特定的DNA序列来控制
染色质
和转录,以形成指导基因组表达的复杂系统。
caokai001
·
2020-03-30 18:52
enChIP 介绍和如何设计gRNA
蛋白质包括转录因子,系统调节蛋白,修饰的组蛋白,
染色质
修饰蛋白酶和聚合酶。原因是这个技术可以知道这些蛋白结合在特定的位置。engi
Runuply
·
2020-03-26 17:00
1️⃣ 序列获取(2):RNA序列获取
序列比对和序列特征分析总目录1ncRNAdb(noncodingRNAdatabase)虽不编码蛋白质,但是参与包括
染色质
结构重建,基因表达层面的转录和翻译调控,亚细胞位置等调控。
Y大宽
·
2020-03-19 15:45
2018-03-02
提到
染色质
生物学,我就会想到Chip-Seq。但我今天无意间google到一个剑桥大学2017年生信暑期学校的pdf,上面有一张图让我非常震惊,原来相关实验技术这么多!!
生信family
·
2020-03-17 22:30
哪些组蛋白修饰可遗传?
原创:ppxuEpigenetics表观遗传学表观遗传性状是指不依赖于DNA序列变化的
染色质
改变引起的稳定可遗传的性状[1]。
caokai001
·
2020-03-17 22:54
Week 5 L9-10 真核复制、复制起始、ChIP、端粒、核小体压缩DNA、核小体装配、
染色质
包装
http://mooc.guokr.com/note/17132/9.1真核复制EukaryoticReplication有多个复制起点复制叉移动很慢9.2复制起始InitiationinEukaryoticReplication9.3解旋酶HelicaseLoadingandChromatinImmunoprecipitation(ChIP)解旋酶在G1期定位了所有的复制起点ChromatinI
英天
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2020-02-19 13:27
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四)
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)收藏|北大生信平台"单细胞分析、
染色质
分析"视频和PPT分享生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得
生信宝典
·
2020-02-18 04:30
胆管癌的整合基因组分析确定了不同的IDH突变分子谱
该亚型显示线粒体增多,
染色质
修饰基因表达减少,包括ARID1A潜在的表观遗传沉默。其他
Forest_Lee
·
2020-02-14 01:43
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(八) - Scater包输入导入和存储
亨贝格实验室单细胞转录组数据分析(五)亨贝格实验室单细胞转录组数据分析(六)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(七)-导入10X和SmartSeq2数据TabulaMuris收藏|北大生信平台“单细胞分析,
染色质
分析
生信宝典
·
2020-02-10 06:54
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(七)-导入10X和SmartSeq2数据Tabula Muris
单细胞转录组数据分析(三)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(五)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(六)收藏|北大生信平台"单细胞分析、
染色质
分析
生信宝典
·
2020-02-07 03:11
lncRNA-
染色质
相互作用数据库
一句话评价lncRNA和
染色质
相互作用数据库文章信息题目:LnChrom:aresourceofexperimentallyvalidatedlncRNA–chromatininteractionsinhumanandmouse
六六_ryx
·
2020-01-05 12:41
关于 ATAC-seq,你需要知道的6点知识
ATAC-seq,全名AssayforTransposaseAccessibleChromatinusingsequencing,即运用高通量测序手段研究转座酶可接近的
染色质
的实验。
华联科生物
·
2019-12-25 16:25
Cicero:一个单细胞
染色质
可及性实验可视化R包
本文可在http://xuzhougeng.top/免费阅读原文Cicero是一个单细胞
染色质
可及性实验可视化R包。
徐洲更hoptop
·
2019-12-25 05:40
第1篇:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同
AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing)是2013年由斯坦福大学WilliamJ.Greenleaf和HowardY.Chang实验室开发的用于研究
染色质
可及性
六六_ryx
·
2019-12-23 23:35
2019-01-07
20.SIW/SNF主要调控
染色质
对转录因子的可接近性,而PBAF属于SIW/SNF,因此该研究使用ATAC-seq评估了Pbrm1缺陷型细胞系在有和没有IFNγ处理的情况下,与对照组细胞相比24h的
染色质
可接近性
Mingyan_C
·
2019-12-22 22:28
文献积累(2)SE--gene
SEfunctions(includingchromatinwriters,readers,remodelers,mediatorproteins,andtranscriptionapparatus)
染色质
写
清晨起床满满正能量_Go
·
2019-12-20 19:31
week3:Single-Cell Chromatin Modification Profiling RevealsIncreased Epigenetic Variations with A...
文献要点:通过质谱流式检测单细胞间的不同
染色质
标记细胞类型特异的
染色质
标记剖图预示免疫细胞的身份个体间和单细胞间的
染色质
变异随年龄增加而增加
染色质
年龄相关的变化很大程度上是非遗传因素驱动具体panel见文献的
阿糖胞苷_SYSU
·
2019-12-18 00:42
HMMRATAC检测ATAC数据的开放性
背景目前,已经衍生出多种用于检测
染色质
开放性的试验方法。比如,DNase-seq,FAIRE-seq和ATAC-seq,其中ATACA-seq方法试验技术简单、快捷、重复性好,得到了极大的发展和使用。
浩渺予怀
·
2019-12-15 11:33
表观遗传初识~ChIP-seq
背景知识NGS与转录转录组即某个物种或特定细胞在某一功能状态下产生的所有RNA的总和(哪些序列能够表达,何时何处表达,转录活跃程度)部分基因是能够转录=》
染色质
多为开放状态;其余基因抑制状态=》
染色质
状态较为紧密
刘小泽
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2019-12-14 05:20
老大哔哩哔哩-chip_seq视频
ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析(本系列完结,内附目录)给学徒ChIP-seq数据处理流程最最基本概念ChIP实验(Chromatinimmunoprecipitation)即
染色质
免疫沉淀
小梦游仙境
·
2019-12-13 05:12
第四章婴儿的生理—心理发展的影响因素——第二节胎儿生理一心理发展的影响因素——学习整理(17)
在人的细胞核内有一种易被碱性染料着色的物质,称为
染色质
。在细胞有丝分裂的前期,松散的
染色质
开始螺旋
幸福并感激着
·
2019-12-02 07:54
【干货盘点】ChIP-seq实验篇,你需要了解这几点
目前,研究组蛋白修饰和转录因子结合位点较为成熟的技术是
染色质
免疫共沉淀技术(ChromatinImmunoprecipitation,ChIP),它是研究生理状态下目的蛋白和DNA相互作用较早的一种方法
华联科生物
·
2019-12-01 23:31
Week 3 真核转录、组蛋白修饰对真核转录的调控
Lecture5:真核细胞转录以及DNA组装成核小体Nucleosomes核小体核小体和
染色质
是真核转录的抑制剂。所以需要激活剂。
英天
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2019-11-08 10:24
生信分析01 名词扫盲
1.高通量测序:高通量测序技术的应用转录组测序(RNA-Seq):研究细胞表现和功能;甲基化测序:表观遗传学标记信息;外显子组测序(Exome-Seq):研究定向富集的DNA;
染色质
免疫沉淀-深度测序(
风远陌
·
2019-09-29 11:28
生信分析
生物学实验方法及原理应用
1.Chromatinimmunoprecipitation(ChIP)
染色质
免疫沉淀法研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。
kekoukele777
·
2019-08-18 17:20
ATAC-seq简介
DNA复制时,DNA需要先从核小体上解下,即打开
染色质
,这部分开放的
染色质
叫开放
染色质
(openchromatin)。而
染色质
一旦打开
zypiner
·
2019-06-20 15:00
「综述」
染色质
与RNA在功能基因组中的作用
题目:Chromatin-associatedRNAsasfacilitatorsoffunctionalgenomicinteractionsDOI:http://sci-hub.tw/10.1038/s41576-019-0135-1杂志/发表日期:NatureReviewGenetics,Jun3,2019关键词:interactionsbetweenchromatinandRNA分类:「综
六六_ryx
·
2019-06-11 16:47
比较Hi-C数据分析的计算方法
染色质
构象各个层级的识别和鉴定的准确性会直接影响到后续分析的可靠性。
Ray钱
·
2019-05-06 14:38
【植物学笔记】植物细胞(四)
内核膜面向核质,与
染色质
紧密接触。两层膜之间有核周间隙nuclearpore。双层膜在一定间隔处愈合为核孔,可以将复制、转录、染色体构建所需要的
浪生waver
·
2019-04-30 18:16
生物信息基本概念
染色质
环在哺乳动物细胞核内,由于
染色质
浓缩聚合的性质,导致基因纤维上两个远端位点会产生随机碰撞而以较低的频率相互作用。然而,在某些确定的基因位点间,这种远距离互作的频率却显著高于预测值。
keaidelele
·
2019-04-28 16:44
bioRxiv-高通量单细胞
染色质
图谱研究人体免疫细胞发育和肿瘤内T细胞衰竭
Massivelyparallelsingle-cellchromatinlandscapesofhumanimmunecelldevelopmentandintratumoralTcellexhaustion期刊:biorxiv日期:April18,2019 单细胞领域伴随着单细胞分离建库等技术的发展,不少优质实验室也产出了大量的高水平文章,对于新型的ATAC-seq技术(鉴定
染色质
可接
基因侦探
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2019-04-26 21:58
三月week3文献阅读2:Chromatin organization is a major influence on regional mutation rates in human canc...
三月week3文献阅读:Chromatinorganizationisamajorinfluenceonregionalmutationratesinhumancancercells.
染色质
组织是影响人类癌细胞局部突变率的重要因素
米妮爱分享
·
2019-04-25 11:24
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(六)
单细胞转录组数据分析(二)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(五)收藏|北大生信平台"单细胞分析、
染色质
分析
生信宝典
·
2019-04-22 17:10
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)收藏|北大生信平台"单细胞分析、
染色质
分析"视频和PPT分享生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得
生信宝典
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2019-04-22 17:27
【3D 文献/资料 收集】
目前的高级三维基因组作图方法结合了邻近连接和高通量测序技术(代表方法如染色体构象捕获,Hi-C)和
染色质
免疫沉淀技术(代表方法如基于配对末端标签测序的
染色质
交互分析技术,ChIA-PET)
caokai001
·
2019-04-19 20:51
「文献08」转录因子足迹分析+启动子处
染色质
可及性与基因表达不一定成正相关
题目:IdentificationoftranscriptionfactorbindingsitesusingATAC-seqDOI:10.1186/s13059-019-1642-2杂志/日期:GenomeBiol.,26Feb2019关键词:ATAC-seq;Computationalfootprinting分类:「方法」日期:2019年2月17日——2019-Week8主要内容:这篇文章考虑
六六_ryx
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2019-04-01 23:01
有关ATAC-seq
AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing)是2013年由斯坦福大学WilliamJ.Greenleaf和HowardY.Chang实验室开发的用于研究
染色质
可及性
Eva旭旭
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2019-03-28 18:34
Chip-seq原理篇
CHIP-seq
染色质
免疫共沉淀技术(ChromatinImmunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究
soleil要好好学习呀
·
2019-03-25 18:19
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