测序质控

空间转录组介绍

今天，就带大家全面了解一下这项新技术——Visium空间转录组测序。为什么要做空间转录组呢？我们
空谷百合花·2023-10-20 11:18

外行如何看谱系孩子的基因测序报告

本文是对之前《自己解读谱系孩子的基因测序报告》一文的修订，希望能尽量做到内容正确。不当和谬误之处，敬请指正。
椰菜君·2023-10-20 09:28

221203

星期六阴雨绵绵（连下了好几天了，什么时候才放晴啊）今日打卡：1、单词25个完成2、学习强国完成3、点赞和更文完成4、复习知识完成今日复习：1、超声质控PACS优势①PACS可极大节省储存空间，同时提高了图像的储存质量
小鲤鱼泡泡·2023-10-20 07:38

系统崩了怎么办,在线等

在进行生产问题处理时会遇到各种各样的问题，有时在人员流动性较大团队进行老系统维护时，一个隐藏的比较深的问题往往要花费极大的时间进行定位；或者在遇到大范围生产服务不可用时，如何快速定位恢复系统问题，保证系统稳定性，作为一个质控人员和开
徒河清·2023-10-20 02:57

RNA-seq :TopHat2 + Cufflinks分析流程

1、测序数据质量控制：fastqc软件1）使用方法：/life/rjian/software/fastQC/FastQC/fastqc-o/life/rjian/data/liyan/filename_fastqc
onlyme_862a·2023-10-19 20:03

学习小组Day7笔记--天天

测序的故事啊，第七天了一转眼就过去了，因为开题的问题，还拖后了一天交作业深感罪恶。。这个东东学的我是一脸懵逼啊。。果然很高级。。
炽天使爱学习·2023-10-19 20:17

凌恩快讯 | 凌恩生物联手墨卓生物，为中国科研注入国人力量！

图MobiNova®-100高通量单细胞测序建库系统单细胞测序技术经过近10年的迅猛发展，已成为破解细胞异质性基因表达、高分辨率精准识别细胞特征的重要科研工具。
SHANGHAILINGEN·2023-10-19 18:53

文章必备| 叶绿体基因组高级分析内容汇总

随着高通量测序技术的快速发展，利用叶绿体来研究细胞器的起源、结构、进化正受到越来越广泛的关注。图
SHANGHAILINGEN·2023-10-19 18:21

一文读懂 ChIPseq

一、介绍ChIP-seq，测序方法ChIP指染色质免疫共沉淀技术（ChromatinImmunoprecipitation，ChIP），seq指的是二代测序方法作用：识别蛋白质与DNA互相作用情况原理：
白墨石·2023-10-19 15:32

互联网摸鱼日报(2023-10-16)

互联网摸鱼日报(2023-10-16)36氪新闻医疗健康行业周报|「扬奇医芯」获数千万元战略投资；「固源医疗」获数千万元Pre-A轮融资医疗健康行业周报|半导体测序仪公司「万众一芯」获近亿元加轮融资；「
每日摸鱼大王·2023-10-19 12:03

2020-10-23 检材DNA的提取 ＆ 测序知识

检材DNA的提取基本步骤在弱碱和有螯合剂存在的条件下，进行组织匀浆、溶解细胞膜和核膜。在去垢剂十二烷基磺酸钠（SDS）和蛋白酶K的作用下消化蛋白质，游离出DNA。（去垢剂和蛋白酶作用使DNA和组蛋白分离，DNA分子逐步伸展、缓慢溶解，溶液变得粘稠）有机溶剂（常用酚和氯仿混合物）萃取DNA，除去残余蛋白、脂质、糖及细胞杂质等成分。经离心后，有机溶剂留在下层，含DNA的水相在上层，变性蛋白则在两者之间
草莓桃桃茶·2023-10-19 07:06

【情人节杀狗套餐】深度解析肿瘤免疫分型套路，1个月写篇5分+SCI不是梦！

随着二代测序和单细胞测序技术和发展，对于肿瘤免疫学治疗的关注度不断提高，也取得了较好的成绩，给许多晚期肿瘤患者带来了希望。
研平方·2023-10-18 19:41

生物信息学——文件格式 pileup详解

一、pileup文件格式概述：pileup格式是一种常见的文本文件格式，用于描述基因组测序数据中每个碱基的信息。它通常
福旺旺·2023-10-18 18:09

海拔vs季节，谁决定外生菌根真菌群落的时空分布格局？

最近，派森诺与中国科学院昆明植物研究所合作，在《MicrobiologySpectrum》发表论文，通过微生物组测序和微生态群落分析，对外生菌根真菌群落时空分布特征进行了解析。
菌小落·2023-10-18 18:06

BSA研究方案——如何从容不迫的进行性状定位

具体是利用差异目标性状的两个亲本构建家系，在子代分离群体中选取目标性状个体构建DNA混合池，采用高通量测序技术对混池DNA进行建库测序，开发全基因组范围内的SNP、InDel分子标记，以通过计算SNP、
菌小落·2023-10-18 17:29

用k-mer分析进行基因组调查：（一）基本原理

1.基因组调查(genomesurvey)1.1.基因组调查基因组调查(genomesurvey)指基因组特征评估，一般指通过k-mer分析二代测序数据，获得基因组大小(genomesiz
生信技工·2023-10-17 23:55

陈巍学基因视频学习笔记--视频11：单细胞mRNA测序

前期笔记陈巍学基因视频学习笔记--视频1：Illumina测序化学原理陈巍学基因视频学习笔记--视频7：RNA-seq方法和应用陈巍学基因视频学习笔记--视频8：外显子测序陈巍学基因视频学习笔记--视频
冻春卷·2023-10-17 18:21

2021-09-24 qiime2 DADA2 去噪、序列质控和生成特征表

正如在q2-dada2插件中实现的，这个质量控制过程将过滤掉在测序数据中鉴定的任何phiX序列（通常存在于标记基因Illumina测序数据中，用于提高扩增子测序质量），并同时过滤嵌合序列。
白告2333·2023-10-17 17:46

易基因：单细胞转录组测序（scRNA-seq）揭示猪窦卵泡细胞异质性和通讯模式｜项目文章

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。卵母细胞是哺乳动物生命的基础，它们在卵巢中的卵泡小囊中发育，卵母细胞发育的最后阶段发生在窦状卵泡（AntralFollicles）中。卵母细胞的成功生长和成熟取决于与邻近细胞（主要是颗粒细胞）的复杂互作。了解窦卵泡内这些颗粒细胞之间的差异以及如何双向通讯，对于了解哺乳动物如何繁殖和生长至关重要。先前研究鉴定出窦卵泡中颗粒细胞的两种亚型：
易基因科技·2023-10-17 10:41

易基因-原核转录组“rRNA捕获探针及其应用“方法获发明专利授权

由于核糖体RNA的占比含量极高，在总RNA测序研究其它功能性RNA的表达丰度、修饰状态等，核糖体RNA将侵占大量的可用数据，如何在检测前针对不同物种有效的去除核糖体RNA，或精准
易基因科技·2023-10-17 10:10

易基因：细菌微生物基因表达调控表观研究方案｜原核三代甲基化+转录组

1、原核甲基化原核生物中的DNA甲基化原核生物甲基化为什么基于三代测序？
易基因科技·2023-10-17 10:38

以「同源蛋白」为参考，高效提升「基因结构注释」质量

当然，我们知道，二代测序数据，更或者是三代测序数据从某个角度来说是最优标准？但也有不少时候，二代数据根本看不清楚，而三代测序数据（转录本完整度OK，可是覆盖率低）常常测不到不少位置的转录本。于是，往
生信石头·2023-10-17 09:54

R语言处理基因芯片测序得到的SNP数据的一个简单小例子~进化树和PCA

最终拿到的数据格式如下image.png第一列是探针id第二列是染色体编号第三类是染色体位置第四列是第一个样本的基因型接下来依次是每个样本的基因型相当于是每行是一个位点，每列是一个样本这个数据集下载自链接https://popgen.nescent.org/StartSNP.htmlimage.png今天推文的主要内筒也是参考自这个链接，这个链接的数据集是500多个样本，3000多个位点，我只选取
小明的数据分析笔记本·2023-10-17 06:50

bioinfo100-第23题-转录组的比对与基因组的比对有何不同？

我们通过前期的22个问题，从数据的简单质控，到测序数据的mapping，再到mapping后的SAM文件都有了一个比较清楚的认识。
RachaelRiggs·2023-10-16 23:49

使用merge整合多组单细胞数据

开始操作第一步：准备原始测序数据我们下载第一个：GSE106273_RAW.tar（183.5Mb）下载后解压，整个过程直接在Rstudio中的Terminal直接完成image第二步：整理数据思路：根据中间的分组信息
Seurat_·2023-10-16 22:29

基因组- genome survey（1）

尚未进行基因组测序的物种，在进行基因组测序前，首先需对该物种进行genomesurvey。
Zhigang_Han·2023-10-16 18:52

转录组数据标准化--Normalization

转录组数据经过比对到参考基因组获得对应基因count值后，因为测序深度以及基因长度的关系，在进行差异分析之前，还需要进行标准化。标准化是转录组数据差异分析必不可少的一步。
陈洪瑜·2023-10-16 06:31

学习小组笔记Day7--apple

今日学习内容怎么区分一二三代测序二代测序大体流程NGS组学都包括哪些分类今天的重点放在思维导图总结，所以就不写太多其他的有需要的可以根据下面的内容进行详细学习原理介绍视频：https://share.weiyun.com
apple仔_6967·2023-10-16 02:10

中国科学家获得最大冰川微生物组的基因组和基因目录

NatureBiotechnology在线发表题为“Agenomeandgenecatalogofglaciermicrobiomes”的研究论文，该研究通过对来自21个西藏冰川的85个宏基因组和883个培养分离物进行测序
笺牒九州的怪咖·2023-10-16 01:49

picrust2 预测功能

PICRUSt2PICRUSt2(PhylogeneticInvestigationofCommunitiesbyReconstructionofUnobservedStates)是一个从标记基因（如16SrRNA,ITS等）测序数据预测功能丰度的软件
超人立志做国王·2023-10-15 21:41

2022-02-09

在癌症中变异体的大规模平行单细胞表型分析原创苏安图灵基因2022-02-0909:24收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：苏安IF：54.908推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：精准医疗的关键是需要预测每个患者的特定基因变异是如何发挥作用的，虽然目前基因组测序研究已经确定了癌症中的数百万个体细胞变异
图灵基因·2023-10-15 13:55

个人感悟。

基因和疾病的发生息息相关，所以基因测序对人类的健康管理有重要的意义。健康服务部的专家冯老师围绕“基因测序与健康管理”给我们讲解了基因与健康的关系。
龙_兔·2023-10-15 11:53

学习小组Day4

今天的内容如此高大上，小白窝在角落瑟瑟发抖测序测序.png组学分类组学分类.png今天的学习对测序有了方向性的认识，最开心的是弄清楚了二代测序的原理与流程。
小磨人人人人精·2023-10-15 10:59

2022-09-02

单细胞分析揭示肉瘤干细胞层级和发育起源原创骄阳似我图灵基因2022-09-0209:35发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：骄阳似我IF：23.177推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1.本文通过单细胞RNA测序和功能性干细胞分析
图灵基因·2023-10-15 09:58

转录组数据分析在生物医学领域的应用

简介随着第二代测序技术的迅猛发展，其高通量、快速、低成本的特点成为越来越多的生物学研究者在解决生物学问题时的首选，尤其在转录组测序方面更显示出极大的潜力。
荞麦agan·2023-10-15 09:37

C# +.Net C/S架构，在二甲医院全面实际使用三年的LIS系统源码

LIS系统由多个子系统组成，包括样本管理系统、质控系统、检验结果管理系统、报告管理系统等
淘源码d·2023-10-15 07:44

全外显子组测序技术WES简介及结题报告解读

一、外显子组测序技术简介外显子测序是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后，再进行高通量测序的基因组分析方法。外显子组序列仅占全基因组序列的1%左右，与人类85%致病基因突变相关。
Seurat_·2023-10-15 03:25

9月客户文章盘点——累计IF 103.2

客户文章一览凌恩生物以打造国内一流生物公司为目标，在科研测序领域深耕不辍，吸纳多名在生物信息高级技术人员的加盟，参与并完成多个高科技项目。
SHANGHAILINGEN·2023-10-14 23:37

病毒组研究新进展 | 当三代测序邂逅宏病毒组研究

高通量技术的发展为人们获取数据提供了便捷高效的途径，然而，基于短读长测序的NGS技术未能很好的解决复杂微生态群体中病毒组的研究难点——以往的研究手段，人们对病毒基因组数据的获取和组装效果的提升依旧没有更大的突破
SHANGHAILINGEN·2023-10-14 23:37

产品升级！全球尺度下原核基因组关键基因共进化无标题

微生物是群落型的生存方式，高通量测序时代到来后，掀起了针对微生物群落整体研究的高潮，比如基于功能基因/16S/ITS/扩增子、宏基因组等进行群落多样性分析。
SHANGHAILINGEN·2023-10-14 23:37

学习小组DAY7笔记——shoan

测序知识思维导图总结测序知识.png一二三代测序对比image.png数据格式总结Fastq&FastaFastq格式一种基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式,一般都包含有
shoan078·2023-10-14 22:40

基础知识复习之比对

刘小泽写于18.11.30一般我们得到原始数据、质控过滤后，要么进行比对，要么序列拼接。
刘小泽·2023-10-14 17:59

NGS-高通量测序原理学习笔记

学习教程https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI5MTcwNjA4NQ==&mid=2247491455&idx=1&sn=d4fb468c36c56f98eddd6bfa021651f0&chksm=ec0ddaf5db7a53e352053fa913b1eb031c2c4412093a2db78f9f4ae290078c0d397a0c3ca3d4&scene=
jiarf·2023-10-14 17:28

完整的单细胞分析通用流程——质控

质控scRNA-seq数据中的低质量文库可能有多种来源，例如解离过程中的细胞损伤或文库制备失败（例如无效的逆转录或PCR扩增）。
麒麟991·2023-10-14 16:15

B/S架构的C#云检验系统源码 实验室信息管理系统源码

云LIS系统技术架构：ASP.NETCORE3.1MVC+SQLserver+Redis等一、云LIS的基本功能：集齐前处理、检验、报告、质控、统计分析、两癌等模块。检验标本采集：护
淘源码d·2023-10-14 16:01

测序饱和度【cellranger】

前言 单细胞转录组测序技术逐渐的，就像父辈人年轻时，彰显身份的“大哥大”，变成了我们这一代人，人手一部的现代手机，成了很多文章中的“头牌”或是“锦上添花”的部分，就像普通的转录组测序的发展趋势。 
万木春❀·2023-10-14 16:58

TT-seq文献阅读(TT-seq maps the human transient transcriptome)

今天的笔记是关于另一种RNA测序的方法，称为TT-seq。其实这些测序方法在几年前被人们所使用了，但是因为自己并不了解这些知识，所以要慢慢的补起来。
生信start_site·2023-10-14 15:34

亚硫酸盐定序

为了测定甲基化位置，使用亚硫酸盐定序（Bisulfiteconversion）将未甲基化的C置换成U，经NGS测序后，再与原片段进行比对，根据残余的C的位置确定甲基化位点。
yuzaifei11·2023-10-14 14:24

转录组数据分析流程

利用illumina平台进行转录组测序，得到双端测序数据。数据原始格
队长的生物实验室·2023-10-14 14:47

2019汇总之从4个关键词看单细胞与肝癌文献

的单细胞与病毒感染在讲单细胞与肝癌之前，我们先去看一下单细胞揭示正常肝脏细胞特征的分析，该文章于2019年7月发表于***Nature***，研究团队对来自9位人类供体的正常肝脏组织中的大约10,000个细胞进行了单细胞RNA测序
生信宝典·2023-10-14 11:22
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