测序质控第14页

群体遗传学习笔记：NGS结构变异检测原理

随着测序的成本越来越低，测序技术越发先进，除了研究单核苷酸多态性(SNP)。研究者们开始慢慢将目光转向了各位复杂，但是也同样非常常见的结构变异(SV)。

lakeseafly·2023-10-27 06:49

智慧实验室系统云LIS全套源码，满足医院实验室、医院集团、独立实验室、临检中心及其它检验机构的专业化检验需求。

电子化检验信息平台智慧实验室系统云LIS全套源码LIS系统是医院信息管理的重要组成部分之一，集申请、采样、核收、计费、检验、审核、发布、质控、查询、耗材控制等检验科工作为一体的网络管理系统。

淘源码d·2023-10-27 05:09

2021-12-26 测序 TPM

TPM与RPKM和FPKM是相似的，但是其对测序深度和基因长度归一化的顺序不一致，得到的结果也略有差别。Step1:对每个基因的长度进行归一化。

一去二三·2023-10-27 03:46

2021-11-18

2020-05-2610:17某物种基因组被测序后，大部分课题组都会发表一些基因家族分析的文章，此举常常被误解为“灌水”，其实不然，理清基因组内基因家族成员分类组成，是挖掘和物种特性相关的生物学问题的第一步工作

844ed84ba80d·2023-10-27 01:04

用scaffold10x基于10x genomics数据做genome scaffolding

背景介绍在得到初步的组装结果之后，如果手上有10xgenomics的基因组测序数据的话，除了可以用supernova基于10x数据独立组装出一个新版本的基因组外(详见我的往期推送10x基因组数据的组装)

卖萌哥·2023-10-27 01:33

宏基因组，代谢组：高分文章中物种与代谢物相关性热图是怎么画的？

测序行业的蓬勃发展，带来微生物组学日新月异的变化。目前，单一组学的文章不断“贬值”，前沿研究的目光从单一组学逐步拓展至多组学对贯穿分析，即结合多个组学的分析角度，从多个层面阐述生物学机制。

Seurat_Satija·2023-10-26 15:49

【文献解读】cell-发育中的人类心脏的时空、器官范围的基因表达和细胞图谱

通过单细胞RNA测序鉴定的人胚胎心脏细胞类型，证实并丰富了胚胎心脏基因表达的空间注释。然后使用

六博说·2023-10-26 13:45

宏基因组学研究—宏基因组Reads的组装与分类/分箱

1.高通量测序是探索宏基因组学研究的一个工具1.1与参考基因组进行Mapping来重构宏基因组Reads许多微生物未被分离，数据库中无相关信息；利用宏基因组Reads与当前已知数据库进行比较分析，可以对数据产生新的理解

JarySun·2023-10-26 09:10

学习小组Day7--魏东升

想不到测序这么复杂，迷迷糊糊先写个轮廓。其实差的很远，重点知识还是二代测序知识吧，由于样品的浓度不够，所以，需要巢式PCR扩增测序样品，过程非常繁琐。

魏东升_1b7f·2023-10-26 08:06

生信格式之sam、bam

一、sam、bam简介1、samSequenceAlignment/Mapformat，直译就是序列比对格式；序列比对是测序结果分析中最基础的一步操作，它主要基于参考序列信息回答了每条reads来自人的哪条染色体的哪个区域

小贝学生信·2023-10-26 03:59

根据已有序列提纯二三代测序数据

提纯二代数据bwaindexreference.fastabwamem-t10reference.fastaillumina_1.fastqillumina_2.fastq>[email protected]>out.bambedtoolsbamtofastq-iout.bam-fqmito_f1.fq-fq2mito_f2.fq提纯三代数据bwaindexr

马连洼小法师·2023-10-25 23:44

2021-10-01-day7-重点是

国庆节快乐~今天的作业是关于测序知识的。这个我第一天就循着生信星球的文章看过，今天系统看了一下，收获颇多。

重点是·2023-10-25 19:25

人体微生物研究能改善临床肿瘤治疗吗?

利用突破性的DNA测序技术，科学家们确定了数以百万计的基因和成千上万种不同的物种，在我们体内的各种各样的细菌、病毒、真菌和单细胞微生物构成了人体的微生物世界。“微生物群落是一种复杂的代谢器

亨利福特健康·2023-10-25 17:16

RNAvelocity系列教程5：scVelo 的基本知识

首先，scVelo的输入数据是（未剪切）和（剪切）的两个计数矩阵，这些矩阵可以从标准测序协议中获取，如使用velocyto或loompy/kallisto计数管道。

Seurat_Satija·2023-10-25 17:18

关于鼠鱼·说点儿常见的鼠鱼疾病

水质一直是所有饲养热带鱼的朋友们最关注的课题，水质控制得当，养鱼就可以说是成功了一半。最适合鼠鱼的水质，简单的说，pH6.5～7.0，水温23℃～27℃，洁淨且高溶氧的水就非常适合饲养鼠鱼了。

本善001·2023-10-25 15:48

Fastq文件的获取

下安装SRAToolkit工具使用SRAToolkit工具下载SRA数据Fastq文件的获取author:CYH-BIdate:2023.10.25Fastq文件得获取,可以从NCBI获取，也可以自己测序得到结果

CYH-BI·2023-10-25 12:37

转录组之序列剪切（Trimmomatic）[学习笔记通俗易懂版]

2023年7月6号本文知乎地址：https://zhuanlan.zhihu.com/p/642000061在这里我们们先介绍以下为什么需要进行序列剪切；序列剪切（sequencetrimming）是在测序数据分析中的一

CYH-BI·2023-10-25 12:07

现在这三本低分期刊已经对纯生信不友好了

注意：我们所说的纯生信是没有补任何实验和自己的测序数据的。NO.1MedSciMonit，影响因子：2.649，中科

SCI狂人团队·2023-10-25 09:03

关于分区养殖模式

（5）提高水质控制效率。关于分区养殖模式（2目前许多报道的产量大多只给出水槽的产量，很少给出按整个水体计算的平均产量，这是一种严重的误导。

3339144a769b·2023-10-25 05:54

单细胞 RNA 测序揭示与肾透明细胞癌复发相关的巨噬细胞亚群

2021年5月27日，美国哥伦比亚大学欧文医学中心和赫伯特欧文综合癌症中心研究人员在Cell上发表关于与肾透明细胞癌复发相关巨噬细胞亚群研究的文章，该研究采用单细胞RNA测序技术对11位未治疗的肾透明细胞癌

晶典教你玩转科研·2023-10-25 03:56

最完整的人参考基因组

国际人类基因组测序协会在2001年发表了人类基因组草图，今天这篇文献2021年5月27由Telomere-to-Telomere(T2T)发表于bioRxiv，刚好在草图发布20周年之后。。

xiaoji_hb·2023-10-24 22:37

高通量测序中的接头（adapter）到底是什么

首先放一张测序示意图，在DNA片段两端所加的序列即接头序列，也就是我们今天要讲述的主角。

云养江停·2023-10-24 18:52

单细胞预测doublets软件

在做单细胞测序时，常常出现一定比例的doublets,可以通过DoubletFinder去除。

生信编程日常·2023-10-24 07:51

2019-08-26

今天所学习的是关于建库和质控。建库有三种方式进行打断：基因组打断，超声波打断和酶切打断。而酶切打断和超声波打断都属于机械打断。

参错·2023-10-23 20:18

组间差异分析神器-STAMP | 分析技能

在微生态研究中，当我们做完16S或宏基因组测序等多样性测序后，想找出不同处理组之间差异物种或差异基因，一般常用的组间差异分析metastats（只能用于两组之间的差异比较）、LEfSe、秩和检验等。

斗战胜佛oh·2023-10-23 15:27

构建一个近乎完整的植物基因组

shotgunOLC（CELERAassembler）：木瓜、大豆、杨树等早期测序植物。454/IlluminaDBG短序列高深度带来植物基因组组装大爆发，但质量

生物信息与育种·2023-10-23 14:47

2022-04-14

NatBiotech|从DNA片段谱推断基因表达原创榴莲不酥图灵基因2022-04-1407:03收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：榴莲不酥IF=54.908推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：无细胞DNA测序的表观遗传表达推断

图灵基因·2023-10-23 05:17

学习小组Day7——林瑶

一代测序（Sanger测序）：利用双脱氧核苷酸ddNTP去摸索DNA分子二代测序构建DNA文库上样桥式PCR测序名词结构化基因组学（核酸序列分析）转录组学（基因表达分析）蛋白质组学代谢组学Day7.png

瑶_4ff9·2023-10-23 05:18

系统发育常见软件与在线工具合集

1.数据获取1.1测序数据整理DNAstarDNAstar是一个序列编辑和分析的全功能包，其子包Seqman能比对和手动调整Sanger测序文件，操作简单，但默认不解析少量低质量测序结果的测序文件Chromas

张振zz·2023-10-23 01:54

如何用VRay轻松渲染超酷线框图

3Dmax小哥哥·2023-10-23 01:09

用IGV判断NGS链特异性

现在很多人都从NCBI上下载高通量测序的SRA文件重新分析利用，想要更加准确地利用这些数据，首先要明确SRA的特征。测序的目的是一方面，建库的类型是一方面，链特异性也是很重要的一方面。

木制品_1125·2023-10-23 00:49

检测snp和InDel的工具：snippy~可用于检测两条fasta序列之间的变异生成vcf格式文件

github主页对软件的介绍image.png通常利用二代测序数据检测单核苷酸多态性(SNP)和插入缺失（InDels）变异的基本流程是1测序数据与参考基因

小明的数据分析笔记本·2023-10-23 00:47

单细胞测序文章图表复现05—免疫细胞亚群再分类

本文是参考学习CNS图表复现04—单细胞聚类分群的resolution参数问题的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。既然我们根据Cellsweredefinedasnon-immuneifbelongingtoaclusterlowforPTPRC(geneforCD45)的规则，把细胞区分为了免疫细胞和非免疫细胞，详见：我在单细胞天地的教程：是否是免疫细胞很容易区分那是否是肿瘤细胞呢？现在我们就

Seurat_·2023-10-23 00:30

基因组重测序数据分析脚本

~/Process/result/depth.txt将测序深度保存为depth.txt4.

lizg·2023-10-22 06:42

自然语言处理---经典序列模型

它一般以文本序列数据为输入,以该序列对应的隐含序列为输出.什么是隐含序列:*序列数据中每个单元包含的隐性信息,这些隐性信息之间也存在一定关联.举个例子:给定一段文本:"人生该如何起头"我们看到的这句话可以叫做:观测序列我们可以将这句话以词为单位进行划分得到

lichunericli·2023-10-22 05:20

数学建模预测方法集锦

当时间序列的数值由于受周期变动和不规则变动的影响，起伏较大，不易显示出发展趋势时，可用移动平均法，消除这些因素的影响，分析、预测序列的长期趋势。移动平均法简单移动平均法加权移动平均法趋势移动

CTGU_daffodil·2023-10-22 00:34

【RNA structures】RNA转录的重构和前沿测序技术

文章目录RNA转录重建1先简单介绍一下测序相关技术2MaptoGenomeMethods2.1Step1Mappingreadstothegenome2.2Step2Dealwithsplicedreads2.3Step3Resolveindividualtranscriptsandtheirexpressionlevels3Align-de-novoapproaches3.1Step1

丸丸丸子w·2023-10-21 22:02

RNA_seq生物分析学习--RNA-seq介绍

发展历史第四课关于基因的概念第一课课程介绍RNAseq捕获了细胞某一状态下所有的转录信息DNA是静态信息、RNA是动态信息，是某一时刻DNA表达谱的快照课程大纲RNAseq的应用第二课RNAseq技术转录组概念中心法则（高通量测序验证了中心法则是正确的

Drone_xjw·2023-10-21 20:42

FastQC

Fastq文件fastq文件格式fastq文件命名规则Illumina测序仪下机FASTQ命名为(NextSeqCN500下机数据为bcl格式，经过bcl2fastq转化后名称类似)，例如：Samplexx_S53

生信大猫·2023-10-21 17:49

5.单细胞 RNA-seq：质控后相关流程

单细胞RNA-seq聚类工作流程现在我们有了高质量的细胞，我们可以继续后续流程。最终，我们希望对细胞进行聚类并识别潜在的不同细胞类型，但是还有几个步骤需要完成。下面的工作流程示意图中的绿色框对应于QC后采取的步骤，共同构成了聚类工作流程。image聚类流程对于具有信息性的事物，它需要表现出变化，但并非所有变化都具有信息性。我们聚类分析的目标是在我们的数据集中保留主要的变异来源，同时限制由于无意义的

denghb001·2023-10-21 10:09

2019文献汇总 | 单细胞与病毒感染

我的单细胞测序project主要是做炎症相关的单细胞转录分析，在检索paper的过程中，发现有关单细胞测序和病毒相关的文献是很少的，大致统计一下也不过十几篇，追根究底可能有两个方面的原因：（1）我们做感染的还是很穷哒

生信宝典·2023-10-21 09:32

重测序基因组：Pi核酸多样性计算

如何计算核酸多样性Pi本期笔记分享关于核酸多样性pi计算的方法和相关技巧，主要包括原始数据整理、分组文件设置、计算原理、操作流程、可视化绘图等步骤。基因组Pi核酸多样性（Pinucleicaciddiversity）是一种遗传学研究中用来描述种群内核酸序列多样性的指标，通常用π（pi）符号表示。它衡量了在一组生物个体的基因组中，不同核苷酸位置上的多态性水平，这种多样性是通过比较不同个体之间的DNA

生信分析笔记·2023-10-21 04:12

近乎全文翻译：Somatic Evolution in Non-neoplastic IBD Affected Colon

研究人员对来自46个IBD患者的446个结肠隐窝进行了全基因组测序，并将其与他们以前发表的有关正常结肠突变情况的41个非IBD对照的412个隐窝进行了比较。文章发现受炎症性肠病影响的结肠上皮细胞的平

宛廿庚·2023-10-21 03:13

通过 blast 结果查看测序数据fastq是否被污染，以及污染reads所属物种、所占比例

由于NGS测序时混库的原因，我们得到的数据有被其他物种污染的可能，所以当我们拿到测序数据时，如何确定我们的数据是否被污染呢？

风风是超人·2023-10-21 02:57

通过HipSTR 对二代测序（NGS）数据进行短串联重复序列（short tandem repeats，STR）检测

人类基因组DNA有30亿个碱基（bp），其中10%是串联重复序列，称为卫星DNA。按重复单位的长短，又可分为大卫星、中卫星、小卫星和微卫星。STR:短串联重复序列（shorttandemrepeats，STR）也称微卫星DNA（microsatelliteDNA）,通常是基因组中由1~6个碱基单元组成的一段DNA重复序列。STR序列符合孟德尔遗传定律，个体间存在相同的短串联重复序列，但重复的次数在

风风是超人·2023-10-21 02:26

fastp--QC质控参数

Fastpfilteroutbadreads(toolowquality,tooshort,ortoomanyN…)对每一个序列的头部或尾部,计算滑动窗内的质量均值，并将均值较低的子序列进行切除trimallreadsinfrontandtail对所有reads头部和尾部进行裁剪cutadapters.Adaptersequencescanbeautomaticallydetected,which

风风是超人·2023-10-21 02:56

学习小组Day7笔记--lele

主要内容是测序原理和一些数据常见格式。

ELLE0622·2023-10-20 18:24

NBT：快准全！geNomad——宏病毒组鉴定新工具

期刊：naturebiotechnology影响因子：46.9发表时间：2023年9月在测序数据中识别可移动遗传元件对了解其多样性、生态学、生物技术应用和对公共健康的影响至关重要。

SHANGHAILINGEN·2023-10-20 18:52

单端测序 paired-end mate-paired测序的区别

单端测序我的理解就是一条序列测到头paired-end测序正常的illumina测序，如图下mate-paired测序先把基因组打成2-10KB的样子，序列比较长，然后双端修复环化，添加生物素，然后在把环化后的基因

Amelie_ec72·2023-10-20 14:59

空间转录组介绍

今天，就带大家全面了解一下这项新技术——Visium空间转录组测序。为什么要做空间转录组呢？我们

空谷百合花·2023-10-20 11:18

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