测序质控

C# +.Net C/S架构，在二甲医院全面实际使用三年的LIS系统源码

LIS系统由多个子系统组成，包括样本管理系统、质控系统、检验结果管理系统、报告管理系统等
淘源码d·2023-10-15 07:44

全外显子组测序技术WES简介及结题报告解读

一、外显子组测序技术简介外显子测序是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后，再进行高通量测序的基因组分析方法。外显子组序列仅占全基因组序列的1%左右，与人类85%致病基因突变相关。
Seurat_·2023-10-15 03:25

9月客户文章盘点——累计IF 103.2

客户文章一览凌恩生物以打造国内一流生物公司为目标，在科研测序领域深耕不辍，吸纳多名在生物信息高级技术人员的加盟，参与并完成多个高科技项目。
SHANGHAILINGEN·2023-10-14 23:37

病毒组研究新进展 | 当三代测序邂逅宏病毒组研究

高通量技术的发展为人们获取数据提供了便捷高效的途径，然而，基于短读长测序的NGS技术未能很好的解决复杂微生态群体中病毒组的研究难点——以往的研究手段，人们对病毒基因组数据的获取和组装效果的提升依旧没有更大的突破
SHANGHAILINGEN·2023-10-14 23:37

产品升级！全球尺度下原核基因组关键基因共进化无标题

微生物是群落型的生存方式，高通量测序时代到来后，掀起了针对微生物群落整体研究的高潮，比如基于功能基因/16S/ITS/扩增子、宏基因组等进行群落多样性分析。
SHANGHAILINGEN·2023-10-14 23:37

学习小组DAY7笔记——shoan

测序知识思维导图总结测序知识.png一二三代测序对比image.png数据格式总结Fastq&FastaFastq格式一种基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式,一般都包含有
shoan078·2023-10-14 22:40

基础知识复习之比对

刘小泽写于18.11.30一般我们得到原始数据、质控过滤后，要么进行比对，要么序列拼接。
刘小泽·2023-10-14 17:59

NGS-高通量测序原理学习笔记

学习教程https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI5MTcwNjA4NQ==&mid=2247491455&idx=1&sn=d4fb468c36c56f98eddd6bfa021651f0&chksm=ec0ddaf5db7a53e352053fa913b1eb031c2c4412093a2db78f9f4ae290078c0d397a0c3ca3d4&scene=
jiarf·2023-10-14 17:28

完整的单细胞分析通用流程——质控

质控scRNA-seq数据中的低质量文库可能有多种来源，例如解离过程中的细胞损伤或文库制备失败（例如无效的逆转录或PCR扩增）。
麒麟991·2023-10-14 16:15

B/S架构的C#云检验系统源码 实验室信息管理系统源码

云LIS系统技术架构：ASP.NETCORE3.1MVC+SQLserver+Redis等一、云LIS的基本功能：集齐前处理、检验、报告、质控、统计分析、两癌等模块。检验标本采集：护
淘源码d·2023-10-14 16:01

测序饱和度【cellranger】

前言 单细胞转录组测序技术逐渐的，就像父辈人年轻时，彰显身份的“大哥大”，变成了我们这一代人，人手一部的现代手机，成了很多文章中的“头牌”或是“锦上添花”的部分，就像普通的转录组测序的发展趋势。 
万木春❀·2023-10-14 16:58

TT-seq文献阅读(TT-seq maps the human transient transcriptome)

今天的笔记是关于另一种RNA测序的方法，称为TT-seq。其实这些测序方法在几年前被人们所使用了，但是因为自己并不了解这些知识，所以要慢慢的补起来。
生信start_site·2023-10-14 15:34

亚硫酸盐定序

为了测定甲基化位置，使用亚硫酸盐定序（Bisulfiteconversion）将未甲基化的C置换成U，经NGS测序后，再与原片段进行比对，根据残余的C的位置确定甲基化位点。
yuzaifei11·2023-10-14 14:24

转录组数据分析流程

利用illumina平台进行转录组测序，得到双端测序数据。数据原始格
队长的生物实验室·2023-10-14 14:47

2019汇总之从4个关键词看单细胞与肝癌文献

的单细胞与病毒感染在讲单细胞与肝癌之前，我们先去看一下单细胞揭示正常肝脏细胞特征的分析，该文章于2019年7月发表于***Nature***，研究团队对来自9位人类供体的正常肝脏组织中的大约10,000个细胞进行了单细胞RNA测序
生信宝典·2023-10-14 11:22

黑色素瘤的最新研究进展（2021年5月）

随着高通量基因测序技术的发展和对肿瘤分子机制认识的加深，人们发现肿瘤异质性和肿瘤微环境多样性影响了肿瘤的形成、耐药和治疗选择，导致了黑色素瘤患者对同种治疗方法的反应和获益不同。
“泽平科技”公众号24h在线答疑·2023-10-14 11:46

单细胞SRR数据拆分

10X单细胞转录组测序数据的SRA转fastqfastq-dumpSRA转fastq#10xSRR需要加--split-file和--include-technical参数fasterq-dump-O.
Zee_李海海·2023-10-14 09:12

python代码举例说明LSTM

LSTM(LongShort-TermMemory)是一种类型的循环神经网络(RNN)，它用于处理和预测序列数据。LSTM能够记忆长期依赖，因此在自然语言处理和时间序列预测等任务中很常用。
AllyBo·2023-10-14 02:20

跟着Nature Genetics 学画图：R语言ggplot2散点图展示PCA结果

Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png这篇论文的数据是公开的，代码也公开了一部分，那我们就可以按照他的代码来学二代测序的数据分析啦今天我们来学习一些论文中
小明的数据分析笔记本·2023-10-14 01:23

高通量测序中的read、contig和scaffold的关系

高通量测序平台产生的序列就称为reads。2.什么是Contig？拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig（重叠群）。3.什么是Scaffold？
一只烟酒僧·2023-10-14 00:41

miRNA测序数据生信分析——第四讲，未知物种的生信分析实例

miRNA测序数据生信分析——第四讲，未知物种的生信分析实例miRNA测序数据生信分析——第四讲，未知物种的生信分析实例1.下载测序数据2.原始数据质控——软件fastqc3.注释tRNA和rRNA，使用
彼岸花128·2023-10-13 23:09

miRNA测序数据生信分析——第一讲，总结概述

miRNA测序数据生信分析——第一讲，总结概述miRNA测序数据生信分析——第一讲，总结概述1.miRNA提取建库测序2.miRNA的生物学功能3.miRNA的生信分析模块3.1miRNA鉴定3.2miRNA
彼岸花128·2023-10-13 20:26

miRNA测序数据生信分析——第三讲，已知物种的生信分析实例

miRNA测序数据生信分析——第三讲，已知物种的生信分析实例miRNA测序数据生信分析——第三讲，已知物种的生信分析实例1.下载测序数据2.原始数据质控——软件fastqc3.注释tRNA和rRNA，使用
彼岸花128·2023-10-13 20:26

原始数据不仅有GEO, 还有ArrayExpress！

和GEO数据库类似，ArrayExpress是属于EBI旗下的公共数据库，用于存放芯片和高通量测序的相关数据，网址如下>https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/数据来源于下图所示的两个部分第一部分是由科研工作者提交的数据
生信修炼手册·2023-10-13 20:25

tcga数据下载_给你tcga数据库过万病人的原始测序数据你可以做什么

最近有两年前的学生过来寻求合作，让我想想给我tcga数据库过万病人的原始测序数据，我可以做什么方法学的创新。我想把这个问题抛给粉丝：假设给你tcga数据库过万病人的原始测序数据你可以做什么？？？
weixin_39767513·2023-10-13 20:55

生信学习笔记：生物信息学测序分析基本流程入门笔记

常用序列拼接软件基因组污染分析RNA-seq与meta序列拼接基因功能注释非编码RNA小RNA共线性分析在线序列分析序列比对数据下载前言根据B站视频教程生物信息快速入门边自学边随手记的笔记，省略了开头几节测序原理以及数据质控
twocanis·2023-10-13 20:54

RNA-seq生信分析流程

RNA-seq生信分析流程RNA-seq是近些年发展起来的针对转录组的测序技术，其能够获得mRNA、smallRNA以及各种非编码RNA的序列。
wangchuang2017·2023-10-13 20:54

文献学习笔记丨转录组表达数据的生信挖掘研究

基因的表达是一个非常重要的过程，转录组测序是检测基因表达的技术，本篇文献对转录组分析流程和数据分析方法进行介绍。
生信分析笔记·2023-10-13 20:48

miRNA测序数据生信分析——第二讲，数据库下载整理

miRNA测序数据生信分析——第二讲，数据库下载整理miRNA测序数据生信分析——第二讲，数据库下载整理1.Rfam数据库1.1Rfam数据库——简单概述1.2Rfam数据库——下载整理：两种情况1.2.1
彼岸花128·2023-10-13 20:46

全基因组测序——壹.简介

技术原理实验流程实验流程分析流程分为以下6部分：原始测序数据的质控read比对，排序和去除重复序列Indel区域重（“重新”的“重”）比对碱基质量值重校正变异检测变异结果质控和过滤数据分析流程流程的具体形式其实是次要的
oddxix·2023-10-13 16:27

寻找ceRNA机制 构建关系网络

通过高通量测序或者芯片我们可以找到几百上千个差异表达的lnc/circRNA、mRNA、miRNA。每个分子都可能通过该机制发挥作用。
纪伟讲测序·2023-10-13 15:55

ChIP-seq基本分析流程

ICGC、ProteinAtlas等数据库的使用,前面已经分享过，链接如下：UCSCXENA-集大成者(TCGA,ICGC)ICGC数据库使用TCGA数据库在线使用下面步入正题，这套流程从ChIP-实验、测序注意事项
生信宝典·2023-10-13 11:28

二代测序文库构建-概述与挑战（1）

高通量测序又称NGS，重新定义了基因组学研究。近年来，NGS技术稳步发展，伴随着成本下降以及测序应用呈指数增加。
Juan_NF·2023-10-13 03:49

2022-02-07

空间蛋白组图谱揭示进化保守的肝脏巨噬细胞群落原创风不止步图灵基因2022-02-0707:03收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：风不止步IF=41.582推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：文章结合单细胞CITEseq、单核测序
图灵基因·2023-10-13 01:51

Paper_4: 转录编程决定了尤因肉瘤肿瘤内异质性（单细胞水平）

Highlights对EWSR1-FLI1基因融合导致的尤因肉瘤的细胞系进行了时间分辨的单细胞转录组测序EWSR1-FLI1融合癌基因高度特异的转录特征尤因肉瘤中转录组水平异质性的来源EWSR1-FLI1
TOP生物信息·2023-10-12 19:32

求臻医学揭示有毒重金属暴露致癌的潜在基因组畸变机制

该研究基于求臻医学纳入的近百例肺癌和结直肠癌患者，利用求臻医学ChosenOne® 泛癌种基因检测方案对其肿瘤DNA进行基因测序，同时测定血浆中有毒重金属元素（包括砷、铬、镉、汞和铅）的浓度。
求小臻·2023-10-12 19:09

2021-12-17

单细胞RNA测序和多重免疫荧光分析显示，p-ER
图灵基因·2023-10-12 14:22

生信知识补充

目前研究转录组的方法主要三种：（1）基于杂交技术的cDNA芯片和寡聚核苷酸芯片；（2）基于sanger测序法的SAGE(serialanalysisofgeneexpression)、LongSAGE和
Bio_Learner·2023-10-12 05:10

生信技能-高通量测序工具bam、samtools、bedtools及conda的下载和安装

详情：baw是一款将序列比对到参考基因组上的软件，用于高通量测序数据处理，包含了BWA-backtrack、BWA-SW、BWA-MEM三种算法：1、BWA-backtrack：适合比对长度不超过100bp
weixin_43664814·2023-10-12 04:11

《事情的两面性》读书笔记

这是质控不足的表现吗？你信控制不了潜意识这么做可以改善这种情况。比如做一些事情来正讲这是很多人的感受，他们对自己明知故犯的错误感到很愧疚，不想原谅自己。
dear心理咨询师黄倩雯·2023-10-12 02:41

医院检验科LIS系统源码，oracle数据库、报告管理、质控管理

LIS（全称LaboratoryInformationManagementSystem），是专为医院检验科设计的一套实验室信息管理系统，能将实验仪器与计算机组成网络，使病人样品登录、实验数据存取、报告审核、打印分发，实验数据统计分析等繁杂的操作过程实现了智能化、自动化和规范化管理。有助于提高实验室的整体管理水平，减少漏洞，提高检验质量。HIS和LIS以及PACS是医院信息系统中重要的三大部分。HI
源码技术栈·2023-10-11 18:12

GEO数据挖掘（一）下载SRA库原始测序数据

这些困扰都可以通过挖掘SRA数据库的测序数据来解决，例如通过检索整理高分文章的热点基因、下载其原始数据进行深度挖掘分析、再辅助湿实验进行验证，便是一套简单完整的生信研究思路。
ee00dc6faab7·2023-10-11 16:35

PE测序中read1与read2关系

PE测序中read1与read2关系1、前言2、插入片段与PE测序的3种关系3、插入片段不测通时PE_reads间关系（1）fq中的reads（2）bam中的reads（3）IGV中的reads参考文件
S_AGZX·2023-10-11 08:35

转录组测序原理

spm_id_from=333.788.videocard.0定义而转录组测序即是利用高通量测序技术，将细胞或组织中的全部或部分mRNA,miRNA,lncRNA进行测序分析的技术。
Peng_001·2023-10-11 04:32

新冠变种病毒Delta，正在酝酿一次全球风暴

经过基因测序后发现，所有人感染的都是新冠肺炎的最新变种毒株-Delta德尔塔。Delta变种病毒是什么？
希奥并不在乎时间·2023-10-10 20:35

区域云LIS平台源码：基层医疗机构的“云端检验科”

功能齐全，集齐前处理、检验、报告、质控、统计分析、两癌等模块。私信了解更多！
淘源码d·2023-10-10 18:43

宏转录组测序数据菌株层面的分析软件总结

2022年的最后一周，为大家分享一下最近分析meta-transcriptome数据的一些心得吧。首先需要说明一点，我做的是菌株层面(StrainLevel)的数据分析，Strainlevel是Specieslevel的下一层级的分类；而宏基因组/宏转录组涉及到菌株分析的内容，主要包括三块：SNPCalling,就是找SNP的意思啦，找出菌株的变异位点，除了SNP，有些软件还能做CNV呢Decon
Candle_light·2023-10-10 18:10

专栏十二：单细胞空间转录组四种常见的不同整合pipline

单细胞基本的处理流程1.去双细胞（各样本单独去）2.合并各样本质控，也可以分别质控3.标准化归一化与整合基本的处理方法包括1.normalize+anchor（CCA）2.normalize+harmony3
18kkk·2023-10-10 18:38

重测序分析

重测序：是对已对已知基因组的物种进行测序，去挖掘不同个体和群体之间的差异性。重测序分析内容：SNP，INDEL,SV,SNV进化分析，群体结构：LD,FST分析数据和流程。
每天都想睡觉的阿源·2023-10-10 13:41

C++ 设计模式-单例模式

2.单例模式的本质控制实例的数目3.单例模式的结构和说明(1)结构Singleton:负责创建Singleton类自己的唯一实例，并提供一个getinstanceI的方法，让外部来访问这个类的唯一实例。
A鱼翔浅底A·2023-10-10 10:20
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