生物信息学ATAC 第12页

转录组不求人系列(十三): GO、KEGG富集个性化作图

setwd("F:/生物信息学")A<-read.csv("GO.csv"

KS科研分享与服务·2023-02-16 22:48

R数据可视化|图形初阶（上）

在生物信息学中常常会用到R语言来绘制图形以实现数据可视化，本文主要通过plot()高级绘图函数来介绍R语言绘图的基础知识。

卡尔文不循环·2023-02-07 05:10

35.《Bioinformatics Data Skills》之生物信息文本处理利器bioawk

作为表格文本处理命令awk的延伸，HengLi开发了专门处理生物信息学的文件（例如bed,sam,vcf,gtf等）的命令bioawk，我们了解一下。

DataScience·2023-02-07 04:05

38.《Bioinformatics Data Skills》之命名管道与进程替换

生物信息学的程序中这种情况实际是比较常见的，假如说程序program需要2个输入与2个输出，那么其会产生4个中间结果。

DataScience·2023-02-04 01:45

TCGA官网下载和TCGAbiolinks下载的文件数量竟然不一样？

主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。

医学和生信笔记·2023-02-03 20:28

1行代码提取6种TCGA表达矩阵和临床信息

主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。

医学和生信笔记·2023-02-03 20:27

10X单细胞免疫图谱分析汇总

相比较单细胞转录组，ATAC和VDJ的文章相对较少，当然了，分析起来也没有单细胞转录组那么容易，所以就导致了一般大家做单细胞都是3端转录组，ATAC和VDJ一般不考虑，不考虑不代表不重要，只是ATAC和

Evil_Genius·2023-02-03 00:53

2019年8.24-26“生物信息分析”暑期班（转录组）线下培训通知

为了满足高校学生深入学习生物信息分析知识、掌握最新的生物信息分析技术及积累更多实战经验的需求，浙江省生物信息学学会、中关村华康基因研究院主办的2019“生物信息学”暑期班（转录组）线下培训将在2019年

华康基因·2023-02-02 21:01

陈宏智：字节跳动自研万亿级图数据库ByteGraph及其应用与挑战

file导读：作为一种基础的数据结构，图数据的应用场景无处不在，如社交、风控、搜广推、生物信息学中的蛋白质分析等。如何高效地对海量的图数据进行存储、查询、计算及分析，是当前业界热门的方向。

DataFunTalk·2023-01-31 21:46

生物数据库开发工具GMOD全家桶

生物信息学应用程序和数据库大量产生，但其中许多工具很少使用，因为用户可能缺乏将工具连接到他们数据所需的资源或专业知识。GMOD通过提供存储数据的方法和一整套用于操作该数据的工具来填补这一空白。

Bioinfarmer·2023-01-31 18:20

干货 | 一文教会你如何分析ATAC-seq数据

哈喽大家好，好久没有跟新啦，小编最近面临博士三年级毕业的压力，所以公众号都没时间打理了，不过偶尔还是能看到有人关注我的公众号或者留言，还是很受鼓舞哒~所以还是想抽时间将之前学的ATAC-seq数据分析的代码分享给大家

拾柒Zzz·2023-01-31 13:00

aws的EMR搭建Hadoop集群

AmazonEMR可用于各种应用程序中，包括日志分析、Web索引、数据仓库、机器学习、财务分析、科学模拟和生物信息学。具体的功能特性可以直接到官网查阅。

m0_61022194·2023-01-30 15:44

混学历month2

学习方面，看了一些文献，get组会文献分享技能（感觉大家都挺水的，嘘）实用生物信息学好麻烦呀，写代码就算了，无图标Linux真的有毒，我记不清文件在哪儿呀。

莱莱_·2023-01-29 14:09

A paper A Week-2021-12-27

大家好，本周给大家分享的是一篇2020年9月17日发表在naturecommunication上使用ATAC-seq实验数据探究牛胚胎染色质重塑表明基因组激活的物种特异性调控的文章。

ZMQ要加油呀·2023-01-29 11:34

2020-08-14软件安装（生信Linux)篇三

mod=viewthread&tid=856&fromuid=9434（生信技能树-生物信息学常见1000个软件的安装代码！）只作为下参考。

c4d82bfede08·2023-01-29 07:13

采访感悟

采访时间：2019年7月31日星期三采访地点：安徽微分基因科技有限公司三楼会议室采访人：杨梦蝶被采访人：聂志超（微分基因生物信息学专家）杨：老师，您好。

赢韶涵·2023-01-29 03:34

中国科学院陈润生院士莅临百诺，对百诺大健康产业布局频频点赞

陈润生院士是我国最早从事理论生物学、生物信息学以及非编码RNA研究的科

生信步道·2023-01-27 23:16

安利我的毕业论文-关于生物信息学分析、多组学分析、机器学习的应用

研平方·2023-01-26 18:47

R语言基础作业

[1]"F:/生物信息学/技能树/生信技能树/3天课程资料/1.R/02-plots"2、建立6个向量，基于不同的原子类型a<-c(1,2,3)b<-c(z,c,b)c<-c("susahn","nimakl

民先生·2023-01-26 12:53

【bioinfo】生物信息学——代码遇见生物学的地方

生物信息学包含了我最喜欢的三门学科：生物学、计算机科学和数学。但是如果突然问起，什么是生物信息学，我还是无法给出一个让自己满意的答案。于是便有了这篇博客。

weixin_33877092·2023-01-21 10:06

数据挖掘 and 生物信息学之旅

目录前言：生物信息学历史生物信息学主要应用数据挖掘和生物信息学的关系前言：我的生物信息学之旅始于一位导师的指引。

heart_6662·2023-01-21 10:04

DNA和RNA修饰的鉴定和编辑技术前沿综述（全文翻译版）

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-01-21 10:31

积微论坛--用微生物组时序数据重现生物膜装配动态过程PPT对应的讲解和提问

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-01-21 10:31

如何自学生物信息学：从菜鸟到专家

一、生物信息学：源起人类基因组计划（HumanGenomeProject，HG

简佐义的博客·2023-01-20 13:49

生物信息学主要研究方向

生物信息学主要研究方向生物信息学利用应用数学、信息学、统计学和计算机科学的方法研究生物学的问题。目前的生物信息学基本上只是分子生物学与信息技术（尤其是因特网技术）的结合体。

weixin_30439031·2023-01-20 13:13

生物信息学简史

生物信息学简史2018-08-15,7127words,26minread前几天看到Briefingsinbioinformatics发了一篇文章介绍生物信息学发展历史。

wangchuang2017·2023-01-20 13:13

life science 研究领域之生物信息学

lifescience研究领域之生物信息学不读名校吗2018-08-0217:35点击标题下「bangbangacademy」可快速关注No.1生物信息学什么是生物信息学生物信息学（Bioinformatics

wangchuang2017·2023-01-20 13:43

【生物信息学】现在及未来，学习规划及入门

1.关于生物信息学生物信息学大家并不陌生，但自己好像从未思考其来源和本质，最近在读到有关书籍中有如下介绍：Bioinformaticsisaninterdisciplinaryfieldthatdevelopsmethodsandsoftwaretoolsforunderstandingbiologicaldata.Asaninterdisciplinaryfieldofscience

爱做饭的电饭煲·2023-01-20 13:11

肿瘤（Oncology）生物信息学分析简介

肿瘤（Oncology）生物信息学分析简介肿瘤简介肿瘤是临床上患者死亡最常见的原因，是发生在机体某个系统多个器官、某个器官多个系统，或者这两种情况共同存在的一种复杂的疾病。肿瘤分为良性肿瘤和恶性肿瘤。

荞麦agan·2023-01-20 13:34

生物信息学的发展与未来

1.发展历史今天我们大部分人认为，现代生物信息学是最近出现的，有利于下一代测序数据分析。然而，生物信息学的起源发生在50多年前，当时台式计算机仍然是一个假设，DNA还不能测序。

Bioinfor 生信云·2023-01-20 13:32

【数学建模/数据分析论文写作】图表制作 | 数据可视化常用工具整理

致力于生物信息学/医学图像分析等领域，对计算机方向的特别友好~网址跳转：①http://sangerbox.com/Tool②http://vip.sangerbox.com/home.html派森诺基因云很多很多

RickieLim·2023-01-18 00:23

送书《R语言数据分析和可视化》 | 这个为生信学习和生信作图打造的开源R教程真香！！！...

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-01-17 09:41

Bioinformatics|MGPLI：探索蛋白质-配体相互作用预测的多粒度表示

Bioinformatics|MGPLI：探索蛋白质-配体相互作用预测的多粒度表示最近搞了个公众号《AIandBioinformatics》介绍应用于生物信息学的人工智能算法和研究进展，以及网络表示学习算法研究

Struggle~·2023-01-16 09:38

anaconda 删除环境_Anaconda：解决你装包的烦恼

生物信息学的日常就是利用五花八门的工具和各种各样的数据打交道，很多时候需要在命令行安装软件或者包。

weixin_39960147·2023-01-14 14:11

IB生物笔记：Structure and function of organelles

OptionalTopics包括∶神经与行为学，生物科技与生物信息学，生

IB_course·2023-01-13 13:02

ATAC-seq分析：数据处理（5）

1.子集划分我们可能希望将比对的读数分成代表核小体游离和核小体占据的读数。在这里，我们通过使用插入大小来过滤读取，为代表无核小体、单核小体和双核小体的读取创建BAM文件。atacReads_NucFree 180 & insertSizes 315 & insertSizes 学习目录更多教程->转录组测序分析教程合集更多教程->单细胞系列教程：合集本文由mdnice多平台发布

冷冻工厂·2023-01-12 13:14

MATLAB | 如何使用MATLAB绘制序列logo图

这次开发了一个生物信息学比较常用的序列logo图绘制MATLAB代码包，绘制效果如下：数据来自基迪奥生物项目编号为seqlogojrois9l2jit的示例数据。

slandarer·2023-01-11 19:37

生物信息学_序列比对（一）序列比对概述

比较是科学研究中最常见的研究方法之一，通过比较寻找研究对象可能具备的某些特征和特性。序列比较的理论基础是进化学说：如果两个序列之间具有足够高的相似性，那么两者可能是共同的进化祖先经过序列内残基的替换，残基或序列片段的缺失或插入以及序列重组等遗传变异过程分别演化而来。序列比较的目的主要有两点：根据相似性通过已知序列来预测未知序列的结构和功能推断序列之间的同源性，推测进化关系相似性同源性任意两条序列都

金石就好·2023-01-11 08:57

知识图谱-生物信息学-医学论文(BMC Bioinformatics-2022)-挖掘阿尔茨海默病相关KG来确定潜在的相关语义三元组用于药物再利用

论文标题:MiningOnAlzheimer’sDiseasesRelatedKnowledgeGraphtoIdentityPotentialAD-relatedSemanticTriplesforDrugRepurposing论文地址:https://arxiv.org/pdf/2202.08712论文期刊:BMCBioinformatics20229.(2022.2.17)BMCBioinf

Cheng_0829·2023-01-10 09:01

R 语言 4.2.2安装 WGCNA

文章目录1WGCNA库介绍2安装踩坑还得是官方文档这样安装我出现的问题参考AppendixA.安装RB.配置环境C.修改镜像1WGCNA库介绍WGCNA是用于加权相关网络分析的R包，相关网络越来越多地用于生物信息学应用加权基因共表达网络分析是一种系统生物学方法

LiQiang33·2023-01-09 19:31

ATAC-seq数据分析流程

Outline0.ATAC-seq原理0.1染色体结构0.2原理0.3结果0.4意义1.ATAC-seq数据分析流程1.1上游分析（1）序列质控和比对（2）序列筛选（3）Shiftingreads（4）

小木亘·2023-01-09 17:17

CHIP-seq流程学习笔记（13）-ATAC_seq 数据加工处理

今天第一次尝试处理ATAC_seq数据，希望能尽快做完吧。

垚垚爸爱学习·2023-01-09 17:17

ATAC-seq技术原理简介

ATAC-seqATAC-seq(AssayforTransposase-AccessibleChromatinusingsequencing)isatechniqueusedinmolecularbiologytoassessgenome-widechromatinaccessibility

whereis redhat·2023-01-09 17:17

ATAC-seq数据分析（一）

1.下载需要的SRR数据选择符合要求的数据（具体要看论文，这篇论文就提到了有的ATAC数据和RNA数据没有pass）,选择完数据后点击AccessionList，会得到SRR_Acc_List.txt2

hyena_7·2023-01-09 17:46

【生物信息学】ATAC-seq流程及代码分析、复现文章

1:ATAC-seq的定义及用途whatisATAC-seq全称是AssayforTransposase-AccessibleChromatinsequencing即借助Tn5转座酶对开放染色质区域进行高通量测序主要原理

爱做饭的电饭煲·2023-01-09 17:16

一般的ATAC-seq数据分析流程图

step1：质控step2：比对step3：峰的召回step4：峰的注释step5：差异分析step6：其他的分析，包括：基序分析、通路分析、核小体占据率分析、和其他组学分析的整合

hj99_·2023-01-09 17:15

ATAC-seq原理与步骤

ATAC-seq,英文全称AssayforTargetingAccessible-Chromatinwithhigh-throughoutsequencing。用于研究染色质可及性/开放性的方法。

科研小行星·2023-01-09 17:15

ATAC-seq学习记录

ATAC-seq意义为何同样DNA序列的细胞的表型会不同，为何肝细胞是肝细胞，神经细胞是神经细胞？是什么造成了他们生产蛋白不同，决定蛋白生成的RNA不同呢？原因可以用表观遗传来解释。

bannerDr·2023-01-09 17:15

多组学-ATAC-seq-概念

ATAC-seq:（AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing）是美国Stanford大学WilliamGreenleaf

bannerDr·2023-01-09 17:45

ATAC seq

Waddington表观遗传景观首先，我想借助Waddington在1957年提出的表观遗传景观阐释生命科学研究中转录和表观的联系，而在发育生物学中，我们常用这一套理论描述基因调控下细胞分化的动态规律。小球在位于山的最高点，代表其为胚胎干细胞，分化能力最强，状态也最不稳定。小球下行的过程就类似于细胞分化的过程，而山上形成的各种峰和谷会对小球下行的轨迹产生影响。小球抵达盆地时，即形成比较稳定的细胞状

zhengxj_·2023-01-09 17:14

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