生物信息学ATAC 第8页

生物信息学：bedGraph文件、Bed文件转、BAM文件转化

目录引言bam文件bed文件bedGraph文件R语言和linux实现从bedgraph到bam的转化从bedgraph到bedgenome.size.txtbed转bam引言BamBedbedGraph是保存测序数据的常用格式。在GEO数据库的文件中，很多都是用bed、bedgraph储存的，如何转变为更为下层的bam呢？，这里说一下如何从bedGraph转化成bam文件。bam文件第一列：QN

茅逗逗·2023-08-14 06:32

概率图模型（Probabilistic Graphical Model，PGM）

它可以用来表示复杂的概率分布，进行有效的推理和学习，以及解决各种实际问题，如图像处理，自然语言处理，生物信息学，社会网络分析等。概率图模型有两大类：有向图模型和无向图模型。

子燕若水·2023-08-13 19:24

生信＋实验：最全单基因研究套路总结

我们可以使用生物信息学的方法分析基因在肿瘤中参与的生物过程和行使的功能。本文主要介绍单基因生信分析的思路。

Seurat_Satija·2023-08-12 06:37

动态规划之斐波拉契数列模型

斐波拉契数列模型1.第N个泰波那契数2.三步问题（easy）3.使⽤最⼩花费爬楼梯（easy）4.解码⽅法（medium）动态规划的介绍：动态规划是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的

ly@눈_눈·2023-08-12 03:45

Chip-seq学习记录

关于概念问题，很重要第1篇：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同https://mp.weixin.qq.com/s/gLcNZkzzQI4AvZs-0DgG5Q流程image-20191014150758466ATAC

小梦游仙境·2023-08-10 11:11

计算机专业生物信息方向博士,我是这样拿到宾大生物信息学全奖博士offer的

一、学生基本条件学生：H同学毕业院校：北京某211&985院校专业：生物信息学GPA：3.6+TOEFL：105+GRE：320+二、学生优劣势分析优势：学生本科来自院校，国内外知名度都很高，且绩点不错

weixin_39715926·2023-08-07 20:12

生物信息学三大数据库NCBI-ENSEMBL-UCSC

目的是通过提供在线生物学数据和生物信息学分析工具来帮助人类更好的认知生物学问题。目前有将近40个在线的文库和分子生物学数据库，包括：PubMed,PubMedCentral,a

hyena_7·2023-08-07 15:17

生物信息学与功能基因组学（2）

最讨厌周一轮休了，首图不开门，在家里果然不能有效率的学习！该如何保持学习的热情呢？二代测序数据的分析二代测序数据的分析.png

顺昕如意·2023-08-07 13:43

10X单细胞核转录组 + 10X单细胞ATAC的联合分析（WNN）

hello，大家好，最近呢，10X单细胞核转录组+10X单细胞ATAC的多组学测序技术日渐成熟，因为这样技术同时可以获得一个细胞表达的转录组信息和ATAC的信息，所以很多学者和公司开始关注和推广这项技术

单细胞空间交响乐·2023-08-07 11:44

单细胞分类和预测任务

对于分类和预测任务，在生物信息学领域有一些常用的方法和工具可以使用。

来份芒果布丁·2023-08-07 05:41

ArchR分析scATAC-seq数据(1)-基础入门

1.1ATAC-seq术语介绍"fragment"是ATAC-seq实验中的一个重要概念，它指的是通过Tn5转座酶对DNA分子进行酶切，然后经由双端测序得到的序列。

夕颜00·2023-08-04 13:50

2022-10-13

2022大数据、计算机与人工智能国际会议（ICBDCAI2022）征稿主题人工智能与技术自然语言处理计算机视觉生物信息学机器人及相关领域专家系统多代理系统语音理解知识工程分布式智能处理并行和并行处理智能数据库系统有监督和无监督学习神经网络理论与结构硬件实施模糊逻辑模糊优化模糊控制用文字进行模糊计算进化算法理论渐进式设计进化调度和优化粗糙集理论

论文小天才·2023-08-03 17:19

mirRNA与lncRNA研究策略

Ray钱·2023-08-01 12:42

高通量数据中批次效应的鉴定和处理 - 系列总结和更新

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述

生信宝典·2023-07-31 14:44

左手靶向基因，右手组学结合 — 多维发展的10x Genomics单细胞转录组

最近，10xGenomics公司又陆续推出了靶向基因表达和单细胞ATAC+基因表达等新产品。这些解决方案将助力基于单细胞转录组测序的研究延伸到更高的深度和更广的层面。靶向基因表达：

贝瑞科服·2023-07-30 07:57

生物信息学

生物信息学是一个跨学科的领域，开发方法和软件工具来理解生物数据。生物信息学结合了计算机科学、生物学、数学和工程学来分析和解释生物数据，并已被用于计算机分析生物查询和使用数学和统计技术。

纵横生长·2023-07-29 08:00

2021-08-02 M6A 相关生物信息学分析表明 HNRNPC 通过 EMT 促进 OSCC 的进展

1627897422(1).png越来越多的证据表明N6-甲基腺苷(m6A)在癌症进展中起着至关重要的作用。因此，我们旨在探索m6A相关基因在口腔鳞状细胞癌(OSCC)中的预后相关性。首先，从癌症基因组图谱（TCGA）下载表达谱，然后提取m6A相关基因。然后，使用聚类分析和主成分分析（PCA）分析m6A相关基因。差异表达分析在R软件中进行。此外，构建了风险模型，并选择了关键的m6A基因来探索其在O

卅衣·2023-07-28 22:14

PSP - 使用 MMseqs2 工具快速搜索蛋白质序列数据库 (GMGC)

https://spike.blog.csdn.net/本文地址：https://spike.blog.csdn.net/article/details/131934642MMseq2是非常强大和高效的生物信息学软件

SpikeKing·2023-07-28 18:41

开展“稳健”的生物信息学研究的9个要点

稳健的研究在很大程度上是采取一系列方案，这些方案共同累积了可靠度，我们的目的是防止“无声”的错误混淆结果。01重视实验设计稳健的研究始于良好的实验设计。不幸的是，再多精彩的分析也救不了一个设计糟糕的实验。我见过项目落在我的桌子上准备进行分析，花了数万元测序，但当数据放在这时，其实已经完全“死”了。无论如何，在实验结束后，我们都无法挽救设计糟糕的实验。大多数统计学入门课程和书籍都涵盖了实验设计中的基

沈博士·2023-07-28 07:50

文献阅读记录--单细胞分辨率下的玉米顺式调控图谱

Acis-regulatoryatlasinmaizeatsingle-cellresolution关键词：chromatin；single-cell；epigenomics；maize；generegulation；ATAC-seq

chengchengSY·2023-07-28 00:18

4 篇 NAR | 生物大数据时代，如何做好数据管理和再利用，发IF10+的数据库文章？...

生物信息分析离不开数据资源和数据库，生物信息学数据库分类概览(第一版)系统梳理了常用功能数据库。

生信宝典·2023-07-27 10:38

生物信息学_玉泉路_课堂笔记_03 第三章多序列比对与系统发生树构建

课程：生物信息学_玉泉路_课堂笔记中科院_2022秋季课第一学期个人笔记使用2023/7/6一、多序列比对简介1.1简介1.2多序列比对方法1.2.1启发式：渐进法1.2.2软件ClustalW/X1.2.3

rookie_coder_996·2023-07-26 07:49

生物信息学_玉泉路_课堂笔记_07 第七章转录组学：基因芯片及RNA_sep数据分析

第七章转录组学：基因芯片及RNA_sep数据分析大部分是可以转录的大概70-80%可Rna从此区域出来的rna来看编码基因只占据很小的一部分2%左右更多的区域转录出来的是非编码rna转录组学的测序方法基因芯片+RNA-sep基因芯片只是了解思想重点是RNA-sep第一节基因表达芯片数据分析1.1基因芯片概述芯片很小探针对应的序列是已知的同时检测几百万个，所以说是高通量的结合之后会有荧光信号芯片数据

rookie_coder_996·2023-07-25 22:52

生物信息学_玉泉路_课堂笔记_05 第五章从头基因组组装与注释

课程：生物信息学_玉泉路_课堂笔记中科院_2022秋季课第一学期个人笔记使用2023/7/20上周回顾从头基因组组装与注释第一节基因组调查最左边的error-peak是测序错误导致的杂合导致的峰重复序列在纯和峰值的右边

rookie_coder_996·2023-07-25 22:20

生物信息学_玉泉路_课堂笔记_06 第六章基因组学：遗传变异分析以及FGWAS

课程：生物信息学_玉泉路_课堂笔记中科院_2022秋季课第一学期个人笔记使用2023/7/21课程回顾第六章基因组学：遗传变异分析以及FGWAS第一节SNP与Indel的鉴定与分析基本概念参考基因组和基因组变异基本概念胚系突变与体细胞突变基本概念纯合杂合常见的遗传变异的类型为什么研究遗传变异

rookie_coder_996·2023-07-25 22:20

随笔 | 为什么不要在课堂上睡觉

这个学期，我开了一门研究生课《园艺植物生物信息学实践》。我没有对外宣传，主要是课程第一次开，从课程设计到课程内容，全是“原创”。质量无法完全保证，所以暂时不想让太多人过来。

生信石头·2023-07-25 18:42

fasta和fastq格式文件的shell小练习

www.jianshu.com/p/d10a85f21889http://ddrv.cn/a/185067http://www.huanyujianshe.com/p/41b8c87ab9c5这个是有机结合生物信息学的

vicLeo·2023-07-25 18:00

探索miRNA与IncRNA的生物信息工具及数据库

miRNA的生物信息学资源：miRNA数据库1miRNA数据库2miRNA数据库3IncRNA的生物信息学资源：IncRNA数据库1IncRNA数据库2miRNA与IncRNA虽然都是非编码RNA,但是它们对于调控细胞的发育与探索疾病作用机制有着非常重要的作用

米妮爱分享·2023-07-25 08:22

Docker封装生物信息学甲基化流程

CpGCHGCHH含义p代表磷酸二酯键，CpG指的是甲基化的C的下游是1个G碱基。H代表除了G碱基之外的其他碱基，即A,C,T中的任意一种，CHG代表甲基化的C下游的2个碱基是H和G,CHH表示甲基化的C下游的两个碱基都是H。Bismark运行原理：Bisulfite将序列正负链的C全部转换为T，所以也要将基因组序列进行转换。基因组正负链转换很特别。基因组的正链C->T，才能匹配原正链的reads

儒雅随和王小板·2023-07-24 14:08

Trim Galore ——自动检测adapter的质控软件

批量跑完了20个数据的ATAC-seq流程，结果发现样本的比对率参差不齐，有的能达到80-90%，有的

六六_ryx·2023-07-23 17:15

PSP - Jackhmmer 搜索 EMBL 序列数据库的相似序列

spike.blog.csdn.net/article/details/131817060EMBL(EuropeanMolecularBiologyLaboratory，欧洲分子生物实验室)：EMBL数据库是一个由欧洲生物信息学研究所

SpikeKing·2023-07-22 18:15

宏转录组方法_中山大学医学院施莽教授学术讲座：宏转录组方法在病原生物学领域的应用...

宏转录组方法在病原生物学领域的应用主讲人：施莽中山大学医学院教授主持人：杨子峰教授时间：2019年7月8日(星期一)上午10:00地点：广州医科大学越秀校区16号楼五楼大会议室在线直播地址：讲座内容：组学和生物信息学在医学和临床研究中日趋重要

weixin_39960145·2023-07-22 12:01

【环境软件】安装和配置生信测序分析环境

第二部分主要讲用conda安装软件，以ChIP-seq分析（以及cut&run数据分析）所需软件为例，做RNA-seq，ATAC-seq等也是适用的。末尾推荐几篇很实用的好文。”

木语呆呆·2023-07-21 08:50

实用 | Excel.xlsx 文件批量转换为制表符分隔文件.tab.txt

写在前面绝大多数生物信息学分析软件只接受制表符（即键盘上的Tab）分隔的文本文件。而日常表格处理时，我们常常会使用Excel等软件，对应使用的是二进制的.xlsx文件。

生信石头·2023-07-21 00:55

感动中国人物2018——钟扬

钟扬，我国著名植物学家，援藏学者，生前是复旦大学生命科学学院教授，博士生导师，钟扬长期从事植物学、生物信息学研究和教学工作，取得一系列重要创新成果，他胸怀科技报国理想，长期致力于生物多样性研究和保护，率领团队在青藏高原为

cf741001ec69·2023-07-20 02:12

不要害怕不完美

崇识·2023-07-18 10:29

全基因组测序从头测序(de novo sequencing) 重测序(re-sequencing)

从头测序(denovo)不需要任何参考基因组信息即可对某个物种的基因组进行测序，利用生物信息学分析方法进行拼接、组装，获得该物种的基因组序列图谱，从而推进该物种的后续研究。

flynnchan·2023-07-17 14:08

windows系统下装载wsl2，安装Miniconda3或Anaconda进行生信准备工作

生信环境搭建WSL2与Miniconda3生信环境搭建前言一、下载WSL2二、安装Miniconda3三、安装Anaconda总结前言生物信息学需要处理大量数据，然而在Windows系统下有些操作显得尤为复杂

Bio大恐龙·2023-07-17 10:03

生物信息学常见的数据下载，包括基因组，gtf，bed，注释

cd~/referencemkdir-pgenome/hg19&&cdgenome/hg19nohupwgethttp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz&tarzvfxchromFa.tar.gzcat*.fa>hg19.farmchr*.facd~/referencemkdir-pgenome/hg3

很酷的女超人s·2023-07-17 09:06

安装软件、conda的重新安装及其使用

一、软件安装软件安装可以参考Jimmy写的软件的安装代码：生物信息学常见1000个软件的安装代码！

SNAKE____·2023-07-16 23:19

[GSEAPY] 在Python里进行基因集富集分析

前言在生物信息学数据分析中，许多分析软件都是基于R开发的。

何物昂·2023-07-16 19:11

理解非负矩阵和张量分解：快速算法的Matlab实现与优化实践

NMF的应用范围广泛，包括图像处理、文本挖掘、生物信息学等。实战项目下载首先，我们需要理解一下什么是非负矩阵。

快撑死的鱼·2023-07-16 18:06

易基因 | 表观技术：染色质结构构象与DNA互作：ChIP-seq、ATAC-seq

今天一起来聊聊关于染色质结构构象与DNA互作的常用检测技术：ChIP-seq和ATAC-seq。

E_GENE·2023-07-15 23:10

生物信息学——常见的OrgDB包

物种OrgDB人（Humanm)org.Hs.eg.db小鼠（Mouse）org.Mm.eg.db猪（Pig)org.Ss.eg.db按蚊（Anopheles）org.Ag.eg.db拟南芥（Arabidopsis）org.At.tair.db牛（Brovine)org.Bt.eg.db蠕虫（Worm）org.Ce.eg.db犬（Canine）org.Cf.eg.db苍蝇（Fly)org.Dm.e

福旺旺·2023-07-15 17:26

关于 MACS call ATAC-seq 数据 Peak 时候的激烈讨论（MACS3 正在开发中）

Twitter热论：ATACpeakcallingwithMACS2问题MACS3github专门开放了一个征对ATAC-seqcallpeak的讨论模块：https://github.com/macs3

热衷组培的二货潜·2023-07-15 15:55

碱基周报（第 003 期）：人类起源的故事

记录每周值得分享的生命科学和生物信息学进展内容，周日发布。封面图图源:www.sciencemag.org本周话题：人类起源的故事从东非大裂谷形成直到演变成东非稀树草原，地球就进入了人类纪元。

黄树嘉·2023-07-14 05:23

10X单细胞 & 10XATAC 联合分析表征细胞调控网络（MIRA）

这一篇我们需要来分析单细胞联合ATAC表征细胞调控网络，关于单细胞和ATAC联合分析的文章，我列举在这里，供大家参考。

单细胞空间交响乐·2023-07-13 16:18

渐进式学习：如何用R和GO富集可视化捕捉生命的关键信号？

在这个领域，GO（GeneOntology）富集分析已成为一种常见的技术，用于识别在给定的基因集合中与特定生物过程和机制有关的基因集合，是研究生物信息学、基因组学和转录组学的重要方法之一[1,2]。

笑不语·2023-06-23 23:14

LIBSVM与LIBLINEAR支持向量机库对模式识别与回归的可视化代码实践

虽然提出时间到现在有70来年了，但在90年代获得了很好的发展和扩展，在人像识别、文本分类、手写字符识别、生物信息学等模式识别问题中有得到应用。

寅恪光潜·2023-06-22 13:19

r语言t检验输出检验统计量_[转载]R语言：常用统计检验

R语言：常用统计检验方法写在前面R已经成为当前国际学术界最流行的统计和绘图软件之一，该语言较为简单易学，统计分析功能强大，且具有很强的绘图功能，能够绘制学术出版要求的多种图表.R语言在生物信息学，进化生物学

weixin_39843431·2023-06-21 19:44

推荐频道

生物信息学ATAC