生物信息学ATAC 第9页

热图5：ggplot2画热图及个性化修饰

ggplot2与pheatmap热图对比读取文件和一些需要的包：setwd("D:/生物信息学")A%scale()%>%as.data.frame()#缩放数据C%scale(center=T)%>%

TS的美梦·2023-06-15 20:43

药物靶点信息数据库有哪些？都有哪些特点？

随着生物信息学的快速发展，科研人员的工作更加垂直，孕育而生的药物靶点信息数据库也是各有专攻，导致部分不熟悉的科研人员不能高效的选取合适的目标药物靶点信息数据库，主要

Yiyaoshujuku·2023-06-15 07:37

YRCloudFile 分布式存储加速基因测序解锁生命密码

生物信息学（Bioinformatics）是在生命科学的研究中，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。

·2023-06-13 17:55

综述：染色质调控区域分析：ChIP-seq和ATAC-seq发展的见解

表观基因组测序技术，如染色质免疫共沉淀测序(CHIP-seq)和转座酶开放染色质高通量测序(ATAC-seq)，使我们能够通过检测特定的染色质状态及其相应的转录因子，在时间和空间维度上剖析细胞和组织的基因组调控格局

笺牒九州的怪咖·2023-06-13 03:30

人工智能的未来趋势和发展方向

文章目录前言1.通用人工智能2.人机协作3.强化学习4.迁移学习5.边缘计算6.道德和法律议题7.虚拟现实与增强现实8.情感计算9.生物信息学和基因编辑10.量子计算11.空间探

PyTechShare·2023-06-13 01:31

R语言学习系列之“多变的热图”

公众号“生信小课堂”TCGA数据分析课程：生物信息学教学前段时间我们更新过一篇推文热图系列1，隶属R语言学习系列，今天我们继续热图系列2导入数据library(pheatmap)TEST=read.csv

生信小课堂·2023-06-12 20:13

生物信息与样本建库

7月20日上午，由李河南老师从概念、应用等方面给大学生考研行动协会赴安徽微分基因科技有限公司暑期社会实践团队成员讲解了生物信息学的相关知识。

X之痕·2023-06-12 16:47

生物信息学常见的数据下载，包括基因组，gtf，bed，注释

生物信息学常见的数据下载，包括基因组，gtf，bed，注释cd~/referencemkdir-pgenome/hg19&&cdgenome/hg19nohupwgethttp://hgdownload.cse.ucsc.edu

程凉皮儿·2023-06-10 23:48

生物信息学基础知识（一）

基本类型及测序技术一、类型1、核苷酸序列数据DNA：ATCGRNA：AUCG2、蛋白序列20种氨基酸排列的顺序3、其他（1）分子标记数据（2）生物芯片数据（3）生物表型数据二、测序技术1、一代测序主要是sanger法2、二代测序illuminaMGI还有其他用的不多的方法3、三代测序pacbionanopore常用数据库一、基因序列数据库GeneBankEMBLDDBJRefSeqGDB二、蛋白数

jkl_bio·2023-06-10 23:39

[DEBUG] springboot: map数据在js和java中的传递和转换

陆书生·2023-06-10 18:03

Golang中的pprof分析环境搭建【Windows环境】

它在网络，生物信息学，软件工程，数据库和网页设计，机器学习以及其他技术领域的可视化界面中具有重要的应用。二

玉言心·2023-06-09 22:51

拷贝数变异CNV的生物信息学分析（一）

欢迎同行一起交流讨论微信forensic_JSQQ1956238898（一）CNV介绍由基因组发生重排而导致的,一般指长度1kb以上的基因组片段的拷贝数增加或者减少,主要表现为亚显微水平的重复或者缺失。因此称为“微”缺失/重复变异。拷贝数变异模式图二.pnghttps://www.jianshu.com/p/d5a0fadde763https://www.jianshu.com/p/0b7a513

Dr家硕的科研之路·2023-06-08 08:35

Ubuntu 组建 HPC 团队

“HPC是支撑几个主要行业和关键研究领域的基石，如AI/ML、能源、生物信息学、药理学、工程学和气象学。HPC团队致力于提供最佳的免费开源HPC堆栈，

csdn_linuxprobe·2023-06-08 00:48

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)

本文免费阅读地址:http://xuzhougeng.top/archives/analysis-sc-atac-seq-with-archr-chapter2第2章:使用ArchR推断Doublet单细胞数据分析中的一个重要问题就是

xuzhougeng·2023-06-07 18:36

ATAC-seq实战 0 Tn5转座

这篇文主要参考Tn5asamodelforunderstandingDNAtransposition，来了解Tn5的转座机制。转座概念参与分子转座过程转座(transposition)可移动的DNA片段即可移动因子(Transposableelements)在基因组上自由转移称为转座，DNA与所插入的基因位点可以是非同源的。转座是产生基因多样性的重要机制，可移动因子可产生插入(insertion)

安然桑·2023-06-07 11:50

R语言可视化学习笔记之ggridges包

作者：严涛浙江大学作物遗传育种在读研究生（生物信息学方向）伪码农，R语言爱好者，爱开源。严涛老师的绘图教程还有：gganimate|诺奖文章里面的动图布局教程来了！！

生信宝典·2023-04-21 21:34

生物信息学有哪些SCI期刊推荐？ - 易智编译EaseEditing

以下是几个生物信息学领域的SCI期刊推荐：Bioinformatics：该期刊是生物信息学领域最具影响力的SCI期刊之一，涵盖了生物信息学、计算生物学、系统生物学、生物医学工程等多个研究方向。

易智编译·2023-04-21 19:57

哈佛大学教授刘小乐：我与生物信息学的不解之缘

受华中科技大学生命科学与技术学院教授薛宇邀请，今天，由哈佛大学教授刘小乐来分享她与生物信息学的故事。从北大到斯坦福，生物与计算机相遇和很多人一样，在少年时期我就有了自己的梦想。

Seurat_·2023-04-21 09:41

10X单细胞转录组整合、转录组 && ATAC整合分析之VIPCCA

隔离的第11天，人生如戏，得与失都是很平常的事，可能我们错过了很喜欢的姑娘，可能被深爱的人所伤害，也可能面对所在的城市感到无力留下来，“躺平”或许很对，但努力一定很酷。好了，今天我们来分享一个单细胞多样本整合的分析方法，VIPCCA，顾名思义，CCA的进阶版，参考文献在Effectiveandscalablesingle-celldataalignmentwithnon-linearcanonic

Evil_Genius·2023-04-20 04:47

终于要开始学python了

所谓“没有记录就没有生活”，这里汇总了我在学习python用到的好资源和学习笔记，贵在坚持，加油ヾ(◍°∇°◍)ﾉﾞ学习python的7个理由书籍《python生物信息学数据管理》当当购书：http:/

rapunzel0103·2023-04-20 03:17

前沿综述 | Nature子刊：空间转录组学的临床和转化价值

2022年4月1日Nature子刊《SignalTransductionandTargetedTherapy》发表综述文章，概述了ST实验和生物信息学方法的发展，并评估了其临床和转化应用价值。

尐尐呅·2023-04-19 22:24

对生物信息学的理解

生物信息学的诞生就是由此得来。个人认为要入门生物信息学不是一件容易的事情。生信是计算机、生物与数学结合的交叉学科。

正树_9838·2023-04-19 22:35

6. 《Bioinformatics Data Skills》之工程管理（1）

图片来源：https://www.ntaskmanager.com/blog/how-to-become-a-project-manager工程目录结构不同的生物信息学家的工程组织风格可能不同，这里作者给出自己的结构

DataScience·2023-04-19 19:42

TCGA数据挖掘入门---什么是TCGA？TCGA中有哪些数据？

TCGA的全称是TheCancerGenomeAtlas,这个项目始于2005年，它旨在使用基因测序和生物信息学编目与癌症有关的基因突变。

Seurat_Satija·2023-04-19 05:23

精通 NumPy 数值分析：1~5

原文：MasteringNumericalComputingWithNumPy协议：CCBY-NC-SA4.0译者：飞龙一、使用NumPy数组科学计算是一个多学科领域，其应用跨越数值分析，计算金融和生物信息学等学科

布客飞龙·2023-04-19 02:09

如何做seqlogo图

微信公众号：生物信息学习最近我们需要做个seqlogo图，之前给大家介绍过一个在线版的做seqlogo的工具，但不太满足我们的要求，于是我们又找了几个工具，最后发现ggseqlog最好用library(

gtt儿_生物信息学习·2023-04-18 07:29

julia生物信息之split

Julia的速度很快，但是在生物信息学中，经常要对文本进行处理，则split函数必不可少会用到，遗憾的是，对比python,julia中split比较慢，特别是需要多次调用split的函数的时候，不过这种情况将在

柳梦梅·2023-04-17 16:10

关于msms、biopython_residuedepth.py学习

问题：使用biopython中Residuedepth的时候，出现报错：显示未安装msms1、介绍（1）MSMS是一种生物信息学工具，全称为MolecularSurfaceandMolecularVolumefromMS

一条咸鱼在网游·2023-04-17 12:17

研究思路 | 单细胞ATAC+基因表达多组学研究思路怎么破，一起来拍拍最新文章（下篇）

单细胞ATAC和单细胞基因表达的多组学结合的研究模式逐渐成为CNS文章的“标配”，已被广泛应用于肿瘤、疾病、神经科学、发育生物学及免疫等研究领域，引领着未来单细胞发展的主流趋势。

贝瑞科服·2023-04-17 12:06

单个基因的生物信息学分析(1)-基因结构与功能分析

在“单个基因的生物信息学分析”主题中，我们主要使用的是在线网站，几乎不涉及编程等操作，这样会使跟多的同学可以方便学习。一、针对一个特定的基因序列，首先我们要分析其基因结构。这里我们

blue_unique·2023-04-17 04:57

莫纳什大学招收AI/CV/ML/计算生物信息学和生物医学方向全奖博士研究生

点击下方卡片，关注“CVer”公众号AI/CV重磅干货，第一时间送达Monash大学数据未来研究院招收模式识别，计算机视觉，计算生物信息学和生物医学方向全奖博士研究生Monash大学：MonashUniversity

Amusi（CVer）·2023-04-16 14:20

教授专栏53 | 唐少军: 揭示spike蛋白PTM 探索蛋白功能位点

唐博士本科毕业于中山大学生命科学学院，于美国佛罗里达大学获得计算机工程硕士及生物信息学博士学位。随后唐博士在哈佛医学院从事博士后研究，并在美国乔治城大学医学院任助理教授。

香港科大商学院内地办事处·2023-04-16 12:33

为Jupyter Notebook安装R Kernel

我们都知道在生物信息学领域，R语言发挥着极其重要的价值，相信大家平时进行个性化数据分析或者利用R进行工具开发时，主要用到的还是⬇⬇⬇。也就是最经典的R语言集成开发环境，RStudio⬇⬇⬇。

林枫bioinfo·2023-04-16 11:25

基于Jupyter的Python和R环境搭建

而作为生物信息学的研究者，我们主要通过基于网页的JupyterNotebook使用Python和R进行工作。

契卡·2023-04-16 07:01

常用肿瘤相关数据库

肿瘤的生物信息学数据库对肿瘤基础研究的发展、临床治疗水平提供具有重要作用。

Bioinfarmer·2023-04-16 05:45

Linux 从开始到还没放弃(未完更新中

暴躁基于课程《生物信息学之玩转Linux》，由史上最大的生物信息学交流平台「生信技能树」联盟「丁香通」联合出品。

美式永不加糖·2023-04-15 15:26

PDB药物综合数据库必备8大类非付费网址80个

PDB(ProteinDataBank,简称PDB)蛋白质结构数据库是美国Brookhaven国家实验在1971年创建，由结构生物信息学研究合作组织(ResearchCollaboratoryforStructuralBioinformatics

Yiyaoshujuku·2023-04-15 05:36

Circos入门教程

Circos的开发者是一位加拿大的生物信息学家MartinKrzywinski，值得一提的是，他还是一位专业的摄影师。

华大基因学院·2023-04-15 02:13

7.24

生物信息学之前在座谈会上也已经被诸多老师提及，而今天由来自微分基因数据中心的孙勇老师为我们关于生物信息分析做了简单介绍。

寒林_4c5c·2023-04-14 13:08

ATAC-seq 质控

1.写在前面1年前看技能树在的文字教程第一次跑ATAC-seq分析流程，当时还很懵懂，以为每一步只有一个工具，现在通过技能树刚发在b站的视频再次学习ATAC-seq分析流程，感觉眼界更开阔了，同时看视频总是能偷学到很多

大吉岭猹·2023-04-14 12:35

2018-01-08

2.完成生物信息学实验报告。3.看一下毛概的大纲。4.晚上跑步。

王小沫的日记·2023-04-13 18:30

第三-六章 R语言数据类型

顺便把Jimmy和生信技能树赠送给我的《生物信息学讲义2019珍藏版》相关的内容也学习了一篇，教材总结的很好，特别是对很多细节的提示。对新手来说是很

天涯清水·2023-04-13 14:05

生信中常用的文件格式认识(一)-----fasta和fastQ

该格式已成为生物信息学领域的一项标准。(百度百科)fasta格式解读fasta格式形式如下图，由两部分组成。

生信小工厂·2023-04-11 14:13

fasta和fastq格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3575.html

fasta和fastq格式文件的shell小练习原文链接这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps

天涯清水·2023-04-11 11:42

scRNA-Seq | pySCENIC

然而单细胞转录组数据具有背景噪音高、基因检出率低和表达矩阵稀疏性的特点，给传统统计学和生物信息学方法推断高质量的GRNs带来了挑战。Single-cellr

iBioinformatics·2023-04-11 09:26

学习小组Day3笔记--wbh

Bioconda是专门从事生物信息学软件的CONDA包管理器的渠道。类似于一个生物软件的appstore。GitHub是一个面向开源及私有软件项目的托管平台，因为只支持git作为唯一的版本库格式进

bhwang192·2023-04-10 21:20

2023.4.5 GCNs

楠姐有点忙·2023-04-10 21:23

刷leetcode必备算法，动态规划详解

动态规划（英语：Dynamicprogramming，简称DP），是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方

老飞949·2023-04-10 04:00

# sigprofiler的安装与使用

sigprofiler的安装与使用SigProfiler提供了一套完整的生物信息学工具来进行突变特征分析。

哈哈哈_很高兴·2023-04-08 23:48

BGI-College生信入门系列——2、什么是数据？

生物信息学中的数据传统的生物学家可能会认为，生物信息学是一种将数据转换成结果的软件。实则不然，生物信息学只是将一种格式的数据，转

华大基因学院·2023-04-08 22:34

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