生物信息学ATAC 第11页

2019年“生物信息分析”暑期班培训报名通知

中关村华康基因研究院为了满足高校学生深入学习生物信息分析知识、掌握最新的生物信息分析技术及积累更多实战经验的需求，由浙江省生物信息学学会、中关村华康基因研究院主办的2019“生物信息分析”暑期班将在2019

华康基因·2023-03-23 02:04

生物信息学数据库导航

由于大部分主要为发文章的需求，因此部分数据库并不稳定，没人维护后部分的生物信息数据库就变得相当鸡肋因此需要对常用的生物信息学数据库进行总结与持续更新最近更新时间：2020-6-2使用方法：点击右键，选择查找可快速定位需要的数据库

牧小熊·2023-03-22 08:05

用R画boxplot+dotplot+violinplot+jitter及代码

微信公众号：生物信息学习我们在想要展示我们的科研成果的时候经常会需要用到一些图，其中boxplot,dotplot,violinplot和jitter等是我们经常要用到的图，那我们会画单个图后如何把这些图整合到一张图上呢

gtt儿_生物信息学习·2023-03-22 05:10

一步到位-生信分析流程构建框架介绍

我们都知道生物信息学（Bioinfomatics）包含两个部分：bio和informatics，即利用生物数据通过计算机学或统计学或数学的方法发现这些数据背后所具有的生物学意义。

亮亮就是亮·2023-03-21 11:43

[DEBUG] springboot接收可变长文件数组

陆书生·2023-03-20 09:25

前言

生物信息学与基因组分析入门TO-DO生物信息学结合生物学、计算机科学和统计学等学科的方法，以实现对海量生物医学数据的分析与解读，从而揭示生命的奥秘。

adong·2023-03-19 15:48

【对联临屏】题江梦南——感动中国2021年度人物之一

吉林大学药学院2015级硕士研究生，清华大学生物信息学博士研究生。靠学习唇语、看老师板书和自学

诗呆·2023-03-18 19:21

Biostar handbook学习笔记四

目前学习到的关于生物数据及数据库的基本知识有：常用数据格式:fasta,fastq,gff,GenBank常用序列数据库:美国国立生物技术信息中心(NCBI)欧洲生物信息学中心(EBI)DDBJ常用基因功能数据库

简书蚕账号·2023-03-18 17:06

【ATAC-Seq 实战】三、比对与Peaks Calling

这里是佳奥！我们继续clean数据的比对。1使用bowtie2进行比对用bowtie2进行比对和统计比对率,需要提前下载参考基因组然后使用命令构建索引，或者直接就下载索引文件：下载小鼠参考基因组的索引和注释文件,这里用常用的mm10#索引大小为3.2GB，不建议自己下载基因组构建，可以直接下载索引文件，代码如下：mkdirreferece&&cdreferencewget-4-qftp://ftp

佳奥·2023-03-18 09:57

R语言作业—初级

教程对应B站：【生信技能树】生信人应该这样学R语言配套资料：B站的11套生物信息学公益视频配套讲义、练习题及思维导图先仔细观看视频，理解代码含义初级题目题目链接：http://www.bio-info-trainee.com

琪音·2023-03-17 04:35

生物信息学从零开始学（5）——蛋白质-小分子分子对接详细步骤（docking）

叠合两个蛋白质三维结构蛋白质三级结构的比对蛋白质三维结构比对就是对蛋白质三维空间结构的相似性进行比较。可用于探索蛋白质进化及同源关系改进序列比对的精度改进蛋白质结构预测工具为蛋白质结构分类提供依据帮助了解蛋白质功能结构比对的结果可以用很多种参数来衡量，最常用的是rootmeansquareddeviations（RMSD）。如果两个结构的RMSD为0埃，则结构一致，可以完全重合；一般来说RMSD小

今日之森·2023-03-16 07:36

sci-RNA seq 2017；sci-CAR 2018； sci-RNA seq3 2019

science]Jointprofilingofchromatinaccessibilityandgeneexpressioninthousandsofsinglecells[sci-CAR（RNA+ATAC

韧_7e6f·2023-03-15 16:48

BERT6mA：使用基于深度学习的方法预测DNA N6甲基腺嘌呤位点

methyladeninesiteusingdeeplearning-basedapproaches》ShoTsukiyama,MdMehediHasan,Hong-WenDengandHiroyukiKurata日本九州理工学院生物科学和生物信息学系

Good_Ly·2023-03-15 07:54

基于多组学网络的生物信息学方法识别 KTR中miRNA 生物标志物（IF8+）

Multi-omicsnetworkcharacterizationrevealsnovelmicroRNAbiomarkersandmechanismsfordiagnosisandsubtypingofkidneytransplantrejection多组学网络特征揭示了新的microRNA生物标志物和肾移植排斥反应的诊断和亚型划分机制发表期刊：JTranslMed发表日期：2021Aug13

生信学霸·2023-03-14 22:03

2019-06-17 学习清单TODO list

专业TODO：1.利用python进行数据分析2.STL源码解析3.概念图模型（机期学习的书）4.哔哩哔哩上北大公开课5.鸟哥的linux私房菜6.流畅的python7.公开课：北大生物信息学（13h9m

啦啦啦Leo·2023-03-14 21:12

生物技能树--fasta和fastq格式文件的shell小练习

这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps://sourceforge.net

Hannahhao·2023-03-14 13:18

关于文集《Single_Cell》拆分的说明

其主要内容有：Seurat教程scanpy教程空间数据分析免疫组库数据分析细胞通讯细胞类型鉴定公开课的ppt（以及其他单细胞课件）ATAC相关10X文档综述文章个人写的《XXX在单细胞数据分析中的应用》

周运来就是我·2023-03-13 07:58

生物信息学常用数据库

一.信息类数据库1.综合型数据库NCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/UCSC:http://genome.ucsc.edu/(基因组浏览器)Ensembl:http://asia.ensembl.org/index.htmlGenecards:https://www.genecards.org/BioGPS:http://biogps.org/#goto=welco

晓佥·2023-03-13 05:54

对bam文件做downsample

微信公众号：生物信息学习如果各个样本测的数据量相差较大，想把这些样本downsample到相同的reads，可用以下方法：目标reads数为15000000，需要先计算出需要downsample的比例，

gtt儿_生物信息学习·2023-03-11 18:20

fasta和fastq格式文件的shell小练习

这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据：>mkdir-p~/biosoft>cd~/biosoft>wgethttps://sourceforge.net

生信_小陌·2023-03-11 10:55

开源工作也需要构筑领域知识的体系

在计算机科学（CS）中，有一个很有意思的交叉学科——生物信息学（Bioinformatics）。

小叶与小茶·2023-03-11 09:18

ReactomeGSA：高效的单细胞通路分析工具

然而，整合来自不同组学技术和不同物种的数据仍然需要大量的生物信息学知识。在单细胞数据科学中，Pathwayanalyses也是基因表达数据链接其他组学的主

周运来就是我·2023-03-11 09:51

解锁复杂问题的秘密武器：动态规划算法

这种算法思想在许多领域中都有重要的应用，例如计算机视觉、自然语言处理、生物信息学、经济学等领域。本文将介绍动态规划的基本概念、经典问题和算法实现方式。

陈书予·2023-03-11 08:41

生物信息学常用的R语言包

org.Hs.eg.dbThisisapackageforgenome-wideannotationforhuman,haveentrezID,ensembleIDandgenesymbolIDs.Donothavespecificversionsincedonotincludetheactualcoordinatesofthegenebutthelocusofthegene,e.g.19q13.

傅小潇·2023-03-11 05:22

10X单细胞转录组与10X单细胞ATAC联合分析之Seurat

hello，大家好，这是第一次和大家分享有关10X单细胞和10XATAC的联合分析，我们这一次来深入看一下10X单细胞和10XATAC的联合分析方法（Seurat）。IntegratingscRNA-seqandscATAC-seqdata（最新的内容是3月18日完成的）。单细胞转录组学已经改变了我们表征细胞状态的能力，但是对生物学的深入了解不仅需要分类学的分类列表（也就是对细胞类型的研究）。随着

Evil_Genius·2023-03-10 12:19

JAMA Oncology 文献解读 | 使用随机森林预测肿瘤类型

在之前的推文里，大可已经给大家说过，机器学习结合生物信息学，也许是未来生物信息学发表的新出路。

医科研·2023-03-10 08:18

分享 | ATAC-seq建库protocol

哈喽大家好，前面小编和大家分享了ATAC-seq数据分析的流程，那么，ATAC-seq建库是否也可以DIY呢？

拾柒Zzz·2023-03-10 07:25

4 篇 NAR | 生物大数据时代，如何做好数据管理和再利用，发IF10+的数据库文章？...

生物信息分析离不开数据资源和数据库，生物信息学数据库分类概览(第一版)系统梳理了常用功能数据库。

生信宝典·2023-03-10 04:23

如何自学生物信息工具？

作为一个生信工作者，又或者作为一个研究者，在进行各种各样的生信分析时，你都会接触并使用到不同种类的生物信息学工具。又或者当算法，或者新技术的提升，新一代的工具的出现也会逼着你去学习使用新的工具。

lakeseafly·2023-03-09 22:25

Docker封装生物信息学分析有参流程

1.环境配置下载docker到服务器，并启动问题：1.docker权限2.选择系统3.软件安装4.挂载加上目录-v5.json文件参数配置6.镜像与容器7.封装容器封装镜像命令dockercommit容器IDrna:v1.0首先后台运行镜像dockerrun-itd--namerna_test-v/data/xczhang/RNA_seq/pipline/RNA-seq_pipeline:/dat

儒雅随和王小板·2023-03-09 04:06

基因组学总结

基因组学还包括基因组测序和分析，通过使用高通量DNA测序和生物信息学来组装和分析整个基因组的功能和结构。

花生学生信·2023-03-09 00:33

纯生信分析套路 7+多组学预测药物敏感性lncRNA

文章主要讲的是，整合多维组学数据，利用生物信息学方法在乳腺癌中识别药物反应相关的lncRNA。有助于探索lncRNA作用机制，优化个性化药物治疗。

概普生信·2023-03-09 00:01

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（一）：数据质控

SinglecellRNA-seqanalysisworkshop该系列课程由瑞典国家生物信息学基础设施(NBIS)负责设置，为瑞典Phd学生，博士后，研究人员和瑞典学术界的其他工作人员开设的全国性研讨会

Davey1220·2023-02-19 07:10

拷贝数变异数据的生物信息学

2021/03/10BioinformaticsforCopyNumberVariationData CNV(copynumbervariant)：是一种结构遗传变异，主要是由于重复，缺失，插入和不平衡易位事件。CNV形成的几种机制：1、减数分裂重组meioticrecombination2、双链断裂的同源定向和非同源修复homology-directedandnonhomologousrepa

所以suoyi·2023-02-18 20:19

10x Genomics单细胞多组学ATAC+基因表达原理与应用

单细胞多组学ATAC+基因表达是10xGenomics推出的单细胞多组学解决方案，可以同时获得同一细胞的基因表达和染色质可及性图谱，从而更好地分辨终末分化细胞和发育轨迹上的细胞类型，揭示调控元件、开放染色质和基因表达之间复杂的相互作用

贝瑞科服·2023-02-18 18:38

二月week4文献阅读：Lineage-Determining Transcription Factor TCF-1 Initiates the Epigenetic Identity of T...

一、介绍Introduction文章使用染色质开放检测技术（ATAC-seq）研究T细胞成熟过程中开放染色质的变化，发现成熟早、中、晚期启动的开放染色质都富集转录因子TCF-

米妮爱分享·2023-02-18 13:10

生物信息学习网站参考

1.教学网站或博客类1.1Python学习相关：廖雪峰的官方网站、菜鸟教程-Python1.2Perl学习相关：菜鸟教程-Perl1.3R学习相关：菜鸟教程-R1.4Linux学习相关：菜鸟教程-Linux1.5生信综合类：生信技能树、语雀_生信技能树、生信菜鸟团、_生信菜鸟团、生信宝典文章集锦、sam’notes、知乎_高通量测序技术、_徐洲更hoptop、_生信札记、果子学生信、思考问题的熊、

莫讠·2023-02-17 19:33

Perl语言在生物信息学中的应用——学习笔记（1）

Coding1.Perl学习起源长话短说，本科开始已经有些意识到，需要编程语言来支持生物信息学的学习。我也不想被时代甩的太远，始终想要学习一本编程语言。

lxmic·2023-02-17 16:52

2019-07-04基因社会书摘

亚奈教授是哈弗大学学者，也是纽约大学医学院教授，莱凯在德国杜塞尔多夫大学的生物信息学领域任教2.知识点介绍：基因携带着人的全部遗传信息，它们是DNA分子中一个个记录遗传信息的片段。

浅峰·2023-02-17 04:28

一文搞定参考基因组序列下载

生物信息学的分析很大一部分都是围绕序列展开，可以说序列分析催生了生物信息学。比如通过与参考基因组序列进行比对，检测各种变异；RNA-seq数据与参考基因组比对，进行定量。

亮亮就是亮·2023-02-16 23:23

转录组不求人系列(十三): GO、KEGG富集个性化作图

setwd("F:/生物信息学")A<-read.csv("GO.csv"

KS科研分享与服务·2023-02-16 22:48

R数据可视化|图形初阶（上）

在生物信息学中常常会用到R语言来绘制图形以实现数据可视化，本文主要通过plot()高级绘图函数来介绍R语言绘图的基础知识。

卡尔文不循环·2023-02-07 05:10

35.《Bioinformatics Data Skills》之生物信息文本处理利器bioawk

作为表格文本处理命令awk的延伸，HengLi开发了专门处理生物信息学的文件（例如bed,sam,vcf,gtf等）的命令bioawk，我们了解一下。

DataScience·2023-02-07 04:05

38.《Bioinformatics Data Skills》之命名管道与进程替换

生物信息学的程序中这种情况实际是比较常见的，假如说程序program需要2个输入与2个输出，那么其会产生4个中间结果。

DataScience·2023-02-04 01:45

TCGA官网下载和TCGAbiolinks下载的文件数量竟然不一样？

主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。

医学和生信笔记·2023-02-03 20:28

1行代码提取6种TCGA表达矩阵和临床信息