生物信息学ATAC 第13页

ATAC-seq分析：比对（3）

1.质控在比对之前，我们建议花一些时间查看FASTQ文件。一些基本的QC检查可以帮助我们了解您的测序是否存在任何偏差，例如读取质量的意外下降或非随机GC内容。2.Greenleaf在本节中，我们将稍微处理一下Greenleaf数据集。我们将处理从FASTQ到BAM的Greenleaf数据的一个样本，以允许我们审查ATACseq数据的一些特征，并创建一些处理过的文件以供审查和进一步分析。3.参考基因

冷冻工厂·2023-01-07 06:49

论文解读《STALLION：一个基于堆叠的原核赖氨酸乙酰化位点预测的集成学习框架》

识别蛋白质赖氨酸乙酰化(Kace)位点是生物信息学中的一项具有挑战性的任务。到目前为止，几种基于机器学习的方法，在硅中识别Kace站点的方法已经被开发出来。其中，少数是原核生物物种

HXH@·2023-01-06 16:28

利用计算机辅助药物设计方法有何优点,计算机辅助药物设计的原理及应用

刘景陶+刘映雪摘要：计算机辅助药物设计(computeraideddrugdesignCADD)是以计算机的数值计算、逻辑判断、图形处理和数据库技术与功能为载体，运用化学和生物信息学提供的信息资源，直接模建或间接虚拟靶点图像

weixin_39630813·2023-01-05 15:58

R语言机器学习mlr3：模型解释

医学和生信笔记·2023-01-05 02:20

R语言机器学习mlr3：技术细节

医学和生信笔记·2023-01-05 02:49

一起学习关于Biclustering的那点东西

双聚类算法之学习记录（1）前言双聚类简介背景与意义双聚类算法评估指标最后前言在读计算机专业硕士一枚，课题组方向为生物信息学，主要研究方向是双聚类算法。

普普通通的小C·2023-01-05 00:30

生物与编程的碰撞

之所以产生并开始学习编程一个大原因是因为21世纪毕竟是一个数据爆炸的时代，而如何处理数据，找到数据背后的规律也是生物专业所必需的技能，也因此催生了生物专业较为热门的小专业--生物信息学。

donerest·2023-01-04 18:41

生物化学单个基因生物信息学分析笔记

单个基因生物信息学分析01基因结构预测和功能注释选择基因文件及物种预测结果02蛋白结构域预测03同源基因分析04多序列比对05蛋白二级三级结构预测06蛋白特性分析07跨膜结构分析08信号肽分析09亚细胞定位预测

FakeOccupational·2023-01-04 08:16

生存分析及生存曲线_2021-01-30

生存分析（英文：SurvivalAnalysis），是生物信息学分析中常用到的一种重要方法，主要分析场景如：不同组癌症病人在一种或者一种以上的变量作用下其生存概率随着记录时间发展而发生的变化或者走势。

知无牙·2022-12-31 08:23

没有网也可以安装 Conda 环境

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2022-12-30 09:47

lasso回归结果一行代码提取及美化

主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。

医学和生信笔记·2022-12-30 04:42

2021年总结

今天整理了硕士期间学习分子生物学、生物信息学及基因敲除

Han_zh·2022-12-29 21:29

送书 | 222Beta多样性限制性排序CPCoA/CCA/RDA/LDA

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述

生信宝典·2022-12-29 15:55

ATAC-seq分析：教程简介（1）

简介本课程[1]介绍Bioconductor中的ATACseq分析。该课程由2个部分组成。这将引导您完成正常ATACseq分析工作流程的每个步骤。它涵盖比对、QC、peakcalling、基因组富集测试、基序富集和差异可及性测试。环境准备IGVIGV可以从BROAD网站安装。》https://www.broadinstitute.org/igv/MACS2MACS2[2]没有R包，但MACS2可在

冷冻工厂·2022-12-29 13:51

ATAC-seq分析：数据介绍（2）

1.简介ATACseq(AssayforTransposase-AccessibleChromatinusingsequencing)使用转座酶在测序前有效地片段化可访问的DNA（DNA可极性）。结果提供了一种绘制可访问/开放染色质基因组范围的方法。与其他技术相比，ATACseq有几个优点，包括：所需输入材料少（>10,000个细胞）实验所需时间短（约4小时）ATACseq2.酶下面介绍几种不同酶

冷冻工厂·2022-12-29 13:51

自学生物信息学（思维+超全常用网站）

如果你有以下情况，你可以做什么？一个基因或一种蛋白质1、在DNA水平上2、在转录层面3、在蛋白质水平上一组基因/蛋白质芯片高通量测序数一系列测序数据生物学问题一个基因或一种蛋白质1、在DNA水平上这个基因的基因组位置是什么？它是否有串联复制的副本？基因的外显子/内含子结构是什么？基因内是否有可转座子元素？表观遗传学条例？转录因子结合？geneXplainTRANSFAC功能数据库（转录因子、它们在

小飞棍来喽~·2022-12-29 03:34

常用生物信息学数据库简介

常用生物信息学数据库简介1、常用数据库NCBI（美国国家生物数据库）EnsemBI（欧洲生物数据库）Uniprot（蛋白质数据库）2、[在线工具galaxy](https://usegalaxy.org

小飞棍来喽~·2022-12-29 03:03

生物信息学中用到的计算机知识,生物信息学期末复习知识点总结

生物信息学：利用数学、物理、化学的理论、技术和方法，以计算机为工具，对生命现象加以研究，得到深层次的生物学知识。

量投科技-于少伟·2022-12-28 20:45

【2022年】中科大研究生-考试题、复习资料汇总（往年真题+复习资料）（持续更新中）

无论是学习问题，还是交流生物信息学、科研相关问题，很荣幸能与你共同学习！最后再次感

爱做饭的电饭煲·2022-12-28 20:14

博士申请 | 香港城市大学王鲁生教授招收生物信息学方向全奖博士生

PaperWeekly·2022-12-27 11:19

生物信息学|用于预测药物-药物相互作用事件的多模态深度学习框架

本篇推文引自：Amultimodaldeeplearningframeworkforpredictingdrug–druginteractionevents1.摘要动机:药物-药物相互作用(DDIs)是药物研究的主要关注之一。很多基于机器学习的方法被提出用于DDI的预测，但大多数都是预测两种药物是否相互作用。研究发现DDIs可引起不同的后续事件，预测DDI相关事件更有助于探讨联合用药或不良

ShenggengLin·2022-12-27 11:47

人工神经网络原理与实践,人工神经网络实战教程

至今已有数种深度学习框架，如深度神经网络、卷积神经网络和深度置信网络和递归神经网络已被应用在计算机视觉、语音识别、自然语言处理、音频识别与生物信息学等领域并获取了极好的效果。另

普通网友·2022-12-27 06:28

BGI-College生信入门系列——2、什么是数据？

生物信息学中的数据传统的生物学家可能会认为，生物信息学是一种将数据转换成结果的软件。实则不然，生物信息学只是将一种格式的数据，转

华大基因学院·2022-12-25 23:04

GEO芯片数据分析更新（补富集分析与WGCNA）

GEO数据挖掘，表达芯片分析举例：王同学近期拟通过生物信息学相关软件与数据库来探讨女性非抽烟者的非小细胞肺癌预后相关的显著性基因及潜在的治疗靶点，他在NCBI上查询到了1套芯片数据GSE19804。

Annaaphq·2022-12-25 22:08

知识图谱-生物信息学-医学顶刊论文(Bioinformatics-2021)-KG4SL:用于人类癌症SL预测的知识GNN

5.(2021.7.12)Bioinformatics-KG4SL:用于人类癌症SL预测的知识GNN论文标题：KG4SL:knowledgegraphneuralnetworkforsyntheticlethalitypredictioninhumancancers论文地址：https://academic.oup.com/bioinformatics/article/37/Supplement_

Cheng_0829·2022-12-25 03:46

单细胞调控网路分析

然而单细胞转录组数据具有背景噪音高、基因检出率低和表达矩阵稀疏性的特点，给传统统计学和生物信息学方法推断高质量的GRNs带来了挑战。随着生物信息学的发展

荞麦agan·2022-12-24 15:05

芯片数据分析笔记【04】 | ArrayExpress 数据库介绍

芯片数据分析笔记【01】|基因芯片的基本原理芯片数据分析笔记【02】|芯片数据库芯片数据分析笔记【03】|GEO数据库使用教程及在线数据分析工具NCBI的基因表达综合数据库GEO和欧洲生物信息学研究所(

【云森】·2022-12-24 08:06

GEO数据挖掘（3）-芯片基础知识

基因芯片分析目的基因芯片分析就是为了通过生物信息学方法从这些芯片数据中发现可能对生物效应起作用的关键基因，从中寻找特定模式并对每个基因给予注释，从而挖掘出隐含的生物学过程并抽提出生物学的或功能层面上的意义

我是菜鸟www·2022-12-24 08:04

GEO芯片数据基本分析

GEO数据挖掘，表达芯片分析举例：王同学近期拟通过生物信息学相关软件与数据库来探讨女性非抽烟者的非小细胞肺癌预后相关的显著性基因及潜在的治疗靶点，他在NCBI上查询到了1套芯片数据GSE19804。

Annaaphq·2022-12-24 08:27

Mothur7_基于ASV、Phylotype和Phylogeny的分析

本文主要介绍生物信息学软件Mothur基于ASV、Phylotype、Phylogeny进行分析。

环微分析·2022-12-23 01:00

提供一个用于计算两个point之间的距离方法_汇总|基于3D点云的深度学习方法

近年来，深度学习技术已成为计算机视觉、语音识别、自然语言处理、生物信息学等领域的研究热点

weixin_39845039·2022-12-22 22:45

【学习笔记】山东大学生物信息学-04 蛋白质结构预测与分析

课程地址：山东大学生物信息学文章目录四、蛋白质结构预测与分析4.1蛋白质的二级结构4.2蛋白质的三级结构4.3三级结构可视化软件VMD4.4计算方法预测三级结构4.5三级结构的比对4.6蛋白质分子表面性质

taotaotao7777777·2022-12-19 19:41

R语言图片有中文保存为PDF乱码怎么解决

主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。

医学和生信笔记·2022-12-19 17:11

《生物信息学》阅读笔记（一）：生物信息学的概念及发展历史

《生物信息学》第三版（陈铭主编）表1-1生命科学、计算机科学及生物信息学相关大事记，可以查阅此表了解相关历史。学习一门学科一个很重要的point就是了解这门学科的历史。

wxw060709·2022-12-19 14:58

生物信息学期刊

1.Bioinformatics该期刊是生物信息学领域的顶级期刊，是CCFB类期刊也是SCI一区的，审稿速度也比较快。出版社是OxfordUniversityPress的。近几年影响因子如下。

Gao+Ling·2022-12-19 14:26

生物信息学汇总

生物信息学汇总生物信息学背景python绘图教程生物统计学原理sklearn教程超参数优化机器学习之超参数优化-网格优化方法（网格搜索）机器学习之超参数优化-网格优化方法（随机网格搜索）机器学习之超参数优化

发呆的比目鱼·2022-12-19 13:55

国外生物信息学软件公司综述

随着研究者们在探索基因宝库的同时，基因表达监测与生物信息学工具正在快速增加。众多产品的制造商正在为最好的商业模式而抉择，例如，打包销售所有的工具软件。

nilescc·2022-12-19 13:22

生物信息学基本知识笔记

Bam文件SAM（TheSequencingAlignment/MapFormat）是bwa比对软件的标准输出文件，是纯文本文件，bwa的开发者设计了一种比gz更加高效的压缩算法，BAM的文件大小差不多只有原来的1/6。header头文件@HD是必须的标准头文件；@SQ参考序列染色体信息，顺序必须和参考序列一致；@RG重要Readgroup信息，通常包含测序平台测序文库和样本id等信息；@PG有用

bannerDr·2022-12-19 13:52

生物信息学学习笔记（二）--蛋白质的结构分析与预测Structural analysis & prediction of proteins

生物信息学-蛋白质的结构分析与预测Structuralanalysis&predictionofproteins文章目录生物信息学-蛋白质的结构分析与预测1.蛋白质结构分类(Classification

cling5899·2022-12-19 13:50

生物信息学Bioinformatics学习笔记（四）- Data analysis-16sRNA

Dataanalysis-16sRNA常用V3V4区域进行扩增子测序Basicanalyticalprocedure1.原始数据处理·去除接头序列，并将双端测序序列拼接成单条序列。·根据测序barcode序列区分不同的样本序列。·过滤低质量序列和无法比对到16srDNA数据库的序列。2.OTU（可执行操作单元）分类和统计·以97%的序列相似度将所有序列进行同源比对并聚类成OTUs(QIIME-uc

cling5899·2022-12-19 13:50

生物信息学（Bioinformatics）

http://www.lmbe.seu.edu.cn/biology/bess/biology/chapt11/11-1.htm生物信息学（Bioinformatics）这个名词有许多不同的定义。

cowboy_wz·2022-12-19 13:50

生物信息学Bioinformatics学习笔记（一）

文章目录生物信息学第一章绪论History（根据19年的一份综述）生物信息学的研究内容生物信息学的应用领域第二章模式生物和生物信息学数据库资源第一节模式生物测序第二节三大核酸数据库第三节蛋白质数据库第三章生物信息学数据库查询第一节生物信息数据库的储存第二节

cling5899·2022-12-19 13:18

Nature重磅综述|2022年最新生物信息学，你想知道的都在这里！

培训背景四大专业课程助您发顶刊课程一:深度学习基因组学专题线上培训班课程二:机器学习单细胞分析应用专题线上培训班课程三:单细胞空间转录组应用专题线上培训班课程四:CADD计算机辅助药物设计专题线上培训班深度学习已经被广泛应用于基因组学研究中，利用已知的训练集对数据的类型和应答结果进行预测，深度学习，可以进行预测和降维分析。深度学习模型的能力更强且更灵活，在适当的训练数据下，深度学习可以在较少人工参

生信宝典·2022-12-19 08:10

什么是知识，什么是知识图谱，有什么作用，有哪些应用领域？

知识图谱的建模方式和技术也可以用于生物信息学和社交网络分析等领域。知识图谱背景在给出知识图谱的定义之前，我们先分开讨论一下什么是知识，什么是图谱。什么是知识首先看一下什么是知识。

清如许.·2022-12-19 01:02

生物信息学常用数据库

写在前面说来惭愧，感觉读到研究生，说来说去张口闭口也就是TCGA、GEO、ARRAYEXPRESS、GTEX数据库，感觉还不如一些临床医生自学生物信息学的，平常都没去探索一些新的数据库，这边做个记录.黑色部分代表我查到的简介

愿航·2022-12-16 11:17

anaconda学习python_Anaconda——助力Python学习

Python是生物信息领域越来越受欢迎的语言，就像一年前的我一样，很多刚入门生物信息学的同学很可能被前辈推荐学习Python。当然也不是说Perl就没有任何优点了，我身边也有不少坚持用Perl的师兄师

weixin_39801879·2022-12-14 22:19

Manifold regularized discriminative feature selection for multi-label learning（基于流式正则化判别多标记学习的特征选择）

论文大纲：背景特征选择的方法详细介绍MDFS方法实验结果分析讨论和结论背景：在多标签学习中，对象本质上与多个语义相关，数据类型同时面临高特征维数的影响，如生物信息学和文本挖掘等应用。

好好的同学·2022-12-14 16:49

ComplexHeatmap |理解绘图逻辑绘制热图

作者：严涛浙江大学作物遗传育种在读研究生（生物信息学方向）伪码农，R语言爱好者，爱开源。

生信宝典·2022-12-14 11:48

使用pivot_longer和pivot_wider进行长宽数据转换

医学和生信笔记·2022-12-14 11:42

聚类分析-层次聚类（Hierarchical Clustering）在生物信息学中的应用

聚类分析-层次聚类（HierarchicalClustering）解析层次聚类层次聚类(HierarchicalClustering)是聚类算法的一种，通过计算不同类别数据点间的相似度来创建一棵有层次的嵌套聚类树。层次聚类可以被分为两类：自上而下和自下而上，其中常用的自下而上算法（Bottom-upalgorithms），也称为hierarchicalagglomerativeclustering

荞麦agan·2022-12-14 00:19

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