生物信息学ATAC

生物信息学常见数据格式

生物信息学上常见的数据格式主要有fasta，fastq，gff/gtf。1FASTAFASTA是一种基于文本用于表示核酸序列或蛋白质的氨基酸序列的格式。
小汪Waud·2023-04-08 00:35

【珍藏版】热点综述 | 人类脑疾病的多组学数据资源和综合分析总结

回顾了近年来单细胞技术在大脑研究中的发展（如单核RNA-seq、单细胞ATAC-seq和空间转录组学），同时进一步研究
尐尐呅·2023-04-07 22:28

生物信息学中常用的linux系统命令

在生物信息学中，linux系统伸手大家喜欢，整理了一下相关的操作命令(包括命令+选项+参数），以供参考。
2b17a8a8f301·2023-04-07 08:11

SRA数据库简介及使用方法

来源于SRA官网介绍SRA是NIH高通量测序数据的主要存档，并且是国际核苷酸序列数据库协作（INSDC）的一部分，该数据库包括NCBI序列阅读档案（SRA），欧洲生物信息学研究所（EBI）以及日本（DDBJ
正经昵称征集中·2023-04-06 10:13

SRA数据库简介

简介SRA是NIH的高通量测序数据的主要档案，是国际核苷酸序列数据库协作（INSDC）的一部分，包括NCBI序列阅读档案（SRA），欧洲生物信息学研究所（EBI）和DNA数据库。日本（DDBJ）。
Forest_Lee·2023-04-06 07:32

Machine Learning for iOS

机器学习库深度学习图书馆深度学习：模型压缩计算机视觉自然语言处理语音识别（TTS）和生成（STT）文本识别（OCR）其他AI机器学习WebAPI开源ML应用程序游戏AI其他相关人员线性代数统计，随机数数学优化特征提取数据可视化生物信息学
iOSDevLog·2023-04-06 04:39

如何根据染色体坐标批量提取对应的DNA序列（bedtools）

方法如下：Step1你需要先拿到差异peaks从ATAC-seq数据中分析得到的差异p
生信start_site·2023-04-05 10:17

使用SnapATAC分析单细胞ATAC-seq数据（一）: SnapATAC简介与安装

SnapATAC简介SnapATAC(SingleNucleusAnalysisPipelineforATAC-seq)是一个能够快速、准确和全面分析单细胞ATAC-seq数据的R包，它可以对单细胞ATAC-seq
Davey1220·2023-04-05 10:37

R语言系列1 | R和Rstdio的安装

如果说生物信息学只能学习一门编程语言的话，那么我会给你推荐R语言。
onlybugs·2023-04-05 08:13

学生信的那些事儿之二 - （小白）怎么学生信

——《飞驰人生》什么是生物信息学生物信息学(Bioinformatics)是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科
李白爱吃橙子·2023-04-05 00:06

BWT算法在生物信息学中的应用(一)-算法的基本原理

BWT算法可以将原文本转换成相似文本，并且可以用其他技术进行压缩。具体分为如下几个步骤：编码：1.循环移位2.排序3.输出最后一列，作为变换后的序列。解码：利用第一列和最后一列的关系，来还原出原始序列。下面，以一段核酸序列作为例子，进行讲解，具体例子如下：1.假设原始序列如下图，我们在最后加入一个$表示结束位置。2.进行循环移位，结果如下3.进行排序，结果如下4.最终，红色的序列L列作为我们的输出
luanzheng_365·2023-04-04 22:52

如何自学生物信息学

什么是生物信息学生物信息学与以往的传统生物学不同，它本身是一个混合体，而且在今天看来它应当还要包含现在的NGS和基因组学。
hello~bye~·2023-04-04 15:32

一大波生信友好期刊来袭，请注意查收！

近年来越来越多的科研人员开始对生物信息学感兴趣，生物信息学相关文章更是逐年上升。
概普生信·2023-04-04 13:23

构建生物信息学环境-2 （anconda/minniconda）

关于anconda的介绍和安装我直接贴一个孟浩巍大神的知乎帖子就好了，写的很详细，我也是按照那个方法一步步试下去的。https://zhuanlan.zhihu.com/p/35711429平时在操作的时候会发现有些分析软件的版本没有更新到python3版本，这个时候我们就需要创建一个新的环境来安装软件，有时候整个操作全部都需要在python2.7的环境下运行。condacreate-npytho
奔跑的Forrest·2023-04-04 11:27

为什么推荐学Python

现在是在读研究生，现在在做的研究室生物信息学这一个领域的。对于生物信息学在本科的学习中，自己并没有什么概念，因此在本科时自己也没有学习任何的编程。对于现在的生物信息学和编程自己就是一个真正的小白。
小杜的生信筆記·2023-04-04 10:02

利用TCseq包进行基因表达趋势分析

TCseq包提供了一个统一的套件去处理不同时序类型的数据分析，可以应用于转录组或者像ATAC-seq，Chip-seq的表观基因组时序型数据分析。
凯凯何_Boy·2023-04-03 16:20

Single cell ATAC-seq

https://www.nature.com/articles/nature14590http://cole-trapnell-lab.github.io/projects/sc-atac/https:
zhoujj2013·2023-04-03 11:45

结合CHIP-seq和ATAC-seq结果进行分析

上一篇文章里讲到了如何进行ATAC-seq的简单分析（ATAC-seq分析练习）。在文献中（CellStemCell2017Nov2;21(5):650-664.e8.）
生信start_site·2023-04-03 02:49

序列比对原理

序列比对是非常基础的工作，生物信息学分析大多涉及到这一步骤，虽然大部分人不做相关算法或软件的开发，但是了解总体的算法原理还是需要的。本文主要分为两部分。
BeeBee生信·2023-04-03 02:07

Fasta与Fastq格式文件

该格式已成为生物信息学领域的一项标准。FASTA文件各行记录信息如下：第一行是由大于号">"开头的任意文字说明，用于序列标记，为了保证后续分析软件能够区分每条序列，单个序列的标识必须是唯一的。
Nemo_53e9·2023-04-02 19:43

[蓝桥杯专栏]动态规划入门

简介：动态规划（Dynamicprogramming，简称DP），是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法。
河洛书·2023-04-02 11:55

LeetCode刷题之动态规划算法

动态规划（英语：Dynamicprogramming，简称DP）是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法。
奔跑吧李博·2023-04-02 07:06

动态规划算法练习 (1)

动态规划（英语：Dynamicprogramming，简称DP）是一种在数学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法。
生信编程日常·2023-04-01 20:46

tidymodels绘制校准曲线

主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。
医学和生信笔记·2023-04-01 17:06

动态规划python

1.定义动态规划（英语：Dynamicplanning，简称DP），是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法。
()426·2023-04-01 15:28

湖南半岁失聪女孩，靠唇语读到清华博士，26岁第一次听清世界

江梦南是清华大学生物信息学博士，她出生在湖南的一个山村里，父母都是教师。半岁的时候她得肺炎，因为药物的问题，失去了几乎所有听力。
大咖看学习·2023-04-01 15:28

Rstudio包管理一网打尽，最全的R包管理终极教程

BioconductorBioconductor，这个通常只有生物信息学的人才用得到。GithubGithub，不用多说，一般不太稳定，但是想尝鲜可以的。大部分CRAN和Bioc
学着放下·2023-04-01 10:38

算法图解 (九)

动态规划动态规划（英语：Dynamicprogramming，简称DP）是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法。
EruDev·2023-03-31 10:18

2022-09-26

研究首先通过生物信息学工具系统分析了AK
朗月斋主·2023-03-31 08:51

图神经网络的数学原理总结

许多现实生活问题使GDL成为万能工具：在社交媒体、药物发现、芯片植入、预测、生物信息学等方面都显示出了很大的前景。
deephub·2023-03-31 03:50

关于编程学习的一些思考

▼生物信息学习的正确姿势（第三版）NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2023-03-31 02:11

生物信息学常见数据格式

1.fastafasta是一种基于文本用于表示核酸序列或多肽序列的格式。其中核酸或氨基酸均以单个字母来表示，且允许在序列前添加序列名及注释。特征：2部分--id行和序列行。>id行以“>”开头,后跟序列名称&序列描述。有时候会包含注释信息>序列行一个字母表示一个碱基/氨基酸（A、T、C、G、N(N表示不知道是什么)/20种常见氨基酸）。序列中允许空格，换行，空行，直到下一个“>”，表示该序列结束。
Hayley笔记·2023-03-30 20:57

比对算法总结(二)——基于BWT索引结构的比对算法-Bowite1

image.png1简介这是美国马里兰大学计算机研究所、生物信息学和计算生物学中心于2009年发表在《GenomeBiology》杂志的一篇经典文章，至此以后依赖于BWT索引的比对算法成为主流。
生信小书童·2023-03-30 12:24

认识序列

这一次我们来看生物信息学分析的一个重要内容：序列比较。无论你是研究核酸的还是蛋白质的，无论你是搞测序的还是搞结构的，甚至是编程的，都逃不掉序列的比较。那什么是序列呢？
yhh_hygge·2023-03-29 07:18

Anaconda：解决你装包的烦恼

生物信息学的日常就是利用五花八门的工具和各种各样的数据打交道，很多时候需要在命令行安装软件或者包。
亮亮就是亮·2023-03-29 06:33

Motif 文库筛选策略——精准定义转录因子结合 DNA 基序！—钟鼎生物

随着生物技术的创新发展，特别是高通量测序技术的日益成熟，近几年涌现出Dap-seq，Cut&tag,ATAC-seq等一系列新的技术手段，转录因子蛋白与DNA结合的面纱被一层层
钟小博·2023-03-29 05:31

生物信息大数据&数据库（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）

想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课，有一章专门讲的数据库与软件：1-生物信息学：导论与方法北大\10生物信息数据库及软件资源一个优秀的生信开发者能够解决如下问题：如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题
weixin_34032621·2023-03-28 20:08

工具 | 生物信息学主要数据库与分析工具

来自【樊龙江《生物信息学》第二版】附录2。
shwzhao·2023-03-28 05:57

稳健生物信息学研究的“黄金法则”

搜索关注【生物城堡】超乎想象的干货分享生物信息学面临的挑战生物学对大型测序数据集的频繁使用，正在改变我们所需的工具和技能，它也在改变科学发现的可重复性和稳健性。
沈博士·2023-03-28 03:11

开启生信分析之旅的准备工作

一、什么是生物信息学？
可乐凉拌皮卡丘·2023-03-27 21:04

学生信的那些事儿之十一 - RNAseq 分析流程之Conda安装和软件下载

生信分析常用软件的下载和使用已经有很经典的教程：生物信息学常见1000个软件的安装代码，不过需要一个一个的下载安装。
李白爱吃橙子·2023-03-27 07:36

BioSciTools: bioinformatics desktop software

BioSciToolshttps://bioscitools.github.io基于Java(JDK-11),JFX,R-4.2.0开发的桌面程序，旨在为生物信息学的发展做出新的探索和贡献，实现序列分析
benben_miao·2023-03-26 21:52

生物信息学数据库及在线工具汇总

核酸数据库NCBI[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/]NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation）是指美国国立生物技术信息中心EMBL[https://www.ebi.ac.uk/ena]欧洲分子生物学实验室EMBL（TheEuropeanMolecularBiologyLaboratory）DDBJ[ht
Seurat_Satija·2023-03-26 11:47

Galaxy Release_20.05 发布，新增多项可视化体验

GalaxyProject（https://galaxyproject.org/）是在云计算背景下诞生的一个生物信息学可视化分析开源项目。
BioIT爱好者·2023-03-26 07:16

本地化BLAST+详细使用方法

序列相似性搜索是重要的生物信息学研究之一，常常为新测序基因组或序列片段的功能提供参考，而BLAST是这一系列工具中最流行的相似性搜索工具。
Boer223·2023-03-26 05:20

友达以上，恋人未满 | 生物信息学分析与生物学问题

写在前面标题对部分人来说，可能稍有奇怪，不过我发现我似乎却找不到更好的词句来描述这以关系，难道是用暧昧？那似乎也不甚恰当。此处不做纠结。最近我针对某个生物学问题，大体看了一些文献，多半还是看得细致。早上起来，看着看着，突然闪过了以前的一些思考。记录如下。组学数据分析可以为生物学问题的探索明确了范围十年前，我还在实验室设计兼并引物，只为了从杧果中克隆一个体胚发生相关基因的序列时，怎么也不会想到现在只
生信石头·2023-03-25 22:17

75.《Bioinformatics Data Skills》之构建循环处理文件pipeline

生物信息学中，很多数据分散在多个文件中，任何pipeline处理的核心都是通过某种方式对每个文件运行相同的流程，并保持对样本的追踪（最简单的方式是通过bash的for循环）。
DataScience·2023-03-25 05:30

第二章 创建并管理一个生信项目

第二章笔记本章目的：帮助读者了解实现生物信息学项目的可重复性和鲁棒性所需要的准备工作和持续性文档记录的习惯项目的目录结构命名原则起个简洁又清楚的名字（文件夹名&文件名）例子：研究关于ZeaMays的SNP
6102·2023-03-24 11:40

vi多行注释或删除多行注释

微信公众号：生物信息学习添加多行注释的方法：1.进入vi/vim编辑器，按CTRL+V进入可视化模式（VISUALBLOCK）移动光标上移或者下移，选中多行的开头3.选择完毕后，按大写的的I键，此时下方会提示进入
gtt儿_生物信息学习·2023-03-23 10:45

最优化算法 - 动态规划算法

动态规划算法简介动态规划（Dynamicprogramming）是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法。
Just_Paranoid·2023-03-23 08:55
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