生物信息学ATAC 第2页

2021-12-27

NatRev丨癌症基因组测序数据的计算分析原创珍奇图灵基因2021-12-2707:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：珍奇IF：60.716推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文描述了癌症基因组生物信息学分析中涉及的主要步骤

图灵基因·2024-01-31 23:49

特征选择综述论文阅读笔记

一特征选择（featureselection）的简介我们现在正处在大数据的时代，大量的高维数据在各种领域中无处不在，如社交媒体、医疗保健、生物信息学和在线教育。

wyn20001128·2024-01-31 01:23

LINUX的练习题

LINUX的练习题：最低要求是完成我的linux20题http://www.bio-info-trainee.com/2900.html其次完成生物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq

七七师姐·2024-01-31 00:14

生物信息网站集合

1.常用门户：美国国家生物技术信息中心(NCBI)：https://www.ncbi.nlm.nih.gov欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)：https://www.ebi.ac.ukUCSCGenome

庐山星晖·2024-01-30 16:27

ChatGPT如何为初学者进入生物信息学领域赋能？

也引发了人们对它们在促进编程重数据分析方面的潜在用途的巨大兴趣，如生物信息学。凭借其卓越的会话和编程能力（例如rtour.ai网站），ChatGPT有望帮助学生克服编程障碍。

qq_37303241·2024-01-30 10:44

使用 ChatGPT 为生物信息学初学者赋能

论文：EmpoweringBeginnersinBioinformaticswithChatGPT.2023对于生信初学者而言，最大的困难是身边没有经验丰富的人给予指导。而ChatGTP的出现可能改变这一现状，学生可以自己作为导师，指导ChatGPT完成数据分析工作。众所周知，与ChatGPT互动，给予的指令越精确，那么它给出的答案越精准。这篇论文提出一个与ChatGPT互动的模型：OPTICAL

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-30 10:13

2018.8.9

玉米粥土豆春卷大绿砖曲折的生物学学长结果是生物信息学纠结来纠结去很辣的辣子鸡美美的午觉破釜沉舟的决心吧桃子核桃打打气刚刚好的生活刚刚到的快递港澳通行证签证凉面烤奶微生物打卡保持明天开始独立实验了不需要人陪

珍惜眼前始为真·2024-01-30 09:14

生物信息学编程零基础学习 Python

我本科是农学，研究生专业是生物学，方向是植物基因组。编程方面真是零基础，仅仅在大一接触C语言。整个课题组基本都是用Python作为主要的编程语言。目前是研一下学期，我也想总结一下编程的学习之路。Python的入门第一本Python书.png这本书很薄，内容很简单，适合之前从没有学过编程的人阅读。通过这本书能简单了解Python语法，变量，函数等等进一步的深入学习Python编程.从入门到实践.pn

球果假水晶蓝·2024-01-30 09:14

安装WGCNA的各种方法

JeremyL·2024-01-26 11:16

xshell用无线网远程连接linux失败_Linux基础入门 | 服务器集群使用指南

但是，在我们进行生物信息学分析时，往往需要在高性能服务器集群上投递任务。这就需要我们掌握基本的集群操作方法。

weixin_39781363·2024-01-25 18:58

业余爱好-生物信息学/生物化学/物理/统计学/政治/数学/概率论/AI/AGI/区块链

生物信息学高等数学—元素和极限-实数的定义高等数学—元素和极限-实数的元素个数高等数学—元素和极限-自然数个数少于实数个数高等数学—元素和极限-无穷大之比较高等数学—元素和极限-级数的收敛高等数学—元素和极限

amingMM·2024-01-24 16:52

方便的 Bash 终端技巧大集合

几年前我从事生物信息学方面的研究工作。对那些简单的bash命令感到惊讶，他们比我的枯燥脚本快很多。通过学习命令行的快捷方式和脚本帮助我节省了很多时间。

summerbluet·2024-01-24 14:21

全反式维甲酸（ATAR）诱导白血细胞的染色质构象改变而影响分化进程

AlterationsofspecificchromatinconformationaffectATRA-inducedleukemiacelldifferentiation期刊：CellDeath&Disease影响因子：6.044主要技术：Hi-C、ATAC-seq

d5c9c866171f·2024-01-24 11:45

3‘aTWAS—3‘adapter-based transcriptome-wide association study

3'aTWAS是一个生物信息学技术，全称为3'adapter-basedtranscriptome-wideassociationstudy。

m1chiru·2024-01-23 09:23

生物信息学导论-北大-新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq 1

ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义+搜索内容。Real-TimeqRT-PCR基于互补杂交反应（complementaryhybridizationreaction），PCR技术的发展促进了本技术的发展，缺点是：1.低通量2.需要有转录本序列的先验知识。步骤：Real-TimeQuantita

陆沙·2024-01-23 00:50

生物信息学必知必会的Linux/Unix命令

我们之前分享过一篇文章：清华大学生物信息学课件资料分享，各位屯资料的小松鼠，有没有认真跟着学习呢？我翻了翻，立马就看到了干货。

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-22 08:49

北大公开课-2 生物信息学历史

在分子水平研究演化L.pauling1965sangerDNAsequencing19771988人类基因组计划2001年人类基因组计划2005二代测序1991年Linux系统系统特点由目的单一的小程序组成，组合小程序完成各个任务一切皆文件避免人机交互，中间不需要输入任何内容能简写绝不写全称

番番番茄小姐·2024-01-21 18:24

生物信息学导论-北大-变异的功能预测3（Comparative Modeling）

ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义。ComparativeModeling就是第一节提到的同源建模HomologyModeling，指利用序列的相似性去推测蛋白质结构。回放：同源建模HomologyModeling：SWISS-MODEL执行：先在数据库中搜索（i.e.BLAST）找到至少一个

陆沙·2024-01-21 17:34

生物信息学导论-北大-变异的功能预测2（SAPRED）

ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义。生物学问题：如何区分致病变异和中性变异？如何预测一个变异是否致病？方法：Conservation-based：SIFTRule-based：PolyPhenClassifier-based：PolyPhen2,SAPREDSAPRED：SingleAmino

陆沙·2024-01-21 17:04

生物信息学导论-北大-变异的功能预测1

ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义。基因突变的来源Germlinemutation（胚系突变）来自父母的遗传，是生殖细胞携带的突变，可以遗传在个体每个细胞中都存在Denovomutation（新发突变）父母本身没有突变，一般来自精卵结合或受精卵发育过程中的自发突变很常见，一般不会带来功能性的问

陆沙·2024-01-21 17:03

MCM备赛笔记——图论模型

图论的模型广泛应用于计算机科学、通信网络、社会网络、生物信息学、城市交通规划等多个领域。图论的基本模型无向图：顶点之间的边没有方向。无向图常用于表示双向关系，如社交网络中的友谊关系。

我我我想出去玩·2024-01-21 10:47

三个月自我更新计划（第5周）

1)书籍阅读方面：《生物信息学》本周完成第13章的第3节第2和第3小节+第4节3个小节，共5个小节，20页；计划安排7天，每天2-3页或1个小节。

Diamondbacks·2024-01-19 12:48

序列比对原理

在生物信息学研究中，序列比对是一个非常基础的问题，在很多研究中都会用到。

生信自修室·2024-01-18 05:40

会议 | 宏基因组和生物信息学进行病原检测的进展和未来

文献信息文章：Currentprogressandfutureopportunitiesinapplicationsofbioinformaticsforbiodefenseandpathogendetection:reportfromtheWinterMid-AtlanticMicrobiomeMeet-up,CollegePark,MD,January10,2018杂志：Microbiome时

胡童远·2024-01-16 07:41

生物信息学之同源性、相似性、一致性和直旁系同源

作为生物信息学中序列分析方面的核心概念，话不多说直接上核心内容：同源性：具有共同进化祖先的两条序列称为同源序列。同源性没有程度之分，要么是同源，要么非同源，高度同源这种说法是错误的。

AIzealot无·2024-01-16 02:33

生物信息学及其研究方向与应用

生物信息学是生物er在AI以及cs时代的出路，所以AI以及生信一定是生物er的出路，21世纪的生物只有和最具生产力的行业结合，才能爆发出生命力，哦不，拿到高薪。

AIzealot无·2024-01-16 02:32

生物信息学之序列比对

从事生物信息学方面的研究利用了有生产力的CS方面的技术来研究生物领域的内容。当研究基因和蛋白质时，常常涉及到专有名词——序列比对。何为序列比对呢？

AIzealot无·2024-01-16 02:02

科研绘图（四）火山图

火山图是生物信息学中常用的一种图表，用来显示基因表达数据的变化。

BZD数模社·2024-01-15 20:55

基础分子结构(1): exon, intron, CDS, ORF, 3',5'-UTR

分子生物学的基础知识对正确运用生物信息学工具有着举足轻重的作用。因此我想对其中重要的概念进行学习。

逐鸿·2024-01-15 17:57

2022-09-28

癌症基础和转化研究中的大数据，影响诊断和治疗决策原创榴莲不酥图灵基因2022-09-2810:09发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：榴莲不酥IF=69.800推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：大数据分析、生物信息学和人工智能的结合使人们对癌症生物学的基本理解和转化取得了显著进展

图灵基因·2024-01-15 04:20

一个不成熟的小脚本，ATAC数据一键预处理从fastq到treated bam

【atac-single.sh】对AT

基因组学研究生·2024-01-15 01:32

.【机器学习】隐马尔可夫模型（Hidden Markov Model，HMM）

概率图模型可以用于机器学习，人工智能，自然语言处理，计算机视觉，生物信息学等领域。一、马尔科夫模型随机过程马尔科夫过程马尔科夫链状态转移矩阵通过训练样本学习得到，采

十年一梦实验室·2024-01-14 06:52

用R语言随便编一个模拟fasta序列

在生物信息学中，FASTA格式（又称为Pearson格式），是一种基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。

小贝学生信·2024-01-12 22:31

《未来简史》

如果能在两年前就接触到分子生物学并由此领悟到生命的算法，我一定会选择考生物信息学（青岛大学生物信息学要我我没去）。就像图二《人人都是产品经理》暗示从化学转行到生物医药的我再转行到生物信息学一样。

1379号监听者·2024-01-11 07:16

非负矩阵分解(NMF)的几个相关运用

>非负矩阵分解NMF介绍<本文列出了几项在生物信息学和神经影像学领域中应用NMF分析的研究。应该是最早将NMF运用到微阵列(Microarray)数据上的文章。

懒麻蛇·2024-01-11 02:04

【MOOC-生物信息学-序列比较】

一、认识序列FASTA格式第一行：“＞”+名称或其他注释第二行及以后：字符串表示序列二、序列的相似性1.序列相似的重要性相似的序列往往起源于同一个共同的祖先序列，它们很可能有相似的空间结构和生物学功能，即相似的序列->相似的结构->相似的功能可用序列相似、结构功能已知的蛋白质推测当前仅知道序列的蛋白质2.一致度与相似度一致度（identity）：如果两个序列（蛋白质或核酸）长度相同，那么它们的一致

HuangXinyue1017·2024-01-11 01:16

从单细胞数据分析的最佳实践看R与Python两个阵营的博弈

R与Python，在生物信息学领域的博弈异常激烈。许多生信分析，两个阵营都发展出了自己的方法，比如单细胞数据分析，R有Seurat，Python就有Scanpy。

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-10 16:22

生物信息学软件：两种风格

生物信息学目前有两种极为不同的手段：一种是基于网络的工具，另一种是基于命令行的工具。基于网络的工具有时也被称为“点击工具”，使用这些工具并不需要具备编程知识，可以直接上手使用。

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-10 16:52

生物信息学中的可重复性研究

在生物信息学领域，这意味着如下内容。工作流应该有据可查。这可能包括在电脑中保留文本文档以便复制和粘贴复杂命令、网址或其他形式的数据。

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-10 16:50

如何删除有90%以上一致性的序列

写在前面的话：本人是一枚生物学的学生，由于对生物信息学特别感兴趣，于是想自学生物信息学（新手莫怪）。了解到生物信息学要有编程基础，尤其是要会一门编程语言，例如：R语言、Python、P

天明豆豆·2024-01-09 18:40

2022-05-18

CanDisc|基于复发性癌基因共变异的精准联合疗法图灵基因图灵基因2022-05-1813:24收录于合集#前沿分子生物学技术德克萨斯大学MD安德森癌症中心的科学家报告了一种新型生物信息学平台的开发，

图灵基因·2024-01-07 05:56

生信人的自我修养：Linux 命令速查手册

如果你对生物信息学感兴趣，欢迎在公众号或知乎关注我。博客：

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-05 13:27

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十三章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞

xuzhougeng·2024-01-04 14:17

【生物信息学】层次聚类过程

文章目录一、理论二、实践过程1过程2一、理论层次聚类是一种基于树状结构的聚类方法，它试图通过在不同层次上逐步合并或分裂数据集来构建聚类结构。这个树状结构通常被称为“树状图”（dendrogram），其中每个节点代表一个数据点或一组数据点，而连接节点的分支表示聚类的形成过程。下面是层次聚类的一般原理：距离矩阵计算：首先，计算数据集中每对数据点之间的距离。这可以是欧氏距离、曼哈顿距离、相关性等

QomolangmaH·2024-01-04 09:09

「摸鱼快报008」看不懂机器学习西瓜书? 没关系, 南瓜书来帮你!

摸鱼快报是一档我拍脑袋想出来的致力于轻量化地收集优质生物信息学及相关领域资料带给大家的小栏目,力求废话不多,干货为王.下面内容引用自官方github首页,帮助你快速了解推出南瓜书的目的:“周志华老师的《

卖萌哥·2024-01-04 07:51

生信数据类型

生信是指生物信息学，是研究生物大数据的采集、存储、分析和解释的学科领域。

m1chiru·2024-01-03 23:39

ExpHunterSuite

ExpHunterSuite是一种用于基因表达数据分析的生物信息学工具套件。它可以用于从高通量测序数据中提取差异表达基因，并对其进行注释和功能富集分析。

m1chiru·2024-01-03 23:09

聚类算法介绍

聚类算法在数据挖掘、图像分割、文本分类、生物信息学等领域都有广泛的应用。

亦旧sea·2024-01-03 21:06

推荐频道

生物信息学ATAC