生物信息学ATAC 第5页

2023.11.13【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第六章多重序列比对下）

目录6.4多重序列比对数据库6.5基因组区域的多重序列比对6.6展望6.7常见问题总结6.4多重序列比对数据库Pfam：基于谱隐马尔可夫模型构建的蛋白质家族数据库SMART：简易分子构型研究工具，与细胞信号传导、细胞外结构域以及染色质功能相关的蛋白质家族数据库保守结构域数据库（CDD）：基于序列或文本对Pfam和SMART进行查询，鉴别序列中的保守结构域多序列比对数据库整合平台：InterPro和

穆易青·2023-11-14 00:36

UseGalaxy.cn生信云平台文本文件操作手册

文本文件是生物信息学中应用非常广泛的文本格式，甚至可以说是最重要的文件格式，比如常见的测序下机数据Fastq、参考基因组保存格式Fasta、比对文件SAM，以及突变列表VCF，它们都是文本文件。

简佐义的博客·2023-11-12 22:32

华为云原生Kubernetes之运行Volcano高性能作业的深度使用和实践

Volcano是CNCF下首个也是唯一的基于Kubernetes的容器批量计算平台，主要用于高性能计算场景，提供了机器学习、深度学习、生物信息学、基因组学及其他大数据应用所需要而Kubernetes当前缺失的一系列特性

╰つ栺尖篴夢ゞ·2023-11-11 21:27

python解析.hhr文件

HMMER用于生物信息学中的蛋白质和核酸序列比对任务，例如蛋白质家族分类、序列相似性搜索等。HHR文件是HMMER比对结果的一种输出格式，它包含了与序列比对相关的信息。

qq_27390023·2023-11-11 21:17

多序列比对sto格式转a3m

在生物信息学中，有多种文件格式用于存储多序列比对的结果，其中包括Stockholm(.sto)和A3M(.a3m)格式。

qq_27390023·2023-11-11 21:38

生物信息学笔记03 -- 基因组序列分析方法

JamSlade·2023-11-11 06:11

生物信息学中引入NLP的相关思想

这是鄙人写的第一篇博客，还有许许多多的问题，希望大家多多指正目录生物信息学与NLP是什么？什么是生物信息学？什么是NLP？生物信息学和NLP有何关联？

又三郎丶·2023-11-08 13:21

Cell Reports | 表观组学和单细胞测序揭示在急性应激条件下FoxM1协调β细胞亚群的细胞分裂、蛋白质合成和线粒体活性

发表单位：瑞士分子健康科学研究所期刊：CellReports（IF:8.8）发表日期：2023年8月29日研究技术：ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq、scRNA-seq（爱基百客均可以提供

爱基百客·2023-11-07 22:54

生物信息学 | 借助 AI 更高效地开启研究

By超神经生物信息学(Bioinformatics)是指利用应用数学、信息学、统计学和计算机科学的方法，研究生物学问题。

HyperAI超神经·2023-11-06 21:54

9. 《Bioinformatics Data Skills》之Unix Shell

由于UnixShell的2大哲学思想模块化与重定向，其成为生物信息学家常用的工作环境。模块化指的是一个程序只做好一件事情，然后将程序使用管道连接起来。

DataScience·2023-11-06 14:17

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十四章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞

xuzhougeng·2023-11-06 12:05

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 7

这一章来介绍NGS的下游分析富集分析简单的讲，富集分析就是一种统计分析的手段，用来筛选功能相类的一组基因是否富集中差异表达的基因中。当人们拿到了差异表达的基因时，很多时候因为差异表达的基因数量很多，面对这么多的基因，人们不知道如何找到合适的突破口进行下游的验证实验。于是从一堆差异表达的基因中找出有意义的基因进行RT-PCR验证以及基因敲除验证就需要使用到富集分析了选择正确的库(library,或者

小潤澤·2023-11-06 01:26

单细胞转录组高级分析二：转录调控网络分析

然而单细胞转录组数据具有背景噪音高、基因检出率低和表达矩阵稀疏性的特点，给传统统计学和生物信息学方法推断高质量的GRNs带来了挑战。Sing

Seurat_Satija·2023-11-05 04:44

rcp2.6是什么意思_RCP Bioclipse版本2.2.0已发布

Bioclipse是基于EclipseRCP的化学和生物信息学的开源可视平台。

diluan6799·2023-11-04 12:18

生物信息学与功能基因组学（1）

生物信息学是一门集数学、计算基科学和生物学的工具与技术于一体的交叉学科，其研究内容涵盖了生物信息的获取、处理、存储、分配、分析和解释等各个方面。

顺昕如意·2023-11-03 06:22

生信必会格式：GFF和GTF的简介和转换

例子GFF转为GTF使用AGAT转换使用gffread转换使用GenomeTools转换其他工具：ea-utils、TransDecoder、Kentutils闲聊参考前言GFF和GTF两种格式，算是生物信息学中最基本最常用

万木春❀·2023-11-03 04:54

bedtools intersect用法详解

bedtools用法大全bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的！

awk_bioinfo·2023-11-03 04:16

bedtools 用法大全

bedtools用法大全bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的！

awk_bioinfo·2023-11-03 04:15

NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-11-03 04:45

用maftools一行代码画出瀑布图

本文首发于微信公众号：生物信息学习昨天本科的一个师姐问我关于瀑布图的画法，想要画个瀑布图，问我有没有有什么工具可以画的，目标图如下：image.png于是给师姐介绍了maftools这个R包，这个R包功能非常强大

gtt儿_生物信息学习·2023-11-02 16:22

2021-03-03

核酸和蛋白质序列分析关键词：核酸序列蛋白质序列分析软件在获得一个基因序列后，需要对其进行生物信息学分析，从中尽量发掘信息，从而指导进一步的实验研究。

85164760f6ac·2023-11-02 14:56

科研神器TBtools，拿来把你……

森言森语TBtools是一款优秀的生物信息学软件，也是我最早接触的生物信息学软件。从接触到现在差不多一年，边使用，边积累，算是学习路上的一款启蒙软件。

今日之森·2023-11-02 08:24

【生物信息学】单细胞RNA测序数据分析：计算亲和力矩阵（基于距离、皮尔逊相关系数）及绘制热图（Heatmap）

文章目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍三、实验内容0.导入必要的库1.读取数据集2.质量控制（可选）3.基于距离的亲和力矩阵4.绘制基因表达的Heatmap5.基于皮尔逊相关系数的亲和力矩阵6.代码整合一、实验介绍计算亲和力矩阵，一般按照以下步骤进行：导入数据：加载单细胞RNA测序数据集。数据预处理：根据需要对数据进行预处理，例如基因过滤、归一化等。计算亲和力：使用合适

QomolangmaH·2023-11-02 05:04

Windows子系统Linux安装简易指南(1)

最近接触到生物信息学Linux是处理生物信息学数据必备的工具之一，常用的笔记本或者电脑是windows系统但是处理较大数据时候不大方便，常见的是1.windows上面安装虚拟机然后在虚拟机上安装Linux

小乔爱科研·2023-11-01 07:10

可视化生信分析利器 Galaxy 之 Docker 部署

GalaxyProject（https://galaxyproject.org/）是很多年前在云计算背景下诞生的一个生物信息学可视化分析开源项目,是目前生物医学研究领域最受欢迎的在线生物信息分析工具之一

BioIT爱好者·2023-10-31 10:09

生物信息学之序列比对

针对DNA、RNA以及蛋白质序列，我们需要对其进行序列相似性搜索，来研究分析不同序列在结构和功能上相同与差异相似性【similarity】/一致性【identity】双序列比对（PairwisesequenceAlignment）同源性【homology】多序列比对（MultipleSequenceAlignment）旁系同源【paralogs】：同祖同种不同功直系同源【orthologs】：同祖

BHHANt·2023-10-31 09:51

生物信息学（1）——双序列比对之Needleman-Wunsch(NW)算法详解及C++实现

生物信息学系列博客索引生物信息学（1）——双序列比对之Needleman-Wunsch(NW)算法详解及C++实现生物信息学（2）——双序列比对之Smith-Waterman(SW)算法详解生物信息学（

大青儿·2023-10-31 09:19

生物信息学分析-blast序列比对及结果详细说明

1.软件说明Blast是一种基于序列比对的分析工具，可以用于寻找生物序列之间的同源性，它的全称是BasicLocalAlignmentSearchTool。Blast有多种版本和用途，最常见的是基于Web的Blast和本地安装的Blast程序。Web版Blast可以直接在NCBI网站上使用，而本地安装的Blast程序需要下载和安装在计算机上。Blast的使用流程一般为输入一个查询序列，与数据库中的

小果运维·2023-10-31 09:47

「摸鱼快报003」哈佛生物信息学课程叫你乖乖呆家学习

https://github.com/harvardinformatics/learning-bioinformatics-at-home哈佛大学的科学家们为了让诸位乖乖呆在家里学习生物信息学，开始编撰一份学习清单方便大家在家里好好学习生物信息学

卖萌哥·2023-10-31 06:02

生物小工具

本文主要介绍一些生物小工具,尤其是在文章中的，还有就是生物信息学方面的，总而言之，言而总之，希望能够帮助到大家。

天明豆豆·2023-10-30 22:44

Plant Cell | DAP-seq和ATAC-seq助力构建玉米胚乳发育调控网络

禾本科植物，如水稻（Oryzasativa）和玉米（Zeamays）的胚乳，不仅是种子发芽和幼苗早期生长的能量来源，也是人类食物、畜禽饲料及工业用途的重要原料。胚乳的发展经历两个主要阶段：一是细胞发展阶段，此时细胞会经历大量的分裂与分化；二是籽粒灌浆阶段，细胞在此期间积累淀粉和蛋白质等储存物质。三个关键转录因子，即NAKEDENDOSPERM1(NKD1)、NKD2和OPAQUE2(O2)，在玉米

爱基百客·2023-10-30 11:22

蛋白质PDB文件读取C++代码

在生物信息学中，PDB数据库是非常重要的蛋白质结构数据库。PDB数据文件的读取是进行蛋白质结构相关预测的重要步骤！

Jun-H·2023-10-28 03:53

清华大学鲁志实验室内部生物信息学培训教材

授课的配套PPT都是共享在清华大学校园网盘：-[Bioinfo2020](https://cloud.tsinghua.edu.cn/d/b707e65b559549069938/?p=%2Fbioinfo2020%2FLectures&mode=list)-[Bioinfo2019](https://cloud.tsinghua.edu.cn/d/b707e65b559549069938/?p=

可以公开的秘密Scarlett·2023-10-27 00:07

RAD51的系统泛癌分析揭示其对诊断预后和治疗预测的潜在作用

APan-CancerBioinformaticAnalysisofRAD51RegardingtheValuesforDiagnosis,Prognosis,andTherapeuticPredictionRAD51在诊断、预后和治疗预测方面的价值的泛癌症生物信息学分析发表期刊

生信学霸·2023-10-26 22:15

春秋海儿·2023-10-23 06:32

MIT 生物信息课程

这是生物信息学中的一个核心概念，对于理解整个生物网络至关重要。

丸丸丸子w·2023-10-22 19:02

生物信息学缘起——linux篇（五）if-then-else命令

一、if-then语句shell中最基本的结构化命令是if-then语句：ifcommandthencommandsfi如果你在用其他编程语言的if-then语句，这种形式可能会让你有点困惑。在其他编程语言中，if语句之后的对象是一个等式，这个等式的求值结果为TRUE或FALSE。但bashshell的if语句并不是这么做的。bashshell的if语句会运行if后面的那个命令。如果该命令的退出状

BioInforNya·2023-10-21 23:36

生物信息学入门必备书籍【免费获取】

沈博士·2023-10-20 23:42

ATAC-seq分析干货-2

作者|Arno审稿|童蒙编辑|amethyst上一期我们介绍了ATAC-seq相关的背景知识。

生信阿拉丁·2023-10-19 22:45

【论文复现】基于多模态深度学习方法的单细胞多组学数据聚类（【生物信息学】实验二：多组学数据融合：scMDC）

目录一、实验介绍1.论文：基于多模态深度学习方法的单细胞多组学数据聚类Abstract2.Github链接二、实验环境0.作者要求1.环境复现实验一实验二（本实验）2.库版本介绍实验一实验二3.IDE三、实验内容1.用法2.输出3.参数4.run_scMDC设置超参数对scRNA-seq数据进行预处理构建scMultiCluster模型预训练使用KMeans确定聚类数k微调模型,训练聚类层保存预测

QomolangmaH·2023-10-19 00:46

Metascape 专门为生物学者设计的基因富集分析网站

图片一、Metascape简介Metascape（http://metascape.org/）是一个功能强大的基因功能注释分析工具，能帮助用户将当前流行的生物信息学分析方法应用到批量基因和蛋白质的分析中

Seurat_·2023-10-18 21:35

生物信息学——文件格式 pileup详解

生物信息学生物信息学——文件格式pileup详解文章目录生物信息学概述一、pileup文件格式二、碱基序列（Readbases）符号详解概述每一种生物软件都有固定的文件格式要求。

福旺旺·2023-10-18 18:09

RDKit计算分子属性

RDKit计算分子属性分子属性的计算在化学、药物研发和生物信息学等领域中具有重要意义。

MurphyStar·2023-10-17 10:29

甲状腺乳头状癌piRNA诊断标志

想必很多同学对piRNAs都不是很熟悉吧，那么到底什么是piRNAs，我们又该如何通过常用的生物信息学方法识别出可以作为标志物的关键piRNAs呢？就让我们带着这样的疑问开始今天的学习吧。

概普生信·2023-10-17 09:22

Cluster聚类算法大比拼：性能、应用场景和可视化对比总结

聚类分析是一种无监督学习方法，广泛应用于各种领域，包括市场细分、社交网络分析、生物信息学和推荐系统等。

Mr数据杨·2023-10-16 17:01

linux视频-P13-fasta和fastq格式文件的shell小练习

fasta和fastq格式文件的shell小练习这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps

小梦游仙境·2023-10-16 15:09

计算机方向的计算生物学,美国生物信息学和计算生物学的研究课题

留学美国，可能了解生物信息学和计算生物学的人仅仅局限在计算机科学专业，因为生物信息学和计算生物学是在计算机科学专业下的分支。

weixin_39979948·2023-10-16 10:13

生物信息学所需的计算机知识,生物信息学专业计算机课程的探讨

摘要：介绍了生物信息学专业教学的特点，分析了生物专业学生进行计算机课程教学中存在的问题，提出了生物专业计算机课程教学方法。

weixin_39704971·2023-10-16 10:43

计算机专业生物信息学方向怎么样,2019年生物信息学本科专业怎么样？

2019年本科生物信息学专业怎么样？就业方向和就业前景如何？专业代码：071003修业年限:四年学科门类：理学专业类：生物科学类生物信息学专业怎么样?

哎不想起名·2023-10-16 10:12

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