生物信息学ATAC 第5页

2021-03-03

核酸和蛋白质序列分析关键词：核酸序列蛋白质序列分析软件在获得一个基因序列后，需要对其进行生物信息学分析，从中尽量发掘信息，从而指导进一步的实验研究。

85164760f6ac·2023-11-02 14:56

科研神器TBtools，拿来把你……

森言森语TBtools是一款优秀的生物信息学软件，也是我最早接触的生物信息学软件。从接触到现在差不多一年，边使用，边积累，算是学习路上的一款启蒙软件。

今日之森·2023-11-02 08:24

【生物信息学】单细胞RNA测序数据分析：计算亲和力矩阵（基于距离、皮尔逊相关系数）及绘制热图（Heatmap）

文章目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍三、实验内容0.导入必要的库1.读取数据集2.质量控制（可选）3.基于距离的亲和力矩阵4.绘制基因表达的Heatmap5.基于皮尔逊相关系数的亲和力矩阵6.代码整合一、实验介绍计算亲和力矩阵，一般按照以下步骤进行：导入数据：加载单细胞RNA测序数据集。数据预处理：根据需要对数据进行预处理，例如基因过滤、归一化等。计算亲和力：使用合适

QomolangmaH·2023-11-02 05:04

Windows子系统Linux安装简易指南(1)

最近接触到生物信息学Linux是处理生物信息学数据必备的工具之一，常用的笔记本或者电脑是windows系统但是处理较大数据时候不大方便，常见的是1.windows上面安装虚拟机然后在虚拟机上安装Linux

小乔爱科研·2023-11-01 07:10

可视化生信分析利器 Galaxy 之 Docker 部署

GalaxyProject（https://galaxyproject.org/）是很多年前在云计算背景下诞生的一个生物信息学可视化分析开源项目,是目前生物医学研究领域最受欢迎的在线生物信息分析工具之一

BioIT爱好者·2023-10-31 10:09

生物信息学之序列比对

针对DNA、RNA以及蛋白质序列，我们需要对其进行序列相似性搜索，来研究分析不同序列在结构和功能上相同与差异相似性【similarity】/一致性【identity】双序列比对（PairwisesequenceAlignment）同源性【homology】多序列比对（MultipleSequenceAlignment）旁系同源【paralogs】：同祖同种不同功直系同源【orthologs】：同祖

BHHANt·2023-10-31 09:51

生物信息学（1）——双序列比对之Needleman-Wunsch(NW)算法详解及C++实现

生物信息学系列博客索引生物信息学（1）——双序列比对之Needleman-Wunsch(NW)算法详解及C++实现生物信息学（2）——双序列比对之Smith-Waterman(SW)算法详解生物信息学（

大青儿·2023-10-31 09:19

生物信息学分析-blast序列比对及结果详细说明

1.软件说明Blast是一种基于序列比对的分析工具，可以用于寻找生物序列之间的同源性，它的全称是BasicLocalAlignmentSearchTool。Blast有多种版本和用途，最常见的是基于Web的Blast和本地安装的Blast程序。Web版Blast可以直接在NCBI网站上使用，而本地安装的Blast程序需要下载和安装在计算机上。Blast的使用流程一般为输入一个查询序列，与数据库中的

小果运维·2023-10-31 09:47

「摸鱼快报003」哈佛生物信息学课程叫你乖乖呆家学习

https://github.com/harvardinformatics/learning-bioinformatics-at-home哈佛大学的科学家们为了让诸位乖乖呆在家里学习生物信息学，开始编撰一份学习清单方便大家在家里好好学习生物信息学

卖萌哥·2023-10-31 06:02

生物小工具

本文主要介绍一些生物小工具,尤其是在文章中的，还有就是生物信息学方面的，总而言之，言而总之，希望能够帮助到大家。

天明豆豆·2023-10-30 22:44

Plant Cell | DAP-seq和ATAC-seq助力构建玉米胚乳发育调控网络

禾本科植物，如水稻（Oryzasativa）和玉米（Zeamays）的胚乳，不仅是种子发芽和幼苗早期生长的能量来源，也是人类食物、畜禽饲料及工业用途的重要原料。胚乳的发展经历两个主要阶段：一是细胞发展阶段，此时细胞会经历大量的分裂与分化；二是籽粒灌浆阶段，细胞在此期间积累淀粉和蛋白质等储存物质。三个关键转录因子，即NAKEDENDOSPERM1(NKD1)、NKD2和OPAQUE2(O2)，在玉米

爱基百客·2023-10-30 11:22

蛋白质PDB文件读取C++代码

在生物信息学中，PDB数据库是非常重要的蛋白质结构数据库。PDB数据文件的读取是进行蛋白质结构相关预测的重要步骤！

Jun-H·2023-10-28 03:53

清华大学鲁志实验室内部生物信息学培训教材

授课的配套PPT都是共享在清华大学校园网盘：-[Bioinfo2020](https://cloud.tsinghua.edu.cn/d/b707e65b559549069938/?p=%2Fbioinfo2020%2FLectures&mode=list)-[Bioinfo2019](https://cloud.tsinghua.edu.cn/d/b707e65b559549069938/?p=

可以公开的秘密Scarlett·2023-10-27 00:07

RAD51的系统泛癌分析揭示其对诊断预后和治疗预测的潜在作用

APan-CancerBioinformaticAnalysisofRAD51RegardingtheValuesforDiagnosis,Prognosis,andTherapeuticPredictionRAD51在诊断、预后和治疗预测方面的价值的泛癌症生物信息学分析发表期刊

生信学霸·2023-10-26 22:15

春秋海儿·2023-10-23 06:32

MIT 生物信息课程

这是生物信息学中的一个核心概念，对于理解整个生物网络至关重要。

丸丸丸子w·2023-10-22 19:02

生物信息学缘起——linux篇（五）if-then-else命令

一、if-then语句shell中最基本的结构化命令是if-then语句：ifcommandthencommandsfi如果你在用其他编程语言的if-then语句，这种形式可能会让你有点困惑。在其他编程语言中，if语句之后的对象是一个等式，这个等式的求值结果为TRUE或FALSE。但bashshell的if语句并不是这么做的。bashshell的if语句会运行if后面的那个命令。如果该命令的退出状

BioInforNya·2023-10-21 23:36

生物信息学入门必备书籍【免费获取】

沈博士·2023-10-20 23:42

ATAC-seq分析干货-2

作者|Arno审稿|童蒙编辑|amethyst上一期我们介绍了ATAC-seq相关的背景知识。

生信阿拉丁·2023-10-19 22:45

【论文复现】基于多模态深度学习方法的单细胞多组学数据聚类（【生物信息学】实验二：多组学数据融合：scMDC）

目录一、实验介绍1.论文：基于多模态深度学习方法的单细胞多组学数据聚类Abstract2.Github链接二、实验环境0.作者要求1.环境复现实验一实验二（本实验）2.库版本介绍实验一实验二3.IDE三、实验内容1.用法2.输出3.参数4.run_scMDC设置超参数对scRNA-seq数据进行预处理构建scMultiCluster模型预训练使用KMeans确定聚类数k微调模型,训练聚类层保存预测

QomolangmaH·2023-10-19 00:46

Metascape 专门为生物学者设计的基因富集分析网站

图片一、Metascape简介Metascape（http://metascape.org/）是一个功能强大的基因功能注释分析工具，能帮助用户将当前流行的生物信息学分析方法应用到批量基因和蛋白质的分析中

Seurat_·2023-10-18 21:35

生物信息学——文件格式 pileup详解

生物信息学生物信息学——文件格式pileup详解文章目录生物信息学概述一、pileup文件格式二、碱基序列（Readbases）符号详解概述每一种生物软件都有固定的文件格式要求。

福旺旺·2023-10-18 18:09

RDKit计算分子属性

RDKit计算分子属性分子属性的计算在化学、药物研发和生物信息学等领域中具有重要意义。

MurphyStar·2023-10-17 10:29

甲状腺乳头状癌piRNA诊断标志

想必很多同学对piRNAs都不是很熟悉吧，那么到底什么是piRNAs，我们又该如何通过常用的生物信息学方法识别出可以作为标志物的关键piRNAs呢？就让我们带着这样的疑问开始今天的学习吧。

概普生信·2023-10-17 09:22

Cluster聚类算法大比拼：性能、应用场景和可视化对比总结

聚类分析是一种无监督学习方法，广泛应用于各种领域，包括市场细分、社交网络分析、生物信息学和推荐系统等。

Mr数据杨·2023-10-16 17:01

linux视频-P13-fasta和fastq格式文件的shell小练习

fasta和fastq格式文件的shell小练习这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps

小梦游仙境·2023-10-16 15:09

计算机方向的计算生物学,美国生物信息学和计算生物学的研究课题

留学美国，可能了解生物信息学和计算生物学的人仅仅局限在计算机科学专业，因为生物信息学和计算生物学是在计算机科学专业下的分支。

weixin_39979948·2023-10-16 10:13

生物信息学所需的计算机知识,生物信息学专业计算机课程的探讨

摘要：介绍了生物信息学专业教学的特点，分析了生物专业学生进行计算机课程教学中存在的问题，提出了生物专业计算机课程教学方法。

weixin_39704971·2023-10-16 10:43

计算机专业生物信息学方向怎么样,2019年生物信息学本科专业怎么样？

2019年本科生物信息学专业怎么样？就业方向和就业前景如何？专业代码：071003修业年限:四年学科门类：理学专业类：生物科学类生物信息学专业怎么样?

哎不想起名·2023-10-16 10:12

生物学和计算机科学结合的学科,美国生物信息学和计算生物学解析

一、生物信息学生物信息学(Bioinformatics)是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科

Triple A·2023-10-16 10:12

美国计算机生物学要求,美国研究生生物信息学与计算生物学学校列表

综排学校名称项目名称项目英文名开设学位隶属科系1计量与计算生物学QuantitativeandComputationalBiologyPhD自然科学部生物信息学与计算生物学Bioinformatics&

琉璃与大大·2023-10-16 10:42

生物信息学还是跨专业计算机,生物统计学与生物信息学的区别

生物信息学(Bioinformatics)生物信息学(Bioinformatics)利用应用数学、信息学、统计学和计算机科学方法研究生物学的问题。

yisac·2023-10-16 10:12

计算机科学在生物信息中的应用,计算机科学在生物信息学中的应用

生物信息学计算机科学在生物信息学中的应用万卫兵①施鹏飞摘要生物信息学是一门新兴的交叉学科,计算机科学如何更快更好地发挥其在生物信息学中的作用是计算机研究和开发人员面临的一个重要的新课题。

干啥勒·2023-10-16 10:12

生物信息学陈铭_生物信息学Bioinformatics-山东大学课程中心.PDF

生物信息学Bioinformatics-山东大学课程中心生物信息学Bioinformatics巩晶癌症研究中心山东大学基础医学院2016.09.0877PERSONALINFORMATION姓名：巩晶年龄

aganztracy·2023-10-16 10:41

生物信息学基础知识Day1

文章目录前言一、生物大分子1.DNA2.RNA3.蛋白质二、基因组、转录组和蛋白质组1.基因2.基因组3.转录组4.蛋白质组总结前言个人学习《R语言与Bioconductor生物信息学应用》的一些笔记。

抱紧我自己·2023-10-16 10:09

生物信息学在心血管系统疾病中的应用

生物信息学在心血管系统疾病中的应用心血管疾病简介心血管疾病是一组心脏和血管疾患的名称，心血管疾病是全球的头号死因：每年死于心血管疾病的人数多于其它任何病因。

荞麦agan·2023-10-16 10:06

生物信息学的研究方向

1.生物信息数据库：是用于生物信息学研究的原始数据，是生物信息学赖以生存和发展的基础。

终是蝶衣梦晓楼·2023-10-16 10:34

生物信息学研究方向

具体的研究方向1、序列分析2、计算进化生物学3、生物多样性的度量4、蛋白质结构预测5、蛋白质表达分析6、比较基因组学7、导致癌症的突变分析8、在药物研发方面的应用前者偏理论，后者偏向证明第一类研究方向：第一类的生物信息学应用关注于中心法则中任一阶段的信息传递

conch0329·2023-10-16 10:02

云主机构建生信服务器（一）——腾讯云的注册及使用

之前在自己的电脑上折腾过一段时间生物信息学，被各种软件的安装、数据的下载折腾到吐血。虽然现在网上的教程很多，但总还是会卡在一些地方无法顺利进行下去。

青椒窝窝头·2023-10-15 13:55

2018-01-06

2.做了一天的生物信息学实验。进展缓慢，数据可以读到了，但是要转化成标准格式。我现在在下载数据格式的模板，下载了一下午也没成功。不论用什么方法都超级慢，不知道是网速的原因，还是因为这个网站的原因。

王小沫的日记·2023-10-15 01:54

【工具速递】使用 Chromap 快速对齐和预处理染色质图谱-Fast alignment and preprocessing of chromatin profiles with Chromap

Chromap在比对精度上与BWA-MEM和Bowtie2相当，比传统工作流程在批量ChIP-seq/Hi-C配置文件上快10倍以上，在单细胞ATAC

六博说·2023-10-14 14:54

生信学习笔记：生物信息学测序分析基本流程入门笔记

文章目录前言短序列比对软件sam文件insertsize基因差异表达计算变异检测物种组成与丰富度计算kmer估计基因组大小序列拼接Pregraph常用序列拼接软件基因组污染分析RNA-seq与meta序列拼接基因功能注释非编码RNA小RNA共线性分析在线序列分析序列比对数据下载前言根据B站视频教程生物信息快速入门边自学边随手记的笔记，省略了开头几节测序原理以及数据质控，在之前的文章中有粗略提过该部

twocanis·2023-10-13 20:54

富集分析天花板之ClusterProfiler4

说在前面在国内做生信的小伙伴或多或少都听过一个大名鼎鼎的名字---Y叔，想当初小编初入生信大门时还专门百度查了一下，他就是南方医科大学生物信息学系主任余光创教授。

生信宝库·2023-10-13 15:35

corrplot包画相关性图详解

主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。

医学和生信笔记·2023-10-13 02:05

python笔记——python生物信息学数据管理-数据读写

#第二部分#文件neuron_data.txt16.38139.90441.4629.0340.93202.70142.30346.00300.00>>>data=[]>>>forlineinopen('neuron_data.txt'):#for循环逐行读取文件...length=float(line.strip())#去掉空格和换行符，转换为浮点数...data.append(length)#

懒猫古德·2023-10-11 22:09

生物信息学——常见的四种文件格式(fasta,fastq,sam,vcf)

生物信息学生物信息学——常见的四种文件格式(fasta,fastq,sam,vcf)文章目录生物信息学概述一、fasta文件格式二、fastq文件格式三、sam(/bam)文件格式四、vcf文件格式概述每一种生物软件都有固定的文件格式要求

福旺旺·2023-10-11 04:30

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第六章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞

xuzhougeng·2023-10-11 00:22

识别 lncRNA相关的生物标志物以提高LUAD预后的准确性（IF5+）

CCT6AandSPOCK1forLungAdenocarcinomaBasedonBioinformaticAnalysisoflncRNA-MediatedceRNANetworkandSampleValidation基于lncRNA介导的ceRNA网络的生物信息学分析和样本验证

生信学霸·2023-10-10 11:19

ATAC-seq专题---生信分析流程

ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分：数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析，下面将对各部分内容进行展开讲解。

诺禾致源·2023-10-09 21:06

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