生物信息学ATAC 第6页

识别 lncRNA相关的生物标志物以提高LUAD预后的准确性（IF5+）

CCT6AandSPOCK1forLungAdenocarcinomaBasedonBioinformaticAnalysisoflncRNA-MediatedceRNANetworkandSampleValidation基于lncRNA介导的ceRNA网络的生物信息学分析和样本验证

生信学霸·2023-10-10 11:19

ATAC-seq专题---生信分析流程

ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分：数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析，下面将对各部分内容进行展开讲解。

诺禾致源·2023-10-09 21:06

Motif 分析

1.2.installmm10nohupperl/home/xpan/.conda/envs/atac/share/homer-4.9.1-6/.

大吉岭猹·2023-10-09 03:20

ATACseq--染色质开放性测序

ATAC-seq：利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术染色体/质结构：细胞核DNA与组蛋白相结合，DNA缠绕在组蛋白上形成串珠式结构，因此染色质结构高度折叠（压缩）。

HOLLYxiao·2023-10-09 02:26

ATAC-Seq与ChIP-Seq的异同

ATAC-Seq与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度，可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息，一般用于不知道特定的转录因子

RachaelRiggs·2023-10-07 22:15

《Bioinformatics Programming Using Python》

《BioinformaticsProgrammingUsingPython》高清电子书微科享想生活本书通过许多例子和练习题，帮助读者简化使用Python的生物信息学编程。

高锰酸钾配甲醛_ab83·2023-10-07 19:42

一张思维导图帮你看懂生物信息数据来源及产生途径

最近系统的从头到尾学习了一下樊龙江老师出版的生物信息学这本书，学习生物信息有1年多了，从事医学数据分析6年多了，唯一的感觉就是基础很重要真的很重要，参加了很多的培训班，自己也看过很多的视频，也办过几期的线下培训

菜鸟青盐·2023-10-07 07:38

遇到了一次colorspace的测序数据

目前已经是我接触生物信息学的第四年了，这里的内容由于学业压力也很久没有更新，现在可以趁着寒假的空闲时间写一写最近遇到的东西。

果蝇饲养员的生信笔记·2023-10-06 02:57

计算机算法在生物信息学中的应用,生物信息学在系统发育分析中的应用（自己原创） - 生物科学 - 小木虫 - 学术科研互动社区...

本文综述了系统进化的各种研究方法以及生物信息学在其中的应用,并对生物信息学中所采用的研究生物进化关系的方法进行了比较，以及分析了生物信息学的发展趋势。关键词：系统发育分析;生物信

阿猴HOSEA·2023-10-04 12:22

CCF发布2020-2021中国计算机科学技术发展报告

本《发展报告》包含体系结构、计算机视觉、理论计算机科学、信息系统、网络与数据通信等方向的报告，从碳中和体系结构、视觉－语言交互技术、生物信息学组合优化、新一代知识图谱信息系统、Ske

人工智能学家·2023-10-03 14:23

【生物信息学】Notears Linear算法在线性结构方程模型中的因果关系估计

目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍3.IDE三、实验内容0.导入必要的工具1.set_random_seed2.notears_lineara.输入参数b.内部函数_adjc.内部函数_lossd.内部函数_he.内部函数_funcf.函数主体部分3.主程序数据部分展示绘制图n.代码整合一、实验介绍本实验完成了NotearsLinear算法在线性结构方程模型中的因果关系估计

QomolangmaH·2023-10-03 06:14

【生物信息学】使用皮尔逊相关系数进行相关性分析

目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍3.IDE三、实验内容0.导入必要的工具1.cal_pearson（计算皮尔逊相关系数）2.主程序a.实验1（较强的正相关关系）：b.实验2（几乎没有线性相关关系）：c.实验3（非常强的正相关关系）：d.实验4（斯皮尔曼相关系数矩阵）：3.代码整合一、实验介绍本实验主要实现了自定义皮尔逊相关系数进行相关性分析。相关性分析是一种常用的统计方法

QomolangmaH·2023-10-03 06:12

【生物信息学】计算图网络中节点的中心性指标：聚集系数、介数中心性、度中心性

目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍3.IDE三、实验内容0.导入必要的工具1.生成邻接矩阵simulate_G:2.计算节点的聚集系数CC(G):3.计算节点的介数中心性BC(G)4.计算节点的度中心性DC(G)5.综合centrality(G)6.代码整合一、实验介绍本实验实现了计算图网络中节点的中心性指标，包括聚集系数、介数中心性、度中心性等二、实验环境本系列实验使用了

QomolangmaH·2023-10-02 16:12

【生物信息学】基因差异分析Deg（数据读取、数据处理、差异分析、结果可视化）

目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍3.IDE三、实验内容0.导入必要的工具包1.定义一些阈值和参数2.读取数据normal_data.csv部分展示tumor_data.csv部分展示3.绘制箱型图4.删除表达量低于阈值的基因5.计算差异显著的基因6.初始化结果数据表格7.进行秩和检验和差异倍数计算8.可视化分析9.代码整合一、实验介绍本实验完成了基因差异分析，包括数据读取

QomolangmaH·2023-10-02 16:42

【生物信息学】使用HSIC LASSO方法进行特征选择

目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍3.IDE三、实验内容0.导入必要的工具1.读取数据2.划分训练集和测试集3.进行HSICLASSO特征选择4.特征提取5.使用随机森林进行分类（使用所有特征）6.使用随机森林进行分类（使用HSIC选择的特征）：7.代码整合一、实验介绍本实验实现了HSICLASSO（Hilbert-SchmidtindependencecriterionL

QomolangmaH·2023-10-02 16:42

【生物信息学】使用谱聚类（Spectral Clustering）算法进行聚类分析

目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍3.IDE三、实验内容0.导入必要的工具1.生成测试数据2.绘制初始数据分布图3.循环尝试不同的参数组合并计算聚类效果4.输出最佳参数组合5.绘制最佳聚类结果图6.代码整合一、实验介绍本实验实现了使用谱聚类（SpectralClustering）算法进行聚类分析二、实验环境本系列实验使用了PyTorch深度学习框架，相关操作如下（基于深度学

QomolangmaH·2023-10-02 16:10

支持向量机SVM：从数学原理到实际应用

LagrangeMultipliers）KKT条件核技巧（KernelTrick）双重问题和主问题（DualandPrimalProblems）四、代码实现数据预处理模型定义优化器选择训练模型评估模型五、实战应用文本分类图像识别生物信息学金融预测客户细分六

TechLead KrisChang·2023-10-01 13:54

10X单细胞（10X空间转录组）多组学（RNA + ATAC）推断Velovyto（MultiVelo）

hello，大家好，今天我们来分享多组学数据推断RNAVelocyto，大家做velocyto的时候估计都是用RNA数据来分析的，其实，对应的ATAC数据也含有丰富的动力学信息，多组学推断更加准确一点，

单细胞空间交响乐·2023-09-30 11:44

用计算python两点之间的距离math_自学生信Python（第二天）|计算出两点之间的距离...

计算出两点之间的距离日常旁白：本人是一枚生物学的学生，由于对生物信息学特别感兴趣，于是想自学生物信息学（新手莫怪）。

weixin_39828859·2023-09-30 11:45

C#，生信软件实践（01）——DNA序列数据库FASTA文件合并工具的源代码

1生物信息学简介生物信息学（BioInformatics）是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科

Trufferover·2023-09-29 23:11

12 STRING蛋白互作数据库

string-db.org/STRING数据库是一个研究蛋白质之间相互作用的数据库，这种作用既包括蛋白质之间直接的物理的相互作用，也包括蛋白质之间间接的功能相关性除了实验数据外，STRING还包括了利用其它生物信息学方法预测得到的结果

油炸椒盐菠萝·2023-09-29 17:28

宏基因组数据资源 | Nature子刊发表来自人类肠道微生物组的204,938个参考基因组数据集

2020年7月，由欧洲分子生物学实验室欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）领导的国际合作研究团队在《NatureBiotechnology》发表了迄今为止最全面的人类肠道微生物组序列资源：统一的人类胃肠道基因组

尐尐呅·2023-09-29 17:14

图表示学习经典方法——GCN＆GAE

图表示学习在诸多应用领域都有广泛的应用，如社交网络分析、生物信息学、推荐系统等。

深度之眼·2023-09-29 16:11

生物信息学 | 富集分析

主要目标：理解这个代码的主要的思路。想分析一下老师的这个富集分析的主要的思路是什么？一行一行的理解这个代码。#GetcelltypemeanofeachgenecellTypeMeanxff[1]1348154456Levels:134568>ff[1]148154456Levels:134568>new_fnew_f[1]148154456Levels:14568这个的意思就是说，当我们剔除fa

今天也是个妖精头子呀·2023-09-28 23:10

KEGG 通路富集分析图解

KEGG通路富集分析KEGG数据库KEGG（京都基因和基因组百科全书）数据库是日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室于1995年建立了的生物信息学数据库。

荞麦agan·2023-09-28 23:05

【生物信息学】基因富集分析

目录1.导入必要的库2.定义一些变量3.计算富集分析的p值4.绘制概率质量函数图5.读取数据6.定义富集分析函数7.富集分析8.将结果保存到文件并打印DAVIDFunctionalAnnotationBioinformaticsMicroarrayAnalysis1.导入必要的库fromscipy.statsimporthypergeomimportnumpyasnpimportpandasasp

QomolangmaH·2023-09-28 23:02

单细胞ATAC和RNA测序的结合分析

这篇文章就是采用ATAC-seq和RNA-seq的单细胞检测方法，对恩杂鲁胺(一种抗癌药物)的早期治疗反应和耐药性模型进行研究。方法RNA测序及预处理LNCaP和VCaP细胞系是

概普生信·2023-09-28 12:36

复现《nature communications》图表（四）：ggplot画多组富集气泡图

setwd("F:/生物信息学")A%as.data.frame()%>%mutate(group=rep(c("cluster1","cluste

KS科研分享与服务·2023-09-28 04:58

GEO生信数据挖掘（一）数据集下载和初步观察

本文以阿尔兹海默症数据集GSE1297为例目录GEOquery简介安装并加载GEOquery包getGEO函数获取数据（联网下载）更换下载数据源对数据集进行初步观察处理GEOquery简介GEOquery是一个在生物信息学中常用的

人工智能学术前沿（真)·2023-09-27 22:54

【Bioinfomatics】生物信息学名词积累

Motivation臭写代码的最近在搞生物信息相关的东西，拿来发现好多单位、名词都不知道是什么。记录一下方便自己和大家学习。单位bp（Basepair）：碱基对，用来表示DNA序列的长度。reads：读长，测序仪单次测序所得到的碱基序列名词cohortstudy：队列研究队列研究是将某一特定人群按是否暴露于某可疑因素或暴露程度分为不同的亚组，追踪观察两组或多组成员结局（如疾病）发生的情况，比较各组

小丫么小阿豪·2023-09-27 21:46

Molecular Cancer|CDK9抑制诱导表观遗传重编程，揭示了规避淋巴瘤耐药性的策略

在淋巴瘤细胞中，如何通过ATAC-seq和ChIP-seq揭示CDK9抑制诱导表观遗传重编程？看看今天带来的这个文章。发表单位：美国希望之城国家医疗中心期刊：MolecularCance

爱基百客·2023-09-27 18:53

通向 CNS 期刊的视觉之旅 | 生物信息学作图系列教程（一）

拿到数据，不知道如何快速地分析？面对结果，不知道用什么图更好地展示心中的想法？面对CNS期刊优雅的图，心中满是羡慕却不知从何下手？搜索了很多教程，却在安装时就被繁杂的安装步骤以及满屏的版本冲突劝退？众所周知，精美的图能让你的高质量期刊论文更上一层楼。为此，我们整理了一系列精美的作图教程，并配套了每一个教程所对应的环境，让你不但能轻松分析数据，还能一键出图！GOplot：画出差异表达基因富集结果No

·2023-09-26 19:54

2022-10-20晨间日记

今天是什么日子起床：8:20就寝：23:30天气：晴心情：平和纪念日：无任务清单昨日完成的任务，最重要的三件事：听力、文献阅读、英语作业、生物信息学作业改进：习惯养成：周目标·完成进度学习·信息·阅读健康

Wendy_0122·2023-09-26 11:46

又发现了一本对纯生信友好的期刊

该期刊主要对以下研究领域感兴趣，其中生物信息学排在第一位：Bioinfo

SCI狂人团队·2023-09-26 02:19

在线平台如何做单细胞测序分析全套？有它so easy!

专业生物信息学家也懂大家的痛，这不，单细胞测序数据兴起的时代，大佬们就在推出应对单细胞测序数据的在线工具，方便你我他。来来来，先看看大概长啥样：image.

医科研·2023-09-25 23:24

生物信息学2：VirtualBox & Bio-Linux

前言：上一篇文章讲到了利用Vmware虚拟机加载Bio-Linux，但有的小伙伴表示Vmware无法安装，也未见有效的错误提示，因此推荐第二款常用的老牌虚拟机软件——VirtualBox。1.VirtualBox下载与安装。该软件的安装比较简单，双击后根据提示一步步往下走即可。安装完毕后打开软件。2.导入及配置Bio-Linux（1）依次点击菜单栏的“管理”——“导入虚拟电脑”Figure1导入虚

了尘兰若·2023-09-25 22:39

蛋白与小分子共价连接的dock方法

主要用到的工具是autodock4，如果对这一工具不是很熟悉的同学，可以先去看一下山东大学的生物信息学课程，它会介绍autodock4的图形化界面操作。本教程主要是在Linux系统下的实现方法。由于a

非儒·2023-09-21 23:49

用于化学和生物信息学的开源 Java 库：The Chemistry Development Kit (CDK)

化学开发工具包(CDK)是用于结构化学和生物信息学的免费开源Java库。

六月雨滴·2023-09-21 23:17

【生物信息学】奇异值分解（SVD）

目录一、奇异值分解（SVD）二、Python实现1.调包np.linalg.svd()2.自定义三、SVD实现链路预测一、奇异值分解（SVD）SVD分解核心思想是通过降低矩阵的秩来提取出最重要的信息，实现数据的降维和去噪。ChatGPT:SVD（奇异值分解）是一种常用的矩阵分解方法，它可以将一个矩阵分解为三个矩阵的乘积：U、Σ和V^T。这里，U和V是正交矩阵，Σ是一个对角矩阵。SVD分解的详细过程

QomolangmaH·2023-09-21 20:56

Week7—TFmapper: 用ChIP-seq/ATAC-seq/DNase-seq数据预测感兴趣基因的调控因子

原文：TFmapper:AToolforSearchingPutativeFactorsRegulatingGeneExpressionUsingChIP-seqDataDOI：10.7150/ijbs.28850发表日期：2018.09.07作者：JianmingZeng（大神哦）TFmapper：http://www.tfmapper.org/功能：用于搜索感兴趣的基因的调控因子感兴趣基因组区

六六_ryx·2023-09-21 20:18

信息时代下的生命科学

生物为重，信息为辅微分基因技术专家李河南老师详细向队员们介绍了什么是生物信息学，以及生物信息学的发展和应用。生物信息学是通过综

眀夏·2023-09-21 13:35

动态规划DP【持续更新】

动态规划动态规划（英语：Dynamicprogramming，简称DP）是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法。

nirvana · rebirth·2023-09-21 01:00

Java手写隐马尔可夫模型

它可以用于语音识别、自然语言处理、生物信息学、图像识别等领域。在本文中，我们将手写实现隐马尔可夫模型，并介绍其应用拓展案例。

全栈项目讲解·2023-09-20 19:31

【陈巍学基因-3】small RNA-seq

这次介绍：1.smallRNA建库测序方法2.smallRNA的生物信息学分析表达量差异分析聚类分析靶基因的GeneOntology分析(GO分析)靶基因的KEGGPathway分析3.血清、血浆microRNA

oddxix·2023-09-20 14:08

4 篇 NAR | 生物大数据时代，如何做好数据管理和再利用，发IF10+的数据库文章？...

生物信息分析离不开数据资源和数据库，生物信息学数据库分类概览(第一版)系统梳理了常用功能数据库。

生信宝典·2023-09-20 11:46

背靠背 Nature 新方向 - 蛋白质结构家族图谱的“潘多拉魔盒”

NBT-Foldseek快速准确搜索结构相似的蛋白，AlphaFold蛋白质数据库提供了一个快速的搜索工具AlphaFold的极限:高中生揭示人工智能在生物信息学挑战中的缺陷AlphaFold2开源了，

生信宝典·2023-09-20 11:44

字符串相似度算法

留白1992·2023-09-19 14:13

观察者笔记——阶段学习总结与未来安排（百日一更）

自学时的笔记1.2.课程笔记三、数据分析3.1.numpy3.2.pandas3.3.matplotlib四、网络爬虫五、人工智能5.1.传统机器学习5.2.深度学习六、数学建模七、数据结构与算法八、生物信息学九

星石传说·2023-09-18 23:46

生物信息学---蛋白质组学中氨基酸信息编码方式

特征编码：1.基于序列的特征：资料来源：蛋白质序列特征提取方法之——CKSAAP1.1CKSAPP（k空间氨基酸对的组成）：在CKSAAP(Compositonofk-spacedAminoAcidPairs)方法中，利用在蛋白质序列片断中k个间隔距离的残基对(residuepairs)在该序列中的组成比例，建立数学模型，提取出特征向量，从而达到预测泛素(Ubiquitin)的目的。残基：组成多肽

灰太狼家的小鸭子·2023-09-18 12:01

10X空间转录组与卷积神经网络（CNNs）

相信许多做生物信息学的童鞋来说，空间转录组是最近很火的技术，但是不知道大家发现了没有，我们做空间的分析对于空间位置信息利用的很少，大多数情况我们就是把很多单细胞的分析方法映射于空间，从生物学的角度看，当然是没有问题的

单细胞空间交响乐·2023-09-17 10:19

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