生物信息学ATAC

ExpHunterSuite

ExpHunterSuite是一种用于基因表达数据分析的生物信息学工具套件。它可以用于从高通量测序数据中提取差异表达基因，并对其进行注释和功能富集分析。
m1chiru·2024-01-03 23:09

聚类算法介绍

聚类算法在数据挖掘、图像分割、文本分类、生物信息学等领域都有广泛的应用。
亦旧sea·2024-01-03 21:06

生信人的20个R语言习题-高级

R包：数据包：ALL,CLL,pasilla,airway软件包：limma，DESeq2，clusterProfiler工具包：reshape2绘图包：ggplot2不同领域的R包使用频率不一样，在生物信息学领域
DrKu·2024-01-02 17:56

R语言绘制精美漂亮截断图教程 | 代码重复 | （收藏篇）

收藏篇）R语言绘制截断图教程教程视频：R语言绘制精美漂亮截断图教程|代码重复|（收藏篇）-知乎(zhihu.com)R语言绘制漂亮截断图教程|代码重复“小杜的生信筆記”公众号、知乎、平台，主要发表或收录生物信息学的教程
小杜的生信筆記·2024-01-02 08:26

序列比对简介1

序列比对是生物信息学中非常重要的一部分，它可以帮助我们识别DNA、RNA和蛋白质序列中的相似性和差异性，从而推测它们在生物体内的功能。比对两个序列最简单的方法是将它们放在一起，并逐个字符进行比较。
Bioinfotec·2024-01-01 10:37

2023最后一个工作日

2023年教程汇总|《小杜的生信笔记》「小杜的生信筆記」，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!!
小杜的生信筆記·2023-12-30 15:08

——生物信息学了解一下

别担心，来到重庆邮电大学生物信息学专业上述愿望统统帮您实现！
Yolanda_44ad·2023-12-30 09:59

学学这篇免疫浸润文章和作者一样发5+分

Anovelimmune-relatedgenesprognosisbiomarkerformelanoma-associatedwithtumormicroenvironment.在文章中作者构建了基于8个IRGs的黑色素瘤预后分类器模型，而且进行了全面的生物信息学分析
科研菌·2023-12-29 23:21

BED 文件格式 chip-seq m6a数据可视化会用到

//bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/general-usage.htmlBED格式（BrowserExtensibleDataformat）是一种在生物信息学中广泛使用的文本文件格式
生信小博士·2023-12-29 19:10

ATAC-seq分析：Peak Calling（8）

1.寻找开发区域ATACseq的一个共同目标是识别转录因子结合和/或转录机制活跃的无核小体区域。该核小体游离信号对应于小于一个核小体的片段（如Greenleaf论文中定义<100bp）。然而，为了识别开放的染色质，我们可以简单地使用在测序中正确配对的所有读数（<2000bp）。2.无核小体区域有许多方法可用于从ATACseq数据中调用无核小体区域，其中许多方法借鉴自ChIPseq分析。一种非常流行
冷冻工厂·2023-12-28 17:07

云鹏农学实习报告

寒假结束，2月25号，我来到了我实习老师赵彦宏老师的办公室，从此开始了我三个月的实习生活；我自己给自己定的目标有三个：1、在校实习三个月，必须完成毕业论文；2、学习到生物信息学专业知识，自己可以处理数据
8云8·2023-12-27 05:14

机器学习中的强学习器：AdaBoost算法详解

错误率与权重更新3.AdaBoost的工作流程3.1初始化权重3.2训练弱学习器3.3更新样本权重3.4构建强学习器4.AdaBoost的优缺点4.1优点4.2缺点5.应用场景5.1图像识别5.2语音处理5.3生物信息学
轩Scott·2023-12-26 11:21

R语言处理缺失值之naniar包

获取更多R语言和生信知识，请欢迎关注公众号：医学和生信笔记医学和生信笔记公众号主要分享：1.医学小知识、肛肠科小知识；2.R语言和Python相关的数据分析、可视化、机器学习等；3.生物信息学学习资料和自己的学习笔记
医学和生信笔记·2023-12-26 06:14

这个只需一步就可做富集分析的网站还未发表就被CNS等引用超过350次

Metascape专门为生物学者设计的基因富集分析网站image一、Metascape简介Metascape（http://metascape.org/）是一个功能强大的基因功能注释分析工具，能帮助用户将当前流行的生物信息学分析方法应用到批量基因和蛋白质的分析中
生信宝典·2023-12-25 22:07

Nature Commun|ATAC-seq探究复发性小儿B系急性淋巴细胞白血病的染色质可及性图谱

使用测序(ATAC-seq)检测转座酶可及染色质的方法的出现和优化使得在原发性癌症的全基因组范
爱基百客·2023-12-25 15:34

从CNS封面文章中找数据 | Science：人类原发性肿瘤染色质可及性图谱

今天给大家分享的ATAC-seq数据资源来自2018年的Science封面文章，美国斯坦福大学研究人员绘制了23种癌症全基因组染色质可及性图谱，为癌症研究提供基础数据资源。
尐尐呅·2023-12-25 07:46

决策曲线分析DCA用于lasso回归/随机森林

主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。前面介绍了超多DCA的实现方法，基本上常见的方法都包括了，代码和数据获取方法也给了大家。
医学和生信笔记·2023-12-23 21:29

单细胞从理论到实践-这一本书就够了

前面给大家介绍过一些单细胞相关的理论和实践知识BD单细胞测序平台Rhapsody(视频)10X单细胞RNA-seq技术(视频)10X单细胞混样技术(视频)单细胞ATAC-seq技术介绍免疫组库10XGenomicsVDJ
生信交流平台·2023-12-23 03:13

遗传图谱应用分析案例：菊花高密度遗传图谱的构建和花型相关位点的鉴定【百迈客生物】

遗传图谱遗传图谱（Geneticmap），是基于全基因组重测序技术或简化基因组测序技术，对某物种家系样本进行测序，利用生物信息学方法，开发SNP分子标记，计算标记间的遗传连锁距离，绘制高密度遗传图谱。
百迈客生物·2023-12-23 03:06

TCR-seq数据分析(一)

该方法诞生的目的就是用生物信息学手段来全面高速地分析高通量测序技术检测靶向扩增后的T细胞抗原识别决定性表面分子，即T细胞受体多样性的检测技术，用以揭示机体在生理和病理状态下T细胞介导的细胞免疫应答状态
生信云笔记·2023-12-21 13:08

生物信息学R分析工具包ggkegg的详细使用方法

ggkegg介绍ggkegg是一个用于生物信息学研究的工具，可以用于分析和解释基因组学数据，并将其与已知的KEGG数据库进行比较。
小果运维·2023-12-20 14:22

2021-01-26基因ID+TMP

基因ID总参考-医学生物信息学数据库常用：基因名称例如:TP53,RNF180。这样的名字，是这个基因功能+编号的简写。
小森的生统笔记·2023-12-20 00:15

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 1

前言最近在阅读欧剑虹老师《生物信息学生R入门教程》非常适合于刚入手NGS的初学者使用，这里我仅做我个人的读书笔记使用本书分为八个章节：1.R/Bioconductor简介2.基因芯片的数据分析3.RNA-seq
小潤澤·2023-12-19 19:08

支持向量机（SVM）：高效分类的强大工具

文章目录前言1.SVM的基本原理1.1核心思想1.2支持向量1.3最大化建模1.4松弛变量1.5核函数2.SVM与逻辑回归的区别和联系2.1区别2.2联系3.SVM的应用领域3.1图像分类3.2文本分类3.3生物信息学
_用户昵称_·2023-12-19 06:34

生信步骤|转录组mRNA数据的有参组装

转录组的组装能够提供丰富的组学信息，是生物信息学中重要的基础步骤。测序的下机数据经过过滤，比对，排序，组装，最终得到转录本的全部序列信息。
学术程稻属·2023-12-18 03:56

基因-疾病数据库/工具大集合

1909~2015年基因发现时间轴，展示基因组学领域的重大发现和发明人类疾病是广泛研究（包括基因组学、生物信息学、系统生物学和系统医学）的核心。
尐尐呅·2023-12-17 15:26

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 6

这次介绍的是10XGenomics的数据分析数据读取#构建Seurat对象library(Seurat)library(dplyr)#读取PeripheralBloodMononuclearCells(PBMC)数据pbmc.data0){buf0]2.cell筛选#Seurat会计算基因数以及UMI数(nGeneandnUMI).#Seurat会将原始数据保存在raw.dataslot中，#每一
小潤澤·2023-12-16 19:44

【生物信息学】scRNA-seq数据分析（一）：质控~细胞筛选~高表达基因筛选

文章目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍三、实验内容0.导入必要的库1.质控2.细胞筛选3.高表达基因筛选一、实验介绍  质控~细胞筛选~高表达基因筛选二、实验环境1.配置虚拟环境  可使用如下指令：condacreate-nbiopython==3.9condaactivatebiopipinstall-rrequirements.txt  其中，requirements.
QomolangmaH·2023-12-16 14:11

生物信息学分析领域领先的特制语言环境NGLess（Next Generation Less）介绍、安装配置和详细使用方法

介绍NGLess（NextGenerationLess）是一种用于生物信息学分析的领先的领域特定语言（DSL）。
小果运维·2023-12-15 20:36

软件9 —— MACS2

一、基本介绍※峰识别（peakcalling）工具包括：MACS2和HOMER（适用于ChIP-seq和ATAC-seq）、HMMRATAC（针对于ATAC-seq）、exomePeak（针对m6A-seq
果蝇饲养员的生信笔记·2023-12-15 17:38

【动态规划总结】动态规划算法掌握一种技巧-完美理解

动态规划（英语：Dynamicprogramming，简称DP），是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法。
未来星_狒狒·2023-12-06 04:08

大数据 - MapReduce：从原理到实战的全面指南

每天都有数以百万计的数据被生成、存储和处理，覆盖了从互联网搜索、电子商务，到生物信息学和气候研究等各个领域。
快乐非自愿·2023-12-04 19:03

BED文件与bedtools简介

：1、chrom孔2、start开始3、end结束4、name名称5、score存一个数6、strand+or-2、bed格式的使用1、储存基因区2、储存基因组的某些位点信息3、储存CHIP-seq、ATAC-seq
筱贺学生信·2023-12-03 18:28

Docker封装生物信息学宏基因组流程

宏基因组学（metagenomics）是一种以环境样品中的微生物群体所有基因组作为研究对象，利用基因组学的研究策略研究环境样品中所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能的新的研究微生物多样性的方法。宏基因组不依赖于微生物的分离培养，克服了传统的纯培养方法的技术限制，为研究和开发利用占微生物种类99%以上的未可培养的微生物提供了一种新的途径和良好的策略；可以得到环境中丰度较低的，甚至是痕量微生物的信
儒雅随和王小板·2023-12-03 05:50

R语言中如何改变表格数据的填充顺序

#搬运过来的，看不懂请看原出处原作者：熊荣川六盘水师范学院生物信息学实验室[email protected]://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz通常在R语言中矩阵
一声沧海笑·2023-12-02 12:53

【EI会议征稿】第四届生物信息学与智能计算国际学术研讨会（BIC 2024）

第四届生物信息学与智能计算国际学术研讨会（BIC2024）20244thInternationalConferenceonBioinformaticsandIntelligentComputing2024
艾思科蓝-何老师【H8053】·2023-12-02 06:39

dbCAN碳水化合物酶基因数据库及run_dbCAN4工具安装配置及使用

dbCAN是一个非常有用的生物信息学工具，对于研究纤维素生物转化、生物能源、生产生物基化学品等领域的研究具有重要意义。Run_dbCAN是一个用于预
小果运维·2023-12-01 14:46

2021-11-11 不仅仅是科学原理，还有独特的视角！—《诠释人性：如何用自然科学理解生命、爱与关系》

作者卡米拉·庞，伦敦大学学院生物化学博士，从事转化生物信息学研究的博士后科学家。8岁时，卡米拉被诊断患有自闭症谱系障碍（ASD），26岁时被诊断患有多动症（ADHD），而焦虑也一直伴随着她。
树毛竹·2023-11-30 22:45

R语言：利用rhdf5包分别创建单组学，多组学.h5文件

rhdf5)library(dplyr)library(patchwork)rna.data<-Read10X(data.dir='Processed_dataset/RNA',gene.column=1)atac.data
hyena_7·2023-11-30 08:04

IF：4+ 鉴定与股骨头坏死软骨氧化应激相关的Hub基因和通路

语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你75篇原创内容-->公众号现在肿瘤的文章已经很多很多了，其实非肿瘤的文章也可以轻松的实现，这期就介绍一篇4+的非肿瘤文章，轻松利用生物信息学分析鉴定与股骨头坏死软骨氧化应激相关的
90066456ace6·2023-11-30 00:53

【EI会议征稿】第四届生物信息学与智能计算国际学术研讨会（BIC 2024）

第四届生物信息学与智能计算国际学术研讨会（BIC2024）20244thInternationalConferenceonBioinformaticsandIntelligentComputing2024
搞科研的小刘选手·2023-11-29 20:17

r语言 相关性作图_R绘图：相关性分析与作图

公众号“生信小课堂”TCGA数据分析课程：生物信息学教学相关性分析是我们生信分析中必不可少的技能，单基因的批量相关性分析，可以用于做单基因的GO，KEGG富集分析和GSEA分析，也有多基因之间的相关性分析
知乎剧综·2023-11-29 03:32

加权基因共表达网络分析 (WGCNA）| 共表达网络模块构建 |生物信息学数据分析必备技能

一、前言1.1概念加权基因共表达网络分析(WGCNA,Weightedcorrelationnetworkanalysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法，可以用来鉴定高度协同变化的基因集,并根据基因集的内连性和基因集与表型之间的关联鉴定候补生物标记基因或治疗靶点。该分析方法旨在寻找协同表达的基因模块(module)，并探索基因网络与关注的表型之间的关联关系，以及网络中的核心基
小杜的生信筆記·2023-11-28 17:42

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第五章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng·2023-11-28 03:00

基于Qiime2处理Silva数据库

生物信息学习提示：仅供学习交流使用。
Biostudy-1005·2023-11-26 18:27

QIIME2进阶一_用QIIME2解析序列，诠释生命

本文旨在介绍生物信息学软件QIIME2及其核心组成。2010年，美国科罗拉多大学的RobKnight教授（现单位美国加州大学圣地亚哥分校）团队发布QIIME（发音同chime）分析流程。
环微分析·2023-11-26 18:53

QIIME 2介绍

QIIME2（QuantitativeInsightsIntoMicrobialEcology2）是一个用于分析和解释微生物组数据的开源生物信息学工具。
qq_27390023·2023-11-26 18:51

纯生物信息学SCI文章好发吗？不好意思，很难了

如我题目所说，这次探讨的问题是纯生物信息学文章好不好发表。纯生物信息学最大的好处就是跳过了基础实验这个最大门槛，省去大量时间和精力，以至于同学们对生信发文的坚信程度达到了无比执着的境地。
医学程序研究·2023-11-26 10:34

计算最长公共子序列算法

概述最长公共子序列问题是计算机科学与技术领域中一个重要的问题，广泛应用于字符串匹配、版本控制、生物信息学等领域。解决最长公共子序列问题的动态规划算法具有高效、可靠的特点，因此被广泛采用。
大宝贱·2023-11-25 15:34

【金猿案例展】某国家级研究所——组学大数据分析平台建设

生物信息学经过近30年的发展，从最初的基因组数据的收集和存储，到利用数学建模和人工智能思想，挖掘数据背后的生物学意义、对样本数据进行合理分类、建立合理的二级和三级数据库，
数据猿·2023-11-24 20:46
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