生物信息学ATAC 第3页

基础分子结构(1): exon, intron, CDS, ORF, 3',5'-UTR

分子生物学的基础知识对正确运用生物信息学工具有着举足轻重的作用。因此我想对其中重要的概念进行学习。

逐鸿·2024-01-15 17:57

2022-09-28

癌症基础和转化研究中的大数据，影响诊断和治疗决策原创榴莲不酥图灵基因2022-09-2810:09发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：榴莲不酥IF=69.800推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：大数据分析、生物信息学和人工智能的结合使人们对癌症生物学的基本理解和转化取得了显著进展

图灵基因·2024-01-15 04:20

一个不成熟的小脚本，ATAC数据一键预处理从fastq到treated bam

【atac-single.sh】对AT

基因组学研究生·2024-01-15 01:32

.【机器学习】隐马尔可夫模型（Hidden Markov Model，HMM）

概率图模型可以用于机器学习，人工智能，自然语言处理，计算机视觉，生物信息学等领域。一、马尔科夫模型随机过程马尔科夫过程马尔科夫链状态转移矩阵通过训练样本学习得到，采

十年一梦实验室·2024-01-14 06:52

用R语言随便编一个模拟fasta序列

在生物信息学中，FASTA格式（又称为Pearson格式），是一种基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。

小贝学生信·2024-01-12 22:31

《未来简史》

如果能在两年前就接触到分子生物学并由此领悟到生命的算法，我一定会选择考生物信息学（青岛大学生物信息学要我我没去）。就像图二《人人都是产品经理》暗示从化学转行到生物医药的我再转行到生物信息学一样。

1379号监听者·2024-01-11 07:16

非负矩阵分解(NMF)的几个相关运用

>非负矩阵分解NMF介绍<本文列出了几项在生物信息学和神经影像学领域中应用NMF分析的研究。应该是最早将NMF运用到微阵列(Microarray)数据上的文章。

懒麻蛇·2024-01-11 02:04

【MOOC-生物信息学-序列比较】

一、认识序列FASTA格式第一行：“＞”+名称或其他注释第二行及以后：字符串表示序列二、序列的相似性1.序列相似的重要性相似的序列往往起源于同一个共同的祖先序列，它们很可能有相似的空间结构和生物学功能，即相似的序列->相似的结构->相似的功能可用序列相似、结构功能已知的蛋白质推测当前仅知道序列的蛋白质2.一致度与相似度一致度（identity）：如果两个序列（蛋白质或核酸）长度相同，那么它们的一致

HuangXinyue1017·2024-01-11 01:16

从单细胞数据分析的最佳实践看R与Python两个阵营的博弈

R与Python，在生物信息学领域的博弈异常激烈。许多生信分析，两个阵营都发展出了自己的方法，比如单细胞数据分析，R有Seurat，Python就有Scanpy。

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-10 16:22

生物信息学软件：两种风格

生物信息学目前有两种极为不同的手段：一种是基于网络的工具，另一种是基于命令行的工具。基于网络的工具有时也被称为“点击工具”，使用这些工具并不需要具备编程知识，可以直接上手使用。

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-10 16:52

生物信息学中的可重复性研究

在生物信息学领域，这意味着如下内容。工作流应该有据可查。这可能包括在电脑中保留文本文档以便复制和粘贴复杂命令、网址或其他形式的数据。

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-10 16:50

如何删除有90%以上一致性的序列

写在前面的话：本人是一枚生物学的学生，由于对生物信息学特别感兴趣，于是想自学生物信息学（新手莫怪）。了解到生物信息学要有编程基础，尤其是要会一门编程语言，例如：R语言、Python、P

天明豆豆·2024-01-09 18:40

2022-05-18

CanDisc|基于复发性癌基因共变异的精准联合疗法图灵基因图灵基因2022-05-1813:24收录于合集#前沿分子生物学技术德克萨斯大学MD安德森癌症中心的科学家报告了一种新型生物信息学平台的开发，

图灵基因·2024-01-07 05:56

生信人的自我修养：Linux 命令速查手册

如果你对生物信息学感兴趣，欢迎在公众号或知乎关注我。博客：

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-05 13:27

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十三章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞

xuzhougeng·2024-01-04 14:17

【生物信息学】层次聚类过程

文章目录一、理论二、实践过程1过程2一、理论层次聚类是一种基于树状结构的聚类方法，它试图通过在不同层次上逐步合并或分裂数据集来构建聚类结构。这个树状结构通常被称为“树状图”（dendrogram），其中每个节点代表一个数据点或一组数据点，而连接节点的分支表示聚类的形成过程。下面是层次聚类的一般原理：距离矩阵计算：首先，计算数据集中每对数据点之间的距离。这可以是欧氏距离、曼哈顿距离、相关性等

QomolangmaH·2024-01-04 09:09

「摸鱼快报008」看不懂机器学习西瓜书? 没关系, 南瓜书来帮你!

摸鱼快报是一档我拍脑袋想出来的致力于轻量化地收集优质生物信息学及相关领域资料带给大家的小栏目,力求废话不多,干货为王.下面内容引用自官方github首页,帮助你快速了解推出南瓜书的目的:“周志华老师的《

卖萌哥·2024-01-04 07:51

生信数据类型

生信是指生物信息学，是研究生物大数据的采集、存储、分析和解释的学科领域。

m1chiru·2024-01-03 23:39

ExpHunterSuite

ExpHunterSuite是一种用于基因表达数据分析的生物信息学工具套件。它可以用于从高通量测序数据中提取差异表达基因，并对其进行注释和功能富集分析。

m1chiru·2024-01-03 23:09

聚类算法介绍

聚类算法在数据挖掘、图像分割、文本分类、生物信息学等领域都有广泛的应用。

亦旧sea·2024-01-03 21:06

生信人的20个R语言习题-高级

R包：数据包：ALL,CLL,pasilla,airway软件包：limma，DESeq2，clusterProfiler工具包：reshape2绘图包：ggplot2不同领域的R包使用频率不一样，在生物信息学领域

DrKu·2024-01-02 17:56

R语言绘制精美漂亮截断图教程 | 代码重复 | （收藏篇）

收藏篇）R语言绘制截断图教程教程视频：R语言绘制精美漂亮截断图教程|代码重复|（收藏篇）-知乎(zhihu.com)R语言绘制漂亮截断图教程|代码重复“小杜的生信筆記”公众号、知乎、平台，主要发表或收录生物信息学的教程

小杜的生信筆記·2024-01-02 08:26

序列比对简介1

序列比对是生物信息学中非常重要的一部分，它可以帮助我们识别DNA、RNA和蛋白质序列中的相似性和差异性，从而推测它们在生物体内的功能。比对两个序列最简单的方法是将它们放在一起，并逐个字符进行比较。

Bioinfotec·2024-01-01 10:37

2023最后一个工作日

2023年教程汇总|《小杜的生信笔记》「小杜的生信筆記」，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!!

小杜的生信筆記·2023-12-30 15:08

——生物信息学了解一下

别担心，来到重庆邮电大学生物信息学专业上述愿望统统帮您实现！

Yolanda_44ad·2023-12-30 09:59

学学这篇免疫浸润文章和作者一样发5+分

科研菌·2023-12-29 23:21

BED 文件格式 chip-seq m6a数据可视化会用到

//bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/general-usage.htmlBED格式（BrowserExtensibleDataformat）是一种在生物信息学中广泛使用的文本文件格式

生信小博士·2023-12-29 19:10

ATAC-seq分析：Peak Calling（8）

1.寻找开发区域ATACseq的一个共同目标是识别转录因子结合和/或转录机制活跃的无核小体区域。该核小体游离信号对应于小于一个核小体的片段（如Greenleaf论文中定义<100bp）。然而，为了识别开放的染色质，我们可以简单地使用在测序中正确配对的所有读数（<2000bp）。2.无核小体区域有许多方法可用于从ATACseq数据中调用无核小体区域，其中许多方法借鉴自ChIPseq分析。一种非常流行

冷冻工厂·2023-12-28 17:07

云鹏农学实习报告

寒假结束，2月25号，我来到了我实习老师赵彦宏老师的办公室，从此开始了我三个月的实习生活；我自己给自己定的目标有三个：1、在校实习三个月，必须完成毕业论文；2、学习到生物信息学专业知识，自己可以处理数据

8云8·2023-12-27 05:14

机器学习中的强学习器：AdaBoost算法详解

错误率与权重更新3.AdaBoost的工作流程3.1初始化权重3.2训练弱学习器3.3更新样本权重3.4构建强学习器4.AdaBoost的优缺点4.1优点4.2缺点5.应用场景5.1图像识别5.2语音处理5.3生物信息学

轩Scott·2023-12-26 11:21

R语言处理缺失值之naniar包

医学和生信笔记·2023-12-26 06:14

这个只需一步就可做富集分析的网站还未发表就被CNS等引用超过350次

Metascape专门为生物学者设计的基因富集分析网站image一、Metascape简介Metascape（http://metascape.org/）是一个功能强大的基因功能注释分析工具，能帮助用户将当前流行的生物信息学分析方法应用到批量基因和蛋白质的分析中

生信宝典·2023-12-25 22:07

Nature Commun|ATAC-seq探究复发性小儿B系急性淋巴细胞白血病的染色质可及性图谱

使用测序(ATAC-seq)检测转座酶可及染色质的方法的出现和优化使得在原发性癌症的全基因组范

爱基百客·2023-12-25 15:34

从CNS封面文章中找数据 | Science：人类原发性肿瘤染色质可及性图谱

今天给大家分享的ATAC-seq数据资源来自2018年的Science封面文章，美国斯坦福大学研究人员绘制了23种癌症全基因组染色质可及性图谱，为癌症研究提供基础数据资源。

尐尐呅·2023-12-25 07:46

决策曲线分析DCA用于lasso回归/随机森林

主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。前面介绍了超多DCA的实现方法，基本上常见的方法都包括了，代码和数据获取方法也给了大家。

医学和生信笔记·2023-12-23 21:29

单细胞从理论到实践-这一本书就够了

生信交流平台·2023-12-23 03:13

遗传图谱应用分析案例：菊花高密度遗传图谱的构建和花型相关位点的鉴定【百迈客生物】

遗传图谱遗传图谱（Geneticmap），是基于全基因组重测序技术或简化基因组测序技术，对某物种家系样本进行测序，利用生物信息学方法，开发SNP分子标记，计算标记间的遗传连锁距离，绘制高密度遗传图谱。

百迈客生物·2023-12-23 03:06

TCR-seq数据分析(一)

该方法诞生的目的就是用生物信息学手段来全面高速地分析高通量测序技术检测靶向扩增后的T细胞抗原识别决定性表面分子，即T细胞受体多样性的检测技术，用以揭示机体在生理和病理状态下T细胞介导的细胞免疫应答状态

生信云笔记·2023-12-21 13:08

生物信息学R分析工具包ggkegg的详细使用方法

ggkegg介绍ggkegg是一个用于生物信息学研究的工具，可以用于分析和解释基因组学数据，并将其与已知的KEGG数据库进行比较。

小果运维·2023-12-20 14:22

2021-01-26基因ID+TMP

基因ID总参考-医学生物信息学数据库常用：基因名称例如:TP53,RNF180。这样的名字，是这个基因功能+编号的简写。

小森的生统笔记·2023-12-20 00:15

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 1

前言最近在阅读欧剑虹老师《生物信息学生R入门教程》非常适合于刚入手NGS的初学者使用，这里我仅做我个人的读书笔记使用本书分为八个章节：1.R/Bioconductor简介2.基因芯片的数据分析3.RNA-seq

小潤澤·2023-12-19 19:08

支持向量机（SVM）：高效分类的强大工具

文章目录前言1.SVM的基本原理1.1核心思想1.2支持向量1.3最大化建模1.4松弛变量1.5核函数2.SVM与逻辑回归的区别和联系2.1区别2.2联系3.SVM的应用领域3.1图像分类3.2文本分类3.3生物信息学

_用户昵称_·2023-12-19 06:34

生信步骤|转录组mRNA数据的有参组装

转录组的组装能够提供丰富的组学信息，是生物信息学中重要的基础步骤。测序的下机数据经过过滤，比对，排序，组装，最终得到转录本的全部序列信息。

学术程稻属·2023-12-18 03:56

基因-疾病数据库/工具大集合

1909~2015年基因发现时间轴，展示基因组学领域的重大发现和发明人类疾病是广泛研究（包括基因组学、生物信息学、系统生物学和系统医学）的核心。

尐尐呅·2023-12-17 15:26

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 6

这次介绍的是10XGenomics的数据分析数据读取#构建Seurat对象library(Seurat)library(dplyr)#读取PeripheralBloodMononuclearCells(PBMC)数据pbmc.data0){buf0]2.cell筛选#Seurat会计算基因数以及UMI数(nGeneandnUMI).#Seurat会将原始数据保存在raw.dataslot中，#每一

小潤澤·2023-12-16 19:44

【生物信息学】scRNA-seq数据分析（一）：质控~细胞筛选~高表达基因筛选

文章目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍三、实验内容0.导入必要的库1.质控2.细胞筛选3.高表达基因筛选一、实验介绍质控~细胞筛选~高表达基因筛选二、实验环境1.配置虚拟环境可使用如下指令：condacreate-nbiopython==3.9condaactivatebiopipinstall-rrequirements.txt 其中，requirements.

QomolangmaH·2023-12-16 14:11

生物信息学分析领域领先的特制语言环境NGLess（Next Generation Less）介绍、安装配置和详细使用方法

介绍NGLess（NextGenerationLess）是一种用于生物信息学分析的领先的领域特定语言（DSL）。

小果运维·2023-12-15 20:36

软件9 —— MACS2

一、基本介绍※峰识别（peakcalling）工具包括：MACS2和HOMER（适用于ChIP-seq和ATAC-seq）、HMMRATAC（针对于ATAC-seq）、exomePeak（针对m6A-seq

果蝇饲养员的生信笔记·2023-12-15 17:38

【动态规划总结】动态规划算法掌握一种技巧-完美理解

动态规划（英语：Dynamicprogramming，简称DP），是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法。

未来星_狒狒·2023-12-06 04:08

大数据 - MapReduce：从原理到实战的全面指南

每天都有数以百万计的数据被生成、存储和处理，覆盖了从互联网搜索、电子商务，到生物信息学和气候研究等各个领域。

快乐非自愿·2023-12-04 19:03

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