生物信息学ATAC 第7页

如何使用Python的Pyecharts做一个数据可视化的Graph 关系图？

Graph关系图通常用于社交网络分析、网络安全分析和生物信息学科研等等领域，以及其他任何需要探索复杂关系的应用场景。温馨提示：以下是本篇文章的

db_wjj_2079·2023-09-15 02:20

echart 动画饼图_巧用EChart画动态饼图

生物信息学领域算法对于解决复杂生物学问题非常重要，随着NGS的发展对于算法需求也越来越多，同时也伴随着对数据可视化的需求的增加。

天下事一点通·2023-09-14 23:46

单个基因的生物信息学分析(2)-蛋白质结构域预测

本期的主题仍然属于《单个基因的生物信息学分析》，主要讲解介绍一下单个蛋白质结构域分析。

blue_unique·2023-09-14 13:05

ATAC-seq数据可视化——超简单教程

上一期记录了ATAC数据从Fastq数据到bam文件的处理脚本。

基因组学研究生·2023-09-14 10:55

秘籍 | 计算基因组的有效大小（effective genome size）

写在前面最近在ATAC-Seq中callpeaks的时候发现需要用到基因组的有效大小（effectivegenomesize）方法一自己编写脚本#coding=utf-8importsysaList=[

生信卷王·2023-09-14 08:25

我的生信自学心得分享

当我们在谈论生信的时候，我们实际在谈什么首先，我们要明确生物信息学到底是什么,什么是bioinformatics。不然，我觉得你给

xuzhougeng·2023-09-13 19:20

python笔记——python生物信息学数据管理第一部分

#import语句及模块>>>importos#导入模块>>>dir(os)#模块中呈现的变量和函数的完整列表>>>help(os.chdir)#模块下某个函数的简短解释>>>help(matplotlib.pylab)#运算a**b#a的b次幂a%b#a/b的余数a//b#向下舍入除法#整数运算结果是整数，浮点数运算结果是浮点数>>>4/31>>>4.0/31.3333333333333333#

懒猫古德·2023-09-13 07:59

GenomicRanges 根据重合比例合并基因区间数据

最近在做ATAC-Seq分析，得到实验组和对照组peaksets（本文称为peaks1和peaks2）后想合并得到consensuspeaksets.用bedtoolsintersect做可以设置重合比例参数

BeeBee生信·2023-09-13 02:43

Linux上安装Tarball软件------以MUMmer为例

下文以一个生物信息学小软件MUMmer为例，说明一下tarball软件的安装流程。

夏夏LJ·2023-09-13 01:32

22-从DNA损伤修复以及分析亚型角度分析膀胱癌中的免疫调节

Hello，大家好，今天小编给大家带来的是有关DNA损伤修复基因以及膀胱癌亚型免疫调节的文章，文章主要挖掘了膀胱癌不同亚型中免疫调节基因并进行了生物信息学分析，内容丰富却也不难理解，于2019年发表在JournalforImmunotherapyofCancer

AAA肿瘤信息学王协·2023-09-12 19:43

linux怎么查看一个bam文件,Linux常规操作笔记

所使用的Linux系统是曾健明的服务器，服务器信息如下：/usr/local/bin/miniconda3/bin路径下面安装了生物信息学软件，可以使用全路径调用它们，或者添加该目录到环境变量。

谢兴豪·2023-09-12 16:50

[生信]单细胞测序数据分析的各类软件汇总

Github上有人收录了各类单细胞RNA测序的数据分析软件，包括RNA-seq和ATAC-seq等。https://github.com/seandavi/awesome-single-cell

MC学公卫·2023-09-11 02:54

SCS【34】单细胞/T细胞/抗体免疫库数据分析(immunarch)

简介immunarch是专为分析T细胞受体(TCR)和B细胞受体(BCR)而设计的R包，主要为医学科学家和生物信息学家量身定制。

桓峰基因·2023-09-10 20:13

Y叔要求职

余光创香港大学生物信息学博士，目前在港大从事博士后工作求职意向：副教授以上地点：主要意向是广州和深圳简历：https://guangchuangyu.github.io/resume/YGC.pdfgooglescholar

Y叔_HKU·2023-09-10 14:45

[DEBUG] springboot+freemarker+shiro控制按钮的出现与隐藏

陆书生·2023-09-09 08:04

单细胞数据库整理

celltypeMarker2.SingleCellPortal-BroadInstitute界面不是那么好用，数据应该含有挺多物种的，也包括人和小鼠的3.SingleCellExpressionAtlas-EMBL-EBI欧洲生物信息学中心

Seurat_Satija·2023-09-08 17:32

Duplicate产生原因

Dup背景高通量测序检验流程可分为“实验室操作”（又称为“湿实验”）和“生物信息学分析”（又称“干实验”）两部分。

笺牒九州的怪咖·2023-09-08 10:10

论文笔记_21范数:Efficient and Robust Feature Selection via Joint 2,1-Norms Minimization

Abstract特征选择在机器学习中非常重要，尤其是在生物信息学任务中。本文提出一种新的鲁棒特征选择方法，这一方法核心在于在损失函数核正则化项中联合使用21范数。

Lr_AI·2023-09-08 01:27

捷报 | 求臻医学两地医学检验实验室满分通过此项室间质评

捷报近日，国家卫生健康委临床检验中心（NCCL）公布了2023年全国肿瘤体细胞突变高通量测序检测生物信息学分析室间质评结果，求臻医学北京、杭州两地医学检验实验室再度喜获佳绩，以满分的优异成绩通过本次考核

求小臻·2023-09-03 00:35

关于样本方差为什么除以 n-1

今天上午集训摸鱼看到同学给我发的这个问题感觉挺有意思的感性理解这一部分的内容仅代表本蒟蒻没看严谨证明之前的个人见解，如果您想看严谨的证明，请翻到下一部分还是先把图放上来罢省的有人不知道讲的什么东西呃我知道这是生物竞赛的东西（不过生物信息学都开始教图论了我讲这玩意有什么问题

竹子·2023-09-02 22:38

lintcode77 · 最长公共子序列【中等动态规划】

该问题是典型的计算机科学问题，是文件差异比较程序的基础，在生物信息学中也有所应用。https://en.wikipedia.org

赵长辉·2023-09-02 11:19

《TCGA数据下载的终极篇》

NCI,美国国家癌症研究所)和NationalHumanGenomeResearchInstitute(NHGRI,国家人类基因组研究所)合作，在2006年建立的癌症研究项目，旨在运用高通量测序技术和生物信息学分析方法探究癌症

生信学霸·2023-09-01 17:56

XP-CLR分析学习笔记

XP-CLR分析笔记生物信息学和遗传学是相互交织的两个学科，共同致力于解读生物体内复杂的基因信息。这些信息有助于理解物种的演化，疾病的起因，以及个体差异等方面。

生信分析笔记·2023-09-01 10:05

肿瘤科医师狂喜,15分RNA修饰数据挖掘文章

Biomamba荐语与这个系列的前面一些论文类似，这次给大家推荐的是一篇纯生物信息学数据挖掘的文章，换句话说，这又是一篇不需要支出科研经费（白嫖）的论文(当然，生信分析用的服务器还是得掏点费用的)。

Biomamba生信基地·2023-08-30 07:04

Day3 conda学习笔记——曹婕

内容主要包括生物信息学软件管理工具conda的简介和使用方法conda使用.pngcondapng.png

雪微笑·2023-08-29 01:29

一文搞懂深度信念网络！DBN概念介绍与Pytorch实战

目录一、概述1.1深度信念网络的概述1.2深度信念网络与其他深度学习模型的比较结构层次学习方式训练和优化应用领域1.3应用领域图像识别与处理自然语言处理推荐系统语音识别无监督学习与异常检测药物发现与生物信息学二

TechLead KrisChang·2023-08-28 15:04

免疫生物信息学数据库汇总||Immunoinformatics Databases

通过信息技术的进步而产生的大量生物技术数据，正在促进生物系统知识的扩大。这些创新改变了生物医学研究、开发和应用的方式。临床数据补充了生物数据，能够详细描述各种他健康和疾病的状态，进展和对治疗的反应。表示各种生物状态、过程及其时间依赖性的数据量使得能够研究生物系统EMS在不同层次的组织，从分子到有机体，甚至在种群水平。多种数据来源支持迅速增长的生物医学知识；然而，我们分析和解释这些数据的能力远远落后

周运来就是我·2023-08-28 04:16

学习小组Day7笔记--Danny

image.png转录组数据处理，试一试这个教程测序技术原理及常用数据格式简介生信入门专题|Linux常用命令集生物信息学基本概念及常用数据库介绍

Danny_dddf·2023-08-27 04:50

ATAC-seq总结

背景知识什么是ATAC-Seq?

otw_5f1c·2023-08-24 16:54

不好好做图的NSC系列(九):ggplot2重现Nature文章折线图+多图叠加

setwd("F:/生物信息学/NATURE折线图")A<-read.csv("折线图.csv",header=T)ggplot(A,aes(x=Day,y=val

KS科研分享与服务·2023-08-24 09:37

数据科学资源整理

数据科学主要包括两个方面：用数据的方法研究科学和用科学的方法研究数据（好吧，这明显是在玩文字游戏~），前者包括生物信息学、天体信息学、数字地球等领域；后者包括统计学、机器学习、数据挖掘、数据库等领域。

小林梓·2023-08-23 15:50

TCGA数据分析系列（二）：LinkedOmics

欢迎关注公众号“生信小课堂”TCGA数据分析课程：生物信息学教学今天继续我们TCGA在线数据库系列。

生信小课堂·2023-08-23 09:19

信号处理--基于EEG脑电信号的眼睛状态的分析

本实验为生物信息学专题设计小项目。项目目的是通过提供的14导联EEG脑电信号，实现对于人体睁眼和闭眼两个状态的数据分类分析。每个脑电信号的时长大约为117秒。

张哥coder·2023-08-22 22:28

2020-01-11 了解GeneBank格式

GenBank格式是最古老的生物信息学数据格式之一，最初是为了兼顾可读性和计算机处理的有些翱翔。具有所谓的固定宽度格式，其中前10个字符构成用作标识符的列，该行其余是与该标识符相对应的信息。

王子威PtaYoth·2023-08-22 12:55

生物信息学分析实用小技巧：蛋白质可视化

PyMOL可视化蛋白质写在前面的上次推文介绍了如何用多种方法批量快速下载高通量测序数据，主要介绍了Aspera的用法和axel用法。这里再额外提一句，Aspera的使用需要足够的学习，学会如何解决报错，如何解决网络协议问题。这次我再介绍一个简单使用的软件——PyMOL的使用，昨天晚上，我的好朋友反馈给我说这个软件教程密密麻麻一堆，不知道如何下手。因为她的任务是做蛋白质结构的一些分析，分析过程中需要

宇宙实验媛·2023-08-22 06:02

2020-09-15

改进和发展分析这些基因组并揭示其效用的方法在许多领域都具有重大意义，如比较和功能基因组学、进化和生物信息学。

Boowean·2023-08-21 11:57

生物学研究中常见的统计检验方法(二：Wilcoxon test)

然而，在生物信息学分析中经常碰到不满足此假设的情况，例如比较两个基因在两组单细胞中的表达水平。

Bio_zouxudong·2023-08-21 01:07

4 篇 NAR | 生物大数据时代，如何做好数据管理和再利用，发IF10+的数据库文章？...

生物信息分析离不开数据资源和数据库，生物信息学数据库分类概览(第一版)系统梳理了常用功能数据库。

生信宝典·2023-08-20 07:45

Linux基础入门 | 文件操作命令

最近很多师弟师妹和我讲，老师安排他们做生物信息学分析，但是不知道从何入手学习，每每翻开一本本厚厚的教程，总是提不起兴趣。

生信小王子·2023-08-20 02:29

肿瘤生物信息学数据库

一、综合性肿瘤数据库1、TCGATheCancerGenomeAtlas(TCGA)TCGA是由美国国立癌症研究所（NCI）和国家人类基因组研究所资助，关注与癌症的发生和发展相关的分子突变图谱。该数据库主要对样本进行外显子组和基因组测序分析，所提供的数据包括：基因组拷贝数变化、表观遗传、基因表达谱、miRNA等。2、ICGCInternationalCancerGenomeConsortium(I

笺牒九州的怪咖·2023-08-19 22:53

常用生物信息学在线分析工具汇总(记录中...)

数据库NCBI主站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/拟南芥：https://www.arabidopsis.org/AmiGO2STRINGPham序列比对、寻找同源蛋白、基因BLAST：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi获得蛋白氨基酸含量、等电点等参数ProParam：https://us.expasy.org/tools/

胜言_·2023-08-19 00:34

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 8

这一章讲述了上游分析QC1.barcode/adaptor的影响人们常用的去除adaptor的软件有cutadapt、skewer等，但是近年来后起之秀TrimGalore因为其使用简单，会自动侦测adaptor而受到越来越多的欢迎。原始的fastq文件往往是包含adaptor以及barcode的。如果不去除adaptor将会对下游的mapping产生影响。如果5'端存在adaptor的话，影响会

小潤澤·2023-08-18 13:21

PSP - 配置 AlphaFold2 的高效 Tensorflow 运行环境

DeepMind和EMBL的欧洲生物信息学研究所合作，创建AlphaFo

SpikeKing·2023-08-17 18:51

生信学习第一天

今天开始学习生物信息学，总结下来貌似有几点：1.关注几个重要的生物信息学的公众号，当然包括生信星球。

流金岁月BIO·2023-08-16 17:44

百日筑基篇——差异基因分析DESeq2包（R语言初识六）

差异基因分析是生物信息学中常用的一种分析方法，用于比较不同样本之间基因表达

星石传说·2023-08-16 13:13

R语言实现免疫浸润分析（1）

免疫浸润分析是生物信息学研究中的一项关键内容，它旨在评估肿瘤微环境中不同类型的免疫细胞组成。免疫细胞在肿瘤发展和治疗中起着至关重要的作用，因为它们可以影响肿瘤的生长、扩散和对治疗的响应。

weixin_49320263·2023-08-16 06:21

常见蛋白质种类_[转载]常用蛋白质数据库

该数据库的管理者是结构生物信息学合作研究组织(ResearchCollaborationforStructuralBioinfo

weixin_39555715·2023-08-16 04:23

我对生命科学的理解

我一开始就是奔着生物信息学来的，最初对这个领域仅仅只有考研目标的概念，其研究重点主要体现在基因组学和蛋白质组学，主要研究方向有基因序列比对、蛋白质比对、基因识别分析、分子进化、序列重叠群装配、遗传密码、

凛然说笑·2023-08-15 03:58

生物信息学：bedGraph文件、Bed文件转、BAM文件转化

目录引言bam文件bed文件bedGraph文件R语言和linux实现从bedgraph到bam的转化从bedgraph到bedgenome.size.txtbed转bam引言BamBedbedGraph是保存测序数据的常用格式。在GEO数据库的文件中，很多都是用bed、bedgraph储存的，如何转变为更为下层的bam呢？，这里说一下如何从bedGraph转化成bam文件。bam文件第一列：QN

茅逗逗·2023-08-14 06:32

概率图模型（Probabilistic Graphical Model，PGM）

它可以用来表示复杂的概率分布，进行有效的推理和学习，以及解决各种实际问题，如图像处理，自然语言处理，生物信息学，社会网络分析等。概率图模型有两大类：有向图模型和无向图模型。

子燕若水·2023-08-13 19:24

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