生物信息学ATAC

生信宝典：生物信息学习系列教程、视频、资源

生信的作用越来越大，想学的人越来越多，不管是为了以后发展，还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情，也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作，却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作，但不懂得背后的原理，不知道什么参数需要修改，结果可以出来，却把握不住对还是错。学习生信从来就不是一个简单的事，需要做好持久战的心理准备。在学习时，我们都希望
生信宝典·2020-07-02 15:27

皮尔森系数与斯皮尔曼等级相关系数在生物信息学上的使用

皮尔森相关系数在所有相关系数的计算方法里面，最常见的就是皮尔森相关。皮尔森相关系数也称皮尔森积差相关系数，是一种线性相关系数。皮尔森相关系数是用来反映两个变量线性相关程度的统计量。相关系数用r表示，其中n为样本量，Xi、Yi与X、Y分别为两个变量的观测值和均值。r描述的是两个变量间线性相关强弱的程度。r的绝对值越大表明相关性越强。SXSY分别为样本标准差。假设样本可以记为(Xi，Yi)，则样本Pe
onlyme_862a·2020-07-02 12:41

利用Docker搭建Galaxy

pythonWeb开发实践》时发现一个神奇的工具---Docker，官网介绍是Dockeristheworld'sleadingsoftwarecontainerizationplatform我不禁想到生物信息学中有许多软件都要在类
徐洲更hoptop·2020-07-02 09:49

Rosalind工具库：使用Fastx-toolkit或trimmomatic进行质量控制

解决这种错误可以从源头，也就是测序仪改进，也可以通过生物信息学的手段，将可能错误的序列过滤掉。测序仪的下机数据一般都是FASTQ，第二列存放序列，第四列存放对应碱基的质量。
徐洲更hoptop·2020-07-01 23:05

图计算系统发展简史（一）

如今，基于图模型的数据分析方法已经应用在了互联网的很多场景：社交网络分析、网页排序、社区发现……在天体物理学、计算化学、生物信息学等自然科学领域，图也有广泛的应用。
Fmacloud·2020-07-01 09:57

Python调用Graphviz画流程图

它在网络，生物信息学，软件工程，数据库和网页设计，机器学习以及其他技术领域的可视界面中具有重要的应用。引自Graphviz官网+谷歌翻译就是一个应用性很好的画流程图
BBJG_001·2020-07-01 08:29

ATAC-Seq 数据分析（上）

背景：染色质和染色体的结构和功能每一条染色单体由单个线性DNA分子组成。细胞核中的DNA是经过高度有序的包装，否则就是一团乱麻，不利于DNA复制和表达调控。这种有序的状态才能保证基因组的复制和表达调控能准确和高效进行。包装分为多个水平，核小体核心颗粒(nucleosomecoreparticle)、染色小体(chromatosome)、30nm水平染色质纤丝(30nmfibre)和高于30nm水平
徐洲更hoptop·2020-06-30 20:21

双端测序中read1和read2的关系

  在跟着健明老师学习生物信息学的过程中，少走了很多弯路，躲过了很多坑，在指导下浅尝过一些。但是自己常常扣原理，又双叒叕落坑，百思不得其解。
Biofantasy·2020-06-30 17:57

【读书笔记】生信札记 第二章

1.简介生物信息学涉及的数据库可大致分为二种：初级数据库和二级数据库。初级数据库贮存原始的生物数据，如DNA序列，由晶体衍射(Crystallography)获得的蛋白质结构等。
oddxix·2020-06-30 16:05

最优间隔分布学习的优越性

它催生出了包括信息检索、计算机视觉、生物信息学等在内的大量新研究，并且不同的聚类算法已被提出超过十年（JainandDubes1988;XuandWunsch2005;Jain2010）。
Promise_魅眸·2020-06-30 15:04

RNA-seq流程学习笔记（1）-Ubuntu系统安装SRA数据下载软件Aspera connect和SRT-Toolkit

自己本身是做分子生物学的，有关生物信息学的知识接触很少，于是按照自己的习惯从头摸索。
垚垚爸爱学习·2020-06-30 00:11

学习Linux常用命令网站链接整理[持续]

命令大全http://man.linuxde.net/Linux命令大全完整版http://blog.csdn.net/first_starrysky/article/details/745741072、生物信息学
xcaryyz·2020-06-29 23:54

《生物信息学：导论与方法》--新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq--听课笔记（十七）

第八章新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq8.10学生课堂报告-----NormalizationmethodsforIlluminahigh-throughputRNAsequencingdataanalysis1IntroductionTermsinNGS:Flowcell;Lane;Library;ReadsVariation:Intra-sample:genelength;GCcon
wxw060709·2020-06-29 22:48

DGL官方教程--图分类

图分类是生物信息学，化学信息学，社会网络分析，城市计算和网络安全等许多领域
平湖片帆·2020-06-29 16:15

潜语义分析(LSA)

潜在语义分析由Deerwester等于1990年提出，最初应用于文本信息检索，在推荐系统、图像处理、生物信息学等领域也有广泛的应用。
rosyxiao·2020-06-28 20:12

Big data drive bioinformatics

以下仅是个人感想：现在的生物信息学的发展是伴随着大数据的产生而到来的，就生物科学领域，由原来的人们仅仅通过在ncbiblast分析一条，两条基因的序列，到现在伴随着二代测序以及各种测序技术的发展，产生了庞大的数据
翠_c9e6·2020-06-28 00:52

GSVA的使用

其实就是研究这些感兴趣的基因集在不同样品间的差异，或者寻找比较重要的基因集，作为一种分析方法，主要是是为了从生物信息学的角
weixin_30558305·2020-06-27 21:01

BWA_Bowtie1/2 比对算法【BWT】

【哈佛大学】2019年生物信息学与计算生物学课程--刘小乐老师--2020STAT1
caokai001·2020-06-27 20:11

6.x图像识别之支持向量机（SVM）

它在文本分类、手写识别、图像分类、生物信息学等领域中获得较好的应用。相比于容易过度拟合训练样本的人工神经网络，支持向量机对于未见过的测试样本具有更好的推广能力。
webzhuce·2020-06-27 14:08

对动态规划(dp) 的一些思考与背包问题浅析（背包九讲笔记

：解题思路：多重背包问题：解题思路：例题几个比较有趣的dp题背包题DP入门探讨动态规划是什么动态规划（英语：Dynamicprogramming，简称DP）是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的
Yishui_Blog·2020-06-27 12:56

生信入门day1-Linux

本博客适用于正在读大学硕士博士的生物实验操作学生前提是他们愿意花70%的精力来转型，自学生物信息学这个交叉学科。其实生物信息相关的英语资料还是挺多的，如果你英语不错
Stone_Stan4d·2020-06-27 11:26

知名出版Oreilly大全！

PerlJavaPythonC/C++脚本语言Web数字媒体WebServicesXMLOracle系统管理/网络安全数据库Linux/UnixMacintosh/OSXWindows.NET开放源代码软件无线应用生物信息学特别关注
unixlinuxsys·2020-06-27 10:59

#小王子旅行杂货铺#——干货满满之意大利旅行篇

实用贴士交通网站意大利签证申请中心官网：www.italyvac.cn意大利铁路官网：www.trenitalia.com罗马公共交通网：www.atac.roma.it公交车Atral：www.atral-lazio.com
小王子4ever·2020-06-27 06:41

Python生物信息学⑥绘制热图及火山图

Python生物信息学⑥绘制热图及火山图Python生物信息学③提取差异基因通过上Python生物信息学③提取差异基因得到了该数据集的差异分析的两个关键参数，1.差异倍数（foldchange）以及2.
qq2648008726·2020-06-27 03:32

开源化学信息学工具包(Open Access Cheminformatics Toolkits)

1.CDK(ChemistryDevelopmentKit)官网：https://cdk.github.io/点击打开链接CDK是结构化学信息学和生物信息学的开源Java库。
qq2648008726·2020-06-27 03:00

DrugBank:小分子数据信息挖掘

DrugBank数据库简介DrugBank数据库是唯一将详细的药品数据（即化学，药理学和制药）与综合药物靶点信息（即序列，结构和作用通路）相结合的“生物信息学和化学信息学”资源.DrugBank由加拿大卫生研究院
qq2648008726·2020-06-27 03:00

DGL & RDKit | 基于Attentive FP可视化训练模型原子权重

DGL具有许多用于化学信息学、药物与生物信息学任务的函数。DGL开发人员提供了用于可视化训练模型原子权重的代码。
qq2648008726·2020-06-27 03:54

RDKit | 基于主成分分析可视化(DrugBank)类药性的化学空间

DrugBank:小分子数据信息挖掘基于RDKit探索DrugBankDrugBankDrugBank数据库是唯一将详细的药品数据（即化学，药理学和制药）与综合药物靶点信息（即序列，结构和作用通路）相结合的“生物信息学和化学信息学
qq2648008726·2020-06-27 03:51

常用生物信息学格式介绍

转载于：http://ju.outofmemory.cn/entry/193943前言在各个行业都是有行业标准的，这样才能统一规范而方便后面的分析，在生物信息学领域中主要是各种大量序列数据、注释数据等，
vickyleexy·2020-06-27 03:42

生物信息学基础

生物信息学基础lncRNA:长链非编码RNA（LongNoncodingRNA，LncRNA）指的是长度在200nt以上、不编码蛋白、但参与细胞内多种生物学过程的RNA分子。
vickyleexy·2020-06-27 03:42

生物信息学基础——基因表达过程

遗传信息(DNA)→转录→mRNA→翻译→蛋白质分子转录翻译名词解释CDS与ORF的联系与区别图解转录在RNA聚合酶的催化下，以DNA为模板合成mRNA的过程称为转录（transcription）。在双链DNA中，作为转录模板的链称为模板链（templatestrand）或反义链（antisensestrand）；而不作为转录模板的链称为编码链（codingstrand）或有义链（sensestr
vickyleexy·2020-06-27 03:42

Seurat的scATAC-seq分析流程

scRNA-seq和scATAC-seq,主要体现在：基于scRNA-seq的聚类结果对scATAC-seq的细胞进行聚类scRNA-seq和scATAC-seq共嵌入(co-embed)分析整合步骤包括如下步骤:从ATAC-seq
徐洲更hoptop·2020-06-27 02:06

python sklearn画ROC曲线

preface：最近《生物信息学》多次谈到AUC，ROC这两个指标，正在做的project，要求画ROC曲线，sklearn里面有相应的函数，故学习学习。
无限大地NLP_空木·2020-06-26 22:26

图神经网络最新论文总结（附源码）

图神经网络（GNN）是深度学习领域最新的研究成果，在生物信息学、化学信息学、社会网络、自然语言处理和计算机视觉等多学科领域有着广泛的应用。这一块的研究也吸引了像腾讯这样的巨头参与。
mishidemudong·2020-06-26 21:33

python数据分析：聚类分析（cluster analysis）

它是探索性数据挖掘的主要任务，也是统计数据分析的常用技术，用于许多领域，包括机器学习，模式识别，图像分析，信息检索，生物信息学，数据压缩和计算机图形学。
泛泛之素·2020-06-26 20:58

K-均值聚类分析

聚类是非监督学习的一种方法，也是常用的统计数据分析技术，应用领域很广，涉及机器学习、数据挖掘、模式识别、图像分析和生物信息学等。
tanmengwen·2020-06-26 18:03

裴健教授当选 SIGKDD 主席，继刘兵后，又一华人荣膺此位

裴健：加拿大西蒙弗雷泽大学计算机学院教授，专注于数据挖掘、数据仓库和在线分析处理、数据库系统、生物信息学等领域，著有《DataMining:ConceptsandTechniques》一书（与JiaweiHan
AI科技大本营·2020-06-26 15:19

生物信息的文件格式解析（转自 基因学苑）

有生物信息学家开玩笑说自己每天的工作就是文本格式转换，其实是这样的，例如常见的从qseq到fastq，从fastq到bam，从bam到vcf等。
生信start_site·2020-06-26 06:41

Linux及生物信息学习记录

作为一个生物信息方面方面的初学者，今天和大家分享一下自己学习的过程及学习中遇到的问题。一方面为了能借此回顾自己所学内容，另一方面也借此与其他初学者交流。我最初的学习分为三大部分，一是对Linux命令的基本学习，二是基因组学，转录组学等知识的学习，目前是进行的是基因组学的学习，包括测序技术的发展及测序的原理，测序主流程的构建，测序相关软件的使用。三是相关英文文献的阅读。在这里我就直接简单的总结一下我
┡狼儿本色～々·2020-06-26 03:39

Leetcode动态规划算法题（Java实现）

含义动态规划（Dynamicprogramming，简称DP）是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法。
2020GetGoodOffer·2020-06-25 19:58

【数据挖掘】第6章 关联分析: 基本概念和算法

关联分析可以应用于生物信息学、医疗诊断、网页挖掘、科学数据分析等频繁项集项集：包含0个或多个项的集合例子:{
Little-BingoQ·2020-06-25 18:44

汇总|基于3D点云的深度学习方法

近年来，深度学习技术已成为计算机视觉、语音识别、自然语言处理、生物信息学等领域的研究热点，然而，三维点云的深度学习仍然面临着数据集规模小、维数高、非结构化等诸多挑战三维点云。在此
龙啸wyh·2020-06-25 06:17

您的定制宝宝已经制作完成，请注意查收

一、11月25日，前南方科技大学副教授，生物信息学专家贺建奎通过TheHeLab的账号在Youtube上发布了“首例基因编辑婴儿”诞生的消息，一时间引起轩然大波。
沐尝·2020-06-25 05:59

关于计算机科学与技术二级学科的一点介绍

计算机应用技术指的是多媒体信息处理（计算机图形学与虚拟现实、数字图像处理与模式识别、人机交互、计算机视觉等）、人工智能（模式识别、生物信息学、信息与数据工程等）、信息安全（密码学、安全协议、网络与系统安全
荷叶田田_·2020-06-24 21:41

生物信息学数据库

生物信息学数据库分类概览生物与计算机的结合让生物进入大数据时代，为方便管理各种生物数据，科学家们开发了各式各样的生物数据库。
生信宝典·2020-06-24 21:53

生物信息学常识汇总

电子病历方向电子病历方面主要是筛选出冠心病影响的因素，通过抽取数据、数据缺失处理、数据文本校对、数据对齐等方式进行预处理，经过各种病的数据统计以后能够进行方向的确定，然后进行小样本分析，从而进行探索，相当于在机器学习这个层面还需要重新进行学习，感觉也会增加自己的时间成本。心脑血管疾病致病因素时序序列疾病的预测多组学基因组学，转录组学，蛋白质组学，代谢组学方面有很多的数据库可以做，而且基因组学和蛋白
多特多完·2020-06-24 20:00

百度Paddle深度学习训练营学习心得

往事如梭，只记得当年老师讲完原理就用C语言演示起来，书本也是Tom写的那本薄薄的黑色封面经典教材，只记得偏电子方向的自己挺羡慕同班生物信息学或视觉方向的同学。
nikankind·2020-06-24 17:30

教你学Python38-利用SVD简化数据

从生物信息学到金融学，SVD是提取信息的强大工具。
程序员XW·2020-06-24 11:07

文献阅读High-throughput sequencing of the transcriptome and chromatin accessibility in the same cell

High-throughputsequencingofthetranscriptomeandchromatinaccessibilityinthesamecell这篇文章是在单细胞测序的基础上通过联合ATAC-seq
forever luckness·2020-06-24 03:19

2019-3-20晨间日记

今天是什么日子起床：0630就寝：0020天气：晴心情：一般纪念日：无任务清单昨日完成的任务，最重要的三件事：完成右下肺切除总结跑步7km改进：习惯养成：周目标·完成进度一大：生物信息学（数据挖掘为模板
左大肚·2020-06-24 03:20
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