生物信息学ATAC 第25页

IPython笔记本一种新软件有望成为科学数据分享新利器

从美国东兰辛市密歇根州立大学到澳大利亚墨尔本参加会议的这次长途旅行，给这位生物信息学家详细检查实验室的新运算法则以及去除RNA序列中的错误提供了一次良机。

hzyido·2020-06-21 13:39

虚拟筛选涉及的小分子数据库

药物设计和虚拟筛选依赖化学信息学和生物信息学中大量的靶点、小分子以及靶点-小分子相互作用星系。

qq2648008726·2020-06-21 08:49

Survey | 多任务学习综述

作者|涂心琪指导|曾湘祥教授单位|湖南大学研究方向|多任务学习，生物信息学1.简介深度学习模型通常需要大量有标签数据才能训练出一个优良的分类器。

qq2648008726·2020-06-21 08:48

美国科学院院士、斯坦福大学王永雄（Wing H Wong）教授 - 生物信息学云论坛第一讲！...

各位同仁：生物信息学云论坛第一讲将于北京时间6月22日上午10:00-12:00举行。

生信宝典·2020-06-21 04:20

一套 R 代码发表 3 篇 SCI，这个临床科研软件你不能错过！

直到师兄用R语言做数据挖掘连发2篇SCI，我才后知后觉发现，用R语言做科研做统计分析，有如此多的优势：软件免费开源，不花钱就可以使用所有功能；强大数据分析功能，是数据挖掘与生物信息学必备；强大作图功能，

丁香园·2020-06-15 00:00

ATAC-seq

寻找开放染色质区域的传统方法寻找开放染色质区域的传统方法主要是MNase-seq和DNase-seq。这两个实验的思路是相似的：在染色质开放时，DNA和组蛋白的浓聚程度会降低，有一部分DNA暴露出来。而一旦失去了蛋白质的保护，这部分DNA就可以被DNA酶（MNase或DNase）所切割。然后，我们再把切割完的DNA拿来测序，和已知的全基因组序列相比较，就能发现被切掉的是哪些东西？没有被切掉的地方又

简boo·2020-06-11 23:48

生物信息学-总结

生物信息学是一个跨学科的领域，开发方法和软件工具来理解生物数据。生物信息学结合了计算机科学、生物学、数学和工程学来分析和解释生物数据，并已被用于计算机分析生物查询和使用数学和统计技术。

一抹_暖光·2020-05-29 23:14

使用HINT-ATAC进行ATAC-Seq的footprinting分析

关于ATAC-seq分析，在网上看到两篇关于同一片综述的翻译，写的很好：ATAC-seq数据分析工具的比较和推荐（GenomeBiology综述）ATAC-seq生信分析综述翻译(GenomeBiology

生信start_site·2020-05-28 08:15

生物信息学的概述

生物信息学是生物学、信息学和数学结合的学科，即应用数学、信息学、统计学和计算机等学科研究生物学问题的学科，作为一门新兴的交叉学科，以基因组DNA序列信息分析为出发点，以大数据为基础，进行基因组学、转录组

一抹_暖光·2020-05-27 00:36

bioinfo100 —— 第35题 RNA-Seq 数据的定量之RPKM和FPKM

之前手头上一直有很多事情，因此咱们的生物信息学100个基础问题（BBQ100）也耽误了一阵子，给大家鞠躬道歉，以后希望能够保持一定的更新速度，早日填完我们这个立下的Flag！

RachaelRiggs·2020-05-26 15:54

NGS012 转座酶建库及ATAC-seq

转座因子Transposon一段DNA顺序可以从原位上单独复制或断裂下来，环化后插入另一位点，并对其后的基因起调控作用，此过程称转座。这段序列称跳跃基因或转座子。转座子是存在于染色体DNA上可自主复制和位移的基本单位。I型转座子（复制-粘贴）I型转座子转座中间体是RNA。I型转座子又被称为逆元件（Retroelement）。该型转座子会先被转录为RNA，然后该RNA被逆转录，再次成为DNA，才被插

caoqiansheng·2020-05-19 16:22

Snakemake搭建生信分析流程-步骤

snakemake官网地址：https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/使用snakemake的好处processdatawiththesamepipeline自动生成拓扑图ATAC-seq

RachaelRiggs·2020-05-18 17:50

PSORT--蛋白质亚细胞定位预测

1、分析蛋白质的亚细胞定位有助于了解：蛋白质功能和蛋白质互作生物体细胞器类型：细胞核蛋白质、线粒体蛋白质、内质网蛋白质、细胞膜、叶绿体蛋白质、高尔基体2、通过生物信息学在线分析软件PSORT预测蛋白质亚细胞定位

Han_zh·2020-05-17 18:44

hmmlearn使用简介

随后，在生物信息学领域，HMM逐渐成为一项不可或缺的技术。本文内容包含来自：[1]用hmmlearn学习隐马尔科夫模型HMM[2]官方文档

esctrionsit·2020-05-10 20:16

计算抗疫

由于生物信息学和计算生物学的发展，现代生命科学相关研究已经离不开强大的计算能力。在一场传染病中找出“敌人”是谁、弄清“敌人”长什么样以及研制药物，每个环节都有海量需要计算的生物大数据。

PingWest品玩·2020-05-06 00:00

SNARE-seq：RNA-seq和ATAC-seq合体

直接通过转录组的结果并不能得到TF上游开放染色质的信息，也就是说，要构建一个完整的调控网络，RNA-seq和ATAC-seq往往是需要结合分析的。虽然已经有很多算法可以实现多组学数据整

Shaoqian_Ma·2020-05-01 12:20

R语言作业—中级

教程对应B站：【生信技能树】生信人应该这样学R语言配套资料：B站的11套生物信息学公益视频配套讲义、练习题及思维导图先仔细观看视频，理解代码含义中级题目题目链接：http://www.bio-info-trainee.com

琪音·2020-04-14 14:57

＃猫群写作营 day10＃“烤焦”之后

今天参加了《生物信息学》的考试，因为是要带电脑的开卷考试，所以并没有认真地提前做好准备。“都必须要用电脑了，做不出来也可以百度，不用担心啦。”大家都这么想。

斐一所思·2020-04-13 16:54

2017.11.30-第一次解决实际问题，用本地blast 找SNP位置-blast构建本地库

第一次实战学了一段时间生物信息学了，我都是跟着网上的帖子学习，跑流程，从来没有解决过自己的实际问题。

小郑的学习笔记·2020-04-12 11:52

Bioconductor 分析基因芯片数据

本文参考《R语言与Bioconductor生物信息学应用》第五章1.快速入门安装并加载所需R包source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite(

thinkando·2020-04-12 02:41

biostar handbook学习笔记（零）：当我们谈生信时，我们在谈论什么

问其原因，是不太相信高通量测序的结果，觉得生物信息学不靠谱，不如分子标记靠谱。有这种想法的人肯定不少，想想也很有道理呢，电泳图怎么会骗人，实实在在的数据结果，不像生物信息学

徐洲更hoptop·2020-04-09 15:30

【R图秀-13】将薪比薪

听着毕业生们谈论着工资待遇，我这个毕业多年的老人家也按耐不住内心的小激动，想看看我们这个专业（生物信息学）现在到底有多少“钱景”。现在的招聘网站有很多，但我个人比较喜欢猎聘

Rapp·2020-04-09 10:25

10 月 25日安装samtools 缺少 lzma.h 源码编译

起因对于自学生物信息学的我真是作死的一天，还好我是打不死的小郑，反正服务器主机不能联网，做RNA-seq要用到samtools，我灵机一动，把sam文件传到mac电脑，然后在mac上安装samtools

小郑的学习笔记·2020-04-07 20:05

2017-12-23

今天听了知乎live“如何快速入门生物信息学”，是由北大孟浩巍师兄讲的，给了五星好评。对于搭建生信平台和相关知识技能学习的指导很有建设意义。

老山菜·2020-04-06 21:14

生物信息学笔记-术语篇

宇宙独一无二的我·2020-04-06 20:45

2019-3-19晨间日记

今天是什么日子起床：04:40就寝：21:30天气：阴心情：一般纪念日：无任务清单昨日完成的任务，最重要的三件事：公众号框架构思晨间日记改进：晚上时间有待进一步利用，本周生物信息学为大目标，注意合理安排时间习惯养成

左大肚·2020-04-06 17:46

「工具」使用BETA整合分析ATAC-seq/ChIP-seq和RNA-seq数据

BETA网址:http://cistrome.dfci.harvard.edu/BETA/tutorial.html功能介绍数据准备：peakbedfile#chrstrend$headmep_ebDfpeak_deseq2_sig.bedchr81205080812052743chr96649299966494729chr4125632449125634758chr410182030101835

六六_ryx·2020-04-06 16:06

使用生物信息学工具去撕下重复序列的面具(2)

上次内容主要是介绍该reviewpaper一些背景还有TE的分类，现在继续解读一下，下一部分的内容。TE的探测与注释的方法TE的探测和注释，可以在有或没有基因组assembly的情况下执行，这一部中常用到的工具如下图。两种主要策略依赖于组装的基因组：首先是基于已有的数据库来的注释，其中根据已知的TE共有序列或TE基序查询序列;第二个是denovo注释。不需要基因组装配的替代方法是使用原始reads

lakeseafly·2020-04-06 14:29

（十二）Python 基于第三方库的应用举例

无论是可以与Matlab媲美的专业数学计算，还是图像处理，无论是大数据统计、计算机学习，还是生物信息学研究，都可能找到开源的第三方类库，而不必“重复发明轮子”。

IIronMan·2020-04-05 20:12

TCGA数据分析系列（二）：数据库之GEPIA2

公众号“生信小课堂”TCGA数据分析课程：生物信息学教学所谓工欲善其事，必先利其器，从今天开始，我们来介绍TCGA数据库的使用。

生信小课堂·2020-04-04 21:59

计算生物学资料合辑（2）

Deeplearninginbiology计算基因组学工具解析肿瘤与免疫细胞的互作参考：https://www.jianshu.com/p/04428f4f0c30Tasks重要的计算生物学和生物信息学

Shaoqian_Ma·2020-04-04 14:09

CSCD:肿瘤特异性的环状RNA数据库

CSCD收录了肿瘤特异性的环状RNA,采用生物信息学手段分析87个肿瘤样本中的circRNA,并筛选出只在肿瘤患者中表达的环状RNA,该数据库的网址如下http://gb.whu.edu.cn/CSCD

生信修炼手册·2020-04-04 12:55

2019-11-18-解码SAM flags

昨天生信技能树的线上课程学习生物信息学基础数据格式，关于sam文件讲师讲到一个flag。当时演示了一个查找的软件，由于不熟悉，没有预习，然后就问了一下这个问题，曾老师说要完成一个作业。

程良平·2020-04-04 02:02

R语言作业-20题

教程对应B站：【生信技能树】生信人应该这样学R语言配套资料：B站的11套生物信息学公益视频配套讲义、练习题及思维导图先仔细观看视频，理解代码含义题目链接：http://www.bio-info-trainee.com

琪音·2020-04-03 12:52

提取参考基因组某个位置的碱基

引言参考基因组是现代遗传学的基石，更是生物信息学研究的基础。不论你研究的是DNA、RNA，还是蛋白，你都无法避开参考基因组而进行你的研究。

生信说·2020-04-03 00:03

老司机辣评：Illumina联合IBM、飞利浦攻克肿瘤精准医学壁垒

生物科班出身，后专攻生物信息学，已不下十年。

基因空间·2020-04-02 20:38

该如何自学入门生物信息学

来源：解螺旋的矿工http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxOTUxOTM0Nw==&mid=2649798366&idx=1&sn=b545fcea7f82839fa87e9d9e472d1e72&chksm=83c1d4c2b4b65dd4843250c307969ada96c4039f4f528c034620d25b78d8beba2f9cf924bb8a&mp

edie1102·2020-04-02 20:38

【bioHPC-1】用Vagrant创建虚拟集群

从今天起，Rapp将推出【bioHPC】系列文章，和大家分享如何开发基于高性能计算集群的生物信息学分析流程。HPC.jpg我开发的bioHPC将会

Rapp·2020-04-01 18:15

LintCode 最长公共子序列

该问题是典型的计算机科学问题，是文件差异比较程序的基础，在生物信息学中也有所应用。https://en.wikipedia.org/wiki/Longest_common_subsequence_

六尺帐篷·2020-04-01 17:35

构建生物信息学环境-1（Win10 Linux子系统的安装）

生信的入门，如果实验室之前没有人从事生物信息学的师兄师姐的话，其实入门还是挺麻烦的，如果再不懂电脑，缺少各种东西，就会特别麻烦。想要做生信分析自然少不掉的就是自己搭建一个生信分析环境。

奔跑的Forrest·2020-04-01 17:39

NGS生物信息分析培训心得

培训简介为什么要参加培训想多学点生物信息学技能，增加自己的竞争力.因为自己喜欢编程，又因为专业学的是生命科学，所以以后想转到生物信息学方向。陈连福是谁陈连福是个生物信息学专家，在读博士，技术没得说。

石博士·2020-04-01 05:14

fasta和fastq格式文件的shell小练习题作业

这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps://sourceforge.net

秦城听雪·2020-04-01 01:51

2019-4-6晨间日记

2330天气：晴心情：好纪念日：无任务清单昨日完成的任务，最重要的三件事：收集病历资料生信思维导图公众号框架构思改进：生信概念积累习惯养成：周目标·完成进度李老师个案（0.3/1）公众号一篇（0.3/1）生物信息学思维导图

左大肚·2020-03-31 19:06

生物信息学数据分析免费做，活动大扩散

欢迎所有生信技能树、生信菜鸟团的朋友分享这个生物信息学数据分析免费做活动，让你提前体验到数据分析的魅力，希望这样，你能完成我2020学习主旋律，B站74小时免费教学视频为你领路的学习，给你一些动力！

zd200572·2020-03-31 00:49

医学生物信息学文献第1期：ER阳性乳腺癌患者中LLGL2通过促进亮氨酸摄取来缓解营养压力

乳腺癌是当前影响女性生命健康最重要的一种癌症，根据神刊CA杂志发布的2018年癌症统计报告，在过去的一年中，新增的女性癌症患者大约有860万，其中有24.2%为乳腺癌；因为癌症死亡的女性有420万，其中乳腺癌患者占据15%。由此可见，乳腺癌是众多癌症中新增病例最多，死亡率最高的癌症。虽然乳腺癌已经严重威胁到女性的生命健康，但是目前能有效治疗乳腺癌的药物并不多，其中最主要的原因是缺乏靶点以及病人异质

木林老师·2020-03-29 15:06

2019-3-21晨间日记

今天是什么日子起床：0515就寝：23:30天气：晴心情：一般纪念日：无任务清单昨日完成的任务，最重要的三件事：完成每周定投改进：跟病人交代病情时务必为病人的隐私考虑习惯养成：周目标·完成进度一大：生物信息学

左大肚·2020-03-29 07:21

参加2019-PGC-XX的些许感想

Chipcui·2020-03-28 22:11

一文掌握GO和pathway分析

非原创参考资料：一文掌握GO和pathway分析-生物信息学讨论版-丁香园论坛http://www.dxy.cn/bbs/thread/34904124#34904124一.GO富集GO是Geneontology

wangprince2017·2020-03-28 10:39

【生信课程】06-高通量测序-山东大学-生物信息学

高通量测序技术及其应用高通量测序技术及其应用image.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.png高通量测序技术在精准医疗的应用鉴定新疾病的基因image.png基于基因组学的测序image.png产前诊断（唐氏筛查）几率1/800image.png70个基因来诊断乳腺癌image.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngi

leadingsci·2020-03-27 22:26

fasta和fastq格式文件的shell小练习