生物信息学ATAC 第22页

浏览器中页面Java无法加载解决办法

这次的生物信息学实验课上再次遇到这个问题，又是半天时间的花费，恰巧注册了这个博客，对此做个记录。描述在edge浏览器中，打点法网站dotlet（link）中的输

chenfangshuai·2020-07-29 17:40

生物信息学学习感悟

mod=space&uid=43321&do=blog&id=292068生物信息学，是一门综合学科。涉及到数学，生物学和计算机的内容。

HUGEHEADHUGE·2020-07-29 15:04

【转载生信课程】03-序列比较-山东大学-生物信息学

序列比较认识序列FASTA格式，第一行是一个大于号“>”开头，后面紧接注释信息序列相似性相似的序列》相似的结构》相似的功能一致度如果两个序列长度相同，那么它们的一致度可以暂时定义为它们对应位置上相同的残基数目占总长度的百分比。例：上下相同的碱基为2，序列长度为4，则一致度为：2/4=2相似度如果两个序列长度相同，那么它们的相似度可以暂时定义为他们对应位置上相似的残基与相同的残基的数目和占总长度的百

进一寸有一寸的欢喜077·2020-07-29 14:25

banlucainiao·2020-07-29 13:58

使用ensembl的API下载数据

Ensembl是一项生物信息学研究计划，旨在开发一种能够对真核生物基因组进行自动诠释（automaticannotation）并加以维护的软件。

doudou8486·2020-07-29 13:22

ATAC-seq原理及现有技术的比较

ChromatinaccessibilityandtheregulatoryepigenomeSandy文献阅读及分析总结在开始讲述之前，我们先来了解一下本文中接下来的几种染色质可接近性的技术，主要包括早期的DNase-seq技术，ATAC-seq

forever luckness·2020-07-29 10:31

ATAC-seq以及相关技术(DNase-seq,MNase-seq，NOMe-seq)的发展

forever luckness·2020-07-29 10:31

高维（多变量）优化问题的技术与瓶颈

许多科学和工程应用程序被表述为LSGO问题，如设计大型电子系统，大量资源的调度问题，大规模交通中的车辆，路由问题网络，生物信息学中的基因识别，逆问题，化学动力学等。

Reacubeth·2020-07-29 01:24

R语言的练习题-高级（原生信人的20个R语言习题）

R包：数据包：ALL,CLL,pasilla,airway软件包：limma，DESeq2，clusterProfiler工具包：reshape2绘图包：ggplot2不同领域的R包使用频率不一样，在生物信息学领域

mayoneday·2020-07-29 00:53

生物信息学: 使用python包GOATOOLS查询GO

GOProgrammingExercise网上有一些关于GOATOOLS包的使用，但感觉跨度有点大，对一些生物信息学刚入门的同学很不利，我特意贴了一些案例，给同学们参考。

东山阿强·2020-07-28 21:22

[zz]使用 Python 为 KVM 编写脚本，第 1 部分: libvirt

PaulFerrill,CTO,ATAC简介：本系列文章由两部分组成，将探讨如何使用Python创建脚本，用这些脚本管理使用KVM的虚拟机。

weixin_33755554·2020-07-28 17:59

sc-ATAC-seq细胞类型注释策略

由于缺乏专门设计的工具以及在单细胞ATAC-seq数据中使用不直观的顺式和跨式调控元素（unintuitivecis-andtrans-regulatory），因此单细胞ATAC-seq数据中的细胞类型标注具有挑战性

周运来就是我·2020-07-28 14:04

2018/12/24——在拟南芥中PRC2减缓ABA诱导衰老的过程

文献链接关于张一婧老师一些简介，可以看出来张老师之前主要研究是生物信息学，但是自从开始干湿结合与别的实验室进行合作后文章的质量蹭蹭蹭的就往上涨。

Js潜·2020-07-28 13:31

其实你也能优雅地生活

她是实验室的实验员，专搞生物信息学，在电脑上运行各种程序命令。

一说一笑一年华·2020-07-28 12:56

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第四章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞

xuzhougeng·2020-07-28 10:07

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第三章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)第3章:创建ArchRProjectArchRProject

xuzhougeng·2020-07-28 10:49

ChanZany·2020-07-28 09:53

生物序列比对与计算智能

生物信息学的首要任务之一就是从数据库中搜索同源序列，寻找保守的序列模式。而序列比对是最常用的方法，对于发现生物序列中的功能、结构和进化的信息具有非常重要的意义。

jiangcaizhi·2020-07-28 00:29

生物信息学算法笔记

入门生物信息学，选了一条比较难的路，直接从底层算法开始，这种做法其实不太明智。

FarmerJohn·2020-07-27 22:57

画家李林宏风水画作品欣赏易从网带你解读风水画

风水理论是基于天文学、地理学及生物信息学基础上的玄学理论，是讲究人与自然和谐共处的一门学说。

头大心铁·2020-07-27 14:16

ATAC-seq 分析流程入门

ATAC-seq全称是AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhigh-throughputsequencing可以理解为借助转座酶对开放染色质区域进行高通量测序

BeeBee生信·2020-07-17 16:20

医学生物信息学文献第4期：挖掘TCGA数据库中对胶质母细胞瘤微环境预后有价值的基因

胶质母细胞瘤(GBM)是最致命的脑肿瘤之一。，平均生存率为35.7%(1年)，4.7%(5年)，中位总生存率(OS)为14.6个月。在TCGA数据库中，根据全球基因表达谱，GBM最初分为四种亚型:proneural、neural、classical和mesenchymal。在这些亚型中，神经亚型由于缺乏肿瘤的内在特征而不再被认为是一个主要的亚型。肿瘤细胞内基因，尤其是主转录因子决定了GBM的发生、

木林老师·2020-07-16 07:53

计算组合数的算法

概率论是统计分析的基础，而统计分析在很多领域比如人工智能，生物信息学中作为理论基础，具有广泛的应用场景。组合数在概率论中常用，本文就对组合数的数值计算给出一个C++求解的算法。

luanzheng_365·2020-07-16 02:46

序列对象

生物信息学中的主要对象毫无疑问就是生物序列,在本章中,我们将介绍Biopython中的技巧来处理序列--Seq对象。

XIUXIU179·2020-07-15 19:46

使用MutMap快速定位突变基因：原理篇

本人乃生信小白一枚，可是对生物信息学非常感兴趣，一直想学一些生信分析。索性就以此为切入点，开始了自学生信的漫漫长路。

曹务强·2020-07-15 18:52

TF binding from ATAC-seq data

NucleoATAChttp://kzhang.org/Taiji/tutorial.htmlhttp://centipede.uchicago.edu/https://github.com/hiranumn/ATAC_peakhttps

zhoujj2013·2020-07-15 17:51

ATAC-Seq入门加高阶传送门

ATAC-Seq入门加高阶传送门还记得生信技能树的传送门系列吗？

生信技能树·2020-07-15 16:19

生物信息学题目整理：陈润生

生物信息学题目整理：陈润生：一、什么是生物信息学？你怎么理解它的含义？

weixin_30762087·2020-07-15 03:11

老兵新传 Visual Basic核心编程及通用模块开发pdf

下载地址：网盘下载作者简介张宁，南开大学生物信息学博士和博士后，现任职于天津大学精密仪器与光电子工程学院，多年来一直从事生物医学信息相关的数据分析、数据库、软件开发等工作。

weixin_30672295·2020-07-15 03:02

2019-4-7晨间日记

今天是什么日子起床：06:40就寝：23:40天气：晴心情：较好纪念日：无任务清单昨日完成的任务，最重要的三件事：公众号提前完成生信思维导图改进：习惯养成：周目标·完成进度李老师个案（0.3/1）公众号一篇（1/1）生物信息学思维导图

左大肚·2020-07-14 17:27

Week11— methy-ATAC-seq同时测甲基化和染色质的可及性

导读伴随着10Xgenomics最近推出的sc-ATACseq的protocol，ATAC-seq技术将会掀起一股新的研究热潮。

六六_ryx·2020-07-14 14:49

王力波实验室工作介绍

Featureselectionmethodsforbigdatabioinformatics:Asurveyfromthesearchperspective(2016)大数据生物信息学的特征选择方法：

Betrayer丶·2020-07-14 04:30

生物信息学练习题-三阳

练习题使用到的数据如下：https://pan.genomics.cn/ucdisk/s/7jYfIb提取码:995017过期时间:2018-10-0123:59:592.cd/export/home/stu243.生物信息学练习题一

ANNOROAD·2020-07-14 03:35

生物信息学练习题-赞哥

ANNOROAD0922一、data/newBGIseq500_1.fq和data/newBGIseq500_2.fq中是基于BGIseq500测序平台的一种真核生物基因组DNA的PE101测序数据，插入片段长度为450bp；已知该基因组大小约在6M左右。1）请统计本次测序的PEreads数是多少对reads？理论上能否使基因组99%以上的区域达到至少40X覆盖？请简要写出推理和计算的过程与结果，

ANNOROAD·2020-07-14 03:35

【生命之语025】人生多态性__04级魏闻

撰文：魏闻，2004级，电子科技大学生命学院本硕博，从事生物信息学方向研究，现于重庆大学生命科学学院任教。各位学弟，学妹：你们好！大家可能怀着各式的理想，抱着各样的心态来到了电子科技大学生命学院。

成电_生命之语·2020-07-14 03:06

【概率论与数理统计】小结10-1 - 假设检验概述

我自己刚开进入生物信息学领域，用的最多的就是"利用t检验来判断某个基因在实验组和对照组中表达量的差异是否显著"。此外，对"P值"真正含义的探究也开启了自学概率论与数理统计之路。

weixin_33812433·2020-07-13 18:11

【三维基因组】浅谈三维基因组多组学联合-part1

大家搜索三维基因多组学联合分析的时候，会搜到Hi-C，RNA-seq,ChIP-seq,ATAC-seq,BS-seq,3C,4C，SVpromoter，enhancer等核心关键词，这张字符云几乎涵盖了三维基因组学全部内容

XuningFan·2020-07-13 10:42

第6篇：重复样本的处理——IDR

前言ATAC-seq/ChIP-Seq中重复样本的处理ATAC-Seq要求必须有2次或更多次生物学重复（十分珍贵或者稀有样本除外，但必须做至少2次技术重复）。

六六_ryx·2020-07-13 08:39

生物信息学流程: DNA-Seq Analysis

Introduction介绍GDCDNA-Seq分析管道识别全外显子组测序（WXS）和全基因组测序（WGS）数据中的体细胞变异。通过比较正常和肿瘤样品比对中的等位基因频率，注释每个突变，并将来自多个病例的突变聚合到一个项目文件中来鉴定体细胞变体.首先将内容比对到参考基因组上，接着进行co-cleaning以提高比对质量.然后通过4种不同的方法分别识别体细胞突变并注释，最后所有pipline识别的突

文章收集器·2020-07-13 03:26

生物信息学数据管理习题 Python3

这是我两三年前学习过的一本书，我觉得这本书挺好，把生物学的问题直接在python学习中解决了，推荐给大家，之前还整理了习题代码，分享一下。之前分享在了github上，收获了10颗星，惭愧，已经是我最多星的一个。还有一两个习题记得没有解答出来，如果你解答出来了，欢迎交流！代码有的肯定不是最优的，只是一种解答方法，可能有错误，也欢迎指正，谢谢！我坚信分享使我们快乐，加油！我是用python3完成的，当

zd200572·2020-07-12 19:30

生物信息学-张红-第二章-计算机基础

第二章计算机基础数据库、数据库的查询指令、计算机网络基础数据库数据管理手工管理文件系统：文件系统的缺陷：1.数据间缺乏联系2.数据冗余3.数据不一致索引文件：索引表+链接文件索引项由关键字+指针构成数据库控制功能：1.数据完整性2.数据安全性3.数据库的并发控制4.数据库恢复手工管理-->文件系统的计算机管理-->数据库系统管理，朝着集成化、网络化、智能化数据库基本概念数据库DB：统一管理的相关数

耗奇害死猫·2020-07-12 18:57

Microbiome：40年施肥处理后固氮菌及氮固定受抑制

年施肥处理后固氮菌及氮固定的抑制新闻稿摘要背景结果结论背景结果长期施肥条件下氮素的固定与固氮微生物在长期施肥情况下将固氮微生物与N素的固定率连接起来讨论Discussion结论Conclusions方法实验设计和样品采集土壤理化分析测定固氮率高通量测序和生物信息学分析共现网络分析统计分析系统发育分析结构方程建模分析随机森林模型分析猜你喜欢写在后面

刘永鑫Adam·2020-07-12 15:10

利用PyVCF模块处理VCF文件

VCF，全称VariantCallFormat，是生物信息学领域最常用的遗传突变存储格式。对VCF格式中遗传突变信息的挖掘是分析DNA突变的基础。

whenfree·2020-07-12 15:10

安装Ubuntu on Windows子系统

Linux系统是学习生物信息学必需熟练使用的操作系统，由于我们平时使用的操作系统大多是Windows，而大部分人又没有条件租用服务器。

曹务强·2020-07-12 07:55

从细菌GFF文件提取CDS序列并转换为氨基酸序列

最近在上生物信息学原理，打算记录一些课上的作业。第一次作业：如题。基本思路：1.从GFF中读取CDS的起始终止位置以及正负链信息。

weixin_30367169·2020-07-12 05:40

Python生物信息学②从PDB文件中提取蛋白序列

环境OSversion:Win10x64python_version:Python3.6.5实例代码aa_codes={'ALA':'A','CYS':'C','ASP':'D','GLU':'E','PHE':'F','GLY':'G','HIS':'H','LYS':'K','ILE':'I','LEU':'L','MET':'M','ASN':'N','PRO':'P','GLN':'Q',

qq2648008726·2020-07-12 02:40

Ubuntu中安装Biopython

转自：https://blog.csdn.net/daemon_2017/article/details/80660372Biopython是Python的计算分子生物学和生物信息学工具包，它使得python

lengedd·2020-07-11 19:17

动态规划-基础理解

LeetCode）：分析：理解：案例：题目分析解题java代码定义（摘自LeetCode）：动态规划（英语：Dynamicprogramming，简称DP）是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的

帅可敌国·2020-07-11 18:45

使用python读取和分析fasta文件

fasta文件格式在生物信息学中，FASTA格式（又称为Pearson格式）是一种基于文本的、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。

晔晔炅萤·2020-07-11 15:07

安装生物信息学软件-Biopython

其实好多东西装过好多次，然而每次都要翻文档，经常掉进前面掉进过的坑。。。所以这里重新写一份指南，以防下次再装又忘了（魂淡我并不想再装了啊不要立flag）1.安装biopython1.1因为biopython目前支持的是python2，所以我先把python调到21.2安装numpy(http://www.numpy.org/)NumPyisthefundamentalpackageforscien

dengleize6745·2020-07-11 04:12

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