生物信息第6页

单细胞转录组高级分析二：转录调控网络分析

然而单细胞转录组数据具有背景噪音高、基因检出率低和表达矩阵稀疏性的特点，给传统统计学和生物信息学方法推断高质量的GRNs带来了挑战。Sing

Seurat_Satija·2023-11-05 04:44

rcp2.6是什么意思_RCP Bioclipse版本2.2.0已发布

Bioclipse是基于EclipseRCP的化学和生物信息学的开源可视平台。

diluan6799·2023-11-04 12:18

Python数模笔记-Sklearn（5）支持向量机

支持向量机经常应用于模式识别问题，如人像识别、文本分类、手写识别、生物信息识别等领域。

youcans·2023-11-03 17:27

生物信息学与功能基因组学（1）

生物信息学是一门集数学、计算基科学和生物学的工具与技术于一体的交叉学科，其研究内容涵盖了生物信息的获取、处理、存储、分配、分析和解释等各个方面。

顺昕如意·2023-11-03 06:22

生信必会格式：GFF和GTF的简介和转换

例子GFF转为GTF使用AGAT转换使用gffread转换使用GenomeTools转换其他工具：ea-utils、TransDecoder、Kentutils闲聊参考前言GFF和GTF两种格式，算是生物信息学中最基本最常用

万木春❀·2023-11-03 04:54

生物信息数据格式：bed格式

文章目录BEDformat（基因组的注释文件）基本列附加列示例[Bedtools简介](https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/index.html)下载安装演示版的bed文件(demo.bed)我们的基因组文件（genome.txt）[bedtoolsslop](http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/cont

sunchengquan·2023-11-03 04:18

bedtools intersect用法详解

bedtools用法大全bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的！

awk_bioinfo·2023-11-03 04:16

bedtools 用法大全

bedtools用法大全bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的！

awk_bioinfo·2023-11-03 04:15

NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-11-03 04:45

用maftools一行代码画出瀑布图

本文首发于微信公众号：生物信息学习昨天本科的一个师姐问我关于瀑布图的画法，想要画个瀑布图，问我有没有有什么工具可以画的，目标图如下：image.png于是给师姐介绍了maftools这个R包，这个R包功能非常强大

gtt儿_生物信息学习·2023-11-02 16:22

2021-03-03

核酸和蛋白质序列分析关键词：核酸序列蛋白质序列分析软件在获得一个基因序列后，需要对其进行生物信息学分析，从中尽量发掘信息，从而指导进一步的实验研究。

85164760f6ac·2023-11-02 14:56

科研神器TBtools，拿来把你……

森言森语TBtools是一款优秀的生物信息学软件，也是我最早接触的生物信息学软件。从接触到现在差不多一年，边使用，边积累，算是学习路上的一款启蒙软件。

今日之森·2023-11-02 08:24

【生物信息学】单细胞RNA测序数据分析：计算亲和力矩阵（基于距离、皮尔逊相关系数）及绘制热图（Heatmap）

文章目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍三、实验内容0.导入必要的库1.读取数据集2.质量控制（可选）3.基于距离的亲和力矩阵4.绘制基因表达的Heatmap5.基于皮尔逊相关系数的亲和力矩阵6.代码整合一、实验介绍计算亲和力矩阵，一般按照以下步骤进行：导入数据：加载单细胞RNA测序数据集。数据预处理：根据需要对数据进行预处理，例如基因过滤、归一化等。计算亲和力：使用合适

QomolangmaH·2023-11-02 05:04

Windows子系统Linux安装简易指南(1)

最近接触到生物信息学Linux是处理生物信息学数据必备的工具之一，常用的笔记本或者电脑是windows系统但是处理较大数据时候不大方便，常见的是1.windows上面安装虚拟机然后在虚拟机上安装Linux

小乔爱科研·2023-11-01 07:10

如何下载生物数据（一）：生物数据检索

其实，一个完整的生物信息分析，约80%-90%的时间和工作量都是在做前期准备上，所以，正确下载合适的数据是非常重要的功能，那么从本次开始，我们将通过一系列的文

基因学苑·2023-10-31 13:04

可视化生信分析利器 Galaxy 之 Docker 部署

GalaxyProject（https://galaxyproject.org/）是很多年前在云计算背景下诞生的一个生物信息学可视化分析开源项目,是目前生物医学研究领域最受欢迎的在线生物信息分析工具之一

BioIT爱好者·2023-10-31 10:09

生物信息学之序列比对

针对DNA、RNA以及蛋白质序列，我们需要对其进行序列相似性搜索，来研究分析不同序列在结构和功能上相同与差异相似性【similarity】/一致性【identity】双序列比对（PairwisesequenceAlignment）同源性【homology】多序列比对（MultipleSequenceAlignment）旁系同源【paralogs】：同祖同种不同功直系同源【orthologs】：同祖

BHHANt·2023-10-31 09:51

生信入门：序列比对之blast在线和本地使用

blast作为一种序列相似性比对工具，是生物信息分析最常用的一款软件，必须掌握。不管是做两序列相似性的简单比对，还是引物特异性、序列的来源等个性化分析，都会用到blast比对。

基因的生物信息学分析·2023-10-31 09:50

生物信息课程学习 --- 比对，BLAST，马尔可夫

生物信息杂志序列比对maximallevelofsimilarity—>functional/evolutionaryrelationship空位罚分penalty=d+（n-1）*e是目前比较合理的罚分模式从全局比对到局部比对

bannerDr·2023-10-31 09:49

生物信息学（1）——双序列比对之Needleman-Wunsch(NW)算法详解及C++实现

生物信息学系列博客索引生物信息学（1）——双序列比对之Needleman-Wunsch(NW)算法详解及C++实现生物信息学（2）——双序列比对之Smith-Waterman(SW)算法详解生物信息学（

大青儿·2023-10-31 09:19

生物信息学分析-blast序列比对及结果详细说明

1.软件说明Blast是一种基于序列比对的分析工具，可以用于寻找生物序列之间的同源性，它的全称是BasicLocalAlignmentSearchTool。Blast有多种版本和用途，最常见的是基于Web的Blast和本地安装的Blast程序。Web版Blast可以直接在NCBI网站上使用，而本地安装的Blast程序需要下载和安装在计算机上。Blast的使用流程一般为输入一个查询序列，与数据库中的

小果运维·2023-10-31 09:47

IF: 4+ 通过共表达网络鉴定急性心肌梗死患者血小板转录组关键基因模块和通路

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你81篇原创内容-->公众号这期分享一篇贼简单的4+

90066456ace6·2023-10-31 09:55

「摸鱼快报003」哈佛生物信息学课程叫你乖乖呆家学习

https://github.com/harvardinformatics/learning-bioinformatics-at-home哈佛大学的科学家们为了让诸位乖乖呆在家里学习生物信息学，开始编撰一份学习清单方便大家在家里好好学习生物信息学

卖萌哥·2023-10-31 06:02

生物小工具

本文主要介绍一些生物小工具,尤其是在文章中的，还有就是生物信息学方面的，总而言之，言而总之，希望能够帮助到大家。

天明豆豆·2023-10-30 22:44

GWAS流程

www.jianshu.com/p/53362fe881cd最近跑通了一遍GWAS分析，全程在linux操作，虽然具体还有好多需要微调的地方，先把代码整理分享出来mark一下前期准备1.理论知识强烈推荐百迈客云课堂课程GWAS生物信息培训课程或者可以看看我的

大花熊·2023-10-30 20:04

港大联合百度开源通用图大模型GraphGPT：让大语言模型读懂图数据

导读图神经网络（GNN）已成为处理和学习图数据的强大工具，在社交网络分析、推荐系统、智慧城市和生物信息等多个领域带来了革命性的进展。图神经网络的核心优势在于其揭示图数据中复杂关联性的能力。

PaperWeekly·2023-10-30 15:04

了解大数据时代的生物信息

伴随着清晨的阳光，我们继续微分基因实践之旅。早上赵老师介绍了测序技术的发展历程，我们了解到一代的基因测序设备并不完善，因此二代在此基础上研发出较多设备帮助人们去进行研究，现在的三代已有了较多的仪器，能够测得更多的基因序列，具有很高的准确度。测序技术经历了一代、二代和三代，历时数十年，在这期间，微分基因公司为测序技术发展做出了突出贡献。测序技术发展史我们知道实验室中，除了科研人员，最必不可少的当属实

青山见我_11fa·2023-10-30 07:00

conda安装软件与环境管理

利用bioconda安装生物信息软件通过conda安装软件，首先从官网查找该软件是否被conda支持；若可以：输入以下的命令进行安装：condainstall-yfastqc(软件名）使用whichsoftname

shine_9457·2023-10-30 04:21

蛋白质PDB文件读取C++代码

在生物信息学中，PDB数据库是非常重要的蛋白质结构数据库。PDB数据文件的读取是进行蛋白质结构相关预测的重要步骤！

Jun-H·2023-10-28 03:53

机器学习的常用算法（生信必备）

作为一个合格的生物信息工程师，生物学的算法是必备的技能。

单细胞空间交响乐·2023-10-27 08:32

清华大学鲁志实验室内部生物信息学培训教材

授课的配套PPT都是共享在清华大学校园网盘：-[Bioinfo2020](https://cloud.tsinghua.edu.cn/d/b707e65b559549069938/?p=%2Fbioinfo2020%2FLectures&mode=list)-[Bioinfo2019](https://cloud.tsinghua.edu.cn/d/b707e65b559549069938/?p=

可以公开的秘密Scarlett·2023-10-27 00:07

RAD51的系统泛癌分析揭示其对诊断预后和治疗预测的潜在作用

APan-CancerBioinformaticAnalysisofRAD51RegardingtheValuesforDiagnosis,Prognosis,andTherapeuticPredictionRAD51在诊断、预后和治疗预测方面的价值的泛癌症生物信息学分析发表期刊

生信学霸·2023-10-26 22:15

生物芯片技术-原理、应用与未来发展

这种技术运用微电子和微机械工艺，将生物分子、细胞、组织等生命活性物质固定在硅片、玻璃片、塑料片等固相基质上，实现生物信息的快速、高效、高灵敏度的检测。

a谷雨c·2023-10-26 13:08

单细胞中的标准化和PCA：哈佛生信课程学习（一）

搬运自哈佛生物信息课程：《IntroductiontoSingle-cellRNA-seq》链接：https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/lessons/05_normalization_and_PCA.html

BINBINCC·2023-10-25 05:00

春秋海儿·2023-10-23 06:32

MIT 生物信息课程

这是生物信息学中的一个核心概念，对于理解整个生物网络至关重要。

丸丸丸子w·2023-10-22 19:02

生物信息学缘起——linux篇（五）if-then-else命令

一、if-then语句shell中最基本的结构化命令是if-then语句：ifcommandthencommandsfi如果你在用其他编程语言的if-then语句，这种形式可能会让你有点困惑。在其他编程语言中，if语句之后的对象是一个等式，这个等式的求值结果为TRUE或FALSE。但bashshell的if语句并不是这么做的。bashshell的if语句会运行if后面的那个命令。如果该命令的退出状

BioInforNya·2023-10-21 23:36

生物信息入门-2 终端是什么

原创文章，任何形式的转载请与作者联系！终端（Terminal）在后续的生信分析中会经常用到，对于用惯了windows/macOS图形界面的童鞋来说，大家极少会用到Terminal，但对于生信分析来说，不可避免的要使用到，很多指令/代码均会在Terminal中运行。#在macOS即苹果系统下，Terminal在苹果系统app中，Terminal打开方法如下视频：macOS下打开终端#linux-ub

黄桂安·2023-10-21 16:13

生物信息学入门必备书籍【免费获取】

沈博士·2023-10-20 23:42

基因ID类型

GeneID（EntrezGeneID）：来源于Entrez基因数据库的编号系统，Entrez基因数据库归属于NCBI的子数据库，整合了核酸、蛋白、基因组等生物信息检索系统。

翾格格·2023-10-20 17:23

【论文复现】基于多模态深度学习方法的单细胞多组学数据聚类（【生物信息学】实验二：多组学数据融合：scMDC）

目录一、实验介绍1.论文：基于多模态深度学习方法的单细胞多组学数据聚类Abstract2.Github链接二、实验环境0.作者要求1.环境复现实验一实验二（本实验）2.库版本介绍实验一实验二3.IDE三、实验内容1.用法2.输出3.参数4.run_scMDC设置超参数对scRNA-seq数据进行预处理构建scMultiCluster模型预训练使用KMeans确定聚类数k微调模型,训练聚类层保存预测

QomolangmaH·2023-10-19 00:46

Metascape 专门为生物学者设计的基因富集分析网站

图片一、Metascape简介Metascape（http://metascape.org/）是一个功能强大的基因功能注释分析工具，能帮助用户将当前流行的生物信息学分析方法应用到批量基因和蛋白质的分析中

Seurat_·2023-10-18 21:35

生物信息学——文件格式 pileup详解

生物信息学生物信息学——文件格式pileup详解文章目录生物信息学概述一、pileup文件格式二、碱基序列（Readbases）符号详解概述每一种生物软件都有固定的文件格式要求。

福旺旺·2023-10-18 18:09

Linux系统中如何安装生信软件?保姆式全攻略

Linux生信软件安装攻略生物信息分析软件在Linux系统下的安装通常有多种途径，其中包括使用包管理工具（如conda）进行安装和通过源代码进行编译安装。

生信分析笔记·2023-10-18 11:22

RDKit计算分子属性

RDKit计算分子属性分子属性的计算在化学、药物研发和生物信息学等领域中具有重要意义。

MurphyStar·2023-10-17 10:29

甲状腺乳头状癌piRNA诊断标志

想必很多同学对piRNAs都不是很熟悉吧，那么到底什么是piRNAs，我们又该如何通过常用的生物信息学方法识别出可以作为标志物的关键piRNAs呢？就让我们带着这样的疑问开始今天的学习吧。

概普生信·2023-10-17 09:22

Cluster聚类算法大比拼：性能、应用场景和可视化对比总结

聚类分析是一种无监督学习方法，广泛应用于各种领域，包括市场细分、社交网络分析、生物信息学和推荐系统等。

Mr数据杨·2023-10-16 17:01

linux视频-P13-fasta和fastq格式文件的shell小练习

fasta和fastq格式文件的shell小练习这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps

小梦游仙境·2023-10-16 15:09

计算机方向的计算生物学,美国生物信息学和计算生物学的研究课题

留学美国，可能了解生物信息学和计算生物学的人仅仅局限在计算机科学专业，因为生物信息学和计算生物学是在计算机科学专业下的分支。

weixin_39979948·2023-10-16 10:13

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