生物信息第2页

《生物信息学：导论与方法》----变异的功能预测----听课笔记（十一）

第六章变异的功能预测6.1问题概述Wheredidyourgeneticvariationscomefrom?inheritedfromparentsdenovomutations（70~100个新发突变）somaticmutations（体细胞突变，如癌症）有很多的先天的小儿疾病，就是这个孩子有一个Denovomutation，刚好落在了一个重要的基因上，它有可能有这种严重的疾病。肿瘤细胞一般都

盲人骑瞎马5555·2024-02-01 12:21

生信学习笔记1：学习如何用OPLS-DA分析代谢组数据（从入门到掌握）

它们广泛应用于化学计量学、生物信息学、经济预测等领域。偏最小二乘法（PLS）偏最小二乘法是一种多变量分析方法，主要用于找到两组数据（通常是预测变量集和响应变量集）之间的线性关系。

盲人骑瞎马5555·2024-02-01 12:18

隐马尔可夫模型系列——（二）模型参数

隐马尔可夫模型在自然语言处理、语音识别、生物信息学和金融领域等方面有着广泛的应用。本文将从模型参数的角度详细介绍隐马尔可夫模型中的三个关键要素：隐藏状态、观测状态和状态转移

飞影铠甲·2024-02-01 02:35

2021-12-27

NatRev丨癌症基因组测序数据的计算分析原创珍奇图灵基因2021-12-2707:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：珍奇IF：60.716推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文描述了癌症基因组生物信息学分析中涉及的主要步骤

图灵基因·2024-01-31 23:49

特征选择综述论文阅读笔记

一特征选择（featureselection）的简介我们现在正处在大数据的时代，大量的高维数据在各种领域中无处不在，如社交媒体、医疗保健、生物信息学和在线教育。

wyn20001128·2024-01-31 01:23

LINUX的练习题

LINUX的练习题：最低要求是完成我的linux20题http://www.bio-info-trainee.com/2900.html其次完成生物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq

七七师姐·2024-01-31 00:14

生物信息网站集合

1.常用门户：美国国家生物技术信息中心(NCBI)：https://www.ncbi.nlm.nih.gov欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)：https://www.ebi.ac.ukUCSCGenome

庐山星晖·2024-01-30 16:27

ChatGPT如何为初学者进入生物信息学领域赋能？

也引发了人们对它们在促进编程重数据分析方面的潜在用途的巨大兴趣，如生物信息学。凭借其卓越的会话和编程能力（例如rtour.ai网站），ChatGPT有望帮助学生克服编程障碍。

qq_37303241·2024-01-30 10:44

使用 ChatGPT 为生物信息学初学者赋能

论文：EmpoweringBeginnersinBioinformaticswithChatGPT.2023对于生信初学者而言，最大的困难是身边没有经验丰富的人给予指导。而ChatGTP的出现可能改变这一现状，学生可以自己作为导师，指导ChatGPT完成数据分析工作。众所周知，与ChatGPT互动，给予的指令越精确，那么它给出的答案越精准。这篇论文提出一个与ChatGPT互动的模型：OPTICAL

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-30 10:13

2018.8.9

玉米粥土豆春卷大绿砖曲折的生物学学长结果是生物信息学纠结来纠结去很辣的辣子鸡美美的午觉破釜沉舟的决心吧桃子核桃打打气刚刚好的生活刚刚到的快递港澳通行证签证凉面烤奶微生物打卡保持明天开始独立实验了不需要人陪

珍惜眼前始为真·2024-01-30 09:14

生物信息学编程零基础学习 Python

我本科是农学，研究生专业是生物学，方向是植物基因组。编程方面真是零基础，仅仅在大一接触C语言。整个课题组基本都是用Python作为主要的编程语言。目前是研一下学期，我也想总结一下编程的学习之路。Python的入门第一本Python书.png这本书很薄，内容很简单，适合之前从没有学过编程的人阅读。通过这本书能简单了解Python语法，变量，函数等等进一步的深入学习Python编程.从入门到实践.pn

球果假水晶蓝·2024-01-30 09:14

数据下载两三事

最近在忙于搭建一个小的服务器用作生物信息分析。其中些许问题做一个简单的笔记。1数据库放在了Dropbox。外国人真的很喜欢用Dropbox的样子。

yilunanxia·2024-01-30 00:42

生物信息工作到底在做什么？

最近很多人在问我，做生物信息分析，具体是在做哪方面的工作呢？难不难？每天的工作内容是什么？容易上手吗？先来告诉大家生物信息分析到底难不难。

gtt儿_生物信息学习·2024-01-27 23:45

序列比对之blast在线和本地使用

序列比对（SequenceAlignment）比较两个或两个以上序列的相似性blast（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一种序列相似性比对工具，是生物信息分析最常用的一款软件

Nemo_53e9·2024-01-26 19:10

安装WGCNA的各种方法

JeremyL·2024-01-26 11:16

2021-02-10

第三个问题埋藏在统计学甚至认识论的基石中，逐步会变得性命攸关并可能拆解掉生物信息这个行业，那就是如何解决相关性和因果率的巨大冲突，所有生物信息从业者都在联系收集到的数据和想解决的生物学问题时，都借用了大量的相关性来证明自己的数据是有用的

我们一起舔过铁栏杆·2024-01-26 10:58

WDL：快速编写属于你的分析流程

前言一般生物信息分析流程都包含很多的分析步骤，这些步骤之间的联系也有很多情况。

生信云笔记·2024-01-25 21:09

xshell用无线网远程连接linux失败_Linux基础入门 | 服务器集群使用指南

但是，在我们进行生物信息学分析时，往往需要在高性能服务器集群上投递任务。这就需要我们掌握基本的集群操作方法。

weixin_39781363·2024-01-25 18:58

业余爱好-生物信息学/生物化学/物理/统计学/政治/数学/概率论/AI/AGI/区块链

生物信息学高等数学—元素和极限-实数的定义高等数学—元素和极限-实数的元素个数高等数学—元素和极限-自然数个数少于实数个数高等数学—元素和极限-无穷大之比较高等数学—元素和极限-级数的收敛高等数学—元素和极限

amingMM·2024-01-24 16:52

方便的 Bash 终端技巧大集合

几年前我从事生物信息学方面的研究工作。对那些简单的bash命令感到惊讶，他们比我的枯燥脚本快很多。通过学习命令行的快捷方式和脚本帮助我节省了很多时间。

summerbluet·2024-01-24 14:21

3‘aTWAS—3‘adapter-based transcriptome-wide association study

3'aTWAS是一个生物信息学技术，全称为3'adapter-basedtranscriptome-wideassociationstudy。

m1chiru·2024-01-23 09:23

使用python处理生物信息数据（二）

Python学习的第二天。1.处理数据列处理ImageJ测量神经树突长度获得的数据。data=[]#读取neuron_data.txt文件，strip()函数去除文件中每行起始位置的空格和末尾的换行符。forlineinopen('neuron_data.txt'):length=float(line.strip())data.append(length)#data数据的长度n_items=len

你猜我菜不菜·2024-01-23 08:26

在Python环境中运行R语言的配环境实用教程

前情提要在做一些生物信息与医学统计的工作，本来偷懒希望只靠python完成的，结果还是需要用R语言，倒腾了一会儿，调成功了，就记录一下这个过程。

Metaphysicist.·2024-01-23 07:58

生物信息学导论-北大-新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq 1

ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义+搜索内容。Real-TimeqRT-PCR基于互补杂交反应（complementaryhybridizationreaction），PCR技术的发展促进了本技术的发展，缺点是：1.低通量2.需要有转录本序列的先验知识。步骤：Real-TimeQuantita

陆沙·2024-01-23 00:50

【科研集市】一文带你读懂Hi-C（附高分文献汇总）

High-throughchromosomeconformationcapture)技术源于染色体构象捕获（Chromosomeconformationcapture,3C）技术，以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法

d5c9c866171f·2024-01-22 22:29

生物信息学必知必会的Linux/Unix命令

我们之前分享过一篇文章：清华大学生物信息学课件资料分享，各位屯资料的小松鼠，有没有认真跟着学习呢？我翻了翻，立马就看到了干货。

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-22 08:49

零代码进行转录组数据分析实战（一）：质量控制

生信：生物信息分析阶段。数据质控、比对、定量，以及差异表达基因分析等。从本文开始，着眼于生信阶段，开始带领大家进行转录组实战。首先就是测序数据质控。

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-22 08:49

生物信息基础：pysam读写基因组文件

Pysam[1]是一个Python模块，它打包了高通量测序库htslib[2]的C-API，可用于读写基因组相关文件，如Fasta/Fastq，SAM/BAM/CRAM，VCF等。本文以Fasta/Fastq文件的读写为例，介绍Pysam的用法，详细教程请查看官网。Installpipinstallpysam或者condainstallpysamFastafiles对于Fasta文件，可以实现随机

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-22 08:37

北大公开课-2 生物信息学历史

在分子水平研究演化L.pauling1965sangerDNAsequencing19771988人类基因组计划2001年人类基因组计划2005二代测序1991年Linux系统系统特点由目的单一的小程序组成，组合小程序完成各个任务一切皆文件避免人机交互，中间不需要输入任何内容能简写绝不写全称

番番番茄小姐·2024-01-21 18:24

生物信息学导论-北大-变异的功能预测3（Comparative Modeling）

ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义。ComparativeModeling就是第一节提到的同源建模HomologyModeling，指利用序列的相似性去推测蛋白质结构。回放：同源建模HomologyModeling：SWISS-MODEL执行：先在数据库中搜索（i.e.BLAST）找到至少一个

陆沙·2024-01-21 17:34

生物信息学导论-北大-变异的功能预测2（SAPRED）

ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义。生物学问题：如何区分致病变异和中性变异？如何预测一个变异是否致病？方法：Conservation-based：SIFTRule-based：PolyPhenClassifier-based：PolyPhen2,SAPREDSAPRED：SingleAmino

陆沙·2024-01-21 17:04

生物信息学导论-北大-变异的功能预测1

ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义。基因突变的来源Germlinemutation（胚系突变）来自父母的遗传，是生殖细胞携带的突变，可以遗传在个体每个细胞中都存在Denovomutation（新发突变）父母本身没有突变，一般来自精卵结合或受精卵发育过程中的自发突变很常见，一般不会带来功能性的问

陆沙·2024-01-21 17:03

生信小工具之:并行解压神器pigz

做生物信息的同学会相信你们都会遇到这样的情况:你会遇到成白或者上千的sequencingdata,然后你需要解压它/或者将你一系列的结果进行压缩，然后你使用你熟悉的gunzip或者gzip,将你所需要解压或者压缩的文件一个一个压缩

lakeseafly·2024-01-21 11:24

MCM备赛笔记——图论模型

图论的模型广泛应用于计算机科学、通信网络、社会网络、生物信息学、城市交通规划等多个领域。图论的基本模型无向图：顶点之间的边没有方向。无向图常用于表示双向关系，如社交网络中的友谊关系。

我我我想出去玩·2024-01-21 10:47

GenTree：基因进化和功能分析

欢迎来到"bio生物信息"的世界GenTree是一个集合多种数据的在线数据库。总共涉及的基因有63152个，蛋白质编码基因有20300个。评估基因年龄用的是UCSC数据库的14个支系。

橙子牛奶糖·2024-01-19 16:36

三个月自我更新计划（第5周）

1)书籍阅读方面：《生物信息学》本周完成第13章的第3节第2和第3小节+第4节3个小节，共5个小节，20页；计划安排7天，每天2-3页或1个小节。

Diamondbacks·2024-01-19 12:48

序列比对原理

在生物信息学研究中，序列比对是一个非常基础的问题，在很多研究中都会用到。

生信自修室·2024-01-18 05:40

生物信息百Jia软件（21）：hisat2

基因学苑·2024-01-17 21:53

学习小组Day1笔记--Xiaofan1991

直到在微信上看到了很多生物信息的文章，被其吸引，为其着迷，有

xiaofan1991·2024-01-17 10:22

研究生生活二三感悟 - 合格的老师？合格的学生？

生信石头·2024-01-16 16:59

会议 | 宏基因组和生物信息学进行病原检测的进展和未来

文献信息文章：Currentprogressandfutureopportunitiesinapplicationsofbioinformaticsforbiodefenseandpathogendetection:reportfromtheWinterMid-AtlanticMicrobiomeMeet-up,CollegePark,MD,January10,2018杂志：Microbiome时

胡童远·2024-01-16 07:41

生物信息学之同源性、相似性、一致性和直旁系同源

作为生物信息学中序列分析方面的核心概念，话不多说直接上核心内容：同源性：具有共同进化祖先的两条序列称为同源序列。同源性没有程度之分，要么是同源，要么非同源，高度同源这种说法是错误的。

AIzealot无·2024-01-16 02:33

生物信息学及其研究方向与应用

生物信息学是生物er在AI以及cs时代的出路，所以AI以及生信一定是生物er的出路，21世纪的生物只有和最具生产力的行业结合，才能爆发出生命力，哦不，拿到高薪。

AIzealot无·2024-01-16 02:32

生物信息学之序列比对

从事生物信息学方面的研究利用了有生产力的CS方面的技术来研究生物领域的内容。当研究基因和蛋白质时，常常涉及到专有名词——序列比对。何为序列比对呢？

AIzealot无·2024-01-16 02:02

科研绘图（四）火山图

火山图是生物信息学中常用的一种图表，用来显示基因表达数据的变化。

BZD数模社·2024-01-15 20:55

基础分子结构(1): exon, intron, CDS, ORF, 3',5'-UTR

分子生物学的基础知识对正确运用生物信息学工具有着举足轻重的作用。因此我想对其中重要的概念进行学习。

逐鸿·2024-01-15 17:57

FigDraw 2. SCI 文章绘图必备 R 语言基础

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你70篇原创内容-->公众号关注公众号，桓峰基因，每天更新不停歇

90066456ace6·2024-01-15 07:04

生物信息模型

COX回归COX回归模型，又叫做“比例风险回归模型”。该模型以生存结局和生存时间为因变量，分析某些因素对生存期的影响，能分析带有截尾生存时间的资料，并且不需要估计生存资料袋分布类型。可以检查特定因素在特定时间点是如何影响特定事件（例如死亡，感染）的发生率。这个速度通常被称为危险率（HR，hazardratio）。HR>1：危险致病因素；HR1）；哪些因素是导致危险率减少的主要因素（HR<1），根据

小潤澤·2024-01-15 04:52

推荐频道

生物信息