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生物信息
机器学习中的强学习器:AdaBoost算法详解
错误率与权重更新3.AdaBoost的工作流程3.1初始化权重3.2训练弱学习器3.3更新样本权重3.4构建强学习器4.AdaBoost的优缺点4.1优点4.2缺点5.应用场景5.1图像识别5.2语音处理5.3
生物信息
学
轩Scott
·
2023-12-26 11:21
机器学习
学习
算法
生物信息
神奇网站系列(十二):机器学习数据集
天天都被媒体的大数据,机器学习,人工智能忽悠,但是常言道“巧妇难为无米之炊”,要实现这些,数据才是重点;有时候想测试一些算法,手头没有现成的测试数据也比较麻烦。不过,加州大学欧文分校提供了一个机器学习的数据集,可以从中下载大量数据,用于机器学习研究。十二:加州大学欧文分校机器学习数据集http://archive.ics.uci.edu/ml/index.php1、登录网站,可以看到“Welcom
基因学苑
·
2023-12-26 09:34
R语言处理缺失值之naniar包
获取更多R语言和生信知识,请欢迎关注公众号:医学和生信笔记医学和生信笔记公众号主要分享:1.医学小知识、肛肠科小知识;2.R语言和Python相关的数据分析、可视化、机器学习等;3.
生物信息
学学习资料和自己的学习笔记
医学和生信笔记
·
2023-12-26 06:14
数据分析
r语言
数据分析
数据挖掘
python
解读!测序中的常用名词(转载)
转自欧易生物微信号:利用
生物信息
分析大数据在论文发表中占据了举足轻重的地位,尤其是在高通量测序越来越便宜的今天,但是测序分析中各种名词仍令很多小菜或非
生物信息
专业的人抓狂。
M78_a
·
2023-12-26 02:36
这个只需一步就可做富集分析的网站还未发表就被CNS等引用超过350次
Metascape专门为生物学者设计的基因富集分析网站image一、Metascape简介Metascape(http://metascape.org/)是一个功能强大的基因功能注释分析工具,能帮助用户将当前流行的
生物信息
学分析方法应用到批量基因和蛋白质的分析中
生信宝典
·
2023-12-25 22:07
决策曲线分析DCA用于lasso回归/随机森林
主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、
生物信息
学等。前面介绍了超多DCA的实现方法,基本上常见的方法都包括了,代码和数据获取方法也给了大家。
医学和生信笔记
·
2023-12-23 21:29
遗传图谱应用分析案例:菊花高密度遗传图谱的构建和花型相关位点的鉴定【百迈客生物】
遗传图谱遗传图谱(Geneticmap),是基于全基因组重测序技术或简化基因组测序技术,对某物种家系样本进行测序,利用
生物信息
学方法,开发SNP分子标记,计算标记间的遗传连锁距离,绘制高密度遗传图谱。
百迈客生物
·
2023-12-23 03:06
生物信息
神奇网站系列(十六):Notebook Gallery
前面我们已经介绍过过不少Gallery,包括R绘图与Python绘图,见下面链接。现在python越来越火了,而JupyterNotebook工具可以极大方便python的学习,可以将代码与执行结果合二为一,非常方便文章的书写。NotebookGallery网站收集大量利用JupyterNotebook书写的文档,方便python学习。十六:NotebookGalleryhttp://nb.bia
基因学苑
·
2023-12-22 23:13
TCR-seq数据分析(一)
该方法诞生的目的就是用
生物信息
学手段来全面高速地分析高通量测序技术检测靶向扩增后的T细胞抗原识别决定性表面分子,即T细胞受体多样性的检测技术,用以揭示机体在生理和病理状态下T细胞介导的细胞免疫应答状态
生信云笔记
·
2023-12-21 13:08
近日二三感悟 -
生物信息
?
第一则-关于
生物信息
入门?image.png第二则-关于
生物信息
就业?image.png文本信息如下分享于20180910这两天可能对外说的话有点多啦。
生信石头
·
2023-12-20 15:53
生物信息
学R分析工具包ggkegg的详细使用方法
ggkegg介绍ggkegg是一个用于
生物信息
学研究的工具,可以用于分析和解释基因组学数据,并将其与已知的KEGG数据库进行比较。
小果运维
·
2023-12-20 14:22
生信分析-bioinfo
R
r语言
开发语言
ggkegg
2021-01-26基因ID+TMP
基因ID总参考-医学
生物信息
学数据库常用:基因名称例如:TP53,RNF180。这样的名字,是这个基因功能+编号的简写。
小森的生统笔记
·
2023-12-20 00:15
《
生物信息
学生R入门教程》读书笔记 Chapter 1
前言最近在阅读欧剑虹老师《
生物信息
学生R入门教程》非常适合于刚入手NGS的初学者使用,这里我仅做我个人的读书笔记使用本书分为八个章节:1.R/Bioconductor简介2.基因芯片的数据分析3.RNA-seq
小潤澤
·
2023-12-19 19:08
【
生物信息
】一阶马尔科夫链和隐马尔科夫模型
Markov-HMM一阶马尔科夫链和隐马尔科夫模型程序功能:在网上收集50条细胞色素C的核心功能区域碱基序列作为正训练集,然后再收集50条碱基序列作为负训练集。收集一些数据作为测试集,通过一阶马尔科夫和隐马模型对测试集中的序列进行识别。一阶马尔科夫模型:给定一段DNA序列片段,判别它是否为胞色素C的核心功能区域。(整体判别问题)隐马尔科夫模型:给定一段DNA序列片段,识别细胞色素C的核心功能区域部
上弦同学
·
2023-12-19 18:06
FASTA和FASTQ 介绍
参考:从零开始完整学习全基因组测序数据分析:第2节FASTA和FASTQ作者:碱基矿工前言在
生物信息
分析过程中,各种组学(基因、转录、蛋白等)各种数据库,不同类型的数据可能都有其特有的数据文件与特殊的存储格式
Peng_001
·
2023-12-19 12:29
支持向量机(SVM):高效分类的强大工具
文章目录前言1.SVM的基本原理1.1核心思想1.2支持向量1.3最大化建模1.4松弛变量1.5核函数2.SVM与逻辑回归的区别和联系2.1区别2.2联系3.SVM的应用领域3.1图像分类3.2文本分类3.3
生物信息
学
_用户昵称_
·
2023-12-19 06:34
机器学习
支持向量机
分类
算法
机器学习
生信步骤|转录组mRNA数据的有参组装
转录组的组装能够提供丰富的组学信息,是
生物信息
学中重要的基础步骤。测序的下机数据经过过滤,比对,排序,组装,最终得到转录本的全部序列信息。
学术程稻属
·
2023-12-18 03:56
在线作图|2分钟绘制一张精美的火山图(Volcano Plot)
在
生物信息
分析中,火山图常用于转录组、基因组,蛋白质组,代谢组等统计数据。im
维凡生物
·
2023-12-17 22:49
基因-疾病数据库/工具大集合
1909~2015年基因发现时间轴,展示基因组学领域的重大发现和发明人类疾病是广泛研究(包括基因组学、
生物信息
学、系统生物学和系统医学)的核心。
尐尐呅
·
2023-12-17 15:26
《
生物信息
学生R入门教程》读书笔记 Chapter 6
这次介绍的是10XGenomics的数据分析数据读取#构建Seurat对象library(Seurat)library(dplyr)#读取PeripheralBloodMononuclearCells(PBMC)数据pbmc.data0){buf0]2.cell筛选#Seurat会计算基因数以及UMI数(nGeneandnUMI).#Seurat会将原始数据保存在raw.dataslot中,#每一
小潤澤
·
2023-12-16 19:44
【
生物信息
学】scRNA-seq数据分析(一):质控~细胞筛选~高表达基因筛选
文章目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍三、实验内容0.导入必要的库1.质控2.细胞筛选3.高表达基因筛选一、实验介绍 质控~细胞筛选~高表达基因筛选二、实验环境1.配置虚拟环境 可使用如下指令:condacreate-nbiopython==3.9condaactivatebiopipinstall-rrequirements.txt 其中,requirements.
QomolangmaH
·
2023-12-16 14:11
数据分析
数据挖掘
匪夷所思
沙发上也没有除庞局之外的衣物纤维或毛发等
生物信息
残留。房间是密闭的,窗户在里面锁死,窗台上没有脚印,门把手上只有空调安装工人的指纹,可见凶手出门前擦拭过门把手。
寒武纪2022
·
2023-12-16 10:00
生物信息
学分析领域领先的特制语言环境NGLess(Next Generation Less)介绍、安装配置和详细使用方法
介绍NGLess(NextGenerationLess)是一种用于
生物信息
学分析的领先的领域特定语言(DSL)。
小果运维
·
2023-12-15 20:36
生信分析-bioinfo
科学数据分析
NGLess
生信分析
宏基因组学
conda
脚本
分析流程
生信小白Linux入门——安装Linux子系统
因为很多
生物信息
分析软件都是基于Linux,并且系统开源免费,不需要图形界面,有效的节约资源,可以方便高效的处理大批量数据。这是windows做不到的。
张小张__
·
2023-12-15 10:21
Topic 16. 临床预测模型之接收者操作特征曲线 (ROC)
点击关注,桓峰基因桓峰基因
生物信息
分析,SCI文章撰写及
生物信息
基础知识学习:R语言学习,perl基础编程,linux系统命令,Python遇见更好的你67篇原创内容-->公众号全网总结最全的ROC绘制方法
90066456ace6
·
2023-12-15 05:11
【动态规划总结】动态规划算法掌握一种技巧-完美理解
动态规划(英语:Dynamicprogramming,简称DP),是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和
生物信息
学中使用的,通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法。
未来星_狒狒
·
2023-12-06 04:08
二
算法领域
算法
动态规划
大数据 - MapReduce:从原理到实战的全面指南
每天都有数以百万计的数据被生成、存储和处理,覆盖了从互联网搜索、电子商务,到
生物信息
学和气候研究等各个领域。
快乐非自愿
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2023-12-04 19:03
大数据
mapreduce
利用Biopython来进行序列比对
作者:童蒙编辑:angelica前言序列比对在
生物信息
中很常见,通过比较序列的相似度来推测其相关的功能。
生信阿拉丁
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2023-12-04 13:09
生物信息
流程搭建方法
先来看一则招聘信息:image.png关于
生物信息
流程,不同的分类标准可能得到不一样的分类结果,比如:Areviewofbioinformaticpipelineframeworks这篇综述中,按照隐式公约框架
生物信息与育种
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2023-12-04 11:35
学习小组Day2笔记--四海
Linux系统学习一、了解Linux系统处理大数据使用的都是Linux系统,学习
生物信息
大数据必须学习Linux系统。
寂静之巅
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2023-12-04 00:04
Docker封装
生物信息
学宏基因组流程
宏基因组学(metagenomics)是一种以环境样品中的微生物群体所有基因组作为研究对象,利用基因组学的研究策略研究环境样品中所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能的新的研究微生物多样性的方法。宏基因组不依赖于微生物的分离培养,克服了传统的纯培养方法的技术限制,为研究和开发利用占微生物种类99%以上的未可培养的微生物提供了一种新的途径和良好的策略;可以得到环境中丰度较低的,甚至是痕量微生物的信
儒雅随和王小板
·
2023-12-03 05:50
R语言中如何改变表格数据的填充顺序
#搬运过来的,看不懂请看原出处原作者:熊荣川六盘水师范学院
生物信息
学实验室xiongrongchuan@126.comhttp://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz通常在R语言中矩阵
一声沧海笑
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2023-12-02 12:53
r语言
开发语言
【EI会议征稿】第四届
生物信息
学与智能计算国际学术研讨会(BIC 2024)
第四届
生物信息
学与智能计算国际学术研讨会(BIC2024)20244thInternationalConferenceonBioinformaticsandIntelligentComputing2024
艾思科蓝-何老师【H8053】
·
2023-12-02 06:39
Ei稳定检索会议推荐栏目
计算机方向的国际学术会议
生物
智能计算
医疗
生物信息学
人工智能及应用
数据挖掘
dbCAN碳水化合物酶基因数据库及run_dbCAN4工具安装配置及使用
dbCAN是一个非常有用的
生物信息
学工具,对于研究纤维素生物转化、生物能源、生产生物基化学品等领域的研究具有重要意义。Run_dbCAN是一个用于预
小果运维
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2023-12-01 14:46
生信分析-bioinfo
科学数据分析
数据库
CAZyDB
run_dbcan
碳水化合物酶基因库
2021-11-11 不仅仅是科学原理,还有独特的视角!—《诠释人性:如何用自然科学理解生命、爱与关系》
作者卡米拉·庞,伦敦大学学院生物化学博士,从事转化
生物信息
学研究的博士后科学家。8岁时,卡米拉被诊断患有自闭症谱系障碍(ASD),26岁时被诊断患有多动症(ADHD),而焦虑也一直伴随着她。
树毛竹
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2023-11-30 22:45
IF:4+ 鉴定与股骨头坏死软骨氧化应激相关的Hub基因和通路
点击关注,桓峰基因桓峰基因
生物信息
分析,SCI文章撰写及
生物信息
基础知识学习:R语言学习,perl基础编程,linux系统命令,Python遇见更好的你75篇原创内容-->公众号现在肿瘤的文章已经很多很多了
90066456ace6
·
2023-11-30 00:53
国自然热点锁定
一年一度的国自然科学基金又要开始申请了,不管是科研大牛还是实验小白,也都开始摩拳擦掌的准备一展风采,
生物信息
个性化挖掘也成为大家科研工作中不可或缺的一部分。
概普生信
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2023-11-29 20:39
【EI会议征稿】第四届
生物信息
学与智能计算国际学术研讨会(BIC 2024)
第四届
生物信息
学与智能计算国际学术研讨会(BIC2024)20244thInternationalConferenceonBioinformaticsandIntelligentComputing2024
搞科研的小刘选手
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2023-11-29 20:17
学术会议
大数据
自动化
区块链
人工智能
信号处理
数据分析
r语言 相关性作图_R绘图:相关性分析与作图
公众号“生信小课堂”TCGA数据分析课程:
生物信息
学教学相关性分析是我们生信分析中必不可少的技能,单基因的批量相关性分析,可以用于做单基因的GO,KEGG富集分析和GSEA分析,也有多基因之间的相关性分析
知乎剧综
·
2023-11-29 03:32
r语言
相关性作图
加权基因共表达网络分析 (WGCNA)| 共表达网络模块构建 |
生物信息
学数据分析必备技能
一、前言1.1概念加权基因共表达网络分析(WGCNA,Weightedcorrelationnetworkanalysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法,可以用来鉴定高度协同变化的基因集,并根据基因集的内连性和基因集与表型之间的关联鉴定候补生物标记基因或治疗靶点。该分析方法旨在寻找协同表达的基因模块(module),并探索基因网络与关注的表型之间的关联关系,以及网络中的核心基
小杜的生信筆記
·
2023-11-28 17:42
DNA 11. 识别肿瘤蛋白质三维结构上突变热点(HotSpot3D)
点击关注,桓峰基因桓峰基因
生物信息
分析,SCI文章撰写及
生物信息
基础知识学习:R语言学习,perl基础编程,linux系统命令,Python遇见更好的你125篇原创内容-->公众号桓峰基因公众号推出基于基因组变异数据生信分析教程并配有视频在线教程
90066456ace6
·
2023-11-28 14:46
基于Qiime2处理Silva数据库
生物信息
学习提示:仅供学习交流使用。
Biostudy-1005
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2023-11-26 18:27
生物信息学分析
生物信息学
数据分析
数据可视化
统计学
QIIME2进阶二_元数据及数据导入QIIME2
本节主要讲解如何将元数据与数据导入
生物信息
分析软件QIIME2,实现数据导入与检查。
环微分析
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2023-11-26 18:54
环境微生物生物信息分析分享板
生物信息学
QIIME2进阶三_用QIIME2实现对数据的质量控制
本文主要介绍了使用
生物信息
软件QIIME2中的DADA2与Deblur插件对扩增子基因序列进行质量控制。
环微分析
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2023-11-26 18:54
环境微生物生物信息分析分享板
生物信息学
QIIME2进阶五_QIIME2扩增子基因序列多样性分析
本节主要介绍了如何使用
生物信息
分析分析软件QIIME2对扩增子基因序列进行Alpha和Beta多样性分析,以及Alpha稀疏和深度选择。
环微分析
·
2023-11-26 18:54
环境微生物生物信息分析分享板
生物信息学
QIIME2进阶一_用QIIME2解析序列,诠释生命
本文旨在介绍
生物信息
学软件QIIME2及其核心组成。2010年,美国科罗拉多大学的RobKnight教授(现单位美国加州大学圣地亚哥分校)团队发布QIIME(发音同chime)分析流程。
环微分析
·
2023-11-26 18:53
环境微生物生物信息分析分享板
生物信息学
QIIME 2介绍
QIIME2(QuantitativeInsightsIntoMicrobialEcology2)是一个用于分析和解释微生物组数据的开源
生物信息
学工具。
qq_27390023
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2023-11-26 18:51
生物信息学
纯
生物信息
学SCI文章好发吗?不好意思,很难了
如我题目所说,这次探讨的问题是纯
生物信息
学文章好不好发表。纯
生物信息
学最大的好处就是跳过了基础实验这个最大门槛,省去大量时间和精力,以至于同学们对生信发文的坚信程度达到了无比执着的境地。
医学程序研究
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2023-11-26 10:34
计算最长公共子序列算法
概述最长公共子序列问题是计算机科学与技术领域中一个重要的问题,广泛应用于字符串匹配、版本控制、
生物信息
学等领域。解决最长公共子序列问题的动态规划算法具有高效、可靠的特点,因此被广泛采用。
大宝贱
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2023-11-25 15:34
#
搜索算法
算法
【金猿案例展】某国家级研究所——组学大数据分析平台建设
生物信息
学经过近30年的发展,从最初的基因组数据的收集和存储,到利用数学建模和人工智能思想,挖掘数据背后的生物学意义、对样本数据进行合理分类、建立合理的二级和三级数据库,
数据猿
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2023-11-24 20:46
分布式
人工智能
大数据
编程语言
数据分析
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