生物信息

【生物信息】一阶马尔科夫链和隐马尔科夫模型

Markov-HMM一阶马尔科夫链和隐马尔科夫模型程序功能：在网上收集50条细胞色素C的核心功能区域碱基序列作为正训练集，然后再收集50条碱基序列作为负训练集。收集一些数据作为测试集，通过一阶马尔科夫和隐马模型对测试集中的序列进行识别。一阶马尔科夫模型:给定一段DNA序列片段，判别它是否为胞色素C的核心功能区域。（整体判别问题）隐马尔科夫模型:给定一段DNA序列片段，识别细胞色素C的核心功能区域部
上弦同学·2023-12-19 18:06

FASTA和FASTQ 介绍

参考:从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第2节FASTA和FASTQ作者：碱基矿工前言在生物信息分析过程中，各种组学（基因、转录、蛋白等）各种数据库，不同类型的数据可能都有其特有的数据文件与特殊的存储格式
Peng_001·2023-12-19 12:29

支持向量机（SVM）：高效分类的强大工具

文章目录前言1.SVM的基本原理1.1核心思想1.2支持向量1.3最大化建模1.4松弛变量1.5核函数2.SVM与逻辑回归的区别和联系2.1区别2.2联系3.SVM的应用领域3.1图像分类3.2文本分类3.3生物信息学
_用户昵称_·2023-12-19 06:34

生信步骤|转录组mRNA数据的有参组装

转录组的组装能够提供丰富的组学信息，是生物信息学中重要的基础步骤。测序的下机数据经过过滤，比对，排序，组装，最终得到转录本的全部序列信息。
学术程稻属·2023-12-18 03:56

在线作图|2分钟绘制一张精美的火山图（Volcano Plot）

在生物信息分析中，火山图常用于转录组、基因组，蛋白质组，代谢组等统计数据。im
维凡生物·2023-12-17 22:49

基因-疾病数据库/工具大集合

1909~2015年基因发现时间轴，展示基因组学领域的重大发现和发明人类疾病是广泛研究（包括基因组学、生物信息学、系统生物学和系统医学）的核心。
尐尐呅·2023-12-17 15:26

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 6

这次介绍的是10XGenomics的数据分析数据读取#构建Seurat对象library(Seurat)library(dplyr)#读取PeripheralBloodMononuclearCells(PBMC)数据pbmc.data0){buf0]2.cell筛选#Seurat会计算基因数以及UMI数(nGeneandnUMI).#Seurat会将原始数据保存在raw.dataslot中，#每一
小潤澤·2023-12-16 19:44

【生物信息学】scRNA-seq数据分析（一）：质控~细胞筛选~高表达基因筛选

文章目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍三、实验内容0.导入必要的库1.质控2.细胞筛选3.高表达基因筛选一、实验介绍  质控~细胞筛选~高表达基因筛选二、实验环境1.配置虚拟环境  可使用如下指令：condacreate-nbiopython==3.9condaactivatebiopipinstall-rrequirements.txt  其中，requirements.
QomolangmaH·2023-12-16 14:11

匪夷所思

沙发上也没有除庞局之外的衣物纤维或毛发等生物信息残留。房间是密闭的，窗户在里面锁死，窗台上没有脚印，门把手上只有空调安装工人的指纹，可见凶手出门前擦拭过门把手。
寒武纪2022·2023-12-16 10:00

生物信息学分析领域领先的特制语言环境NGLess（Next Generation Less）介绍、安装配置和详细使用方法

介绍NGLess（NextGenerationLess）是一种用于生物信息学分析的领先的领域特定语言（DSL）。
小果运维·2023-12-15 20:36

生信小白Linux入门——安装Linux子系统

因为很多生物信息分析软件都是基于Linux，并且系统开源免费，不需要图形界面，有效的节约资源，可以方便高效的处理大批量数据。这是windows做不到的。
张小张__·2023-12-15 10:21

Topic 16. 临床预测模型之接收者操作特征曲线 (ROC)

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你67篇原创内容-->公众号全网总结最全的ROC绘制方法
90066456ace6·2023-12-15 05:11

【动态规划总结】动态规划算法掌握一种技巧-完美理解

动态规划（英语：Dynamicprogramming，简称DP），是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法。
未来星_狒狒·2023-12-06 04:08

大数据 - MapReduce：从原理到实战的全面指南

每天都有数以百万计的数据被生成、存储和处理，覆盖了从互联网搜索、电子商务，到生物信息学和气候研究等各个领域。
快乐非自愿·2023-12-04 19:03

利用Biopython来进行序列比对

作者：童蒙编辑：angelica前言序列比对在生物信息中很常见，通过比较序列的相似度来推测其相关的功能。
生信阿拉丁·2023-12-04 13:09

生物信息流程搭建方法

先来看一则招聘信息：image.png关于生物信息流程，不同的分类标准可能得到不一样的分类结果，比如：Areviewofbioinformaticpipelineframeworks这篇综述中，按照隐式公约框架
生物信息与育种·2023-12-04 11:35

学习小组Day2笔记--四海

Linux系统学习一、了解Linux系统处理大数据使用的都是Linux系统，学习生物信息大数据必须学习Linux系统。
寂静之巅·2023-12-04 00:04

Docker封装生物信息学宏基因组流程

宏基因组学（metagenomics）是一种以环境样品中的微生物群体所有基因组作为研究对象，利用基因组学的研究策略研究环境样品中所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能的新的研究微生物多样性的方法。宏基因组不依赖于微生物的分离培养，克服了传统的纯培养方法的技术限制，为研究和开发利用占微生物种类99%以上的未可培养的微生物提供了一种新的途径和良好的策略；可以得到环境中丰度较低的，甚至是痕量微生物的信
儒雅随和王小板·2023-12-03 05:50

R语言中如何改变表格数据的填充顺序

#搬运过来的，看不懂请看原出处原作者：熊荣川六盘水师范学院生物信息学实验室[email protected]://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz通常在R语言中矩阵
一声沧海笑·2023-12-02 12:53

【EI会议征稿】第四届生物信息学与智能计算国际学术研讨会（BIC 2024）

第四届生物信息学与智能计算国际学术研讨会（BIC2024）20244thInternationalConferenceonBioinformaticsandIntelligentComputing2024
艾思科蓝-何老师【H8053】·2023-12-02 06:39

dbCAN碳水化合物酶基因数据库及run_dbCAN4工具安装配置及使用

dbCAN是一个非常有用的生物信息学工具，对于研究纤维素生物转化、生物能源、生产生物基化学品等领域的研究具有重要意义。Run_dbCAN是一个用于预
小果运维·2023-12-01 14:46

2021-11-11 不仅仅是科学原理，还有独特的视角！—《诠释人性：如何用自然科学理解生命、爱与关系》

作者卡米拉·庞，伦敦大学学院生物化学博士，从事转化生物信息学研究的博士后科学家。8岁时，卡米拉被诊断患有自闭症谱系障碍（ASD），26岁时被诊断患有多动症（ADHD），而焦虑也一直伴随着她。
树毛竹·2023-11-30 22:45

IF：4+ 鉴定与股骨头坏死软骨氧化应激相关的Hub基因和通路

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你75篇原创内容-->公众号现在肿瘤的文章已经很多很多了
90066456ace6·2023-11-30 00:53

国自然热点锁定

一年一度的国自然科学基金又要开始申请了，不管是科研大牛还是实验小白，也都开始摩拳擦掌的准备一展风采，生物信息个性化挖掘也成为大家科研工作中不可或缺的一部分。
概普生信·2023-11-29 20:39

【EI会议征稿】第四届生物信息学与智能计算国际学术研讨会（BIC 2024）

第四届生物信息学与智能计算国际学术研讨会（BIC2024）20244thInternationalConferenceonBioinformaticsandIntelligentComputing2024
搞科研的小刘选手·2023-11-29 20:17

r语言 相关性作图_R绘图：相关性分析与作图

公众号“生信小课堂”TCGA数据分析课程：生物信息学教学相关性分析是我们生信分析中必不可少的技能，单基因的批量相关性分析，可以用于做单基因的GO，KEGG富集分析和GSEA分析，也有多基因之间的相关性分析
知乎剧综·2023-11-29 03:32

加权基因共表达网络分析 (WGCNA）| 共表达网络模块构建 |生物信息学数据分析必备技能

一、前言1.1概念加权基因共表达网络分析(WGCNA,Weightedcorrelationnetworkanalysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法，可以用来鉴定高度协同变化的基因集,并根据基因集的内连性和基因集与表型之间的关联鉴定候补生物标记基因或治疗靶点。该分析方法旨在寻找协同表达的基因模块(module)，并探索基因网络与关注的表型之间的关联关系，以及网络中的核心基
小杜的生信筆記·2023-11-28 17:42

DNA 11. 识别肿瘤蛋白质三维结构上突变热点(HotSpot3D)

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你125篇原创内容-->公众号桓峰基因公众号推出基于基因组变异数据生信分析教程并配有视频在线教程
90066456ace6·2023-11-28 14:46

基于Qiime2处理Silva数据库

生物信息学习提示：仅供学习交流使用。
Biostudy-1005·2023-11-26 18:27

QIIME2进阶二_元数据及数据导入QIIME2

本节主要讲解如何将元数据与数据导入生物信息分析软件QIIME2，实现数据导入与检查。
环微分析·2023-11-26 18:54

QIIME2进阶三_用QIIME2实现对数据的质量控制

本文主要介绍了使用生物信息软件QIIME2中的DADA2与Deblur插件对扩增子基因序列进行质量控制。
环微分析·2023-11-26 18:54

QIIME2进阶五_QIIME2扩增子基因序列多样性分析

本节主要介绍了如何使用生物信息分析分析软件QIIME2对扩增子基因序列进行Alpha和Beta多样性分析，以及Alpha稀疏和深度选择。
环微分析·2023-11-26 18:54

QIIME2进阶一_用QIIME2解析序列，诠释生命

本文旨在介绍生物信息学软件QIIME2及其核心组成。2010年，美国科罗拉多大学的RobKnight教授（现单位美国加州大学圣地亚哥分校）团队发布QIIME（发音同chime）分析流程。
环微分析·2023-11-26 18:53

QIIME 2介绍

QIIME2（QuantitativeInsightsIntoMicrobialEcology2）是一个用于分析和解释微生物组数据的开源生物信息学工具。
qq_27390023·2023-11-26 18:51

纯生物信息学SCI文章好发吗？不好意思，很难了

如我题目所说，这次探讨的问题是纯生物信息学文章好不好发表。纯生物信息学最大的好处就是跳过了基础实验这个最大门槛，省去大量时间和精力，以至于同学们对生信发文的坚信程度达到了无比执着的境地。
医学程序研究·2023-11-26 10:34

计算最长公共子序列算法

概述最长公共子序列问题是计算机科学与技术领域中一个重要的问题，广泛应用于字符串匹配、版本控制、生物信息学等领域。解决最长公共子序列问题的动态规划算法具有高效、可靠的特点，因此被广泛采用。
大宝贱·2023-11-25 15:34

【金猿案例展】某国家级研究所——组学大数据分析平台建设

生物信息学经过近30年的发展，从最初的基因组数据的收集和存储，到利用数学建模和人工智能思想，挖掘数据背后的生物学意义、对样本数据进行合理分类、建立合理的二级和三级数据库，
数据猿·2023-11-24 20:46

生物信息学之玩转Linux---学习笔记（一)---生信技能树

Linux系统是进行生物信息学分析的基石，许多生物信息学软件都是基于Linux系统开发的。所以学习Linux对于生物信息学分析尤为重要。
LiuYueRR·2023-11-24 20:58

图神经网络的数学原理总结

许多现实生活问题使GDL成为万能工具：在社交媒体、药物发现、芯片植入、预测、生物信息学等方面都显示出了很大的前景。
金戈鐡馬·2023-11-24 18:41

【分子指纹】化学分子指纹的概念和应用

DrugDiscovToday｜化学分子指纹的概念和应用2022年9月13日，哈尔滨医科大学药物基因组信息学教研室陈秀杰教授、哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院解洪波副教授团队在期刊DrugDiscoveryToday
DJ.马·2023-11-24 12:45

成长礼4|耐药机制研究总结

总结了微生物的一些耐药机制，研究方法以及相关的生物信息软件，相信会让你对微生物耐药机制有个好的了解。抗生素是20世纪最重要
f70420f979c3·2023-11-24 08:41

STRING||蛋白互作数据库在线分析基因互作网络（PPI）

它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中挖掘的结果和综合其他数据库数据外，还有利用生物信息学的方法预测的结果。研究蛋白之间的相互作用网络，有助于挖掘核心的调控基因。
生信编程日常·2023-11-24 07:29

基于 Dash Bio 的生物信息学数据可视化

DashBio是面向生物信息学，且与Dash兼容的组件，它可以将生物信息学领域中常见的数据整合到Dash应用程序，以实现响应式的生物信息学数据可视化。
Python中文社区·2023-11-24 01:51

使用python处理生物信息数据（十）

Python学习的第十天，好些天没有学习python了。4月6号下午回武汉了，从汉口火车站下车，车站弥漫着消毒水的味道，有些疫情防控人员全副武装，有些工作人员引导我们扫码入地铁站，安静而肃杀的氛围，从没见过如此安静的武汉，回想过去的两个月武汉真是英雄的城市，进了地铁发现人不多，公交车转乘到住的小区，扫码登记进去了。今天主要学习如何使用类class管理复杂程序。写一个程序去计算孟德尔的豌豆实验中的表
你猜我菜不菜·2023-11-23 14:52

基因组组装----k-mer

k-mer：在生物信息学中，k-mers是包含在生物序列中的长度为k的子序列。比如序列：GTAGAGCTGT,根据k值不同，可得到以下k-mer。
bcl_hx·2023-11-23 12:16

C++干货分享

最全的C++资源大全，涵盖人工智能、音频、生物信息、压缩、密码学、机器学习、静态编译等多方面资源，分享给程序猿兄弟们，收藏起来吧~人工智能btsk：游戏行为树启动器工具https://github.com
??c++·2023-11-23 08:03

10+生信文章鉴赏：如何将靶点与癌症的关系研究透彻

该研究利用生物信息学的方法，在零实验的情况下，通过对shelterin在各种癌症中的表达、突变以及与免疫通路的关系，系统性的研究了shelterin作为靶点以及作为癌症标志物的可能性。
概普生信·2023-11-22 15:46

用python做生物信息数据分析（2-pysam）

写perl的思维，可能确实不能拿来学python。毕竟，python的裤子有很多。面向对象的语言，如果不好好穿裤子，怎么找对象？。手上要做的事情，需要解析sam，更或者bam文件。当然，如果有可能的话，还需要对SAM或者BAM进行排序！这个事情我在java写过，but，最后效率不如htsjdk，故最后还是打包了htsjdk。吸取这个教训，使用python的时候。第一步，先用pysam。pysam的
生信石头·2023-11-22 05:27

GEO数据挖掘-数据下载

断断续续学习生物信息也有一段时间了，因为做实验的缘故没办法系统学习，只能看大家的帖子一点点补充。俗话说的好，好记性不如烂笔头，为方便记忆，我就将每天用到的生信知识记录下来，加油！
活捉一只Sophie·2023-11-22 03:49

生物信息学之抗癌药物反应论文阅读六：DNN整合基因组谱

论文地址：Predictingdrugresponseoftumorsfromintegratedgenomicprofilesbydeepneuralnetworks利用深度神经网络预测整合基因组谱的肿瘤药物反应作者信息：Yu-ChiaoChiu1,Hung-IHarryChen1,2,TingheZhang2,SongyaoZhang2,3,AparnaGorthi1,Li-JuWang1,Y
Programming_miao·2023-11-22 03:58
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