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生物信息
linux怎么查看一个bam文件,Linux常规操作笔记
所使用的Linux系统是曾健明的服务器,服务器信息如下:/usr/local/bin/miniconda3/bin路径下面安装了
生物信息
学软件,可以使用全路径调用它们,或者添加该目录到环境变量。
谢兴豪
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2023-09-12 16:50
肝细胞癌中关键生物标志物的筛选和鉴定:来自
生物信息
分析的证据
摘要肝细胞癌是世界上最常见的癌症之一。人们对其病因进行了大量的研究,但对其分子机制尚不清楚。从基因表达综合数据库(GeneExpressionOmnibus,GEO)下载芯片数据集GSE19665、GSE33006和GSE41804,以确定肝癌发生和进展中的候选基因。鉴定差异表达基因(DEGs),并进行功能富集分析。构建蛋白-蛋白相互作用网络(PPI),并使用STRING和Cytoscape进行模
亦是旅人呐
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2023-09-11 11:30
天才在左疯子在右——果冻世界
甚至犬齿也比普通人发达,而且最有意思的是,尿液里居然会有大量的
生物信息
素,那是犬科动物的特有标志;狼孩鼻粘膜细胞也很发达——就是灵敏的嗅觉。
项工页
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2023-09-10 22:56
SCS【34】单细胞/T细胞/抗体免疫库数据分析(immunarch)
简介immunarch是专为分析T细胞受体(TCR)和B细胞受体(BCR)而设计的R包,主要为医学科学家和
生物信息
学家量身定制。
桓峰基因
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2023-09-10 20:13
数据分析
数据挖掘
Y叔要求职
余光创香港大学
生物信息
学博士,目前在港大从事博士后工作求职意向:副教授以上地点:主要意向是广州和深圳简历:https://guangchuangyu.github.io/resume/YGC.pdfgooglescholar
Y叔_HKU
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2023-09-10 14:45
[DEBUG] springboot+freemarker+shiro控制按钮的出现与隐藏
更多技术文章请访问我的博客园账户:点击这里那边会更新有关
生物信息
学,javaWeb,统计学理论和一些杂七杂八的记录:)leetcode刷题记录争取日更(github):点击这里部分敏感信息已打码。
陆书生
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2023-09-09 08:04
代号47 #02:出发
“
生物信息
已确认,黑豹启动。”黑豹,我的速度级战车,车内配置
未来的圣托里尼
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2023-09-09 02:18
单细胞数据库整理
celltypeMarker2.SingleCellPortal-BroadInstitute界面不是那么好用,数据应该含有挺多物种的,也包括人和小鼠的3.SingleCellExpressionAtlas-EMBL-EBI欧洲
生物信息
学中心
Seurat_Satija
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2023-09-08 17:32
Duplicate产生原因
Dup背景高通量测序检验流程可分为“实验室操作”(又称为“湿实验”)和“
生物信息
学分析”(又称“干实验”)两部分。
笺牒九州的怪咖
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2023-09-08 10:10
论文笔记_21范数:Efficient and Robust Feature Selection via Joint 2,1-Norms Minimization
Abstract特征选择在机器学习中非常重要,尤其是在
生物信息
学任务中。本文提出一种新的鲁棒特征选择方法,这一方法核心在于在损失函数核正则化项中联合使用21范数。
Lr_AI
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2023-09-08 01:27
生信自学历程
各位看官早上好、中午好、晚上好、凌晨好,本人是统计学学士,研究生转到了生理学,主要研究方向为表观遗传学,当然
生物信息
只是一门工具罢了。
生信大猫
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2023-09-06 15:26
kaks calculator批量计算多个基因的选择压力kaks值
欢迎来到"bio
生物信息
"的世界今天给大家带来“批量计算kaks值”的技能。关于kaks的背景知识我就不介绍了,感兴趣的自行搜索,这里直接开始讲怎么批量计算kaks值。
橙子牛奶糖
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2023-09-06 06:04
分子生物学2
生物信息
的传递——从mRNA到蛋白质蛋白质是基因表达的最终产物,它的生物合成包括:1,翻译的起始2,肽链的延伸3,肽链的终止及释放密码子的简并性按照1个密码子由3个核苷酸组成的原则,4种核苷酸可组成64
操控者
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2023-09-05 15:00
2021-04-01
度过了一个学期的大学生活,相比较于高中来说是要轻松很多,我们学的专业是
生物信息
专业,是一个前沿专业,目前的社会需求很大,但需要的是这门学科的顶尖人才。
傍晚收摊
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2023-09-04 04:20
生物数据库之专项数据库
它是关于基因、蛋白质、生化反应以及通路的综合
生物信息
数据库。由多个子库构成(图1.KEGG子库列表)。
yhh_hygge
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2023-09-03 11:30
生物基础知识---CDS,基因,Matlab
生物信息
工具箱
1.CDS(Sequencecodingforaminoacidsinprotein)蛋白质编码区2.每个基因中都有编码区与非编码区,其中真核生物编码区又含有外显子与内含子,但真核生物的基因中也有无内含子的例外.如组蛋白基因和干扰素基因就没有内含子.编码区为编码蛋白质的有效基因片段.非编码区不编码蛋白质。3.编码区是细胞DNA的一部分,基因分为:编码区,非编码区。编码区是指能够转录信使RNA的部分
素材积累
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2023-09-03 09:39
论文写作
csvtk | 命令行下表格统计分析、数据筛选、替换、整理神器
如同
生物信息
领域中的FASTA/Q格式一样,CSV/TSV作为计算机、数据科学和
生物信息
的基本格式,应用非常广泛。
生信师姐
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2023-09-03 03:18
捷报 | 求臻医学两地医学检验实验室满分通过此项室间质评
捷报近日,国家卫生健康委临床检验中心(NCCL)公布了2023年全国肿瘤体细胞突变高通量测序检测
生物信息
学分析室间质评结果,求臻医学北京、杭州两地医学检验实验室再度喜获佳绩,以满分的优异成绩通过本次考核
求小臻
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2023-09-03 00:35
求臻医学
室间质评
科技
关于样本方差为什么除以 n-1
今天上午集训摸鱼看到同学给我发的这个问题感觉挺有意思的感性理解这一部分的内容仅代表本蒟蒻没看严谨证明之前的个人见解,如果您想看严谨的证明,请翻到下一部分还是先把图放上来罢省的有人不知道讲的什么东西呃我知道这是生物竞赛的东西(不过
生物信息
学都开始教图论了我讲这玩意有什么问题
竹 子
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2023-09-02 22:38
随笔
概率论
学习
轰动学界的Nature重磅进展:生信研究迎来史诗级大爆发
2017年度人物均授予了CRISPR相关技术的突破,2020年CRISPR技术获得诺贝奖,短短不到十年时间CRISPR技术荣获最高学术荣誉随着高通量生物技术的发展,已经开发了多种组学技术来表征不同但互补的
生物信息
生信宝典
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2023-09-02 19:30
lintcode77 · 最长公共子序列【中等 动态规划】
该问题是典型的计算机科学问题,是文件差异比较程序的基础,在
生物信息
学中也有所应用。https://en.wikipedia.org
赵长辉
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2023-09-02 11:19
动态规划
算法
jupyter-lab介绍
作为一枚
生物信息
攻城狮,数据分析时经常需要写写代码和文档,相信同行对jupyter都有所了解,或者非常熟悉。
生信阿拉丁
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2023-09-02 03:03
《TCGA数据下载的终极篇》
NCI,美国国家癌症研究所)和NationalHumanGenomeResearchInstitute(NHGRI,国家人类基因组研究所)合作,在2006年建立的癌症研究项目,旨在运用高通量测序技术和
生物信息
学分析方法探究癌症
生信学霸
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2023-09-01 17:56
XP-CLR分析学习笔记
XP-CLR分析笔记
生物信息
学和遗传学是相互交织的两个学科,共同致力于解读生物体内复杂的基因信息。这些信息有助于理解物种的演化,疾病的起因,以及个体差异等方面。
生信分析笔记
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2023-09-01 10:05
后端
肿瘤科医师狂喜,15分RNA修饰数据挖掘文章
Biomamba荐语与这个系列的前面一些论文类似,这次给大家推荐的是一篇纯
生物信息
学数据挖掘的文章,换句话说,这又是一篇不需要支出科研经费(白嫖)的论文(当然,生信分析用的服务器还是得掏点费用的)。
Biomamba生信基地
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2023-08-30 07:04
文献速递
其他
数据挖掘
Day3 conda学习笔记——曹婕
内容主要包括
生物信息
学软件管理工具conda的简介和使用方法conda使用.pngcondapng.png
雪微笑
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2023-08-29 01:29
一文搞懂深度信念网络!DBN概念介绍与Pytorch实战
目录一、概述1.1深度信念网络的概述1.2深度信念网络与其他深度学习模型的比较结构层次学习方式训练和优化应用领域1.3应用领域图像识别与处理自然语言处理推荐系统语音识别无监督学习与异常检测药物发现与
生物信息
学二
TechLead KrisChang
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2023-08-28 15:04
人工智能
pytorch
人工智能
神经网络
深度学习
机器学习
免疫
生物信息
学数据库汇总||Immunoinformatics Databases
通过信息技术的进步而产生的大量生物技术数据,正在促进生物系统知识的扩大。这些创新改变了生物医学研究、开发和应用的方式。临床数据补充了生物数据,能够详细描述各种他健康和疾病的状态,进展和对治疗的反应。表示各种生物状态、过程及其时间依赖性的数据量使得能够研究生物系统EMS在不同层次的组织,从分子到有机体,甚至在种群水平。多种数据来源支持迅速增长的生物医学知识;然而,我们分析和解释这些数据的能力远远落后
周运来就是我
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2023-08-28 04:16
如何画出高级感的曼哈顿图,Manhattan++工具介绍
欢迎来到"bio
生物信息
"的世界BMCBioinformatics前几天发布了一个画曼哈顿图的工具Manhattan++,这个名字很好理解,Manhattan的升级版。
橙子牛奶糖
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2023-08-27 16:22
学习小组Day7笔记--Danny
image.png转录组数据处理,试一试这个教程测序技术原理及常用数据格式简介生信入门专题|Linux常用命令集
生物信息
学基本概念及常用数据库介绍
Danny_dddf
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2023-08-27 04:50
不好好做图的NSC系列(九):ggplot2重现Nature文章折线图+多图叠加
setwd("F:/
生物信息
学/NATURE折线图")A<-read.csv("折线图.csv",header=T)ggplot(A,aes(x=Day,y=val
KS科研分享与服务
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2023-08-24 09:37
数据科学资源整理
数据科学主要包括两个方面:用数据的方法研究科学和用科学的方法研究数据(好吧,这明显是在玩文字游戏~),前者包括
生物信息
学、天体信息学、数字地球等领域;后者包括统计学、机器学习、数据挖掘、数据库等领域。
小林梓
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2023-08-23 15:50
TCGA数据分析系列(二):LinkedOmics
欢迎关注公众号“生信小课堂”TCGA数据分析课程:
生物信息
学教学今天继续我们TCGA在线数据库系列。
生信小课堂
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2023-08-23 09:19
信号处理--基于EEG脑电信号的眼睛状态的分析
本实验为
生物信息
学专题设计小项目。项目目的是通过提供的14导联EEG脑电信号,实现对于人体睁眼和闭眼两个状态的数据分类分析。每个脑电信号的时长大约为117秒。
张哥coder
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2023-08-22 22:28
图像信号处理项目汇总
信号处理
人工智能
深度学习
2020-01-11 了解GeneBank格式
GenBank格式是最古老的
生物信息
学数据格式之一,最初是为了兼顾可读性和计算机处理的有些翱翔。具有所谓的固定宽度格式,其中前10个字符构成用作标识符的列,该行其余是与该标识符相对应的信息。
王子威PtaYoth
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2023-08-22 12:55
生物信息
学分析实用小技巧 :蛋白质可视化
PyMOL可视化蛋白质写在前面的上次推文介绍了如何用多种方法批量快速下载高通量测序数据,主要介绍了Aspera的用法和axel用法。这里再额外提一句,Aspera的使用需要足够的学习,学会如何解决报错,如何解决网络协议问题。这次我再介绍一个简单使用的软件——PyMOL的使用,昨天晚上,我的好朋友反馈给我说这个软件教程密密麻麻一堆,不知道如何下手。因为她的任务是做蛋白质结构的一些分析,分析过程中需要
宇宙实验媛
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2023-08-22 06:02
2020-09-15
改进和发展分析这些基因组并揭示其效用的方法在许多领域都具有重大意义,如比较和功能基因组学、进化和
生物信息
学。
Boowean
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2023-08-21 11:57
生物学研究中常见的统计检验方法(二:Wilcoxon test)
然而,在
生物信息
学分析中经常碰到不满足此假设的情况,例如比较两个基因在两组单细胞中的表达水平。
Bio_zouxudong
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2023-08-21 01:07
4 篇 NAR | 生物大数据时代,如何做好数据管理和再利用,发IF10+的数据库文章?...
生物信息
分析离不开数据资源和数据库,
生物信息
学数据库分类概览(第一版)系统梳理了常用功能数据库。
生信宝典
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2023-08-20 07:45
数据库
Linux基础入门 | 文件操作命令
最近很多师弟师妹和我讲,老师安排他们做
生物信息
学分析,但是不知道从何入手学习,每每翻开一本本厚厚的教程,总是提不起兴趣。
生信小王子
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2023-08-20 02:29
肿瘤
生物信息
学数据库
一、综合性肿瘤数据库1、TCGATheCancerGenomeAtlas(TCGA)TCGA是由美国国立癌症研究所(NCI)和国家人类基因组研究所资助,关注与癌症的发生和发展相关的分子突变图谱。该数据库主要对样本进行外显子组和基因组测序分析,所提供的数据包括:基因组拷贝数变化、表观遗传、基因表达谱、miRNA等。2、ICGCInternationalCancerGenomeConsortium(I
笺牒九州的怪咖
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2023-08-19 22:53
Cytoscape + STRING + cytoHubba 联合使用寻找hub基因
Cytoscape的安装和使用Cytoscape是一款非常优秀的
生物信息
分析软件,该软件可以在分析生物数据的时候提供图形化的操作方式,支持多种多种分析方式,可以选择分析网络,帮助用户对
米妮爱分享
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2023-08-19 13:14
Nextflow 快速搭建生信分析流程(一)
生物信息
分析中流程搭建是所有组学分析过程中必不可少的环节,目前市面上一些主流的生信类的公司(包括贝瑞、华大、诺禾等)在流程搭建过程中还主要依靠perl和python以及shell等命令进行流程的开发。
翌然小白
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2023-08-19 13:23
常用
生物信息
学在线分析工具汇总(记录中...)
数据库NCBI主站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/拟南芥:https://www.arabidopsis.org/AmiGO2STRINGPham序列比对、寻找同源蛋白、基因BLAST:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi获得蛋白氨基酸含量、等电点等参数ProParam:https://us.expasy.org/tools/
胜言_
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2023-08-19 00:34
《
生物信息
学生R入门教程》读书笔记 Chapter 8
这一章讲述了上游分析QC1.barcode/adaptor的影响人们常用的去除adaptor的软件有cutadapt、skewer等,但是近年来后起之秀TrimGalore因为其使用简单,会自动侦测adaptor而受到越来越多的欢迎。原始的fastq文件往往是包含adaptor以及barcode的。如果不去除adaptor将会对下游的mapping产生影响。如果5'端存在adaptor的话,影响会
小潤澤
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2023-08-18 13:21
对于
生物信息
的几款软件的深究
NCBI-BLASTSRA-ToolkitHISAT2用来rna-seqbwa用来DNA环境变量:envexport显示变量值:echo$变量名变量名之前一定要有$echo才能讲变量名替换成实际变量值vim~/.bashrc[G跳转最后一行、shift+g]echo$PATH启动环境:sourceactivate添加镜像源:condaconfig-addcondaconfig--show查看已有环
c4d82bfede08
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2023-08-18 04:52
2018-01-09
今日完成1.
生物信息
实验报告(妈呀,终于写完了……)。2.跑步20分钟。明日计划1.背一篇英语课文。2.上午和宇哥去开会,买数据线。3.看完毛概大纲。4.晚上跑步。别找我出去玩儿……
王小沫的日记
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2023-08-17 20:21
PSP - 配置 AlphaFold2 的高效 Tensorflow 运行环境
DeepMind和EMBL的欧洲
生物信息
学研究所合作,创建AlphaFo
SpikeKing
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2023-08-17 18:51
AI
for
Biotech
python
开发语言
深度学习
人工智能
pytorch
生信学习第一天
今天开始学习
生物信息
学,总结下来貌似有几点:1.关注几个重要的
生物信息
学的公众号,当然包括生信星球。
流金岁月BIO
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2023-08-16 17:44
百日筑基篇——差异基因分析DESeq2包(R语言初识六)
差异基因分析是
生物信息
学中常用的一种分析方法,用于比较不同样本之间基因表达
星石传说
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2023-08-16 13:13
R语言篇
r语言
开发语言
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