生物信息第3页

2022-09-28

癌症基础和转化研究中的大数据，影响诊断和治疗决策原创榴莲不酥图灵基因2022-09-2810:09发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：榴莲不酥IF=69.800推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：大数据分析、生物信息学和人工智能的结合使人们对癌症生物学的基本理解和转化取得了显著进展

图灵基因·2024-01-15 04:20

.【机器学习】隐马尔可夫模型（Hidden Markov Model，HMM）

概率图模型可以用于机器学习，人工智能，自然语言处理，计算机视觉，生物信息学等领域。一、马尔科夫模型随机过程马尔科夫过程马尔科夫链状态转移矩阵通过训练样本学习得到，采

十年一梦实验室·2024-01-14 06:52

用R语言随便编一个模拟fasta序列

在生物信息学中，FASTA格式（又称为Pearson格式），是一种基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。

小贝学生信·2024-01-12 22:31

这个工具让你５分钟搞定GSEA分析！还不来看看？

初步的生物信息分析可能已经给我们提供了它们之间的差异倍数，P值等等。接下来我们可以使用在线工具对基因表达的分布进行分析。这里提供一个最近更新的简单又快捷，不需要安装的在线分析工具。

科研小行星·2024-01-11 15:56

使用R获取DNA的反向互补序列

我这里只是想结合R语言来解决我们生物信息里面的一些小问题，帮助大家理解R。我们还是用上次的DNA序列来举例DNA='ATTTAGCGATGCGGCTATGCTATCGGA'如果大家只是想解决这

生信交流平台·2024-01-11 10:40

《未来简史》

如果能在两年前就接触到分子生物学并由此领悟到生命的算法，我一定会选择考生物信息学（青岛大学生物信息学要我我没去）。就像图二《人人都是产品经理》暗示从化学转行到生物医药的我再转行到生物信息学一样。

1379号监听者·2024-01-11 07:16

非负矩阵分解(NMF)的几个相关运用

>非负矩阵分解NMF介绍<本文列出了几项在生物信息学和神经影像学领域中应用NMF分析的研究。应该是最早将NMF运用到微阵列(Microarray)数据上的文章。

懒麻蛇·2024-01-11 02:04

【MOOC-生物信息学-序列比较】

一、认识序列FASTA格式第一行：“＞”+名称或其他注释第二行及以后：字符串表示序列二、序列的相似性1.序列相似的重要性相似的序列往往起源于同一个共同的祖先序列，它们很可能有相似的空间结构和生物学功能，即相似的序列->相似的结构->相似的功能可用序列相似、结构功能已知的蛋白质推测当前仅知道序列的蛋白质2.一致度与相似度一致度（identity）：如果两个序列（蛋白质或核酸）长度相同，那么它们的一致

HuangXinyue1017·2024-01-11 01:16

从单细胞数据分析的最佳实践看R与Python两个阵营的博弈

R与Python，在生物信息学领域的博弈异常激烈。许多生信分析，两个阵营都发展出了自己的方法，比如单细胞数据分析，R有Seurat，Python就有Scanpy。

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-10 16:22

生物信息学软件：两种风格

生物信息学目前有两种极为不同的手段：一种是基于网络的工具，另一种是基于命令行的工具。基于网络的工具有时也被称为“点击工具”，使用这些工具并不需要具备编程知识，可以直接上手使用。

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-10 16:52

生物信息学中的可重复性研究

在生物信息学领域，这意味着如下内容。工作流应该有据可查。这可能包括在电脑中保留文本文档以便复制和粘贴复杂命令、网址或其他形式的数据。

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-10 16:50

生物信息百Jia软件（八）：blat

点评blat也是学习生物信息需要掌握的一款工具。blat与blast其实是不同的，虽然都是局部比对工具，但是blat实现了“多对一”的比对，也就是能将不同的外显子定位到同一个基因上。

基因学苑·2024-01-10 10:46

如何删除有90%以上一致性的序列

写在前面的话：本人是一枚生物学的学生，由于对生物信息学特别感兴趣，于是想自学生物信息学（新手莫怪）。了解到生物信息学要有编程基础，尤其是要会一门编程语言，例如：R语言、Python、P

天明豆豆·2024-01-09 18:40

Python在医疗治疗手段方面】

Python在医疗治疗手段方面有很多应用，以下是一些常见的例子：数据分析和预测：Python可以用于处理和分析大量的医疗数据，如患者病历、医药数据、生物信息等。

python无人驾驶医学芯片·2024-01-07 09:52

2022-05-18

CanDisc|基于复发性癌基因共变异的精准联合疗法图灵基因图灵基因2022-05-1813:24收录于合集#前沿分子生物学技术德克萨斯大学MD安德森癌症中心的科学家报告了一种新型生物信息学平台的开发，

图灵基因·2024-01-07 05:56

利用 bioconda 管理生物信息软件

1了解conda，anaconda，miniconda，bioconda套娃1.1condaconda是一个软件模块管理工具，也是一个可执行命令，其核心功能是包管理与环境管理，可以用来管理Python,R,Ruby,Lua,Scala,Java,JavaScript,C/C++,FORTRAN等语言的模块。在python中使用比较多，有点类似于pip工具。conda的用途：快速安装、运行和升级包及

一只小蛮要·2024-01-07 03:53

生信人的自我修养：Linux 命令速查手册

如果你对生物信息学感兴趣，欢迎在公众号或知乎关注我。博客：

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-05 13:27

《智能材料与结构系统笔记》

复合材料|||智能材料材料科学的发展特点：超纯化、量子化、复合化、智能化、可设计化材料科学的发展实质上就是材料的复合化和智能化过程材料的智能化，包括材料功能的复合化和材料的仿生化材料的智能化体现在：√生物信息化

酌逝·2024-01-05 03:26

【生物信息学】层次聚类过程

文章目录一、理论二、实践过程1过程2一、理论层次聚类是一种基于树状结构的聚类方法，它试图通过在不同层次上逐步合并或分裂数据集来构建聚类结构。这个树状结构通常被称为“树状图”（dendrogram），其中每个节点代表一个数据点或一组数据点，而连接节点的分支表示聚类的形成过程。下面是层次聚类的一般原理：距离矩阵计算：首先，计算数据集中每对数据点之间的距离。这可以是欧氏距离、曼哈顿距离、相关性等

QomolangmaH·2024-01-04 09:09

「摸鱼快报008」看不懂机器学习西瓜书? 没关系, 南瓜书来帮你!

摸鱼快报是一档我拍脑袋想出来的致力于轻量化地收集优质生物信息学及相关领域资料带给大家的小栏目,力求废话不多,干货为王.下面内容引用自官方github首页,帮助你快速了解推出南瓜书的目的:“周志华老师的《

卖萌哥·2024-01-04 07:51

生信数据类型

生信是指生物信息学，是研究生物大数据的采集、存储、分析和解释的学科领域。

m1chiru·2024-01-03 23:39

ExpHunterSuite

ExpHunterSuite是一种用于基因表达数据分析的生物信息学工具套件。它可以用于从高通量测序数据中提取差异表达基因，并对其进行注释和功能富集分析。

m1chiru·2024-01-03 23:09

聚类算法介绍

聚类算法在数据挖掘、图像分割、文本分类、生物信息学等领域都有广泛的应用。

亦旧sea·2024-01-03 21:06

个人电子银行的新机会？！

生物信息

木小6·2024-01-03 05:45

生信人的20个R语言习题-高级

R包：数据包：ALL,CLL,pasilla,airway软件包：limma，DESeq2，clusterProfiler工具包：reshape2绘图包：ggplot2不同领域的R包使用频率不一样，在生物信息学领域

DrKu·2024-01-02 17:56

R语言绘制精美漂亮截断图教程 | 代码重复 | （收藏篇）

收藏篇）R语言绘制截断图教程教程视频：R语言绘制精美漂亮截断图教程|代码重复|（收藏篇）-知乎(zhihu.com)R语言绘制漂亮截断图教程|代码重复“小杜的生信筆記”公众号、知乎、平台，主要发表或收录生物信息学的教程

小杜的生信筆記·2024-01-02 08:26

bioconda中国镜像(北外备用，清华已恢复，中科大暂时没恢复)

bioconda是conda上一个分发生物信息软件的频道，现在已经有超过2700款软件。由于国内没有基镜像，下载安装生物信息软件速度十分缓慢，经常中断，生物信息人迫切需要一个国内镜像。

zd200572·2024-01-01 19:24

序列比对简介1

序列比对是生物信息学中非常重要的一部分，它可以帮助我们识别DNA、RNA和蛋白质序列中的相似性和差异性，从而推测它们在生物体内的功能。比对两个序列最简单的方法是将它们放在一起，并逐个字符进行比较。

Bioinfotec·2024-01-01 10:37

2021-美国驻北京领事馆J1面签保姆教程

大家好，我是5.7日北京使馆上午面签，J1，生物信息专业，非CSC资助，具体过程如下：1）多久去合适，排队情况。截止目前，北京使馆基本没有排队，只要提前半小时到就可以，如实在不放心，可提前1小时。

Richard_b0a1·2023-12-31 13:12

TBtools | 快速（以分钟计）且准确地获取家族进化分支成员

写在前面生物信息数据下游分析，是一个非常复杂，且几乎没有也不可能流程化的操作。究其原因，但凡贴近生物学问题，需要更多生物学视角，甚至是研究人员的直觉。

生信石头·2023-12-31 12:04

2023最后一个工作日

2023年教程汇总|《小杜的生信笔记》「小杜的生信筆記」，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!!

小杜的生信筆記·2023-12-30 15:08

——生物信息学了解一下

别担心，来到重庆邮电大学生物信息学专业上述愿望统统帮您实现！

Yolanda_44ad·2023-12-30 09:59

学学这篇免疫浸润文章和作者一样发5+分

科研菌·2023-12-29 23:21

BED 文件格式 chip-seq m6a数据可视化会用到

//bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/general-usage.htmlBED格式（BrowserExtensibleDataformat）是一种在生物信息学中广泛使用的文本文件格式

生信小博士·2023-12-29 19:10

NVIDIA 英伟达发布H100 GPU，水冷服务器适配在路上

导语1.GPU的价值不止体现在深度学习，在高性能计算、人工智能、生物信息、分子模拟、计算化学、材料力学、系统仿真、流体力学、机械设计、生物制药、航空动力、地质勘探、气候模拟等领域，算法越来越复杂，需要处理的海量数据越来越巨大

蓝海大脑GPU·2023-12-28 15:20

云鹏农学实习报告

寒假结束，2月25号，我来到了我实习老师赵彦宏老师的办公室，从此开始了我三个月的实习生活；我自己给自己定的目标有三个：1、在校实习三个月，必须完成毕业论文；2、学习到生物信息学专业知识，自己可以处理数据

8云8·2023-12-27 05:14

Python&aconda系列：conda踩坑总结（deeptools 篇）

base环境第三步，灵活设置优先级第四步，确定要装的软件和哪个版本的python适配,创建环境第五步，激活环境并进入，调取帮助文档查看软件是否安装成功二.conda安装软件与环境管理利用bioconda安装生物信息软件安装指定版本的软件使用

坦笑&&life·2023-12-26 23:20

机器学习中的强学习器：AdaBoost算法详解

错误率与权重更新3.AdaBoost的工作流程3.1初始化权重3.2训练弱学习器3.3更新样本权重3.4构建强学习器4.AdaBoost的优缺点4.1优点4.2缺点5.应用场景5.1图像识别5.2语音处理5.3生物信息学

轩Scott·2023-12-26 11:21

生物信息神奇网站系列（十二）：机器学习数据集

天天都被媒体的大数据，机器学习，人工智能忽悠，但是常言道“巧妇难为无米之炊”，要实现这些，数据才是重点；有时候想测试一些算法，手头没有现成的测试数据也比较麻烦。不过，加州大学欧文分校提供了一个机器学习的数据集，可以从中下载大量数据，用于机器学习研究。十二：加州大学欧文分校机器学习数据集http://archive.ics.uci.edu/ml/index.php1、登录网站，可以看到“Welcom

基因学苑·2023-12-26 09:34

R语言处理缺失值之naniar包

医学和生信笔记·2023-12-26 06:14

解读！测序中的常用名词（转载）

转自欧易生物微信号：利用生物信息分析大数据在论文发表中占据了举足轻重的地位，尤其是在高通量测序越来越便宜的今天，但是测序分析中各种名词仍令很多小菜或非生物信息专业的人抓狂。

M78_a·2023-12-26 02:36

这个只需一步就可做富集分析的网站还未发表就被CNS等引用超过350次

Metascape专门为生物学者设计的基因富集分析网站image一、Metascape简介Metascape（http://metascape.org/）是一个功能强大的基因功能注释分析工具，能帮助用户将当前流行的生物信息学分析方法应用到批量基因和蛋白质的分析中

生信宝典·2023-12-25 22:07

决策曲线分析DCA用于lasso回归/随机森林

主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。前面介绍了超多DCA的实现方法，基本上常见的方法都包括了，代码和数据获取方法也给了大家。

医学和生信笔记·2023-12-23 21:29

遗传图谱应用分析案例：菊花高密度遗传图谱的构建和花型相关位点的鉴定【百迈客生物】

遗传图谱遗传图谱（Geneticmap），是基于全基因组重测序技术或简化基因组测序技术，对某物种家系样本进行测序，利用生物信息学方法，开发SNP分子标记，计算标记间的遗传连锁距离，绘制高密度遗传图谱。

百迈客生物·2023-12-23 03:06

生物信息神奇网站系列（十六）：Notebook Gallery

前面我们已经介绍过过不少Gallery，包括R绘图与Python绘图，见下面链接。现在python越来越火了，而JupyterNotebook工具可以极大方便python的学习，可以将代码与执行结果合二为一，非常方便文章的书写。NotebookGallery网站收集大量利用JupyterNotebook书写的文档，方便python学习。十六：NotebookGalleryhttp://nb.bia

基因学苑·2023-12-22 23:13

TCR-seq数据分析(一)

该方法诞生的目的就是用生物信息学手段来全面高速地分析高通量测序技术检测靶向扩增后的T细胞抗原识别决定性表面分子，即T细胞受体多样性的检测技术，用以揭示机体在生理和病理状态下T细胞介导的细胞免疫应答状态

生信云笔记·2023-12-21 13:08

近日二三感悟 - 生物信息？

第一则-关于生物信息入门？image.png第二则-关于生物信息就业？image.png文本信息如下分享于20180910这两天可能对外说的话有点多啦。

生信石头·2023-12-20 15:53

生物信息学R分析工具包ggkegg的详细使用方法

ggkegg介绍ggkegg是一个用于生物信息学研究的工具，可以用于分析和解释基因组学数据，并将其与已知的KEGG数据库进行比较。

小果运维·2023-12-20 14:22

2021-01-26基因ID+TMP

基因ID总参考-医学生物信息学数据库常用：基因名称例如:TP53,RNF180。这样的名字，是这个基因功能+编号的简写。

小森的生统笔记·2023-12-20 00:15

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 1

前言最近在阅读欧剑虹老师《生物信息学生R入门教程》非常适合于刚入手NGS的初学者使用，这里我仅做我个人的读书笔记使用本书分为八个章节：1.R/Bioconductor简介2.基因芯片的数据分析3.RNA-seq

小潤澤·2023-12-19 19:08

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