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生物信息
MCM备赛笔记——图论模型
图论的模型广泛应用于计算机科学、通信网络、社会网络、
生物信息
学、城市交通规划等多个领域。图论的基本模型无向图:顶点之间的边没有方向。无向图常用于表示双向关系,如社交网络中的友谊关系。
我我我想出去玩
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2024-01-21 10:47
数学建模
笔记
图论
数学建模
GenTree:基因进化和功能分析
欢迎来到"bio
生物信息
"的世界GenTree是一个集合多种数据的在线数据库。总共涉及的基因有63152个,蛋白质编码基因有20300个。评估基因年龄用的是UCSC数据库的14个支系。
橙子牛奶糖
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2024-01-19 16:36
三个月自我更新计划(第5周)
1)书籍阅读方面:《
生物信息
学》本周完成第13章的第3节第2和第3小节+第4节3个小节,共5个小节,20页;计划安排7天,每天2-3页或1个小节。
Diamondbacks
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2024-01-19 12:48
序列比对原理
在
生物信息
学研究中,序列比对是一个非常基础的问题,在很多研究中都会用到。
生信自修室
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2024-01-18 05:40
生物信息
百Jia软件(21):hisat2
欢迎订阅WX众号:基因学苑,更多精彩内容等你发掘!基因学苑Q群:32798724编者按现在的软件更新实在太快了,光是转录组用来比对的软件就有很多,bowtie,tophat,star,现在又有hisat以及hisat2,这款软件居然不叫tophat3。又得重新学习,好在万变不离其宗,短序列比对如何变化,都离不开基本的规律,因此,学习原理还是很重要的。一、功能分类:转录组短序列比对二、软件官网:ht
基因学苑
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2024-01-17 21:53
学习小组Day1笔记--Xiaofan1991
直到在微信上看到了很多
生物信息
的文章,被其吸引,为其着迷,有
xiaofan1991
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2024-01-17 10:22
推荐一本
生物信息
学相关在线电子书
我是在找snakemake参考资料的时候找到的这本在线电子书,链接是https://eriqande.github.io/eca-bioinf-handbook/image.png查了下作者的信息,这个是作者的主页https://eriqande.netlify.app/image.png全书总共29个章节,但是其中某些章节还没有写完image.pngimage.png前面14个章节介绍了linu
小明的数据分析笔记本
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2024-01-16 20:10
研究生生活二三感悟 - 合格的老师?合格的学生?
或者是
生物信息
相关,或者无关或者是软件推广,或者就是TBtools或者干脆就
生信石头
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2024-01-16 16:59
会议 | 宏基因组和
生物信息
学进行病原检测的进展和未来
文献信息文章:Currentprogressandfutureopportunitiesinapplicationsofbioinformaticsforbiodefenseandpathogendetection:reportfromtheWinterMid-AtlanticMicrobiomeMeet-up,CollegePark,MD,January10,2018杂志:Microbiome时
胡童远
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2024-01-16 07:41
生物信息
学之同源性、相似性、一致性和直旁系同源
作为
生物信息
学中序列分析方面的核心概念,话不多说直接上核心内容:同源性:具有共同进化祖先的两条序列称为同源序列。同源性没有程度之分,要么是同源,要么非同源,高度同源这种说法是错误的。
AIzealot无
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2024-01-16 02:33
生物信息学
序列
生物信息
学及其研究方向与应用
生物信息
学是生物er在AI以及cs时代的出路,所以AI以及生信一定是生物er的出路,21世纪的生物只有和最具生产力的行业结合,才能爆发出生命力,哦不,拿到高薪。
AIzealot无
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2024-01-16 02:32
生物信息学
计算生物学
生物
生物信息
学之序列比对
从事
生物信息
学方面的研究利用了有生产力的CS方面的技术来研究生物领域的内容。当研究基因和蛋白质时,常常涉及到专有名词——序列比对。何为序列比对呢?
AIzealot无
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2024-01-16 02:02
程序猿的基本素养
生物信息学
序列比对
同源序列
科研绘图(四)火山图
火山图是
生物信息
学中常用的一种图表,用来显示基因表达数据的变化。
BZD数模社
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2024-01-15 20:55
科研绘图
python
开发语言
数学建模
绘图
火山图
基础分子结构(1): exon, intron, CDS, ORF, 3',5'-UTR
分子生物学的基础知识对正确运用
生物信息
学工具有着举足轻重的作用。因此我想对其中重要的概念进行学习。
逐鸿
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2024-01-15 17:57
FigDraw 2. SCI 文章绘图必备 R 语言基础
点击关注,桓峰基因桓峰基因
生物信息
分析,SCI文章撰写及
生物信息
基础知识学习:R语言学习,perl基础编程,linux系统命令,Python遇见更好的你70篇原创内容-->公众号关注公众号,桓峰基因,每天更新不停歇
90066456ace6
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2024-01-15 07:04
生物信息
模型
COX回归COX回归模型,又叫做“比例风险回归模型”。该模型以生存结局和生存时间为因变量,分析某些因素对生存期的影响,能分析带有截尾生存时间的资料,并且不需要估计生存资料袋分布类型。可以检查特定因素在特定时间点是如何影响特定事件(例如死亡,感染)的发生率。这个速度通常被称为危险率(HR,hazardratio)。HR>1:危险致病因素;HR1);哪些因素是导致危险率减少的主要因素(HR<1),根据
小潤澤
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2024-01-15 04:52
2022-09-28
癌症基础和转化研究中的大数据,影响诊断和治疗决策原创榴莲不酥图灵基因2022-09-2810:09发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文:榴莲不酥IF=69.800推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:大数据分析、
生物信息
学和人工智能的结合使人们对癌症生物学的基本理解和转化取得了显著进展
图灵基因
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2024-01-15 04:20
.【机器学习】隐马尔可夫模型(Hidden Markov Model,HMM)
概率图模型可以用于机器学习,人工智能,自然语言处理,计算机视觉,
生物信息
学等领域。一、马尔科夫模型随机过程马尔科夫过程马尔科夫链状态转移矩阵通过训练样本学习得到,采
十年一梦实验室
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2024-01-14 06:52
机器学习
人工智能
用R语言随便编一个模拟fasta序列
在
生物信息
学中,FASTA格式(又称为Pearson格式),是一种基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。
小贝学生信
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2024-01-12 22:31
这个工具让你5分钟搞定GSEA分析!还不来看看?
初步的
生物信息
分析可能已经给我们提供了它们之间的差异倍数,P值等等。接下来我们可以使用在线工具对基因表达的分布进行分析。这里提供一个最近更新的简单又快捷,不需要安装的在线分析工具。
科研小行星
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2024-01-11 15:56
科研数据库
GSEA
GSEA分析
使用R获取DNA的反向互补序列
我这里只是想结合R语言来解决我们
生物信息
里面的一些小问题,帮助大家理解R。我们还是用上次的DNA序列来举例DNA='ATTTAGCGATGCGGCTATGCTATCGGA'如果大家只是想解决这
生信交流平台
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2024-01-11 10:40
《未来简史》
如果能在两年前就接触到分子生物学并由此领悟到生命的算法,我一定会选择考
生物信息
学(青岛大学
生物信息
学要我我没去)。就像图二《人人都是产品经理》暗示从化学转行到生物医药的我再转行到
生物信息
学一样。
1379号监听者
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2024-01-11 07:16
非负矩阵分解(NMF)的几个相关运用
>非负矩阵分解NMF介绍<本文列出了几项在
生物信息
学和神经影像学领域中应用NMF分析的研究。应该是最早将NMF运用到微阵列(Microarray)数据上的文章。
懒麻蛇
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2024-01-11 02:04
矩阵
机器学习
线性代数
人工智能
【MOOC-
生物信息
学-序列比较】
一、认识序列FASTA格式第一行:“>”+名称或其他注释第二行及以后:字符串表示序列二、序列的相似性1.序列相似的重要性相似的序列往往起源于同一个共同的祖先序列,它们很可能有相似的空间结构和生物学功能,即相似的序列->相似的结构->相似的功能可用序列相似、结构功能已知的蛋白质推测当前仅知道序列的蛋白质2.一致度与相似度一致度(identity):如果两个序列(蛋白质或核酸)长度相同,那么它们的一致
HuangXinyue1017
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2024-01-11 01:16
生物信息学
从单细胞数据分析的最佳实践看R与Python两个阵营的博弈
R与Python,在
生物信息
学领域的博弈异常激烈。许多生信分析,两个阵营都发展出了自己的方法,比如单细胞数据分析,R有Seurat,Python就有Scanpy。
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-10 16:22
数据分析
r语言
python
数据挖掘
开发语言
生物信息
学软件:两种风格
生物信息
学目前有两种极为不同的手段:一种是基于网络的工具,另一种是基于命令行的工具。基于网络的工具有时也被称为“点击工具”,使用这些工具并不需要具备编程知识,可以直接上手使用。
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-10 16:52
生物信息
学中的可重复性研究
在
生物信息
学领域,这意味着如下内容。工作流应该有据可查。这可能包括在电脑中保留文本文档以便复制和粘贴复杂命令、网址或其他形式的数据。
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-10 16:50
生物信息
百Jia软件(八):blat
点评blat也是学习
生物信息
需要掌握的一款工具。blat与blast其实是不同的,虽然都是局部比对工具,但是blat实现了“多对一”的比对,也就是能将不同的外显子定位到同一个基因上。
基因学苑
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2024-01-10 10:46
如何删除有90%以上一致性的序列
写在前面的话:本人是一枚生物学的学生,由于对
生物信息
学特别感兴趣,于是想自学
生物信息
学(新手莫怪)。了解到
生物信息
学要有编程基础,尤其是要会一门编程语言,例如:R语言、Python、P
天明豆豆
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2024-01-09 18:40
Python在医疗治疗手段方面】
Python在医疗治疗手段方面有很多应用,以下是一些常见的例子:数据分析和预测:Python可以用于处理和分析大量的医疗数据,如患者病历、医药数据、
生物信息
等。
python无人驾驶 医学芯片
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2024-01-07 09:52
python
开发语言
2022-05-18
CanDisc|基于复发性癌基因共变异的精准联合疗法图灵基因图灵基因2022-05-1813:24收录于合集#前沿分子生物学技术德克萨斯大学MD安德森癌症中心的科学家报告了一种新型
生物信息
学平台的开发,
图灵基因
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2024-01-07 05:56
利用 bioconda 管理
生物信息
软件
1了解conda,anaconda,miniconda,bioconda套娃1.1condaconda是一个软件模块管理工具,也是一个可执行命令,其核心功能是包管理与环境管理,可以用来管理Python,R,Ruby,Lua,Scala,Java,JavaScript,C/C++,FORTRAN等语言的模块。在python中使用比较多,有点类似于pip工具。conda的用途:快速安装、运行和升级包及
一只小蛮要
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2024-01-07 03:53
生信人的自我修养:Linux 命令速查手册
如果你对
生物信息
学感兴趣,欢迎在公众号或知乎关注我。博客:
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-05 13:27
linux
java
shell
python
大数据
《智能材料与结构系统笔记》
复合材料|||智能材料材料科学的发展特点:超纯化、量子化、复合化、智能化、可设计化材料科学的发展实质上就是材料的复合化和智能化过程材料的智能化,包括材料功能的复合化和材料的仿生化材料的智能化体现在:√
生物信息
化
酌逝
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2024-01-05 03:26
【
生物信息
学】层次聚类过程
文章目录一、理论二、实践过程1过程2一、理论 层次聚类是一种基于树状结构的聚类方法,它试图通过在不同层次上逐步合并或分裂数据集来构建聚类结构。这个树状结构通常被称为“树状图”(dendrogram),其中每个节点代表一个数据点或一组数据点,而连接节点的分支表示聚类的形成过程。 下面是层次聚类的一般原理:距离矩阵计算:首先,计算数据集中每对数据点之间的距离。这可以是欧氏距离、曼哈顿距离、相关性等
QomolangmaH
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2024-01-04 09:09
人工智能
「摸鱼快报008」看不懂机器学习西瓜书? 没关系, 南瓜书来帮你!
摸鱼快报是一档我拍脑袋想出来的致力于轻量化地收集优质
生物信息
学及相关领域资料带给大家的小栏目,力求废话不多,干货为王.下面内容引用自官方github首页,帮助你快速了解推出南瓜书的目的:“周志华老师的《
卖萌哥
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2024-01-04 07:51
生信数据类型
生信是指
生物信息
学,是研究生物大数据的采集、存储、分析和解释的学科领域。
m1chiru
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2024-01-03 23:39
数据库
ExpHunterSuite
ExpHunterSuite是一种用于基因表达数据分析的
生物信息
学工具套件。它可以用于从高通量测序数据中提取差异表达基因,并对其进行注释和功能富集分析。
m1chiru
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2024-01-03 23:09
学习方法
聚类算法介绍
聚类算法在数据挖掘、图像分割、文本分类、
生物信息
学等领域都有广泛的应用。
亦旧sea
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2024-01-03 21:06
算法
聚类
支持向量机
个人电子银行的新机会?!
生物信息
木小6
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2024-01-03 05:45
生信人的20个R语言习题-高级
R包:数据包:ALL,CLL,pasilla,airway软件包:limma,DESeq2,clusterProfiler工具包:reshape2绘图包:ggplot2不同领域的R包使用频率不一样,在
生物信息
学领域
DrKu
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2024-01-02 17:56
R语言绘制精美漂亮截断图教程 | 代码重复 | (收藏篇)
收藏篇)R语言绘制截断图教程教程视频:R语言绘制精美漂亮截断图教程|代码重复|(收藏篇)-知乎(zhihu.com)R语言绘制漂亮截断图教程|代码重复“小杜的生信筆記”公众号、知乎、平台,主要发表或收录
生物信息
学的教程
小杜的生信筆記
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2024-01-02 08:26
bioconda中国镜像(北外备用,清华已恢复,中科大暂时没恢复)
bioconda是conda上一个分发
生物信息
软件的频道,现在已经有超过2700款软件。由于国内没有基镜像,下载安装
生物信息
软件速度十分缓慢,经常中断,
生物信息
人迫切需要一个国内镜像。
zd200572
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2024-01-01 19:24
生物信息
biconda
tuna
mirror
anaconda
序列比对简介1
序列比对是
生物信息
学中非常重要的一部分,它可以帮助我们识别DNA、RNA和蛋白质序列中的相似性和差异性,从而推测它们在生物体内的功能。比对两个序列最简单的方法是将它们放在一起,并逐个字符进行比较。
Bioinfotec
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2024-01-01 10:37
算法
2021-美国驻北京领事馆J1面签保姆教程
大家好,我是5.7日北京使馆上午面签,J1,
生物信息
专业,非CSC资助,具体过程如下:1)多久去合适,排队情况。截止目前,北京使馆基本没有排队,只要提前半小时到就可以,如实在不放心,可提前1小时。
Richard_b0a1
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2023-12-31 13:12
TBtools | 快速(以分钟计)且准确地获取家族进化分支成员
写在前面
生物信息
数据下游分析,是一个非常复杂,且几乎没有也不可能流程化的操作。究其原因,但凡贴近生物学问题,需要更多生物学视角,甚至是研究人员的直觉。
生信石头
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2023-12-31 12:04
2023最后一个工作日
2023年教程汇总|《小杜的生信笔记》「小杜的生信筆記」,主要发表或收录
生物信息
学的教程,以及基于R的分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!!
小杜的生信筆記
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2023-12-30 15:08
R语言精美图形绘制教程
r语言
开发语言
3D热图
热图
热图绘制教程
生物信息学
R语言
——
生物信息
学了解一下
别担心,来到重庆邮电大学
生物信息
学专业上述愿望统统帮您实现!
Yolanda_44ad
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2023-12-30 09:59
学学这篇免疫浸润文章和作者一样发5+分
Anovelimmune-relatedgenesprognosisbiomarkerformelanoma-associatedwithtumormicroenvironment.在文章中作者构建了基于8个IRGs的黑色素瘤预后分类器模型,而且进行了全面的
生物信息
学分析
科研菌
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2023-12-29 23:21
BED 文件格式 chip-seq m6a数据可视化会用到
//bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/general-usage.htmlBED格式(BrowserExtensibleDataformat)是一种在
生物信息
学中广泛使用的文本文件格式
生信小博士
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2023-12-29 19:10
信息可视化
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