生物信息第8页

复现《nature communications》图表（四）：ggplot画多组富集气泡图

setwd("F:/生物信息学")A%as.data.frame()%>%mutate(group=rep(c("cluster1","cluste

KS科研分享与服务·2023-09-28 04:58

GEO生信数据挖掘（一）数据集下载和初步观察

本文以阿尔兹海默症数据集GSE1297为例目录GEOquery简介安装并加载GEOquery包getGEO函数获取数据（联网下载）更换下载数据源对数据集进行初步观察处理GEOquery简介GEOquery是一个在生物信息学中常用的

人工智能学术前沿（真)·2023-09-27 22:54

【Bioinfomatics】生物信息学名词积累

Motivation臭写代码的最近在搞生物信息相关的东西，拿来发现好多单位、名词都不知道是什么。记录一下方便自己和大家学习。单位bp（Basepair）：碱基对，用来表示DNA序列的长度。

小丫么小阿豪·2023-09-27 21:46

通向 CNS 期刊的视觉之旅 | 生物信息学作图系列教程（一）

拿到数据，不知道如何快速地分析？面对结果，不知道用什么图更好地展示心中的想法？面对CNS期刊优雅的图，心中满是羡慕却不知从何下手？搜索了很多教程，却在安装时就被繁杂的安装步骤以及满屏的版本冲突劝退？众所周知，精美的图能让你的高质量期刊论文更上一层楼。为此，我们整理了一系列精美的作图教程，并配套了每一个教程所对应的环境，让你不但能轻松分析数据，还能一键出图！GOplot：画出差异表达基因富集结果No

·2023-09-26 19:54

2022-10-20晨间日记

今天是什么日子起床：8:20就寝：23:30天气：晴心情：平和纪念日：无任务清单昨日完成的任务，最重要的三件事：听力、文献阅读、英语作业、生物信息学作业改进：习惯养成：周目标·完成进度学习·信息·阅读健康

Wendy_0122·2023-09-26 11:46

高颜值生物信息在线绘图工具

http://mp.weixin.qq.com/s/pTHHqxuf0y1MCCCBaZjt9A十一之前，出了一期画图专辑：好色之旅-画图三字经简洁明快地总结了生信宝典推出的一系列画图相关文章，包括多种形式的热图、线图、柱状图、箱线图、泡泡图、韦恩图、进化树、火山图、生存分析等(点上面的链接还有美女相赠)，这些都是基于R代码或简便封装的R脚本，便于学习和使用。另外还有Cytoscape和其它作图工

生信宝典·2023-09-26 04:09

又发现了一本对纯生信友好的期刊

该期刊主要对以下研究领域感兴趣，其中生物信息学排在第一位：Bioinfo

SCI狂人团队·2023-09-26 02:19

在线平台如何做单细胞测序分析全套？有它so easy!

专业生物信息学家也懂大家的痛，这不，单细胞测序数据兴起的时代，大佬们就在推出应对单细胞测序数据的在线工具，方便你我他。来来来，先看看大概长啥样：image.

医科研·2023-09-25 23:24

生物信息学2：VirtualBox & Bio-Linux

前言：上一篇文章讲到了利用Vmware虚拟机加载Bio-Linux，但有的小伙伴表示Vmware无法安装，也未见有效的错误提示，因此推荐第二款常用的老牌虚拟机软件——VirtualBox。1.VirtualBox下载与安装。该软件的安装比较简单，双击后根据提示一步步往下走即可。安装完毕后打开软件。2.导入及配置Bio-Linux（1）依次点击菜单栏的“管理”——“导入虚拟电脑”Figure1导入虚

了尘兰若·2023-09-25 22:39

一个逆天的small RNA-seq数据挖掘神器

同样的，分析这些数据对物生物信息背景的研究人员而言存在诸多困难，这个时候我们就需要一款神器助攻了。先看看大概长啥样，简洁干净清爽的界面，名字就叫SPAR，不是那

医科研·2023-09-22 17:27

基因组科学数据的安全管理与应用

基因组科学数据的安全管理与应用李茹姣1,张欣1,宋述慧1,王彦青1,邹东1,肖景发1,2,赵文明1,2,章张1,2,鲍一明1,21中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心，北京

唐名威·2023-09-22 16:39

pdf合并（python）

importosimportcopyfromPyPDF2importPdfMergertarget_path='D:\\study\\大四上\\生物信息\\ppt'pdf_lst=[fforfinos.listdir

u小鬼·2023-09-22 10:11

蛋白与小分子共价连接的dock方法

主要用到的工具是autodock4，如果对这一工具不是很熟悉的同学，可以先去看一下山东大学的生物信息学课程，它会介绍autodock4的图形化界面操作。本教程主要是在Linux系统下的实现方法。由于a

非儒·2023-09-21 23:49

用于化学和生物信息学的开源 Java 库：The Chemistry Development Kit (CDK)

化学开发工具包(CDK)是用于结构化学和生物信息学的免费开源Java库。

六月雨滴·2023-09-21 23:17

【生物信息学】奇异值分解（SVD）

目录一、奇异值分解（SVD）二、Python实现1.调包np.linalg.svd()2.自定义三、SVD实现链路预测一、奇异值分解（SVD）SVD分解核心思想是通过降低矩阵的秩来提取出最重要的信息，实现数据的降维和去噪。ChatGPT:SVD（奇异值分解）是一种常用的矩阵分解方法，它可以将一个矩阵分解为三个矩阵的乘积：U、Σ和V^T。这里，U和V是正交矩阵，Σ是一个对角矩阵。SVD分解的详细过程

QomolangmaH·2023-09-21 20:56

信息时代下的生命科学

2018年7月21日，团队成员就生物信息话题与微分基因专家进行交流学习，并进入实验室亲身感受数据采集过程，深刻了解信息时代下的生命科学。

眀夏·2023-09-21 13:35

动态规划DP【持续更新】

动态规划动态规划（英语：Dynamicprogramming，简称DP）是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法。

nirvana · rebirth·2023-09-21 01:00

Java手写隐马尔可夫模型

它可以用于语音识别、自然语言处理、生物信息学、图像识别等领域。在本文中，我们将手写实现隐马尔可夫模型，并介绍其应用拓展案例。

全栈项目讲解·2023-09-20 19:31

【陈巍学基因-3】small RNA-seq

这次介绍：1.smallRNA建库测序方法2.smallRNA的生物信息学分析表达量差异分析聚类分析靶基因的GeneOntology分析(GO分析)靶基因的KEGGPathway分析3.血清、血浆microRNA

oddxix·2023-09-20 14:08

4 篇 NAR | 生物大数据时代，如何做好数据管理和再利用，发IF10+的数据库文章？...

生物信息分析离不开数据资源和数据库，生物信息学数据库分类概览(第一版)系统梳理了常用功能数据库。

生信宝典·2023-09-20 11:46

背靠背 Nature 新方向 - 蛋白质结构家族图谱的“潘多拉魔盒”

NBT-Foldseek快速准确搜索结构相似的蛋白，AlphaFold蛋白质数据库提供了一个快速的搜索工具AlphaFold的极限:高中生揭示人工智能在生物信息学挑战中的缺陷AlphaFold2开源了，

生信宝典·2023-09-20 11:44

java如何打包系统_Java工程项目打包成一个安装包从而在电脑上部署

我们都知道生物信息其实包含方方面面非实验工作，只是应用在生物中，解决生物学问题。一句话总结：生信是个框，不做实验都往里面装。

乔本大叔·2023-09-20 05:12

2017校招面经（BAT、搜狗、搜狐、一点资讯、360、华为优招）

1.简单介绍面试岗位：机器学习|数据挖掘|算法工程师|基础研究比赛经历：天池比赛Top10，滴滴算法大赛Top5，京东算法大赛Top1科研经历：实验室主要方向：计算机视觉+生物信息。

婉妃·2023-09-19 18:07

自动化工具 Ansible 管理集群

生物信息团队一般都有个集群，集群的管理无论是安装移除软件、修改配置或者更新等等，不能人手动一个一个节点操作，第一浪费时间第二怕不一致。

BeeBee生信·2023-09-19 16:06

字符串相似度算法

留白1992·2023-09-19 14:13

观察者笔记——阶段学习总结与未来安排（百日一更）

自学时的笔记1.2.课程笔记三、数据分析3.1.numpy3.2.pandas3.3.matplotlib四、网络爬虫五、人工智能5.1.传统机器学习5.2.深度学习六、数学建模七、数据结构与算法八、生物信息学九

星石传说·2023-09-18 23:46

生物信息学---蛋白质组学中氨基酸信息编码方式

特征编码：1.基于序列的特征：资料来源：蛋白质序列特征提取方法之——CKSAAP1.1CKSAPP（k空间氨基酸对的组成）：在CKSAAP(Compositonofk-spacedAminoAcidPairs)方法中，利用在蛋白质序列片断中k个间隔距离的残基对(residuepairs)在该序列中的组成比例，建立数学模型，提取出特征向量，从而达到预测泛素(Ubiquitin)的目的。残基：组成多肽

灰太狼家的小鸭子·2023-09-18 12:01

10X空间转录组与卷积神经网络（CNNs）

相信许多做生物信息学的童鞋来说，空间转录组是最近很火的技术，但是不知道大家发现了没有，我们做空间的分析对于空间位置信息利用的很少，大多数情况我们就是把很多单细胞的分析方法映射于空间，从生物学的角度看，当然是没有问题的

单细胞空间交响乐·2023-09-17 10:19

动态规划学习

动态规划学习动态规划（DynamicProgramming,DP）是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法。

alive`·2023-09-16 19:32

敏感肌能刮痧吗? 面部刮痧你不知道的常识太多了

刮痧呢，一般情况是用特定的刮痧板按照一定的穴位顺序进行按压刮痧，使面部经络穴位因刮试刺激而血脉通畅，达到行气活血梳通毛孔纹理，排出痧气，调整面部生物信息，平衡阴阳的目的。

必海时尚·2023-09-16 13:27

如何用python把fastq里所有序列的前几个碱基提取出来

本文首发于微信公众号：生物信息学习最近实验室开始用python的越来越多了，看着大家都在进步，哈哈，也是一件蛮有成就感的事情。

gtt儿_生物信息学习·2023-09-15 11:28

如何使用Python的Pyecharts做一个数据可视化的Graph 关系图？

Graph关系图通常用于社交网络分析、网络安全分析和生物信息学科研等等领域，以及其他任何需要探索复杂关系的应用场景。温馨提示：以下是本篇文章的

db_wjj_2079·2023-09-15 02:20

echart 动画饼图_巧用EChart画动态饼图

生物信息学领域算法对于解决复杂生物学问题非常重要，随着NGS的发展对于算法需求也越来越多，同时也伴随着对数据可视化的需求的增加。

天下事一点通·2023-09-14 23:46

单个基因的生物信息学分析(2)-蛋白质结构域预测

本期的主题仍然属于《单个基因的生物信息学分析》，主要讲解介绍一下单个蛋白质结构域分析。

blue_unique·2023-09-14 13:05

基于Protege的知识建模实战

一.Protege简介、用途和特点1.Protege简介Protege是斯坦福大学医学院生物信息研究中心基于Java开发的本体编辑和本体开发工具，也是基于知识的编辑器，属于开放源代码软件。

NLP工程化·2023-09-14 06:46

我的生信自学心得分享

这是我2022-02-16在CGM分享的文字稿从2016年，我开始自学生物信息，那个时候，为了加深自己学习，所以就不间断的在网上分享我的学习笔记。我有一个自己的博客，xuzhougeng.top。

xuzhougeng·2023-09-13 19:20

在windows环境下安装运行NCBI-blast程序

NCBIBLAST程序作为广泛使用的序列比对工具深受大家喜爱，对于一般的生物信息处理过程来讲，网页版的工具已经足够使用，但是若想自己构建自定义的搜索数据库以及对大量序列进行检索，则需要在本地运行。

指尖笑1226·2023-09-13 14:04

python笔记——python生物信息学数据管理第一部分

#import语句及模块>>>importos#导入模块>>>dir(os)#模块中呈现的变量和函数的完整列表>>>help(os.chdir)#模块下某个函数的简短解释>>>help(matplotlib.pylab)#运算a**b#a的b次幂a%b#a/b的余数a//b#向下舍入除法#整数运算结果是整数，浮点数运算结果是浮点数>>>4/31>>>4.0/31.3333333333333333#

懒猫古德·2023-09-13 07:59

Linux上安装Tarball软件------以MUMmer为例

下文以一个生物信息学小软件MUMmer为例，说明一下tarball软件的安装流程。

夏夏LJ·2023-09-13 01:32

项目实训-智能生物序列分析平台-序列分析日志

在经过与老师的探讨后，我们决定将之前创新实训的课题，继续深挖，开发一套基于人工智能模型的生物序列分析平台，内置了传统nlp模型与生物信息中的各类模型的整合，打算做到60个算法的集合，最终我们实现了两个平台上一共

土豆与浆果·2023-09-13 00:53

项目实训-智能生物序列分析平台-项目工作总结7

概要在经过与老师的探讨后，我们决定将之前创新实训的课题，继续深挖，开发一套基于人工智能模型的生物序列分析平台，内置了传统nlp模型与生物信息中的各类模型的整合，打算做到60个算法的集合，最终我们实现了两个平台上一共

lllhhhyyy999·2023-09-13 00:23

22-从DNA损伤修复以及分析亚型角度分析膀胱癌中的免疫调节

Hello，大家好，今天小编给大家带来的是有关DNA损伤修复基因以及膀胱癌亚型免疫调节的文章，文章主要挖掘了膀胱癌不同亚型中免疫调节基因并进行了生物信息学分析，内容丰富却也不难理解，于2019年发表在JournalforImmunotherapyofCancer

AAA肿瘤信息学王协·2023-09-12 19:43

linux怎么查看一个bam文件,Linux常规操作笔记

所使用的Linux系统是曾健明的服务器，服务器信息如下：/usr/local/bin/miniconda3/bin路径下面安装了生物信息学软件，可以使用全路径调用它们，或者添加该目录到环境变量。

谢兴豪·2023-09-12 16:50

肝细胞癌中关键生物标志物的筛选和鉴定:来自生物信息分析的证据

摘要肝细胞癌是世界上最常见的癌症之一。人们对其病因进行了大量的研究，但对其分子机制尚不清楚。从基因表达综合数据库(GeneExpressionOmnibus,GEO)下载芯片数据集GSE19665、GSE33006和GSE41804，以确定肝癌发生和进展中的候选基因。鉴定差异表达基因(DEGs)，并进行功能富集分析。构建蛋白-蛋白相互作用网络(PPI)，并使用STRING和Cytoscape进行模

亦是旅人呐·2023-09-11 11:30

天才在左疯子在右——果冻世界

甚至犬齿也比普通人发达，而且最有意思的是，尿液里居然会有大量的生物信息素，那是犬科动物的特有标志；狼孩鼻粘膜细胞也很发达——就是灵敏的嗅觉。

项工页·2023-09-10 22:56

SCS【34】单细胞/T细胞/抗体免疫库数据分析(immunarch)

简介immunarch是专为分析T细胞受体(TCR)和B细胞受体(BCR)而设计的R包，主要为医学科学家和生物信息学家量身定制。

桓峰基因·2023-09-10 20:13

Y叔要求职

余光创香港大学生物信息学博士，目前在港大从事博士后工作求职意向：副教授以上地点：主要意向是广州和深圳简历：https://guangchuangyu.github.io/resume/YGC.pdfgooglescholar

Y叔_HKU·2023-09-10 14:45

[DEBUG] springboot+freemarker+shiro控制按钮的出现与隐藏

陆书生·2023-09-09 08:04

代号47 ＃02：出发

“生物信息已确认，黑豹启动。”黑豹，我的速度级战车，车内配置

未来的圣托里尼·2023-09-09 02:18

单细胞数据库整理

celltypeMarker2.SingleCellPortal-BroadInstitute界面不是那么好用，数据应该含有挺多物种的，也包括人和小鼠的3.SingleCellExpressionAtlas-EMBL-EBI欧洲生物信息学中心

Seurat_Satija·2023-09-08 17:32

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