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Linux
生物信息
生物信息
学之玩转Linux---学习笔记(一)---生信技能树
Linux系统是进行
生物信息
学分析的基石,许多
生物信息
学软件都是基于Linux系统开发的。所以学习Linux对于
生物信息
学分析尤为重要。
LiuYueRR
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2023-11-24 20:58
图神经网络的数学原理总结
许多现实生活问题使GDL成为万能工具:在社交媒体、药物发现、芯片植入、预测、
生物信息
学等方面都显示出了很大的前景。
金戈鐡馬
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2023-11-24 18:41
深度学习
神经网络
人工智能
深度学习
图
GNN
【分子指纹】化学分子指纹的概念和应用
DrugDiscovToday|化学分子指纹的概念和应用2022年9月13日,哈尔滨医科大学药物基因组信息学教研室陈秀杰教授、哈尔滨医科大学
生物信息
科学与技术学院解洪波副教授团队在期刊DrugDiscoveryToday
DJ.马
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2023-11-24 12:45
人工智能药物设计
人工智能
分子指纹
成长礼4|耐药机制研究总结
总结了微生物的一些耐药机制,研究方法以及相关的
生物信息
软件,相信会让你对微生物耐药机制有个好的了解。抗生素是20世纪最重要
f70420f979c3
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2023-11-24 08:41
STRING||蛋白互作数据库在线分析基因互作网络(PPI)
它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中挖掘的结果和综合其他数据库数据外,还有利用
生物信息
学的方法预测的结果。研究蛋白之间的相互作用网络,有助于挖掘核心的调控基因。
生信编程日常
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2023-11-24 07:29
基于 Dash Bio 的
生物信息
学数据可视化
DashBio是面向
生物信息
学,且与Dash兼容的组件,它可以将
生物信息
学领域中常见的数据整合到Dash应用程序,以实现响应式的
生物信息
学数据可视化。
Python中文社区
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2023-11-24 01:51
使用python处理
生物信息
数据(十)
Python学习的第十天,好些天没有学习python了。4月6号下午回武汉了,从汉口火车站下车,车站弥漫着消毒水的味道,有些疫情防控人员全副武装,有些工作人员引导我们扫码入地铁站,安静而肃杀的氛围,从没见过如此安静的武汉,回想过去的两个月武汉真是英雄的城市,进了地铁发现人不多,公交车转乘到住的小区,扫码登记进去了。今天主要学习如何使用类class管理复杂程序。写一个程序去计算孟德尔的豌豆实验中的表
你猜我菜不菜
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2023-11-23 14:52
基因组组装----k-mer
k-mer:在
生物信息
学中,k-mers是包含在生物序列中的长度为k的子序列。比如序列:GTAGAGCTGT,根据k值不同,可得到以下k-mer。
bcl_hx
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2023-11-23 12:16
C++干货分享
最全的C++资源大全,涵盖人工智能、音频、
生物信息
、压缩、密码学、机器学习、静态编译等多方面资源,分享给程序猿兄弟们,收藏起来吧~人工智能btsk:游戏行为树启动器工具https://github.com
??c++
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2023-11-23 08:03
编程
C++
C语言
10+生信文章鉴赏:如何将靶点与癌症的关系研究透彻
该研究利用
生物信息
学的方法,在零实验的情况下,通过对shelterin在各种癌症中的表达、突变以及与免疫通路的关系,系统性的研究了shelterin作为靶点以及作为癌症标志物的可能性。
概普生信
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2023-11-22 15:46
用python做
生物信息
数据分析(2-pysam)
写perl的思维,可能确实不能拿来学python。毕竟,python的裤子有很多。面向对象的语言,如果不好好穿裤子,怎么找对象?。手上要做的事情,需要解析sam,更或者bam文件。当然,如果有可能的话,还需要对SAM或者BAM进行排序!这个事情我在java写过,but,最后效率不如htsjdk,故最后还是打包了htsjdk。吸取这个教训,使用python的时候。第一步,先用pysam。pysam的
生信石头
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2023-11-22 05:27
GEO数据挖掘-数据下载
断断续续学习
生物信息
也有一段时间了,因为做实验的缘故没办法系统学习,只能看大家的帖子一点点补充。俗话说的好,好记性不如烂笔头,为方便记忆,我就将每天用到的生信知识记录下来,加油!
活捉一只Sophie
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2023-11-22 03:49
生物信息
学之抗癌药物反应论文阅读六:DNN整合基因组谱
论文地址:Predictingdrugresponseoftumorsfromintegratedgenomicprofilesbydeepneuralnetworks利用深度神经网络预测整合基因组谱的肿瘤药物反应作者信息:Yu-ChiaoChiu1,Hung-IHarryChen1,2,TingheZhang2,SongyaoZhang2,3,AparnaGorthi1,Li-JuWang1,Y
Programming_miao
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2023-11-22 03:58
生物信息学论文阅读小记
生物信息学
药物反应预测
深度神经网络
GDSC
TCGA
1130转录组分析(三)--王通老师讲解
1130RNAseq
生物信息
分析(王通老师)01课程介绍[if!supportLists]1.[endif]RNAseq测序定义[if!supportLists]2.
不如好好学生信吧
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2023-11-22 01:36
关于精准医疗的再思考
各国定义有一些差别,但核心意思相差不大,我们看一下中国精准医疗专家组詹启敏院士的定义:应用现代遗传技术、分子影像技术、
生物信息
分析技术,结合患者生活环境和临床数据,实现精准的疾病分类和诊断,制定具有个性化的预防治疗方案
基因百晓生
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2023-11-21 11:32
深入解析序列模型:全面阐释 RNN、LSTM 与 Seq2Seq 的秘密
简介序列建模是许多领域的一个重要问题,包括自然语言处理(NLP)、语音识别和语音合成、时间序列预测、音乐生成和「
生物信息
学」。所有这些任务的共同点是它们需要坚持。接下来的事情的预测是基于历史的。
冷冻工厂
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2023-11-21 05:42
自然语言处理
Neo4j数据库介绍及简单使用
这种表示方式非常适合处理具有复杂关系的数据,如社交网络、推荐系统、网络拓扑、
生物信息
学等领域的数据。
西瓜太郎呀!
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2023-11-20 01:59
Neo4j数据库
数据库
neo4j
oracle
生物信息
百Jia软件(十):seqtk
基因学苑QQ群:32798724seqtk同样来自于
生物信息
大神李恒之手,被称为序列处理的瑞士军刀,可以方便处理日常序列分析中的小问题,例如将fq转换为fa,格式化序列,截取序列等这些问题并不难,但是可能需要编程完成
基因学苑
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2023-11-19 20:22
生物信息软件
最佳
生物信息
工作环境(2023年11月更新版)
日常工作环境的好坏直接影响我们的心情和效率,这篇文章介绍一下我这些年用得顺手的一些工具。1.本地电脑平台:Mac电脑,强烈建议搞生信用苹果:iMac/Macair/MacPro。终端:iTerm2,比系统自带的好用太多。编辑器:写代码:VisualStudioCode或SublimeText写Markdown文档:Typora(已收费,放弃了)R画图:当然是Rstudio了(现在优先UseGala
简说基因-专业生信合作伙伴
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2023-11-19 20:21
生物信息
基础:实用Git命令,掌握这些就够了
我发现有搞了几年生信的朋友还不会用Github管理代码,这不免令人意外。我一直强调基础知识的重要性,而这些知识又是可以在短时间内掌握的。Github管理平时写的代码,要用到Git命令。虽然官方Git命令非常多,但我们只要掌握常用的几个能干活就好了。作为半个IT人,写代码是工作日常,如何进行代码版本控制及托管,本文介绍一下我的最佳实践,其实很容易。工作或学习过程中写的代码,存在本地的话容易丢失,也不
简说基因-专业生信合作伙伴
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2023-11-19 20:08
git
【
生物信息
学学习】Linux基础
Linux与
生物信息
Linux与
生物信息
Linux的安装将你的Linux虚拟机作为远程服务器获取虚拟机的IP地址远程登陆服务器传输文件Linux基础命令目录相关的命令常用命令cd切换目录特殊路径(”“之中的符号
Ginno
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2023-11-19 15:21
学习
linux
运维
bioinfo100-第10题-FastQC报告之adapter与kmer
我们在[
生物信息
学100个基础问题——第5题测序建库的adapter](https://zhuanlan.zhihu.com/p/34691037"\t"_blank)的时候讨论过adapter的问
RachaelRiggs
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2023-11-19 09:20
动态规划c++
1.什么是动态规划动态规划(英语:Dynamicprogramming,简称DP),是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和
生物信息
学中使用的,通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法
呼噜吧唧
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2023-11-18 22:12
动态规划
代理模式
算法
生物信息
学和计算生物学中的扩散模型
生物信息
学和计算生物学中的扩散模型摘译李升伟1张俊鹏2(1.特趣生物科技有限公司,广东深圳;2.大理大学工学院,云南大理)去噪扩散模型包含一种生成人工智能,可应用于计算机视觉、自然语言处理和
生物信息
学。
lisw05
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2023-11-18 21:34
人工智能
计算科学
人工智能
【国科大——期末复习】
生物信息
学(陈润生)_期末考试答案(持续更新~)
有遗漏的题,大家在评论区告诉我,我去找细节:计算的题都是整数待更新~一、什么是
生物信息
学?你如何理解
生物信息
学的含义?
码农耕地人~go
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2023-11-17 12:49
中国科学院大学-期末复习资料
算法
人工智能
数据库
火山图——直观的特征差异可视化
FC值全拼FoldChangevalue,直译为差异的倍数,在
生物信息
学的分析中主要用于表示
Odd_guy
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2023-11-15 22:44
生物信息学
python
r语言
10月客户文章盘点——累计IF 141.5
凌恩生物以打造国内一流生物公司为目标,在科研测序领域深耕不辍,吸纳多名在
生物信息
高级技术人员的加盟,参与并完成多个高科技项目。
SHANGHAILINGEN
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2023-11-15 15:01
测序
组学
ggThemeAssist|鼠标调整主题,并返回代码
生物信息
学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析
生信宝典
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2023-11-14 22:57
可视化
人工智能
数据可视化
html
python
第三代基因测序技术革新 云计算的应用
而今天,随着基因测序技术的发展,我们可以通过无创DNA检测的方式,利用DNA测序对母体外周血浆中的游离DNA片段进行测序,并将测序结果进行
生物信息
分析,可以从中得到胎儿的遗传信息,从而实现对唐氏儿的精准筛查
weixin_34336526
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2023-11-14 13:59
【学习笔记】山东大学
生物信息
学-02 序列比较
课程地址:山东大学
生物信息
学文章目录二、序列比较2.1认识序列2.2序列相似性2.3替换记分矩阵2.4序列两两比较:打点法2.5序列两两比较:序列比对法(定量)2.6一致性和相似度2.7在线双序列比对工具
taotaotao7777777
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2023-11-14 01:43
生物信息学
学习
矩阵
线性代数
2022.01.23【读书笔记】丨
生物信息
学与功能基因组学(第六章 多重序列比对 上)
学习目标理解使用ClustalW进行多重序列比对(MSA)的三个主要阶段;描述几种其他的多重序列比对(MSA)程序,了解他们的工作原理,比对它们与ClustalW的异同;理解进行基准研究的重要性,并且理解关于MSA的几个基本结论;理解关于基因组区域的MSA的几个问题。6.1引言本章探讨MSA的一般性问题介绍MSA的五种方法;认识用于MSA的数据库,比如Pfam;讨论基因组DNA的多重序列比对。多重
穆易青
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2023-11-14 01:43
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
生物信息
算法
2021.12.19【读书笔记】丨
生物信息
学与功能基因组学(第五章 高级数据库搜索 下)
5.5用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA需求:随着基因组DNA数据库数量增长,对比对工具要求越来越高能在基因组DNA中找到外显子比对时考虑基因组DNA包含的测序错误有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除、重复、倒置或移位的问题有相应的算法解决DNA序列之间的小差异,如SNP位点用标准集去评估基因组比对效果时使用序列进化随机模型(ROSE)软件包船舰一个模拟序列集进行测试,可
穆易青
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2023-11-14 01:42
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
生物信息
数据分析
算法
2021.11.22【读书笔记】丨
生物信息
学与功能基因组学(第五章第五节 用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA)
5.5用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA需求:随着基因组DNA数据库数量增长,对比对工具要求越来越高能在基因组DNA中找到外显子比对时考虑基因组DNA包含的测序错误有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除、重复、倒置或移位的问题有相应的算法解决DNA序列之间的小差异,如SNP位点用标准集去评估基因组比对效果时使用序列进化随机模型(ROSE)软件包船舰一个模拟序列集进行测试,可
穆易青
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2023-11-14 01:12
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
生物信息
linux
python
正则表达式
2022.09.17【读书笔记】丨
生物信息
学与功能基因组学(第十三章 蛋白质结构预测 下)
目录蛋白质结构预测三种方法同源建模(比较建模)穿线法从头预测(abinitio)基于假设推荐策略精度与方法选择Alphafold2相关信息蛋白质结构预测三种方法同源建模(比较建模)建模4步骤1.模板选择和确定折叠构象通过blast或delta-blast搜索同源蛋白质序列或结构,识别保守和可变区域。常用查询数据库:PDB数据库:https://www.rcsb.org/CATH:http://ca
穆易青
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2023-11-14 01:12
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
笔记
2021.11.22【读书笔记】丨
生物信息
学与功能基因组学(第五章第四节 隐马尔可夫模型)
5.4谱搜索:隐马尔可夫模型(HMMs)谱隐马尔可夫模型在生成用于识别远缘序列相似度的位置特异性打分系统时,比PSSMs更通用,如语音检测,声纳等一系列信号检测问题;在生信领域,HMMs已经被用于各式各样的应用:序列比对、蛋白质结构预测、蛋白质跨膜区域预测、染色体拷贝数变化分析和基因发现算法等;优势:谱HMMs是一个概率模型,它评估在比对中的一个给定位点上发生匹配、错配、插入和确实(空位)的可能性
穆易青
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2023-11-14 01:11
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
生物信息
业务流程测试
数据分析
linux
2021.11.21【读书笔记】丨
生物信息
学与功能基因组学(第五章 高级数据库搜索 中 )
5.3寻找远缘相关蛋白质:位置特异性迭代BLAST(PSI-BLAST)和DELTA-BLASTPAM250矩阵给探测远缘相关蛋白质提供了一个更好的打分系统,可以改变打分矩阵来检测远缘蛋白质,但仍然有局限性:BLASTP检测到匹配蛋白,但是否同源并不明确。PSI-BLAST更深入地搜索数据库,以发现一个与你感兴趣地蛋白远缘相关的匹配蛋白。比对的5个步骤:使用某个打分矩阵对查询序列在一个目标数据库中
穆易青
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2023-11-14 01:11
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
生物信息
自动化
业务流程测试
数据分析
2021.01.05【读书笔记】丨
生物信息
学与功能基因组学(第四章 局部比对搜索基本工具-BLAST 上)
学习目标学会在NCBI网站上进行BLAST搜索理解BLAST各个参数的用途理解BLAST搜索的三个步骤(整理,扫描/延伸,回溯);理解BLASTE值和分数的数学关系;阐明BLAST搜索的策略引言基本局部比对搜索工具(BLAST)是NCBI的一个主要工具,可用来将一个蛋白质或者DNA序列与各种数据库中其他序列进行比对。应用:通过蛋白质/核酸序列,寻找一只的直系同源和旁系同源序列通过特定物种,确定其存
穆易青
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2023-11-14 01:41
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
2021.01.05【读书笔记】丨
生物信息
学与功能基因组学(第四章 局部比对搜索基本工具-BLAST 下)
BLAST算法使用局部比对搜索的策略BLAST算法组成部分:列表、扫描、延伸BLASTP算法可以描述为以下3个阶段蛋白质搜索中,BLAST编译一个初步的两两比对序列,称为字段对BLASTP算法编译了一个由查询序列生成的固定长度为w的字段列表。使用比对序列的分数建立一个阈值T。BLASTP字段大小默认为3(BLASTN为11),则20种氨基酸可能字段共有8000个。修改“字段大小”参数可以修改查询时
穆易青
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2023-11-14 01:41
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
2021.03.25【读书笔记】丨
生物信息
学与功能基因组学(第五章 高级数据库搜索 上)
学习目标定义位置特异性打分矩阵(PSSM);解释位置特异性迭代BLAST(PSI-BLAST)和DELTA-BLAST怎样大幅提升蛋白质BLAST蛋白搜索的灵敏度;描述谱隐马尔可夫模型(HMMs)并解释其与BLAST相比在数据库搜索中的优势;解释空位种子的策略怎样提升DNA搜索的灵敏度;描述数以百万计的二代测序是怎样比对到参考基因组上的。引言第四章介绍了BLAST,BLAST搜索可以有很多种用途,
穆易青
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2023-11-14 01:41
生物信息学与功能基因组学
生物信息
数据处理读书笔记
2020.11.23【读书笔记】丨
生物信息
学与功能基因组学(第三章 双序列比对 Dayhoff模型)
Dayhoff模型第一步:可接受点突变(PAM)概念:在蛋白质被自然选择接受的单个氨基酸替换满足情况:基因发生DNA变异,使得基因编码另一种不同氨基酸整个种群都接受这种变化,改变后的蛋白质作为种群内蛋白质的优势形式可被接受的点突变:基于经验统计的保守性替换使用系统发育分析,将它们与推断的共同祖先进行比对。基于经验观察的氨基酸替换结果,描述了任意一对氨基酸对比对在一起的频率。第二步:氨基酸出现的频率
穆易青
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2023-11-14 01:40
生物信息学与功能基因组学
生物信息
读书笔记
2020.11.3【读书笔记】丨
生物信息
学与功能基因组学(第二章 序列数据的获取 下)
2.7基因组浏览器三个主流基因组浏览器:Ensemble、UCSC和NCBI基因组组装定义:所获得的一个物种DNA序列按照染色体的形式进行的一种组装。内容:对基因组的注释,如起止位点、外显子、DNA重复元件或其他基因组特征。基因组参照联盟(GRC)维护人类、小鼠和斑马鱼的参考基因组。对基因组组装需要明确几点:每个染色体的起止位置是什么基因组序列中包括多少gap区域,能否被弥补?基因组上的结构变异位
穆易青
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2023-11-14 01:10
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
心得
【学习笔记】
生物信息
学基础知识+序列比对初步了解(一)
文章目录DNA和RNA的组成基因蛋白质中心法则DNA的复制DNA到mRNA转录蛋白质的剪接蛋白质的折叠突变与多态性组学转录组蛋白质组代谢组组学数据简介表观遗传复杂生物网络影像组主要研究内容介绍多序列比对全局序列比对动态规划算法(DynamicProgrammingAlgorithm)分治法(DivideandConquerMethods)SP方法(SumofPairsMethods)累进方法(Pr
Dumbledore‘s wand
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2023-11-14 00:40
学习笔记
《
生物信息
学》阅读笔记 (三):序列比对原理
这一章之前在博客中就有过介绍。这里是查漏补缺。运用全局比对的主要优势在于对具有高度同源性的序列进行优化,这在以已知三维结构的同源性序列为基础对未知序列的三维结构进行预测的模型构建中是十分有用的。局部比对适合用于哪些在其全长中具有局部的小同源性片段的序列比较,一般用于特定序列位点、结构域及其他类型重复序列的搜索,同时它在发现数据库中待分析序列的同源序列过程中也有重要意义。相似性(similarity
wxw060709
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2023-11-14 00:40
生物信息学
2020.11.14【读书笔记】丨
生物信息
学与功能基因组学(第三章 双序列比对 引言)
学习目标理解同源(包括直系和旁系同源)的含义;阐释如PAM(可被接受的点突变)矩阵的生成方法;比较PAM和BLOSUM打分矩阵的用途;理解动态规划定义,并解释全局和局部序列比对算法是如何工作的;在NCBI网页上进行蛋白质或DNA的双序列比对3.1引言当完成对多个物种的基因组测序后,一个重要的工作室找到特定物种内和物种之间的蛋白质在进化上的相关性。序列水平的相关表明两个蛋白质同源具有相似或者相同的功
穆易青
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2023-11-14 00:40
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
生物信息
2023.11.13【读书笔记】丨
生物信息
学与功能基因组学(第六章 多重序列比对 下)
目录6.4多重序列比对数据库6.5基因组区域的多重序列比对6.6展望6.7常见问题总结6.4多重序列比对数据库Pfam:基于谱隐马尔可夫模型构建的蛋白质家族数据库SMART:简易分子构型研究工具,与细胞信号传导、细胞外结构域以及染色质功能相关的蛋白质家族数据库保守结构域数据库(CDD):基于序列或文本对Pfam和SMART进行查询,鉴别序列中的保守结构域多序列比对数据库整合平台:InterPro和
穆易青
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2023-11-14 00:36
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
笔记
UseGalaxy.cn生信云平台文本文件操作手册
文本文件是
生物信息
学中应用非常广泛的文本格式,甚至可以说是最重要的文件格式,比如常见的测序下机数据Fastq、参考基因组保存格式Fasta、比对文件SAM,以及突变列表VCF,它们都是文本文件。
简佐义的博客
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2023-11-12 22:32
数据库
由中山二院某实验室事件想起的二三事
好在毕业后发现有
生物信息
这个专业,于是转了生信。4.研究生入学后,本以为跟湿实验室彻底告
简佐义的博客
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2023-11-12 22:32
生信人的最终梦想
注意我说的是数据分析,不仅仅是
生物信息
分析。
简佐义的博客
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2023-11-12 22:52
华为云原生Kubernetes之运行Volcano高性能作业的深度使用和实践
Volcano是CNCF下首个也是唯一的基于Kubernetes的容器批量计算平台,主要用于高性能计算场景,提供了机器学习、深度学习、
生物信息
学、基因组学及其他大数据应用所需要而Kubernetes当前缺失的一系列特性
╰つ栺尖篴夢ゞ
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2023-11-11 21:27
人工智能与云原生
Volcano的概念和特性
Volcano的系统架构和应用
Volcano的安装和资源使用
Kubernetes运行问题
Volcano高性能计算场景
python解析.hhr文件
HMMER用于
生物信息
学中的蛋白质和核酸序列比对任务,例如蛋白质家族分类、序列相似性搜索等。HHR文件是HMMER比对结果的一种输出格式,它包含了与序列比对相关的信息。
qq_27390023
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2023-11-11 21:17
python
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