甲基化第11页

methylKit 进行差异甲基化分析

methylKit是一个用于分析甲基化测序数据的R包，不仅支持WGBS，RRBS和目的区域甲基化测序，还支持oxBS-sq,TAB-seq等分析5hmc的数据。

生信修炼手册·2020-03-14 10:47

趁着年轻放纵｜你考虑过下一代的感受吗？

表观遗传的现象很多，已知的有DNA甲基化，基因组印记，母体效应，基因沉默，核仁显性，休眠转座子激活和RNA

医兮·2020-03-13 11:15

4️⃣ 核酸序列特征分析(2):CpG岛预测

序列比对和序列特征分析总目录哺乳动物基因组中5%~10%是CpG(二核苷酸），若CpG聚集则称CpG岛，其中75%左右呈甲基化状态，叫甲基化的CpG(mCpG）。

Y大宽·2020-03-11 12:45

【王兴国营养特训班】第5期第16课8组白瑶瑶

4）参与血红蛋白及甲基化合物如肾上腺素、胆碱、肌酸等的合成。叶酸对蛋白质、核酸的合成及各种氨基酸的代谢有重要作用。参与嘌呤和嘧啶合成:作为辅酶参与

白瑶瑶·2020-03-10 09:59

助你绿色装修甲醛去除法帮你保健康

由于甲醛可与蛋白质反应生成氮次甲基化合物而使细胞中的蛋白质凝固变性，因而可抑制细胞机能。1.通风法去除甲醛助你绿色装修甲醛去除法帮你保健康推荐度：★★★★★通过室内空气的流通，可以降低

时间就是金钱·2020-03-07 14:48

全基因组甲基化分析简述

DNA甲基化是一种非常基础且重要的表观修饰，在调控基因表达、转录因子结合和抑制转座子元件中起到关键的作用。

浩渺予怀·2020-03-05 01:39

Salirasib

"目录号:HY-14754GPCR/GProteinAutophagy-Salirasib是一种有效的，竞争性的PPMTase抑制剂，Ki值为2.6μM，同时也抑制Ras甲基化。

莫小枫·2020-03-03 12:04

关于TCGA（癌症基因组数据集）使用指南

（图片来自TCGA网站）TCGA收录的了很全面的癌症基因组数据，包括突变，拷贝数变异，mRNA表达，miRNA表达，甲基化数据等##TCGA上储存的数据分为三个级别，level-1为原始的测序数据（fasta

小一_Sherry·2020-03-02 12:27

ChAMP 包分析甲基化数据

参考：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ChAMP/inst/doc/ChAMP.htmlhttp://blog.csdn.net/joshua_hit/article/details/54982018https://www.jianshu.com/p/6411e8acfab3ChAMPpackage是用来分析illu

Richard_Zhou·2020-03-01 19:23

BS-Methylation

甲基化测序分析流程对参考基因组和reads进行预处理-将C全部替换为T-将序列反向互补，G替换为A将预处理后的reads比对到参考基因组，比对结果中序列信息为原始reads（即未进行C转T的reads）

WooWoods·2020-03-01 10:08

Exploring functions of long noncoding RNAs across multiple cancers through co-expression network

0.文章idea来源近年来，癌症基因图谱越来越完善，研究人员发现癌症来自不同的组织可以共享一些共同的特征，如突变，甲基化和转录组学变化。那么研究者门在不同的组织中寻找一些lncRNAs与癌症的关系。

thinkando·2020-02-29 05:26

--------有意思的DNA甲基化现象

前言：贴一个自己写的随笔，为以后出的几篇学习笔记做一个小的预热！在生命科学的发展中，模式动物有着巨大的贡献，说起萌萌哒的模式动物，你的第一反应是什么？是传说中的实验小白鼠吗？图一：我萌吗？但是！！！我们今天的主角却是是自带土豪色的Agouti小鼠。但看图片你可能会纳闷了，为啥属于同种的小鼠，为什么体型和颜色差别这么大呢？这跟生着生着就没“土豪墨水”了有什么关系呢？图二：同基因型的Agout

liu_ll·2020-02-27 12:05

DNA序列和甲基化数据分析

本文作者:任红雷,联系邮件:[email protected]本文主要分为两部分：即生物信息学背景简介以及甲基化数据处理，摘取自本人汇报的PPT。

宇宙独一无二的我·2020-02-25 21:28

使用DSS进行BS-seq差异甲基化分析

总览为了检测差异甲基化，在每个CpG位点进行统计测试，然后根据指定的阈值进行差异甲基化位点（DML）或差异甲基化区域（DMR）分析。

CancerTiN·2020-02-25 17:37

去东方，最好用的在线GO富集分析工具

微信公众号：http://blog.genesino.comGeneOntology富集分析是是高通量数据分析的标配，不管是转录组、甲基化、ChIP-seq还是重测序，都会用到对一个或多个集合的基因进行功能富集分析

生信宝典·2020-02-25 09:58

(转帖）Shiny和Plotly实现可交互DNA甲基化分析包ChAMP

54982018https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ChAMP/inst/doc/ChAMP.html1.摘要我目前的研究领域是DNA甲基化

苏慕晨枫·2020-02-23 13:47

星迈讲堂丨DNA甲基化与自闭症的关系

自闭症谱系障碍（ASD）是一种严重影响患者神经发育的遗传性疾病。患有此谱系病的儿童的常见临床症状包括：智力发展迟缓，具有重复性的刻板行为，与人不能正常社交等等，严重的患者还会患有智力低下甚至有癫痫的风险，专家认为，自闭症的病因涉及遗传和环境等因素，其中遗传为主，环境为辅。最近一个来自英国埃克塞特大学医学院（UniversityofExeter）的研究团队通过对患者的DNA表观遗传学（epigene

sensomics·2020-02-21 17:58

如何从甲基化入手，轻松整篇预后标志物的文章？

老规矩，还是从实际文章讲解，该文发表与2018年9月，二区，3.4分DNA甲基化是一种主要的表观遗传机制，是基因表达的重要调节因子，可以抑制转录因子的结合或抑制蛋白的募集。

华联科生物·2020-02-18 22:29

摘录-维生素b12

1，参与同型半胱氨酸甲基化转变为蛋氨酸；2，参与甲基丙二酸－琥珀酸的异构化反应。维生素B12缺乏多因吸收不良引起，多见于素食者，由于不吃肉食而可发生维生素B12

小鹿_33·2020-02-18 07:38

MGMT基因与胶质瘤治疗

基因和胶质瘤的关系做生信分析，所以在这里收录相关文献总结和数据总结以便以后查看和更新，帖子最后附参考文献链接概述：MGMT作为早期被发现的化疗敏感性相关基因，在胶质瘤治疗中具有重要作用，并且有很高的启动子区域甲基化频率

张小若张小兰·2020-02-17 19:14

Chip-seq的22个疑问——【Jimmy】

都能被甲基化，乙基化，磷酸化等等？http://www.biotrainee.com/thread-450-1-1.html2、所有的蛋白都能找到抗体吗？

超级无敌大蜗牛·2020-02-15 23:53

关于《GPS检测DNA甲基化定位表观调控新景观》学习笔记

于文强（复旦大学生物医学研究院教授）GPS:GuidePositioningSequencing:导航定位测序转自：深读|给DNA甲基化检测装上GPS，看肿瘤细胞如何变花样以下引用内容转自甲基化芯片入门学习

小梦游仙境·2020-02-14 23:33

健康 | 未来的一天，我们的健康由谁守护？（上）

刷完牙，拿起洗漱杯旁的一个方形小盒，我朝里面吐了口口水——这是一个基因甲基化的分析装置。十分钟后，它会将我目前的基因健康情况发送到手机：我需要了解昨天一整

不止说说·2020-02-13 11:14

ctDNA甲基化检测在肿瘤诊疗中的价值

与检测肿瘤特异性突变相比，ctDNA在特定基因区域的异常甲基化具有高度一致的特征，使得ctDNA甲基化检测更广泛地适用于肿瘤的诊断、监测，预测治疗反应和预后判断。因此，ctD

博尔诚·2020-02-12 10:13

维生素B12

1，参与同型半胱氨酸甲基化转变为蛋氨酸；2，参与甲基丙二酸－琥珀酸的异构化反应。维生素B12缺乏多因吸收不良引起，多见于素食者，由于不吃肉食而可发生维生素B12

拉笨笨·2020-02-12 07:18

DNA甲基化癌症预后分型

肿瘤的异质性给结肠腺癌的早期诊断和有效治疗带来了困难，而DNA甲基化作为基因表达的重要调控因子，会影响肿瘤的异质性，所以在这里作者基于DNA甲基化的分子亚型预测结肠腺癌患者的预后。Molec

呆呆聊生信·2020-02-07 10:54

甲基化程度与寿命之间存在负相关关系

节食即热量限制能够延长寿命的特性在多个非灵长类物种，如酵母、线虫、果蝇和啮齿类动物等中已经被研究证明是有效的。在这些研究中强烈地提示通过节食减少热量摄入可能是一种控制人类衰老速度和延长人类预期寿命的机制。但对于灵长类动物乃至人类而言，相关研究缺少关键的证据来解释热量限制可能的延寿机制。近日，刘易斯-卡茨医学院(LKSOM)的研究人员在热量限制延长寿命机制方面取得重大突破。研究结果于9月14日在线发

腾湃云·2020-02-07 08:06

DNA甲基化测序数据处理（三）：Circos的安装与测试（Windows篇）

前言，傻瓜式全程记录Circos是数据展示的一个极佳方式。是每一个男人都应该学会的必备技能！在按照别人教程学习的时候，记录下所有操作，以飨众人。如果按照我这个教程都搞不定的话，还是建议先别看别人的高阶教程了。Circos安装及测试首先，下载Circos安装包官网安装包标黄的为最新版本的circos。最下面也还有一个简单的tutorials，为Linux版本的tutorial，包含了很多种类型的数据

面面的徐爷·2020-02-05 13:11

RRBS甲基化分析流程

【基本流程】Bismark—Methylkit—Genomation—GO/KEGG只求自己记得如果有人搜到了这个请你只看上面的四个基本流程然后分别搜索他们的用法比较坑的地方在于用Genomation包+BED文件来注释，以及将ID转换为NAME进而用于GO/KEGGhttps://blog.csdn.net/qq_29300341/article/details/80551131（btw：这篇文

桁_COLA·2020-01-31 21:50

人类的自然寿命只有38年？

新闻说，他们是通过测定42个特定基因中DNA甲基化的发生位置，来估计脊椎动物的寿命。叔没有找论文原文看，但仔细一琢磨，估摸这个测定应该是以整个脊椎动物为范围的，也就是会涉及到很多亲缘关系。

夜读·2020-01-11 00:00

好文带读 | 23项适度保证椰子油的健康益处

我个人连续性的吃椰子油已经有接近半年多的时间了，所体会到的效果就是大脑运转明显更快，反应和思考问题的速度都有变快，当然这其间我也一直不断在优化自己的甲基化水平，并尽量少的摄入加工食品。

第6课健康·2020-01-08 11:08

m6A调节因子在肾透明细胞中的基因特征和预后价值：一项使用TCGA数据库的回顾性研究

（1）背景知识真核生物RNA可以携带100多种化学修饰，其中RNA甲基化修饰约占60%，而N6-甲基腺嘌呤（m6A）在甲基化修饰中最为普遍，占有率高达80%。

柳叶刀与小鼠标·2020-01-05 11:31

徐瑞华团队发现全新肠癌血检标志物，检测准确性超临床唯一血检方法

他们分析了多个大型肠癌队列中患者的血液样本，找到了肠癌患者与健康人血液ctDNA甲基化差异，在国际上首次提出基于ctDNA甲基化谱的结直肠癌分子分型。

itwriter·2020-01-04 08:00

文献积累（3）甲基化-eRNA-mRNA

AberrantenhancerhypomethylationcontributestohepaticcarcinogenesisthroughglobaltranscriptionalreprogrammingMethyl-bindingDNAcapturesequencing(MBDCap-seq)33pairsofHCCtumorsandmatchednon-tumortissues区域内D

清晨起床满满正能量_Go·2020-01-01 23:38

Ray钱·2019-12-30 06:13

小样本多组学分析怎么发12分的Nature子刊？（多组学文献精读）：Integrative analysis of genomic and epigenomic regulation of th...

-------------------------------------分割线------------------------------------------------文章关键词：肝癌，DNA甲基化

liu_ll·2019-12-28 20:10

这篇五分多的signature建模文章有点机智啊

从标题上来看是一篇分析胰腺癌甲基化异常的基因的预后signature，这个题材的文章看个标题就差不多能猜出来干了什么事，但好奇的我感觉发五分应该是有什么特别之处，于是仔细的看了一下，与大家分享。

vegene·2019-12-27 12:22

2019-05-11

DNA甲基化检测实现结直肠癌早期无创诊断北京大学生物医学前沿创新中心（BIOPIC）、北京未来基因诊断高精尖创新中心与北京大学第三医院普外科合作，利用团队之前开发的甲基化CpG短串联扩增与测序技术（MCTA-Seq

appleppear·2019-12-27 10:16

lncRNome:综合性的人类lncRNA数据库

lncRNome/在该数据库中，提供了以下几种lncRNA的信息染色体位置基因类型功能描述相关疾病除此之外，利用多组学分析，还提供了以下两种信息lncRNA相互作用的蛋白lncRNA上的SNP位点lncRNA上的甲基化位点

生信修炼手册·2019-12-24 08:06

文章解读汇总

通过几个特征分类方法和明星TMB找关系2.通过肿瘤干细胞特征和免疫微环境识别潜在靶向药物3.利用共表达网络和主成分分析研究肿瘤机制，识别关键基因4.构建于缺氧代谢和免疫相关的生物信息分类模型5.与衰老相关的肿瘤甲基化亚型分析

haifeng1924·2019-12-23 01:42

细菌基因组结构分析

甲基化修饰甲基化分析结果（直接从服务器下载，文件名乱码）/opt/pacbio_soft/smrtanalysis/userdata/jobs/016/jobID/data从该文件夹下载modification

琼脂糖·2019-12-20 19:21

人类的寿命写在 DNA 里

过去几年研究人员开始使用DNA甲基化去判断动物的寿命。DNA甲基化没有改变基因的序列而是控制基因的活性，特定基因的DNA甲基化被发现与灵长类动物的最大寿命相关。研究人

itwriter·2019-12-16 11:00

Nature：卵子独特表观遗传状态机制获揭示

中科院生物物理研究所朱冰课题组发现了卵细胞基因组DNA甲基化水平正常建立的首个保障因子Stella。相关论文近日刊登于《自然》。雌性哺乳动物的一生中只能提供有限数目的卵子。

北京缔一生物·2019-12-15 15:23

m6A甲基化对我来说就是好新鲜

不做表观遗传的人，看到甲基化，泛素化，乙酰化就害怕的想往后退。但学习的过程，就是把自己那胆小的脑细胞安抚一下，客服困难后获取知识的感觉如沐春风。m6A甲基化，咋一听名字我就是拒

春卷00·2019-12-15 06:41

甲基化测序 -- 重亚硫酸盐法和TAPS两种方法

DNA甲基化，即在不改变碱基类型和DNA序列的前提下，在某些碱基上加上甲基的过程。它属于表观遗传学范畴，主要通过影响基因表达而改变生物体的性状。

熊猫人和熊猫猫·2019-12-14 23:10

MTHFR和甲基化

什么是甲基化？最简单的解释是，甲基化是将食物转化为酶或“活性元素”，人体细胞可以直接和立即使用。食物转化发生在机体的代谢途径中，在转化为“可用酶”完成之前可能经历许多不同的阶段。

万健康品·2019-12-14 18:24

LncBook:综合性的人类lncRNA数据库

为了更好的开展lncRNA的功能研究，科学家收集文献中人类lncRNA相关的数据，包括了表达量，相关疾病，甲基化位点，SNP位点，功能描述等信息，并整理成了数据库LncBook,网址如下http://bigd.big.ac.cn

生信修炼手册·2019-12-12 02:04

文献阅读：Single-cell multiomics sequencing and analyses of human colorectal cancer

://www.jianshu.com/p/922b756a76f6该文章的思维导图.png这篇文章由他们之前实验室的Tribio-seq1.0到2.0,由RRBS变成了WGBS文章总结：1、基于DNA甲基化组数据推断出的基因组拷贝数变异精准鉴定了肿瘤细胞的亚克隆

liu_ll·2019-12-06 09:27

mPTP和PPSC

Short-TermMitochondrialPermeabilityTransitionPoreOpeningModulatesHistoneLysineMethylationattheEarlyPhaseofSomaticCellReprogramming短期的线粒体通透性转换孔的开放可调节体细胞重编程早期过程中的组蛋白赖氨酸甲基化行为

Rhine3523·2019-12-01 08:46

Day1人类结直肠癌单细胞多组学分析

刘小泽写于2019.3.31这一篇理解难度稍大，当做背景知识的了解，至于其中数据的分析细节文中没有提及之前一次只能研究单细胞层面的基因组、转录组或DNA甲基化组其中一种，不能在一个细胞中同时研究多个组学

刘小泽·2019-12-01 07:49

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