甲基化

50个ggplot2可视化案例

（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析
生信宝典·2020-11-17 22:00

送书|北大出版：R语言数据分析与可视化从入门到精通

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生信宝典·2020-10-23 15:00

超详细的热图绘制教程(5000余字)，真正的保姆级教程

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生信宝典·2020-10-19 22:00

WGCNA分析，简单全面的最新教程（可以在线做了）

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生信宝典·2020-10-07 22:00

一文读懂DNA甲基化及BS-seq

一、什么是DNA甲基化DNA甲基化是一个生物过程，它会在在DNA分子中引入甲基化基团，但是甲基化并不会改变序列本身，而会改变DNA片段的活性。
白墨石·2020-09-16 16:04

使用R语言的正确姿势，R包干货奉献

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生信宝典·2020-09-11 23:00

Similarity Network Fusion（SNF）相似性网络融合

如下面将两种数据类型融合在一起的：同一组患者的mRNA表达和DNA甲基化。
生信编程日常·2020-09-02 11:37

【5】肿瘤DNA甲基化数据分析原理及流程

表观遗传：非DNA决定的基因表达，或表型改变中可遗传因素的研究DNA水平：甲基化（胞嘧啶（二代测序为主）5mC，腺嘌呤（三代为主）6mA，羟甲基化RNA水平：甲基化，ncRNA染色质水平：组蛋白修饰（甲基化
生物信息与育种·2020-08-28 09:31

转录因子相关数据库

转录因子是通过结合特异性DNA序列控制遗传信息从DNA到信使RNA的转录速率的蛋白，转录一男子可通过修饰（甲基化、去甲基化、乙酰化、去乙酰化等修饰）与启动子进行互作结合调控，产生促进或是抑制的效果。
Ray钱·2020-08-24 20:39

高同型半胱氨酸血症会给我们心脑血管带来灾难

同型半胱氨酸（homocysteine，Hcy）是人们日常饮食中的蛋白类物质在体内转化、代谢过程中产生的一种中间产物，它通过甲基化和转硫途径进行代谢，维持着人体的甲基化和抗氧化两大能力，叶酸、B族维生素在其代谢循环中起重要作用
万健康品·2020-08-24 01:01

消化吸收不好会影响这个！

1.生理功能（1）参与同型半胱氨酸甲基化转化为蛋氨酸。缺乏VB12时，转化受阻，可引起血清同型半胱氨酸水平升高。（2）构成辅酶的成分。2.缺乏症VB12缺乏症——巨幼红细胞贫血；高同型半胱氨酸血症。
罗文乐·2020-08-22 22:58

GEO TCGA公共数据挖掘培训

TCGA数据库包含11,000个病人的33种肿瘤的7个不同层面的基因数据(包括基因表达、CNV，SNP，DNA甲基化，miRNA，外显子组等)和临床数据，意在解析癌症发生的分子机制、肿瘤的亚型和治疗靶点等
生信宝典·2020-08-21 01:38

ATAC-Seq入门加高阶传送门

转录组、甲基化、ChIP-Seq、lncRNA、编程实战、还有已经在更新中的Hi-C......几乎大家关心的数据分析都可以在大树里找到入门和进阶教程。
六六_ryx·2020-08-20 19:36

450K甲基化芯片数据处理传送门

写在前面Illumina甲基化芯片目前仍是很多实验室做甲基化项目的首选，尤其是对于大样本研究而言，其性价比相当高。
生信技能树·2020-08-20 00:24

Chapter1-siRNAs

相反，24-ntsiRNA主要与异色转座因子（TEs）相关，并通过RNA介导的DNA甲基化（RdDM）在TGS中起作用BiogenesisofsiRNAsfig321-nt和22-n
阿花吖·2020-08-14 16:03

高通量数据中批次效应的鉴定和处理（六）- 直接校正表达矩阵

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生信宝典·2020-08-11 17:07

「R」ggplot2拼图包patchwork推荐与使用

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生信宝典·2020-08-11 17:07

文献科普｜DNA甲基化通过CTCF和黏着蛋白复合物调节选择性聚腺苷酸化

DNA甲基化，mRNA可变剪切和多聚腺苷化（polyadenylation,APA）的失调与癌症密切相关。之前研究大多通过孤立分析其与不同生物进程之间的关系。
易基因科技·2020-08-09 06:07

文件批量重命名的技术，你值得拥有

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刘永鑫Adam·2020-08-08 01:24

ChAMP 分析甲基化芯片数据-归一化篇

champ.norm函数提供了归一化的功能，支持下列4种归一化的算法：BMIQPBCSWANFunctionalNormalization其中BMIQ和PBC算法都是只针对探针的beta矩阵进行归一化，而SWAN和FunctionalNormalization则需要在数据导入阶段采用minfi的算法。函数用法示例myNorm>>>>ChAMP.NORMSTART>Notethat,BMIQfunc
生信修炼手册·2020-07-30 18:53

ChAMP 分析甲基化芯片数据-EpiMod篇

DNA甲基化会调控基因的表达水平，进而影响基因的相互作用。
生信修炼手册·2020-07-30 11:20

ChAMP 分析甲基化芯片数据-归一化篇

champ.norm函数提供了归一化的功能，支持下列4种归一化的算法：BMIQPBCSWANFunctionalNormalization其中BMIQ和PBC算法都是只针对探针的beta矩阵进行归一化，而SWAN和FunctionalNormalization则需要在数据导入阶段采用minfi的算法。函数用法示例myNorm>>>>ChAMP.NORMSTART>Notethat,BMIQfunc
生信修炼手册·2020-07-29 17:43

ATAC-seq原理及现有技术的比较

首先对于染色质的可接近性的评估对于染色质的可接近性的评估，通常是通过量化染色质的甲基化状态以及对DNase的敏感性来量化的。DNA超敏感化，于19
forever luckness·2020-07-29 10:31

Small RNAs, emerging regulators critical for the development of horticultural traits

小RNA，新兴的调节剂，对园艺性状的发展至关重要摘要小RNA（sRNA）最近已被公认为是各种生物中的关键遗传和表观遗传调节剂，范围从DNA修饰和组蛋白甲基化到编码或非编码RNA丰度的调节。
Yancey_Yan·2020-07-26 15:36

文献--桔梗全基因组、转录组、甲基化组分析以及桔梗皂苷生物合成研究

andmethylomeanalysesprovideinsightsintotheevolutionofplatycosidebiosynthesisinPlatycodongrandiflorus,amedicinalplant桔梗全基因组、转录组、甲基化组分析以及桔梗皂苷生物合成的进化研究
笺牒九州的怪咖·2020-07-21 14:56

WGBS 全基因组甲基化测序

DNA甲基化是DNA被添加甲基()修饰影响基因功能或者表达。最常见的甲基化是胞嘧啶产生5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,5-mC)。
BeeBee生信·2020-07-17 16:59

基因检测：DNA甲基化标志物预测胃癌

美国胃肠病学院提交的一项研究新研究表明，在美国和韩国的队列中，基因检测多个甲基化DNA标志物可以准确地预测胃癌。
审车站长·2020-07-16 03:29

翻译第3弹|DNA METHYLATION AND COMPLEX HUMAN DISEASE

第二章癌症中DNA甲基化及其他表观标志物——感谢毕老师的无私翻译奉献2.1引言与致病或治疗干预的药理学反应相比，生物标志物需要更客观地测量和评估。
浩渺予怀·2020-07-15 22:10

ATAC-Seq入门加高阶传送门

转录组、甲基化、ChIP-Seq、lncRNA、编程实战、还有已经在更新中的Hi-C......传送门系列lncRNA数据分析传送门生信技能树转录组板块学习小组招募启事450K甲基化芯片数据处理传送门ChIP-seq
生信技能树·2020-07-15 16:19

Week11— methy-ATAC-seq同时测甲基化和染色质的可及性

恰好看到群友推荐这篇methy-ATAC-seq的文章，可以同时检测甲基化与accessiblechromatin，虽然目前还不是单细
六六_ryx·2020-07-14 14:49

【三维基因组】浅谈三维基因组多组学联合-part3

甲基化测序技术：对基因组上CpG岛或CpG甲基化较密集的区域进行靶向测序。
XuningFan·2020-07-13 10:29

Nature重磅综述 |关于RNA-seq，你想知道的都在这

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刘永鑫Adam·2020-07-12 15:41

生信网站整理

生信网站整理前言生信课程和推荐博客语言PythonRPerl统计分析生信分析流程案例GWAS甲基化eQTLWGS群体遗传学其他前言在生信学习过程中我保存了很多网站，但是因为没有对网站进行记录和管理经常找不到需要的信息
ruby912·2020-07-11 22:05

关于 衰老的思考

比如子代细胞的基因组甲基化或者
doctor韦·2020-07-10 11:09

DNA甲基化及其基本功能

1.介绍image.pngDNA甲基化途径。DNA甲基转移酶家族（Dnmts）催化甲基从S-腺嘌呤甲硫氨酸（SAM）转移至胞嘧啶残基的第五个碳，形成5-甲基胞嘧啶（5mC）。
thinkando·2020-07-10 10:34

DNA甲基化分析--------------原理到实现（一）

  DNA甲基化是表观遗传非常常见的一种表观修饰，之前写了一篇有关有意思的DNA甲基化的现象的小文章，如果有兴趣的话可以去看看：“黄金鼠饼了解一下？”--------有意思的DNA甲基化现象。
liu_ll·2020-07-10 07:16

Nature| 中国学者揭示卵细胞基因组低甲基化原因

DNA的甲基化一般是抑制DNA表达的，即基因的甲基化水平越高，表达水平则越低，精子和大多数体细胞都符合这种模式。然而在卵细胞基因组中，许多转录惰性区呈现低甲基化特征。
学霸带你读文献·2020-07-10 07:43

甲基化测序技术及其在老年疾病和衰老模型中的应用

一、甲基化测序技术1、12中DNA甲基化测序技术1）什么是DNA的甲基化呢？DNA甲基化是指针对DNA序列上的CpG岛，由甲基化转移酶将S腺苷甲硫氨酸的甲基转移给胞嘧啶。
weixin_30706507·2020-07-10 06:30

LncRNA 概述

表观遗传学的主要机制包括DNA甲基化、组蛋白修饰及新近发现的非编码RNA。
Ray钱·2020-07-10 04:15

比预想老的更快，狗狗1岁=人类30岁，最新换算公式出炉

他们提出了一个能够更精确地比较人类与狗年龄的公式，这个公式基于狗和人类基因组中甲基化随着年龄增长而变化的模式得来。由于这两个物种在其生命周期中的衰老速度
网易智能·2020-07-09 07:59

Cell重磅综述：关于人类转录因子，你想知道的都在这

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生信宝典·2020-07-07 08:00

用R包TCGA-Assembler下载TCGA数据

今天师兄发给我一个TCGA网址，让我想办法把胰腺癌的所有RNA-Seq数据下载下来，可是界面是这样的：这么多样本有各自的测序数据，甲基化数据，突变数据和临床数据等，不可能一个个去点开下载，那么批量下载就可以借助
JiangQ_1996·2020-07-06 23:35

web of science使用之如何对某一作者或领域快速了解

说到老张让我看篇甲基化的文章。。。。
weixin_30477293·2020-07-06 19:00

R: 使用CHAMP包进行甲基化数据的差异分析(QC, CNV, DMP, DMR等)

CHAMP:甲基化数据的差异分析本文介绍如何使用CHAMP包对自己的甲基化数据进行分析(QC,CNV,DMP,DMR等)包的安装setwd('E:/wu/R')#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
quanyaxuehu·2020-07-06 04:41

甲基化

DNA甲基化位点三种不同的motif类型（CG，CHG，CHH），已经有很多研究表明在个体内的调控机理和功能并不相同。
琼脂糖·2020-07-05 17:58

甲基化芯片入门学习-数据分析（三）

之前甲基化入门学习时本打算重复下提纲给的文献，但是后来学习过程中发现GEO上下载的RAW文件里没有该样本信息文件，就用了ChAMP包的测试数据。
高锦-生信·2020-07-04 17:26

甲基化芯片入门学习-ChAMP包（二）

DNA甲基化芯片分析有不少R包实现，如：minfi、lumi以及ChAMP等，我只粗略看过minfi和ChAMP，发现ChAMP的功能更加齐全以及使用也较为简单，并且其也集成了minfi包的部分功能，所以下面以
高锦-生信·2020-07-04 17:26

读取DNA甲基化IDAT文件

DNAMethylation领域的研究软件都是给予minfi程序提供的读取IDAT文件的程序，但是最近minfi似乎崩溃了，整个研究领域都快挂了……所以最好还是有自己的一条“供应链”Manifest文件过滤首先，甲基化分析需要对应的注释文件
Joshua_HIT·2020-07-04 06:46

去东方，最好用的在线GO富集分析工具

微信公众号：http://blog.genesino.comGeneOntology富集分析是是高通量数据分析的标配，不管是转录组、甲基化、ChIP-seq还是重测序，都会用到对一个或多个集合的基因进行功能富集分析
生信宝典·2020-07-02 15:27

文献精读-24nt-siRNA介导的DNA甲基化（RdDM）不定期更新

Author:MarijoriA.MatzkeandRebeccaA.MosherJournal:NatureReviewGeneticsdoi:10.1038/nrg3683link:RNA-directedDNAmethylation:anepigeneticpathwayofincreasingcomplexityAbstractAbstract|RNA-directedDNAmethyla
ShawnMagic·2020-07-02 01:39
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